猪圆环病毒2型LAMP检测方法的建立

摘要：猪圆环病毒2型属于圆环病毒科圆环病毒属,是引起仔猪断奶后多系统衰竭综合征（PMws）的主要病原。该病在世界范围内广泛流行,给我国养猪业造成一定的经济损失。目前针对PCV-2的检测技术还有提升的空间,因此本研究针对PCV-2Cap基因高度保守的区域作为靶序列设计引物,建立了一种可快速、灵敏、特异地检测PCV-2的LAMP检测方法。     

猪伪狂犬病病毒LAMP可视化检测方法的建立

根据Gen Bank中猪伪狂犬病病毒(PRV)g B基因的保守序列,设计一套特异性引物,在对反应条件进行优化后,建立了PRV环介导等温扩增(LAMP)可视化检测方法。结果显示:该方法能在常规65℃水浴锅中30 min内实现对目的片段的特异性扩增,并且可通过肉眼观察颜色直接判定检测结果 ;该方法具有很高的特异性,与猪瘟病毒、猪圆环病毒2型等均无交叉反应;该方法的敏感性可达1 fg;将该方法应用于临床样品检测,结果与普通PCR方法一致。研究表明,本研究建立的LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,适合基层PRV感染的快速检测。     

细鳞鱼温和气单胞菌LAMP检测方法的建立

在对野生细鳞鱼保护和驯养繁育工作中发现其出现厌食独居、水中打转、体表溃疡和肝肾脏出血症状,从患病鱼体内分离得到1株细菌,经过生理生化鉴定和16S rRNA测序确定该菌株为温和气单胞菌(Aeromonas sobria),在此基础上利用环介导恒温扩增技术(LAMP)建立该菌的快速检测方法。选用管家基因zipA作为靶基因,设计筛选出一套最佳引物,使用25μL的优化体系,提取几种常见水产致病菌株DNA进行特异性分析,以10倍稀释法进行LAMP灵敏性试验,确定最低检测DNA浓度为1.663×10^-9 ng/μL。试验表明建立的温和气单胞菌LAMP检测方法可及早发现感染细菌,为阻止细鳞鱼疫情暴发和细鳞鱼驯化带来保障。     

猪细小病毒LAMP-LFD检测方法的建立及初步应用

为了建立一种用于猪细小病毒(Porcine parvovirus, PPV)的特异、灵敏、快速检测方法,试验根据GenBank发布的PPV基因序列保守区片段设计了一套带生物素标签的特异性引物和FITC探针,以pET28a-NS1重组质粒为阳性模板将环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)技术与侧向流动层析试纸(lateral flow dipstick, LFD)相结合,建立了PPV-LAMP-LFD检测方法,对LAMP-LFD的反应温度、反应时间及胶体金标记FITC-mAb比例进行优化,分析该方法的敏感性和特异性,并检测其早期临床应用效果。结果表明：建立的PPV-LAMP-LFD检测方法最适反应温度为64℃,最佳反应时间为50 min;标记1 mL胶体金需要14μg FITC-mAb;该检测方法的最低检测限为1×10 copies/μL,比琼脂糖凝胶电泳和荧光定量PCR灵敏度高19倍;对猪伪狂犬病毒(PRV)、蓝耳病病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪乙型脑炎病毒(JEV)和猪瘟病毒(CSFV)检测结果...     

环介导等温扩增技术快速检测猪细小病毒的试验

利用环介导等温核酸扩增技术(LAMP),建立了一种灵敏、特异、快速的猪细小病毒(PPV)检测方法.该方法针对猪细小病毒非结构蛋白(NS-1)基因保守区域设计6条特异引物,在63℃的等温条件下45 min即可完成反应.最低检测限量为10拷贝的PPV目的基因,比常规聚合酶链式反应(PCR)方法敏感100倍,并具有良好的特异性.以钙黄绿素和Mn2+作为荧光指示剂,可快速、直观判定反应结果.通过对149份临床样品进行检测比较,LAMP与PCR检出阳性样本数分别为33份和27份,表明LAMP方法阳性检出率高于PCR.     

