一株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒的全基因组序列分析

为监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的基因变异情况,采用RT-PCR方法对某猪场疑似患有猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的猪组织样品进行鉴定,测序获得全基因,并对该毒株的NSP2基因缺失特征同源性和遗传进化及重组情况进行分析。结果显示:该猪场感染猪体的病原体为PRRSV,该毒株被命名为180404-2fei;180404-2fei毒株的NSP2区存在131(111+1+19)个氨基酸的不连续缺失,与报道的类NADC30毒株缺失特征一致;180404-2fei的NSP2基因与NADC30毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为92.2%和90.1%,180404-2fei毒株的ORF5基因与NADC30的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.5%和92.0%;遗传进化和重组分析结果表明,180404-2fei毒株属于NADC30-Like亚群,可能是由NADC30与HP-PRRSV重组而来。本研究通过对一株类NADC30 PRRSV的全基因组序列进行分析,为研究PRRSV的遗传变异和PRRS的防控提供了参考依据。     

河北省猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传变异分析

为了解河北省猪群中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况及毒株遗传变异趋势,应用RTPCR方法,对河北省10个地区的18个发病猪场进行调查,分别扩增出23株缺失部分NSP2基因和完整ORF5基因的毒株。序列分析结果显示,23株PRRSV NSP2基因均缺失了不连续的30个氨基酸,从而证实河北省存在美洲型PRRSV变异株的流行。23株PRRSV ORF5核苷酸序列与国内外已发表的基因序列绘制的遗传进化树表明:20个毒株与JXA1形成一个基因亚群;而另3个毒株与NADC30毒株形成一个基因亚群,并且变异最大,是以后的主要临床研究对象。推导编码氨基酸的比较结果表明,河北省流行的PRRSV毒株ORF5基因编码蛋白已发生较大变异,需在今后临床诊断与疫苗防控中引起重视。     

2013年-2014年江西地区PRRSV分离株NSP2及ORF5基因的遗传变异分析

为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。     

2013年-2014年江西地区PRRSV分离株NSP2及ORF5基因的遗传变异分析

为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。     

鼠作为猪繁殖与呼吸综合征病毒媒介动物的基本特性

为了解家鼠在PRRSV传播中的特点和作用，进而初步评估环境生物传播PRRSV的潜在风险。捕捉猪场家鼠，收集鼠肠道粪便，提取RNA后采用RT-PCR技术扩增PRRSV的NSP2、ORF5、NSP9、NSP10基因，然后与来源于同一猪场猪源PRRSV以及其他PRRSV代表株相应的基因进行生物学信息比较，并结合Swiss-Model和ProtScale等软件对其中主要差异基因编码蛋白的三维结构及理化特点做进一步分析。结果显示，鼠肠道粪便中的PRRSV NSP2、ORF5、NSP9和NSP10基因与来源同一猪场感染猪样本中相应的PRRSV基因同属于美洲型毒株，且与高致病性PRRSV GD株亲缘关系最近，但鼠源和猪源PRRSV的NSP2、ORF5、NSP9、NSP10之间有多个氨基酸的替换和缺失。尤其是主要差异基因NSP10所编码的NSP10蛋白，三维结构分析结果显示二者具有较高的相似性，主要由疏水性氨基酸组成，但它们的无规则卷曲区和腺苷三磷酸酶结构域的ATP结合位点在氨基酸组成存在差异。研究表明鼠肠道粪便中PRRSV NSP9、NSP10、NSP2和ORF5基因和来源于同一猪场感染猪样本中的P...     

猪繁殖与呼吸综合征的血清学调查与病原核酸检测

为了解贵州省猪群中猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的流行情况,并对临床发生的疑似PRRS疫情作出确定性诊断,本试验采用PRRS酶联免疫诊断试剂盒对非免疫猪群和免疫猪群的1 254头份血清样本进行抗体检测,采用RT-PCR方法对疑似病例样本进行鉴定。结果显示,非免疫健康猪群PRRS抗体阳性率为5.90%;发病猪群阳性率为29.16%;免疫猪群抗体阳性率为59.45%;利用针对PRRSV GP5基因的引物对疑似病例样本进行了PCR扩增,将所得序列与GenBank收录的7株PRRSV GP5基因的核苷酸及氨基酸序列比较分析,结果与欧洲株(LV)的同源性分别为50.0%和46.7%,与美洲株(VR2332)的同源性分别为88.7%和89.9%,而与国内其它毒株的同源性为93.9%~99.1%和91.5%~99.5%;系统进化分析显示贵州分离株均为美洲型。PRRSV Nsp2变异毒株特异性PCR诊断试剂盒鉴定结果显示,疑似病例样本均扩增出特异性条带,表明流行在贵州省猪群中的PRRSV毒株均为变异毒株。     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒云南株的分离鉴定及遗传变异分析

