应用Illumina-MiSeq高通量测序技术分析脱氧雪腐镰刀菌烯醇对小鼠肠道菌群的影响

本试验旨在研究脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)对小鼠肠道微生物多样性、物种丰度的影响。选用平均体重为20 g的BALB/c小鼠40只,随机分成对照组(灌胃灭菌生理盐水)和DON组(灌胃1.8 mg/kg BW DON),每组20个重复,每个重复1只小鼠,连续灌服28 d。试验结束后,收集新鲜粪便,每组随机选取3份,用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析微生物群落结构和组成的变化。结果表明,1)与对照组相比,DON组测序数量减少(P0.05)。2)DON组降低了Alpha、Beta多样性,Shannon指数较对照组显著降低(P0.05)。3)在门水平,与对照组相比,DON组显著降低了拟杆菌门(Bacteroidetes)和脱铁杆菌门(Deferribacteres)的物种丰度(P0.05),显著提高了变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度(P0.05)。在属水平,与对照组相比,DON组显著降低了副类杆菌属(Parabacteroides)、理研菌属(Rikenella)、Algoriphagus、Mucispirillum、嗜甲基菌属(Methylophilus)、Francisella的物种丰度(P0.05),显著提高了梭菌属(Clostridium)、Robinsoniella、A llobaculum、A kkermansia的物种丰度(P0.05)。4)聚类分析显示,DON组与对照组的肠道微生物相似性降低。由此可见,DON能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性及物种丰度,提示DON致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

基于网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术分析丹参对感染大肠杆菌小鼠肠道菌群的影响

本研究旨在通过网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术分析丹参对感染大肠杆菌小鼠肠道菌群的影响。利用传统中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选丹参有效成分及靶点基因。使用基因数据库（Genecards）获得E.coli靶点基因。两者靶点基因取交集,通过STRING平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络,并运用Cytoscape 3.8.2软件构建“丹参活性成分-潜在作用靶点”网络。利用DAVID在线工具进行基因本体论（GO）功能富集分析,Metascape数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。试验选用110只雄性昆明小鼠,随机分为对照组、大肠杆菌组和低、中、高剂量丹参大肠杆菌感染组,每组22只。连续灌胃丹参液28 d后,用E.coli O₁₀₁进行腹腔注射,对照组注射无菌生理盐水,观察24 h后,收集各组粪便。应用16S rDNA高通量测序技术对各组小鼠肠道菌群进行分析。结果显示：1）网络药理学丹参有效成分36个,作用靶点669个,Genecards数据库搜索E.coli靶点8 902个,对两者取交集去除孤立点获得丹参治疗E.coli潜在靶点51个;GO、KEGG分析,获得关键靶点18个、关键通路47条,其中生物过程（BP）、分子功能（MF）和细胞成分（CC）各为174、76、45条;2）通过Illumina Miseq测序共获得950 855条有效序列,2 537个操作分类单元（OTUs）;3） Alpha多样性分析结果表明,不同剂量丹参组肠道菌群多样性与对照组具有显著差异,大肠杆菌组肠道菌群多样性显著低于对照组（P<0.05）;4）相比于大肠杆菌感染组,在门水平上,低、中、高剂量丹参大肠杆菌感染组Bacteroidetes （拟杆菌门）丰度极显著增高（P<0.01）,Firmicutes （厚壁菌门）丰度显著增高（P<0.05）,Proteobacteria （变形菌门）极显著降低（P<0.01）,在属水平上Bacteroides（拟杆菌属）丰度极显著增高（P<0.01）;5）基于LEfSe分析,对照组、大肠杆菌感染组、丹参高剂量大肠杆菌感染组共发现14种显著差异菌群;6） PICRUSt功能预测分析发现,丹参对大肠杆菌感染小鼠肠道菌群调节功能主要富集的途径是氨基酸、碳水化合物运输与代谢,翻译、核糖体结构和生物转化,细胞壁/膜/生物合成等方面。综上,基于网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术全面揭示了丹参多成分、多靶点、多途径调节相关菌群生物丰富度,对大肠杆菌感染小鼠的肠道菌群紊乱有缓解作用,为临床应用丹参治疗大肠杆菌感染提供理论依据。     

