乙型脑炎病毒减毒SA14-14-2-B3株基因组全序列分析

为进一步了解乙型脑炎病毒(JEV)减毒疫苗株基因组变异和分子遗传特性,本研究根据已发表的JEV基因组序列,设计合成了8对引物,应用RT-PCR对SA14-14-2-B3株基因组进行了克隆和序列测定,获得了该株病毒的全基因组序列(10977nt)并推导出其编码的氨基酸序列(3432aa)。序列分析表明:SA14-14-2-B3株与疫苗株SA14-14-2和SA(A)及野毒株SA14的核苷酸和氨基酸相似性较高,分别为99.8%、99.9%、99.4%和99.7%、99.8%、99.1%,与猪源分离株HEN0701和KV1899的核苷酸与氨基酸相似性较低,分别为88.5%、88.5%和97.6%、96.6%,比较显示在SA14-14-2-B3株基因组第10700nt处有一碱基"G"的插入。以全基因组为基础,对SA14-14-2-B3株进行遗传进化关系分析,结果表明:SA14-14-2-B3株与SA14源病毒株SA14、SA14-14-2、SA(A)、SA(V)及分离株Beijing-1、p3、WHe和HW的遗传关系较近,与XJP613株和HEN0701株的遗传关系较远。以E基因为基础,对SA14-14-2-B3株进行遗传进化关系分析,结果表明SA14-14-2-B3株属于JEV基因Ⅲ型。     

过量表达Fa14-3-3C促进拟南芥对低氮胁迫耐受性的研究

氮元素是植物生长发育过程必不可少的营养元素之一,对禾本科作物生长的影响更加明显。本研究采用RACE技术从高羊茅叶片中克隆获得Fa14-3-3C基因全长,并对其亚细胞定位与分子功能进行系统研究。在烟草表皮细胞中观察发现Fa14-3-3C-GFP主要定位在细胞质中与细胞膜上。将Fa14-3-3C基因在拟南芥中过量表达获得3个单拷贝转基因株系(抗性分离比为3∶1)。在低氮胁迫反应中,Fa14-3-3C过量表达株系OE-1与OE-3的根鲜重显著比野生型高,而OE-2与野生型差异不显著,通过荧光定量PCR分析发现OE-1与OE-3过量表达明显而OE-2没有过量表达,说明Fa14-3-3C对植物耐低氮胁迫调节具有剂量效应。定量观察植物根系生长发现在低氮处理早期OE-1转基因株系就显著优于野生型,主要是通过补偿根系生长的方式缓解低氮胁迫对植物的伤害。因此本研究不仅获得了耐低氮胁迫候选基因,而且验证了其在模式植物中的分子功能,为进一步通过基因工程等手段培育耐低氮胁迫种质资源奠定基础,具有重要理论研究价值与生产应用前景。     

猪14-3-3蛋白家族基因生物信息学分析

14-3-3蛋白在哺乳动物中均有表达,是一类高度保守的酸性蛋白家族,广泛参与各种信号传导途径,具有十分重要的功能。本研究以猪的14-3-3蛋白家族为研究对象,运用生物信息学方法,首先对猪(Sus scrofa)14-3-3蛋白家族基因组数据库进行搜素,获得猪14-3-3蛋白家族的7个亚型。然后通过对所有的猪14-3-3蛋白家族的DNA序列及各种表达序列标签(Expression Sequence Tags,ESTs)作进一步比对分析。结果表明:猪14-3-3蛋白家族的7个亚型在猪中均有表达;蛋白质多序列匹配分析表明猪14-3-3蛋白存在多个保守结构域,在各功能区段相当保守;通过基因结构分析、ESTs表达分析和蛋白质预测分析表明,14-3-3蛋白质家族均为亲水性蛋白,且不同亚型在猪体内不同组织表达,参与不同的生物学功能。本文将为猪14-3-3蛋白家族进一步的功能分析提供研究基础。     

ω-3多不饱和脂肪酸对鸡脂肪沉积的调控机制及添加策略的研究进展

ω-3多不饱和脂肪酸（ω-3 PUFAs），特别是二十碳五烯酸（EPA）和二十二碳六烯酸（DHA）对畜禽脂肪代谢的调控被广泛研究。在禁抗背景下，ω-3 PUFAs作为一种抑制脂肪沉积的饲料添加剂发展潜力巨大。文章综述ω-3 PUFAs的来源及其在体内的代谢以及ω-3 PUFAs对鸡早期脂肪组织发育、基因的转录与转录后调控等途径抑制脂肪沉积的可能机制，并讨论其添加策略，旨在为ω-3 PUFAs在畜禽生产中的应用提供参考。     

