‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析

【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel(insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42%,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的。     

沪农系列灵芝新品种活性成分及免疫活性对比研究

以相同条件下栽培获得的沪农系列7个不同品种的灵芝(Ganoderma lucidum)子实体作为研究材料，分析比较其总多糖、核苷、三萜和糖醇的含量、多糖重均分子量分布特征差异以及刺激RAW 264.7巨噬细胞释放NO的活性。结果表明：不同品种灵芝总多糖含量在1.15%～5.11%之间，含量较高的3个品种由高到低为‘沪农芝7号’(5.11%)、‘沪农芝8号’(2.36%)、‘沪农灵芝4号’(2.07%)。不同灵芝品种粗多糖分子量分布存在差异，‘沪农灵芝4号’主要含有重均分子量为3.38×10⁶、4.24×10⁶、4.38×10³g·mol^-1的三个多糖组分，‘沪农灵芝1号’主要含有重均分子量为1.01×10⁷和8.03×10³g·mol^-1的两类多糖组分，‘沪农芝7号’主要含有重均分子量为4.50×10⁵、6.20×10³ g·mol^-1的两个多糖组分，其余4个品种均含有...     

利用均匀设计法优化鸡(土从)母种培养基

鸡(土从)菌丝生长缓慢,在培养过程中极易被污染,为了提高鸡地从菌丝生长速度,减少被污染的机率,在前期单因素试验筛选鸡(土从)母种培养基中的碳源、氮源、氨基酸、维生素、无机盐、蚁穴浸提物、抑菌剂等结果的基础上,选取马铃薯汁、麦芽糖、酵母膏、VB_9、脯氨酸、可溶性碳酸钙清液、磷酸二氢钾、硫酸镁、蚁穴浸液、链霉素等10个因子,每个因子设12个水平,采用U₁₂(12¹⁰)均匀设计表设计试验方案,对鸡(土从)母种培养基进行优化。最优母种培养基配方为马铃薯汁126.20 mL·L^-1、麦芽糖11.63 g·L^-1、酵母膏5.50 g·L^-1、VB_9 47.90μg·L^-1、脯氨酸23.37μg·L^-1、可溶性碳酸钙清液0、磷酸二氢钾0.07 g·L^-1、硫酸镁4.19 g·L^-1、蚁穴浸提物61.82 mL·L^-1、链霉素2.33 mg·L^-1。利用该优化配方的培养基培养的鸡(土从)母种,其菌丝生长速度快,长势强。     

不同灵芝菌株子实体多糖的特征分析及免疫活性评价

采用高效分子排阻色谱-多角度激光光散射-示差折光检测器联用法对不同灵芝菌株的110个(Ganoderma lucidum)子实体样品的多糖重均分子量分布进行分析,依据出峰时间和出峰数量,可将这些样品分为4组：A组有7个样品,其子实体多糖含3个组分GLP 1、GLP 2、GLP 3;B组有77个样品,其子实体多糖含1个组分GLP 3;C组有24个样品,其子实体多糖含2个组分GLP 1、GLP 3;D组有2个样品,其子实体多糖含2个组分GLP2和GLP3。GLP1、GLP2的重均分子量分别为1.85×10⁶～5.47×10⁶、2.16×10⁶～5.73×10⁶ g·mol^-1,GLP3的重均分子量约为10⁴ g·mol^-1。用乙醇分步沉淀法对8个代表性灵芝子实体的高分子量多糖组分(重均分子量>10⁶ g·mol^-1)进行分离,得到纯度较高的GLP1(多糖含量80.47%～92.52%)和G...     

灵芝亲本及其杂交菌株液态发酵胞外多糖理化特征及刺激Dectin-1受体和巨噬细胞活性比较

在相同条件下分别液态发酵培养赤芝(Ganoderma lucidum)G0119、G0154及其杂交菌株GZ36，比较不同发酵时间(24、48、72、96 h)所得胞外多糖的含量、重均分子量分布特征、单糖组成特征和免疫活性差异。结果表明：3个菌株的胞外液在21～26、34～44 min时间段均出现2个峰(P1、P3)，而GZ36在26～33 min时出现峰P 2。在实验范围内，随着发酵时间延长，3个菌株的不同组分含量均呈现增加趋势。发酵终点72 h的胞外多糖P1、P2、P3的重均分子量分别为5.193×10⁶～8.957×10⁶、4.437×10⁶、6.033×10⁴～8.148×10⁴g·mol^-1。与60%乙醇沉淀组分(60 E)相比，3个菌株胞外多糖的20%乙醇沉淀(20 E)组分的产量较高。与亲本菌株G0119、G0154的20E组分相比，杂交菌株GZ36的20E组分产量(0.46 g·L^-1)较高，其多糖含量(82.96%)...     

