猪POU1F1基因多态性与五指山猪生长性能的相关研究

采用PCR-SSCP、PCR-RFLP技术对6个猪群共计276头猪的POU1F1基因的4个位点的多态性进行多态性分析,在针对Intron1设计的2对引物扩增的片段中分别发现1处突变位点,各存在2个等位基因(A和B、C和D);在引物P2位点,海南4个品系的猪种(五指山猪、五指山猪近交系、临高猪、屯昌猪)均没有发现多态性,而在滇南小耳猪、香猪2个猪种中BB基因型频率较AA基因型频率占优势,群体遗传多态性检测处于中度多态;在引物P3位点,在6个猪群体中,DD基因型频率较CD基因型频率占优势,群体遗传多态性检测均处于中度多态。SPSS软件分析五指山猪POUIF1基因P3位点的多态性与3个生长阶段及其日增重的关联程度,结果表明P3位点不同基因型对五指山猪3个阶段的生长及日增重间均无显著差异。     

猪POU1F1基因启动子区多态分析及其与生长性状的关联

 【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体（P＜0.05）,而AB和BB基因型个体的体高、胸围和体重差异不显著（P＞0.05）,但AB基因型个体的体长显著高于BB基因型个体（P＜0.05）。【结论】5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因是生长性状的优势等位基因,是生长性状可能的分子标记。     

猪POU1F1基因第三内含子MspⅠ酶切片段多态特征的研究

采用PCR-RFLPs技术,以MspⅠ为内切酶,检测猪POU1F1基因中片段为2.1 kb的第三内含子中的多态位点1.68 kb(C等位基因)和0.85/0.83 kb(D等位基因),分析各多态位点在长白猪、杜洛克猪、小梅山猪、香猪、姜曲海猪5个品种群中的分布,并通过χ2检验比较这5个猪种间的基因型差异.χ2适合性检验结果表明MspⅠ酶切突变位点的3种基因型在5个品种中分布差异均极显著(P<0.01).中国地方品种小梅山猪、姜曲海猪等位基因C的比例很高,中国地方品种香猪等位基因C的比例则比较高,国外品种长白猪、杜洛克猪等位基因C的比例很低.     

猪POU1F1第一内含子单核苷酸多态性和生长性状相关性研究

 【目的】寻找猪POU1F1多态位点和基因表达量之间可能存在的相关性。【方法】以大白猪（英系）和中畜黑猪为试验材料,对POU1F1基因第一内含子多态性进行PCR-SSCP检测分析,同时提取垂体总RNA,对POU1F1、GH、PRL、TSH-?的mRNA进行实时定量荧光PCR检测。【结果】发现一个位于第一内含子1515位点的突变和猪屠宰前日增重相关系数为R=-0.6（P＜0.05）,且该位点的替换和屠宰前GH的表达量存在显著相关（R=0.483,P＜0.05）;【结论】T→C的替换将导致GH的mRNA表达量升高,在生长性状上表现为屠宰前日增重降低。     

3个品种猪生长激素基因的多态性分析

采用PCR-RFLPs技术,对香猪、上海白猪、大约克夏猪生长激素基因-119～＋715区域共834bp片段的扩增产物分别用ApaⅠ、DraⅠ、MspⅠ 3种限制性内切酶检测酶切位点的多态性.结果显示：ApaⅠ酶切时,3个品种的猪都产生了3种基因型（AA、BB和AB）,BB基因型的频率以大约克夏猪最高,AB基因型的频率以香猪最高,3个猪种间基因型频率、等位基因频率的差异不显著（P＞0.05）;Dra Ⅰ酶切时,各品种猪均未呈现酶切位点的多态性;Msp Ⅰ酶切时,仅大约克夏猪表现出2种基因型（CC、CD）,香猪、上海白猪未产生酶切位点多态性.结论：AB基因型的频率以香猪为最高,它可能是小型猪的有利基因型;在香猪和上海白猪中DraⅠ和Msp Ⅰ酶切位点的多态性比较贫乏.     

