高通量测序技术及其在鹿茸生物学领域的应用

随着测序技术的快速发展,各种新方法层出不穷,其测序数据量也在呈几何级数增长。文章对目前最具有代表性的4种高通量测序技术———焦磷酸(GS FLX)测序法、单分子阵列技术(Solexa)测序法、连接酶(SOLiD)测序法和单分子(HeliScope)测序法的测序原理、基本操作流程和测序能力作一综述,并对高通量测序技术在鹿茸生物学研究方面的应用进行了分析。     

高通量测序技术的发展及其在生命科学中的应用

DNA测序技术从以Sanger法为代表的第一代测序技术到如今的高通量测序(HTS)技术,经历了漫长而曲折的发展过程,如今该技术在动植物基因组的研究中获得了很大的成功,它的问世可以使人们以更低廉的价格,更全面、更深入地对全基因组进行分析.作者阐述了几种关于HTS的测序技术平台:Roche/454测序技术、ABI/SOLID测序技术、Illumina/Solexa测序技术、单分子测序技术及Ion Torrent测序技术,并且还归纳了HTS在基因组学、转录组学及表观基因组学等方面的应用.     

基于高通量测序技术挖掘分子遗传标记及其在蛋鸡生产中的精准应用

高通量测序技术是研究物种复杂生物性状遗传机制的基础,随着高通量测序技术的不断优化提升,一些与生物表型性状密切相关的基因组变异被精准地挖掘出来,其中包括单核苷酸多态位点(SNP)、小片段的插入或缺失(Indel)、拷贝数变异(CNV)以及结构变异(SV)为代表的分子标记。与传统遗传标记相比较,分子遗传标记具有多态性高、遍布整个基因组、检测手段简单快捷以及成本低廉的特点。通过检测覆盖全基因组范围内的分子标记,利用基因组水平的遗传信息对个体或群体遗传资源进行评估,能够缩短世代间隔、提高选种的准确性,进而在短期内取得较大的遗传进展。作者从高通量测序技术挖掘分子遗传标记角度入手,综述了三代测序技术发展历程和应用领域以及三代分子遗传标记检测技术在蛋鸡种业创新中的应用,并详细阐述了高通量测序技术与分子遗传标记相结合在蛋鸡群体遗传多样性及进化分类、群体遗传图谱的构建和功能基因定位、数量性状形成的遗传机制解析和质量性状形成的遗传机制解析等4个方面的精准应用,以期为蛋鸡基因组选择进入实质应用阶段提供科学依据和指导。     

高通量测序技术及其在生物学中的应用

高通量测序技术是当今基因组学研究中最为重要的方法之一。基因测序技术经过几十年的发展,已经从第1代Sanger测序技术发展到第3代单分子测序技术。新兴的第3代测序技术虽有亮点,但仍有许多不完善的地方,因此,第2代高通量测序技术仍是基因组测序中最为常用的技术。高通量测序技术应用非常广泛。笔者对这3代测序技术的优缺点及其在生命科学中的应用进行了详细的阐述。     

DNA测序技术发展及其对动物科学研究的影响

基因组是生物遗传信息的集合,开展生物基因组遗传信息的研究工作,将极大促进生物学的发展,探索生命的奥秘。近年来,DNA测序技术得到了突飞猛进的发展,以第二代测序技术(Next generation sequencing)为依托的DNA序列读取技术,具有高通量、低成本的特点。第二代测序技术在动物科学中的运用,对于阐释和掌握动物生长发育、遗传变异、繁殖和消化代谢等生命规律发挥了重要的作用。随着测序技术的发展,第三代测序技术(单分子测序技术)全面应用,将进一步推动动物科学的飞速发展。     

高通量测序技术在鉴别影响猪产仔数QTL及候选基因中的应用

产仔数是反映猪场生产水平和经济效应的一个重要的指标,作为多基因控制、遗传力低的复杂经济性状,鉴别影响产仔数的基因位点,利用分子选育标记来提高猪的产仔性能倍受重视。随着重测序成本的不断降低,基因组学研究不断深入,以全基因组重测序、简化基因组测序和基于高通量测序技术获得的芯片技术已得到广泛应用。本文综述了通过高通量测序技术以及基于高通量测序的芯片技术研究影响猪产仔数性能的数量性状座位(quantitative trait loci,QTL)及候选基因的研究进展,为后期鉴别影响产仔数变异主效基因提供参考,为生产采用分子育种进行产仔选育提升提供分子标记信息。     