重组克柔念珠菌14-3-3蛋白诱导奶牛乳腺上皮细胞炎症反应的分子机制

旨在研究重组克柔念珠菌(Candida krusei)14-3-3蛋白(rCK14-3-3)对奶牛乳腺上皮细胞(MAC-T)炎性反应的分子机制，为系统研究克柔念珠菌损伤奶牛乳腺上皮细胞的机制提供理论依据。采用原核表达的方法构建克柔念珠菌BMH1基因重组质粒并转化入大肠杆菌BL21(DE3)中，经诱导表达纯化后进行Western blot鉴定；CCK-8法筛选rCK14-3-3蛋白对MAC-T的最适作用浓度和时间；Western blot检测rCK14-3-3蛋白对MAC-T的Toll样受体、MAPK信号通路、NF-κB信号通路主要蛋白相对表达量的影响；ELISA检测rCK14-3-3蛋白对MAC-T中相关炎性因子IL-1β、IFN-γ、IL-18、TNF-α、IL-6、IL-12相对表达量的影响。结果显示：成功构建了pET-21a-BMH1重组表达载体，经诱导表达纯化后获得有生物学活性的rCK14-3-3蛋白，纯度达90%以上，浓度为0.2 mg·mL^-1。与空白对照组相比，采用50μg·mL^-1的rCK14-3-3作用MAC-T,TLR2、...     

堆型艾美耳球虫重组DNA质粒pcDNA3-3-1E的免疫原性

用E.acervulina重组质粒pcDNA3-3-1E免疫雏鸡,观察其对雏鸡细胞免疫和体液免疫功能的影响。将7日龄雏鸡随机分为4组,即空白对照组、pcDNA3.1空质粒组、重组质粒免疫组和卵囊免疫组,每组30只。pcDNA3-3-1E经肌肉注射途径免疫雏鸡,剂量为50μL/只（含质粒1g/L）。7日龄免疫1次,14日龄加强免疫1次。检测雏鸡血液T淋巴细胞增殖率,测定血清抗体水平。结果显示,与空质粒组和健康对照组相比,重组质粒组淋巴细胞的增殖能力明显增强（P〈0.05）,外周血中IgG的含量均显著升高（P〈0.05）,表明pcDNA3-3-1E裸质粒DNA能有效的提高雏鸡的细胞免疫和体液免疫水平。     

桑椹矢车菊素-3-芸香糖苷抵抗链脲佐菌素诱导胰岛β细胞凋亡的作用

矢车菊素-3-芸香糖苷(C3R)是桑椹花青素的主要成分,研究从成熟桑椹中提取C3R对链脲佐菌素(STZ)诱导人源性胰岛β细胞凋亡的抑制作用及可能的调控机制。采用MTT法及流式细胞计数检测发现:桑椹C3R对正常胰岛β细胞株INS-1具有极显著的促增殖作用(P0.01);50μg/m L桑椹C3R液处理STZ诱导凋亡模型胰岛β细胞株INS-1 48 h后,其早期凋亡、晚期凋亡和坏死的细胞数量极显著下降(P0.01)。以经桑椹C3R液处理的STZ诱导凋亡模型胰岛β细胞的c DNA为模板,通过qRT-PCR检测细胞中的几个凋亡相关蛋白基因的转录水平变化,其中抗凋亡蛋白基因Bcl-x L的mRNA转录水平极显著上调(P0.01),促凋亡蛋白基因Bad、Bax及Caspase 8、Caspase 6基因的mRNA转录水平极显著下调(P0.01)。研究结果表明,桑椹C3R对STZ诱导的胰岛β细胞凋亡具有明显的抵抗作用,由此也证实了桑椹花青素的药用开发价值。     