草菇全基因组框架图

采用Roche 454 GS FLX测序技术和Solexa测序技术相结合,进行了草菇(Volvariella volvacea)全基因组的测序,最终获得了长度为35.67Mb的草菇全基因组序列。通过生物信息学预测,获得了11097个蛋白编码基因,其中5516个基因有明确的功能注释信息。这是在国际上首次报道的草菇基因组框架图。     

甜瓜内源病毒CmEV的TaqMan RT-qPCR检测方法研究

甜瓜内源病毒(cucumis melo endornavirus,Cm EV)是近年来发现的寄主广泛、发病率高、种传率高的重要病毒。利用Cm EV基因组的序列信息设计特异性引物和探针,建立基于探针法的实时荧光定量PCR(Real-Time Fluorescent Quantitative PCR with Taq Man probes,Taq Man RT-q PCR)的检测方法。该方法可以检测出1×10^-2 ng·μL^-1的RNA和1.8×10³ copies·μL^-1的质粒,灵敏度是普通PCR的100倍。利用该方法检测了在北京、山东、辽宁、海南瓜类种苗主产区的甜瓜、西瓜、黄瓜与南瓜砧木11份种苗带毒情况,发现山东和海南各有1份甜瓜种苗携带Cm EV。本研究建立的CmEV TaqMan RT-q PCR方法特异性好、灵敏度高,可为开展病毒精准鉴定、科学防控以及从源头遏制病毒传播提供技术支撑。     

草莓病毒1山东分离物全基因组分析

草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)属于弹状病毒科(Rhabdoviridae)细胞质弹状病毒属(Cytorhabdovirus),可侵染草莓。利用高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)结合RT-PCR和RACE技术从采自山东省烟台市乳山市草莓种植基地的草莓品种‘全明星’上获得了StrV-1山东分离物(StrV-1-CN)的基因组全长(GenBank登录号:MW795715)。该分离物基因组全长为14 051 nt,3’和5’非编码区序列分别为181和767nt,其负义链含有9个开放阅读框(open reading frame,ORF),从3’到5’端分别编码N、P’、P、P3、M、G、P6、P7和L等9个蛋白。序列分析表明,StrV-1-CN与已报道的StrV-1分离物基因组全长核苷酸序列一致性为77%～88%。系统发育分析结果表明,StrV-1-CN与捷克分离物B和1/2017聚在一个分支,亲缘性最近。     

桑叶葡萄叶绿体基因组及其特征分析

桑叶葡萄(Vitis ficifolia)是中国重要的葡萄属野生资源。以桑叶葡萄'九里沟桑4号'为试验材料,利用Illumina HiSeq PE150测序平台完成了其全基因组重测序,并组装了其叶绿体基因组。注释结果表明,桑叶葡萄叶绿体基因组全长160 751 bp,呈典型的四分体结构,其大单拷贝区(large single copy,LSC)、反向重复序列(inverted repeat,IR)和小单拷贝区(small single copy, SSC)的长度分别为88 971、26 355和19 070 bp。注释共得到133个基因,包含88个蛋白编码基因,8个rRNA基因,37个tRNA基因。在桑叶葡萄中共搜索到84个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复基序个数分别为55、8、9、9和3个。用MEGA软件,通过邻接法对包括5个葡萄种类的32个种的叶绿体基因组序列进行聚类分析,结果表明,桑叶葡萄与山葡萄(Vitis amurensis)、欧亚种'黑比诺'(V.vinifera'Pinot Noir')、夏葡萄(V.aestivalis)以及圆叶葡萄(V.rotundifolia)具有较近的亲缘关系。     

甜瓜属人工异源四倍体早期基因组变化的初步研究

 利用AFLP技术对甜瓜属人工异源四倍体(Cucumis ×hytivus Chen and Kirkbride, 2n = 38) 不同自交世代及二倍体亲本DNA进行分析, 结果表明多倍体基因组在形成早期发生了广泛的变化, 变化位点所占比例高达22.2%。基因组序列变化始于F₁ 代, 最高变化率出现在S2 代。基因组变化主要表现为部分亲本片段丢失、新片段产生以及后代对亲本某些位点的跳跃式继承。还观察到部分双亲差异性条带呈现出偏父性遗传的特点。     