无铜饲料对小鼠肠道菌群的影响

铜是动物机体必需的金属元素,参与重要的代谢反应。本试验旨在研究无铜饲料对小鼠肠道微生物菌落组成和相关代谢通路的影响,选择健康、体重相近、遗传背景为野生型C57BL/6J的成年公鼠20只,随机分为2组,试验组和对照组各10只。待小鼠适应性饲养1周后用无铜饲料饲喂,对照组饲喂25 mg/L含铜水,试验组饲喂无铜水,试验期30 d。试验期结束时,尾静脉采血进行铜蓝蛋白含量的测定,并采集小鼠新鲜盲肠内容物利用高通量测序技术对小鼠的盲肠内容物16S rRNA基因组进行分析。结果显示,与对照组相比,无铜组小鼠血清铜蓝蛋白含量极显著降低（P < 0.001）。无铜组小鼠盲肠微生物菌群在门、属水平分别与对照组有5和43个差异显著菌群（P < 0.05）;通过差异菌群功能预测分析发现,两组共有19种KEGG二级代谢通路差异显著（P<0.05）,其中与代谢相关的功能是脂代谢、甘氨酸生物合成与代谢、多酮类化合物和萜类化合物代谢、其他次生代谢产物的生物合成和氨基酸代谢,说明饲料中铜的缺失可以改变少数肠道菌群的组成及其功能,本试验为研究铜在小鼠肠道菌群结构及代谢中的功能提供了重要思路。     

基于高通量测序分析健康比格犬肠道菌群结构

为研究健康幼龄比格犬肠道菌群结构，并进一步开展犬的肠道菌群调整试验奠定基础，本试验收集15只3月龄健康比格犬粪便，通过16S rRNA基因组测序分析肠道菌群在门、纲、目、科、属水平上的相对丰度。结果显示，比格犬肠道菌群在门水平上有6个门，相对丰度为厚壁菌门50.63%、梭杆菌门21.23%、拟杆菌门19.88%、放线菌门5.38%、变形菌门2.86%和脱铁杆菌门0.01%;在纲水平上主要有9个纲，相对丰度为梭杆菌纲29.42%、梭菌纲21.23%、拟杆菌纲19.88%、丹毒菌纲16.75%、杆菌纲4.45%、棒状杆菌纲3.89%、β-变形菌纲1.83%、放线菌纲1.49%和γ-变形杆菌纲1.01%;在目水平上主要有9个目，相对丰度为梭菌目29.42%、梭杆菌目21.23%、拟杆菌目19.88%、丹毒丝菌目16.75%、乳杆菌目4.39%、红蝽杆菌目3.89%、伯克氏菌目1.83%、双歧杆菌目1.48%和肠杆菌目0.90%;在科水平上主要有19个科，其中相对丰度前10位的分别是梭杆菌科21.23%、丹毒丝菌科16.75%、瘤胃球菌科11.99%、帕拉普氏菌科8.36%、韦荣氏球菌科7.0...     

转lncRNA-GTL2对小鼠肠道微生物菌群组成的影响

本试验旨在研究通过转基因技术转入长链非编码RNA基因是否会对小鼠肠道微生物的菌落结构和构成产生影响,利用高通量测序技术对3月龄转基因和非转基因小鼠的肠道微生物菌群进行测序和分析,在门水平和属水平进行对比和t检验,结果显示,在同一性别内转入长链非编码RNA基因GTL2（lncRNA-GTL2）后,小鼠肠道微生物的菌落结构和构成总体上没有显著差异,但存在个体差异。本研究未发现转入长非编码RNA对肠道微生物菌群在门和属水平上产生显著的影响。     