猪细环病毒LAMP检测方法的建立

为建立一种特异和快速的猪细环病毒(TTSuV)检测方法,本研究通过比对TTSuV的全基因序列,选择其保守区域,设计了针对TTSuV检测的LAMP引物,利用LAMP Real Time Turbidimeter LA-320仪对反应体系及条件进行了优化,建立TTSuV环介导等温扩增的检测方法.结果表明:该方法最佳反应条件为64℃恒温50 min,病毒的最低检出限为5.5拷贝/μL,并且与其他相关传染病无交叉反应.临床样品检测结果显示,猪繁殖与呼吸综合征病毒-(PRRSV)和2型猪圆环病毒(PCV2)阳性的样品中TTSuV呈高阳性率,分别为92％和87.3％,显著高于非PRRSV和PCV2阳性的猪群.该方法的建立为快速及特异性的检测猪TTSuV提供了有效的方法.     

鸡传染性喉气管炎病毒LAMP检测方法的建立

为建立一种快速简单检测鸡传染性喉气管炎病毒的方法,根据已发表的鸡传染性喉气管炎病毒的TK基因序列,设计并合成了6对特异扩增鸡传染性喉气管炎病毒TK基因片段的引物,通过条件优化,成功建立了针对鸡传染性喉气管炎病毒的环介导等温扩增(LAMP)检测法,并测定其特异性和敏感性,并对采集的鸡临床样品的DNA分别进行了检测。结果表明,该法只检出鸡传染性喉气管炎病毒。敏感性扩增结果表明,LAMP检测鸡传染性喉气管炎病毒的最低浓度为100 fg的DNA模板。该LAMP方法有简便、快速和特异性高的优点,可用于临床上对鸡传染性喉气管炎病毒的快速检测。     

鸭瘟病毒环介导等温扩增(LAMP)快速检测方法的建立与应用

为建立一种简便、快速、灵敏、特异的鸭瘟病毒(DPV)检测方法,本研究根据GenBank中登录的DPV基因组序列,设计3对特异性的环介导等温扩增(LAMP)引物,经优化反应体系,建立了LAMP快速检测方法.结果表明,LAMP方法能够在63℃恒温下,1h内实现目的核酸的大量扩增.结果判定时只需要在扩增产物中加入SYBRGreen Ⅰ染料,就可以直接在可见光或紫外光下观察颜色变化.该方法敏感性可达0.245 μg/L,比普通PCR灵敏性高10倍;对鸭病毒性肝炎病毒、H9N2亚型禽流感病毒、鸭副黏病毒、鸭源偏肺病毒等的核酸无交叉反应;利用建立的LAMP检测方法对40份临床样品的阳性检出率为30％.该方法简便快捷,省时省力,是一种适用于基层实验室快速、准确检测DPV的方法.     

猪流行性腹泻病毒LAMP检测方法的建立及初步应用

猪流行性腹泻病毒是引起仔猪腹泻死亡的主要病原。为实现对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的快速检测,利用PEDV S基因设计特异性引物,通过优化各种反应条件,建立了检测PEDV的环介导等温扩增快速检测方法(LAMP)。此方法特异性好,敏感度强,将反转录后的病毒c DNA稀释到108倍仍可检出,是PCR方法的100倍。本研究建立的LAMP方法操作简便、灵敏度高、特异性强,为临床PEDV的快速检测和预防奠定基础。     

环介导等温扩增(LAMP)检测禽脑脊髓炎病毒方法的建立

根据已发表的禽脑脊髓炎病毒的VP2基因序列,设计并合成了6对特异扩增禽脑脊髓炎病毒VP2基因片段的引物,通过条件优化,成功建立了针对禽脑脊髓炎病毒的环介导等温扩增(LAMP)检测法,并测定其特异性和敏感性,对采集的禽临床样品的核酸分别进行了检测.结果表明,该法只检出禽脑脊髓炎病毒.敏感性扩增结果表明,Lamp检测禽脑脊髓炎病毒为100fg的RNA模板.该LAMP方法有简便、快速和特异性高的优点,可用于临床上对禽脑脊髓炎病毒的快速检测.     

