基于SCoT分子标记的苇状羊茅品种遗传关系及指纹图谱分析

采用目标起始密码子多态性标记（SCoT）对13个苇状羊茅品种进行遗传多样性、遗传结构及指纹图谱分析,以期为苇状羊茅种质资源鉴定、野生种质资源驯化及新品种培育提供理论依据。从80个SCoT引物中筛选出多态性较好、条带清晰且重复性高的引物15个进行扩增,13个苇状羊茅品种共扩增出181条条带,平均每个引物扩增12.07条。其中,多态性条带共176条,不同引物扩增的多态性条带数在7～16条之间,平均每个引物扩增多态性条带为11.73条,多态性条带比率（PPB）为97.24%;有效等位基因数范围在1.311～1.642之间,平均为1.511;基因多样性指数范围在0.184～0.357之间,平均为0.294;Shannon指数范围在0.276～0.518之间,平均为0.435。供试的13个品种间的遗传距离在0.0444～0.1401之间,平均值为0.1003;基于遗传距离的UPGMA聚类分析可将13个品种分为两类,与遗传结构分析结果一致。分子方差分析结果表明,总的遗传变异中有14%发生在品种间,有86%发生在品种内。引物SCoT10、SCoT56、SCoT80可以完全区分供试苇状羊茅品种,采用S...     

基于SCoT标记分析紫花苜蓿遗传多样性的取样数量

本研究采用目标起始密码子多态性(Start codon targeted,SCoT)标记,对600份不同紫花苜蓿(Medicago sativa L.)材料(共6个种质)的基因组DNA进行扩增,分析了不同取样数量下(10,15,20,30,40,50,60,70,80,90和100)紫花苜蓿的遗传多样性,旨在筛选出代表紫花苜蓿种群遗传多样性的最佳取样单株数。结果发现,6条SCoT引物共扩增出80个条带,平均每条引物的扩增条带数为13.3个,多态性条带百分率为100%。在评价不同取样梯度下的紫花苜蓿遗传多样性覆盖度时发现,当取样数量增加至40时,6个供试紫花苜蓿种质的遗传多样性覆盖率均达到95%以上。此外,本试验采用UPGMA与STRUCTURE聚类分析方法,分析了不同取样梯度下紫花苜蓿的遗传结构。结果表明,样本量为40时能够有效反映紫花苜蓿群体间差异。     

用SSR标记进行家蚕日系品种资源指纹图谱的构建及亲缘关系分析

利用微卫星标记(SSR),在DNA分子水平上构建了家蚕84个日本系统二化性品种和9个多化性品种共94个材料的指纹图谱。用68对SSR引物扩增出705条有效带,最多的一对引物有31个等位片段,最少的仅有2个,平均每个引物10.4个。根据每个品种的指纹特征,利用UPGMA聚类法对结果进行分析,发现其SSR标记不但具有系统特异性,而且具有品种特异性,能够证明二化性日系品种与多化性品种在进化上属于显著差异的两个类群,较准确地将各品种按亲缘关系远近聚类。     

国审苏丹草和高丹草品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术,从108对引物中筛选出20对在国审10个苏丹草(Sorghum Sudanense)和7个高丹草(Sorghum bicolor×Sorghum sudanense)品种中进行了指纹图谱构建及遗传多样性分析。结果表明:20对引物在17个品种中共扩增出121条谱带,其中多态性条带有117条,多态性信息含量(PIC)平均为0.703;单对引物能将17个品种区分为2~14个类型,2~5对引物指纹图谱可以将17个品种区分开,可作为鉴别高丹草和苏丹草品种的分子依据;17个品种材料的平均Nei's基因多样性指数(H)为0.480,平均Shannon多样性信息指数(I)为0.820,品种间的相似系数介于0.58~0.96之间,可见,国审苏丹草和高丹草品种具有丰富的遗传多样性。     

基于SSR分子标记的13个白三叶(Trifolium repens L.)品种指纹图谱构建

白三叶(Trifolium repens L.)是一种多年生冷季型豆科牧草,因其具有产量高、品质优良等特点,已成为我国西南地区重要的优质牧草.为分析国外引进的白三叶新品种的遗传多样性,本研究利用简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)分子标记对13个白三叶品种进行品种鉴定及DNA指纹图谱的...     

利用EST-SSR标记构建中国老芒麦品种DNA指纹图谱及种质遗传多样性

本研究利用EST-SSR分子标记,对国内的52份老芒麦(Elymus sibiricus)材料进行遗传多样性的研究,并构建了7个老芒麦品种及栽培材料的DNA指纹图谱。20对EST-SSR引物共产生204个条带,平均每对引物扩增出10.2条带,176(86.27%)条带为多态性条带,表明供试材料具有较高水平的多态性。同时,引物Elw404和Elw195构建的指纹图谱较为容易地将品种和栽培材料与其他材料区别开。分子方差分析(AMOVA)表明,老芒麦地理区域内(73.94%)的遗传变异远高于地理区域间(26.06%)。结构分析将52份材料分为5组,主成分分析(PCoA)结果与之相似。与品种及栽培材料相比,野生材料具有更高的遗传多样性[多态性条带数(NPB)为174,多态性百分比(PPB)为85.29%,香农多样性信息指数(I)为0.296 6,Nei’s基因多样性(H)为0.179 8,观察等位基因数(Na)为1.852 9],可作为重要的遗传资源用于后续的育种工作。本研究结果表明,EST-SSR分子标记可以有效地评价老芒麦种质遗传多样性及进行品种鉴定。研究结果为制定老芒麦种质原位和非原位保护策略提供参考。     

