马立克病病毒致瘤蛋白Meq转录调节鸡p21基因的表达

为研究马立克病病毒(Marek's disease virus,MDV)致瘤蛋白Meq对细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白p21表达的调节作用,采用RTPCR、Western blot方法检测Meq蛋白表达在鸡胚成纤维细胞(Chicken embryo fibroblasts,CEF)中对p21 mRNA和蛋白水平的影响。然后,构建p21启动子的荧光素酶报告载体,检测Meq蛋白对p21的启动子活性的影响。最后,分别用MDV Md5强毒株和CVI988/Rispens疫苗毒株感染CEF细胞,利用Western blot检测MDV感染后p21蛋白水平的变化。结果:过表达Meq上调p21的mRNA和蛋白表达水平,Meq能够激活p21基因启动子活性,MDV感染细胞中p21蛋白的表达水平也有明显升高。这些发现为了解Meq在MDV感染中的作用机理奠定了基础。     

MDV蛋白同源二聚体功能确立

马立克氏病毒（MDV）是一种可导致鸡肿瘤的疱疹病毒，具有高度传染性，鸡感染几周内可导致恶性T细胞淋巴瘤。MDV编码的一个肿瘤蛋白Meq，其功能与b-ZIP转录因子的Jun／Fos家族想类似。Meq蛋白的亮氨酸拉链区域可以形成同源或者异源二聚体。这两种二聚体的DNA结合力和转录活性都不相同。因此，它们可能对病毒和细胞内基因的转录调控机制也有所不同。美国德克萨斯州农工大学、加州大学达维斯分校比较医学中心和农业部禽病和肿瘤实验室的科研人员对Meq蛋白同源二聚体在MDV致病性方面的作用进行了研究。     

荧光定量PCR检测Meq基因在马立克氏病病毒感染过程中的动力学变化

为探讨马立克氏病病毒强、弱毒株致癌基因Meq在感染过程中的变化规律,本研究用超强毒株RB1B与疫苗株CV1988分别感染次代鸡胚成纤维细胞（chicken embryo fiber cell,CEF）,用荧光定量PCR方法检测Meq的变化规律。结果发现,疫苗株CV1988的Meq在感染细胞内持续上调,而超强毒株RB1B的Meq在感染细胞内72h前为逐渐上调,然后下调;动物感染试验结果发现,超强毒株RB1B的Meq在鸡胸腺和脾脏组织内均表现为感染d21出现一个表达高峰,而疫苗株CV1988的Meq在SPF鸡胸腺q-d14出现高峰,然后下降。有趣的是CV1988的Meq在脾脏组织中d14表达最低,然后持续升高。本研究为进一步研究Meq在马立克氏病病毒感染过程中的致瘤机理提供重要资料。     

禽白血病/肉瘤病毒肿瘤基因及其与致肿瘤机制的关系

根据致瘤机制的差异,禽白血病/肉瘤病毒可以分为两大类,其差异主要在于所表达肿瘤基因的不同.慢性转化型病毒通过插入启动机制间接激活细胞原癌基因,肿瘤形成速度缓慢;急性转化型病毒则是直接转录表达病毒自身基因组中的病毒肿瘤基因,从而诱导肿瘤的快速形成.作者拟对禽白血病/肉瘤病毒肿瘤基因及其与致肿瘤机制的关系进行综述.     

