金华猪个体近交系数的估计方法

采用微卫星标记多重扩增结合荧光标记检测技术,对金华猪Ⅰ系保种群中的127头猪30个微卫星位点的基因型进行了检测,根据检测结果用EXCEL电子表格中数据分析程序对金华猪个体近交系数与微卫星位点基因纯合率间作了相关与回归分析,结果两者的相关系数为0.417 8,达极显著水平(P<0.01),其回归方程y^=0.033 8+0.206 6x。根据回归方程估计了K380、K117、98-200、98-63、972-88等猪的近交系数。     

基于高密度SNP标记重构猪多品种群体系谱

系谱是动物育种的重要信息来源,本研究旨在探究高密度SNP标记重构系谱在生产群体中的效果,填补使用高密度SNP信息重构多品种、大规模真实生产猪群的空白。本研究利用Illumina GeneSeek GGP Porcine 50K芯片对四川某猪场2017—2021年出生的1 471头曾祖代纯种杜洛克猪(n=986)和长白猪(n=485)进行分型,通过共祖片段法(common ancestor fragment method)分析上述两个品种群体内基因组亲缘关系,由此分别重构两品种群体系谱。同时选取有个体芯片分型信息及系谱记录的115头种猪,通过严格控制生产操作流程保证其系谱记录准确无误,用以评价准确性。结果表明,基于共祖片段法利用基因组信息可以同时推断多代次、品种混合的真实生产群体内个体对间的共祖片段分布情况及比例,且较状态相同片段(identical by state, IBS)能更准确的区分个体间亲缘关系,借此判断个体间亲缘关系并进一步推断家系结构。同时该方法在115头种猪的验证群体中共推断出702对亲缘关系,包括系谱记录的全部亲子关系对(n=184)、全同胞对(n=175)、半同胞关...     

基于GBS简化基因组测序数据重建麦洼牦牛保种群系谱

旨在利用简化基因组测序技术(genotyping-by-sequencing, GBS)构建四川省龙日种畜场的3个麦洼牦牛保种群(全黑群、粉嘴群和弗洛群)系谱，为麦洼牦牛保种选育工作打下基础。本研究从3个保种群选取406头麦洼牦牛(全黑群211头、粉嘴群140头、弗洛群55头),采血提取DNA后进行GBS测序，利用获得的SNP对保种群亲缘关系展开研究，并初步构建系谱。结果：GBS测序后获得高质量SNP位点126 122个。PCA分析(principal component analysis, PCA)表明粉嘴群和全黑群有明显的分化趋势，弗洛群与全黑群、粉嘴群部分个体聚类紧密。本研究共计算出164 836个亲缘关系对，依据个体间的亲缘系数，判定出134个全同胞关系，912个半同胞关系，136个疑似亲子关系或全同胞关系，520个疑似半同胞关系或叔侄关系，205个疑似半同胞关系或叔侄关系或祖孙关系。结合群体进化树和亲缘关系分析，将保种群划分为12个家系(G1～G12)。家系遗传多样性分析结果表明，12个家系的观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)为0.288 9～...     

微卫星与金华猪生长性状关系的研究

采用微卫星标记多重扩增结合荧光标记检测技术,对152头金华猪种群的30个微卫星位点的不同基因型与生长发育性状的关系进行了初步分析和显著性检测。结果显示SW 2476、SW 0215、SW 24等3个微卫星位点不同基因型间的出生重差异显著;SW 902、S0143、SW 0215、S0228、SW 24等5个微卫星位点不同基因型间的60日龄重差异显著;S0178、S0218、S0255、S0155、SW 951等5个微卫星位点不同基因型的4月龄重差异显著;而S0217微卫星位点的不同基因型的6月龄重差异显著。     