2018年云南省边境地区某猪场猪群出现高热等症状,部分猪只死亡。为确认发病原因,采集死亡猪只肺脏组织样品进行猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) RT-PCR检测,然后将阳性样品接种Marc-145细胞,连续传代3次后发现产生稳定的细胞病变效应(CPE)。经间接免疫荧光试验(IFA)、毒价测定及病毒全基因组测序,最终确定病原为PRRSV,将其命名为YNML-2018株,毒价测定为10^-4.88 TCID₅₀/0.1 mL。全基因组序列分析显示,YNML-2018毒株基因组全长15 357 bp,包含8个开放阅读框(ORF),其中非结构蛋白2编码基因(NSP2)缺失90个碱基。病毒全基因组遗传进化分析显示,该毒株序列与国内分离的高致病性PRRSV同源性为95.3%～99.3%;其NSP2高变区序列与国内分离的高致病性PRRSV同源性为92.1%～97.8%;结构蛋白GP3、GP5氨基酸序列与国内分离的高致病性PRRSV毒株同源性分别为84.3%～99.6%和83.1%～99.0%。结果表明,YNML-2018株与近年来我国PRRSV流行株相比存...     

突发高热病猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒的检出及变异分析

某猪场突发猪高热病后,为确切诊断和弄清病原,采用Marc-145细胞分离病料中的病原,并通过血清中和试验、血凝试验、RT-PCR检测和变异毒株鉴定等方法进行病原鉴定,以及对其ORF7基因和NSP2部分基因开展序列分析。结果表明:从该猪场分离到了1株可使Marc-145细胞产生病变的病毒,其能与美洲型抗PRRSV血清特异性中和,而不与鸡红细胞凝集;RT-PCR检测扩增出了ORF7基因及NSP2部分基因片段;该病毒ORF7基因与PRRSV美洲型毒株VR2332的同源性为93.3%~99.5%,其系统进化树显示它们属同一个大分支;而NSP2基因编码蛋白序列与美洲型毒株VR2332及早期国内分离株比较存在30个氨基酸的缺失。结果说明该猪场高热病病原为高致病性PRRSV变异毒株,且与自2006年以来国内分离的高致病性PRRSV高度同源。     

仔猪圆环病毒2型与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒混合感染的诊断与病毒变异分析

2010年,山东某规模化猪场2月龄仔猪群暴发未知疫病,发病率在80%以上、死亡率在50%以上。结合临床症状、剖检病变,以及PCR或RT-PCR检测,证实该猪场发生PCV-2与高致病性PRRSV混合感染。并且细菌病排查证实还混合感染了猪肺疫。通过对感染的PCV-2ORF2基因、PRRSV Nsp2基因部分序列进行分析显示,PCV-2毒株进化来源差异较大,毒株间核苷酸序列同源性仅为94.2%,但均属于2b基因型,在我国均广泛流行;高致病性PRRSV毒株序列同源性在99.7%以上,说明毒株进化来源同一,并且与近期报道毒株序列的同源性在99%以上,而与2006年分离毒株的序列同源性在95.8%～97.2%之间。以上结果表明,该猪场感染了不同进化来源的PCV-2,所感染的高致病性PRRSV高度同源,但相比2006年报道毒株已经发生一定程度的变异。     

山东省猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株GP5基因遗传变异分析

为了解山东省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的分子特征,收集临床发病猪群肺脏样品31份,应用RT-PCR方法检测其遗传变异情况。结果表明,25份肺脏样品检测呈阳性(阳性率80.6%),分离获得16个毒株。通过对分离株GP5基因序列进行分析,表明16株PRRSV均为美洲型,分布于4个基因亚型,其中7株PRRSV与高致病性PRRSV处于同一分枝,同源性介于78.2%~99.2%,6株PRRSV与NADC30毒株处于同一分枝,同源性介于85.0%~95.8%间。因此,山东省PRRSV流行毒株呈现基因多样化,在该病防控中应加强新变异株监测,加强猪场生物安全措施与病毒净化。     

