基于SSR标记的柱花草种质资源遗传多样性与群体结构分析

种质资源遗传多样性和群体结构分析为复杂性状关联分析提供基础。本研究通过SSR分子标记技术,对68份柱花草(Stylosanthes spp.)种质资源的遗传多样性与群体结构进行分析。结果表明,30个多态性SSR标记在68份柱花草种质中共检测到146个等位基因,平均为4.867个,每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.676～1.690和0.363～0.764,平均为1.195和0.577。根据SSR标记数据进行遗传多样性分析,可将68份柱花草种质资源分为6类,群体结构分析中在ΔK达到最大时,K=6,因此将68份柱花草材料划分为6个群体,与遗传多样性分析结果基本一致。本研究将为柱花草遗传背景研究、种质资源评价和优良种质筛选提供依据。     

基于SSR标记的苜蓿种质资源遗传多样性与群体结构分析

种质资源遗传多样性和群体结构的分析是进行复杂性状关联分析的前提条件.从140对SSR引物中筛选到16对多态性引物,对82份苜蓿(Medicago spp.)材料进行遗传多样性与群体结构分析.结果表明;16对SSR引物共检测出190个等位变异,平均11.88个;多态性比率66.67％～100％,平均为83.05％;基因多样性为0.1447～0.3637,平均为0.2577;PIC为0.0079～0.9432,平均为0.5501.群体结构分析表明,当K=5时△K最大,即82份苜蓿材料可划分为5个类群,其中75.61％的种质遗传组分相对比较单一,24.39％的种质遗传背景比较复杂.苜蓿种质资源遗传多样性丰富,群体结构的划分与种质的来源不完全相关.     

基于SSR标记分析四川省桑树种质资源的群体结构和遗传多样性

利用14对SSR引物对四川省89份桑树种质资源的基因组DNA进行PCR,分析种质资源间的群体结构和遗传多样性。共扩增出迁移率不同的条带65条,多态性条带65条,多态性条带比率达100%;Structure群体结构分析将89份桑树种质资源划分为4个群体,4个群体的多态性信息含量在0.552 0~0.599 8之间,总体为0.657 7;基因多样度在0.554 8~0.600 3之间,总体为0.579 0;等位基因数目在66~76个之间,总体为134个;等位基因丰富度在3.327 2~3.549 1之间,总体为3.983 1;遗传多样性主要来源于品种内,属中等偏高水平;14对SSR引物位点的总基因多样度Ht在0.291~0.931之间,整体为0.699;Nei’s种群内基因多样度Hs为0.287~0.910,整体为0.662;种群间基因多样度为0.003~0.098,整体为0.037;种群间基因分化系数为0.008~0.047,整体为0.053;基因流为2.901~62.000,整体为8.934,遗传变异主要发生在群体内,群体间分化程度低,基因流大。UPGMA聚类分析与群体结构分析结果大致相同,2种分析结果都显示分群无地理迁移规律。     

利用SSR标记分析高粱属种质资源的遗传多样性

本研究利用15对SSR 引物对161 份高粱属种质资源进行了遗传多样性分析。结果显示,15对引物共扩增出118条谱带,其中88条具有多态性,多态性比率(P)为75.21%;多态性信息含量(PIC值)变幅为0.612~0.806,平均为0.699。161份高粱属材料遗传相似性系数为0.636~0.977,平均基因多样性指数(H)为0.696,Shannon信息指数(I)为1.393。UPGMA聚类分析显示, 161 份高粱属材料在遗传相似系数(GS)为0.682处可分为3组;129份高粱和苏丹草材料在相似系数为0.671处可分为2组。表明SSR标记可以作为高粱属种间以及种内遗传分化分析的有力工具,被分析的高粱属种质材料具有较高的遗传多样性。     

基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析

基于SSR分子标记技术分析油梨种质的遗传多样性,旨在为油梨种质资源的鉴定保护及开发利用提供科学依据。选用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析。结果显示,23对SSR引物共扩增出119个多态性位点,每对引物扩增的多态位点个数在2-10之间,平均为5.17,多态性位点百分比(PPL)为100%;多态性信息量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)分别为0.33、1.3219、0.2059、0.3356。54份油梨种质资源的遗传相似系数在0.59-0.97之间,在0.71处,聚类分析结果可划分为4大类群,Fuerte单独归为第Ⅰ类,Hass、Bacon为第Ⅱ类,第Ⅲ类的种质包括Y1-10、Y3-1、Y6-5、Y10-1,第Ⅳ类的种质为47份,占参试材料的87.04%,主成分分析结果与聚类分析结果基本一致。油梨种质资源具有较丰富的遗传多样性,SSR分子标记对其有较高的多态性检测能力,适用于油梨种质资源鉴定和亲缘关系分析。     