基于最适取样策略的老芒麦种质指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用EST-SSR分子标记,基于最适取样策略构建了 15份老芒麦种质的DNA指纹图谱,并对其遗传多样性进行了评价.结果显示,16对引物扩增出的条带多态信息含量变化范围为0.0457(Ps569)～0.4667(Elw1468s087),表明15份老芒麦材料具有较丰富的遗传多样性.其中,甘南老芒麦种群遗传多样性最丰富(H...     

利用SCoT标记分析不同秋眠型苜蓿的遗传多样性

用L₁₆(4⁵)正交实验设计研究模板DNA、dNTPs、Mg²⁺、Taq酶和引物5个因素的浓度对SCoT扩增迁移率重现率的影响。结果表明,在20 μL反应体系中,2.5 ng/μL DNA、1.00 mmol/L Mg²⁺、1.20 U Taq酶、0.40 mmol/L dNTPs和0.30 μmol/L浓度的引物最为稳定,重现率达到100%。利用最优反应体系从50条引物中筛选出13条扩增效果好的引物,将它们分别扩增34个苜蓿品种,共检测到103个SCoT标记,其中92个位点具有多态性。聚类分析表明,从安徽和江苏两地收集的野生南苜蓿和栽培苜蓿的遗传距离最远,单独聚为一类;其余32个品种苜蓿在相似系数0.757附近分为3个亚群,秋眠型苜蓿品种主要分布在第Ⅱ亚群中,半秋眠型在3个亚群中都有分布,而非秋眠型苜蓿分布在第一和第二亚群中,表明SCoT标记的聚类结果在一定程度上能够反映苜蓿的秋眠型,但并不完全一致。     

Genetic diversity analysis and fingerprint construction of Elymus germplasm based on SCoT markers北大核心CSCD

In this study,SCoT molecular markers were used to analyze the genetic diversity and construct DNA fingerprints of three species of Elymus on the Qinghai-Tibet Plateau to provide a theoretical basis for identification of the different species in collection material. Among 80 SCoT primers, 22 primers were selected for PCR amplification,and a total of 290 bands were amplified,of which 254 were polymorphic with the percentage of polymorphic bands（PPB）of 87.59%. The average values of the Shannon diversity information index（I）,Nei’s gene diversity index （H）,the observed number of alleles （Na）,and an effective number of alleles （Ne） were 0.5411,0.3643,1.9856,and 1.6270,respectively. Cluster analysis results showed that the genetic similarity coefficient ranged from 0.50 to 0.80. At a genetic similarity coefficient of 0.53,46 collections could be divided into 2 groups,and the results of the principal coordinate analysis were consistent with those of cluster analysis. At the same time,the DNA fingerprints of 46 materials were constructed by using 4 SCoT primers. The SCoT molecular marker was suitable for genetic diversity analysis and DNA fingerprint construction of Elymus germplasm resources. This study provides fundamental information for germplasm identification,high-quality character mining,and breeding practice for wild Elymus. © 2022 Editorial Office of Acta Prataculturae Sinica. All rights reserved.     

基于EST-SSR及SRAP标记构建苦荬菜品种(系)DNA指纹图谱

苦荬菜是优良的一年生菊科青饲牧草,为构建苦荬菜品种(系)DNA指纹图谱,筛选出24对EST-SSR引物、32对SRAP引物组合构建指纹图谱。24对EST-SSR多态性引物对收集的14份苦荬菜品种(系)共扩增出270个清晰条带,多态性条带223个, PIC均值0.834,基因多样性指数变幅为0.2464~0.4288,Shannon指数变幅为0.3597~0.6148,可区分品种3~14个;32对SRAP引物检测到多态性条带367个,PIC均值0.826,基因多样性指数变幅为0.2006~0.3898,Shannon指数为0.3167~0.5716,可区分品种2~12个。7个引物在9个品种(系)上能扩增出特征谱带,综合各项遗传多样性指标筛选出IpSSR102、IpSSR80、IpSSR91、Me10+Em5、Me9+Em17,共5个核心引物的40个多态性条带构建苦荬菜品种(系)DNA指纹图谱,每个品种(系)都有一个特异分子身份指纹编码。     

利用SRAP标记分析鸡、鹌鹑及其属间杂交种的群体遗传结构

为了研究鸡、鹌鹑及其属间杂交种基因组的遗传变异程度及其关系,试验采用相关系列扩增多态性(SRAP)标记对鸡、鹌鹑及其属间杂交种进行了DNA多态性分析。结果表明:选用的7对引物组合共产生31个多态性条带,平均每个引物组合产生4.4个多态性条带,每个引物组合产生多态性条带的比例为22.3%;从聚类分析图可知,母本(鹌鹑)和属间杂交种的相似系数远高于属间杂交种与父本(鸡);生理生态学观察结果也显示属间杂交种和母本在外形、习性上更为相似。     

