甜菜SSR扩增产物不同检测方法的比较研究

利用16对甜菜SSR引物对12个不同的甜菜品种进行扩增,分别采用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、3%的Metaphor琼脂糖电泳以及3%的普通琼脂糖电泳对SSR扩增产物进行检测,比较不同检测结果的差异性。结果表明,8%的非变性聚丙烯凝胶分辨细小条带的差异远高于3%的Metaphor琼脂糖和普通琼脂糖,而Metaphor琼脂糖的的分辨率高于普通琼脂糖,但对于条带较少的引物,三种凝胶未显现出差异;对于条带数较多的引物,如果条带比较集中,三种检测方法差异显著,如果条带比较分散,三种凝胶之间的差异较小。由于Metaphor琼脂糖价格偏高、胶软不易操作且分辨率低于聚丙烯酰胺凝胶,因此不建议使用。而8%的聚丙烯酰胺凝胶则适合于指纹图谱的构建以及遗传多样性分析等等,普通琼脂糖可以应用在品种纯度的鉴定。     

检测方法对甘蓝和大白菜品种RAPD标记鉴别多态性的影响

分析了琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳2种检测方法对甘蓝和大白菜品种RAPD标记鉴定多态性水平的影响.用12个随机引物扩增了14个甘蓝品种,琼脂糖凝胶电泳检测的结果为平均每个引物产生4.5条扩增带,其中1.5条具有多态性,多态性频率为33.3％.同时对产生条带最多的引物(S149)所扩增的产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,结果检测到了30条清晰可见的扩增带,其中19条具有多态性,为前者的6倍,可以完全鉴别14个甘蓝品种.用5个随机引物扩增了23个大白菜品种,用两种检测方法同时检测了扩增结果.结果表明,琼脂糖凝胶电泳检测的平均多态频率为30％,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测平均多态频率为61％,后者为前者的两倍.因此,在使用RAPD标记进行甘蓝和大白菜品种鉴别时,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测方法能大大提高检测效率.     

不同检测方法对甜菜ISSR引物多态性的影响

为了探讨不同检测方法对甜菜ISSR引物扩增效果的影响以及各方法的优缺点,笔者应用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和琼脂糖凝胶电泳两种检测方法对甜菜ISSR 引物扩增效果进行了检测。利用12个不同的甜菜品种,对10 个ISSR引物进行扩增,分别采用6%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、1%的琼脂糖凝胶电泳以及2%的琼脂糖凝胶电泳对ISSR-PCR的扩增产物进行分离。结果表明：6%的聚丙烯酰胺凝胶电泳无论是检测的总条带数还是多态性条带数均远高于琼脂糖凝胶电泳,且条带清晰,易于识别,而2%的琼脂糖凝胶电泳检测的条带数高于或等于1%的琼脂糖凝胶电泳,且条带更易于识别,因此,对于利用ISSR 引物进行QTL定位、指纹图谱构建以及遗传多样性分析时,推荐使用6%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,而对于种子纯度鉴定以及需要对ISSR扩增产物进行测序,则推荐使用2%的琼脂糖凝胶电泳。     

甜菜DAMD引物的筛选及不同凝胶系统对扩增产物多态性的影响

为了筛选适宜于甜菜品种纯度鉴定的DAMD引物,笔者利用12 个不同的甜菜品种分别对26 条DAMD引物进行扩增,并分别采用6%聚丙烯酰胺凝胶电泳和2%的琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行检测。结果表明,从26 条DAMD引物中筛选出16 条扩增清晰的引物,这16 条引物共扩增出139 条带,其中多态性条带为122 条,多态性百分比为87.7%,这16 条引物可以作为甜菜品种纯度和真实性鉴定的核心引物,同时发现聚丙烯酰胺凝胶电泳与琼脂糖凝胶电泳的检测结果差异不大,而琼脂糖凝胶具有制作方便、检测简单以及不使用任何有毒药剂等优点,推荐甜菜DAMD扩增产物的检测使用琼脂糖凝胶电泳。     

