微卫星技术分析东北虎遗传多样性及亲缘关系

利用16对家猫微卫星引物和4对苏门答腊虎微卫星引物,对东北虎基因组DNA进行扩增,其中15对引物可以稳定扩增.这15个位点的等位基因数为3～7个,共检测到83个等位基因,平均等位基因数为5.53个.期望杂合度为0.585 0～0.841 3,平均为0.750 4;多态信息含量为0.512 9～0.821 7,平均为0....     

圈养猎豹的微卫星基因座遗传变异研究

本研究利用19个微卫星基因座对52只圈养猎豹进行了遗传多样性检测.通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物,计算了19个微卫星座位的等位基因频率、基因杂合度、多态信息含量和有效等位基因数.结果显示,19个基因座的等位基因数为2～11个,共检测到131个等位基因.基因杂合度在0.500～0.904 0之间,平均为0.741 6;多态信息含量在0.375 0～0.895 8之间,平均为0.699 7;有效等位基因数处于2.000～10.440 2之间,平均为4.724 6.结果表明:所选19个微卫星基因座在研究样本中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,显示出群体丰富的遗传多样性.     

中国部分家鸭和野鸭遗传多样性及亲缘关系的微卫星分析

利用前期双重抑制PCR技术分离得到的10个鸭微卫星标记,分析了13个鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的Nei氏遗传距离(DA)等遗传参数,并用类平均法进行了聚类分析。结果表明:10个微卫星座位中有7个具有多态,可作为有效的遗传标记用于各品种的遗传多样性和系统发生关系分析。7个微卫星座位在13个品种中共检测到51个等位基因;每个座位的等位基因数为5～12个,平均多态信息含量为0.402 3～0.601 5;各群体平均杂合度为0.407 0～0.707 0,说明各群体的遗传多样性较为丰富。采用DA/UPGMA法聚类分析,13个鸭群体聚为3类:Ⅰ类为8个家鸭品种和樱桃谷鸭;Ⅱ类为野鸭类;Ⅲ类为番鸭独成一类。结果提示:各类鸭群体间的聚类关系与其来源、分化、地理分布基本一致,而且绿头野鸭和斑嘴鸭在家鸭品种形成过程中均作出了贡献。     

100份亚麻种质资源遗传多样性及亲缘关系的RAPD分析

利用8个核心引物对100份亚麻种质资源的遗传多样性进行RAPD分析,共扩增出54条带,其中38条多态性带,多态率为70.4%。100个品种间的遗传相似性系数变异范围为0.62~0.96。用UPGMA法建立了100个亚麻品种的亲缘关系树状图。在聚类树状图中,当遗传相似性系数约为0.70时,这100份亚麻资源可分为7个类群。     

新疆野杏种质资源遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

为了探讨新疆野杏种质资源的遗传多样性和亲缘关系,利用ISSR分子标记技术,对新疆伊犁地区3个居群、135份野杏种质资源进行了PCR扩增。研究表明,22条引物共扩增出465条多态性条带,多态性位点百分率为99.49%;从物种水平分析,新疆野杏种质资源的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数分别为99.57%,1.9957,1.3879,0.2449,0.3874;从居群水平分析,各居群的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数各指标的平均值分别为76.80%,1.7680,1.3463,0.2120和0.3287;3个居群的各项指标均为霍城居群最高,新源居群最低,巩留居群居中;新疆野杏种质资源的遗传变异主要来自于居群内(86.43%),少部分来自于居群间(13.57%);各居群中霍城居群和新源居群亲缘关系最近,遗传分化程度小;新源居群和巩留居群间亲缘关系最远,遗传分化程度大。     

新疆糜子种质资源遗传多样性及亲缘关系分析

[目的]分析新疆糜子种质资源遗传多样性和亲缘关系,为选育糜子优质种质资源提供理论依据.[方法]采用ISSR分子标记,对来自新疆3个地区的25份糜子样品的遗传多样性进行分析,并与来自陕西的5份样品进行比较,探讨其亲缘关系.[结果]用筛选出的13条多态性高、重复性好的引物,分别对供试材料的基因组进行扩增,共获得147条清晰可辨的谱带,其中多态性带134条;多态性比率为91.16;,Nei's基因多样性指数为0.195,平均Shannon信息指数为0.323,遗传分化系数Gst=0.255 7;采用UPGMA法对4个不同来源的糜子材料的聚类分析表明,新疆的糜子聚为一支.[结论]研究材料的遗传变异主要存在于群体内,来自新疆的糜子材料与来自陕西的存在一定的遗传分化.研究从分子水平上为加强对糜子种质资源的挖掘、优良品种的选育及杂交亲本的选配等提供参考依据.     