假俭草R2R3-MYB基因家族的鉴定及其在干旱胁迫下的表达模式分析

R2R3-MYB家族是植物中最大的转录因子家族之一，广泛参与各种生理响应和分子调控。本研究利用假俭草(Eremochloa ophiuroides(Munro.))基因组数据和生物信息学手段鉴定了R2R3-MYB转录因子，并对系统进化、结构、顺式作用元件等进行分析；同时对R2R3-MYB转录因子响应干旱胁迫的表达模式进行分析。结果显示，假俭草中有113个R2R3-MYB成员；蛋白二级结构和三级结构都表明R2R3-MYBs蛋白都含有螺旋-转角-螺旋结构；顺式作用元件分析发现启动子区含有大量植物激素响应和胁迫响应元件，为R2R3-MYB基因进化分析提供了依据。基因表达模式分析表明，与野生型相比，抗旱突变体叶中有39个基因、根中有58个基因在一个或多个干旱时期表达量提高，推测这些R2R3-MYB基因在响应干旱胁迫过程中发挥着重要作用。本研究结果为进一步深入研究假俭草R2R3-MYB基因家族的功能奠定了基础。     

堆型艾美耳球虫pcDNA3-3-1E重组表达质粒的免疫保护性

将堆型艾美耳球虫保定株裂殖子3-1E基因,插入到真核表达载体pcDNA3.1（＋）中,构建重组表达质粒pcDNA-3-1E,用碱裂解法大量提取重组表达质粒,纯化后免疫接种1周龄雏鸡。分别设高（100μg）、中（50μg）、低（25μg）3个剂量组,同时设活卵囊接种组、非免疫感染组和健康对照组。在7日龄时首免,14日龄加强免疫,1周后用2.5×105个E.acervulina保定株球虫孢子化卵囊进行攻毒试验。结果显示50μg的剂量可使试验鸡产生较强的抗球虫效果,攻虫鸡的卵囊产量下降67.67%,肠道病变记分降低66.96%,并使鸡的相对增重率达88.36%,ACI值为176.06。     

小鼠脑14-3-3ζ蛋白的基因克隆及鉴定

提取小鼠脑组织总RNA,采用RT-PCR法扩增14-3-3ζ蛋白的cDNA,将PCR产物克隆到pGEM-T Easy载体上,并用双酶切法和PCR法对结果进行鉴定。结果显示,RT-PCR扩增出1条大小约为738 bp的特异性条带,双酶切法和PCR法鉴定结果表明,PCR产物已被克隆到pGEM-T Easy载体中。DNA测序结果表明,所克隆的DNA片段与GenBank中已收录序列一致,表明小鼠脑14-3-3ζ蛋白重组pGEM-T克隆载体构建成功。     

黑果枸杞GRF转录因子家族鉴定与生物信息学分析

为探究黑果枸杞(Lycium ruthenicum)GRF基因家族成员在盐胁迫下的耐盐分子机制,采用生物信息学方法,对黑果枸杞转录组数据库进行分析,并对GRF家族成员的理化性质、保守结构域、进化树、基因家族表达谱进行分析。结果表明,通过转录组数据共筛选出14个GRF家族成员,这些蛋白编码氨基酸的个数为136～585 aa,等电点为5.58～9.33,分子量为14.566 97～62.986 65 kDa。保守基序表明,多数黑果枸杞GRF的N端具有QLQ和WRC保守结构域。系统进化分析发现,14个LrGRFs被分为7个亚族,位于同一亚族的GRF基序组成相似,部分黑果枸杞GRF与番茄GRF具有相对应的进化关系。表达谱表明,不同组织的LrGRFs在不同盐胁迫下均有响应,其中LrGRF6,LrGRF10和LrGRF12在根中高表达,而LrGRF2,LrGRF6和LrGRF10在叶中表现为高表达,这表明其可能在黑果枸杞中发挥着更加重要的调控作用。结果为进一步深入揭示LrGRFs在盐胁迫环境下的分子机制奠定了理论基础。     

异源表达WZY2-1基因提高拟南芥植株抗旱性

脱水素是受细胞失水相关环境诱导表达的一类蛋白家族。所有的脱水素都含有保守的K片段,这段保守序列可以形成两亲性的α-螺旋,这种结构在脱水素发挥功能中起主要作用。小麦WZY2-1基因含有9个K片段,属于K9型的脱水素,能够被低温、干旱和盐胁迫诱导表达。在本实验中,纯化了WZY2-1蛋白,通过体外LDH酶保护实验发现,WZY2-1蛋白具有保护LDH酶活性的功能。通过亚细胞定位分析发现,WZY2-1蛋白主要定位于细胞核和细胞膜。为了进一步说明WZY2-1基因的功能,获得了转WZY2-1基因的拟南芥植株,通过干旱胁迫条件下转基因植株的生理指标和表型分析,发现转WZY2-1基因的拟南芥植株具有较强的抗旱能力。因此,推测小麦WZY2-1基因在植物干旱胁迫条件下具有重要功能。     

