卵泡刺激素β基因编码区SNPs与糯谷猪繁殖性能的关联性分析

本试验采用RCR-SSCP及测序的方法检测了58头糯谷猪母猪卵泡刺激素(follicle-stimulating hormone,FSH) β基因编码区3个外显子的多态性,并分析了不同基因型与繁殖性能的关联性,结果发现,在外显子1和外显子3中未发现多态位点,外显子2中发现了2个新的多态位点,共检测出3个等位基因,5个基因型,未检测到BB基因型。其中A等位基因在6699位点发生了C→T突变,B等位基因在6708位点发生了T→C突变,C等位基因与公布序列一致,A、B、C等位基因频率分别为0.288、0.119、0.593。2个突变均为同义突变,各基因型间的繁殖性能差异不显著。     

北京油鸡喙畸形性状候选基因GLA多态性的研究

本实验旨在研究α-半乳糖苷酶(GLA)基因的多态性及其与北京油鸡喙畸形性状之间的关系。用直接测序的方法检测GLA基因的单核苷酸多态性。结果表明:该基因启动子的-524、-389、-242、-212 bp处,内含子6的4 494、4 505、4 552、4 691 bp处以及外显子7的4 815 bp处共发现9个突变位点。卡方检验显示,所有位点均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。群体遗传多态性结果显示,正常鸡所有位点为中度多态(0.25PIC0.5);喙畸形鸡中,C4494T、G4505A、C4691T 3个位点为低度多态(PIC0.25),其余位点为中度多态(0.25PIC0.5)。基因型差异比较发现,在外显子7的C4815T位点处,喙畸形鸡未发生突变,与正常鸡基因型差异显著(P0.05);在内含子6的A4552C位点处,正常鸡AA型频率较高,喙畸形鸡CC型频率较高,两者基因型差异极显著(P0.01),其余位点差异不显著(P0.05)。结果提示,GLA基因的多态性与喙畸形存在一定关联,C4815T和A4552C 2个位点的SNPs有望成为剔除喙畸形性状的潜在遗传标记。     

迪庆藏猪ADFP基因第一外显子多态性位点遗传分析

研究通过测序技术对迪庆藏猪脂肪分化蛋白基因(ADFP)部分启动子区域和外显子1进行了多态位点遗传分析.结果发现,迪庆藏猪在ADFP基因启动子区域存在2个SNPs,外显子1上存在6个SNPs;各SNPs均处于Hardy-Weinberg平衡,多态信息含量和杂合度均小于0.5.研究了解了迪庆藏猪ADFP基因的变异情况及群体...     

早胜牛CD36基因多态性分析

为研究CD36基因在早胜牛群体中的遗传变异及其与肉质性状的关联性,本试验采用DNA混合池测序技术检测了320个样本的SNPs位点,并估算了SNPs位点的等位基因频率。结果表明,外显子区域有2个多态位点,分别是外显子8的79201bp处A缺失和外显子12的86351bp处T→A突变。内含子区域有3个多态位点,分别是内含子8的79309bp处C→A突变和内含子12的86446bp处C→A突变、86447bp处G→A突变,其余区域未检测到碱基突变。外显子8的A缺失可能引起氨基酸序列发生改变。外显子12的T→A突变属同义突变,未引起氨基酸改变。后续我们将对CD36基因多态性与早胜牛肉质性能相关性进行分析,以期寻找到与肉质性能关联的SNPs位点,为研究提高早胜牛肉质性能的工作提供参考。     

牛SLC11A1基因多态性分析

本研究采用巢氏PCR、降落PCR技术扩增牛SLC11A1基因的内含子9和11,分别获得777、715 bp的片段,利用DNA测序技术对这2片段测序,发现3个新SNPs,分别为内含子9的6067(A/G)、6358(C/T)和内含子11的7809(A/T).同时利用CRS-PCR和BCR-RFLP方法对这3个SNPs进行基因型分型,分析944头中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛的SLC11A1基因的多态性.结果表明,SLC11A1基因的3个SNPs的AA基因型频率最高,优势等位基因均为A;适合性检验表明,6358(C/T)和7809(A/T)位点在中国荷斯坦牛与鲁西黄牛群体中已达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而6067(A/G)位点的突变在牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);同时中国荷斯坦牛群体在这3个基因座位上的多态信息含量均大于鲁西黄牛与渤海黑牛.     

欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列多态性检测

利用PCR-SSCP方法,设计两对引物(L1、L3)对134只欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列进行多态性检测.检测结果分析表明L1引物存在从、AB和BB 3种基因型.不同基因型PCR产物测序结果分析发现在第5内含子和第6外显子上各存在1个单核苷酸多态位点,分别是扩增序列190 bp处的A→G的突变和扩增序列260 bp处的A→G的突变,但外显子的突变为同义突变.L3引物PCR-SSCP检测未发现多态位点.群体遗传学分析表明:该群体在突变位点的多态信息含量为0.345 2,属中度多态,X2检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).     

欧拉型藏羊GH基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测126只欧拉型藏羊GH基因第1、2内含子、第1～4外显子序列的遗传多态性,结果表明:仅第4外显子出现多态性,存在2个等位基因3种基因型(AA、AB和BB),BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率,其余位点未检测到多态.群体遗传学分析结果表明:该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.231 3,为低度多态(PIC＜0.25).测序结果显示:与藏绵羊GH基因序列(EFU77162)相比,B等位基因在1 286bp处发生T→C的突变,该突变为同义突变.     

猪TLR3基因变异位点分析

为了研究TLR3基因突变对介导机体天然免疫和获得性免疫能力的影响及各等位基因在猪群体间的分布规律,试验采用PCR产物克隆测序的方法在TLR3基因外显子3上寻找多态位点,并利用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对选定的突变位点进行群体遗传学分析.结果表明:在所检测出的8个SNPs中,有A1116T和C1647T 2个...     

中国地方黄牛GH基因遗传多态性研究

以鲁西牛、南阳牛为试验动物，利用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术研究了以上2个地方黄牛品种生长激素（GH）基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3’端和5’端位点的遗传多态性。检测结果表明：GH基因第3内含子1547bp处发生碱基C→T的替换；GH基因第4内含子位点多态的产生是由于1947bp处发生碱基T→G的替换；GH基因第5外显子2141bp处碱基C→G的突变，使得亮氨酸变成缬氨酸，造成氨基酸发生变化。GH基因3’端的PCR-RFLP结果表明：由于2639bp处碱基GCC→GGC的突变造成HaeⅢ酶增加1个酶切位点；GH基因5’端位点多态的产生是由303bp处碱基C→T的突变造成。     

淮南麻黄鸡CRBP4基因多态性与早期产蛋性状和蛋品质的相关性

旨在探索CRBP4基因与淮南麻黄鸡产蛋性状和蛋品质的相关性,寻找可作为淮南麻黄鸡产蛋性状的重要分子标记.本研究利用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对308只淮南麻黄鸡CRBP4基因遗传多态性进行检测及基因型分析,并对CRBP4基因的多态位点与早期产蛋性状和30周龄蛋品质进行相关分析.结果表明,在CRBP4基因exon2和exon3上存在3个突变位点,即C826T、C1240T和A1241G,其中C826T和A1241G导致了49 Se→4 9Leu和97 Ile→97Val突变,这3个突变位点都属于中度多态,基因型分布都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).C826T位点与母鸡的开产蛋重呈显著相关,CC基因型有利于提高开产蛋重;构建的单倍型对开产蛋重的影响达到显著水平(P＜0.05).结果提示,CRBP4基因不同基因型和单倍型组合与淮南麻黄鸡开产蛋重存在相关性.     

3个贵州地方鸡种NKX2-5基因多态性及生物信息学分析

以高脚鸡、威宁鸡、乌蒙乌骨鸡(含白壳蛋鸡和绿壳蛋鸡)3个贵州地方鸡种为研究对象,构建品种DNA池,扩增NKX2-5基因第1外显子全部序列及第2内含子部分序列,采用直接测序法对3个品种(4个群体)的NKX2-5基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构的影响.结果表明,在3个品种(4个群体)中共检测到G108A、T288C、C400T、T420G和G429A 5个SNPs位点,其中,G108A位于非编码区;T288C、C400T位于第1外显子区;T420G和G429A位于内含子区.T288C和C400T均为错义突变,T288C突变导致丝氨酸(Ser)变为脯氨酸(Pro)、C400T突变导致丙氨酸(Ala)变为缬氨酸(Val),SNPs位点对于NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响.     