基于高通量测序研究黄芩-连翘配伍对LPS诱导的急性肺炎小鼠肠道菌群的影响

研究黄芩-连翘配伍对LPS诱导的急性肺炎小鼠肠道菌群的影响，采用加热回流法制备不同比例的黄芩-连翘配伍组合物。选取健康昆明小鼠72只，随机分为6组(正常对照组、模型组、地塞米松阳性药物组、3个黄芩-连翘不同比例配伍组),每组12只，连续灌服相应药物7 d,正常对照组和模型组给予等量生理盐水；第8天，除正常对照组外，其余组小鼠均采用LPS(10 mg/mL)滴鼻法建立小鼠急性肺炎模型。造模6 h后，采取每组小鼠盲肠内容物及结肠组织，开展结肠病例组织学观察，高通量测序检测小鼠肠道菌群结构及分布情况。结果显示，与正常对照组相比，模型组小鼠结肠黏膜上皮变性、坏死、脱落，绒毛排列不整齐，腺体有一定的脱落，纹状缘不清晰，完整性遭到破坏；黄芩-连翘配伍组(1∶1,2∶3,1∶2)小鼠的黏膜上皮结构较完整，结肠绒毛排列较整齐，纹状缘较清晰，损伤较少；Beta多样性分析结果显示，模型组小鼠肠道菌群分开较明显；黄芩-连翘配伍组(2∶3,1∶1,1∶2)和阳性药物组介于正常对照组和模型组之间，各组小鼠肠道菌群在属水平上分析样本的分离程度及群落结构和组成有显著性差异；利用LEfSe组间群落差异性分析发现，模型...     

高通量测序研究慢性肾衰竭对宠物犬肠道菌群多样性的影响及基因功能预测分析

旨在通过高通量测序研究慢性肾衰竭（chronic renal failure,CRF）对宠物犬肠道菌群多样性的影响,并预测分析菌群的基因功能。本研究选取30只2岁健康犬,随机等分为慢性肾衰竭模型组（CRF,肾动脉结扎法制备）、假手术对照组（Sham）和健康对照组（HCG）,常规饲养,试验周期56 d。试验过程中,定期检测血肌酐（Scr）、血尿素氮（BUN）和尿蛋白/肌酐比（UP/C）,无菌采集新鲜粪便进行细菌16S rDNA测序,分析慢性肾衰竭对犬肠道菌群结构、多样性与功能的影响,并以CRF组差异菌群为自变量进行主成分Logistic回归分析,构建菌群标志物综合指数（FMI）用于慢性肾衰竭预测。结果显示：1）从试验后第28天开始,CRF组Scr、BUN和UP/C分别显著高于自身试验前、HCG组和Sham组（P<0.05）。2） CRF组不同时间点肠道菌群有显著差异,第56天时的Chao 1指数、Shannon指数均降低,拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形杆菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）的相对丰度增加,厚壁菌门（Firmicutes）数量减少,与0 d和28 d比较差异显著（P<0.05）,与同时间点HCB组及Sham组比较差异显著（P<0.05）。3）组间菌群LEfSe分析发现,CRF组富集了20个物种,主要包括假单胞菌属（Pseudomonas）、埃希氏菌属（Escherichia）和变形杆菌属（Proteus）等,这些物种与肠道其他菌属间多呈负相关关系;差异物种基因主要富集在氨基酸代谢、糖生物合成和代谢以及碳水化合物代谢等代谢途径。用这些差异物种构建的FMI,其ROC曲线AUC为0.788,可作为犬CRF的肠道微生物标志物。以上结果表明,慢性肾衰竭可以使犬肠道菌群多样性降低、菌群结构失调以及菌群功能改变,且CRF患犬肠道中富集的菌群可作为该病的肠道微生物标志物,以FMI预测效果最好。     

应用Illumina NovaSeq测序技术对骨癌患犬肠道菌群的分析

通过分析骨癌患犬与健康犬肠道菌群组成与基因功能预测，筛选出作为犬骨癌评价依据的细菌，为下一步犬益生菌制剂的开发提供理论依据。本研究采集骨癌患犬与健康犬的新鲜粪便并提取其DNA进行Illumina NovaSeq高通量测序。结果显示：2组犬肠道菌群的Shannon、Simpson、Chao1指数无显著差异(P>0.05),骨癌组犬的ACE和Observed＿species指数显著低于健康组(P<0.05)。在门水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌门(Fusobacteriota)和拟杆菌门(Bateroidota)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而变形菌门(Proteobacteria)显著低于健康组(P<0.05);在属水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌属(Fusobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而布劳特氏菌属(Blautia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)和Turicibacter属显著低于健康组(P<0.05)。PCoA分析表明...     