Establishment and Application of Loop-mediated Isothermal Amplification for Rapid Detection of Porcine Epidemic Diarrhea Virus

This study was aimed to establish a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for detection of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), and provide a simple, sensitive, accurate and reliable tool for diagnosis of PEDV.The conservative PEDV N gene (GenBank accession number: KT799997) of PEDV was selected as a target to design six specific primers.The reaction system and temperature of LAMP were optimized, and the LAMP method for specific amplification of PEDV was established. Results showed that the PEDV LAMP detection method was established successfully, and it could detect PEDV specifically at 60℃ for 60 min,and the detection limit was 91 copies/μL, which was one hundred-fold higher than conventional RT-PCR method.75 clinical samples were detected by LAMP and PCR, respectively, the coincidence of LAMP and PCR was about 97.3%. All the data suggested that the LAMP assay had strong specificity, high sensitivity, simple operation, low equipment requirement, and was suitable for rapid detection of PEDV clinical samples.     

LAMP方法及其在病原微生物检测中的应用

环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是一门新兴的分子生物学技术,该技术具有操作简单、不需要大型仪器设备、成本低廉、反应时间短、结果判定简单等优点,且具有比常规分子生物学方法更高的灵敏度和特异性.目前该技术在细菌、病毒及支原体等病原微生物的快速检测和早期诊断中已广泛应用.通过对国内外LAMP研究进展及该技术在细菌、病毒、支原体等致病菌中的诊断应用进行综述,以期介绍该技术的优缺点和应用现状,从而为今后的广泛应用提供参考依据.     

猪流行性腹泻病毒环介导等温扩增检测方法的建立及应用

试验旨在建立一种快速检测猪流行性腹泻病毒（PEDV）的环介导等温扩增方法（LAMP）,为诊断PEDV提供简便、敏感、准确可靠的工具。参考GenBank中PEDV基因序列（登录号：KT799997）,针对PEDVN基因设计了6条引物,对所建立的LAMP反应体系、反应温度进行优化,建立可特异性扩增PEDV的LAMP方法。结果显示,本试验成功建立了PEDV LAMP检测方法,在60℃恒温下反应60 min,能特异性地检测PEDV,检测限量为91拷贝/μL,比常规PCR方法的敏感性高100倍。对比75份临床样本的LAMP和常规RT-PCR法检测结果,显示两种方法符合率为97.3%。综上所述,本试验建立的LAMP方法具有特异性强、敏感性高,操作简单,设备要求低的特点,适用于PEDV临床样本的快速检测。     

Loop-mediated Isothermal Amplification Method and Its Application in Pathogen Detection

As a new molecular biology technique,the loop-mediated isothermal amplification (LAMP) has the advantages of easy to operate,no need of specialized devices,low cost,short reaction time and so on.It has higher sensitivity and specificity than the common molecular biology techniques.It has been widely used in rapid and early infection by variety of pathogens including bacteria,virus and mycoplasmas.We reviewed the research progress on LAMP techniques and the diagnostic applications in the bacteria,viruses,Mycoplasma and other pathogens at home and abroad,so as to understand the advantages and disadvantages of LAMP and application situation,and provide a reference for its widespread application in the future.     

