栝楼实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证

栝楼是葫芦科栝楼属雌雄异株植物,为了解雌雄株差异基因表达水平,需要筛选稳定表达的内参基因。本研究根据3个栝楼品种苗期雌雄株叶片的转录组测序结果,筛选出12个候选内参基因。通过荧光定量PCR (RT-qPCR)检测内参基因的表达量,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper 3个软件评价候选内参基因的稳定性。结果显示,12个候选内参基因的表达量在所有样本间的变化幅度存在差异,综合分析3个评估软件结果得到Actin和GAPDH基因在所有样品中的表达最为稳定。栝楼雌、雄株部分差异基因的RT-qPCR分析结果与转录组结果相吻合,说明Actin和GAPDH基因适合作为栝楼基因表达研究的内参基因。本研究筛选出的最稳定的内参基因将为栝楼后续的基因表达研究提供校准依据。     

翼首草实时荧光定量PCR内参基因筛选

本研究以传统藏药翼首草为材料,利用翼首草转录组数据库和RT-qPCR技术分析6个植物常用的候选内参基因(Actin,18S,TUBa,TUBb1,TUBb2和GAPDH)。选用geNorm、NormFider和BestKeeper 3款分析软件进行候选内参基因稳定性分析,以期筛选出翼首草不同组织中表达稳定的内参基因。内参基因Ct值分析、geNorm和NormFider软件分析结果表明Actin基因表达量最高,表达最稳定。BestKeeper软件分析结果表明GAPDH和Actin基因表达最稳定。综合分析结果说明,运用RT-qPCR技术研究翼首草关键基因表达量时,可选用Actin基因作为内参基因。翼首草合适内参基因的确定,可为今后其相关基因表达研究的开展提供依据。     

文冠果实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为筛选适用于文冠果(Xanthoceras sorbifolium Bunge)性别分化过程研究和不同器官的内参基因,本研究以文冠果性别分化关键期的顶芽和侧芽、根、茎、叶、种仁、雌能花和雄能花为材料,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)鉴定7个候选内参基因(Actin,UBQ,EF-1α,TUB,eIF-4α,18S rRNA和GAPDH)在各样品中的表达量,并评价7个基因的表达稳定性。结果表明,7个候选内参基因在不同样品中的表达量存在明显差异,各基因在雌能花中的表达均显著高于其他材料,在雄能花中的表达处于较低水平;适用于文冠果性别分化过程的最优内参基因为UBQ和eIF-4α,适用于不同器官的最优内参基因为EF-1α和GAPDH。研究结果将对今后进行文冠果性别分化过程研究和不同器官中的基因表达分析提供参考。     

铁线莲属萼片荧光定量PCR内参基因的筛选和评价

以不同花色的铁线莲属(Clematis L.)栽培品种‘恬美’(C.‘Sympatia’)、‘罗兰’(C.‘Rooran’)、‘仙女座’(C.‘Andromeda’)‘、阿拉贝拉’(C.‘Arabella’)‘、普鲁吐斯’(C.‘Proteus’)以及‘路易斯罗维’(C.‘Louise Rowe’)初花时期的萼片为研究材料,利用RT-qPCR技术检测Atpb、Arp7、Ubc34、Wit1、Cxip4、Cyp71a1和Cyp35a1等7个候选内参基因的mRNA表达情况,并利用软件geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对7个候选内参基因的稳定性进行综合评估。结果表明,内参基因表达差异显著;利用geNorm软件计算结果为基因Atpb与Cxip4最稳定;利用NormFinder软件计算结果为基因Cxip4最稳定;而BestKeeper软件计算出的最稳定的候选内参基因为Arp7,其次为Atpb;按这3个软件的计算结果,Cyp71a1与Cyp35a1的稳定性均最差,不适合作为内参基因;RefFinder软件分析的最佳的候选内参基因为Arp7。经综合分析,这几...     

建兰花香物质合成相关基因RT-qPCR内参基因筛选

为筛选适用于建兰(Cymbidium ensifolium)花香物质合成相关基因表达分析的内参基因,本研究从建兰‘小桃红’转录组测序结果中筛选出ACT、GAPDH、EF1α、TUA、TUB、CYP、UBQ和ADF这8个常用的内参基因作为候选内参基因。以建兰‘小桃红’的不同花期(小蕾期,中蕾期,大蕾期,初开期,盛花期,衰败期)和盛花期不同花器官(萼片,花瓣,唇瓣,合蕊柱)为实验材料,利用RT-qPCR技术分析候选内参基因在不同样品中的表达量,并结合内参基因稳定性分析软件对候选基因表达稳定性进行分析。结果表明：在候选内参基因中,TUB的稳定性最高,可作为建兰‘小桃红’花香物质合成相关基因表达分析的最适内参基因。     