李属坏死环斑病毒辽宁桃树分离物基因组分析

采用RT-PCR和RACE技术,克隆了李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)辽宁桃树分离物全长基因组。用Vector NTI Advance 11软件进行基因组结构注释。用SDTv.1.0软件分析该分离物与Gen Bank中公布的其他PNRSV分离物间的核酸一致性,并用MEGA5.0软件和RDP3软件对各PNRSV分离物进行系统发育分析和重组分析。结果显示:PNRSV辽宁桃树分离物基因组由3条正义单链RNA组成。RNA1由3 332个核苷酸构成,具有一个开放阅读框(nt 30~3 167),编码一个约117.0k D的复制酶相关蛋白P1。RNA2由2 591个核苷酸构成,具有一个开放阅读框(nt 27~2 426),编码一个约99.0 k D的复制酶相关蛋白P2。RNA3由1 943个核苷酸构成,具有两个互不重叠的开放阅读框分别编码一个运动蛋白(nt 175~1 026)和一个外壳蛋白(nt 1 100~1 774),这两个开放阅读框的间隔区为73个核苷酸。PNRSV辽宁桃树分离物的RNA1、RNA2和RNA3与其他已经公布的PNRSV分离物间,核酸序列一致性分别为91.8%~98.8%,93.3%~99.2%和87.7%~99.0%。基于RNA1、RNA2和RNA3全长序列构建的系统发育进化树,分别将已报道的PNRSV分离物划分为3个、2个和3个组,PNRSV辽宁桃树分离物分别属于RNA1Ⅰ组、RNA2Ⅰ组和PV96组。基于RNA1、RNA2和RNA3全长序列进行的重组分析表明各PNRSV分离物基因组间不存在重组。PNRSV辽宁桃树分离物基因组序列是世界首个来源于桃树的PV96组基因组序列。     

利用模糊搜索获得柑橘全基因组抗病基因同源序列的初步研究

本研究利用模糊搜索的方法,在2个柑橘基因组数据库中搜索到了3 731条柑橘抗病基因同源序列,并根据已知的注释信息对将其归为两类。这对研究柑橘抗病基因同源序列的分布及多样性具有重要意义。     

新疆野苹果与‘元帅’‘金冠’的叶绿体基因组比对研究

新疆野苹果（Malussieversii）被认为是现代栽培苹果的祖先物种。为有效保护苹果遗传资源,揭示新疆野苹果和栽培苹果叶绿体基因组的差异,验证现代栽培苹果是否起源于新疆野苹果。对新疆野苹果和栽培苹果‘元帅’和‘金冠’的叶绿体全基因组进行了测序、组装和注释,获得了其叶绿体基因组物理图谱,并进行了比较基因组分析和系统发育分析。结果表明,新疆野苹果和两个栽培苹果品种的叶绿体基因组均为四段式结构,其基因组总长度在160 068～160 288 bp之间;共注释出131个基因,其中蛋白编码基因86个,t RNA基因37个,r RNA基因8个;新疆野苹果与栽培苹果的碱基组成也基本相似,AT/GC含量基本相同;新疆野苹果鉴定出43个重复序列和64个简单重复序列位点,栽培品种‘元帅’鉴定出49个重复序列和61个简单重复序列位点,‘金冠’鉴定出43个重复序列和57个简单重复序列位点。系统发育分析结果表明：基于全序列构建的贝叶斯进化树在各个节点具有很高的支持率,苹果属的所有物种形成一个单系群（支持率100%）,新疆野苹果和两个栽培苹果品种聚在一起,形成一个小分支（支持率100%）,且新疆野苹果位于该小...     

黑龙江省绥棱县多情景景观格局变化特征及碳储量时空演变分析

基于2000、2010、2020共3期绥棱县土地利用数据,利用InVEST模型测算2000—2020年绥棱县碳储量变化,并通过FLUS模型与Fragstats模型模拟出3种场景下绥棱县景观格局及碳储量变化。结果表明：1)2000—2010年期间,绥棱县景观破碎度增加,蔓延度下降;碳储量呈现上升趋势,共增加1.076×10⁵ t。2010—2020年期间,景观破碎度加剧,景观异质性增加;碳储量下降趋势明显,共减少0.609×10⁵ t。2)3种场景下景观异质性均有增加,生态保护场景相较其他2种场景有所缓解,自然发展场景与农田保护场景下碳储量均呈现下降趋势,分别为18.051×10⁶、18.059×10⁶ t,其中生态保护场景下碳存储量有所增加,为18.116×10⁶ t,相较自然发展场景高出6.08×10⁴ t。因此,通过分析绥棱县不同场景下土地景观格局变化特征,进而计算碳储量变化,为绥棱县国土空间规划提供参考依据,其中生态保护场景更有利于城镇发展,故应遵循...     