广西“猪高热综合征”主要病原调查及PRRSVNsp2基因变异分析

收集广西境内39个市(县)137个不同规模猪场及农村散养户146份病料,经检测发现广西"猪高热综合征"主要病原以PRRSV变异株(NSP2基因缺失)为主,检出率高达59.59%,其次为PCA占41.78%,CSFV占4041%,SIV占10.27%,PRV、HPS均占2.05%.将来自广西不同地区的15株PRRSV变异株(包括1株经典株)与国内外参考毒株部分Nsp2序列进行同源性比较,结果发现广西PRRSV变异株Nsp2序列之间同源性为83.3%～100%,与国内其他变异株同源性为83.2%～98.6%.这些毒株与国内其他变异株有完全一致的缺失特征.广西PRRSV变异株可分为2个亚群,亚群Ⅰ主要以桂西北地区毒株组成,亚群Ⅱ主要以桂东南地区毒株组成.所有的广西PRRSV流行株与国内其他毒株一样均属于美洲型.调查结果显示,广西"猪高热综合征"主要病原PRRSV变异株与PCV、CSFV等其他病原菌混合感染十分严重.其中,二重感染、三重感染分别高达42.53%和22.99%.     

我国华东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒流行株NSP2基因的遗传变异分析

为研究猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)在我国华东地区的遗传变异情况和发展趋势,本研究对2004年～2009年分离鉴定的38株PRRSV流行株NSP2基因高变异区进行序列测定及分析.38株PRRSV分离株核苷酸同源性为71.6%～99.6%,推导的氨基酸同源性为63.7%～98.3%,共分为5种基因缺失类型.系统进化分析表明:38个分离株按基因序列可分为NSP2基因亚型Ⅰ和Ⅱ,其中,28株属于NSP2基因亚型Ⅰ,各病毒株均具有至少30个氨基酸的缺失,基因同源性为92.9%～99.2%;10株属于NSP2基因亚型Ⅱ,均具有1个或不具有氨基酸的缺失,基因同源性为76.5%～99.6%.流行株显示由基因亚型Ⅱ逐渐向基因亚型Ⅰ变异的趋势,并且NSP2核苷酸的缺失数量呈上升趋势.由此显示,我国PRRSV流行株NSP2基因变异较大,并不断出现新的变化,因此,加强PRRSV流行株基因变异的监测十分必要.     

广西三个猪繁殖与呼吸综合征病毒GP5及NSP2基因的克隆与分析

本研究对从广西某猪场采集3份疑似感染猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的病料进行RT-PCR鉴定、GP5基因及NSP2部分基因测序分析。结果显示,从3份病例样品中扩增得到PRRSV GP5全基因和NSP2部分基因片段,并对其进行测序分析,3株PRRSV毒株均与参考毒株JXA1存在高度的亲缘关系,与PRRSV美洲经典VR-2 332株不同,其NSP2蛋白不连续缺失30个氨基酸为HP-PRRSV毒株的典型特征,这与国内其他变异株的缺失情况一致。从遗传进化角度分析,本研究得到的毒株与JXA1及TJ毒株具有相似来源。     

2012―2013年猪繁殖与呼吸综合征病毒河南流行株的分离鉴定及分子流行病学调查

为了解河南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）流行毒株的遗传变异情况和发展趋势。通过RT-PCR方法,对2012―2013年采自河南省各地疑似病料进行PRRSV检测,并对阳性病料进行病毒分离鉴定及分子流行病学分析。结果显示：54份疑似病料中17份检测为阳性,阳性率为31.5%,并分离出3株PRRSV;通过完整的ORF5基因和部分NSP2基因序列遗传进化分析表明,河南地区流行毒株主要为美洲型PRRSV,且17份阳性样品中10份与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒（HP-PRRSV）高度同源、2份与经典PRRSV高度同源、另外5份与美洲流行毒株NADC30高度同源,该类毒株的NSP2基因在不同部位存在393个核苷酸缺失,国内尚未见相关报道。结果表明,2012―2013年河南地区PRRSV主要流行毒株为HP-PRRSV,同时出现了新的变异毒株,使河南地区乃至我国PRRSV变异种类更加多样化,提示加强PRRSV流行及变异的监测十分必要。     

猪PRRSV和PCV2混合感染的诊断及全基因组遗传进化分析

为查明某猪场病猪的死亡原因，对该场的典型病死猪进行病理剖检，无菌采集肺脏、肾脏、脾脏和淋巴结病料，提取核酸，进行荧光定量PCR检测和高通量测序，最后确诊该猪场的发病原因为PRRSV和PCV2的混合感染。对PRRSV和PCV2全基因组进行遗传进化分析，发现检测到的PRRSV属于VR2332-like亚群，与国内外26株参考毒株的核苷酸同源性为61.7%～99.8%;PCV2属于PCV2d基因型，与国内外31株参考毒株的同源性为54.7%～99.7%。     