马立克氏病病毒“814”疫苗株基因组重复区序列测定及分析

为了解马立克氏病病毒(MDV)强、弱毒株主要致肿瘤相关基因变异情况,本研究根据MDV GA株基因组序列,设计合成扩增基因组重复区的引物,得到MDV814疫苗株病毒基因组中约26kb的序列片段。与GenBank登录的强、弱毒株进行比较分析表明,扩增的MDV1型814疫苗株的长重复区为12774bp,预测的开放阅读框(ORF)有48个;短重复区为11426bp,预测的ORF有38个。发现了4个MDV814株特有的ORF。814株在编码Meq、RLORF6和23ku的重叠基因内具有类似于疫苗株CVI988的177bp的插入;在RLORF12基因编码区内存在69bp的缺失,该缺失位于病毒复制起始位点内。同时,发现7个814疫苗株特有的氨基酸突变,分布在6个ORF内。单核苷酸多态性(SNP)的鉴定发现,多个基因具有单核苷酸的突变,主要分布于Meq基因,其中氨基酸A115V(丙氨酸-缬氨酸),N142D(天冬酰胺-天门冬氨酸)的变异是814疫苗株所特有的。MDV814疫苗株重复区的基因序列的比较分析将有助于MDV致肿瘤机制的研究。     

肿瘤转移抑制基因Tip30/CC3研究进展

Tip30/CC3是新发现的一种与肿瘤转移抑制相关的基因,在人类的多种组织如心、脑、肺、肾、骨骼肌和胰腺中均有表达,但在多种肿瘤组织中表达下降或缺失.研究表明,一方面,Tip30/CC3是一种转录辅助因子,具有丝/苏氨酸激酶活性,可以和RNA聚合酶Ⅱ最大亚基结合并磷酸化其C末端的七肽重复基序,在特定生理病理环境下调节细胞凋亡和血管生成相关基因的表达,从而促进细胞凋亡和抑制肿瘤转移;另一方面,Tip30/CC3能够以RanGTP非依赖形式直接与Importin β家族成员及核孔蛋白相结合,抑制核转运蛋白的功能,通过抑制核物质输入促进细胞凋亡来发挥抑癌作用.文章就Tip30/CC3基因的发现、结构特点、与肿瘤的关系、功能、作用机理和应用前景进行了综述.     

猪SEPW1基因的转录调控分析

本研究旨在对猪SEPW1基因的潜在启动子区进行克隆及转录活性分析，获得其核心启动子区域，并进一步分析转录因子SP1对SEPW1基因转录活性的影响，为探索SEPW1基因在猪肉质性状方面的功能奠定基础。利用实时荧光定量PCR检测SEPW1基因在大白猪各组织中的表达量，构建空间表达谱；通过PCR技术克隆得到6个逐级缺失的SEPW1基因启动子片段，构建6个双荧光素酶报告载体，通过检测各载体的双荧光素酶活性获得SEPW1基因的核心启动子区域；对核心启动子区进行生物信息学分析，发现潜在的SP1转录因子结合位点；通过过表达、抑制表达、定点突变及凝胶迁移试验（EMSA）确认SP1转录因子结合位点的存在及其对SEPW1基因转录活性的影响。结果显示，SEPW1基因在所检测的4月龄大白猪12个组织中均有表达，其中在腓肠肌及心脏中的表达量较高。双荧光素酶活性显示，猪SEPW1基因5'侧翼区-443~-231 bp为其核心启动子区，且-378~-306 bp存在1个潜在的SP1结合位点。过表达和抑制表达SP1基因结果显示，转录因子SP1能够促进SEPW1基因的转录；定点突变及EMSA试验确认，转录因子SP1可直接与SEPW1基因启动子区的SP1结合位点（-348~-339 bp）相结合。综合以上结果表明，转录因子SP1可直接靶向SEPW1基因的启动子区并促进SEPW1基因的转录。     

禽网状内皮组织增生症病毒感染鸡胚成纤维细胞的转录组学分析

为了更好地揭示禽网状内皮组织增生症病毒(REV)感染致瘤及免疫抑制的机制,利用Illumina HiSeq~(TM)技术对REV感染鸡胚成纤维细胞(CEF)后宿主细胞的转录组学进行了全面分析,鉴定REV感染24 h宿主差异表达基因1 147个,感染120 h差异表达基因2 254个。通过差异表达基因GO分析和KEGG分析,发现TLRs、NLRs、RLRs等模式识别受体信号通路、WNT信号通路、JAK-STAT信号通路等在REV的致瘤及免疫调控机制中发挥重要作用,而且REV感染后可以诱发宿主的炎症反应,进一步加强REV的致病性及与其他病原的混合感染。结果对揭示REV的致病、致瘤及免疫抑制的分子机制提供了新的信息具有重要意义。     