日粮添加碳酸氢钠对蛋鸡肠道菌群多样性的影响

900羽21周龄海兰褐蛋鸡随机分成5组,每组6个重复,每个重复30羽。分别在基础日粮中添加0、0．1％、0．5％、2．5％、5％NaHCO3,持续10周。结果显示,与对照组相比,0．1％组蛋鸡盲肠乳酸菌数量增加,大肠杆菌数量降低,菌群多样性指数提高（P〉0．05）。0．5％组蛋鸡粪便pH值显著提高（P〈0．05）,乳酸菌数量增加,菌群多样性指数提高（P〉0．05）。2．5％、5％组蛋鸡粪便pH值、水分含量极显著高于其他组（P〈0．01）。同时,2．5％、5％组盲肠乳酸杆菌数量降低（P〉0．05或P〈0.05）,大肠杆菌数量增高（P〉0．05或P〈0．05）,5％组菌群多样性指数亦显著降低前3组（P〈0．05）。结果表明,日粮添加NaHCO3超过2．5％,蛋鸡腹泻严重,肠道菌群平衡严重破坏。而当NaHCO3的添加量低于0．5％时,肠道有益菌数量和菌群多样性指数呈增加趋势,蛋鸡生产性能维持正常。因此,本试验提示蛋鸡生产中饲料添加剂NaHCO3最高耐受量为0．5％。     

基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究

采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对海滨雀稗叶片转录组进行测序,结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序,获得了47520544个序列读取片段(reads),包含了4752054400个碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,获得81220个单基因簇(unigene),平均长度1077 bp,序列信息达到了87542503 bp。另外从长度分布、GC含量、表达水平等方面对unigene进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。数据库中的序列同源性比较表明,46169个unigene与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。海滨雀稗转录组中的unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类48个分支,其中有大量unigene与代谢进程、结合活性和细胞进程相关。将unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为25类。KEGG 数据库作为参考,依据代谢途径可将unigene定位到112个代谢途径分支,包括苯丙氨酸代谢通路、植物与病原物互作、植物激素生物合成和信号转导、黄酮类化合物合成、萜类骨架生物合成、脂类代谢、RNA降解等。SSR位点查找发现,从81220个unigene中共找到22721个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为A/T,其次是CCG/CGG和AGC/CTG。本研究首次对海滨雀稗转录组进行了分析,为草坪草的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。     

基于高通量测序技术筛选与山羊精子发生有关的lncRNAs

为了筛选出与精子发生有关的lncRNAs,本研究利用Illumina HiseQ 4000平台对山羊在出生期、初情期和成年期3个阶段的睾丸进行了lncRNAs测序分析。共产生了8 183个新的lncRNAs转录本。不同组间lncRNAs的差异表达分析显示,分别有1 167,5 392和5 465条lncRNAs转录本的表达有显著性差异,随机选择9个差异表达的基因进行qPCR验证,定量结果与测序结果一致。对lncRNAs的靶基因进行预测,其中5 477个编码蛋白的基因受到顺式作用调控,445个编码蛋白的基因受到反式作用调控。将差异显著的lncRNAs的靶基因进行了GO功能富集分析和KEGG途径富集分析,共有57个候选mRNA富集到精子发生功能中,它们分别靶向到50条新发现的lncRNAs,选出3个进行qPCR验证发现其在不同时期差异显著且表达趋势与靶基因一致,推测这些lncRNAs可能对靶基因有调控作用。该研究为进一步了解lncRNAs在睾丸发育和精子发生中的功能和机制提供了数据支持,极大地缩小了与精子发生相关lncRNA的研究范围,为揭示雄性的生殖功能提供了重要靶点。     

高通量测序技术在兽医临床中的应用

高通量测序技术可一次同时测定几十万到几百万条核酸分子序列,在兽医临床上已被应用到畜禽疾病诊断、疾病监测、致病机理研究、耐药性分析等相关工作中.本综述结合应用实例对高通量测序技术在兽医临床的研究进展进行系统阐述,总结了高通量测序技术在兽医临床应用中的局限性和解决措施,并展望了高通量测序技术在兽医临床的应用前景.     