高通量测序技术的发展及其在畜禽上的应用

 高通量测序技术是测序技术发展历程中的一个里程碑,具有可一次同时对几十万甚至到几百万条DNA分子测序和一般的读长较短等功能。这些功能实现了对某种物种的基因组或转录组更深入细致的研究和分析,所以高通量测序技术也被称为深度测序技术或者下一代测序技术。论文主要针对高通量技术的种类、发展、应用以及在畜禽上的使用价值和前景进行介绍。     

高通量测序技术在兽医临床中的应用

高通量测序技术可一次同时测定几十万到几百万条核酸分子序列,在兽医临床上已被应用到畜禽疾病诊断、疾病监测、致病机理研究、耐药性分析等相关工作中.本综述结合应用实例对高通量测序技术在兽医临床的研究进展进行系统阐述,总结了高通量测序技术在兽医临床应用中的局限性和解决措施,并展望了高通量测序技术在兽医临床的应用前景.     

高通量测序技术在临床兽医学中的应用研究进展

高通量测序技术因其能够一次同时对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,是对传统Sanger测序革命性的改变,因此称为下一代或二代测序技术。随着第二代测序技术的迅猛发展,越来越多的学者也开始应用高通量测序技术来解决临床兽医学中的各类问题。文章从高通量测序技术发展现状简介、动物遗传育种与优良品种改进、基因筛选与基因调节机制、动物疾病预防与诊断、兽药筛选等方面对高通量测序技术在临床兽医学中的应用进行综述。     

单分子测序技术在畜禽科学研究中的应用

单分子测序也称为第三代测序，是近年发展起来的新一代测序技术。单分子测序代表性技术主要有PacificBiosciences公司的单分子实时测序和OxfordNanopore公司的单分子纳米孔测序技术。与第一代和第二代测序技术相比，新一代测序技术具有单分子测序、超长读长以及RNA也可直接测序等特点，为科学研究提供了更大的便利。本文概述了单分子测序技术的基本原理和特点，总结了其在畜禽遗传育种、畜禽病原微生物研究、有益微生物开发和畜禽产品检测中的应用现状，以期为单分子测序技术在畜禽科学中更广泛地应用提供参考。     

转录组测序技术在绒毛用羊中的应用研究进展

高通量转录组测序技术在绒毛用羊参考转录组信息的研究过程中发挥着越来越重要的作用。作者主要介绍采用二代高通量测序技术(以RNA-Seq为主),挖掘绒毛用羊产毛、产绒等重要功能性状的分子标记,重点分析新发现的山羊新基因及与绒毛用性能相关的候选标记,为调控绒毛生长的分子机制、相关基因表达调控网络及绒毛分子育种等工作的深入研究提供参考。     

测序技术的发展对瘤胃元基因组研究的影响

<正>2005年,454 Life Sciences公司首次开发了第二代测序技术——高通量测序技术,又称"下一代"测序技术,以一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志,同时还可对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌分析,又被称为深度测序[1]。相对于第一代的96道毛细管电泳测序仪,高通量设备具有更高的测序通量,根据各公司的高通量基因测序仪读取长度不同(25 bp到     

黄河上游区斑块化退化高寒草甸土壤线虫群落分布特征

土壤线虫是土壤循环重要的环节，对土壤生态系统具有重要影响。近年来，高通量测序技术因其分辨率和灵敏度高、测序范围广等优势，在线虫鉴定方面逐渐受到关注。目前关于高通量测序技术和形态学鉴定结果的一致性研究，仍比较欠缺。为了更好地比较两种分析方法，本研究同时采用形态学鉴定和高通量测序技术，对黄河上游区门源县不同斑块化退化高寒草甸土壤线虫群落组成和结构进行了测定和比较。结果表明两种分析方法在线虫群落丰度测定上具有显著差异，但在生物多样性的趋势的判断上差异不大。尽管高通量测序技术为快速洞察线虫多样性提供了有效的技术手段，但仍存在一些局限性导致其测定结果准确性、与形态学鉴定结果的一致性较差，通过高通量测序数据库的改进，可以进一步提高分子技术获取生态信息的准确性。     