环介导等温扩增技术的改进及其在病原微生物检测中的应用研究进展

环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是近年来发展出来的一种新型核酸扩增技术。自建立以来,该技术不断改进和发展,并广泛应用于病原微生物的检测,文章将就此展开综述。     

布鲁氏菌环介导等温扩增（LAMP）可视化检测方法的建立

应用环介导等温扩增(LAMP)技术建立了布鲁氏菌可视化快速检测方法。针对布鲁氏菌外膜蛋白OMP25基因保守区设计6条特异引物,反应前加入染料羟基萘芬蓝(HNB)作为LAMP扩增的指示剂,63℃恒温反应60min,根据HNB的颜色变化进行结果判定。分别评价所建立LAMP方法的特异性和灵敏性,并对60份牛布鲁氏菌病虎红平板凝集试验(RBT)阳性血清样本,经LAMP和B4/B5-PCR方法进行平行检测。结果显示,本方法最低检出限约为17fg布鲁氏菌基因组DNA。本方法特异性良好,布鲁氏菌反应管均出现特异性LAMP扩增反应,而猪大肠杆菌K99、巴氏杆菌C48-1、猪链球菌ST171、绿脓杆菌等对照组均未出现扩增。针对60份RBT阳性血清的平行检测结果显示,LAMP和B4/B5-PCR这两种方法间的结果符合率为85.0%。B4/B5-PCR检测为阳性的43份样品,经本方法检测全部为阳性;B4/B5-PCR检测为阴性的17份样品,经本方法检测,9份为阳性,8份为阴性。LAMP的敏感性高于B4/B5-PCR方法。实验表明,本文所建立的基于颜色判定的布鲁氏菌LAMP检测方法具有特异、灵敏、设备要求简单等特点,适用于基层兽医部门进行布鲁氏菌的快速检测。     

快速检测双芽巴贝斯虫LAMP方法的建立

为提高双芽巴贝斯虫(Babesia bigemina)检出率,本研究采用环介导等温扩增技术(LAMP)建立一种快速、灵敏、特异的B.bigemina检测方法。根据GenBank上公布的Babesia bigemina细胞色素b(Cytochrome b,cyt b)基因序列,设计4条特异地识别B.bigemina的cyt b基因6个特殊区域的LAMP引物,优化反应体系和条件,在Bst DNA聚合酶的作用下,65 ℃反应60 min,加入SYBR Green Ⅰ后观察。结果表明,该LAMP检测方法特异性强,与牛巴贝斯虫(Babesia bovis)等DNA不发生交叉反应;敏感性高,对B.bigemina的cyt b基因最小检测值为0.085 fg/μL,是一般PCR方法的1000倍。该方法具有简单、快速、低成本的特点,可用于B.bigemina的基层现场快速检测。     

环介导等温扩增技术检测酸乳中蜡样芽孢杆菌

目的：建立快速准确检测酸乳中蜡样芽孢杆菌的方法.方法：根据蜡样芽孢杆菌hblA基因设计特异性引物,通过环介导等温扩增技术（LAMP）直接检测酸乳中蜡样芽孢杆菌,扩增产物电泳检测.结果：LAMP法检测酸乳中蜡样芽孢杆菌的特异性强,方法检出限6.4CFU/mL,人工污染检出限21CFU/mL.结论：LAMP法用于检测酸乳中蜡样芽孢杆菌的灵敏度高、耗时短,为酸乳中蜡样芽孢杆菌的快速检测提供了新的方法.     

基于钙黄绿素显色的可视化LAMP检测猪流行性腹泻病毒的研究

针对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的NP基因设计1套环介导等温扩增(LAMP)引物,在反应体系中添加钙黄绿素/氯化锰指示剂代替传统的反应后添加SYBR Green Ⅰ染料,建立了基于钙黄绿素的可视化LAMP检测PEDV的方法。该方法能在65 ℃ 1 h内特异性扩增PEDV,与猪瘟病毒(CSFV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)及大肠杆菌等均无交叉反应,检测下限为3.73 pg/μL,其结果可用肉眼判断,快捷方便。用该方法对龙岩学院动物医学研究所接诊的93份腹泻病例进行检测,结果表明,LAMP方法检测PEDV的阳性率为43.01%(40/93),高于普通PCR的检出率(38.7%,36/93)。本试验建立的可视化LAMP检测方法能用于PED诊断。