中国沿海管角螺4个自然群体遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术对管角螺（Hemifusus tuba Gmelin）4个自然群体（广西北海、广东湛江、浙江温州、江苏连云港）的遗传多样性进行了分析。所选择的19条有效引物在4个自然群体200个个体中总共产生182个扩增片段,片段数量为19 983个,片段大小在250~2 500 bp之间。其中每条引物可产生4~17条带,平均5.28个位点。4个自然群体共检测到149个多态位点,多态位点比例为81.87%,其中北海群体的多态位点比例最高,占66.48%,其次是湛江群体为47.25%,温州群体为44.51%,连云港群体为36.81%。4个群体中均未检测到各群体特有的扩增带。4个自然群体管角螺的Nei’s指数和Shannon指数表现为一致性,表明遗传多样性在4个自然群体的大小为北海群体>湛江群体>温州群体>连云港群体。4个自然群体的遗传距离在0.054 2~0.137 4之间。基于群体间遗传距离的值进行聚类分析,结果表明, 4个群体中,北海与湛江群体首先聚在一起,温州与连云港群体随后聚在一起,最后4个群体聚在一起。     

2个鲤鱼群体遗传多样性的RAPD分析

从50条随机引物中筛选出10条有效引物,采用RAPD技术对蒙自响水河和草坝的2个鲤鱼群体进行遗传多样性分析。结果表明:在2个群体中分别检测到47、53个位点,多态位点分别为44、51个,平均多态位点比例分别为93.61%和96.23%;利用Popgene version1.32软件分析获得2个鲤鱼群体Shannon信息指数(I)分别为0.479 9和0.455 7,Nei's基因多样性指数(H)分别为0.328 7和0.298 4,等位基因观察数(Na)分别为1.821 4和1.910 7,有效等位基因数(Ne)分别为1.584 3和1.487 9,群体间的遗传相似性系数为0.958 1,遗传距离为0.041 9。2个鲤鱼群体间的遗传分化系数Gst为0.082 4,表明群体间的遗传变异占总的遗传变异的8.24%,群体内的遗传变异占总变异的91.76%。     

长江口日本鳗鲡群体遗传多样性RAPD初步分析

对2005年采集自长江口地区4个采样点、5批、共10尾性成熟前成鳗、82尾玻璃鳗的日本鳗鲡样本的遗传多样性进行了RAPD分析。在51条随机引物中筛选出具有稳定扩增、条带清晰的多态性引物16条,16条引物共检测到132个位点,其中多态位点114个（86．36％）。五个采样群体各自的平均杂合度（Hc）在0．2053～0．3150之间,平均基因多样性指数（Ho）在0．2974～0.4526之间;采样群体两两间的遗传分化指数几,在0．0508～0．1524之间。群体内遗传变异和群体间遗传变异对群体总遗传变异的贡献率分别为79．18％和20．82％;Nei的遗传距离在0．0593～0．1425之间;在玻璃鳗采样群体间未发现遗传差异同采样地点及月份有何显著关系,显示它们可能同属一个大混合群体。而遗传距离、遗传分化指数及NJ树分析结果一致表明：成鳗和玻璃鳗之间可能存在相当的遗传距离和遗传分化。     

神农架4个珙桐居群遗传多样性的RAPD分析

用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对神农架地区4个居群28个珙桐（Davidia involucrate Baill.）个体进行了遗传多样性分析.16个10 bp寡核苷酸引物共检测到87个位点,多态位点49个,多态百分率56.3％,而居群平均多态位点百分率为30.2％.用POPGENE对数据进行了分析,结果显示:居群的平均Nei’s基因多样性为0.111 8,Shannon’s遗传多样性信息指数为0.165 1,总的居群基因多样性为0.169 2,基因分化系数为0.339 2.这表明神农架地区珙桐的遗传多样性较低,其遗传变异以居群内遗传变异为主.      

