黑龙江省黑木耳主栽品种SSR遗传多样性初探

从30对SSR引物中筛选出多态性较好的引物对黑龙江省黑木耳主栽品种进行SSR遗传多样性分析和主坐标分析,结果筛选出8对扩增多态性较好的引物,UPGMA法进行聚类分析,可将其分为三类,目前主栽黑木耳品种聚为一类,以前主栽黑木耳品种聚为一类,分离野生黑木耳聚为一类。供试黑木耳菌株遗传相似系数在0.60~0.97,表明遗传多样性较高,主坐标分析也可将其分为三类,这与UPGMA聚类结果一致。     

基于SRAP分子标记的24个黑木耳栽培菌株遗传分析

以24个北方地区主栽的黑木耳菌株为材料,采用相关序列扩增多态性SRAP分子标记,对24个黑木耳菌株进行遗传分析。结果表明,从48对引物中筛选出了稳定性好、可重复性高、多态性稳定并能扩增出清晰明亮条带的25对引物,扩增出133条多态性条带,片段大小在0.1～1.5 kb,平均每个引物扩增出6条多态性条带。基于非加权组平均法(UPGMA)的聚类分析结果表明:遗传相似系数变化范围为0.56～1.0,在遗传相似系数为0.56时,将24个黑木耳菌株划分为2大类群,第一类包括黑山等18个菌株;第二类包括黑29等6个菌株。     

黑龙江东宁境内栽培黑木耳菌株区别性鉴定

以黑龙江省东宁县两个黑木耳主栽品种的10株黑木耳菌株为试验材料,进行ISSR区别性鉴定研究。结果发现:5条ISSR引物扩增图谱具有多态性,遗传相似系数为0.72~1。在相似系数为0.88处,将供试菌株分为两大类群,其中6个黑木耳1号和2个黑木耳2号菌株聚为一类,为同一个黑木耳品种。黑木耳1号中的8-1和22黑木耳菌株聚为一类,与其他8株黑木耳菌株可能为不同的黑木耳品种。     

黑木耳栽培菌株的ISSR分析

应用锚定ISSR技术对21个栽培黑木耳(Auricularia auricula) 菌株进行了遗传多样性研究。从20个引物中选出10个ISSR引物, 扩增得到185个扩增位点, 大小分布在200～3 000 bp之间, 其中多态性位点181个, 多态性位点占97.84% , 表明ISSR标记的多态性非常高。平均每个位点的观察等位基因数(Na) 为1.9784, 每个位点的有效等位基因数(Ne) 为1.2396; 菌株间平均Nei基因多样性( h ) 为0.2732, Shannon信息指数( I) 为0.4278。Nei (1972) 遗传距离矩阵分析表明21个黑木耳菌株间遗传距离在0.36到0.55之间, 基因流(Nm ) 达到2.7528, 表明我国栽培黑木耳的遗传背景十分丰富, 遗传多样性很高, 同时表明我国各地域间栽培黑木耳菌株存在着很大的菌种交流。     

我国南方长茄种质资源的ISSR标记分析

从分子水平用ISSR标记法对南方长茄资源的遗传多样性进行分析,从100个ISSR引物中共筛选出12个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,对57个样品DNA共扩增出116条谱带,平均每个引物扩增出9·67条带,其中多态性位点84个(71%)。品种间遗传相似系数在0·51~0·98之间,表明茄子栽培种内品种间的遗传基础相对较狭窄。利用UPGMA聚类分析,能将57个南方长茄品种划分为6个类群,类群的划分与地方来源没有很大的关系。     

海南椰子栽培品种的SSR标记分析

应用简单重复序列（SSR）标记方法,对海南的11个椰子栽培品种进行了遗传多样性分析。选取30对引物用于PCR扩增,有23对引物扩增出有效多态性片段136条,平均多态性百分率为95.77%,每对引物扩增出的带数2~12条不等,平均为6.17条,每个SSR位点的多态信息量（PIC）变化于0.173~0.896之间,平均为0.561。11份材料之间遗传相似系数变化范围0.061~0.861,说明海南椰子栽培品种之间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,11个椰子栽培品种分为四个类群和两个亚群。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与形态学研究的分类结果并不完全吻合。     

