比较DNA序列分析不同猪苓菌种的亲缘关系

对不同形态猪苓(Polyporus umbellata)菌核(猪屎苓、铁蛋猪屎苓和鸡屎苓)的rDNA(18S r DNA,ITS1-5.8S rDNA-ITS2)和β-tub1进行扩增、测序.序列分析表明:所得rDNA和β-tub1序列完全相同.以Neighbor-joining(N-J)方法构建ITS(ITS1-5.8S rDNA-ITS2)序列系统发育树,供试菌株同GenBank中收录猪苓(P. umbellata)类聚于同一分枝且序列完全相同,表明不同形态菌核的猪苓之间亲缘关系较近.     

苹果中Ty1-copia型逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析

利用苹果叶片为材料,通过PCR扩增、克隆研究了苹果中Ty1-copia型逆转座子的逆转录酶序列。结果表明:(1)逆转座子在1个砧木及7个品种中都能检测到,说明逆转座子在苹果砧木及不同种质中普遍存在。(2)克隆、分析了嘎拉品种中23条逆转座子的逆转录酶序列,分析表明同一基因组中克隆到的逆转录酶序列存在高度的异质性,具体表现为23条逆转录酶序列核苷酸序列长度变化范围是247-279bp,其长度相差32bp,主要表现为缺失突变;其中6条序列中存在1-4个程度不同的终止密码子突变;氨基酸序列同源性的变化范围为21%-98.9%。(3)将23条序列与已发表的不同物种同一类型逆转座子的逆转录酶序列进行聚类分析,表明苹果的Ty1-copia型逆转座子与甜菜、水稻、马铃薯、燕麦及挪威云杉等物种的同类型逆转座子可能有相同的起源。     

淹水胁迫对不同品种猕猴桃生理特性的影响

以美味猕猴桃“米良1号”、中华猕猴桃“红阳”和对萼猕猴桃“猫人参”组培苗为材料,观察淹水胁迫对不同品种猕猴桃植株形态的影响,并测定叶片中叶绿素、可溶性蛋白、脯氨酸(PRO)、丙二醛(MDA)含量以及过氧化氢酶(CAT)、过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)等酶的活性和抗氧化能力。结果表明,随着淹水时间的延长,“猫人参”猕猴桃受涝害程度小于其他2个品种,“猫人参”猕猴桃叶片中的总叶绿素含量变化幅度较小;3种猕猴桃叶片中的渗透调节物质可溶性蛋白、PRO和MDA不断增加,而叶片中的保护酶CAT、POD活性呈下降趋势。SOD活性在“米良1号”“猫人参”猕猴桃叶片中呈下降趋势,而在“红阳”猕猴桃叶片中呈增加趋势;其中“猫人参”猕猴桃叶片中的SOD活性高于其他2个品种,一直维持在较高水平,其总抗氧化能力也不断增强。不同品种间各指标变化趋势与幅度存在一定差异,以总抗氧化能力尤其明显,可作为衡量猕猴桃耐涝性的重要参考指标。     

不同倍性蜜枚西瓜幼苗在低温胁迫下的生理生化特性

以蜜枚二倍体及其人工诱导的同源四倍体、三倍体为材料研究了西瓜品种的不同倍性幼苗在冷胁迫下冷害指数、细胞保护酶(SOD、POD)及PRO、MDA的变化。结果表明:在没有冷诱导时M4x、M3x的耐冷性不如M2x。随着冷胁迫时间的延长,SOD、POD活性都有所增加,M2x比M4x、M3x增加幅度大,最后下降。MDA含量变化呈相反的趋势。M2x的体内活性氧积累少,表现出比多倍体耐冷性强。PRO含量变化M2x、M3x先上升,4d后表现下降,M4x的PRO含量从开始就表现下降。     

6个甜樱桃品种ACO基因多态性的检测

乙烯在植物果实成熟过程中起着重要的作用,ACC合酶(1-aminocyclop ropane-1-carboxylic acid synthase,ACS)和ACC氧化酶(1-aminocyclop ropane-1-carboxylic acid oxidase,ACO)是植物乙烯生物合成途径的限速酶。通过DNA序列分析,以不同果实成熟期的6个甜樱桃品种(Prunus avium L.)为材料,检测ACO基因的多态性。获得甜樱桃ACO基因约1 kb,与桃(P.persica)ACO基因(GenBank登录号:AF532976)序列的同源性达96%,其预测的氨基酸序列与桃、梅(P.mume)、美洲李(P.armeniaca)和欧洲李(P.domestica)等ACO的氨基酸序列同源性超过95%。该片段包括4个外显子和4个内含子,内含子符合GT-AT规律。用DNAMAN进行多序列比对分别在内含子2和内含子4内发现2个多态性简单重复序列(AT)n。内含子2有3种片段:即(AT)6、(AT)7和(AT)8;内含子4有2种片段,即(AT)5和(AT)6,组合后共得到4种ACO单倍型。研究在甜樱桃ACO基因座上发现2个SSR标记,为进一步研究ACO基因多态性与果实成熟期相关性奠定基础。     

