烟草内生细菌多样性研究

为了揭示烟草内生细菌多样性,选择K326、云85 和红花大金元3 个烤烟品种进行内生细菌的 分离和16S rDNA 序列分析鉴定,获得不同品种烟草内生细菌的多样性特征。结果显示,27 株内生细菌分 别属于枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis（33%）、蕈状芽孢杆菌Bacillus mycoides（4%）、芽孢杆菌属Bacillus sp.（11%）、肠杆菌属Enterobacter sp.（4%）、寡养单胞菌Stenotrophomonas sp.（4%）、热带根瘤菌Rhizobium tropici（4%）、假单胞菌属Pseudomonas sp.（4%）、土地芽孢杆菌属Terribacillus sp.（4%）,芽孢杆菌属 Bacillus sp. 为优势细菌类群。3 个品种的 Shannon index（H′）以K326 最高、为2.02,其次是云85、为1.48,红 花大金元最低、为1.3。     

基于PCR-DGGE和16S rDNA克隆技术研究土壤细菌多样性的实验技术

PCR-DGGE是测定土壤微生物多样性常用的技术手段之一,但是提供的微生物多样性信息不够完整,如果与16S rDNA克隆技术相结合,微生物多样性信息更加丰富。 PCR-DGGE和16S rDNA克隆实验技术复杂,许多新手没有成熟可靠的经验可借鉴。以土壤细菌多样性研究方法为例,分别从 DNA 提取与纯化、PCR扩增、DGGE、胶片染色技巧以及16S rDNA 克隆技术等环节进行技术体系构建,可供利用该技术的研究人员参考。     

传统分离培养结合PCR-DGGE法分析盐水鸭中的细菌多样性

采用传统分离培养和PCR-DGGE方法,对盐水鸭贮藏初期的细菌多样性进行了分析。结果表明,由传统分离与分子鉴定方法获得3个属的细菌类群,其中Staphylococci saprophyticus、Macrococcus caseolyticus、Weissella pa-ramesenteroides和Weissella confusa为优势菌群。对通过PCR-DGGE方法得到的条带序列进行测序和序列分析,发现Staphylococci saprophyticus、Macrococcus caseolyticus、Weissella sp.、Halomonas sp.或Cobetia sp.是盐水鸭中的优势菌群。传统分离培养与PCR-DGGE方法获得的结果相互结合,从而更有效地确定了盐水鸭贮藏初期的细菌组成,为盐水鸭的生物保鲜提供了理论基础。     

基于16S rDNA基因文库的黄河三角洲盐生植被土壤细菌群落多样性研究

[目的]研究黄河三角洲光板地及2种盐生植被(獐茅和罗布麻)下土壤细菌群落结构多样性,探究其与植被演替的关系.[方法]采用细菌16S rDNA基因文库方法,各文库挑选200个阳性克隆子进行测定.[结果]光板地、獐茅和罗布麻3个文库中分别得到121、150、155条有效序列.獐茅土壤细菌的Shannon指数和ACE指数最高.土壤中检测到变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacte-roidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)等共8门.变形菌门在光板地、獐茅土壤和罗布麻土壤中的相对丰度分别为37.45％、51.09％、37.11％,拟杆菌门分别为33.02％、3.03％、4.47％,其他细菌相对丰度均较低.[结论]3种覆被类型下土壤细菌在种群组成与分布上差异明显,变形菌为优势菌群.当盐生植被处于不同演替阶段时,土壤细菌群落结构差别较大.     

广西柑橘黄龙病植株韧皮部内生细菌多样性分析

【目的】对柑橘健康植株和感染黄龙病植株的韧皮部内生细菌的多样性进行比较分析,为研究柑橘植株韧皮部内生细菌与黄龙病菌之间的相互关系奠定基础。【方法】采用常规分离培养与分子鉴定的方法和基于16S rDNA基因的限制性酶切长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分析的方法。【结果】用常规分离与分子鉴定方法获得10个属细菌类群,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)为无症健株的优势菌群;微杆菌属(Microbacterium sp.)、芽孢杆菌属、假单胞菌属和考克氏菌属.为黄龙病罹病植株的优势菌群。PCR-RFLP方法得到29种酶切图谱,共鉴定出10属可培养细菌以及11种不可培养细菌。健株与病株中Dyella sp.、Pseudomonas sp.、Serratia sp.和未培养细菌所占比例均大于5%。柑橘健株与病株中细菌的种群密度和菌群种类存在明显差异。【结论】研究结果表明柑橘健株和病株韧皮部组织中的内生细菌优势菌群存在明显差异,而伴生细菌的优势菌群与黄龙病菌的相互关系正在深入分析研究。     