我国双孢菇菌株与国外引进菌株间亲缘关系的ISSR分析

以国内外的10个双孢菇菌株为试材,利用ISSR分子标记技术对其进行亲缘关系分析。结果表明:从117个ISSR引物中筛选出11个条带清晰重复性好的引物,对10个双孢菇菌株的基因组DNA进行扩增,共获得73条清晰条带,其中多态性条带51条,多态性位点百分率为69.86%。利用NTSYSpc 2.10软件计算菌株间Nei遗传距离为0.5479~0.9589,以平均连锁法(UPGMA)进行聚类分析,可将10个双孢菇菌株分为4个类群:类群Ⅰ为国内的2个菌株258和2796;类群Ⅱ是引自荷兰的HRLM;类群Ⅲ包括引自美国的L901、5113、XXX和2200;类群Ⅳ包括引自荷兰的H901、F3F和HA15。引自美国和荷兰的双孢菇菌株之间亲缘关系较近,相似性达0.85以上,而与我国的双孢菇亲缘相似性仅为0.61。因此,国外优质双孢菇菌株的引进对于增加我国双孢菇遗传多样性具有重要作用。     

黑龙江省马铃薯黑痣病菌遗传多样性分析

以黑龙江省7个马铃薯种植区采集并分离得到的204个马铃薯黑痣病菌菌株为试材,采用SSR分子标记技术方法,研究了菌株遗传差异性,分析了黑龙江省马铃薯黑痣病菌遗传多样性。结果表明:使用选取的10对SSR引物对204个供试菌株进行扩增,其中10对引物均可对供试菌株扩增出多态性好、清晰和稳定的条带。通过聚类分析可知,遗传距离为2.577 09时划分为4个类群,各类群菌株分布复杂,表明黑龙江省马铃薯黑痣病病菌遗传类型复杂多样,菌株的遗传多样性与样品采集地无明显相关性。     

具有拮抗关系的18个香灰菌株遗传差异性分析

香灰菌(xiang-hui-jun)是银耳(Tremella fuciformis)的伴生菌,对银耳的生长、发育具有至关重要的作用。采用RAPD、SRAP和ISSR三种分子标记对具有拮抗关系的18个香灰菌菌株进行遗传差异性分析。结果表明:8对RAPD引物共扩增出59个位点片段,多态性条带总共为49条,占总片段条数的比率为83%;7对SRAP引物共扩增出49个位点片段,多态性条带总共为47条,占总片段条数的比率为96%;6对ISSR引物共扩增出60个位点片段,多态性条带总共为50条,占总片段条数的比率为83%。聚类分析表明,当以相异系数0.48为阈值时,可将这些香灰菌株分成7个类群:Hp.sp0006、TR柏溪、瓦坑野生、TR枫树和TR8801枫树分别自成一个类群,Hp.sp0052和69为一个类群,其余11个(Hp.sp0004、Hp.sp0010、T0050、T0048、T0036、TR23、TR5、TR95、71、TR03和TR86)菌株归为一个类群。     

部分矮牵牛品种亲缘关系的SRAP分析

本文首次利用分子标记SRAP(sequence-related amplified polymorphism)对部分矮牵牛品种进行亲缘关系分析。采用88对引物对我国栽培的58个矮牵牛品种进行扩增,从中筛选得到20个多态性较高的引物组合,共产生389条多态性条带,平均每个引物组合产生19.5个多态性条带,每个引物组合分别产生13～40个扩增带,Jaccard's相似系数在0.55～0.87之间。在遗传距离(GD)为0.67处,可将58个矮牵牛品种分为4个类群,第一类群主要为暖色系列的品种,第二类群为黄色花品种,第三、四类群为冷色花品种,白色花品种聚类较散。本研究结果为开展矮牵牛新品种保护、种子纯度检测以及分子育种提供了分子生物学资料。     

