吉林省两株猪源化脓隐秘杆菌比较基因组学分析

化脓隐秘杆菌(Trueperella pyogenes,TP)是一种人畜共患的条件性致病菌,可导致肺炎、关节炎、心内膜炎、乳腺炎等化脓性感染。本研究在吉林省吉林市和四平市病死猪采集的样品中分离得到的2株药敏试验表型相似的化脓隐秘杆菌,命名为TP13和TP14。为了研究其亲缘关系,采用比较基因组学分析的方法对2株化脓隐秘杆菌的遗传信息进行比对分析。分析结果发现2株菌株基因组内的耐药基因类型一致,且共有2094个基因家族是重叠的,由此推断菌株TP13与菌株TP14具有较近的亲缘关系,可能是本地区的流行菌株。此研究为吉林省内猪源化脓隐秘杆菌性疾病的防治提供了理论依据。     

美人鱼发光杆菌MCCC 1K03226株的全基因组测序及生物信息学分析

为了探究美人鱼发光杆菌MCCC 1K03226株的功能.本研究利用Megalign构建美人鱼发光杆菌16S rDNA遗传进化树,利用电镜观察菌株,并进行生化鉴定;采用PacBio RSII高通量测序平台对美人鱼发光杆菌进行全基因组测序;利用SMRT portal软件对测序所得基因进行组装拼接;利用NR、KEGG、COG...     

1株多杀性巴氏杆菌的全基因组序列及致病相关基因分析

通过对多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida)CS株全基因组的毒力基因分析,以期从基因组角度了解P. multocida CS的致病性机理。常规方法分离细菌,并进行毒力鉴定。基于二代测序平台对P. multocida CS进行测序,应用比较基因组学方法将其与GenBank中具全基因组来源于不同地域和宿主的P. multocida基因组进行比较分析。结果显示：猪肺疫病料中分离细菌滴鼻感染小鼠,测得其LD₅₀为5×10² CFU·mL^-1,显示较强毒性。将测序后的P.multocida CS株全基因组信息提交至NCBI,获得登录号SUB11119617。通过对P.multocida CS全基因组序列的分析表明,P.multocida CS株全基因组大小为2 599 048 bp,G+C含量为39.932%,编码CDs为2 580个,占整个基因组长度的69.6%,编码CDs的平均长度为952 bp。此外还有53个tRNA基因和3个rRNA基因。有87.95% 的编码CDs可进行COGs功能分类,29个为功能未知基因。利用RaAXML的最大释然法(maximum likelihood,ML)进行系统进化分析发现,P. multocida CS株与1个猪源性、2个牛源血清A型毒株,和1个猪源性D型毒株有较近的亲缘关系。P. multocida CS株含254个毒力相关基因,分为4大类11小类。其中铁摄取系统、黏附系统、分泌系统和双组分调控系统相关的多个基因在不同的毒株(包括血清型)的分布存在多态性。通过对基因出现频率的分析发现,铁摄取系统相关的tbpA和铁复合物外膜受体蛋白基因(iron complex outer membrane receptor protein gene,irp)以及黏附的相关的ppdD和ompA基因在血清A型出现的频率较高,这是否与不同菌株的毒力差异相关有待进一步证实。P. multocida CS的分泌系统由Ⅰ型(hly基因)、Tat型、Sec-SRP型3种类型组成。其中,hlyD基因在不同的血清型的分布频率存在多态性。P. multocida CS株的双组分信号转导系统(TCSs)由16个调节相关基因,12个感应相关基因和2个有hybrid相关基因。这些基因在不同血清型分布的多态性与不同菌株毒力的关系有待进一步研究。综上所述,组成铁摄取系统、黏附系统、分泌系统和双组分调控系统的基因在不同的血清以及同一血清型内出现频率存在多态性,它们与P. multocida菌株毒力强弱的关系有待进一步研究。     

西藏牦牛巴氏杆菌病的防治

牛巴氏杆菌病又称牛出血性败血症,是西藏牦牛的常见病和多发病,发病后牦牛表现高热、肺炎和内脏器官广泛出血等临床症状,对农牧民造成较大的经济损失。本文针对西藏牦牛巴氏杆菌病的防治与发病原因进行了论述,希望对今后的牦牛养殖提供一定的帮助。     

