单叶省藤和黄藤基因组组装研究

单叶省藤（Calamus simplicifolius）和黄藤（Daemonorops jenkinsiana）是棕榈藤的2种重要的代表藤种,是藤工业化利用的主要原材料。然而,棕榈藤参考基因组的空白成为开展其基础生物学和应用生物学研究的主要障碍。本研究通过使用Illumina、Pacific Biosciences和基于染色体构象捕获技术的基因组辅助组装测序等高通量测序技术,完成了单叶省藤和黄藤染色体水平上基因组的组装。项目测序共分别得到约730 Gb和约682 Gb的原始数据,分别相当于预测基因组覆盖度（单叶省藤约1.98 Gb,黄藤约1.61 Gb）的372倍和426倍。另外,单叶省藤和黄藤的scaffold N50分别为160 Mb和119 Mb。在单叶省藤和黄藤的基因组分别注释出51 235和53 342个完整的蛋白质编码基因模型。通用单拷贝直系同源评估表明,2种藤基因组组装的完整性分别达到96.4%和91.3%。进化分析显示,4种棕榈科植物聚在一支上,单叶省藤和黄藤的分化时间约出现于1 930万年前。此外,还分别在单叶省藤和黄藤的基因组中鉴定了193个和172个参与木质素生物合成的基因。这些数据不仅为开展藤功能基因组学研究提供了基础资源,促进种质资源的育种应用,而且还作为开展种间及不同物种之间的比较研究提供了参考基因组。     

光亮橡胶树叶绿体基因组测序组装与注释

【目的】为了研究光亮橡胶树叶绿体基因组序列特征,从基因组层面评价光亮橡胶树的育种可利用性,从而为橡胶树近缘野生种的深度评价和有效利用提供参考依据。【方法】以光亮橡胶树嫩叶为材料,通过提取高质量基因组DNA、构建测序文库、illumina HiSeq 2000测序、叶绿体基因组拼接组装、生物信息学注释,获得了完整的光亮橡胶树叶绿体基因组图谱,并将其与大戟科其他12个已完成叶绿体基因组测序的物种进行了进化分析。【结果】光亮橡胶树叶绿体基因组为典型的双链环状结构,其大小为161 124 bp,由1个大单拷贝区域、1个小单拷贝区域和2个反向重复区域这4个区域组成;光亮橡胶树叶绿体基因组包含A碱基51 495个、T碱基52 022个、G碱基28 915个、C碱基28 692个,GC含量为35.75%;通过生物信息学注释共得到134个基因,其中,86个为蛋白编码基因,4个为假基因,36个为tRNA基因,8个为rRNA基因;从基因功能来看,86个蛋白编码基因主要参与光合系统Ⅰ、光合系统Ⅱ、细胞色素b/f复合体、ATP合成酶、NADH脱氢酶、核糖体蛋白、RNA聚合酶等生物学过程;利用叶绿体基因组蛋白编...     

桉树全基因组测序及相关研究进展

重点介绍了桉树在全基因组测序完成后的研究进展情况。通过阐明其分类学地位、生物学特性、基因组的结构,以及阐述全基因组测序及相关研究的进展。分析全基因组测序对桉树基因组学、桉树育种学研究的巨大推动作用,并讨论其未来的研究发展方向。     

经济树种全基因组测序成果要报

经济树种通常基因组较大,测序的组装、注释等存在较大困难,有必要对这方面的研究进展及存在的问题进行分析比较,以提高经济林木全基因组的研究效率。对已经完成全基因组测序的28种经济树种的全基因组测序成果进行了概述,比较了所采用的测序策略、技术与方法及所利用的测序材料,分析了各物种全基因组的大小、基因数量、基因密度、基因均长、平均内含子长度、GC含量等结构特点,汇集了各树种系统发育中的基因组复制等重要分子事件,探讨了其纤维素、木质素、糖与淀粉、油脂、抗性、生殖等重要生物经济性状的基因组学特征,展望了中国在基因组科学领域中的重要影响。     

苹果叶片基因组DNA提取方法研究

研究比较了常规和改进CTAB法在苹果基因组DNA提取中的效果。结果表明,改进的CTAB法优于常规方法,且省时、省料,基因组DNA能被限制性内切酶完全消化,用苹果自交不亲和基因的通用引物可以扩增出相应品种的特异性条带。     

乌桕基因组DNA提取方法研究

以改良CTAB法和SDS法提取乌桕基因组DNA,对提取条件进行了正交试验,优化出乌桕基因组DNA提取的适宜条件,采用紫外分光光度检测、琼脂糖凝胶电泳分析及限制性内切酶进行了检测。结果表明:改良CTAB法的A1B2C2D2组合提取的基因组DNA纯度高,无拖尾现象,OD260/280值在1.8～2.0,OD260/230在2.0。     

山核桃基因组DNA提取方法的比较研究

植物体内所含的蛋白质、单宁、酚类、多糖及色素等次生代谢物质影响TaqDNA聚合酶的活性,是导致PCR扩增反应失败的主要因素。以山核桃嫩叶为材料,对分别用经过改良的SDS法、改良的CTAB法、简易CTAB法及改良的高盐低pH法提取的基因组DNA进行检测比较,结果显示,改良的SDS法更适合于山核桃基因组DNA的提取,此方法提取的DNA能很好地用于PCR扩增。     

毛竹基因组测序研究取得重大成果

毛竹基因组测序研究项目在国际竹藤中心举行了成果新闻发布会。据介绍,毛竹是禾本科竹亚科中最具生态和经济价值的物种,具有非常独特的生物学特性和科学价值。我国现有毛竹林面积386万hm2,占全国森林面积的2%。项目实施过程中,项     

我国毛竹基因组学研究取得重大进展

我国林业科学家最近完成了包括毛竹叶片、笋和萌发种子等在内的毛竹全长互补DNA文库构建,并精确测定了1万余条基因序列,这是公共数据库中继模式植物水稻（单子叶）和拟南芥（双子叶）以外,第三大植物全长互补DNA数据信息资源,取得了林业领域基因组学研究的重大突破。