基于转录组SSR的三角梅遗传多样性分析

为揭示三角梅的遗传背景,本研究采用软件MicroSAtellite搜索其苞片转录组SSR位点,使用Primer Premier 5软件设计50对SSR引物,将筛选出的多态性引物用于55份三角梅材料的聚丙烯酰胺凝胶电泳,采用Popgene 32、PowerMarker V3.25和Structure V2.3.4等软件分析三角梅遗传多样性。结果显示,从50对SSR引物中筛选出25对条带清晰且多态性好的引物,25对SSR引物共检测到76个等位基因,平均每对引物有3个等位基因,平均有效等位基因数为2.30,引物多态性信息量(PIC)在0.01～0.66之间,均值为0.38。55个三角梅材料间的遗传距离为0.01～0.92,平均遗传距离为0.43;在遗传距离0.44处,聚类分析将55份材料分为3个群体。与印度三角梅栽培种比较而言,本实验研究的三角梅材料的遗传多样性水平不高,结果可为三角梅品种鉴定、保护及进化提供一定参考价值。     

应用毛细管电泳技术鉴定杂交稻豪两优729种子纯度

为提高种子纯度检测效率,选用两系杂交稻豪两优729及其亲本自交系63-8S、R729作为试验材料,采用SSR标记结合聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选出适用于鉴定豪两优729种子纯度的特异引物RM336。采用毛细管电泳检测技术鉴定了4个豪两优729分户样的纯度,与田间正季鉴定结果一致。分析比较了聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术和毛细管电泳检测技术,综合多方因素,建议在引物筛选阶段选择聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,在大量材料分析检测时,毛细管电泳检测技术的高效率优势不言而喻。     

利用RAPD和SSR分析36个贵州主要玉米种质的比较研究

利用RAPD和SSR两种标记方法研究了36个玉米自交系的遗传多样性,并对这两种分子标记系统进行了比较.利用筛选出的22条RAPD引物,检测到了148条有多态性的带;利用筛选出的34对SSR引物,检测到158个等位基因.RAPD和SSR分子标记均有很高的多态性,RAPD多态性带比例为95.95%,SSR位点检测出的平均等位基因数位4.65.RAPD分子标记结果将36个玉米自交系划分为6大类,SSR分子标记将其划分为5大类.与系谱分析基本一致,两种分子标记划分的结果也相似.研究认为,RAPD、SSR两种分子标记系统均适合于玉米种质的遗传多样性研究,但SSR更可取.     

猕猴桃属33份核心雄性种质SSR指纹图谱构建

通过对33份猕猴桃核心雄性种质材料进行指纹图谱构建及遗传多样性分析,可为猕猴桃品种鉴定及选育工作提供帮助,也为今后规范进行知识产权的保护提供科学的理论依据。从猕猴桃SSR数据库中选取100对SSR引物,利用遗传背景差异大的4份猕猴桃雄性种质材料进行筛选,选出14对扩增条带清晰、具高多态性且重复性好的引物,对本研究供试的33份猕猴桃核心雄性材料进行扩增,利用8%聚丙烯酰胺凝胶对PCR扩增产物进行检测。筛选得到的14对SSR引物共扩增出171条条带,其中含有163条多态性条带,占95.32%。最少可以通过5对高多态性SSR引物即能将33份猕猴桃雄性种质材料全部区分开。这5对SSR引物共扩增出83条条带,多态性条带82条,占98.80%,每个位点的等位基因为1~12个,平均每对引物为16.6个。通过对33份猕猴桃雄性种质资源进行鉴定,发掘出猕猴桃雄性种质优异标记位点UDK96-035、UDK96-053、UDK96-040、Thr801、For13,可为后续相关研究提供坚实的理论基础。     

巴西、印度玉米材料新选自交系的遗传多样性研究

利用SSR分子标记技术,选用均匀覆盖玉米基因组的32对带型稳定、多态性好的引物,研究了33份巴西、印度玉米材料新选的自交系和6份国内标准测验种的遗传多样性.结果表明,32对引物总共检测到147个等位基因;每对引物检测到的基因位点变化范围为3～8个,平均为4.59个;每个SSR标记位点的多态信息量(PIC)变化幅度为0.546 4～0.862 4,平均为0.732 6;39份自交系间的遗传相似系数幅度为0.156 2～0.843 7,平均值为0.517 7.按UPGMA聚类方法,39份自交系可以划分为6大类型,与已知系谱来源基本一致.初步划分了杂种优势群.     