烟草种质资源遗传多样性及亲缘关系的AFLP分析

 【目的】揭示烟草种质资源的遗传多样性及亲缘关系。【方法】选用4对AFLP选择性扩增引物（EcoRI＋3/MseI＋3）对48份烟草材料的基因组DNA进行选择性扩增。【结果】共获得321条扩增带，其中174条具有多态性，平均多态检出率为54.2%。对AFLP扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析，可以将48份烟草资源分为两大类群，即黄花烟草群和普通烟草群，普通烟草可进一步分为4组；48份材料的遗传距离变幅在1.41～11.0之间。【结论】AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示中国烟草种质资源的遗传背景、亲缘关系及演化规律。     

应用微卫星技术分析五种蚧虫的亲缘关系

对日本龟蜡蚧(Ceroplastes japonicus Green)、角蜡蚧(Ceroplastes ceriferus Fabricus)、瘤大球坚蚧(Eulecanium gigantea Shinji)、朝鲜毛球蚧(Didesmococcus koreanus Borchsenius)和白蜡绵粉蚧(Phenacoccus fraxinus Tang)等5种蚧虫微卫星引物多态性扩增进行了研究。发现种间的聚类分析所反应的5个种间的亲缘关系,验证了它们在汤氏分类系统和Hodgson分类系统中的地位,并支持了Hodgson的蚧科分类系统;种内个体的聚类分析表明,日本龟蜡蚧和白蜡绵粉蚧种内所有个体聚到了一起;分布在同一地区并且寄生于同一寄主的日本龟蜡蚧和角蜡蚧两个虫种间无明显的个体混合聚类;同一地区的朝鲜毛球蚧和瘤大球坚蚧种间存在明显的个体混合聚类。由Nei和Shannon遗传多态性指数分析表明,两种指数反映5种蚧虫的种间遗传多样性趋势基本一致,即:按种内遗传分化程度从大到小为日本龟蜡蚧>朝鲜毛球蚧>角蜡蚧>瘤坚大球蚧>白蜡绵粉蚧;种间的遗传分化程度明显低于种内。     

湖南柚种质资源的遗传多样性和亲缘关系

采用形态学标记与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对分布于湖南特定生态条件下的47份地方柚类种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：①根据花与果实性状等形态学标记进行聚类分析,在欧式遗传距离10处可将柚类资源分为6个组群;②基于柚资源的SRAP分子标记进行分析,47份地方柚资源间的遗传相似系数为0.65～0.93,在相似系数0.798处可分为7个组群;③SRAP标记扩增结果表明,17对引物共扩增出319条带,其中275条带具有多态性,平均每对引物扩增出多态性带16.2条,多态性比率86.52%,基因多样度0.724 3,表明湖南柚类品种间具有丰富的遗传多样性;④将形态学标记聚类结果与SRAP分子标记聚类结果进行比较,发现二者都能很好地将柚类品种进行分类,SRAP标记不受环境因素影响,所揭示的柚类种质间的遗传差异更准确。综合以上结果,利用SRAP标记产生的特异性遗传标记可以区别大部分湖南地方柚类种质资源。     

黄瓜(Cucumis sativus L.)种质资源遗传多样性及亲缘关系分析

利用18个SSR标记和3个SCAR共显性标记,分析了177份不同生态类型的黄瓜种质资源,旨在阐明其遗传多样性和亲缘关系,为遗传和育种的利用提供理论依据。结果表明,在所有种质中共得到等位基因51个,平均每个位点为2.42个。177份种质资源的相似系数变化范围0.24～1。聚类分析的结果将资源划分为5大类,大部分旱黄瓜被划分在第1类中;多数的华南类型和加工型黄瓜被划分在第2类中;Concombre vert long和西双版纳本地山黄瓜被单独划为第3类;另外,1个收集于韩国和2个收集于美国的种质,分别为韩3,Burpless Hybrid,Muncher为第4类;大部分华北类型种质为第5类。欧洲温室型没有单独被划出来。在育种上,有利于鉴定有价值的优良亲本的亲缘关系,为现阶段黄瓜育种实践中减少杂交组合选配盲目性,提高品种质量及育种效率提供了依据。     

滩羊八个微卫星位点的遗传多样性分析

选取了8个微卫星位点对甘肃滩羊群体遗传多样性进行检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量.结果表明:位点OarFCB128的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最高(Ne=10.26,H=0.902,PIC=0.885);位点MCM38的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最低(Ne=6.18,H=0.838,PIC=0.809);8个微卫星位点在滩羊群体中多态性丰富.表明滩羊群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于滩羊遗传多样性评估.     