秦川牛及其杂种牛POU1F1基因多态与生长性能相关性

 本研究首次利用PCR-RFLP技术研究相同季节4月（±10 d）龄纯种秦川牛（QQ）及杂种牛秦安（AQ）、秦德（DQ）、秦利(LQ) 4个群体164个个体POU1F1基因多态性及其与体重、体尺等生长性状指标之间的相关性。结果表明， QQ及AQ、DQ、LQ群体POU1F1-HinfI基因座的451 bp 的PCR产物被限制性酶HinfI消化后表现多态性，它们的等位基因A/B频率分别为：0.232/0.768、0.333/0.667、0.178/0.822和0.181/0.819，且均处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时，4个群体POU1F1基因座不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析的结果表明，4个群体内AB、BB基因型个体在胸围、十字部高指标上显著高于群体AA型个体（P＜0.05），即BB、AB＞AA（P＜0.05），可作为秦川牛体尺指标(胸围、十字部高)候选基因之一。但在体长指标上均无显著差异（P＞0.05），所以不宜作为体长指标候选基因。初步认为BB基因型为优势基因型，相应地B为优势等位基因，对选择有正向效应。     

中国荷斯坦牛POU1F1基因第6外显子多态性与产奶性能相关研究

牛POU1F1蛋白对牛乳腺发育有重要作用。哺乳动物上已有很多关于POU1F1基因的研究,但未见该基因对中国荷斯坦牛产奶性能影响的相关报道。作者采用PCR-RFLP技术对182头中国荷斯坦牛POU1F1基因第6外显子的A/G变异进行分析,得到AA、AG和GG基因型频率分别为0.434、0.451和0.115。2χ检验后显示,样本群体符合哈迪-温伯格平衡状态。利用POPgene32软件进行分析表明,该位点多态信息含量属于中度多态。应用SAS 8.1软件的GLM程序进行POU1F1多态性与产奶性状(包括90 d和305 d产奶量、乳脂率、乳蛋白率)关联分析,结果显示GG基因型牛与AA和AG型牛相比,有更高的乳蛋白率(P<0.05);而该位点对乳脂率和产奶量影响不显著(P>0.05)。因此,POU1F1基因的SNP初步可以作为影响中国荷斯坦牛乳蛋白率的实践依据。     

鸡GH和POU1F1基因多态性及基因聚合对产蛋数的影响

以GH和POU1F1作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法,检测白耳鸡GH外显子4和POU1F1外显子3区域的单核苷酸多态性,并利用最小二乘法分析GH、POU1F1单基因型和两基因聚合基因型与72周龄产蛋数的关联.结果表明,GH基因exon4(C2338G\C2341T)的突变和POU1F1基因exon3的突变(A5331T)基因型CC与白耳鸡的72周龄产蛋数显著相关(P0.05),基因型AA、CC对产蛋数的加性效应分别为3.80和3.57.聚合基因型AACC个体72周龄产蛋数(除基因型ABCC外)与对照组差异显著(P0.05).两基因间的互作效应不显著(P0.05).扩繁F1代聚合基因型AACC个体72周龄产蛋数与前一世代相当.     

猪HSL基因PCR-RFLP多态性研究

激素敏感脂肪酶 (HSL)是动物体脂肪分解的关键酶。本研究采用PCR RFLP法研究了 5个不同品种猪HSL基因部分 5’端区域和第 6内含子至第 9外显子区域DNA多态性。结果在对应于基因第 7内含子的DNA扩增片段中发现一AluI酶切位点多态性 ,梅山猪和湖北白猪中表现 3种等位基因型 (PP、PQ和QQ) ,等位基因P和Q的频率分别为 0 .6 5、0 .35和 0 .1 5和 0 .85,而通城猪中全部表现为PP基因型 ,大白猪和长白猪中全部表现为QQ基因型     