苹果属种质资源亲缘关系的SSR分析

应用SSR技术对59份苹果属材料进行基因组的多态性分析,从20对引物中筛选出12对SSR引物扩增出176个等位基因,平均每个位点14.7个等位基因。位点杂合度为0.4039～0.7412,遗传多样性指数为0.6156。用3对引物(CH02a04、CH02g04和CH01f03b)即可区分全部供试材料。NTSYS软件进行相似系数计算,UPGMA法聚类分析将59份苹果属材料分为3大类群,即栽培品种、地方品种和新疆的野生苹果、野生种或其变种。栽培品种中具有相同亲本起源的品种被紧密地聚到了一起,相似系数较高;地方品种与新疆的野生苹果的聚类相互交错,呈现出新疆的野生苹果作为东亚基因中心的起源种与中国各地方品种在起源演化上的相关性;各野生种及其变种类型均聚到了一起,与传统的系谱基本一致。     

DNA fingerprinting and genetic diversity analysis of late-bolting radish cultivars with RAPD,ISSR and SRAP markers

Three molecular marker systems, RAPD (random amplified polymorphic DNA), ISSR (inter-simple sequence repeat) and SRAP (sequence-related amplified polymorphism), were employed for identification and genetic diversity analysis of 35 elite late-bolting radish cultivars. Detected by 35 RAPD primers, 22 ISSR primers and 17 SRAP primer combinations, the proportions of polymorphic bands were 85.44%, 85.2% and 85.41%, respectively, and the mean genetic similarity coefficients between pairs of genotypes were 0.781, 0.787 and 0.764, respectively. Each of the three molecular marker systems can identify all the cultivars. Five sets of three-RAPD primers, 3 sets of three-ISSR primers and 16 sets of three-SRAP primer combinations were able to distinguish all the cultivars. A linear relationship was observed between Resolving power (Rp) of a primer and its ability to distinguish genotypes. The 35 cultivars were clustered into three major groups based on the RAPD, ISSR and marker combination data with UPGMA, which are in high accordance with their own origins and main characteristics. The results demonstrated that these three marker systems could be useful for identification and genetic diversity analysis of radish cultivars.     

扁桃种质资源的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对国内外49份扁桃材料的亲缘关系进行了鉴定,使用3对选择性引物组合,每对引物扩增出136条带,并对其进行聚类分析。结果表明,不同种以及不同品种间的遗传距离不同。在相似系数小于0.68时,大多数栽培品种聚为一类,并可将野生扁桃组、苦巴旦组、榆叶梅,以及桃、中国樱桃、欧洲甜樱桃分开。栽培品种中,同一种源区的大多数栽培品种能聚类在一起。我国的扁桃资源与国外的扁桃资源遗传差异较大。     

瑞昌山药遗传多样性及块茎品质变异分析

瑞昌山药是江西省地方名优山药品种,由于长期进行无性繁殖和种植户自留种,品种混杂退化严重,极大影响了瑞昌山药资源保护和可持续利用。对从瑞昌市不同产地收集的12份栽培种和2份野生种瑞昌山药资源进行遗传多样性和块茎营养品质分析。结果表明,12对SRAP引物和11对SSR引物在所有材料中共扩增出50条多态性条带。不同产地材料间存在一定的遗传差异,遗传相似系数在0.415～0.964之间。UPGMA聚类分析表明,当遗传相似系数为0.530时,可将14份瑞昌山药材料分为两类,第Ⅰ类包括12份栽培种,第Ⅱ类包括2份野生种;当遗传系数为0.735时,可将12份栽培种分为3个亚类。品质分析结果表明,不同产地瑞昌山药材料品质指标间的变异系数差异较大,其中纤维素的变化范围最大,变异系数为54.28%,还原性糖的变异系数最小。主成分分析结果表明,瑞昌夏畈镇产地的山药品质较优,适于进一步系统选优和提纯复壮。     

