TLR4基因SNP检测及在中外鸡种中的群体变异分析

摘要：以9个地方鸡种（北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡）和3个引进品种（隐性白羽肉鸡、科宝鸡、来航蛋鸡)为素材,利用DNA直接测序技术对Toll样受体4（TLR4）蛋白基因（登陆号为AY064697）的全部外显子、部分内含子及5`调控区共4373bp的序列进行单核苷酸多态性检测,共检测到36个SNPs,其中19个SNPs位于编码区（cSNPs）,12个集中于第三外显子的特定区域上（蛋白的TRR结构域）;10个为错义突变,21个为新发现的SNPs。对集中于第三外显子上的12个SNP位点,在十二个品种的688个个体进行了PCR-SBT检测,这些SNPs 产生的不同基因型及等位基因在12个品种鸡间分布存在显著的差异,推测与该基因的功能存在相关。     

中国荷斯坦牛TLR2基因遗传多态性的研究

以297头中国荷斯坦奶牛为研究对象,以TLR2(Toll like receptor 2)基因为目的基因,扩增目的片段,结合测序结果采用PCR-RFLP和CRS-RFLP技术方法来检测TLR2基因第2外显子的遗传多态性.结果发现:exon 2存在10098(T/G),10111(G/A)和11541(C/T)3个单核苷酸突变,其中11541位点的T/C突变为首次报道.分别选择EcoR V、HaeⅢ、DraⅠ等3种限制性内切酶检测其多态性.10098位点有3种基因型(AA,AB,BB),A、B等位基因频率分别为0.784 5,0.215 5;10111位点有2种基因型(CC,CD),C、D等位基因频率分别为0.985 8,0.014 2;11541位点有3种基因型(EE,EF,FF),E、F等位基因频率分别为0.099 3,0.900 7.10098位点T-G碱基突变导致天冬氨酸突变为谷氨酸(Asp63Glu),10111位点G-A碱基突变引起甘氨酸突变为丝氨酸(Gly68Ser).TLR2基因外显子2上的3个位点基因型在研究群体中的分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(p＞0.05).10098,10111,11541 3个位点的多态信息含量、杂合度、有效等位基因数分别为0.280 9/0.338 1/1.510 8,0.027 9/0.027 9/1.028 7和0.143 4/0.178 9/1.217 9.10098位点达到中度多态,其余2个位点处于低度多态.TLR2基因可作为候选遗传标记,进行深入研究.     

不同鸡品种BLEC1基因序列比较分析

BLEC1基因(C-type lectin-like receptor 1)编码C型凝集素样受体区域,与CD69家族的激活抗原相关,密切联系于禽类的先天性免疫功能。为了探究BLEC1基因在鸡中的遗传多样性以及不同鸡品种之间的抗病性差异,用苯酚和氯仿法提取26个不同鸡品种的DNA,对其BLEC1基因序列进行目标捕获测序,然后以NCBI上红色原鸡的BLEC1基因序列作为参考序列,序列号为NC_006103. 4,通过MEGA 6软件对26个鸡品种的BLEC1基因序列进行序列比对分析,筛选出不同鸡种BLEC1基因序列上的SNPs位点和Indels位点以及对应氨基酸的变化,并根据基因序列的差异运用邻接法系统聚类分析构建进化树。在26个鸡品种中共检测到14个SNPs位点和12个Indels位点,其中有5个SNPs位点和3个Indels位点在外显子上,外显子上的3个Indels位点在鸡种中广泛存在,且Indel1存在于除黑狼山鸡以外的所有鸡种中,这些SNPs位点和Indels位点导致氨基酸发生极大改变,外显子中氨基酸有3个发生错义突变,其余为同义突变。邻接法系统聚类分析将26个鸡品种分为3大类,其中,安卡鸡、SPF-来航鸡和泰和乌骨鸡聚为一类;萧山鸡单独为一类;其余鸡种聚为一类。综上表明,BLEC1基因在我国地方鸡品种中有着丰富的遗传多样性,且与不同鸡种的先天性免疫功能和抗病性相关。     

渤海黑牛MSTN基因多态性位点与体尺性状的关联性分析

为了研究渤海黑牛MSTN基因多态性与体尺性状的关系,采用PCR-SSCP的方法对578头渤海黑牛的MSTN基因的编码区进行分析,结果显示:外显子1和外显子2处没有发现多态性位点,外显子3处发现两个多态性位点,并且两个多态性位点所导致的基因型只有一种,所扩增的产物经过聚丙烯凝胶电泳发现后,有3种基因型.测序结果表明:外显...     