冷胁迫对黄瓜幼苗抗寒性相关生理指标的影响

本试验研究了不同温度冷胁迫条件下黄瓜体内保护体系的变化趋势,结果表明:不同的温度胁迫下植物体内保护体系的变化趋势不尽相同,在冷害温度下处理结束时植物体内的SOD、CAT活性、PRO含量均高于对照,在亚适温条件下SOD活性、PRO含量高于对照,CAT活性则低于对照.     

芜菁不同生长期硫代葡萄糖苷的变化

以3个品种芜菁的种子、叶片和地下根部为试材,对植株生长的不同生长阶段进行总硫代葡萄糖苷和不同种类硫代葡萄糖苷含量的分析,为芜菁育种和加工提供参考。结果表明:3个品种的芜菁主要含有8种硫代葡萄糖苷,分别为2-羟基-3-丁烯基硫苷(PRO)、3-丁烯基硫苷(NAP)、4-羟基-3-吲哚基甲基硫苷(4OH)、4-戊烯基硫苷(GBN)、3-吲哚基甲基硫苷(GBC)、苯乙基硫苷(NAS)、4-甲氧基-3-吲哚基硫苷(4ME)、1-甲氧基-3-吲哚基甲基硫苷(NEO)。在芜菁不同生长期,不同种类硫代葡萄糖苷化合物含量有变化。芜菁种子中以NAP含量最高,苗期GBC和NEO含量较高,叶片中以GBN和NEO含量高,而在根中以NAS含量最高。     

利用β_1-微管蛋白部分基因对香菇栽培菌株进行分型

通过对50个香菇(Lentinula edodes)栽培菌株的β_1-微管蛋白部分基因进行测序、聚类和构建多态性图谱。结果表明:含有3条不同序列的菌株数为1,含有2条不同序列的菌株数为37,含有1条序列的菌株数为12;89条序列分为3个类型:Ⅰ型包括66条序列,Ⅱ型包括12条序列,Ⅲ型包括9条序列;根据对基因序列的分型,30个菌株属于Ⅰ型,11个菌株属于Ⅰ和Ⅱ型,5个菌株属于Ⅰ和Ⅲ型,1个菌株属于Ⅱ和Ⅲ型,1个菌株属于Ⅲ型;Cr02属于Ⅰ、Ⅲ和待定型,广香9号属于Ⅰ和待定型。     

茶树烯醇酶基因CsENO的克隆及其在非生物胁迫中的表达分析

从茶树‘黄旦’和‘金观音’抑制差减文库中筛选出1条烯醇酶(Enolase,ENO)cDNA片段序列,以‘铁观音’芽叶为材料克隆并验证该序列的全长编码c DNA序列。该序列全长1 753 bp,含有1个1 332 bp完整的开放阅读框,命名为CsENO,登录号KX962311。序列基因编码444个氨基酸,氨基酸序列分析发现,该c DNA与其他植物ENO高度保守,包含ENO特异结构域,与苹果(Malus×domestica)、白梨(Pyrus bretschneideri)的亲缘关系较近,相似性达84%。生物信息学预测结果显示,CsENO属于稳定的亲水蛋白,不存在跨膜结构,无信号肽,可能定位在过氧化体、溶酶体或核糖体等细胞质中,且具有多个磷酸化位点;二级结构主要由α–螺旋构成。实时荧光定量PCR结果表明,CsENO在低温、ABA、高盐、干旱逆境胁迫处理下均有表达,且表达受到不同程度的诱导。     