鸡OBR基因第20外显子多态性与脂肪性状的相关研究

对鸡OBR基因的单链构象多态性进行检测,在第20 外显子发现了一个新的单核苷酸多态位点。克隆测序了2种纯合子片段,在第20外显子编码区的860位碱基确认了一个由T变为C的突变,编码的氨基酸由缬氨酸突变为丙氨酸。在一个地方鸡杂交群体中检验这一多态位点与脂肪性状的相关,建立固定效应模型进行最小二乘分析,对脂肪性状的不同基因型效应进行差异显著性检验。结果表明:试验群体中AA、AB、BB基因型频率分别为0.641、0.292和0.067。不同基因型对各组杂交肉鸡腹脂率、皮下脂肪厚、肌间脂宽和肌内脂肪含量的效应均不显著(P>0.05),说明这一外显子片段上的变异位点并不是导致脂肪性状产生差异的原因。此结果为进一步研究鸡OBR基因多态性及其功能提供参考,并为丰富基因图谱的标记提供理论依据。     

鸡OBR基因第20外显子多态性与脂肪性状的相关研究

对鸡OBR基因的单链构象多态性进行检测，在第20外显子发现了1个新的单核苷酸多态位点。克隆测序了2种纯合子片段，在第20外显子编码区的860位碱基确认了1个由T变为C的突变，编码的氨基酸由缬氨酸突变为丙氨酸。在1个地方鸡杂交群体中检验这一多态位点与脂肪性状的相关，建立固定效应模型进行最小二乘分析，对脂肪性状的不同基因型效应进行差异显著性检验。结果表明：试验群体中AA、AB、BB基因型频率分别为0．641、0．292和0．067。     

巢湖鸭生长素基因和垂体特异性转录因子1基因的PCR-SSCP检测

以生长素基因Ghrelin和垂体特异性转录因子1 Pit-1基因为候选基因,采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测2个候选基因在巢湖鸭群体中的单核苷酸多态性(SNPs)。结果表明,Ghrelin基因exon 3第54 bp位置有G→A碱基的点突变,在巢湖鸭群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.49,B等位基因频率为0.51;在exon 5第149位和166位发生了C→A和G→T的突变,检测到MM、MN、NN 3种基因型,M等位基因频率为0.19,N等位基因频率为0.81。Pit-1基因的2对引物的扩增片段均未检测到多态性,说明所检测的Pit-1基因外显子3和4序列比较保守。     

7个猪种MyoD基因家族中3个基因外显子的SNPs检测分析

本研究利用PCR SSCP技术,以7个猪种为研究对象,根据GenBank上猪的MyoG、MyoD和Myf5基因序列设计了17对引物,对此三基因的外显子进行了SNPs检测。检测结果:MyoG和MyoD两个基因均未检测到多态;在Myf5基因的3个外显子上都检测到了多态:第1外显子上有1个点突变G→C;第2外显子上有3个点突变C→A、A→G、G→A;第3外显子上,3387bp处有1个碱基A缺失,3417bp处有3个碱基T缺失,3443bp处有1个点突变T→C。Myf5基因的高度多态性,说明7个猪种含有丰富的遗传变异信息,具有很高的选择潜力。     

雪山鸡A-FABP基因编码区SNPs与肌内脂肪酸含量关联分析

本研究利用MALDI-TOF-MS技术对67只雪山鸡A-FABP基因编码区候选单核苷酸多态性(SNPs)位点进行扫描,进一步验证SNPs是否存在,并且与脂肪性状进行关联分析。结果表明:A-FABP基因在外显子1中存在同义突变:即T/C突变,得到3种基因型,T、C等位基因频率分别为0.239和0.761,并处于遗传平衡状态;TT型个体的腿肌中C16∶0脂肪酸含量显著高于CT和CC型个体(P0.05)。初步认为A-FABP基因应是肌肉脂肪酸性状的候选标记。     