基于白木香转录组的SSR序列特征分析

为探究白木香的简单重复序列特征,开发SSR分子标记用于白木香种质资源的遗传分化和分子鉴定,本研究鉴定了白木香转录组unigene序列的SSR位点,对其SSR的分布及序列特征进行统计分析,进而设计SSR引物,并验证其SSR引物的多态性。结果表明,在128 712条unigene中共鉴定到9 362个SSR位点,分布频率为7.27%。SSR序列中双碱基重复序列最多,占总SSR的54.90%;白木香双碱基重复序列以AG/CT、AC/GT为主,占34.22%。SSR位点重复次数主要集中在5～11次,占总SSR位点数的96.56%,其中三碱基重复5次的SSR位点数最多,共有1 925个。设计并合成50对引物,其中35对引物可扩增出预期大小条带,扩增效率达到70%。以24个不同白木香个体对35对引物进行扩增,采用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测SSR引物多态性,表明SSR引物具有多态性。研究表明,白木香转录组SSR重复基元类型丰富,分布密度高,多态性高,可用于白木香资源的遗传多样性评价、遗传分化、种质鉴定和分子育种等后续研究。     

玉米自交系遗传关系的SSR标记分析

选用系谱明确的和系谱来源复杂的38个玉米自交系为材料,在玉米基因组上均匀选取62个SSR引物进行遗传关系分析：(ⅰ)分析SSR引物在这些自交系中的差异程度;(ⅱ)进行自交系的类群划分;(ⅲ) 明确SSR标记在不同来源类型玉米自交系的类群划分和遗传关系分析上的应用价值。62对SSR引物共检测到238个等位基因变异,平均每个位点的等位基因数4.08个,平均多态性信息量(PIC)0.612,平均标记索引系数(MI)2.58,三个指标对标记多态性的分析不完全一致。UPGMA聚类分析将38个玉米自交系分为瑞德、旅大红骨、塘四平头、兰卡斯特、P1、P2和热带素湾7个类群,划群结果与系谱基本吻合,同时对系谱来源复杂的自交系进行分析,明确了它们的归属。     

山东省玉米骨干自交系和杂交种的SSR指纹图谱构建

构建骨干品种（系）指纹图谱,可为新品种的审定和品种保护建立准确可靠的依据,也是适应玉米育种快速发展的需要。分别利用74对SSR引物对35份骨干自交系和19份主栽杂交种进行了SSR分析。筛选出10对和20对适于玉米自交系和杂交种分析的核心引物,分别检测出115和124个等位变异,将扩增条带数字化,构建了自交系和杂交种的指纹图谱,出现相同指纹图谱的概率分别为3.13×10-11和5.59×10-25。构建的指纹图谱用于玉米品种鉴定是可行的,对玉米新品种审定和品种权保护具有重要意义。     

四川省常用玉米自交系SSR遗传多样性分析

利用SSR标记研究了33个玉米自交系的遗传变异,初步进行了杂种优势群划分,从85对SSR引物中筛选出72对扩增产物具有稳定多态性的引物。72对引物在供试材料中共检测出289个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均4．01个,每个位点的多态性信息量(PIC)变化于0．277～0．792之间,平均为0．599。33个自交系之间的遗传相似系数变化范围为0．5866—0．9247,平均为0．7056。UPGMA聚类分析结果表明,33个供试自交系划分为4大类,其中第1类又分为6个亚类,分类结果与系谱来源基本一致,而且类间平均遗传相似系数均小于类内平均遗传相似系数,表明分类是合理的;同时生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的大类或亚类;研究表明SSR标记可以进行玉米自交系遗传多样性分析,并用于杂种优势群的划分。本研究还筛选出14对不仅带型稳定、重复性好,而且PIC值较高的引物组成核心引物,可以对供试材料进行初步分析,并认为选用大约50对以上扩增产物稳定、多态性高的引物,对供试材料进行分析就可获得较可靠的划类结果。     