第三代测序技术的方法原理及其在生物领域的应用

在自然界中,生物DNA的碱基序列包含着生物体中绝大多数的遗传信息,破译这些碱基序列就成了探索生命奥秘的至关重要的课题。随着第二代测序技术(Next-Generation Sequencing,NGS)的发展和应用,其弊端正在显现,而第三代单分子测序技术在一定程度上可以弥补NGS技术在应用中的一些不足。本文阐述了第三代单分子测序技术的2个测序原理,介绍其在基因组、转录组、表观遗传学等方面的应用现状,同时对其未来发展进行展望。     

RNA-seq技术在寄生虫研究中的应用

转录组测序(RNA-seq)是通过高通量测序方法全面快速的获悉特定组织或细胞的特定发育阶段或功能状态下所有RNA序列信息的技术。该技术以其准确和高通量等特征,被广泛应用于生物学、医学和农学等基础性研究。寄生虫在体外发育、感染入侵和体内繁殖等不同阶段,发生着一系列复杂的生物变化。采用RNA-seq技术筛选寄生虫发育、感染和繁殖等不同阶段的差异表达基因,阐明其功能,获悉寄生虫-宿主互作的分子调控机制等研究是目前的研究重点和热点。基于此,作者对RNA-seq技术在寄生虫研究中的应用作一综述。     

简化基因组测序在畜禽应用中的研究进展

简化基因组测序(reduced-representation genome sequencing, RRGS)是指利用生物信息学方法设计标记开发方案,富集特异性长度片段,应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。通过RRGS能够发现更多新的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,为研究控制畜禽生长发育、肉质调控、代谢调节基因及其遗传进化多样性提供重要基础分析数据。文章主要对RRGS中的限制性酶切位点相关DNA测序(restriction-site associated DNA,RAD-seq)、2b-RAD(ⅡB restriction-site associated DNA)、双酶切简化基因组测序(double digest RAD,ddRAD-seq)和基因分型测序(genotyping by sequencing, GBS)四种技术原理及在畜禽分子标记开发、遗传图谱构建和数量性状定位(QTL)方面的应用进行综述,旨在为简化基因组测序在畜禽育种研究中的应用提供基础资料。     

转录组学在牧草上的应用进展

牧草是发展草地畜牧业的重要基础。随着高通量测序技术的发展,转录组测序在牧草种质资源评价、重要性状形成机制以及优异基因资源挖掘、分子标记开发等方面已有较广泛的应用。本文从生长发育、生物胁迫适应机制、非生物(盐碱、极端温度、干旱、营养亏缺、重金属等)胁迫适应机理、逆境转录因子挖掘和分子标记筛选等方面对当前有关牧草转录组学研究进展进行综述并展望,以期为相关研究工作的开展提供参考。     

高通量测序技术应用于猪病检测的探讨

高通量测序技术以及全基因组深度测序技术的快速发展,加速了检测技术的更新步伐。文章对高通量测序技术的发展及在微生物检测领域应用进行综述,并对高通量测序技术检测猪病的实践应用进行了分析。     

深度测序技术在畜禽疫病诊断中的应用

下一代测序(NGS),也被称为深度、高通量或大规模并行测序,可一次同时测定几十万到几百万条核酸分子序列。在畜禽疫病中应用于复杂诊断和密集监测、病因学、基因组学、进化和流行病学,以及宿主-病原体相互作用和感染生物学等方面。本综述首先简要介绍了深度测序技术,并通过实例对深度测序在畜禽疫病诊断中的应用进展进行阐述,为今后的相关研究提供些许参考。     

基于高通量转录组测序的红花籽油对肥育猪肝脏差异表达基因的影响

18头肥育猪按饲粮均分为2组,添加红花籽油组和不添加油脂组(对照组)。试验期60d结束,全部屠宰,分别采集肝脏组织样品,进行高通量转录组测序,找出2处理组间的差异表达基因和差异代谢通路。利用Illumina HiSeqTM2500高通量RNA-seq测序技术对2组肥育猪肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与猪(Sscrofa10.2)参考基因组序列比对,找出差异表达基因,在Nr、GO和KEGG数据库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。结果显示,红花籽油组和对照组肝脏中差异表达基因共有1 114个,与对照组相比,红花籽油组表达上调的基因有579个,下调的基因有535个。GO功能分类注释到细胞组成、生物学过程和分子功能数据库中的差异表达基因分别有902,903,857个。注释到KEGG通路中差异表达基因414个,显著富集通路4个(P0.05)。