淮南猪种质资源的亲缘关系研究

为更有效地保护和高效利用现有地方良种资源,充分挖掘其优异基因为育种和生产服务,利用微卫星标记技术,对现有淮南公猪的基因组DNA进行了检测,通过计算等位基因数量、基因频率、亲缘关系、遗传距离等参数,对其遗传多样性的现状进行了初步分析。结果表明:在21个微卫星基因座上共检测到93个等位基因,21个位点的等位基因数为3~8个,平均等位基因数为4.43个;公猪个体间的亲缘关系清晰可见,在系数为0.748水平上可聚为7类。     

利用微卫星标记进行猪亲子鉴定

以杜洛克猪、长白猪、大白猪3个品种的48头系谱清楚的猪为样本,使用PAGE法从55个微卫星位点中筛选出扩增效果好、多态性丰富且便于进行多重PCR扩增的位点,对试验样本逐一进行基因分型,并据此进行亲权确认,建立一种高效的亲子鉴定方法。结果显示,试验选取的14个微卫星位点在48个样本中进行排父率分析,在双亲未知、只知单亲和双亲已知的情况下计算的累积排父率分别为0.978 5,0.998 4,0.999 99;利用建立的亲子鉴定体系对样本中8个家系进行检测,结果累积排父率均大于99.99%。结果表明,试验构建的微卫星标记体系,为亲本信息不明的个体进行亲子关系的验证,纠正潜在的错误系谱,建立完整、准确的系谱体系,保证育种值估计的准确性,保障猪育种工作的正常开展具有非常重要的意义。     

部分地方鸡种微卫星DNA指纹分析

利用20个微卫星标记对我国19个地方鸡种保种群进行了遗传检测,计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明:20个微卫星标记在19个地方鸡种保种群共检测到184个等位基因,平均为9.2个,基因频率分布在0.013-0.838之间。19个地方鸡种平均杂合度在0.5824-0.7432之间。其中藏鸡最高,白耳鸡最低。平均多态信息含量在0.5238-0.7023之间,均大于0.5,表现为高度多态性;19个鸡种聚为6类。各鸡种的遗传距离及聚类结果与所保存的地方鸡种的地理分布、现实状况是相吻合的,从而表明用该方法分析品种间的亲缘关系是可行的。     

利用SNP标记进行上杭槐猪群体系谱构建研究

为了对新组建的上杭槐猪保种群实施有效管理，维持群体遗传多样性，本研究通过“中芯一号”50K芯片对229头上杭槐猪DNA样本进行基因分型，并下载杜洛克猪、大白猪、长白猪等西方商业猪种60K芯片数据，合并后进行群体遗传结构分析，重构上杭槐猪保种群系谱并对上杭槐猪公猪群进行家系划分。结果显示：该上杭槐猪保种群与西方商业猪种群体在遗传结构上有明显区别，其个体种质资源纯正，是良好的保种材料。在5次重复系谱构建中，229个基因型个体亲缘关系均相同，系谱早期的22个虚拟个体及其所属亲缘关系在5次重复中均保持一致从而被保留。上杭槐猪保种群中公猪个体之间的亲缘关系较远，可划分为8个家系进行保种管理。本研究表明，通过数量丰富的SNP数据对多世代上杭槐猪群进行系谱构建与公猪家系划分以进行群体保种管理，可为上杭槐猪群体的保种工作提供科学的指导与建议。     

山西省六个地方羊品种微卫星位点多态性研究

利用5个微卫星标记对山西省6个地方羊品种微卫星DNA多态性进行检测,结果为：6个羊品种平均杂合度在0.6711-0.8316之间,平均多态信息含量在0.6152-0.7982之间,平均等位基因数在6.4-9.2之间,平均有效等位基因数在3.81-6.05之间;总群体在5个微卫星位点的平均遗传分化系数是0.1507。根据标准遗传距离,采用UPGMA方法对6个地方羊品种绘制亲缘关系聚类图,聚类图分为两支,黎城大青羊与阳城白山羊先聚在一起,又与吕梁黑山羊聚在一起,再与洪洞奶山羊聚在一起形成一类,本地绵羊与广灵大尾羊聚在一起形成另一类,最后两类聚为一大类。     