基于SSR分子标记的药用黄芪遗传多样性与遗传结构分析

为了能更好的了解药用黄芪（Astragali Radix）遗传多样性及遗传结构,本试验利用10对SSR引物对来自17个产地共380个样本的蒙古黄芪、膜荚黄芪进行遗传多样性及结构分析,结果显示药用黄芪具有较高程度的遗传多样性水平（I=2.112,H=0.781）,其中蒙古黄芪遗传多样性水平（I=2.241,H=0.804）要高于膜荚黄芪（I=1.982,H=0.757）,且两种黄芪的遗传变异主要发生在居群内;UPGMA聚类分析及STRUCTURE居群遗传结构分析可将其分为3组,即膜荚黄芪为单独一组,蒙古黄芪分为两组,其中来自山西产区的大部分居群分为一组,来自内蒙产区及部分山西产区的居群分为另一组。本研究结果对药用黄芪种质资源的有效利用、遗传多样性的保护、育种及开发优质黄芪种质资源提供一定的理论基础。     

多年生黑麦草种质SSR分子标记遗传多样性分析

多年生黑麦草(Lolium perenne)是广泛栽培利用的优质牧草、草坪草.为研究多年生黑麦草种质资源的遗传多样性,选用简单重复序列(SSR)分子标记技术对10份多年生黑麦草自主选育品系和75份来自于23个不同国家的种质资源进行了分析.结果表明,26对引物扩增出的多态性条带有91条,占总条带数的69.5％.每个SSR...     

基于ISSR分子标记的紫云英种质资源遗传多样性及结构分析

紫云英(Astragalus sinicus L.)是我国重要的稻田绿肥作物,为揭示不同地区种质资源遗传特征,本研究利用ISSR分子标记对77份紫云英种质资源进行了遗传多样性及结构分析。研究发现,77份供试紫云英种质资源遗传相似性系数为0.567 7～0.868 6,可划分为6个聚类。不同地区群体间分化系数为0.136 3,达到极显著水平(P<0.001),其中种群间变异占比13.9%,种群内变异占比86.1%。不同ISSR引物扩增信息鉴别紫云英资源的能力存在差异,构建了以P809第3,8,9,10,12,15扩增位点以及P886第1,3,5,9,10,11扩增位点为特征的指纹图谱,能有效区分77份供试紫云英资源。以资源所在省份为单元进行群体分析,供试紫云英资源遗传结构呈现分化特征,河南-安徽-江苏-上海资源遗传结构相似,构成北方亚群;四川-广西-湖南-江西资源相似,构成西南方亚群;福建种质资源则呈现混合型特征。本研究结果可为我国紫云英种质资源的科学利用及新品种选育提供依据。     

基于SSR的154份梨地方品种的遗传多样性与群体结构分析

利用荧光SSR引物分析154份梨地方品种的遗传多样性和遗传结构,为梨种质资源收集保存、品种改良、种质创新和资源利用提供理论依据。17对SSR引物在154份梨地方品种中检测到多态性位点303个,不同引物的扩增位点在10 ~ 27间不等,平均等位基因数为17.824个;观测杂合度Ho变异范围0.312（NAUpy09t）~ 0.851（NAUpy08t）之间,平均值为0.690;期望杂合度He变异范围0.613（NH029a）~ 0.919（位点NAUpy08t）,平均值为0.822;多态性信息含量（PIC）值变异范围0.578（位点NH029a）~ 0.913（位点NAUpy08t）之间,平均值0.805;12个群体的遗传距离为0.181~1.576,遗传相似系数为0.207 ~ 0.834;贝叶斯遗传结构分析表明,当K=4时,△K值最大,154个梨地方品种可以划分为4个亚群,140份（90.91%）供试材料的Q值≥0.6,血缘相对单一,另外14份材料的Q值<0.6具有混合来源,遗传背景较为复杂。广东品种群与其他地区品种亲缘关系较远,基因来源单一且独特,属于特殊基因群。个体聚类分析显示在0.54处将154个品种分为8个类群,个体聚类结果与其遗传背景相关。     

种质资源遗传多样性研究进展

文章详细阐述了遗传多样性的具体内涵,生物多样性与遗传多样性的区别,并从形态学、细胞学、生理生化及分子水平对遗传多样性研究的原理和方法进行探讨、分析,最后对遗传多样性研究进行了展望。     