朱砂根群体遗传多样性RAPD分析

在对朱砂根形态变异系统观测的基础上,进一步采用RAPD标记技术在DNA水平上对其种内遗传多态性进行检测。结果表明,朱砂根5个群体平均等位基因数A为1.805 2,有效等位基因数Ne为1.460 0,Ne i氏基因多样度H为0.269 9,Shannon多样性指数I为0.406 7。总的群体基因多样性达0.270 6,其中群体间的基因多样性Dst为0.089 4,群体内的基因多样性Hs达0.181 2,群体内的基因多样性高于群体间的基因多样性。说明朱砂根群体间和群体内均存在着丰富的遗传变异,并以后者为主要变异来源。检测结果还表明,15个样本并不足以代表一个群体的遗传多样性,30个样本所代表的群体,其遗传多样性参数则相对一致和稳定。     

蝴蝶兰不同花色品种遗传多样性的RAPD分析

利用筛选到的25个特异引物对蝴蝶兰不同花色品种作RAPD分析，确定了12个品种间的遗传距离；并根据Neighbor—joining遗传距离矩阵构建系统聚类文件，将该12个品种分为两个家族：第一家族中包含基色为白色的花色品种，花蕊颜色略有不同；第二家族为具有条纹的花色品种。品种间遗传距离最大为0．7832，最小为0．1034。     

4个罗非鱼群体遗传多样性的RAPD分析

采用50个随机引物对奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus）和3个尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）群体即无锡品系、埃及品系和吉富品系进行RAPD分析,共筛选出13个重复性好的引物,其中引物S1255扩增的2500bp片段具有群体特异性,可作为区分奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼的分子标记;用PopGen1．32软件进行遗传多样性分析,结果表明：奥利亚罗非鱼、无锡品系、埃及品系和吉富品系罗非鱼群体内的多态位点率分别为22．03％、52．54％、58．47％、62．71％,基因多样性指数分别为0．0912、0．2166、0．2448、0．2705,Shannon信息指数分别为0．1323、0．3136、0．3537、0．3881。无锡品系、埃及品系和吉富品系罗非鱼群体内遗传相似性指数分别为0．8194、0．7886和0．7704,遗传变异水平较高,遗传多样性丰富。奥利亚罗非鱼的群体内遗传相似性指数为0．9279,群体的遗传纯度高,遗传变异水平较低。无锡、埃及、吉富品系尼罗罗非鱼与奥利亚罗非鱼之间的遗传距离分别为0．1370、0．2235,0．1986,说明奥利亚罗非鱼和埃及品系尼罗罗非鱼杂交可能产生更强的杂种优势。     

中籼杂交稻遗传多样性的RAPD分析

选用20个随机引物对15个在生产和育种上广泛使用的中籼杂交稻亲本进行遗传多样性分析。20个引物共扩增出205条带纹，其中多态性带为165条。不同引物的多态性频率有较大差异，但普遍较高，平均达95．33％。亲本间的遗传距离小，在0．1210－0．3913之间，平均0．2455。15个亲本按UPGMA法可明显地分为不育系（I类）和恢复系（Ⅱ类）两类，其中Ⅱ类又分为两个亚类（Ⅱ－1和Ⅱ－2）。类群内和类群间的遗传距离分析表明，不育系与恢复系内的遗传差异都较小，而且不育系的遗传变异较恢复系小；不育系和恢复系间的遗传距离只有0．2906，而且与恢复系两个亚类间遗传差异不显著，这说明杂交水稻亲本的遗传资源匮乏。亲本间的遗传差异小，这可能是限制当前杂交水稻产量的重要因素。增加亲本遗传多样性和扩大亲本间遗传差异是当前中籼杂交稻育种的重要任务之一。     

应用RAPD标记分析黑麦属的遗传多样性

采用随机扩增多态性DNA（RAPD）标记，对黑麦属（Secale L）7个种共12份材料进行了遗传多样性检测。结果表明，被测材料间RAPD标记多态性较高。40个随机引物中，有25个引物（占62．5％）的扩增产物具有多态性。25个引物共扩增出167条带，其中89条带（占53．2％）有多态性，每个引物可扩增出1－10条多态性带，平均3．6条。RAPD标记遗传距离（GD）变异范围为0．1382－0．4512，平均值为0．2712。聚类分析表明，在GD值0．3850水平上，12份材料可聚3类，S.africamum和S.silvestre与其它材料间的遗传分化较大，分别单独聚为一类，其余10份材料则聚为一类。据此认为，RAPD标记可以作为黑麦属物种鉴定的指纹图谱。     

重庆养殖中华鳖群体遗传多样性的RAPD分析

[目的]利用RAPD标记技术对重庆4个养殖地区中华鳖的遗传多样性进行分析。[方法]选取(潼南、永川、江津、长寿)4个地区养殖中华鳖样本,运用RAPD方法对4个地区的中华鳖遗传多样性与其遗传距离进行了分析。[结果]用20个随机扩增引物得到142个扩增片段,多态片段数量为95个,4个地区的多态位点比例范围为50.78%～64.54%,总多态位点比例为66.90%,总基因多样性为0.227,种群内基因多样性为0.135,遗传分化系数为0.307,基因流为1.127。4个养殖中华鳖群体的遗传距离为0.049～0.151。[结论]重庆4个地区养殖中华鳖遗传多样性较高,且大部分遗传变异存在于种群内,个体间亲缘关系较近,遗传变异度较小。     

