利用SRAP和SSR标记对汉中地区主要油菜品种的遗传多样性分析

【目的】掌握陕西省汉中地区主要推广油菜品种的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各品种间的亲缘关系,为油菜育种提供理论依据。【方法】利用24对有多态性的SRAP标记和17对SSR标记,PCR扩增采用复性变温法,对34份陕西省汉中地区主要推广的油菜品种资源进行遗传多样性分析。【结果】2种不同的复性温度都取得了好的扩增条带,SRAP标记共检测到145个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SRAP位点的遗传多态性信息含量在0.19⁰.74之间,平均值为0.48。供试材料的遗传相似系数集中在0.560.74之间,平均值为0.48。供试材料的遗传相似系数集中在0.56⁰.94之间。SSR标记共检测到99个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.120.94之间。SSR标记共检测到99个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.12⁰.74之间,平均值为0.40,遗传相似系数集中在0.620.74之间,平均值为0.40,遗传相似系数集中在0.62⁰.91之间。【结论】SRAP标记的遗传多态性比SSR标记高,SRAP标记聚类更接近系谱分析。陕西省汉中地区主要推广的油菜品种遗传相似度较高,亲缘关系较近。     

基于SSR和SRAP标记苦瓜种质遗传多样性分析

种质资源遗传多样性是苦瓜遗传改良的材料基础。用SSR、SRAP标记对46份苦瓜种质遗传多样性进行分析及评价,结果表明,从26对SSR和196对SRAP引物中分别筛选获得14和33对多态性引物,并分别扩增出70和637条谱带,其中多态性条带分别为60和90个。利用软件进行聚类分析,46份供试苦瓜种质的遗传相似系数在0.61~0.88之间,取阈值0.656可将46份苦瓜分为4大类群。依据供试材料的亲缘关系,可以为亲本选配和杂种优势利用提供理论基础。     

不同生态类型甘蓝型油菜的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记研究了35个甘蓝型油菜(17个春性品种(系)和15个半冬性品种(系)以及3个春性品系与半冬性品系杂交选育出来的品系)的遗传多样性及其亲缘关系。研究结果表明:①30对SSR标记共扩增出90个多态性片段,其中多态性位点占总扩增位点的92.8%,平均每对引物检测等位基因3个,片段大小介于100~1 000 bp间。②利用由非加权类平均法(UPGMA)聚类分析表明,在遗传相似系数0.698处将35份材料分为5类,第I类包括17个材料,这17个材料除22号YYC-2为半冬性外,其余的均为春性材料;第Ⅱ类包括12个材料,其中18、19、20为春性和半冬性品系杂交选育出来的品系,其他的均为半冬性材料;第Ⅲ类包括3个半冬性材料,分别为华双3号、浙油758和华双2号;第IV类包括一个春性材料Wester;第V类包括两个半冬性材料中双9号和中双10号。从上述聚类结果看出总体上春性和春性材料聚在一起,半冬性和半冬性材料聚在一起,表明春性和半冬性品种(系)的遗传差异比较大。     

39份油菜品种的SRAP遗传多样性分析

为从分子水平上了解油菜的遗传性,采用SRAP标记,对39份2010—2011年度参加国家区试的油菜品种的遗传多样性进行了分析。结果显示:13对SRAP引物共扩增出314条带,其中,68条带具有多态性,多态率为21.7%,平均每对引物组合的谱带数和多态性带数为24.2条和5.2条。通过UPMGA法进行聚类分析显示,在相似系数0.670处供试材料可被分为(A,B,C,D,E,F)6个簇,其中,A簇包括11份材料,B簇15份材料,C簇6份材料,D簇4份材料,E簇2份材料,F簇1份材料。同一地区或同一育种单位的材料除少数表现出亲缘关系较近外,其余均表现出更丰富的多态性。来自于湖北的10个材料分属于A、B1、B2、D、E、F共6个簇;来自四川的7个材料分属于A、B、C共3个簇。各育种单位的育种材料遗传多样性较之前有所增加。     