22份虉草种质资源遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记法对来自不同地域的22份虉草(Phalaris arundinacea L.)种质材料进行遗传多样性和亲缘关系分析,为虉草种质资源有效利用提供理论依据。用10条扩增清晰、多态性较好的引物,共扩增出160个位点,其中多态性位点145个,多态性位点百分率(PPB)为90.62%,平均有效等位基因数(Ne)为1.5263±0.0874,平均Nei’s基因多样性(H)为0.3063±0.0436,平均Shannon多样性信息指数(I)为0.4601±0.0646,种质间遗传相似系数(Gs)为0.4938~0.8250。通过UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)聚类方法对22份虉草材料进行聚类分析。结果表明,在Gs为0.58时可将22份虉草材料分为两大类群,第Ⅰ类群包含A-1和A-2共2份材料,其余材料均归为第Ⅱ类群;在Gs为0.71时可将第Ⅱ类群的20份材料细分为4个亚类群,第Ⅰ亚类群包含9份材料,主要来自俄罗斯西北部和中国中西部地区;第Ⅱ亚类群包含6份材料,多数来自俄罗斯中东部和中国镇江地区;第Ⅲ亚类群包含3份材料,来自中国和美国;第Ⅳ亚类群包含2份材料,来自中国通辽地区。用ISSR标记技术可有效揭示虉草种质资源的遗传多样性,试验中来自不同地域的22份虉草种质材料遗传多样性较为丰富。试验结果表明虉草种质资源遗传分化与地理来源有一定的相关性,但遗传聚类与地理来源不完全一致。     

结缕草属植物种间关系和遗传多样性的SSR标记分析

利用SSR分子标记技术对结缕草属(Zoysia Willd.)5种、1变种共96份种质材料进行遗传多样性分析,结果表明:(1)结缕草属种质间存在丰富的遗传多样性,29对SSR引物共扩增出282条清晰谱带,其中多态性条带272条,多态性比率(PPB)为96.45%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.2203,Shannon信息指数(I)为0.3504。(2)应用Nei—Li相似系数法估算了96份材料间的遗传相似系数(GS),范围在0.5922~0.9362,平均为0.7811,在不同种之间,结缕草(Z.japonica Steud.)与中华结缕草(Z.sinica Hance.)、沟叶结缕草(Z.matrella(L.)Merr.)与细叶结缕草(Z.tenuifloia Willd.ex Trin.)中的遗传相似系数较高,大穗结缕草(Z.macrostachya Franch.)Z010、长花结缕草(Z.sinica var.nipponica)Z122与其它结缕草的遗传相似系数均相对较低。结缕草、中华结缕草和沟叶结缕草的种内遗传变异较大,GS分别为0.5922~0.9362,0.6879~0.9078和0.6738~0.8582。(3)通过分子系统聚类法,将96份种源分为6个大类群,其中第一大类主要包括结缕草、中华结缕草和少量沟叶结缕草,占所有材料的90.6%。沟叶结缕草和细叶结缕草聚成一小类,大穗结缕草Z010、长花结缕草Z122、沟叶结缕草(Z.matrella)Z095和结缕草(Z.japonica)Z115聚为一类。从亚群来看,基本上结缕草与中华结缕草交叉相聚,沟叶结缕草与细叶结缕草交叉相聚,沟叶结缕草与结缕草、中华结缕草也有交叉聚类现象。本研究明确了结缕草属植物不同种质间亲缘关系及遗传多样性、部分种质的种类归属,还为其进一步研究与利用提供了分子水平的依据。     

我国牧草种质资源及其遗传多样性的研究进展

主要论述了我国牧草种质资源及其遗传多样性的研究现状,以及牧草种质资源遗传多样性研究的四个途径:形态学水平、细胞水平、生化水平和DNA水平。分子水平的研究是从同工酶(等位酶)分析发展到DNA水平上的分析,是已被证明在更高层次上研究遗传多样性更有效的手段,已越来越被人们广泛地应用于遗传多样性的研究。通过加大对我国野生牧草种质资源遗传多样性的研究,可以丰富牧草种质和为牧草育种工作者提供重要的原始种质材料。     