不同梨品种的AFLP分子鉴别

利用8对引物对30个梨品种进行AFLP分析。结果表明:共检测到203个标记,其中多态性标记为135条,占所有标记数的66.5%,证明不同梨品种在DNA水平上存在广泛的遗传差异。根据AFLP标记结果计算不同梨品种间的遗传距离,通过聚类,发现所有品种聚为4个组:第1组主要是日本梨及与日本梨有亲缘关系的部分品种;第2组为中国砂梨品种;第3组只有2个品种:黄冠梨和清香梨,它们的一个共同亲本为新世纪梨;第4组是康德梨,其亲本中有1个是西洋梨,被单独聚为一类。从聚类结果看,不同的品种之间表现出了一定的地域相关性。     

黄瓜种质资源遗传多样性及其亲缘关系的AFLP分析

 采用AFLP分子标记技术，对中国黄瓜种质资源遗传多样性及其与外来种质的关系进行了分析， 结果表明8对AFLP引物在70份黄瓜种质中共扩增出425条带，多态性带的比例为66％。供试黄瓜种质的平 均期望杂合度为0．376，中国种质的平均期望杂合度为0．387，明显高于国外种质的n 291。西双版纳黄瓜和印度野生黄瓜具有一些栽培种质没有的特异位点，中国栽培种质的特异位点多于外来栽培种质，后者也有一些中国栽培种质没有的特异位点。聚类分析将70份种质分为三大组群，即西双版纳黄瓜(Cucumis sativus L.vaF．xishuangbannanesis Qi et Yuan)组群，e sativus var．hardwickii野生黄瓜组群和栽培黄瓜组群。西双版纳黄瓜与栽培黄瓜的距离最远，与野生黄瓜次之。按一定的遗传距离可以将中国和外来栽培种质分开。大多数 华南型和华北型种质归属于不同的亚组。这些结果有助于有目的地利用这些变异拓宽育种材料的遗传背景。     

从DNA水平上分析香菇不同菌株的遗传差异

本文选取了10个中国香菇野生种和2个栽培种.采用RAPD技术进行遗传差异测定.16个随机引物共扩增出118条DNA带,在此基础上分析并构建了遗传相关聚类图.结果表明,我国的香菇野生资源存在着较大的遗传差异,10个野生种菌株之间的遗传相似性在50%～80 %之间.     

不同山楂品种亲缘关系的RAPD分析

为探讨山楂品种间的亲缘关系,采用RAPD技术对20个不同品种的山楂材料进行了基因组DNA多态性分析。从120个引物中筛选出15个10bp的随机引物对所选山楂品种的DNA样品进行PCR扩增,共得到216条谱带,177条表现多态性,多态性比率达81.9%,其中包含27条特异性谱带,揭示了山楂植物丰富的遗传多样性。且利用NTSYS软件和UPGMA法对扩增结果进行了品种间相似系数的计算及聚类分析,结果表明相似系数在0.71～0.87,实生楂与其他山楂品种亲缘关系较远。     

百合遗传多样性及亲缘关系的RAPD分析

 对百合野生种及栽培品种共60份材料进行了RAPD分析, 22条随机引物共扩增出224条带,其中163条为多态性带, 多态率为72.77%。UPGMA分类结果将60份百合材料分为两大类群, 第1类群为铁炮与亚洲百合杂交系(L /A) 、野生种、亚洲系百合(A) 、喇叭百合杂交系(T) 及东方与喇叭百合杂交系(O /T) 的聚合, 这一类群在阈值0.668处又被分为两个亚类群; 第2类群为1 份野生种(L. speciosum ) 及铁炮系百合(L) 和东方系百合(O) 的聚合, 其中东方系百合在阈值0.746处又被分为两个亚类群。根据此分类结果, 进行了类群间亲缘关系及品种起源形成分析, 60份百合材料被划分为14个群组。经统计分析, 各群组之间的遗传相似系数与遗传距离的变化呈现相反的趋势。