猪TOLL样受体7全基因的扩增、克隆及生物信息学分析

根据猪Toll样受体7基因(TLR7)序列设计、合成1对引物,直接从三元猪外周血淋巴细胞中提取总RNA,应用RT-PCR技术扩增三元猪TLR7全基因,并进行克隆和测序.测序结果表明,获得了三元猪TLR7全基因序列,其大小为3 160 bp,包含一个完整阅读框(3 153 bp),编码1 051个氨基酸残基,有15个潜在的N-糖基化位点和4个潜在的磷酸化位点,信号肽切割部位位于第29～30位氨基酸之间,跨膜基因序列为第844～866位.TLR7基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高.三元猪TLR7基因的成功克隆为进一步研究猪TLR7基因表达、生物学功能、揭示ssRNA病毒入侵宿主的致病机制以及猪抗病毒免疫及育种的相关研究奠定了基础.     

清远麻鸡CAPN1基因单核苷酸多态性研究

摘 要：清远麻鸡属于小型优质鸡种,为探讨其优良肉质形成的分子机理,本研究以隐性白羽鸡作为对照,以CAPN1基因作为影响鸡肌肉嫩度性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法对清远麻鸡和隐性白羽鸡的CAPN1基因外显子4部分序列、内含子4和外显子5部分序列进行单核苷酸多态性分析,共检测到AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。测序结果发现,AA型个体序列与Genbank上登录的序列一致;BB型个体在2418处存在5 bp的缺失突变,在2446处存在T/C突变,在2484处存在C/T突变,在2508处存在C/T突变;CC型个体在2418处存在5 bp的缺失突变,在2446处存在T/C突变,在2484处存在C/T突变。统计了不同基因型在不同品种鸡中的频率分布,结果表明基因型频率和基因频率在两个鸡种中的分布存在显著差异。     

泰和丝羽乌骨鸡IGF-1基因与体重的关联分析

将类胰岛素生长因子1(IGF-1)作为研究泰和丝羽乌骨鸡体重的候选基因,以江西省泰和乌鸡原种场的12周龄鸡为试验材料,根据鸡IGF-1基因序列设计引物,采用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法进行基因型分析,探讨IGF-1基因多态性与泰和乌鸡体重之间的关系。在IGF-1基因第一外显子上发现一处突变,这个突变产生2种基因型(AA和AB),结果表明,泰和乌鸡体重在不同基因型之间均存在显著差异(P0.05)。AB基因型12周龄体重显著高于AA基因型个体(P0.05);IGF-1基因5′端进行PCR-RFLP分析,利用PstI酶切得到3种基因型,经统计分析与泰和乌鸡12周龄体重差异不显著。     

牦牛LPL基因外显子7多态性与生长性状相关性的研究

采用PCR-SSCP技术对5个牦牛品种共398头牦牛脂蛋白脂肪酶基因(LPL)外显子7进行了多态性研究,分析了该基因与牦牛生长性状的相关性.结果表明,牦牛LPL基因外显子7存在2个等位基因3种基因型.各群体在该基因座上呈Hardy-Weinberg平衡状态.三种基因型与牦牛部分生长性状的最小二乘法分析表明,该位点多态与牦牛的体重、体高、胸围存在显著相关(P<0.05),BB型个体体重、体高、胸围显著高于AA和AB型个体.初步推断牦牛LPL基因第7外显子可作为牦牛标记辅助选择的遗传标记之一.     

水稻长链脂肪醇氧化酶基因OsFAO结构分析及其进化研究

我们通过多年来的研究已证实在高等植物中也存在编码类似于工业酵母中长链脂肪醇氧化酶(FAO)的基因.本文对单子叶植物水稻FAO基因的结构、起源和进化进行了分析.利用拟南芥中FAO蛋白的氨基酸序列对水稻基因组进行tblastn及blastp搜索,结果显示在水稻基因组中存在4个FAO基因,1个位于2号染色体,命名为OsFAO1;另外3个在10号染色体上,分别命名为OsFAO2、OsFAO3和OsFAO4.其中位于2号染色体上的OsFAO1,基因由3个外显子和2个内含子组成;10号染色体上的3个FAO基因中,OsFAO3和OsFAO4为2个外显子和1个内含子组成,OsFAO2是由4个外显子和3个内含子组成.序列预测结果显示,OsFAO1编码跨膜蛋白的可能性更大.我们进一步对已知序列的各类原核(874种)和各类真核(包括20种真菌)的基因组进行了分析,发现FAO基因主要存在于真菌和陆生植物基因组中,而不存在于原核和藻类的基因组中.对陆生植物基因组中的FAO基因的分析结果表明水稻中OsFAO1基因序列相对原始.     

27种香稻品种badh2突变位点序列的分析

水稻甜菜碱醛脱氢酶2基因(Badh2)第7外显子和第2外显子的突变是导致稻米变香的主要原因。本研究分别对包含第7外显子或第2外显子的PCR产物进行测序分析,以明确27种适宜海南省种植的香稻品种的Badh2的突变序列。研究结果表明:海香5701、山栏香糯、海香6309等20个品种Badh2基因的突变类型为第7外显子发生了8 bp的缺失和3个碱基的突变,所有27个水稻香稻品种第2外显子序列都未发生改变。本研究结果可为这些香稻品种的保护与鉴定、及作为香味基因供体改良其他优良品种奠定基础。