板栗PPO基因家族鉴定及生物信息学分析

【目的】褐变过程与多酚氧化酶(Polyphenol oxidases,PPO)密切相关,通过板栗PPO基因家族鉴定及生物信息学分析,为深入阐明PPO蛋白质的功能提供依据。【方法】从最新发布的板栗基因组数据库中鉴定到3个PPO基因:CmPPO1(BUA.CMHBY222345)、CmPPO2(BUA.CMHBY216654)、CmPPO3(BUA.CMHBY216989),并利用生物信息学方法,对其序列和基因编码蛋白的理化性质、结构功能等进行预测。【结果】(1)3个基因的CDS全长分别是1 794、1 809和1 809 bp,分别编码氨基酸序列597、602和602 aa,属于亲水酸性蛋白质,不存在跨膜区,为非分泌蛋白。(2)CmPPOs蛋白酶的二级结构无规则卷曲比例最高,三级空间结构模型分析与蔷薇科苹果酪氨酸酶结构(MdPPO1)序列同源性超过70%。(3)对苹果、马铃薯和板栗3个易褐变物种的23个PPO基因编码蛋白进行多序列比对和保守结构域分析,明确板栗PPO和蔷薇科苹果有较高同源性。(4)对不同品种板栗仁中的PPO基因进行表达分析,只检测到CmPPO1,且表达量与酶活性相关性不显著,表明板栗仁中PPO活性不能直接影响褐变程度,不同品种褐变程度与PPO表达量呈显著相关。【结论】板栗PPO基因家族3个成员中,不同品种CmPPO1表达量与果实受热褐变程度呈显著相关。本研究为板栗抗褐变育种提供了新的基因资源,但鉴于PPO存在同工酶,表达调控机制比较复杂,特异表达和时空差异性有待进一步研究。     

不同丹参种质的rDNA ITS序列分析

为测定丹参核糖体DNA的ITS序列,研究比较了28份不同来源丹参(Salviamiltiorrhiza Bge)种质的ITS序列。结果表明:丹参rDNA的ITS1、ITS2及5.8SrDNA的完全序列(长度范围在600～619bp之间),ITS1为227～228bp,5.8S为166bp,ITS2为206～224bp;ITS区的变异主要发生在内转录间隔区ITS1和ITS2区,其中ITS1、ITS2区的变异位点为31和25,分别占各自区位点的13.5%和11.2%;ITS序列在丹参种内比较保守,有些丹参种质之间有较小的差异,ITS序列可以作为丹参种质分子鉴定的依据。     

非洲菊ESTs-SSR标记的频率和分布特点

采用Tandem Repeats Finder4·0软件对来源于Plant genome Network的非洲菊EST序列的微卫星(SSR)进行系统分析。在17339条,总长8·5Mb的ESTs序列中,共有6294个以1~6个核苷酸为基序的SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。其核苷酸总数占整个基因组核苷酸数的1·64%,平均1·4kPR-1b就分布有一个大于15bp的SSR。其中六核苷酸重复序列频率最高,为1个/4·3kPR-1b,其次为单核苷酸(1个/6·0kPR-1b)、三核苷酸(1个/9·8kPR-1b)、五核苷酸(1个/10·7kPR-1b)、二核苷酸(1/11·4kPR-1b)和四核苷酸(1个/16·8kPR-1b)。在各种SSRs重复…     

青花菜快速碱化因子RAL F 的克隆与序列分析

 以一个与甘蓝显性核不育相关的差异表达片段序列为信息探针, 在NCBI与TAIR网站数据库中进行同源EST序列搜索, 经人工拼接、RT - PCR克隆与序列分析验证, 获得了青花菜快速碱化因子RALF(Rapid Alkalinization Factors) 基因的cDNA全长序列, 命名为BoRALFL1 (GenBank序列登录号DQ059310)。该cDNA全长240 bp, 编码79个氨基酸, 与电子克隆获得的序列完全相同。序列分析表明, 编码蛋白存在前导信号肽与多个磷酸化位点, 与同源基因RALFL8核酸序列在88 bp上有82%的一致性, 推导的氨基酸序列在74个氨基酸上存在56%的一致性, 不同植物间氨基酸序列N - 端差异大, C - 端具有较高的保守性。     

胡葱黄条病毒吉林毛葱分离物全基因组序列测定与分析

使用RT-PCR方法从吉林省疑似感染胡葱黄条病毒(Shallot yellow stripe virus,SYSV)的分蘖洋葱(毛葱)叶片中获得了SYSV吉林毛葱分离物SYSV-JL(MN607702)的全基因组序列。SYSV-JL的全长序列为10?427 nt,与GenBank已登录的3条SYSV全长或近全长序列在多个基因上保持着较高的序列一致性,但在P1基因上核苷酸和氨基酸序列一致性较低,分别为69.5%～84.2%和60.9%～76.9%,进一步通过变异分析发现,P1基因包含369个变异位点,表现出较为明显的高变异特征。系统发育分析显示,不同SYSV分离物具有较为明显的地区差异,SYSV-JL分离物与多个中国分离物系统发育关系较近。     