山西省六个地方羊品种微卫星位点多态性研究

利用5个微卫星标记对山西省6个地方羊品种微卫星DNA多态性进行检测,结果为：6个羊品种平均杂合度在0.6711-0.8316之间,平均多态信息含量在0.6152-0.7982之间,平均等位基因数在6.4-9.2之间,平均有效等位基因数在3.81-6.05之间;总群体在5个微卫星位点的平均遗传分化系数是0.1507。根据标准遗传距离,采用UPGMA方法对6个地方羊品种绘制亲缘关系聚类图,聚类图分为两支,黎城大青羊与阳城白山羊先聚在一起,又与吕梁黑山羊聚在一起,再与洪洞奶山羊聚在一起形成一类,本地绵羊与广灵大尾羊聚在一起形成另一类,最后两类聚为一大类。     

甘肃黑猪血浆蛋白多态性与初生重、早期日增重关系的研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳 (PAGE)对 37头甘肃黑猪合成系猪的转铁蛋白 (Tf)、前白蛋白 (Pa)、脂酶 (Es)、淀粉酶 1 (Am1 )、淀粉酶 2(Am2 ) 5个蛋白质基因座的多态性进行了检测。并运用通用线性模型分析了这 5个蛋白质基因座的共 1 7种基因型对初生重、 45日龄内平均日增重的相关效应。结果表明Am1AA型具有显著提高初生重的效应 ,PaAA型具有显著提高 45日龄内平均日增重的效应。因此这 2个位点可望用于标记辅助选择。     

浙江6个地方猪种的mtDNA控制区多态性分析

本研究对淳安花猪等6个浙江地方猪种的116条mtDNA序列进行了多态性分析,参照猪群为长白猪和皖南花猪。结果显示,浙江地方猪种581 bp mtDNA控制区序列中共存在14个变异位点,群体的核苷酸多样度Pi值为0.00403±0.00036;单倍型多样度Hd值为0.835±0.018。地方猪的单倍型从Hap_5至Hap_19共15种,而长白猪为Hap_1至Hap_4。淳安花猪和皖南花猪的单倍型频率均以Hap_8为主(0.680和0.833);嘉兴黑猪以Hap_5(0.625)为主;嵊县花猪和碧湖猪均以Hap_6为主(0.500和0.375);岔路黑猪以Hap_5、Hap_8居多(0.429和0.429);金华猪有11种单倍型,频率最高的是Hap_5(0.241)。NJ系统发生树中,浙江地方猪种大致可分为5支(编号A~E),其中,淳安花猪主要出现在E支,个体数占淳安花猪样本数的68.0%(17/25);C支全为金华猪,个体数占金华猪样本数的29.3%(17/58);D支金华猪个体数占金华猪样本数的24.1%(14/58)。本研究结果表明,浙江地方猪种的mtDNA多态性较为丰富,且与长白猪在基因序列上存在明显差别。地方猪种的单倍型组成和频率与其地理分布及品种的形成特点有密切关系。     

FSHβ基因的多态性分布及其对大白猪产活仔数的影响

为了研究猪繁殖性状候选主效基因FSHβ在大白猪不同胎次中的遗传效应,并应用于大白猪繁殖性状的遗传改良,采用PCR方法检测了该基因在2个大白猪育种群共802头母猪中的多态性分布,并分析了其对产活仔数的影响,其中湖北天种公司大白猪群体样本数为472头,分析统计胎次1774胎,等位基因A的频率为0.447、等位基因B的频率为0.553;宜昌正大公司大白猪群为330头,分析统计胎次1644胎,等位基因A、B的频率分别为0.312、0.688。分析该位点的多态性与产活仔数的关系,结果发现,头胎不同基因型对产活仔数的影响为ABBBAA,二胎为AAABBB,经产胎次和所有胎次均为ABAABB,但差异均不显著。综合分析结果表明,A等位基因对大白猪产活仔数的影响要优于B等位基因,AB基因型母猪的产活仔数要优于其他2种基因型,提高生产猪群该基因的杂合子个体数比例有望取得更大的经济效益。     