J亚群禽白血病病毒囊膜蛋白胞浆区酪氨酸基序及其变体的表达

J亚群禽白血病病毒(ALV-J)囊膜蛋白Env被认为与其致病致瘤密切相关,然其分子基础尚不清楚.在Env胞浆区发现免疫及肿瘤疾病发生相关的酪氨酸基序(YxxM、ITIM、类ITAM)基础上,研究对GenBank中不同ALV-J毒株Env进行了统计分析.结果发现,34.7％ ALV-J毒株Env仅存在ITIM,63.9％ALV-J毒株Env同时具有ITIM以及YxxM,1.4％ ALV-J毒株Env具有YxxM以及类ITAM.同时,还构建了JS-NT以及4817毒株Env相应酪氨酸变体表达质粒,并在DF1细胞中获得了良好的表达.这些发现及构建的表达质粒,为进一步研究ALV-J Env在ALV-J致病致瘤中的作用及其分子机理奠定了基础.     

香苏杂交猪THTPA、TPK1基因组织表达及其与硫胺素含量的关联性分析

本文旨在探究THTPA、TPK1基因在香苏杂交猪不同组织中的相对表达量与硫胺素含量的关联性。通过克隆香苏杂交猪THTPA、TPK1基因CDS区，并利用生物信息学分析软件预测THTPA、TPK1基因编码蛋白的理化性质、二级和三级结构、不同物种间遗传距离、核苷酸同源性和构建进化树。qRT-PCR方法检测THTPA、TPK1基因在香苏杂交猪不同组织中的转录水平；对不同空腹时长处理的香苏杂交猪各个组织中THTPA、TPK1基因转录水平与硫胺素含量进行关联性分析。结果显示，香苏杂交猪THTPA、TPK1基因CDS区序列分别为693 bp和714 bp，编码的蛋白分子量分别为25 kDa和26 kDa；主要以无规则卷曲和α螺旋为主。qRT-PCR检测结果表明，THTPA、TPK1在各个组织中均有表达。对THTPA、TPK1基因转录水平与硫胺素含量进行关联性分析，THTPA、TPK1基因相对表达量极显著相关，THTPA基因相对表达量与硫胺素含量极显著相关，TPK1基因相对表达量与硫胺素含量极显著相关。本研究成功克隆出香苏杂交猪THTPA、TPK1基因，并进行生物信息学、组织表达特征分析，研究结果为后...     