对4个不同地理种群褶皱臂尾轮虫遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对取自大连、盘锦、东营、天津的4个地理种群的褶皱臂尾轮虫Brachionus plicatilis的遗传多样性进行了研究。在优化的RAPD反应条件下,对30个10 bp的引物进行了PCR扩增,其中26条引物所得的扩增带带型清晰且重复性好,共检测出311个位点,片段长度为190~2 000 bp。根据4个种群之间的片段共享度和Ne i的平均遗传距离得知,大连与天津种群的遗传距离最大,盘锦与天津种群之间的遗传距离最小。由UPGMA聚类可得:盘锦种群与天津种群聚在一起,然后与东营种群聚在一起,最后与大连种群聚在一起。     

不同海拔牛皮杜鹃种群遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD标记技术对采自老白山和长白山不同海拔的牛皮杜鹃进行遗传多样性分析。结果表明:产地不同(长白山和老白山)的牛皮杜鹃种群间的遗传多样性水平较高,遗传距离较大;而产地相同(长白山不同海拔)的牛皮杜鹃种群间遗传多样性水平较低,具有较小的遗传距离,即遗传背景相对相似;长白山不同海拔的4个牛皮杜鹃种群还可分为两类。     

云南芋头种质资源RAPD分子标记的初步研究

 以10个有代表性的芋属栽培种和野生植株为材料进行RAPD分析。结果表明:绝大部分扩增产物在供试材料间表现丰富的多态性,按类平均法可将10个材料划分为4类,形态相似的基本上可聚在一起。研究认为应用RAPD技术研究云南芋属资源是可行的。     

兴安落叶松基本群体与育种群体RAPD多样性分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记并结合表型性状对来自乌伊岭、甘河、库都尔、嫩江、莫尔道嘎、阿尔山等6个兴安落叶松Larix gmelinii基本群体的270个样本进行遗传多样性分析.从450个RAPD引物中筛选出23个条带清晰、多态性高的引物,共检测出186个条带,其中182个为多态性条带,多态位点百分率为97.85％,各群体多态位点百分率(PPB)为87.10％～94.09％,所有群体的基因多样度指数(Ht)为0.374 3,群体内基因多样性(Hs)为0.322 6,群体间遗传多样性为0.051 7,86.19％的遗传变异存在于群体内,13.81％的遗传变异存在于群体之间,Shannon指数平均值为0.482 1,Nei's指数平均值为0.322 6;通过对6个群体聚类分析,以0.09的遗传距离可将6个群体聚为3个类群,为小兴安岭分布区、大兴安岭西北部分布区、大兴安岭南部分布区,遗传距离与地理距离存在显著正相关;兴安落叶松4个群体的生长性状表明,树高、胸径、材积遗传变异系数分别为10.25％～20.78％,14.93％～28.37％,35.03％～74.36％,存在着丰富的变异.同兴安落叶松育种群体的遗传变异比较,多态位点百分率、等位变异标记数、Nei's指数、Shannon指数分别高出5.32％,1.13％,4.94％,5.68％,群体总遗传变异高出8.78％,表明兴安落叶松基本群体的遗传变异水平、遗传多样性均高于育种群体,基本群体在群体间的遗传分化要高于育种群体,两者都证实遗传变异主要存在于群体内.     

福建野生蕉(Musa spp.,AB Group)3个自然居群遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对福建野生蕉3个自然居群(福州市闽侯十八重溪野生蕉—居群1,三明市尤溪野生蕉—居群2,福州市闽侯三叠井国家森林公园野生蕉—居群3,)共85个个体进行遗传多样性和聚类分析.结果表明:13条随机引物共扩增出194条清晰且重复性较好的条带,其中多态性条带155条,3个群体的多态性位点比率为48.53%、57.53%、66.88%;有效等位基因数分别为1.1291±0.2705、1.2218±0.3284、1.2176±0.3239;Nei's基因多样指数分别为0.0782±0.1533、0.1337±0.1811、0.1318±0.2025;Shannon's信息指数分别为0.1199±0.2250、0.1795±0.2626、0.2051±0.2608.3个居群间总的有效等位基因数为1.4499,Nei's基因多样指数为0.1904,Shannon's信息指数为0.2628,居群间的基因分化系数Gst为0.5635,说明3个居群均具有较高的遗传多样性和基因分化系数.58.72%的遗传变异来源于种群间,41.28%的遗传变异来源于种群内.Nei's遗传距离聚类表明,居群1和居群3先聚在一起,然后和居群2聚在一起.     