基于宏基因组学的茅台酒酒曲细菌的多样性分析

为了解茅台酒酒曲微生物的菌群组成结构,为其制曲工艺的稳定及质量评估提供理论依据,利用宏基因组学方法分别提取2011—2013年的茅台酒酒曲微生物总基因组 DNA,经 PCR 扩增16S rDNA V4区构建文库并测序,进行茅台酒酒曲细菌群落多样性的研究。结果表明：茅台酒酒曲微生物群落构成较稳定,主要分布于γ-变形菌纲（50％以上）和芽孢杆菌纲（30％以上）,分属于魏斯氏菌属、片球菌属、明串球菌属、糖多孢菌属、欧文氏菌属、真丝菌属、短状杆菌属、鞘氨醇杆菌属、醋酸杆菌属、糖单孢菌属、盐单胞菌属和德库菌属;各年茅台酒酒曲细菌群落结构差异不大。     

烟草秸秆还田对土壤细菌多样性的影响

为了进一步验证烟草秸秆还田对土壤细菌多样性的影响,利用Mi Seq平台对烟草秸秆未还田(no Tobacco Stalk Returning,n TSR)、1倍烟草秸秆还田(TSR1)和2倍烟草秸秆还田(TSR2)土壤的16S r DNA V3+V4区进行了测序分析。n TSR、TSR1和TSR2的Total Tags数目分别为41949、54761和60063,其OTUs(Operational Taxonomic Units)数目分别为1193、1275和1298。TSR1、TSR2丰度排名前35个属的物种丰度和丰度排名前10个属的OTUs丰度聚在一起,与n TSR有较为明显的区别。TSR1、TSR2的OTU(97%)、OTU(95%)、Chao1(97%)、Chao1(95%)、Shannon(97%)和Shannon(95%)指数均高于n TSR的。另外,n TSR与TSR1、TSR2之间的基于Weighted Unifrac距离和Unweighted Unifrac距离的UPGMA聚类有明显差别。因此,TSR1、TSR2土壤细菌多样性高于n TSR的,而TSR1和TSR2土壤细菌多样性无明显差异。     

烟草秸秆还田对土壤细菌多样性的影响

为了进一步验证烟草秸秆还田对土壤细菌多样性的影响,利用Mi Seq平台对烟草秸秆未还田(no Tobacco Stalk Returning,n TSR)、1倍烟草秸秆还田(TSR1)和2倍烟草秸秆还田(TSR2)土壤的16S r DNA V3+V4区进行了测序分析。n TSR、TSR1和TSR2的Total Tags数目分别为41949、54761和60063,其OTUs(Operational Taxonomic Units)数目分别为1193、1275和1298。TSR1、TSR2丰度排名前35个属的物种丰度和丰度排名前10个属的OTUs丰度聚在一起,与n TSR有较为明显的区别。TSR1、TSR2的OTU(97%)、OTU(95%)、Chao1(97%)、Chao1(95%)、Shannon(97%)和Shannon(95%)指数均高于n TSR的。另外,n TSR与TSR1、TSR2之间的基于Weighted Unifrac距离和Unweighted Unifrac距离的UPGMA聚类有明显差别。因此,TSR1、TSR2土壤细菌多样性高于n TSR的,而TSR1和TSR2土壤细菌多样性无明显差异。     

猪粪堆肥升温期细菌分子生态学研究

为了探明猪粪堆肥升温期的细菌多样性和堆肥过程中由"梯度效应"导致的细菌空间分布差异,采集了堆体上、中、下3层的堆肥样品,对其进行了16S rDNA序列和PCR-DGGE分析。序列分析结果表明:从3层样品中获得的121条16S rDNA序列,其中的113条与GenBank数据库中已知菌的16S rDNA序列表现出了同源性,且大多数与梭菌属有较近的亲缘关系,7条序列与已知菌的序列无任何相似性。上层样品中Shigellasp.、Acinetobactersp.和Clostridiumsp.占优势;中层样品中Clostridiumsp.占绝对优势;下层样品中Clostridiumsp.和Lactobacillussp.占优势。PCR-DGGE结果显示:3层堆肥样品都具有较丰富的微生物种群多样性,同时存在着明显的优势种群结构变化,中层多样性最为丰富。     