中国鸡菌的种类与分布

鸡菌属又称蚁巢伞属Termitomyces Heim。是Heim(1942)针对白蚁(termite)共生的伞菌提出的。Heim(1977)在其专著“Termites et Champignons”中描述了28种,并把它们分为2个亚属:真鸡(土从)菌亚属和早熟鸡(土从)菌亚属。真鸡(土从)菌亚属分为6个亚组和1类:条痕组、乳头组、钝顶组、粗柄组、盾形组、绵毛组和靛青色鸡(土从)类。分类学上属真菌门,担子菌亚门,层菌纲同担子菌亚纲,口蘑目,鹅膏菌科。早期文献中列为Tricholomataceae,不恰,因本菌幼时有菌环,其孢子特征及褶片组织均应属于鹅膏菌科。     

负载量对次郎甜柿产量和果实品质的影响及经济效益分析

以5～6年生次郎甜柿为试材，设计4个目标产量的负载量水平，分别为5.25×10⁴、4.50×10⁴、3.75×10⁴、3.00×10⁴kg/hm²，并调查树体生长状况、枝类组成、产量、果实品质及经济效益等指标，筛选适宜的负载量，为生产中选择合理的产量提供理论参考。结果表明：随着负载量的降低，冠径、中枝数、长枝数、总枝数逐渐减少，结果枝、营养枝粗度逐渐增加，有利于生产优质大果；植株结果数急剧下降，果实横径、纵径及单果重均显著增大；果实硬度显著增加，可溶性固形物含量呈上升趋势，果实品质提高；优质果率显著提升，提高了经济效益；果园病虫害降低，果园管理所用的劳动力和药剂成本降低。因此，每公顷留果3.75×10⁴kg为次郎甜柿最佳负载量，该负载量水平的树体生长状况良好，枝类组成结构合理，产量和果实品质较高，利于树体养分积累和丰产稳产。     

1株野生亚侧耳的分离鉴定及其生物学特性分析

从西藏林芝市觉木沟采集到一株野生蘑菇,编号为HGHZ01。为明确该菌株的分类学地位及生物学特性,结合形态特征及ITS序列聚类分析对其进行了鉴定,通过单因素和正交试验探讨了不同因素对该菌株菌丝生长的影响。结果表明,该菌株的形态特征与灰白亚侧耳相符,与灰白亚侧耳ITS序列一致性达99%以上,并在系统发育树上聚为一支,确定该菌株为灰白亚侧耳(Hohenbuehelia grisea),是西藏新纪录种。生物学特性研究表明,该菌株菌丝生长的最佳碳源为果糖,最佳氮源为酵母膏,最适pH为9,最适温度为25℃。正交试验表明,该菌株最佳生长条件组合为果糖20 g·L^-1、酵母膏2 g·L^-1、pH 9、温度25℃。     

香菇L808细胞核与线粒体基因组注释分析

对香菇品种L808细胞核与线粒体基因组进行注释分析,结果表明,L808核基因组中含有29.48%的重复序列,以长末端逆转录重复序列（LTRs）为主,其中Gypsy超家族占到基因组的19.07%,Copia超家族仅占2.22%。经结构预测,核基因组中有11 490个编码基因,转录本平均长度1 854.69 bp,基因编码区平均长度1 418.70bp,基因外显子平均为6.19个,基因内含子平均为84.02个。共有11 227个基因得到具体注释,其中碳水化合物活性酶相关基因共660个。L808线粒体基因组全长121 411 bp,编码44个基因,包括18个蛋白质编码基因,1个核糖体基因和26个转运RNA基因,其中cox1、cox3、nad1、nad5、cob等5个基因中存在内含子。     

番茄苗期耐盐相关遗传位点鉴定及分子标记开发

以501份番茄重测序自然群体为研究材料,于苗期测定Na⁺和K⁺含量并计算Na⁺/K⁺比值,通过全基因组关联分析及单倍型分析,筛选耐盐相关显著关联位点,鉴定基于显著关联位点不同基因型材料的耐盐表型,利用该位点开发分子标记及验证。结果表明：大果番茄的驯化和改良过程导致了植株地上部Na⁺含量和Na⁺/K⁺比值的降低。通过全基因组关联分析在7号染色体上鉴定到与番茄地上部Na⁺含量和Na⁺/K⁺比值显著关联位点NTC7(Na⁺tolerance loci on chromosome 7),该位点包含两个功能已知的耐盐基因,HKT1;1和HKT1;2。序列分析和单倍型分析鉴定到HKT1;2启动子上存在1个6bp插入缺失与地上部中Na⁺含量和Na⁺/K⁺比值高度关联,通过盐处理验证该位点与番茄耐盐...     

贵州威宁红花油茶的叶绿体基因组特征分析

对威宁红花油茶（Camellia weiningensis）的叶片高通量测序数据进行叶绿体全基因组的组装和注释分析。其叶绿体全基因组长为156 490 bp,包含典型的四分体结构,序列已登录GenBank（MK820035）。叶绿体全基因组比较分析表明,与其他山茶属物种一样,其结构与基因排序均保守,但在基因组的反向重复区边界处表现出明显区别。简单重复序列（SSR）分析表明,全基因组仅包含51个单核苷酸重复的SSR,且仅为A/T重复类型。系统发育分析表明,威宁红花油茶与腾冲红花油茶亲缘关系最近,但其所处分支包含的4个山茶属物种的分组与传统分类不一致。