草鱼MKLN1基因可变剪接和微卫星序列的多态性

MKLN1基因编码的muskelin蛋白主要通过其羧基端的kelch重复结构域与其它蛋白形成复合物行使功能。通过分析草鱼鳃组织的基因转录谱,发现其中的MKLN1基因存在（CT）₁₅的微卫星序列,通过检测3个不同的草鱼种群,又发现(CT)₉、(CT)₁₀、(CT)₁₁和(CT)₁₃ 4种多态性序列。通过克隆该段MKLN1基因组序列并与斑马鱼和红鳍东方鲀的MKLN1基因组序列比较,发现克隆得到的草鱼基因序列是由一个内含子和两个外显子组成,共编码144个氨基酸。通过进一步调查不同组织该基因的转录本,发现存在内含子剪接和内含子未被剪接的两个转录本。由于内含子序列未被剪接的转录本在内含子中存在“TGA”终止密码子,导致MKLN1基因翻译提前终止,翻译产物为失去部分kelch结构域的muskelin蛋白。相对于内含子正常剪接的转录本,没有被剪接内含子的转录本在各种组织中的表达量要明显低得多。简而言之,本研究发现了草鱼MKLN1转录本中的微卫星序列是来自未被剪切的内含子,而未被剪切的内含子导致该转录本编码部分kelch结构域缺失的muskelin蛋白。     

草鱼CC趋化因子基因CCL24及其可变剪接

CC趋化因子是一类能够促进动物体内炎症部位的各种白细胞的补充、激活和黏附的趋化性细胞因子家族,是鱼类天然免疫系统的重要组成部分。分析了从草鱼肠道cDNA文库中筛选到的CC趋化因子基因CCL24,并克隆了阅读框区域内的基因组序列。序列分析表明,CCL24基因由4个外显子和3个内含子组成;外显子拼接的序列与CCL24cDNA序列完全一致,编码95个氨基酸,有2个相邻的半胱氨酸(CC),为典型的CC趋化因子亚家族成员。此外,还发现草鱼CCL24基因存在可变剪接现象,第1内含子没有被剪切掉的非正常转录本翻译后可能产生没有CC趋化因子活性的24个氨基酸的短肽,而且这种转录本在精巢、头肾、皮肤、肝胰脏、肠道、肌肉、肾脏等组织均检测到;而正常剪接的CCL24转录本,仅在肾脏和肠道中检测到,且其表达量要明显低于非正常剪接的转录本。     

草鱼CC趋化因子基因CCL24及其可变剪接

CC趋化因子是一类能够促进动物体内炎症部位的各种白细胞的补充、激活和黏附的趋化性细胞因子家族,是鱼类天然免疫系统的重要组成部分。分析了从草鱼肠道cDNA文库中筛选到的CC趋化因子基因CCL24,并克隆了阅读框区域内的基因组序列。序列分析表明,CCL24基因由4个外显子和3个内含子组成;外显子拼接的序列与CCL24cDNA序列完全一致,编码95个氨基酸,有2个相邻的半胱氨酸(CC),为典型的CC趋化因子亚家族成员。此外,还发现草鱼CCL24基因存在可变剪接现象,第1内含子没有被剪切掉的非正常转录本翻译后可能产生没有CC趋化因子活性的24个氨基酸的短肽,而且这种转录本在精巢、头肾、皮肤、肝胰脏、肠道、肌肉、肾脏等组织均检测到;而正常剪接的CCL24转录本,仅在肾脏和肠道中检测到,且其表达量要明显低于非正常剪接的转录本。     

不同剩余采食量水平的安格斯牛下丘脑单核苷酸多态性和可变剪接分析

[目的]揭示可变剪接事件参与调控肉牛剩余采食量(residual feed intake,RFI)水平的潜在作用,提高肉牛饲料利用率.[方法]利用Illumina技术对2个RFI水平(高/低)的安格斯牛下丘脑组织进行高通量测序,分别进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism sit...     