荣昌猪和两种小型猪遗传背景的微卫星分析

荣昌猪是我国优良地方品种,巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明:19个微卫星位点在群体中均表现为多态,每位点等位基因数10~23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高,荣昌猪次之;2种小型猪的遗传多样性较低,其中巴马香猪的等位基因数(121个)略大于贵州小型香猪(114个),但其遗传多样性指数(平均期望杂合度0.6535±0.0347)小于贵州小型香猪(0.6919±0.0227),反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异;大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看,荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例(30.22%)要大于大白猪(24.37%);大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低(21.24%~25.12%);巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高(45.06%)。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类,除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外,其他3个猪种间的聚类有所不同。     

Genetic structure of pig breeds from Korea and China using microsatellite loci analysis

To understand molecular genetic characteristics of Korean pigs, the genetic relationships of nine pig breeds including two Korean pigs (Korean native pig and Korean wild pig), three Chinese pigs (Min pig, Xiang pig, and Wuzhishan pig), and four European breeds (Berkshire, Duroc, Landrace, and Yorkshire) were characterized from a 16-microsatellite loci analysis. The mean heterozygosity within breeds ranged from 0.494 to 0.703. Across multiple loci, significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was observed in most pig breeds, except for two Chinese pigs (Min pig and Wuzhishan pig). This deviation was in the direction of heterozygote deficit. Across population loci, 36 of 144 significantly deviated (P < 0.05) from Hardy-Weinberg equilibrium. The mean FST, a measure of genetic divergence among subpopulations, of all loci indicated that 26.1% of total variation could be attributed to the breed difference. Relationship trees based on the Nei's DA genetic distance and scatter diagram from principal component analysis consistently displayed pronounced genetic differentiation among the Korean wild pig, Xiang pig, and Wuzhishan pig. Individual assignment test using a Bayesian method showed 100% success in assigning Korean and Chinese individual pigs into their correct breeds of origin and 100% exclusion success from all alternative reference populations at P < 0.001. These findings indicate that the Korean native pig has been experiencing progressive interbreeding with Western pig breeds after originating from a North China pig breed with a black coat color. Considering the close genetic relationship of Korean pigs to the Western breeds such as Berkshire and Landrace, our findings can be used as valuable genetic information for the preservation and further genetic improvement of the Korean native pig.     

Identification of Hu Sheep Family Based on Microsatellite Markers

The purpose of this study was to explore identification and division methods of Hu sheep family based on simple sequence repeats(SSR) polymorphism.Nine SSR loci of BM3051,HH64,TGLA137,MAF33,FCB48,VH72,INRA023,ETH152 and MCM527 were selected,which were distributed in several autosomes,with high polymorphism and high heterozygosity.DNA was extracted from the blood samples of 30 Hu breeding rams by blood DNA extraction kit.SSR primers were synthesized and labeled with the fluorescent group.The products were amplified by touch-down PCR.After genotyping,CERVUS3.0.7 was used for genotyping analysis.POPGENE1.32 was used to construct a dendrogram based on Nei's genetic distance to divide Hu sheep families.The results showed that the cumulative exclusion probability of single parent was 99.2094% when the genotypes of both parents were unknown,99.9688% when a single parent genotypes were known,99.9999% when both parents' genotypes were unknown.Exclusion probability could meet the requirements of paternity identification and pedigree analysis in genetic breeding.UPGMA clustering map was constructed according to Nei's genetic distance,and 30 breeding rams were divided into six families,which provided a reference for sheep breeding.The method could run the family identification and division of Hu sheep,which had application value for the breeding of Hu sheep.     