96份雀麦属材料遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术研究了来自国内外的96份雀麦属材料的遗传多样性。19个ISSR引物共扩增出109条谱带,其中106条是多态性谱带,多态性位点比率为97.25%。POPGENE 1.31软件分析结果显示:96份雀麦属材料总的基因多样性指数(Nei’s)为0.2756,Shannon信息指数为0.4257,遗传多样性水平较高;基因流(Nm)为1.3273,各种群间有一定的基因交流。用SLT_NTsys2.1e软件进行UPGMA聚类分析表明,96份材料可分为6个类群,与主成分分析结果基本一致。用Arlequin3.1软件进行AMOVA分析表明,种间的分子变异比率为15.85%,种内的分子变异比率为84.15%,种内分子变异较大,种内遗传多样性高于种间的遗传多样性。     

22份百脉根种质资源表型数量性状的遗传多样性分析

本研究对22份百脉根(Lotus corniculatus)种质资源的11个表型性状指标进行多样性研究分析。结果表明：除种宽外,22份百脉根种质间的表型性状均存在显著变异,表型性状指标变异幅度为12.11%～69.48%,各表型性状之间存在显著或极显著相关性。主成分分析表明,茎长、株高、冠幅、种子周长、种子长、种子宽和种子长宽比的主成分载荷较高,是造成百脉根种质表型性状差异的主要因素。根据聚类分析将22份百脉根种质分为3个类群,其中,第Ⅰ类群种质的种子小,但植株高大,第Ⅱ类群种质的种子小且植株矮小,第Ⅲ类群种质的种子和种荚大但植株矮小。综合评价11和12号这2份种质资源整体表现优良,且归属于第Ⅲ类群,具有种荚和种子较大的特性,可作为选育种子高产品种的目标亲本利用。本研究结果可为百脉根的种质应用和品种选育提供理论参考。     

28份籽粒苋种质资源的主要农艺性状遗传多样性分析

为了解在哈尔滨地区引种的28份籽粒苋（Amaranthus hypochondriacus）种质资源的遗传多样性,本试验对28份籽粒苋的22个农艺性状指标进行了多样性指数分析、相关性分析、聚类分析和主成分分析。结果表明：该批籽粒苋种质资源具有较为丰富的遗传多样性,13个质量性状的Shannon多样性指数分别为花序颜色（1.569） > 茎颜色（1.525） > 茎条纹颜色（1.294） > 花序一级侧枝姿态（1.061） > 叶脉明显程度（1.000） > 叶正面颜色（0.956） > 叶背面颜色（0.906） > 团伞状花簇的密度（0.856） > 叶片先端形状（0.822） > 种子颜色（0.658） > 花序姿态（0.656） > 叶柄花青甙显色（0.628） > 花序花簇类型（0.257）;9个数量性状遗传多样性指数和变异系数均以单株干重最大,分别为1.612和34.59%。相关分析结果表明,单株干重与株高、叶长、叶宽、茎粗、叶柄长、主序花序长和单株有效分枝数均呈极显著正相关（P<0.01）。通过聚类分析将28份资源分为4类,第Ⅰ类群各性状中等;第Ⅱ类群综合性状均较好,属于高秆、高产籽粒苋优异材料;第Ⅲ类群茎秆最粗、主花序最长、千粒重最大,可作为选育种子高产的优异材料;第Ⅳ类群为矮秆、观赏型籽粒苋特异材料。主成分分析结果显示,前3个主成分的累计贡献率为78.048%,其中第1主成分与籽粒苋的干草产量有关,第2主成分与种子产量有关,第3主成分与形态性状有关。本研究对28份籽粒苋的多个形态指标进行了深入分析,可为我国籽粒苋种质资源高效利用、亲本选择和品种改良提供理论基础。     

利用ISSR标记对93份广东桑桑树种质资源的遗传多样性分析

应用ISSR分子标记技术分析广东桑(Morus atropurpurea Roxb.)桑树种质资源的遗传多样性,为桑树种质资源保存、鉴定及新品种选育提供基础依据。以13个ISSR引物从93份广东桑桑树种质材料的基因组DNA中共扩增出128条带,其中多态性条带94条,多态性比率为73.44%,表明供试的广东桑桑树种质材料间存在丰富的遗传多样性。93份广东桑桑树种质材料间的遗传相似系数为0.585 9～0.937 5,平均为0.761 7。基于供试种质材料间的遗传相似系数,采用UPGMA法对93份广东桑桑树种质材料的遗传关系进行聚类分析,93份种质材料在遗传相似系数0.664处被划分为6个组群,在遗传相似系数0.685处,第Ⅲ、Ⅳ、Ⅵ组群分别被分成2个亚组。研究结果显示,供试广东桑桑树种质材料的亲缘关系与地理分布、花性等存在关联。