应用DGGE技术分析自然免耕土与普通耕作土细菌群落的多样性

为探明免耕土壤与普通耕作土壤环境中细菌群落的多样性,获取相关优势菌落信息,该研究利用宏基因组学方法获得免耕土和普通耕作土样品总DNA,利用PCR获得16SrDNAV3片段,并进行变性梯度凝胶电泳(Denaturation gradient gel electrophoresis),通过微生物种群丰富度比较两样品中群落的丰富性,同时选取相关DNA条带进行克隆、测序和生物信息学分析.结果显示:免耕土壤中细菌群落多样性更加丰富;两类型土壤样品间细菌群落组成具有显著差异,证明耕作制度影响了土壤细菌群落结构.BLAST分析与系统发生分析结果表明,免耕土壤中特异存在的细菌群落与具有生物固氮、降解甲苯和倍硫磷等特性的细菌序列相似性较高或进化关系较近,推测其在免耕土壤肥力、有毒物质降解及有机质转变等过程中起作用.     

不同贮藏条件下羊肉菌群多样性分析

为了解不同温度下贮藏羊肉细菌群落结构,明确温度条件对羊肉细菌多样性的影响,本试验利用高通量测序技术,分析冷藏(0±4)℃和冰温(-1.2±1)℃贮藏条件下羊肉菌群的多样性变化。结果表明,14个样品共获得优质序列591 754条,在6个分类学水平上共获得17 306个分类操作单元(OUT);不同贮藏条件下,羊肉样品细菌的丰富度和多样性随贮藏时间的延长均呈下降趋势,冰温贮藏细菌群落的改变更明显;贮藏后期,羊肉优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),其中冷藏条件下分别占细菌总数的99.6%和0.4%,冰温条件下为75.5%和24.5%。     

连续施用沼液水稻油菜轮作耕层土壤的细菌多样性PCR-DGGE分析

采用PCR-DGGE克隆测序技术,分析沼液连续施用水稻油菜轮作耕层土壤细菌群落结构、丰富度指数和多样性指数等。通过DGGE图谱分析得出,沼液连年施用不利于丰富土壤细菌群落多样性,当连续3 a沼液施用总量控制为339.31～396.81 t/hm2时,细菌群落多样性增加,种群功能丰富、信息复杂、种群稳定,过高或过低施用沼液都会显著降低细菌群落多样性;通过UPGMA分析表明,长期连续施用沼液后土壤细菌遗传相似性降低,细菌种群结构变化越来越大。     

7个微卫星标记对5个肉用绵羊品种的遗传多样性分析

[目的]为肉用绵羊的品种资源保护和杂交利用提供理论依据。[方法]利用7个微卫星标记分析国外3个绵羊品种和我国2个地方绵羊品种的遗传多样性,研究其品种内遗传变异和种间遗传关系。[结果]从5个绵羊品种中共检测到105个等位基因,在各群体中每个微卫星座位上均可检测到5个以上等位基因,说明7个微卫星标记含有丰富的遗传信息。位点平均杂合度和品种平均杂合度分别为0.790 1~0.889 7和0.795 1~0.867 5,属于高度杂合位点和高度杂合品种。7个位点均为高度多态位点,PIC为0.762 6~0.879 6,而5个绵羊品种的平均PIC为0.770 3~0.865 0。NJ系统树分析表明3个国外绵羊品种遗传关系较近。[结论]7个微卫星标记均具有高度多态性,可用于绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

PCR-DGGE技术用于猪场沼气池细菌群落分析的条件优化

本研究采用变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术研究猪场沼气池细菌群落,对基于16S rDNA V3区的PCR-DGGE电泳的最佳变性剂梯度范围、电泳时间、染色时间进行优化.研究结果表明,最佳变性剂梯度范围为35%～60%,电泳时间为12 h,SYBR(R)Green Fluorescent Dye染料的染色时间是30 min,优化后的PCR-DGGE确保了实验的准确性、灵敏度和可重复性.运用此优化后的PCR-DGGE技术对5个猪场沼液细菌群落进行了研究,获得了较丰富的多样性.该实验为深入研究畜禽养殖粪污治理的菌种筛选奠定了基础.     

无角道赛特绵羊精液低温和冷冻保存试验

采用不同成分的稀释液对无角道赛特14号种公羊鲜精进行了低温保存(4℃)和冷冻保存(-196℃)试验。结果表明:在4℃条件下,精液在A、B、C和D四种稀释液中分别保存72h、72h、144h和192h后,仍然满足输精要求,从而确定D液为最佳稀释液(30g/L葡萄糖、14g/L柠檬酸钠、3g/L乙二胺四乙酸钠、2g/LvE、50mL/L卵黄)。在冷冻保存试验中,C液为细管精液冷冻保存最佳稀释液(56g/L蔗糖、52g/L乳糖、4g/L乙二胺四乙酸钠、2g/LvE、50mL/L甘油、50mL/L卵黄),冻后精液的活力为0.48;在上述实验基础上,给C液中分别添加催产素(添加后浓度为20IU/100mL)、前列腺素(添加后浓度为0.1mg/100mL)及催产素 前列腺素(20IU/100mL 0.1mg/100mL)进行细管精液冷冻保存,其冻后活力分别为0.55、0.48、0.52,说明含20IU/100mLOT的C液对无角道赛特绵羊精液的冷冻保存效果最好。     