牦牛巴氏杆菌病诊治

2000年12月新疆和静县巴仑台镇哈仁古村的牦牛发生了体温升高、急性肠炎、颈咽喉以及胸前皮下水肿的疾病，经过诊断为巴氏杆菌病。     

牦牛巴氏杆菌病的诊治

2006年秋冬季四川西北草原暴发牦牛急性传染病,此病以高热、肺炎、急性胃肠炎及内脏出血为主要特征,呈地方性流行或散发。经流行病学调查、临床症状、病理剖检、实验室检验,诊断为牦牛巴氏杆菌病,由于发现早、治疗及时,该病得到有效控制,未给当地畜牧业造成较大损失。     

牦牛巴氏杆菌病的防控

牦牛巴氏杆菌病发病急、病程短、死亡率高,一旦治疗不及时,即可给养殖者带来较大经济损失。主要对如何有效防控牦牛巴氏杆菌病作一介绍,以期为兽医同仁及养殖者提供参考。     

牦牛巴氏杆菌病诊治

牦牛巴氏杆菌病是牦牛养殖业中的常见病,又被称为出血性败血症(简称"牛出败"),病原为多杀性巴氏杆菌,具有高度接触的传染性特点,传播速度快和死亡率高,如果发现不及时,增加治疗的难度,而且造成牦牛的死亡,影响养殖效益.为此,应该明确牦牛巴氏杆菌病的危害和发病特点,并且做出科学诊断,提出有针对性的防控对策.     

多重耐药胸膜肺炎放线杆菌GD2107株全基因组测序及生物信息学分析

【目的】通过对多重耐药胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)GD2107株进行全基因组测序及生物信息学分析,丰富APP基因组数据库信息;构建基于ApxⅣ基因的系统进化树,分析该菌株的进化关系,为探索APP致病机制和临床防控猪传染性胸膜肺炎(porcine contagious pleuropneumia, PCP)提供参考。【方法】通过药敏试验测定分离菌株的耐药谱;采用全基因组测序技术(whole genome sequencing, WGS)对细菌DNA进行全基因组测序,分别利用Illumina NovaSeq、PacBio SequeI测序平台对全基因组测序结果进行基因功能注释及生物信息学分析(包括基因组基本信息、功能元件分析及亚系统分析等);基于ApxⅣ基因构建系统进化树。【结果】药敏试验结果显示,GD2107菌株对青霉素、头孢拉定(先锋Ⅵ)、卡那霉素等14种抗菌药均耐药。对GD2107株全基因组测序得到1条大小为2 271 987 bp的环状染色体(GC含量为41.21%)和2个大小分别为5 027和3 497 bp的环状质粒...     

西藏当雄县牦牛巴氏杆菌病血清流行病学调查

为了解西藏当雄县牦牛巴氏杆菌病流行现状,2019—2020年在牦牛养殖较为集中的5个乡镇,采集存栏2 000头以上的2个养殖场以及存栏30头以上的56个牧户未免疫牦牛血清1 124份,通过酶联免疫吸附试验(ELISA)进行牛巴氏杆菌血清抗体检测,并使用R软件对不同年龄、性别、饲养方式牦牛的检测结果进行统计分析。结果显示:当雄县牦牛巴氏杆菌个体阳性率为11.57%(130/1124),群体阳性率为89.66%(52/58);养殖场牦牛个体阳性率(12.96%)与牧户(10.92%)无统计学差异(P 0.05);公牦牛个体阳性率(10.07%)与母牦牛(12.45%)无统计学差异(P 0.05);3岁以下牦牛个体阳性率(5.08%)与6岁以上牦牛(22.81%)有统计学差异(P 0.01,OR=5.52)。结果表明,巴氏杆菌病在该县牦牛群中流行普遍,无养殖模式和性别差异,但老龄牦牛感染率较高。结果提示,当雄县需要加强牦牛饲养管理和巴氏杆菌疫苗免疫,及时淘汰老龄牦牛。     

一株猪捷申病毒全基因组序列测定及分析

根据Gen Bank已发表的猪捷申病毒(porcine teschovirus,PTV)13种血清型全基因组序列,分析其保守区域并设计10对特异性引物。从临床腹泻病料中提取核酸,经RT-PCR扩增目的片段,分别对这些片段进行克隆、序列测定、拼接,最终获得一株猪捷申病毒全基因组序列,命名为PT-GD。主要结构蛋白VP1进化分析表明,该毒株与PTV12型CC25、YZ119的VP1核苷酸序列同源性分别为80.1%和79.7%,与其他血清型毒株进化距离相对较远,表明该毒株为猪捷申病毒血清型12型。该病毒全基因序列的测定及血清型鉴定为进一步深入研究猪捷申病毒在我国的遗传变异及其生物学特性提供了依据。     