Oxytetracycline treatment reduces bacterial diversity of intestinal microbiota of Atlantic salmon

The effect of oxytetracycline (OTC) treatment on intestinal bacterial populations in juvenile Atlantic salmon Salmo salar was evaluated. Oxytetracycline was administered by way of medicated feed to fish held in experimental tanks. Restriction fragment length polymorphism and sequencing of 16S rDNA from isolates were used to analyze the intestinal microbiota before, during, and after OTC administration. The microbiota from untreated fish was more diverse, consisting mainly of Pseudomonas, Acinetobacter, Bacillus, Flavobacterium, Psycrobacter, and Brevundimonas spp. In contrast, the microbiota of the OTC-treated group was characterized by lower diversity and consisted only of Aeromonas, clustering with A. sobria and A. salmonicida. Antibiotic-resistant isolates were identified as Aeromonas spp.; sequencing the resistance determinant showed it to be the tetE gene. Overall, OTC treatment changed the composition of the intestinal microbiota of Atlantic salmon, as evidenced by a reduction in bacterial diversity. These results support the current concern that antibiotic treatment can facilitate the proliferation of opportunistic bacteria by eradicating competing microorganisms.     

类志贺邻单胞菌感染对鲟鱼肠道菌群多样性的影响

采用人工肌肉注射类志贺邻单胞菌(Pseudomonas shigella)后,以针对细菌16S rRNA基因高通量测序技术进行感染鲟鱼肠道菌群组成和多样性分析,结果显示:感染组鲟鱼肠道菌群多样性指数(Chaol、ACE、observed_species、 Shannon和Simpson)均显著低于对照组(P<0.05);感染组和对照组鲟鱼肠道优势菌群均为梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteriodia)和厚壁菌门(Firmicute),但感染组鲟鱼肠道拟杆菌门细菌丰度显著小于对照组(P<0.05),而变形菌门(特别是邻单胞菌属)细菌丰度显著大于对照组(P<0.05)。结果表明,类志贺邻单胞菌感染能导致鲟鱼肠道菌群物种多样性和丰度显著变化,为鲟鱼细菌性疾病防控提供了科学依据。     

高通量测序分析中国沙棘根瘤与根际土壤细菌多样性

以中国沙棘根瘤和其根际土壤为材料,采用高通量测序技术,分析沙棘根瘤内生细菌与根际土壤细菌的多样性差异,探究沙棘根瘤中引起根部瘤状突起的以弗兰克氏菌(Frankia)为主的沙棘根瘤内生细菌的来源。结果表明:沙棘根瘤中检测到的内生细菌归属于10门23纲45目76科和93属,其中,优势菌门为Actinobacteria和Proteobacteria,优势菌属为Frankia。在沙棘根际土壤中检测到的细菌归属于39门84纲156目280科和409属,其中,优势菌门为Proteobacteria、Actinobacteria和Acidobacteria,优势菌属为Gaiella、Bacillus、Solirubrobacter、Arthrobacter和Stenotrophomonas。可见,中国沙棘根际土壤细菌多样性要高于根瘤内生细菌多样性,沙棘根瘤内生细菌与根际土壤细菌的群落结构既有相似性又存在差异,其中,在根瘤中占优势的Frankia在根际土壤中虽也存在但相对丰度较小,仅为0.02%。     