百棉系列棉花自交系品种（系）SSR指纹图谱构建

 利用20对SSR核心引物构建了百棉系列棉花自交系品种（系）的DNA指纹图谱。20对引物分属棉花15条染色体,共检测到116个等位基因,平均5.8个;PIC值和MI值分别平均为0.718和4.384。引物组合NAU1028/NAU5104、NAU4903/NAU3110/NAU1043、NAU0905/NAU1255、NAU3839/NAU4024、NAU5104/NA U4024、NAU2121/NAU5104和NAU1043/NAU3254/NAU4024可分别将百棉1号、百棉2号、百棉13号、百棉5号、百棉011、百棉19号和百棉985与其他所有材料区分开。构建了百棉系列棉花自交系品种（系）的SSR数字指纹代码。对棉花指纹图谱构建的供试材料和核心引物进行了分析和讨论。     

基于SSR分子标记的玉米自交系遗传多样性分析

了解新选育自交系遗传背景,确定其所属的杂种优势群,是组配杂交组合,选育新的杂交种的关键措施。此研究利用SSR标记技术分析了46份玉米自交系的遗传多样性,结果表明：12对稳定的SSR引物共检测出45个等位基因变异,每个SSR的多态性信息量（PIC）的变幅为0.31~0.76,平均为0.57,显示了较高的多态性。聚类分析显示46个玉米自交系可划分为5个类群,每一类群内所包含的自交系与系谱分析的结果基本一致。研究结果还表明,快捷、准确鉴定种质资源亲缘关系的SSR分子标记技术可以广泛应用于育种实践,提高玉米优势组合选配的效率。     

甘肃部分玉米自交系SSR遗传多样性分析

分析甘肃省部分骨干玉米自交系的遗传多样性并划分群体结构。利用全自动DNA分析仪荧光SSR-PCR技术和66 对核心SSR引物研究了148 份玉米(Zea mays L.)自交系的遗传多样性,并分别使用模型结构聚类和遗传距离聚类法进行群体结构分析。在148 份自交系中,66 对SSR标记共检出279 个等位变异,每对引物检测到等位基因2~8 个,平均4.2273 个。多态性信息量(PIC)和标记指数(MI)的平均值分别为0.4879 和2.1808。模型结构聚类将148 份自交系分为SS 群和NSS群;遗传距离聚类分为5 个类群,根据常规测验种自交系可将5 个类群归并为SS 群和NSS群。2 种聚类方法所得结果与材料的系谱信息基本一致。甘肃省部分玉米自交系在育种实践中正在向2 个相对独立的优势类群转化,2 个类群之间的遗传多样性水平存在一定的差异。     

3个玉米杂交种和亲本SSR指纹图谱的构建

以3个云南省大面积推广的玉米杂交种及其亲本为试材,从96对SSR引物中筛选出24对引物,这些引物分布在玉米基因组的10条染色体上,每对引物可以检测到1～6个数目不等的多态性片段(allele),共97个多态性片段,平均为4.04个,片段大小介于85～300 bp之间.在比较分析各试材图谱的基础上,探讨了构建品种指纹图谱的统计学方法,建立了适     

利用SSR标记划分糯玉米的杂种优势群

利用SSR标记研究了30份糯玉米(Zea mays ceratinaKulesh)自交系的遗传变异。用21对扩增带型稳定的引物,从供试材料中检测出101个等位基因变异,每对引物检测等位基因2~10个,平均4.81个,平均多态性信息量0.60。经遗传多样性和聚类分析把供试糯玉米自交系划分为6个类群。