采用分子生物学技术分析不同施肥土壤中细菌多样性

 本研究探讨在小白菜栽培时，分别添加果蔬加工废弃物生产的堆肥和化肥对土壤微生物区系的影响。利用扩增16S rRNA基因来比较微生物群落的技术，分离出所有群落DNA，再以此DNA为模板，以专一性引物扩增出16S rRNA基因（rDNA）。随后建立16S rDNA基因文库后，再以计算机仿真的方式，选出能将上述引物扩增的16S rDNA基因中间切割成片段长度范围集中的一组限制性内切酶--AciI、BstUI、和RsaI。结果表明，无施肥土壤与添加堆肥土壤中微生物较接近。无施肥、添加堆肥、添加化肥土壤三者的微生物多样性指数分别为0.990、0.986和0.962；均匀度为0.979、0.977和0.931。     

低温对花生萌芽的影响及其调控技术研究现状

春花生萌芽期常遭遇低温危害,影响其正常发芽、出苗,对花生生产造成不利影响。鉴于此,概述了近年来低温对花生萌芽期形态、生理代谢的影响及其调控技术的研究现状,并对未来的研究方向进行了展望。     

不同低温贮藏条件下鲢鱼鱼糜品质的变化

为了了解淡水鱼糜的贮藏特性,延长其保鲜期,以鲢鱼(Hypophthalmichthys molitrix)鱼糜为研究对象,分别对其进行冰温(-1.50±0.03)℃、冷却(1±1)℃和冷冻(-18±1)℃贮藏,分析鲢鱼鱼糜在不同低温环境下的脂肪氧化、持水性和质构变化.结果表明,冰温贮藏相对于冷却贮藏可以显著抑制鲢鱼鱼糜的脂肪氧化,降低鲢鱼鱼糜的蒸煮损失,改善其持水性,冰温贮藏3周之内,可使鲢鱼鱼糜保持良好的弹性、粘聚性以及适度的剪切力和咀嚼性.冷却贮藏第2周鲢鱼鱼糜就发生了极显著的脂肪氧化和质构变化.在冷冻条件下贮藏1个月,脂肪氧化不显著,但其质构品质却显著降低.     

浆液流变特性测量方法分析

浆液属于多相的复杂流体，故其流变特性测定与单相流流变测定不完全相同，在管输条件下测定浆液主要有牛顿体和宾汉姆塑性流体两种流型。利用毛细管粘度计测量流变性时，应考虑影响测量精度的几个主要因素，通过分析研究指出“滑移”修正不容忽视，另外对非牛顿体在氏剪切速率时测量精度较差，应注意解决好此问题。     

用PCR-DGGE和16S rDNA测序解析吐温对绵羊瘤胃细菌多样性的影响

选取装置永久性瘤胃瘘管的中国美利奴绵羊,采用5×5拉丁方试验设计,在绵羊日粮中分别添加5或10 g/d Tween 20,3或6 g/d Tween 80,以空白为对照,采用PCR-DGGE技术研究不同水平的非离子表面活性剂Tween 20和Tween 80对绵羊瘤胃中细菌多样性的影响;对DGGE指纹图谱中的12个优势DNA条带的16S rDNA进行测序和序列分析,在线寻找其相似的细菌分类。结果显示,5个组之间DGGE指纹图谱的相似性在65.4%～75.4%。与对照组相比,除10 g/d吐温20组外,其他各组的细菌丰度均有不同程度的下降。DNA序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA序列中有8个条带序列与GenBank中已知序列的相似性大于97%。受吐温20影响的细菌与Microbacteriumoxydans、Schlegelella aquatica、Brevundi monas sp.、Lachnospir-aceae和Methylobacillus sp.有较高的相似性;而受吐温80影响的细菌与Schlegelella aquatica、Acinetobacter soli和Microbacteriumoxydans有较高的相似性。日粮中添加吐温20和吐温80后,高剂量的吐温20使绵羊瘤胃中的优势菌种类增加,吐温80和低剂量的吐温20使优势菌种类下降。在绵羊瘤胃细菌中,受吐温20和吐温80影响的种类不同。