H9N2亚型禽流感病毒西藏分离株的全基因组遗传进化分析

根据GenBank登陆的H9N2亚型AIV全基因组序列,设计了8对引物,运用RT-PCR的方法获取了3株H9N2亚型AIV西藏分离株A/Chiken/Tibet/S1/2009、A/Duck/Tibet/S2/2009和A/Chiken/Tibet/S4/2009的8个基因序列,并对所得序列进行同源性及遗传进化分析.结果显示,分离毒株的各基因片段均有完整的开放阅读框,HA基因裂解位点处均为RSSR/G,符合低致病性禽流感的特征;3株西藏分离毒株之间同源性为98%～99%,可能起源于同一种系;各分离毒的HA、NS和NA基因与欧亚分支A/Chiken/Beijing/1/94分支中的A/Duck/HongKong/Y280/97遗传距离最近,而M、NP、PA、PB1和PB2基因与欧亚分支中另一分支A/Quail/HongKong/G1/97群系遗传关系近.由此可见3株分离株的各基因所属分支不具有统一性,说明本研究所分离的3株H9N2亚型AIV西藏分离毒株可能是来源于不同亚系AIV的毒株在感染同一种宿主时发生基因重排的产物.     

果子狸源呼肠孤病毒MPC/04株全基因组序列测定与分析

为获得果子狸源呼肠孤病毒(MRV)Masked Palm Civet/China/Liu/2004(MPC/04)株的全基因序列,本研究根据GenBank中登录的哺乳动物MRV基因序列设计了22对引物,运用RT-PCR技术对该毒株的各个基因片段进行了扩增和同源性分析,并绘制系统发育进化树。结果显示该毒株L1、L2、M1和S3基因核苷酸序列与SARS病人体内分离到的SARS病毒T2/BYD1/human/Song/2006(T2S)株同源性较高,该病毒株L3、M2、M3、S1、S2和S4基因核苷酸序列与病猪体内分离到的MRV株SC-A/pig/Zeng/2006(SC-A)同源性较高,系统发育进化树同样表明各个病毒株的不同基因节段均具有不同的进化过程,推测MRV不同病毒株之间存在重配现象。通过MPC/04株S1基因同源性分析和核苷酸系统发育进化树分析,表明该病毒株S1基因与MRV血清3型的S1基因同源性较高,而与其它血清型的同源性较低,因此初步判断该病毒株血清型为血清3型。     

大豆和百脉根古老原核基因的全基因组鉴定与比较分析

在漫长的进化过程中,高等真核生物从原核生物中获取了大量基因,对这些基因进行鉴定分析,可为研究高等植物系统演化及基因组水平比较分析提供理论依据。为了进一步解析大豆和百脉根古老原核基因在其基因组中所起的作用及进化关系,本研究利用生物信息学技术对大豆和百脉根基因组古老原核基因进行全基因组鉴定,并对其特征及功能进行了比较分析。研究结果表明,大豆(40.6%)古老原核基因的占比高于百脉根(33.9%),且多分布于内共生细胞器线粒体、叶绿体中。此外,古老原核蛋白质的结构域在大豆和百脉根基因组中的分布相似,表明其在大豆和百脉根进化过程中具有较高的共线性和保守性。通过GO注释发现大豆与百脉根中古老原核蛋白主要分布在膜系统、细胞、细胞组分中。在分子功能上,大豆古老原核蛋白更多地参与代谢和发育过程,这可能与其接受了更多的人为选育有关。在生物过程中,古老原核蛋白更多参与催化反应和结合反应,主要以酶的形式在发挥作用。通过比较分析,本研究揭示了古老原核蛋白在大豆和百脉根中进化的独特模式,可为其他豆科植物基因组分析提供一定理论基础。     

11株H3N2亚型禽流感病毒广西分离株全基因序列测定与分析

2013—2014年从广西活禽市场采集的棉拭子样品中分离鉴定出11株H3N2亚型禽流感病毒(AIV)。为了解该亚型AIV的分子特征及其遗传进化关系,本研究对分离株进行全基因序列测定并采用生物学信息软件对其进行分析。结果显示,11株H3N2亚型AIV HA基因裂解位点均只有1个碱性氨基酸,符合低致病性禽流感的分子特征;HA基因受体结合位点为242Q~244G,不同于人流感226L~228S,优先与禽源受体进行结合;全基因遗传进化分析表明11株H3N2亚型AIV分离株的8个基因片段均属于欧亚谱系的禽源进化分支,与猪源和人源分离株的亲缘关系较远;分离株内部基因来源较复杂,推测这11株毒株是由不同亚型毒株经过长时间进化而发生自然重排形成的重组病毒。     