长链非编码RNA HOTAIR的分析及在黑色素瘤致病过程中互作分子的预测

旨在通过生物信息学分析,预测与HOTAIR相互作用的转录因子、蛋白质及miRNA,为阐明黑色素瘤致病的分子机理提供研究方向,为设计新的药物提供靶标和治疗黑色素瘤提供理论基础。本试验在UCSC数据库中下载8个物种的HOTAIR序列,通过MEGA4.0构建系统进化树;运用lncRNAtor等数据库对长链非编码RNA HOTAIR的上游调控因子,互作的miRNA及相关蛋白进行分析;利用NONCODE和lncDisease等数据库分析HOTAIR在各组织的表达模式及与HOTAIR相关的疾病;使用TargetScan软件在线预测与黑色素瘤紧密相关的一些基因的靶标miRNAs;运用Cytoscape3.2.0软件绘制miRNA-HOTAIR-黑色素瘤相关基因的分子调控网络图。结果表明,HOTAIR定位于人类12q13.13染色体上HOXC11与HOXC12基因的54 356 092~54 368 740nt位点之间,并且HOTAIR在不同的物种之间具有一定的保守性。HOTAIR在不同的细胞中受到多种调控因子的调控。HOTAIR特异表达于各个组织,在睾丸中的表达量明显高于其他组织,而在肺和卵巢中的表达量明显低于其他组织。GO功能分析发现,HOTAIR的靶基因参与细胞凋亡、DNA复制、转录调控等生物学过程,表明HOTAIR在癌症和一些人类疾病的病理及生理学过程中发挥着重要的作用。在HOTAIR的互作分析中发现,HOTAIR与miR-217、miR-203和miR-194等均有互作位点。结果显示,在黑色素瘤中,HOTAIR可能会与MITF和NKX3-1等黑色瘤关键基因竞争性结合miR-217、miR-203和miR-194,从而实现HOTAIR对黑色素瘤的调控,但还需要进一步的试验证明。GO功能分析和KEGG通路分析发现HOTAIR的表达水平与肿瘤的转移、复发以及预后紧密相关,结合一些转录因子对HOTAIR的调控为肿瘤的治疗提供一定的理论基础。     

MCPIP1基因影响牛病毒性腹泻病毒复制机制的研究

MCP-1诱导蛋白(MCPIP1)可以作为转录因子激活凋亡相关基因的转录、抑制炎症相关基因启动子的激活和诱导细胞分化、血管生成,前期研究发现牛病毒性腹泻病毒(BVDV)感染造成MCPIP1基因的表达显著上调.为了进一步研究MCPIP1基因对BVDV复制的影响,本研究利用CRISPR/Cas9技术建立MCPIP1基因敲除...     

家蚕核型多角体病毒对寄主细胞凋亡抑制蛋白BmAPI5表达的影响

API5是一种新的细胞凋亡抑制蛋白因子,能有效抑制细胞凋亡。API5在结构与功能上高度保守,并已在包括家蚕在内的多种昆虫中发现存在同源基因。本文检测了家蚕幼虫BmAPI5基因在BmNPV和大肠杆菌侵染后的转录与表达变化。结果表明,微生物侵染能快速显著诱导BmAPI5基因的转录与表达,其中以BmNPV的诱导作用较为明显。这表明BmAPI5可能参与BmNPV-宿主的互作机制。     

千穗谷TALE转录因子家族的生物信息学分析

TALE转录因子广泛存在于植物中，对植物的生长发育和对外界环境的响应发挥着重要作用。本研究在千穗谷(Amaranthus hypochondriacus)基因组中共鉴定出11个TALE基因。系统发育分析将千穗谷TALE家族蛋白分为BELL和KNOX两个亚家族，同一亚家族中的AhTALEs基因具有相似的基因结构，编码蛋白也具有类似的结构域。蛋白二级结构和三级结构分析都表明AhTALEs蛋白由螺旋-角-螺旋的结构构成。此外，对千穗谷与其他物种的TALE基因共线性关系、组织表达特性和AhTALEs基因启动子区的顺式作用元件分析发现，不同AhTALEs亚家族在各组织中的表达模式不同，并且发现启动子区包含大量非生物胁迫和激素响应元件，这为AhTALE家族的进化分析提供了依据。qRT-PCR分析发现AhTALEs基因在低温和干旱胁迫下的表达水平有不同程度的变化，表明AhTALEs基因能够响应低温和干旱胁迫应答。本研究为开展千穗谷中TALE转录因子在非生物胁迫中的生物学功能研究提供了重要参考。     