Identification of CAX gene family and expression profile analysis of response to abiotic stress in alfalfa北大核心CSCD

Ca²⁺/H⁺反向转运蛋白（CAX）是一类重要的跨膜转运蛋白,在调控植物Ca²⁺平衡、抵抗非生物胁迫和转运重金属离子等方面具有重要作用。利用生物信息学方法在全基因组水平对紫花苜蓿CAX基因家族进行了鉴定,并对其理化性质、结构特征、系统进化关系、顺式作用元件、染色体定位等进行了分析。结果表明,在紫花苜蓿全基因组中共筛选鉴定出15个MsCAX基因,分布于紫花苜蓿15条染色体上,发生22对基因片段重复事件,编码367~460个氨基酸,等电点为5.2~6.5,且均表现为疏水性蛋白。系统进化关系分析结果表明,MsCAXs分为2个亚家族,同一亚家族成员具有相似的基因结构、保守基序和跨膜结构域数量。MsCAXs启动子区域存在光响应性、激素反应性和胁迫响应元件。利用qRT-PCR分析了6个MsCAXs基因在非生物胁迫下的表达模式,结果表明,在干旱和低温胁迫下,6个MsCAX基因均显著下调表达,在盐和盐碱胁迫下,3个MsCAX基因上调表达。说明在不同的非生物胁迫下,MsCAXs基因表现出不同的表达模式。研究结果为进一步探索紫花苜蓿CAX基因家族的功能提供了参考。     

羊草DREB转录因子的系统发育和功能研究

羊草是兼具经济价值和生态价值的重要牧草,具有耐寒、耐旱和耐盐碱的特点。在植物应对非生物胁迫的过程中,DREB转录因子起到关键作用。然而,目前在GenBank的核酸数据库和EST数据库中羊草仅有2条DREB序列,其中只有1个DREB基因的功能得到实验验证。本研究从羊草转录组测序数据中1次挖掘了26条DREB EST。用羊草EST和拟南芥基因组中DREB基因的蛋白序列构建了系统发育树, LcDREB21位于第4类群,是DREB2类转录因子基因。通过RACE,获得了LcDREB21编码区全长(Genbank登入号:JN860437)。荧光定量PCR结果表明,其表达受干旱和高盐诱导。另外,通过酵母单杂交实验证明了LcDREB21具有转录激活功能;通过表达GFP融合蛋白证明其专一性定位在细胞核中。总之,LcDREB21是一个具有转录激活功能和细胞核专一定位能力的转录因子,可能在植物应对干旱和高盐胁迫的过程中起作用。本实验结果丰富了羊草抗逆基因数据库,为植物改良提供了基因资源。     

柴达木盆地6种灌木主要渗透调节物质分布特征和抗旱性研究

对青海省柴达木盆地温性荒漠区主要野生灌木驼绒藜、唐古特白刺、柽柳、盐爪爪、梭梭、木本猪毛菜不同器官(根、枝、叶)的脯氨酸和可溶性糖含量,以及叶片和嫩枝叶绿素a和叶绿素b含量进行测定。结果表明,唐古特白刺和柽柳各器官的脯氨酸和叶绿素含量显著高于其他4种灌木,木本猪毛菜根系具较高脯氨酸含量;植物可溶性糖含量不同器官存在差异,木本猪毛菜各器官、唐古特白刺和柽柳叶片的根系可溶性糖含量较高;所有植物叶绿素a>叶绿素b,嫩枝叶绿素含量比叶片少。由模糊数学隶属函数得出,唐古特白刺抗旱性最强,柽柳和木本猪毛菜次之,梭梭,盐爪爪和驼绒藜的抗旱性较弱。     

紫花苜蓿R2R3-MYB亚家族鉴定与干旱胁迫下的表达分析

MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)家族是最大的转录因子家族之一，R2R3-MYB亚家族在植物胁迫响应、次级代谢、生长和发育等过程发挥重要作用。本研究利用紫花苜蓿(Medicago sativa‘Zhongmu No.1’)基因组和转录组数据，通过生物信息学方法鉴定了R2R3-MYB转录因子，并对其序列特征、系统进化、染色体分布、基因结构、顺式作用元件及干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果显示，紫花苜蓿中有121个R2R3-MYB亚家族成员，各成员均具有两个典型的MYB结构域，理化性质变化较大。系统进化分析将121个成员分为33个组，各成员无规律地定位在8条染色体上。基因结构和顺式作用元件分析发现，同一分组具有相同或相似的外显子数和顺式作用元件。响应干旱胁迫表达模式分析和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果表明干旱胁迫下MsMYB12,MsMYB45,MsMYB52,MsMYB73,MsMYB88,MsMYB124,MsMYB149,MsMYB189,MsMYB268基因的表达量显著上调，可作为后期紫花苜蓿响应干...     