葡萄糖酸对断奶仔猪生产性能、肠道微生物区系和肠黏膜形态结构的影响

葡萄糖酸(GA)是由葡萄糖在葡萄糖酸菌不完全氧化下产生的,当饲喂单胃动物时,GA很难在小肠内吸收,而主要在肠后段发酵成丁酸.本试验研究了GA对断奶仔猪生产性能、肠道微生物和肠壁组织形态的影响.仔猪日粮中添加GA,体外盲肠发酵24h后,日粮中的GA增加了总产气量和最快产气速度(线性,P＜0.001).发酵4、8、24h,盲肠液中氨含量呈线性降低(二次,P＜0.01).发酵24h后,随着GA的添加量,总短链脂肪酸、乙酸、丙酸、正丁酸、乙酸:丙酸、(乙酸 丁酸):丙酸呈线性增加(P＜0.001).体内试验选择48头断奶仔猪,随机分成4个处理,日粮中的GA分别为0、3000、6000和12000mg/kg.试验结果表明,饲喂GA日粮与对照组相比,提高了断奶仔猪的平均日增重,GA为3000、6000mg/kg时,分别增加了13%(P=:0.11)和14%(P＜0.05);日粮中添加GA对饲料转化率无影响:GA对肠道中的梭状芽胞杆菌、肠杆菌科细菌和乳酸菌菌落数无影响:日粮中添加GA,提高了空肠中总的短链脂肪酸含量(GA为3000、6000和12000mg/kg时,分别增加了174%、87%和74%);但是,GA对空肠、回肠、盲肠中肠壁组织学形态无影响.结论:断奶仔猪日粮中添加GA可以提高动物的生产性能和改善肠道微生物区系.     

Effects of Lactobacillus plantarum on the intestinal morphology,intestinal barrier function and microbiota composition of suckling piglets

This study investigated the effect of Lactobacillus plantarum strain 299v on gut health in suckling piglets. Sixty newborn piglets were assigned to control and probiotic treatments, with three litters per treatment (ten piglets/litter). From days 1 to 20 of life, piglets were orally administered a placebo of 0.1% peptone or 1.0 ×  10¹⁰ CFU L. plantarum 299v daily. Six piglets per treatment were sacrificed on day 20, and intestinal tissues (including duodenum, jejunum, ileum and colon) and the intestinal contents from colon segments were collected. The results demonstrated that piglets treated with L. plantarum 299v had a lower diarrhoea incidence than the controls. L. plantarum 299v administration significantly increased the ratio of the villus height to the crypt depth in the jejunum and ileum, as well as the mRNA expression of jejunal occludin and ileal zonula occludens 1 (ZO‐1). The L. plantarum treatment also increased the mRNA abundance of porcine β‐defensin 2 (pBD2) and pBD3 in the jejunum and ileum and of toll‐like receptors (TLRs), such as TLR2, TLR4, TLR6 and TLR9 in the ileum, and significantly upregulated the mRNA abundances of ileal pBD1 and colonic TLR4. Additionally, the L. plantarum 299v treatment significantly changed the structure of the colonic microbiota, as evidenced by the obvious increases in the relative abundances of the phyla Firmicutes and Actinobacteria and of the genus Lactobacillus. Our findings indicate that L. plantarum 299v facilitates the gut health of suckling piglets, probably by improving the intestinal morphology and intestinal barrier function and by modifying the structure of the gut microbiota.     

Effects of aroA deleted E. coli vaccine on intestinal microbiota and mucosal immunity

E. coli infection of broilers can result in systemic diseases and productivity losses. Use of antimicrobials against this condition is common but other approaches, such as vaccination, are gaining ground. Anecdotal field reports indicate that intestinal health is improved unspecifically following E. coli live vaccination. We hypothesized that the intestine may be an important site for the functionality of the vaccine. Vaccine effects on the intestine were assessed. Spray vaccination induced marked alterations of the caecum microbiota of broilers within 3 days, and this effect gradually waned. However, T cell activation occurred in the spleen, but not in caecal tonsils, and anti-E. coli IgA was concentrated in the respiratory mucosae. Accordingly, IL-6 mRNA was produced in the lungs following immunization. Overall, these data are an initial indication that any vaccine-induced effects on the intestine are greatly associated with the microbiota. However, immunity conferred by vaccination is not primarily induced in gut-associated lymphoid tissues.