用SRAP标记分析中国甘蓝型油菜品种的遗传多样性和遗传基础

 【目的】探讨中国甘蓝型油菜遗传多样性和遗传基础。【方法】采用SRAP（sequence-related amplified polymorphism）标记对建国以来不同时期选育的130个品种进行分析。【结果】25个SRAP引物组合共扩增到509个谱带、123个多态性带；多态性带的比例为24%。每对引物组合的谱带数和多态性带数分别为20.4个和4.9个。在遗传距离为0.12处，将130个甘蓝型油菜品种（系）分为A、B、C、D 4个类群，其中78.5%的品种归入C类。C类又可在遗传距离0.10处分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5个亚群，又有58.5%的品种归入Ⅲ亚群。说明我国近60%的甘蓝型油菜品种遗传多样性较匮乏。遗传基础分析结果表明，20世纪80年代前育成的甘蓝型油菜品种的遗传基础最窄，80年代最宽，90年代略有下降。进入21世纪，品种间的遗传基础进一步下降。差异显著性测验结果表明，1991~2000年间与2000年以后育成的品种间的平均遗传距离差异不显著，80年代前育成品种与80年代育成的品种平均遗传距离间差异达到0.01显著水平，80年代与90年代育成的品种间遗传距离差异达到0.05的显著水平。我国育成的品种间的遗传距离与引进品种间的遗传距离差异达到0.01的极显著水平。【结论】SRAP标记是一种经济、有效和可靠的分子标记手段。     

利用SSR和SRAP技术分析广西柑橘种质遗传多样性

利用SSR和SRAP 2种分子标记技术对11份广西野生柑橘种质、13份广西地方品种和10份对照品种,共计34份柑橘类材料进行遗传多样性分析,结果表明:选用22对SSR和11对SRAP引物组合进行PCR扩增,依次获得221和215条多态性条带,平均每对引物获得10.1和19.5条多态性条带;SSR聚类图显示34份柑橘种质两两之间的遗传相似系数为0.78~0.96,SRAP聚类显示遗传相似系数为0.60~0.92;2种分子标记基本上能有效地区分宽皮柑橘类、枸橼类、柚类、大翼橙类、宜昌橙类和马蜂柑;同时,广西地区宽皮柑橘类与道县野橘、皱皮柑类与元橘、印度野橘与枸橼类的尤力克柠檬、大种橙与大翼橙类和阳朔金柑、柚类与大翼橙类亲缘关系紧密。     

特早熟春性甘蓝型油菜品系及其亲本的SSR遗传多样性

利用SSR标记研究了60个通过甘蓝型油菜与白菜型油菜种间杂交培育出的特早熟春性甘蓝型油菜品系及其3个亲本的遗传多样性及其亲缘关系。研究结果表明:①39对SSR标记共扩增出145个多态性片段,其中多态性位点占总扩增位点的97.3%,平均每对引物检测等位基因3.72个,片段大小介于50~550 bp间。②聚类分析可将全部材料划分为A、B共两大类群,白菜型亲本浩油11号单独聚在A类,两个甘蓝型亲本(E144、039)和60个后代杂交种共同聚在B类,而来源于同一组合的品系又被划分到不同的亚类,没有完全聚到一起,说明利用甘蓝型油菜与白菜型油菜种间杂交创造出来的新型甘蓝型油菜品系具有丰富的遗传多样性,且与它们的甘蓝型亲本有一定的遗传差异。     

利用SSR标记分析高含油量甘蓝型油菜 种质资源遗传多样性

为揭示高油甘蓝型油菜种质资源的遗传背景,明确各材料间的遗传距离,加快陕南地区高油育种进程,利用20对甘蓝型油菜首选的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)核心引物,对陕南地区65份含油量达40.58%～53.52%的甘蓝型油菜育种材料进行遗传多样性分析,利用NTSYS-pc1.10e计算材料间多态性信息含量指数(PIC),并用非加权配对算术平均法(unweighted pair group method using arithmetic average,UPGMA)对材料进行聚类分析。结果表明,从20对SSR核心引物中共筛选出7对最佳引物,平均每对引物检测到7个条带。供试材料的PIC值分布在0.33～0.86范围内,平均值0.58。聚类分析结果表明,在相似系数为0.54处将65份供试材料划分为两大类群。供试材料的遗传距离较近,不利于陕南地区高油甘蓝型油菜的育种工作。加强种质创新,引进外来优良种质资源并加以改造利用是提高陕南地区高油甘蓝型油菜育种水平的根本途径。     