从江香猪SIM1基因SNPs筛查及生物信息学分析

本研究以从江香猪为研究对象,二元杂交猪(从江香猪×野猪)、外三元杂交猪(杜×长×大)为对照,采用DNA池和直接测序技术对3个群体的SIM1基因7个外显子、部分内含子以及3'非翻译区序列进行多态性检测;利用生物信息学软件预测多态位点对SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构的影响。结果表明,在3个群体的SIM1基因中筛查到12个SNPs,C77T位于第5外显子,T29186C、A29195C位于第9内含子,C63T、C225T位于第10外显子,C107T、A426G、T583C、A586C、A605C、A615C位于第11外显子,G267T位于3'非翻译区。其中C77T、T29186C、A29195C、C63T、C225T、C107T、G267T为同义突变,A426G、T583C、A586C、A605C、A615C为错义突变;5个错义突变分别导致异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val)、亮氨酸(Leu)变为脯氨酸(Pro)、谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala)、谷氨酸(Glu)变为天冬氨酸(Asp)、天冬酰胺(Asn)变为组氨酸(His);根据在线软件预测,突变前后的SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构均会发生改变。     

兴义矮脚鸡GDF5基因外显子2的克隆及与胫骨长相关性研究

为探讨GDF5基因外显子2的SNPs以及与鸡胫骨长的关联性,以兴义矮脚鸡GDF5基因为研究对象,采用基因克隆技术得到外显子2序列,直接测序后检测SNPs,并与胫骨长进行相关性分析。结果表明,共检测到5个SNPs,前4个位点(C146A、C296T、G326A和C578G)均为两种基因型,第5位点(C704T)为三种基因型。基因型与胫骨长性状关联分析显示,C578G位点CC基因型个体胫骨长显著高于GC型个体(P0.05),其余SNPs均差异不显著(P0.05)。研究表明,GDF5基因可能是影响鸡胫骨长的主效基因或与主效基因相连锁,C578G位点有望成为胫骨长性状选择的分子遗传标记,为家禽的选育提供理论依据。     

赤水乌骨鸡SLCO1B3基因SNPs鉴定及与蛋品质的关联性分析

为了探究赤水乌骨鸡SLCO1B3基因外显子上的遗传变异位点对蛋壳颜色、蛋品质指标的影响，对300只赤水乌骨鸡SLCO1B3基因的功能突变位点EAV-HP进行基因分型，筛选出109只绿壳纯合基因型(SL/SL)的母鸡。通过直接测序方法鉴定纯合子基因型(SL/SL)个体的SLCO1B3基因外显子上存在的SNPs,并构建这些SNPs的双倍型，再与蛋品质指标进行相关性分析。结果表明：在赤水乌骨鸡SLCO1B3基因外显子上共检测到3个SNPs,第5外显子上的g.65235858G>A位点为非同义突变，突变后mRNA二级结构发生改变；关联性分析表明，赤水乌骨鸡SLCO1B3基因的这3个SNPs构建的双倍型对蛋壳颜色ΔL*值、蛋壳颜色Δb*值、蛋形指数有显著影响(P<0.05)。结果表明，SLCO1B3基因的遗传变异与蛋壳颜色、蛋形指数存在显著相关。     

PLIN基因多态性与秦川牛胴体、肉质性状的相关性研究

旨在研究PLIN基因第3、4外显子多态性与秦川牛部分产肉性状的关系。以相同饲养条件下18~24月龄的405头秦川牛为研究对象,利用PCR-SSCP方法和测序技术,对PLIN基因第3、4外显子进行SNPs位点检测,并将发现的SNPs位点与部分产肉性状进行关联性分析。结果,在第3外显子的156 bp处发生T→C突变,第4外显子的14 bp处发生C→T突变。方差分析表明:AB基因型个体的宰前活体质量、胴体质量、背膘厚和眼肌面积显著高于AA和BB基因型个体(P0.05),而且相对于AA基因型个体达到差异极显著水平(P0.01);DE基因型个体的胴体长、胴体胸深和背膘厚显著高于DD和EE基因型个体(P0.05),DD基因型个体的肌肉嫩度极显著高于EE和DE基因型个体(P0.01)。研究显示,PLIN基因单核苷酸多态性对秦川牛脂肪沉积有一定的影响,可作为影响胴体和肉质的候选基因,指导肉牛的育种工作。