千穗谷TALE转录因子家族的生物信息学分析

TALE转录因子广泛存在于植物中，对植物的生长发育和对外界环境的响应发挥着重要作用。本研究在千穗谷(Amaranthus hypochondriacus)基因组中共鉴定出11个TALE基因。系统发育分析将千穗谷TALE家族蛋白分为BELL和KNOX两个亚家族，同一亚家族中的AhTALEs基因具有相似的基因结构，编码蛋白也具有类似的结构域。蛋白二级结构和三级结构分析都表明AhTALEs蛋白由螺旋-角-螺旋的结构构成。此外，对千穗谷与其他物种的TALE基因共线性关系、组织表达特性和AhTALEs基因启动子区的顺式作用元件分析发现，不同AhTALEs亚家族在各组织中的表达模式不同，并且发现启动子区包含大量非生物胁迫和激素响应元件，这为AhTALE家族的进化分析提供了依据。qRT-PCR分析发现AhTALEs基因在低温和干旱胁迫下的表达水平有不同程度的变化，表明AhTALEs基因能够响应低温和干旱胁迫应答。本研究为开展千穗谷中TALE转录因子在非生物胁迫中的生物学功能研究提供了重要参考。     

鸡Wnt基因家族生物信息学分析及表达

【目的】试验旨在对鸡Wnt基因家族进行全面系统地调查分析,并进一步明确鸡感染新城疫病毒(Newcastle disease virus, NDV)后Wnt基因家族成员的表达模式。【方法】基于鸡基因组测序结果,通过查询Pfam和UniPort数据库获取鸡Wnt基因家族全基因组序列,构建系统进化树,分析Wnt蛋白理化性质、亚细胞蛋白定位、染色体分布、保守结构域等,并进一步研究鸡感染NDV后Wnt基因家族成员的表达模式。【结果】试验共鉴定到39个鸡Wnt基因家族成员。系统进化树分析发现,鸡与人和鼠的Wnt成员相似性较高,均有12个亚家族,即Wnt1、Wnt2(Wnt2a和Wnt2b)、Wnt3a、Wnt4、Wnt5(Wnt5a和Wnt5b)、Wnt6、Wnt7(Wnt7a和Wnt7b)、Wnt8(Wnt8a和Wnt8b)、Wnt9(Wnt9a和Wnt9b)、Wnt10a、Wnt11及Wnt16成员,但鸡缺少Wnt10b。鸡Wnt成员分布于11条染色体上,分别为Chr1、Chr2、Chr4、Chr6、Chr7、Chr12、Chr13、Chr21、Chr26、Chr27和Chr34,成员间出现1...     

结缕草ZjCSD基因的克隆及表达分析

铜锌超氧化物歧化酶是植物响应逆境胁迫过程中的关键酶,其含量和活性与植物抗逆性密切相关。本研究以结缕草cDNA为模板,利用同源克隆法,从结缕草转录组数据库中克隆获得了结缕草ZjCSD基因,该基因编码一个含有152个氨基酸的蛋白质。生物信息学分析结果显示:ZjCSD基因编码蛋白为稳定的、亲水的、酸性、非分泌脂溶蛋白,定位于细胞质中,含有CSD蛋白家族特有的保守结构域,具有典型的Cu²⁺和Zn²⁺结合位点;与小米、玉米等禾本科植物具有较高的同源性,进化关系较近。采用实时荧光定量PCR研究该基因在不同组织中、不同胁迫处理下的表达模式,结果表明,ZjCSD基因在根、茎、叶中都有表达,叶中表达量最高;干旱胁迫(30% PEG)、盐胁迫(150 mmol/L NaCl)和Cd²⁺胁迫(200 mg/L Cd²⁺)均能诱导ZjCSD基因表达量上调,Pb²⁺胁迫(1 g/L Pb²⁺)诱导ZjCSD基因表达量下调。故推测结缕草ZjCSD基因在结缕草应对干旱、盐和重金属胁迫的过程中发挥作用。