43份油菜菌核病抗性资源的SCoT、SSR与SRAP标记分析

【目的】探索SCoT、SSR和SRAP 3类分子标记在油菜遗传多样性研究中的应用。【方法】用8份有代表性的油菜资源,从SRAP和SCoT标记中各筛选出40对扩增条带清晰、多态性高的引物和40对SSR核心标记,对43份抗菌核病油菜育种亲本材料的遗传多样性进行分析,比较这3类标记在多态性(PPB)、多态性信息含量(PIC)及标记指数(MI)等方面的差异,最后依据材料两两间遗传相似系数,对43份油菜材料进行聚类分析。【结果】在位点检测能力方面以SCoT最高,每条SCoT引物可检测的平均条带数为9.3,其次为SRAP(8.6),SSR最少(7.3)。但多态性信息含量(PIC)则相反,SSR的PIC值最高(0.76),其次为SRAP(0.69),SCoT的PIC值最低(0.65)。基于SCoT、SSR和SRAP 3种分子标记的材料间遗传相似系数分别为0.43~0.87,0.56~0.84和0.46~0.83。聚类分析表明,SRAP标记聚类结果接近于3种分子标记混合统计的聚类结果。【结论】多态性位点检测能力和标记效率之间并无直接的相关性;3类标记在43份材料间的遗传距离显著不相关,研究每类分子标记在相应物种中的核心标记更为重要。     

SSR标记分析谷子遗传多样性

简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用来自山西、西藏、黑龙江等省区的品种共96份,利用SSR分子标记技术,引用小麦的SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从100多对引物中筛选到5对有多态性、扩增稳定、重复性好的引物,34个多态位点的平均PIC值为0.7324,96份材料被聚成5大类。     

玉米骨干自交系品质基因SSR标记遗传多样性研究

选用玉米品质基因第2条染色体上的2对和第7条染色体上的3对SSR引物,对32个玉米自交系材料进行遗传多样性分析。结果表明:不同引物在不同自交系间多样性范围与程度都不相同,umc1066具有最好的多态性,带型稳定,重复性好。在o2基因内的SSR标记区域变异具有独立性,并非保守序列。具有o2基因的自交系与不具有o2基因的自交系,在基因的等位区段具有明显差异;在都具有o2基因的自交系间o2基因区段内的SSR标记具有多样性;具有o2基因的材料与优良自交系之间具有较好的多态性。     

利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

利用SRAP、SSR和AFLP 标记构建甘蓝型油菜遗传连锁图谱

 【目的】建立甘蓝型油菜的高质量遗传图谱，为在分子水平上研究复杂性状打下基础并提供保证。【方法】以甘蓝型油菜自交不亲和系“SI-1300” 及其恢复系“Eagle”组配得到的184个F2单株为群体，利用SRAP、SSR和AFLP标记技术构建甘蓝型油菜遗传图谱。【结果】该图谱共包含21个连锁群，涉及137个SRAP标记、143个SSR标记和118个AFLP标记。图谱总长1 949.8 cM，标记间平均图距为4.9 cM。以SSR标记为锚定标记，该图谱与国际标准图谱进行了初步对应。研究共发现了8个偏分离区域。【结论】根据对标记分布的均匀程度，图谱覆盖程度以及标记密度等方面的分析，本研究构建的甘蓝型油菜分子遗传图谱质量较高，并且SRAP标记可能是比AFLP标记更适合于图谱构建的标记体系。     

甘蓝型油菜杂交种亲本的遗传多样性评价

 利用SSR和ISSR分子标记对18份不育系、21份恢复系和11份对照品种共50份甘蓝型油菜进行了遗传多样性评价。UPGMA聚类结果显示,50份材料被聚为四大类群,其中所有的不育系聚在第四大类,恢复系都聚在了其它三大类中。不育系又分为2个亚类,其中核不育系聚为一亚类(除1471AB外),而所有的细胞质雄性不育系均聚为另一亚类。不育系间的遗传差异比恢复系间小。     

小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析

利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。     

利用SRAP标记划分甘蓝型油菜杂种优势群

利用SRAP分子标记研究了来自国内外50个甘蓝型油菜(Brassica napusL.)品种的遗传变异,从120对SRAP引物组合中,筛选出扩增带型稳定的15对引物进行遗传多样性分析,共获得了140个多态性标记,平均每个位点检测到的等位基因变异数为9.3个,变化范围2~16个;平均PIC值为0.529,变化范围为0.27~0.73;遗传距离范围为0.0838~0.4326。经遗传多样性分析和聚类分析,将50份供试材料分为6个类群,群间遗传距离大于群内遗传距离,基本反映了品种的地源差异,表明SRAP标记可以有效地区分甘蓝型油菜的遗传多样性,划分结果客观合理。     