GSTO1基因沉默对氟致成骨细胞自噬与凋亡的影响

为探讨氟致成骨细胞自噬和凋亡中GSTO1的作用机制,利用RNA干扰(RNAi)技术,抑制GSTO1基因在小鼠成骨细胞中表达,检测染氟小鼠成骨细胞中自噬和凋亡相关基因表达。针对小鼠成骨细胞GSTO1mRNA序列设计、合成3对21核苷酸序列siRNA(siRNA1、siRNA2、siRNA3);从3对序列中筛选最佳有效片段,然后检测不同质量浓度氟化钠(10~4、10~3、10~2、10、1mg·L^-1)下GSTO1的mRNA转录,确定最佳氟浓度。试验分为空白对照组(control)、阴性对照组(NC-siRNA)、氟化钠组(1mg·L^-1)、沉默目的基因组(siRNA-GSTO1)和氟化钠加沉默目的基因组(NaF/siRNA-GSTO1),用RT-PCR技术检测成骨细胞自噬相关基因LC3、p62、Beclin1、Atg3、Atg5和凋亡相关基因BCL2、Caspase-3的转录,同时应用Western blot技术检测LC3、p62、Beclin1、Atg3和Atg5蛋白表达。结果显示:用HE、吉姆萨、碱性磷酸酶、茜素红四种染色法鉴定试验所用细胞为成骨细胞。确定试验模型中50nmol·L^-1为siRNA的最佳转染浓度,siRNA2为最佳沉默转染片段,NaF的最佳浓度为1mg·L^-1。成骨细胞染氟与GSTO1基因抑制均可使LC3、Beclin1、Atg5和BCL2基因转录显著升高,p62和Caspase-3基因转录显著下降;但与NaF组相比较,NaF/siRNA-GSTO1组LC3、Beclin1、和Atg5基因mRNA转录水平显著降低(P<0.05),而p62和Caspase-3基因转录显著升高(P<0.05)。Western blot检测成骨细胞自噬相关蛋白LC3、Beclin1、Atg5和p62的表达与基因转录趋势完全一致。结果表明,低剂量氟与沉默GSTO1表达均可致成骨细胞自噬增强的同时凋亡减弱,GSTO1对低剂量氟致成骨细胞自噬增强与抑制凋亡有一定的协同效应。     

MDV-1编码miRNA的研究进展

miRNA是具有19～25nt长度的内源性非编码RNA,它通过与mRNA的3'非转录区域(3'-UTR)结合而影响蛋白质的合成,从而达到调控基因的作用。马立克氏病病毒(MDV)是一种可以导致禽类产生肿瘤性疾病的疱疹病毒,而miRNA作为基因转录后调控因子可以影响肿瘤形成过程。文章从MDV-1编码miRNA所处的位置,它们所作用的靶基因及监测它们在感染MDV的组织和细胞中的表达水平三方面阐明了miRNA与MDV-1的致瘤性有着重要的关系。     

LncRNA-NONMMUT131476.1对PHEV复制的影响及其靶基因Nlrc5的验证

长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)是长达200个以上核苷酸的转录本,在不同组织和发育阶段的表达具有特异性。为筛选与猪血凝性脑脊髓炎病毒(porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus,PHEV)致小鼠神经系统损失相关的LncRNA,本试验对正常小鼠和PHEV感染小鼠大脑皮质进行高通量测序,获得PHEV感染过程中LncRNA差异表达数据。经过生物学分析,发现与PHEV感染相关的LncRNA-NONMMUT131476.1位于小鼠第8号染色体Herpud1(homocysteine-inducible,endoplasmic reticulum stress-inducible,ubiquitin-like domain member 1)和Nlrc5(NLR family,CARD domain containing 5)两基因间,由5个外显子构成。利用qPCR方法对感染PHEV的小鼠脑组织和N2a细胞中LncRNA-NONMMUT131476.1及Nlrc5基因的表达量进行检测,发现LncRNA-NONMMUT131476.1和Nlrc5基因的表达量均呈上调。研究发现干扰LncRNA-NONMMUT131476.1后Nlrc5表达被抑制,表明Nlrc5可能为其潜在靶基因。同时,沉默LncRNA-NONMMUT131476.1表达能促进病毒复制增殖,表明该LncRNA可能作为调节因子,参与调控PHEV感染过程,但其具体机制有待于进一步研究。本试验为PHEV感染发病机制和PHEV防制研究提供新思路。     