暗纹东方鲀微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献   

务川黑牛微卫星座位遗传多样性分析

以贵州地方牛优良品种务川黑牛为研究对象,选取分布于其7条染色体上的ETH10、ILSTS033、CSSM66、BM2113、ETH225、BM1818和CSRM60共7对微卫星引物进行遗传多样性分析。结果共检测到21个等位基因,每个微卫星座位等位基因数为2～5个,7个微卫星座位均未达到Hardy-Weinberg平衡。7个位点的平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为3.000 0±1.154 7、2.377 3±0.585 4、0.558 4±0.101 6、0.475 9±0.125 1,说明务川黑牛具有良好的遗传多样性。为务川黑牛种质资源保存和改良提供了试验基础。     

利用18个微卫星座位对剑尾鱼RR-B系遗传质量的分析

[目的]为进一步了解剑尾鱼RR-B系的遗传质量,探讨微卫星标记技术在水生实验动物遗传监测中应用的可行性。[方法]选择18个在野生剑尾鱼群体中有多态性的微卫星座位,通过PCR扩增对剑尾鱼RR-B系（红眼红体）遗传质量进行分析。[结果]18个座位在RR-B系30尾个体中均为单态,且都是纯合子,基因纯合率达100％。[结论]18个微卫星座位可作为剑尾鱼RR-B系遗传监测的分子标记;剑尾鱼RR-B系经20多代的近交培育已具有很高的遗传均一性。该研究为水生实验动物分子监测标准的制定提供了基础数据。     

利用18个微卫星座位对剑尾鱼RR-B系遗传质量的分析(英文)

[Objective] The study aimed to further understand the genetic quality of Xiphophorus helleri RR-B strain and estimate the feasibility of microsatellite markers in genetic monitoring of aquatic laboratory animals.[Method] Eighteen microsatellite loci which had polymorphism in wild X. helleri were used for genetic quality analysis of RR-B strain (red eyes and red body) by PCR. [Result] All these 18 microsatellite loci displayed single allelic gene band in 30 individuals of X. helleri RR-B strain and the average homozygote rate reached 100%. [Conclusion] These loci could be used as markers in genetic monitoring of X. helleri RR-B strain, which had obtained fairly high genetic homozygosity by inbreeding for more than 20 generations. This study provided basic data for establishing the molecular genetic monitoring standard of aquatic laboratory animals.     

5个微卫星座位在肉牛群体中的遗传变异分析

利用5个微卫星座位ETH10、IDVGA46、IDVGA44、ETH225和BM2113,对5个肉牛群体进行了遗传变异检测,并计算了5个微卫星座位在5个肉牛群体的平均等位基因频率、平均多态信息含量、平均有效等位基因数和平均杂合度。结果表明:微卫星座位ETH10、IDVGA46、IDVGA44、ETH225和BM2113在所选用的群体中等位基因数目及其片断长度范围分别是6(207～225 bp),6(205～249 bp),9(207～234 bp),5(141～149 bp),9(124～140 bp)。5个微卫星座在延边黄牛、利木赞、夏洛莱、利木赞延边黄牛杂种和夏洛莱延边黄牛杂种牛群体中平均多态信息含量(PIC)和平均杂合度分别是0.51/0.56,0.58,0.63,0.45/0.53,0.45/0.48,0.55/0.59。其中平均多态信息含量(PIC)和平均杂合度均最高的为利木赞(0.58,0.63),该品种具有高度多态性(NC>0.5);最低为利延杂交牛(0.45,0.48),该杂种牛具有中度多态性(0.25相似文献   

南江黄羊4个微卫星位点遗传多态性研究

南江黄羊是我国育成的第一个肉用山羊品种,肉用性能好且具有较高的繁殖力,平均产羔率为205%。利用与绵羊高繁殖性状主效基因FecB连锁的4个微卫星标记穴OarAE101熏BM1329、BMS143、和OarHH35雪对100只南江黄羊母羊进行了遗传研究,计算了4个微卫星位点的等位基因频率、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度。检测到OarAE101和BM1329有7个等位基因,BMS143有6个等位基因,OarHH35有4个等位基因。4个位点上的平均杂合度为0.9775,平均多态信息含量为0.9436,平均有效等位基因数为4.7955,这些数据可为南江黄羊的种质资源评定和新品系培育提供依据。     

北京荷斯坦母牛7个微卫星基因座遗传多态性研究

利用7个微卫星基因座BM1818、BM1258、BM1443、BM1905、BM302、BM4505和CYP21对240头北京荷斯坦母牛进行遗传检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物.结果表明BM1818、BM1258、BM1443、BM1905、BM302、BM4505和CYP21的等位基因数/多态信息含量/有效等位基因数/杂合度分别为4/0.3869/1.7693/0.4348、5/0.5923/2.9121/0.6566、8/0.7114/3.9012/0.7437、6/0.5921/2.8244/0.6459、6/0.7122/3.9989/0.7499、6/0.7144/4.0124/0.7508和7/0.6154/2.9805/0.6645.可见BM4505的遗传变异最大,BM1818的遗传变异最小.