玉米ZmcpSRP54基因可变剪接分析

cpSRP54基因在植物叶绿体发育中发挥重要作用。本研究用生物信息学方法对玉米ZmcpSRP54蛋白进行了进化分析,利用RT-PCR方法对玉米ZmcpSRP54基因全长cDNA进行了克隆,进而对其进行可变剪接分析。结果表明,玉米ZmcpSRP54蛋白与其它7个物种的cpSRP54蛋白有很高的相似性。鉴定到玉米ZmcpSRP54基因25个不同转录本,1个为标准剪接转录本,其它24个为可变剪接转录本。24个可变剪接转录本共使用了17种非标准剪接位点,4种可变剪接方式,主要以可变的3′端位点、可变的5′端位点和外显子跳跃3种可变剪接方式为主。预测出18种不同长度的ORF,编码18种不同长度的多肽。11个多肽其保守结构域氨基酸序列发生部分缺失,6个多肽其保守结构域氨基酸序列发生全部缺失,1个编码全新的多肽。这些结果将为玉米ZmcpSRP54基因的功能研究提供重要信息。     

人类1号染色体可变剪接与普通剪接基因同义密码子的使用分析I.同义密码子偏爱使用分析

人类1号染色体可变剪接(选择性剪接)基因344非冗余蛋白质编码序列(188183密码子)和普通剪接(非可变剪接)基因的386蛋白质编码序列(223116密码子)被用于研究人类密码子使用偏爱模式.全部密码子使用数据分析表明,人类可变剪接基因密码子的偏爱水平显著高于普通剪接基因.在人类1号染色体基因中,密码子第三位置的G C含量有很大的异质性(0.24～0.95),并且可变剪接基因密码子第三位置平均G C含量(64.66%)大于普通剪接基因(59.97%).Nc值对GC3s图显示密码子偏爱使用除了受核苷酸组成制约外,其它的因子可能也影响密码子的使用变化.此外,可变剪接基因中以G 或C结尾的密码子比普通剪接基因出现的频率高.密码子使用的差异可能是由可变剪接基因pre-mRNA特有的结构特征和多种剪接模式决定的.     

肌肉生长发育可变剪接研究进展

为了解动物肌肉生长发育可变剪接调控过程最新研究,本文对近年来人、小鼠和其他多种动物肌肉生长发育的可变剪接调控的相关研究进行了整理与分析,总结了肌肉生长发育可变剪接的发生、调控蛋白多样性的分子机制、人和动物的肌肉发育过程中可变剪接的调控研究进展及可变剪接的数据量化方法.结果 表明:肌肉是表现出最高水平的组织特异性和保守可...     

基于RNA-seq数据分析玉米抗虫响应基因的可变剪接事件

采用Illumina Hiseq~(TM)分别对黏虫取食的玉米叶片及对照组材料进行转录组测序,鉴定和分析响应黏虫取食基因的可变剪接事件。结果表明,对照组中鉴定出15 701个基因对应79 363个可变剪接事件,黏虫取食组中鉴定到11 791个基因的39 385个可变剪接事件。2组玉米基因组在不同的可变剪接类型中,均是以第1个外显子可变剪切、最后1个外显子可变剪切、单内含子滞留和可变5′或3′端剪切4种类型为主。对2组发生可变剪接事件的基因进行比对发现,黏虫处理组新增加了1 121个可变剪接基因,差异表达分析鉴定出177个表达显著差异的可变剪接基因。GO功能富集分析表明,发生可变剪接的差异基因主要富集于氧化还原酶活性、转移酶活性、DNA结合、ATP结合、代谢过程、以DNA为模板的转录及调控相关的功能,表明这些可变剪接差异表达基因参与了玉米的抗虫响应过程。     