基于微卫星标记鉴定湖羊家系

试验旨在基于微卫星（simple sequence repeats，SSR）多态性探索一种鉴定与划分湖羊家系的方法，通过查阅文献筛选出9个分布于多个常染色体、具有高多态性信息、高杂合度的湖羊微卫星位点BM3051、HH64、TGLA137、MAF33、FCB48、VH72、INRA023、ETH152和MCM527。采集30只湖羊种公羊血液，使用试剂盒提取血液基因组DNA，合成筛选出的9个微卫星引物并使用荧光基团标记，利用降落式PCR进行扩增，扩增产物在基因分型后使用CERVUS3.0.7进行基因型分析，使用POPGENE1.32基于Nei氏遗传距离构建树状聚类图，根据图示的亲缘关系远近划分湖羊家系。结果显示，当双亲基因型未知时，9个微卫星位点的单亲累积排除概率为99.2094%；当单亲基因型已知时，9个微卫星位点的累积排除概率为99.9688%；当双亲基因型未知时9个微卫星位点的双亲累积排除概率为99.9999%，排除概率能够满足遗传育种中亲子鉴定和系谱分析的要求。根据Nei氏遗传距离构建UPGMA聚类图，将30只种公羊划分为6个家系，为育种工作提供了一定参考。本方法能够进行湖羊家系的鉴定与划分，对湖羊育种工作具有一定的应用价值。     

不同猪种肉质相关基因Hal、RN和FTO的多态性研究

为了明确肉质相关基因氟烷基因(Hal)、酸肉基因(RN)和脂肪肥胖相关基因(FTO)在国内外不同猪种群体间的遗传变异特性,本研究以大约克、长白、杜洛克和金华猪等猪种群体为研究对象,应用PCR-RFLP技术分别检测了Hal、RN和FTO基因的多态性,并分析了FTO基因上2个多态位点g.276G＞T和c.594C＞G的遗传变异情况.结果表明:(1)在杜洛克猪中发现了Hal的基因型HalN Haln,其频率为0.166,但未发现基因型Haln Haln,其它猪种群体中仅检测到了基因型HalN HalN;(2)在已检测的所有猪种群体中只检测到RN基因的rn/rn基因型,未发现rn/RN和RN/RN基因型;(3)在FTO的g.276G＞T位点上,金华猪呈现单态,其它猪种群体均呈现多态.在FTO的c.594C＞G位点上,4个猪种群体均呈现多态,3个外来猪种群体均以CC基因型频率较高,而金华猪则以GG基因型频率较高.研究结果提示,由于Hal基因在养猪生产中的利弊双重性,因此在某些猪种群体中仍然存在较高频率的HalN Haln基因型.此外,结合FTO基因的生理功能和已有的研究结果,可在特定的猪群中将其作为影响猪肉质性状的候选基因.本研究发现FTO的基因型分布在我国优良地方猪种金华猪与国外3个种猪群间存在较大差异,为深入研究不同品种猪的肉质形成机理提供了基础数据.     

The phylogenetic status of typical Chinese native pigs: analyzed by Asian and European pig mitochondrial genome sequences

China is one of the most diverse countries, which have developed 88 indigenous pig breeds. Several studies showed that pigs were independently domesticated in multiple regions of the world. The purpose of this study was to investigate the origin and evolution of Chinese pigs using complete mitochondrial genomic sequences (mtDNA) from Asian and European domestic pigs and wild boars. Thirty primer pairs were designed to determine the mtDNA sequences of Xiang pig, Large White, Lantang, Jinhua and Pietrain. The phylogenetic status of Chinese native pigs was investigated by comparing the mtDNA sequences of complete coding regions and D-loop regions respectively amongst Asian breeds, European breeds and wild boars. The analyzed results by two cluster methods contributed to the same conclusion that all pigs were classified into two major groups, European clade and Asian clade. It revealed that Chinese pigs were only recently diverged from each other and distinctly different from European pigs. Berkshire was clustered with Asian pigs and Chinese pigs were involved in the development of Berkshire breeding. The Malaysian wild boar had distant genetic relationship with European and Asian pigs. Jinhua and Lanyu pigs had more nucleotide diversity with Chinese pigs although they all belonged to the Asian major clade. Chinese domestic pigs were clustered with wild boars in Yangtze River region and South China.