核桃(Juglans regia L.)MicroRNA实时荧光定量RT-PCR内参基因的筛选

RT-qPCR是目前应用最广泛的基因表达分析方法,选择合适的内参基因对数据进行标准化至关重要。结合geNorm、Normfinder和RefFinder 3个软件分析了8个候选miRNA内参基因在核桃不同分化期花芽与叶芽、不同组织及不同品种中的表达稳定性。结果显示,jre-miR394a,jre-miR159a和jre-miR159c可作为不同分化期花芽中基因表达分析的内参;5.8S rRNA和jre-miRn3可作为不同分化期叶芽中基因表达分析的内参;5.8S rRNA,jre-miRn3、jre-miR159b-3p和jre-miR159c可作为不同组织中基因表达分析的内参;jre-miR159b-3p,jre-miR159c和jre-miR159a可作为不同品种中基因表达分析的内参。5.8S rRNA不适合作为不同分化期花芽和不同品种中基因表达分析的内参。本研究为核桃miRNA表达分析中的数据标准化提供数据支持和理论参考。     

含迟熟基因rin的番茄果实货架寿命相关性状的研究

分析比较了贮藏过程中的番茄成熟突变体rin材料L2与正常成熟番茄品种L5及其杂种一代L20果实的果实硬度、呼吸强度、番茄红素、贮藏指数及各种商品品质的差异。结果表明:番茄果实贮藏过程中果实硬度呈下降趋势;而果实的可溶性固形物、可溶性糖、Vc、番茄红素含量变化呈上升趋势,但是有机酸含量变化总体上呈现下降趋势,因此果实的糖酸比呈上升趋势;呼吸高峰的出现有很大的差异,L2的波动较小,且呼吸强度一直处于最低状态;rin番茄果实的贮藏指数最高,达到75%以上,而正常成熟的番茄贮藏指数最低,仅60%左右,含迟熟基因的品种与正常品种杂交后贮藏性显著下降,但比正常成熟番茄耐贮,贮藏指数比正常成熟的高约15%。     

灰飞虱胁迫下水稻防卫相关基因的表达

灰飞虱是我国水稻生产上的一种重要害虫。运用荧光定量PCR方法及特异性引物,对不同时间(12、24、36、48和72 h)灰飞虱胁迫下抗虫和感虫水稻品种中主要防卫途径的相关基因进行转录水平上定量分析。灰飞虱取食后,与水杨酸合成途径相关的基因PAL、NPR1、EDS1和PAD4在抗灰飞虱品种Mudgo中的表达水平均高于在感虫水稻Kittake中。接虫12 h后,PAL基因表达量达到未接虫时的6.914倍;在Mudgo中,PAL基因相对表达量上升更快,在24、48和72 h分别是Kittake中的42.848、70.743和69.193倍。NPR1基因在灰飞虱为害12、36和72 h后,在Mudgo中的表达量分别是Kittake中的4.690、6.231和4.112倍。与茉莉酸合成相关的基因LOX和AOS2,在灰飞虱为害36 h后,在Kittake中的表达水平显著高于Mudgo中。乙烯信号途径中的受体基因EIN2在Kittake中的表达量也高于Mudgo中。结果表明,灰飞虱取食激活了抗虫水稻Mudgo中依赖水杨酸介导的抗性途径,同时诱导感虫水稻Kittake产生了依赖茉莉酸/乙烯途径的防卫反应,PAL和NPR1基因的表达在调节Mudgo抗灰飞虱中具有重要作用。     

地黄实时定量PCR内参基因的筛选

本文通过RT-qPCR分析了地黄中7个传统内参基因18S、EF-1?、ACT11、UBQ10、UBQ5、TUB5、GAPDH和4个新报道的内参基因PP2A、RPⅡ、HSP90、TIP41的mRNA表达差异情况,分别利用Ct值比较,GeNorm、NormFiner和BestKeeper软件分析它们在两个发育时期、八种不同组织器官中表达稳定性。结果表明：在地黄花器官中（花瓣、花托、雄蕊、雌蕊、子房）,TIP41和UBQ10表达稳定;在地黄生殖生长期和营养生长期不同器官中（根、茎、叶）,TIP41和UBQ5表达稳定。因此,以上两组基因分别适宜作为不同营养器官的内参基因。     