基于序列信息预测内含子保留型可变剪接

可变剪接是遗传信息传递与表达的重要环节,真核生物多外显子基因pre-m RNA的可变剪接现象非常普遍。可变剪接增加了蛋白质的多样性,影响诸如细胞组织特异性分化、个体发育、疾病发生等重要的生物学过程。基于内含子的k-mer(k=1…5)信息,利用多样性增量结合二次判别的方法,对保留型内含子和组成型内含子进行了区分。五折交叉检验显示的预测总精度、敏感性和特异性均大于70%。表明内含子的序列信息可能对保留型内含子的剪接有重要调控作用。     

番鸭催乳素基因微卫星多态性

根据肉鸡和火鸡催乳素基因微卫星序列设计5对引物,进行番鸭催乳素基因微卫星多态性分析。结果表明:引物AW21831没有扩增产物;引物AW21827和AW21833为单态;引物AW21825和AW21829具有较丰富的多态性,多态信息含量(PIC)分别为0.68和0.62。说明引物AW21825和AW21829可作为PRL基因的微卫星标记、数量性状位点基因定位的候选标记和标记辅助选择的候选标记。     

大中华鳋感染引起草鱼鳃粘液成分的变化

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳和明胶酶谱分析,对感染大中华鳋的草鱼与未感染大中华鳋的健康草鱼鳃粘液进行比较分析。结果表明：健康草鱼和感染大中华鳋的草鱼鳃粘液图谱中有2条带出现差异,感染大中华鳋的草鱼鳃粘液在32kD-34kD处具有蛋白酶活性,而未感染大中华鳋的草鱼鳃粘液在32kD-34kD处没有蛋白酶活性。     

姜黄素对草鱼急性肝损伤的保护作用研究

以CCl_4诱导的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)急性肝损伤模型为基础,考察姜黄素对肝脏组织的保护作用。对草鱼腹腔注射不同剂量CCl_4-橄榄油后,分别于不同时间点测定血清中谷丙转氨酶(GPT)、谷草转氨酶(GOT)活性,确定CCl_4-橄榄油最佳注射剂量和作用时间;以建立的草鱼急性肝损伤模型为基础,采用不同浓度姜黄素(5、25、75、150、300 mg/kg)进行灌胃给药,观察草鱼血清和肝脏组织中相关生化指标变化情况。结果表明,用15%的CCl_4-橄榄油腹腔注射(剂量为0.1 m L/10 g鱼体重)24 h后,使草鱼血清中GPT、GOT水平升高(P0.05);同时,150 mg/kg姜黄素能显著(P0.05)抑制血清中GOT和GPT水平的升高。姜黄素对CCl_4诱导的草鱼肝组织损伤具有保护作用。     

表面活性剂SDS对草鱼急性毒性效应的研究

为了研究阴离子表面活性剂对鱼类的急性毒性效应,设计了不同浓度的十二烷基硫酸钠(SDS)溶液对草鱼进行暴露实验并测定其体内各组织SOD活性。急性毒性测试表明,SDS对草鱼的48h、96hLC50分别为11．8mg／L和5．2mg／L。低浓度的SDS(小于0．2mg/L)暴露对草鱼的超氧化物歧化酶(SOD)活性有极显著诱导作用,但随着SDS浓度升高和暴露时间延长,草鱼各组织SOD活性均呈明显的下降趋势,提示SDS暴露所引起的酶活性变化与暴露浓度和暴露时间有一定的相关性。这些结果显示,阴离子表面活性剂SDS对草鱼抗氧化酶有毒性效应,SOD活性变化可以作为评价环境中有毒污染物的生物敏感性指标。     

大豆抗原蛋白对草鱼肌肉营养成分的影响

以健康的初始体质量(50.66±0.26)g草鱼(Ctenopharyngodon idellus)为试验对象,在室内[(19±3)℃]单循环控温养殖系统中进行6周饲养试验,以鱼粉为对照组,β-伴大豆球蛋白的添加量为40 mg/g,大豆球蛋白的添加量为60 mg/g,配制成3种等氮(粗蛋白质量分数为30%)、等能(15.6 MJ/kg)的半精制饲料,探讨大豆主要抗原蛋白对草鱼肌肉主要营养成分的影响。结果表明:大豆主要抗原蛋白使草鱼肌肉中粗蛋白含量极显著下降(P0.01),对肌肉中水分、粗脂肪、粗灰分、氨基酸总量、必需氨基酸总量和鲜味氨基酸总量影响不显著(P0.05)。可见,在本试验条件下,草鱼配合饲料蛋白水平为30%时,在其配合饲料中分别添加β-伴大豆球蛋白(40 mg/g)和大豆球蛋白(60 mg/g)显著影响了草鱼肌肉中粗蛋白的含量。     