甘肃省猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株ORF5基因的遗传变异分析

为了解甘肃省地方猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)的感染情况，对2015-2020年采集的20个猪场332份疑似PRRSV感染猪的样品，首先进行血清学检测，然后通过RT-PCR方法开展病原检测，扩增PRRSV的ORF5基因；测序后利用DNA Star软件分析获得的ORF5基因及其编码的GP5氨基酸与国内外不同PRRSV毒株的遗传进化关系。血清学检测结果阳性率为93.07%,扩增获得的PRRSV ORF5基因，经核苷酸序列比对属于PRRSV美洲型，有NADC30-like毒株和NADC34 like毒株。结果表明，当前PRRSV不同流行毒株存在一定的遗传差异，为甘肃省PRRS防控提供了科学依据。     

一株猪繁殖与呼吸综合征病毒野毒株的基因序列分析

为了解福建省福州市的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行病学情况,对从一例猪繁殖与呼吸综合征临床疑似病例中分离的PRRSV,特异性扩增了其ORF3、ORF5、NSP2片段,然后进行基因测序和分析。结果表明:该毒株NSP2编码区、ORF3基因、ORF_5基因与国内流行的PRRSV变异株核苷酸同源性分别在94.9%~97.7%、95.2%~97.7%和96.1%~96.7%。由此推断,该株由国内流行的变异毒株演化而来。     

豫南地区部分猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒检测及ORF5遗传变异分析

为了解豫南地区猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行情况和流行毒株基因的遗传变异规律,本研究对2013年~2014年豫南地区部分发病猪场进行PRRSV检测,同时对分离株ORF5基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序,并将其进行序列比对和遗传进化分析。结果表明:本研究检测的275份病料中,检测阳性样本为86份,阳性率为31.3%;测序的13株流行毒株,遗传关系上均属于美洲株;与VR2332毒株序列比对,13株分离株糖基化位点和抗原表位都有不同程度的变异;另外,遗传进化树分析表明,13株分离株中12株与2006年中国高致病PRRSV代表毒株JXA1同属一个亚群,1株与HB-1(sh)/2002毒株同源性较高,表明目前豫南地区以高致病性PRRSV毒株流行为主,同时还有少部分过渡性毒株存在。研究结果为豫南地区PRRS的防治及新型疫苗的研制提供了依据。     

福建省某规模化猪场种公猪精液PRRSV检测及ORF7基因序列分析

为了解福建省某规模化猪场种公猪猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和流行特点。按照10%比例随机采集该场种公猪精液样本17份,通过RT-PCR方法对其进行PRRSV检测及ORF 7基因序列分析。结果表明,9份精液PRRSV呈阳性,样品阳性率为52.7%;遗传进化树分析表明,该猪场PRRSV ORF 7基因与QYYZ、GM2、FJFS等谱系3毒株亲缘关系较近,处于同一进化分支,而与VR2332、CH-1a、NADC30、JXA1和HuN4等亲缘关系较远,处于不同的进化分支,表明该毒株为近期新流行的谱系3的毒株。     

2016年-2017年四川省部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学调查

为了解近年来四川省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异和分子流行病学情况,通过RT-PCR方法,对四川省各地疑似病料进行PRRSV检测,确定获得阳性样本基因型和对GP5基因遗传进化进行分析.结果显示,149份疑似病料中经ORF7片段检测33份为阳性,阳性率为22.15%(95%CI:15.8%~29.7%);通过对NSP2片段的检测,其中有9份为PRRSV高致病性毒株(HP-PRRSV)、5份为PRRSV经典毒株、8份为PRRSV NADC-30样毒株;通过对GP5基因进行扩增和序列测定,得到11株部分的GP5基因序列数据,所获序列与已报道对应核苷酸序列同源性为60.4%~99.8%,推导的氨基酸序列的同源性为74.3%~100%.结果表明,近两年四川地区PRRSV主要流行毒株为HP-PRRSV,同时新的变异毒株NADC30的流行呈上升趋势.四川地区乃至国内各地区的PRRSV基因在逐渐变异,且毒株的流行趋势在转变,提示应加强对PRRSV流行及变异的监测.