随机扩增多态DNA(RAPD)技术及其在农业上的应用(综述)

随机扩增多态DNA技术是近年发展起来的一种DNA多态性检测技术。它以一系列不同的随机排列碱基顺序的寡核苷酸单链(通常是十聚体)为引物,对所研究的基因组DNA进行单引物扩增。扩增DNA片段的多态性反映了基因组相应区域的DNA多态性。RAPD技术可以在对物种没有任何分子生物学研究的情况下,对其进行DNA多态性分析,同RFLP及DNA指纹图谱法等其他DNA多态性检测技术相比,RAPD具有检测效率高、样品用量少、灵敏度高和检测容易的优点。RAPD技术已广泛的应用于农作物和畜禽品种及品系的遗传纯度的测定、品种和品系的鉴定、品种和品系遗传关系的确定、基因的定位和分离以及构建基因图谱等方面的研究。     

3个奥利亚罗非鱼群体遗传多样性的RAPD分析和SCAR标记的转化

应用RAPD技术对3个奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)群体(奥利亚罗非鱼83系、新引进的红色奥利亚罗非鱼与奥利亚罗非鱼02系)进行遗传多样性分析.根据扩增结果统计获得群体内和群体间的遗传距离:奥利亚罗非鱼83系、红色奥利亚罗非鱼、奥利亚罗非鱼02系群体内的遗传距离分别为0.021 0,0.090 3和0.014 9;群体间的遗传距离以奥利亚罗非鱼83系与红色奥利亚罗非鱼群体间的最大,为0.135 1,奥利亚罗非鱼83系与奥利亚罗非鱼02系的遗传距离最小,为0.061 0,红色奥利亚罗非鱼与奥利亚罗非鱼02系群体间的遗传距离为0.121 8.利用MEGA3.1软件进行聚类分析,奥利亚罗非鱼83系与奥利亚罗非鱼02系首先聚为一支,然后再与红色奥利亚罗非鱼聚为一支.3个奥利亚罗非鱼群体总的Shannon多样性指数为:0.234 0,总的Nei基因多样性指数为0.152 7,3个群体的遗传分化指数(Gst)为0.507 1.上述结果说明这3个群体的群体内遗传变异较小,但群体间存在一定程度的遗传变异和遗传分化.对RAPD分析中所获得的6条特异带进行SCAR转化.S97800和S4691400两个特异片段成功转化为SCAR标记.这些标记可作为鉴别3个奥利亚罗非鱼群体的遗传标记,并将为今后的选择育种提供分子标记.     

3个奥利亚罗非鱼群体遗传多样性的RAPD分析和SCAR标记的转化

应用RAPD技术对3个奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)群体(奥利亚罗非鱼83系、新引进的红色奥利亚罗非鱼与奥利亚罗非鱼02系)进行遗传多样性分析.根据扩增结果统计获得群体内和群体间的遗传距离:奥利亚罗非鱼83系、红色奥利亚罗非鱼、奥利亚罗非鱼02系群体内的遗传距离分别为0.021 0,0.090 3和0.014 9;群体间的遗传距离以奥利亚罗非鱼83系与红色奥利亚罗非鱼群体间的最大,为0.135 1,奥利亚罗非鱼83系与奥利亚罗非鱼02系的遗传距离最小,为0.061 0,红色奥利亚罗非鱼与奥利亚罗非鱼02系群体间的遗传距离为0.121 8.利用MEGA3.1软件进行聚类分析,奥利亚罗非鱼83系与奥利亚罗非鱼02系首先聚为一支,然后再与红色奥利亚罗非鱼聚为一支.3个奥利亚罗非鱼群体总的Shannon多样性指数为:0.234 0,总的Nei基因多样性指数为0.152 7,3个群体的遗传分化指数(Gst)为0.507 1.上述结果说明这3个群体的群体内遗传变异较小,但群体间存在一定程度的遗传变异和遗传分化.对RAPD分析中所获得的6条特异带进行SCAR转化.S97800和S4691400两个特异片段成功转化为SCAR标记.这些标记可作为鉴别3个奥利亚罗非鱼群体的遗传标记,并将为今后的选择育种提供分子标记.