果寡糖对草鱼非特异性免疫功能的影响

在基础饲料中添加不同剂量的果寡糖(每kg饵料含量分别为0、0.5、2和4g),连续投喂,分别于试验前1d、试验第7天、第14天、第21天、第28天、第42天、第56天检测草鱼血液白细胞吞噬活性、血清溶菌酶活性和补体C3、C4的含量。结果表明,试验组草鱼的各免疫指标均有不同程度的提高,且果寡糖添加剂量为2g/kg时各试验指标与对照组差异显著,同时优于其它两试验组,而且其攻毒死亡率最低。因此,从提高免疫力和经济角度考虑,建议果寡糖添加剂量为2g/kg为宜。     

黄芪多糖和香菇多糖对草鱼非特异性免疫功能的影响

[目的]为黄芪多糖和香菇多糖在水产饲料中的推广和应用提供参考。[方法]在草鱼饲料中分别添加不同剂量的黄芪多糖和香菇多糖,分析其对草鱼非特异性免疫功能的影响。[结果]与对照组相比,黄芪多糖能提高血清溶菌酶、血清碱性磷酸酶、血清超氧化物岐化酶活性、补体C3含量和白细胞吞噬活性,降低丙二醛含量。但是,低剂量黄芪多糖不能提高血清溶菌酶活性和补体C3含量。香菇多糖能提高血清溶菌酶活性、血清碱性磷酸酶、补体C3含量和白细胞吞噬活性,降低丙二醛含量,但不能提高血清超氧化物岐化酶活性。[结论]饲料中添加黄芪多糖和香菇多糖均对草鱼的非特异性免疫功能具有一定的促进作用。     

中药复方对草鱼细菌性败血症的防治效果研究

[目的]研究五倍子、黄芩等中药组成的复方制剂防治草鱼细菌性败血症的有效性。[方法]采用不同浓度的中药复方（0、1．0％、2．0％、4．0％）饲喂草鱼,7d后用嗜水气单胞菌对草鱼进行攻毒。[结果]中药复方添加量为2．0％与4．0％时,对草鱼的防治效果最佳,防治率为80．7％,这2种剂量的药饵组与无药组的差异极显著（P〈0．01）。[结论]中药复方能有效防治草鱼细菌性败血症。     

铬暴露对草鱼的氧化损伤及抗氧化能力的影响(英文)

[目的]研究铬暴露对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的氧化损伤及抗氧化能力的影响。[方法]将草鱼暴露于不同浓度梯度(0、7.23、14.47和28.94mg/L)的重铬酸钾水体中,于96h测定肝胰脏中丙二醛(MDA)含量、总抗氧化能力(T-AOC)水平和谷胱甘肽硫转移酶(GST)的活性。[结果]在试验梯度范围内,随着六价铬(Cr6+)浓度的增加,草鱼肝胰脏的MDA含量呈上升趋势;T-AOC水平呈现出先升高后下降的规律性变化,表现为低和中浓度(7.23和14.47mg/L)下被诱导,而高浓度(28.94mg/L)下则诱导减弱,其中14.47mg/L组的T-AOC水平显著高于对照组(P<0.05);GST活性除低浓度组(7.23mg/L)有轻微诱导外,其余各组总体呈下降趋势,其中高浓度组(28.94mg/L)的GST活性显著低于对照组(P<0.05)。[结论]六价铬可以引起草鱼肝胰脏组织发生更大的氧化损伤而使其出现中毒现象,可能进一步损伤其组织结构和生理功能。