猪品种间HSL基因外显子IPCR—RFLP的研究

激素敏感脂肪酶（Hormone-sensitve lipase,HSL)是负责分解脂肪组织中甘油三酯释放游离脂肪酸关键酶。本研究利用PCR－RFLP(polymerase chain reaction-resiction fragment length polymorphism)方法，分析了猪HSL基因外显子I区多态性，发现不同品种猪间存在多态性。瘦肉型大白猪和长白猪全部表现为GG基因型；杜洛克猪表现为AG和GG两种基因型，其等位基因A和G的频率是15％和85％；脂肪型通城猪和清平猪表现为AA和AG两种基因型，其等侠基因A、G的频率分别是91．67％、8．33％和89．83％、10．17％。     

浙江地方猪种遗传多样性研究

采用蛋白电泳和线粒体 ＤＮＡ ＲＦＬＰ分析方法，研究了浙江七个地方品种猪及浙江野猪的遗传多样性状况⒚从分析的３０ 个遗传座位、９９ 个地方品种个体中发现 ＭＤＨ，ＰＥＰＢ，６ＰＧＤ，ＡＫ，ＡＤＡ，ＰＨＩ六个座位具有多态性，其中ＡＫ，ＭＤＨ 多态座位在家猪中为首次发现⒚多态座位百分比和平均杂合度分别为Ｐ＝ ０２００， Ｈ＝ ００４３⒚用ＵＰＧＭＡ 法对由基因频率所计算的标准遗传距离进行聚类分析，结果显示：浙江地方猪种的亲缘关系很近⒚在ｍ ｔＤＮＡ ＲＦＬＰ水平，２５ 种限制性内切酶在２７ 个地方品种个体及３ 个野猪个体中共检出３０ 种限制性态型，可归结成三种单倍型⒚各单倍型间平均遗传距离（Ｐ）为０００５，群体平均多态度（π）为００００ ８，处于遗传多样性贫乏范围⒚另外对金华Ⅲ系猪的研究表明金华Ⅲ系猪可能有两个母系起源⒚浙江省地方猪种遗传多样性贫乏，可能是由于起源于一个共同的野猪亚种祖先     

Association Between the 313 bp Indel in Porcine POU1F1 Gene and Reproduction Traits

The study aims to analyze the distribution of the 313 bp indel （insertion/deletion termed as indel） in first intron of POU1F1 and it＇s association with reproduction traits in Sutai pigs by using the PCR-DSCP technique. The results showed that in this commercial pig population, the frequency of allele A was 0.6371, B was 0.3629; the genotype frequency of AA was 0.4516, AB was 0.3710, BB was 0.1774, and the Z2 test showed that the allele frequencies were in Hardy-Weinberg equilibrium. The SPSS GLM procedure was used to identify the association of the 313 bp indel with reproductive traits. In Sutai pigs, the pigs with AA genotype represented higher value in all reproduction traits, except for higher survival rate of piglets at weaning. Higher weaning weight was significantly associated with AA genotype pigs and higher survival rate of piglets at weaning was significantly associated with BB genotype （P〈0.05）, but no significant differences in other reproduction traits among genotypes were found （P〉0.05）; the P value of different traits affected by fixed factors were not significant as well （P〉0.05）. The result indicated that although this 313 bp indel was significantly associated with the weaning weight and survival rate at weaning, no any association with major reproduction traits was observed in Sutai pigs.     

湘西黄牛LPL基因exon5的多态性与生长性状的相关性

脂蛋白脂酶(LPL)是机体脂质和脂蛋白代谢的关键酶,在脂质代谢、转运和能量代谢方面发挥着重要作用,影响着动物的生长发育。为探讨湘西黄牛LPL基因的分子遗传特征和寻找与生长性状相关的分子标记,采用PCR产物测序的方法检测了湘西黄牛LPL基因的SNP位点,并进行了LPL基因exon 5的g.365458G>A位点进行了群体遗传多态与生长性状的关联分析。SNP检测结果表明,LPL基因在Intron 4上新发现了3个SNP(g.365186A>C、g.365248C>T和g.365249C>T),在exon5的182 bp处检测到了1个SNP(g.365458G>A)。g.365458G>A位点的多态性检测结果表明,g.365458G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型,呈中度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态。多态性与生产性状的相关性分析结果表明,湘西黄牛AA基因型个体的体高和胸围显著大于GG基因型个体(P<0.05),AA基因型个体的体长和体重极显著大于GG基因型个体(P<0.01)。A等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重都为正效应,而G等位基因都为负效应。推测LPL基因exon5的g.365458G>A位点有可能作为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