RNA干涉与基因沉默的研究进展

RNAi是指外源dsRNA引发身体内的基因的同源序列降解．从而表现出基因转录后的沉默后现象，到目前为止在真菌、拟南芬、线虫、锥虫、水螅、涡虫、果蝇、斑马鱼、小鼠等真核生物中都发现存在这一基因沉默机制。研究表明，RNA干涉与植物中的共抑制、真菌中的基因压制，很可能具有共同的基本分子机制。它可以用于功能基因组学研究，也可用于克服转基因生物的基因沉默现象，使外源基因在遗传改良生物中能更好地表达，还用于基因治疗，抑制有害基因的表达等。     

静原鸡miR-107的靶基因预测及生物信息学分析

为探究miR-107在静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积过程中的调控机制,本研究利用相关生物信息学软件和数据库对静原鸡miR-107进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过转录组测序获取静原鸡miR-107序列,进行序列比对和保守性分析;通过TargetScan、miRDB和PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用OmicShare工具对基因集合进行GO功能富集和信号通路富集分析,并讨论HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达水平。结果显示,miR-107序列在各物种间高度保守,miR-107调控的靶基因GO功能富集主要包括细胞过程、生物调节、代谢过程、刺激反应等生物学过程和结合、催化活性、转录调节活性等分子功能;靶基因存在于细胞的多个组分中,包括细胞器、细胞膜、含蛋白质复合物。信号转导通路显著富集于癌症中的microRNAs途径（microRNAs in cancer）、人乳头瘤病毒感染（human papillomavirus infection）、癌症中途径（pathways in cancer）、PI3K-Akt信号通路（PI3K-Akt signaling pathway）中（P<0.05）。miRNA-靶基因互作分析发现,miR-107主要通过与靶基因mRNA的非翻译区靶向结合抑制靶基因的表达。根据HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达数据,发现miR-107在黑素瘤（melanoma）中的表达水平最高,在扁桃体（tonsil）和肌肉（muscle）等组织中表达水平较低。通过对静原鸡miR-107靶基因的生物信息学分析,为miR-107功能及调控机制的深入研究提供参考依据,也为进一步研究miR-107在静原鸡肌肉发育中的作用奠定基础。     

猪SEPW1基因的转录调控分析

本研究旨在对猪SEPW1基因的潜在启动子区进行克隆及转录活性分析,获得其核心启动子区域,并进一步分析转录因子SP1对SEPW1基因转录活性的影响,为探索SEPW1基因在猪肉质性状方面的功能奠定基础。利用实时荧光定量PCR检测SEPW1基因在大白猪各组织中的表达量,构建空间表达谱;通过PCR技术克隆得到6个逐级缺失的SEPW1基因启动子片段,构建6个双荧光素酶报告载体,通过检测各载体的双荧光素酶活性获得SEPW1基因的核心启动子区域;对核心启动子区进行生物信息学分析,发现潜在的SP1转录因子结合位点;通过过表达、抑制表达、定点突变及凝胶迁移试验(EMSA)确认SP1转录因子结合位点的存在及其对SEPW1基因转录活性的影响。结果显示,SEPW1基因在所检测的4月龄大白猪12个组织中均有表达,其中在腓肠肌及心脏中的表达量较高。双荧光素酶活性显示,猪SEPW1基因5′侧翼区-443～-231 bp为其核心启动子区,且-378～-306 bp存在1个潜在的SP1结合位点。过表达和抑制表达SP1基因结果显示,转录因子SP1能够促进SEPW1基因的转录;定点突变及EMSA试验确认,转录因子SP1可直接与SEPW1基因启动子区的SP1结合位点(-348～-339 bp)相结合。综合以上结果表明,转录因子SP1可直接靶向SEPW1基因的启动子区并促进SEPW1基因的转录。