基于trnL-trnF序列的扁蓿豆和青藏扁蓿豆遗传多样性及其群体遗传结构分析

利用青藏高原及其毗邻地区的7个青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai),以及来自上述地区和内蒙古的3个扁蓿豆(M.ruthenica)野生群体,根据叶绿体trnL-trnF基因间隔区序列,对其遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。对161个个体的trnL-trnF序列的分析,共检测到11个核苷酸变异位点,定义了14种单倍型。对单倍型在不同群体中的分布分析显示,青藏扁蓿豆在青藏高原东南边缘地区可能存在避难所,同时在青藏高原边缘地区可能发生了青藏扁蓿豆向扁蓿豆群体的基因入侵。空间分子变异分析和基于K-2P遗传距离的群体聚类均支持将上述群体分为扁蓿豆和青藏扁蓿豆两组,组间的遗传分化程度很大。分子变异分析表明,群体内的遗传变异明显大于群体间的变异,但部分群体间存在较高水平的遗传分化;错配分布和中性检验表明,在采样范围内两种扁蓿豆都没有经历明显的近期种群扩张。研究认为,青藏高原复杂的地形结构、冰期时的气候波动以及扁蓿豆本身的进化历史可能是造成其现今遗传结构形成的主要原因。     

77份裸燕麦品种籽粒相关性状分析北大核心CSCD

对77份裸燕麦品种籽粒品质等相关性状进行测定,运用聚类分析方法对测定指标进行分类比较,并采用灰色关联度进行综合评价,以期筛选出籽粒性状在青海表现良好的裸燕麦品种。主要研究结果如下:1)供试燕麦品种千粒重变异系数最高为49.29%,籽粒粗脂肪和粗蛋白含量变异系数相对较低,分别为12.23%和9.83%;千粒重与籽粒长度、宽度和直径呈极显著正相关;籽粒含水率与粗蛋白、淀粉含量呈极显著负相关,籽粒粗蛋白含量与粗脂肪含量呈极显著负相关;2)灰色关联分析表明77份裸燕麦品种籽粒性状综合评价较高的3个品种分别为5号(0.679)、73号(0.676)和26号(0.649);3)供试燕麦性状聚类分析表明,77份裸燕麦品种可被分成6个类群,其中类群Ⅵ中综合评价前10的品种占70%,包括综合评价较高的3个品种(5号、73号和26号),可考虑作为优异燕麦品种的选择区域。     

20个紫花苜蓿品种的ISSR遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术,对来自美国、加拿大、澳大利亚和荷兰等4个国家的20个紫花苜蓿品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示:从100条ISSR引物中筛选出10条带型清晰、多态性较好的引物,共扩增出75条带,其中62条呈多态性条带,多态性比率(PPB)为82.67%。20个紫花苜蓿品种的遗传相似性系数为0.60~0.87,平均为0.75,其中Algonquin与Phabulous之间的遗传相似性最高,达0.87,Sanditi,WL232和4020品种间,以及32IQ和Sequel品种间的遗传相似性最低,均为0.60。UPGMA聚类分析结果可将20个紫花苜蓿品种划分为6大类群,充分说明其具有丰富的遗传多样性。     

基于遗传多样性评估燕麦品种的农艺性状

为客观评价燕麦种质资源重要农艺性状的遗传多样性,并为黑龙江地区燕麦新品种选育提供关键数据,对51份燕麦种质资源13个农艺性状进行了形态多样性指数分析,并对其中的9个数量性状进行了聚类分析和主成分分析。结果表明,各性状的遗传多样性指数均较大,遗传多样性指数最高的是主穗长(1.517),其次为株高(1.448)和主穗粒重(1.414),性状变异系数最大的是主穗小穗数(34.8%),其次为主穗粒重(33.1%)和单株分蘖数(27.4%);聚类分析将51份燕麦品种的9个数量性状分为4大类群,类群Ⅰ为有益性状不明显,为多目标性状育种的亲本材料,类群Ⅱ为选育矮秆育种目标亲本材料,类群Ⅲ为高杆、增加分蘖数育种目标亲本材料,类群Ⅳ为选育大粒型、多轮层数、多小穗数等育种目标亲本材料。主成分分析结果表明,前3个主成分对变异的累计贡献率为70.09%,第一主成分反映种子产量,第二主成反映单株分蘖数,第三主成分反映株高。     

不同燕麦品种对蚜虫的抗性比较试验

对25个燕麦品种对麦无网长管蚜为主的蚜虫自然混合种群的抗性进行了初步鉴定,结果表明:不同的燕麦品种对蚜虫的抗性表现出明显差异,其中,白燕3号为免疫品种,高抗的品种有青海444、白燕4号等6个品种;Pauc、白燕6号等7个品种为抗虫品种;9401-2-1等3个品种为中抗品种;青引1号、青引2号等7个品种为感虫品种;草坝1号为高感品种。