利用SSR标记分析小麦强优势组合亲本遗传差异

利用SSR标记对小麦（黑麦）异源重组系异源2号组配的22个强优势杂交组合亲本进行了遗传差异检测分析。结果表明，被测材料间SSR标记多态性较高。69对引物中，52对引物（占75．36％）扩增产物具多态性，共扩增得到155条带。其中，123条带具多态性，占79．35％。每个多态性引物可扩增出1－6条带，平均可扩增2．3条多态性带。父本异源2号与其强优势组合母本间SSR遗传距离平均值0．30，高于母本间遗传距离平均值0．21，聚类结果也显示其单独聚为一类。由此证实，异源2号与母本间确实在分子水平上存在较大遗传差异。SSR遗传距离与亲本各性状表型差异及F1各性状杂种优势间相关均不显著。据此认为，可能难以直接利用SSR遗传距离预测杂交组合的杂种优势。     

甘蓝型油菜自交系的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记对16份甘蓝型油菜自交系进行遗传多样性分析。结果表明:34对引物共扩增出72条清晰的谱带,片段长度在100～650 bp之间,引物PIC值介于0.12～0.73之间,平均为0.39;供试材料间的遗传相似系数在0.52～0.90之间,平均为0.63,其中pol-CMS恢复系间的遗传差异较大,pol-CMS不育系间与温敏核不育系间的差异较小;在遗传相似系数0.685处可将供试材料分为3个类群,聚类结果与已知的系谱来源基本一致。     

薄壳山核桃SRAP标记体系的优化和遗传多样性分析

为确立薄壳山核桃SRAP-PCR反应体系,并对薄壳山核桃品种遗传多样性进行分析,以薄壳山核桃嫩叶提取的DNA为模板,进行Mg2+、dNTP、引物和TaqDNA聚合酶4个因素3个水平[L9(34)]正交试验,并比较了不同浓度模板DNA对PCR扩增效果的影响。结果显示:薄壳山核桃的SRAP-PCR最佳反应体系为Mg2+2.5mmol/L、dNTP 0.20 mmol/L、引物0.4μmol/L、TaqDNA聚合酶1.5 U。DNA模板最佳浓度为10 ng利用最佳反应体系对薄壳山核桃进行引物组合多态性筛选,从90个引物组合中筛选出多态性引物组合39个。14个多态较高的引物组合对12个薄壳山核桃品种进行遗传多样性分析,通过PCR扩增,得到128个谱带,显示了较高的多态性,12个供试薄壳山核桃品种的遗传背景具有丰富的多样性。表明SRAP标记可应用于薄壳山核桃分子生物学研究。     

基于SSR和SRAP标记的红花玉兰品种遗传关系分析及分子鉴定

目的为了解析红花玉兰各品种间的遗传多样性和遗传差异等问题,本研究采用SSR和SRAP分子标记方法对红花玉兰不同品种的遗传多样性水平和遗传分化程度进行评估,以建立其分子标记体系。方法以35个红花玉兰品种为实验材料,分别进行SSR和SRAP标记扩增,计算出SSR和SRAP分子标记的各遗传参数。利用NTSYS-pc2.1软件计算各品种间的遗传相似系数并用非加权法（UPGMA）进行聚类分析。通过R语言分析筛选出能够完全区分红花玉兰品种的引物对组合。结果经筛选共获得18对具有多态性且条带清晰的SSR引物,分别以35个红花玉兰品种基因组DNA为模板,共扩增出DNA条带128条,每对引物扩增条带在2 ~ 15之间,平均每对引物扩增7.1条,平均带型数为10.6,平均有效带型数为5.4,平均分辨能力（D）为0.72;不同引物的多态性位点百分比变化范围很大,在0.142 9 ~ 1.000 0之间,均值为0.730 2;Shannon’s指数平均为0.304 2,范围是0.086 4 ~ 0.433 7;平均期望杂合度为0.248 8,范围是0.059 2 ~ 0.282 3。利用筛选获得的11对SRAP引物对35个红花玉兰品种进行鉴定,共扩增156条DNA条带,引物扩增条带数在7 ~ 18之间,平均每对引物扩增14.2条,平均带型数为22.7,平均有效带型数为13.2,平均分辨能力（D）为0.93;11对引物的多态性位点百分比平均数为0.815 6,变异范围是0.657 1 ~ 1.000 0;平均Shannon’s指数为0.375 9,变异区间在0.287 2 ~ 0.455 3;平均期望杂合度为0.240 4,范围在0.180 2 ~ 0.311 6之间。结论红花玉兰具有较高的遗传多样性,经筛选和优化后的SSR和SRAP引物组合均能将现有红花玉兰品种完全区分开,实现了对红花玉兰品种的简便、快速、准确地鉴定,并为红花玉兰的保护和繁育,以及新品种的选育提供了重要的参考。