恶疫霉实时定量RT-PCR分析中内参基因的选择

为选择合适的内参基因用于分析植物病原卵菌恶疫霉(Phytophthora cactorum)的基因表达情况,本研究利用实时定量RT-PCR分析持家基因Ubc、Tub-b、WS21和WS41在恶疫霉生长发育阶段和侵染草莓阶段的表达差异,并利用软件geNorm、NormFinder和BestKeeper比较其表达稳定性。结果表明：基于公共数据库序列和其他疫霉菌同源序列设计的持家基因引物在恶疫霉中具有良好的扩增效率、反应有效性和特异性。通过分析,发现在恶疫霉的不同生长发育阶段（菌丝生长、游动孢子囊、游动孢子和休止孢萌发）和侵染草莓阶段（接种后3、5、7天）,表现最为稳定的是Ubc基因。当使用多个内参基因时,Ubc和WS41是最适合校正恶疫霉基因表达数据的内参基因组合。本研究结果为利用实时定量RT-PCR准确分析恶疫霉基因相对表达量提供了重要的内参基因,也为其他疫霉菌的基因表达研究提供了有价值的参考。     

高温胁迫下甜玉米雌穗发育基因差异表达谱分析

利用数字化基因表达谱技术, 对高温胁迫下优良甜玉米杂交种粤甜13雌穗发育相关基因的表达谱进行分析。结果表明, 在高温胁迫和适温下差异表达基因达949个, 其中有上调表达基因705个, 下调表达基因244个, 上调表达10倍以上的基因108个, 下调表达10倍以上的基因40个。对差异表达基因功能注释分析表明, 它们主要集中在细胞内组分和膜上, 主要具催化活性、结合活性、水解酶活性、氧化还原酶活性等, 参与代谢、细胞结构与功能、胁迫应答、物质运输和生物调节等生物学过程, 推测对雌穗发育过程中籽粒和果穗的形成具有重要作用。这些基因中有一半以上的基因功能未知, 下一步将对其开展克隆和功能方面的分析。     

番茄黄化曲叶病毒病抗性鉴定技术研究

番茄抗病材料的创制及其准确有效的抗性鉴定方法是番茄抗病育种的关键.本文比较研究了烟粉虱侵染接种鉴定技术、分子标记鉴定技术和田间自然接种法对58份番茄抗黄化曲叶病毒病材料的抗性鉴定结果.结果表明:分子标记检测与烟粉虱侵染接种鉴定方法相结合可作为鉴定材料对番茄黄化曲叶病毒病抗性的有效方法;对含有已知基因抗源材料的分离群体,...     

酸性转化酶基因家族在番茄果实发育及逆境胁迫下的表达分析

以普通栽培番茄(Lycopersicon esculentum)品种桃太郎为试材,通过半定量RT-PCR方法研究了5个转化酶基因在果实不同发育阶段不同部位的表达,并进一步研究了苗期番茄在亚高温、亚低温、NaCl盐胁迫和渗透胁迫下转化酶基因的表达变化.结果表明:果实膨大期主要受Lin5、Lin6和Lin8表达的调控;绿熟期仅有Lin8在发挥作用,而在果实完熟期Lin6、Lin8和AI2的表达明显.这说明在番茄果实发育的不同时期及果实的不同发育部位都受到酸性转化酶基因家族的不同成员的共同调控.亚适温对AI2的影响最明显,无论是亚低温还是亚高温,均能明显抑制AI2的基因表达;而对细胞壁束缚性的转化酶(Lin5、Lin6、Lin7)的表达影响不明显,对Lin8有明显的抑制作用.Lin5和Lin7在渗透胁迫和盐胁迫下均不表达,Lin6和Lin8的表达受盐胁迫和渗透胁迫的抑制,处理3d时表达变弱,处理5d后则完全抑制;AI2对渗透胁迫较敏感,处理3d其表达完全受抑制,而盐胁迫随处理时间的延长,表达逐渐变弱,直至完全消失.     

水稻根系不同强度干旱胁迫下5个基因表达分析

通过不同浓度的PEG处理,模拟不同强度的干旱胁迫,研究水稻幼苗根系中5个基因的表达情况,结果表明:不同强度干旱胁迫下,根系中各基因表达也各不相同,但是在轻度干旱和中等干旱胁迫下,主要以下调为主,少数表达上调,严重干旱胁迫下情况比较复杂,有基因以上调为主的(抗坏血酸过氧化物酶4基因、核内小RNAZ274基因、甲酸四氢叶酸连接酶基因),也有基因以下调为主的(木聚糖酶抑制子蛋白1前体基因),还有基因以上调为主,但是上调倍数不大,下调倍数很大(酸性内切几丁质酶基因);5个基因表达的日变化表现出6种类型,每种类型的日表达都是上下波动的;抗旱品种的水稻根系对不同强度的干旱可能采取不同的应对策略,对轻度干旱和中等干旱可能是减少不必要的能量和物质消耗,过度干旱、严重干旱胁迫下才调动大量抗逆相关物质,抵抗干旱的伤害。