4个鸡品种TPK1基因的PCR-SSCP分析

以鸡硫胺焦磷酸激酶(TPK1)基因为候选基因,隐性白羽鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对TPK1所有外显子及3'-调控区进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,探讨不同基因型与不同鸡品种肌肉硫胺素含量的关系.结果表明:在3'-调控区发现了1个SNP位点,其纯合子AA型与BB型相比有一个C2132T的单碱基突变,CC型与BB型相比有一个C2132A的单碱基突变.等位基因A和B的频率极显著高于等位基因C的频率,且泰和乌骨鸡与白耳鸡差异显著,故推测所检测到的基因座与肌肉硫胺索含量相关.     

POU1F1基因多态性与藏羊生长性状的关联性分析

【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205GA,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223GA和g.15286AG。关联性分析表明,g.14205GA位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P0.01)和显著(P0.05)高于GG和AG基因型;g.15223GA位点上GG基因型的体质量显著高于GA基因型(P0.05),极显著高于AA基因型(P0.01);g.15286AG位点AA基因型体质量极显著高于GG基因型(P0.01),体高显著高于GG基因型(P0.05)。单倍型Hap7(-GGA-)的发生频率最高,达到42.40%,其次为单倍型Hap5(-GAA-)和单倍型Hap3(-AGA-),发生频率分别为21.50%和14.70%。此外,POU1F1的r2值均小于0.33,说明这3个多态位点之间不存在强的连锁性。通过合并基因型发现,双倍型H7H7(GGA-GGA)的各个生长性状表现最优。【结论】POU1F1基因的3个SNP位点可用于藏羊生长性状的选育。     

猪LPL基因多态性及其部分DNA片段的测序

脂蛋白脂肪酶是影响动物脂肪沉积的关键酶之一。本利用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ法,对猪的ＬＰＬ基因进行了多态性分析,发现其５端区域存在ＤＮＡ多态性。脂肪型猪种梅山猪和通城猪表现出３种等位基因型（ＡＡ、ＡＢ、ＢＢ）,其等位基因Ａ和Ｂ的频率分别为０．７６、０．２４和０．７７、０．２３;而瘦肉型猪种长白猪和大白猪表现出另外不同的３种等侠基因型（ＣＣ、ＣＤ、ＤＤ）,其等位基因Ｃ和Ｄ的频率分别为０．７６、０．２４和７     

猪APOBEC3F基因外显子8单核苷酸的多态性及其与猪繁殖和呼吸综合征病毒易感性的关联性

为了研究猪载脂蛋白质B mRNA编辑酶催化多肽3F(APOBEC3F)基因的多态性及其对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)易感性的影响,对猪APOBEC3F基因外显子3、4、8和内含子3序列进行扩增和测序,筛选多态性位点,分析其与PRRSV易感性的相关性。测序结果发现内含子3的16 bp处发生1个A/G突变和外显子8的5 bp处发生1个G/A突变。针对外显子8的5 bp处发生1个G/A突变建立PCR-RFLP方法,检测9个猪种群共193个样本,发现在定远猪和梅山猪中有GG、GA和AA 3种基因型,在二花脸猪中有GG和GA 2种基因型,其他群体均为GG型。AA基因型猪肺泡巨噬细胞中PRRSV拷贝数在接毒后12 h显著高于GG基因型,极显著高于GA基因型。表明APOBEC3F基因外显子8与PRRSV抗性相关,外显子8的5 bp处G等位基因更有利于抵抗PRRSV的感染。