布鲁菌疫苗株S2全基因组测序及功能分析

为找出布鲁菌疫苗株S2基因组分泌性蛋白、参与生物学途径基因、细胞组件基因、分子功能基因、毒力相关因子及耐药基因,对布鲁菌疫苗株S2全基因组测序并进行Ⅲ型分泌系统效应蛋白预测、GO注释、VFDB注释、ARDB注释。全基因组测序结果表明,S2基因组大小约为3.3 Mb,杂合度和重复度较低,GC含量分布未出现异常。通过Ⅲ型分泌系统效应蛋白预测未找出S2分泌性蛋白。通过GO数据库注释,发现参与生物学途径基因有3 823个、细胞组件基因有1 949个、分子功能基因有2 585个。通过VFDB数据库注释,找出S2基因组有79个毒力相关基因,其中最大基因为8 604bp,最小基因为180bp。通过ARDB数据库注释,找出S2基因组有13个耐药基因,最大基因为3 225bp,最小基因为333bp;其中功能注释的有GL002835基因,是枯草杆菌肽类基因,此基因耐受抗微生物类药物。本研究为进一步了解布鲁菌S2基因组基本功能奠定了基础。     

Whole genome sequencing of methicillin-resistant and methicillin-sensitive Staphylococcus aureus isolated from 4 horses in a veterinary teaching hospital and its ambulatory service

Genomic characterization was conducted on 2 methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains isolated from 2 horses hospitalized during an overlapping period of time and 2 methicillin-sensitive S. aureus (MSSA) strains isolated from 2 distinct horses. Phylogenetic proximity was traced and the genotypic and phenotypic characteristics of the antimicrobial resistance of the strains were compared.Whole genome sequencing of MRSA strains for this report was similar but differed from whole genome sequencing of MSSA strains. The MRSA strains were closely related, belonging to sequence type (ST) 612, spa type t1257, and SCCmec type IVd2B. The MSSA strains were also closely related, belonging to ST1660, spa type t3043, and having no detectable staphylococcal cassette chromosome mec elements. All MSRA and MSSA strains were Panton-Valentine leukocidin negative. There were discrepancies in the genotypic analysis and the antimicrobial susceptibility testing (phenotypic analysis) of MRSA strains for rifampin, trimethoprim-sulfamethoxazole, gentamicin, amikacin, and enrofloxacin.     

布鲁菌疫苗株A19全基因组测序及功能分析

采用Illumina Hiseq和PacBio测序技术对布鲁菌A19进行全基因组测序,并进行GO注释、VFDB注释、ARDB注释、CRISPR以及基因岛预测等生物信息学分析。结果显示:A19全基因组大小为3.28 Mb,GC含量分布未见异常,含1个CRISPR和16个基因岛,通过GO数据库注释发现,参与生物学途径的基因5 311个、细胞组份基因有3 350个、分子功能基因有3 078个;通过VFDB注释发现,与毒力相关的基因82个,主要包括脂多糖(LPS)、纤连结合蛋白、virB四型分泌系统等毒力相关因子;通过ARDB数据库注释发现,与耐药相关的基因1个,该基因的表达产物通过影响焦磷酸异构酶的表达,从而产生对抗生素的耐药。本试验通过A19全基因组测序,为布鲁菌病的治疗和致病机制的研究及疫苗的开发奠定了基础。     

西藏三大优良类群牦牛的产肉性能及肉品质分析

1997年和1998年对西藏帕里、嘉黎、斯布三大优良类群牦牛的成年牦牛共17头进行了屠宰试验,分析了各类群牦牛的产肉性能和不同部位肌肉的营养成分,氨基酸及微量元素含量。结果表明,帕里牦牛的屠宰率为49.47%,净肉率为40.74%,胴体产肉率为81.84％,眼肌面积为61.09cm^2,骨肉比为1：4.56;嘉黎牦牛相应为50.59％,43.02％,85.09％,64.55cm^2和1：4.21;斯布牦牛相应为46.67%,37.4%,79.62%,45.41cm^2和1：3.96。说明西藏三大优良类群牦牛具有较高的产肉性能。牦牛肉具有蛋白质含量高、脂肪含量低、富含各种氨基酸及微量元素的特点,品质优良,营养价值较高,牦牛生产系统有很大的产肉潜力。