辣椒耐热材料的筛选及耐热转录因子表达与功能鉴定

以10个辣椒品系为实验材料,进行田间鉴定和室内鉴定筛选耐热品种资源。室内鉴定用热害指数、电解质渗透率(REC)、叶绿素、丙二醛(MDA)、脯氨酸(PRO)、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、过氧化物酶(POD)等8个指标综合评价10个辣椒品系的耐热性。结果表明:REC、MDA可以作为辣椒耐热性鉴定快速而简单的方法 ;测试的辣椒品系中最耐热的为B,A、C、D耐热性较好;Ca MBF1c基因对辣椒耐热性起正调控作用。     

利用差异显示技术克隆辣椒抗疫病相关DNA序列的研究

用辣椒疫霉菌对八叶期的辣椒品种茄门和93-100-17-1-0进行诱导处理,提取接种前后的总RNA,利用mRNA差异显示技术,结合植物抗病基因保守结构域,DDRT-PCR的一端引物为oligo(dT)15A、oligo(dT)15G、oligo(dT)15C,另一端为来源于不同抗病基因同源序列的简并引物B1、C1、D1,其扩增产物在6%聚丙烯酰胺凝胶上得到两个差异表达的带。回收差异片段并克隆到T-载体上测序,经BLAST检索,发现为两个新的序列,GenBank登录号为AY497910、AY497911。     

菠萝AcSERK1启动子的转录起始位点及胚性细胞特异性鉴定

AcSERK1是菠萝(Ananas comosus)体细胞胚发生初期特异表达的基因,为探讨其转录调控规律,对其5′上游调控序列的转录起始位点及启动特性进行了鉴定。采用hiTAIL-PCR技术从菠萝基因组DNA中克隆了AcSERK1完整的5′上游调控序列,利用5′RACE技术鉴定出其转录起始位点位于起始密码子(ATG)上游258 nt(G)处。以AcSERK1 5′上游完整调控序列取代pBI121中的CaMV 35S启动子,构建植物表达载体AcSERK1(–2090/+258)︰︰GUS,并在菠萝不同组织器官中进行瞬时转化分析,发现AcSERK15′上游完整的调控序列(–2090/+258)能够启动GUS在胚性细胞中特异性表达,与AcSERK1表达规律相同,说明该启动子为胚性细胞特异性启动子,对调控外源基因在体细胞胚早期特异表达有重要意义。     

松乳菇ITS序列比较及其在乳菇属中的系统发育分析

提取江苏、云南、江西、湖南、广西、安徽、湖北地区的松乳菇(Lactarius deliciosus)、红汁乳菇(L.hatsudake)、橙色乳菇(L.akahatsu)和鲑色乳菇(L.salmonicolor)共25个子实体样本的基因组DNA,扩增ITS序列,对GenBank下载和本次及以前测序的松乳菇ITS序列的碱基组成、变异位点及碱基替换类型进行分析,从GenBank下载乳菇属其它8个种,构建乳菇系统发育树。结果显示:松乳菇ITS序列共有20 bp长度的变化,碱基C、T含量大于G、A含量。变异位点ITS共有99个(ITS1 58个、5.8S 4个、ITS2 37个),其中主要是T与C的转换,转换与颠换位点数分别为8和5。ITS1、5.8S、ITS2中转换与颠换的比值R分别为2.34、1.95、1.12。基于ITS序列计算不同地区松乳菇间的遗传距离,江西与意大利、西班牙,法国与西班牙序列间的遗传距离最大为0.012,云南和法国序列间遗传距离为0,是同源序列。系统发育树显示:松乳菇和红汁乳菇、橙色乳菇亲缘关系较近。     

大白菜BrAOP2 基因的遗传多样性及其与硫甙含量的相关性分析

以大白菜品种Chiifu 为试验材料, 采用RT-PCR 技术, 克隆了3 个硫甙合成关键基因
BrAOP2 基因的cDNA 序列（BrAOP2.1、BrAOP2.2、BrAOP2.3）。通过氨基酸同源性比对分析,BrAOP2.1
与BrAOP2.2 的同源性为78%,BrAOP2.1 与BrAOP2.3 的同源性为74%,BrAOP2.2 与BrAOP2.3 的同源
性为81%。通过32 份大白菜重测序数据分析了3 个BrAOP2 基因CDS 序列的遗传多样性,并对其与硫甙
含量的相关性进行了分析。结果表明：在32 份大白菜中共检测到7 种硫甙,其中4-戊烯基硫甙（GBN）
含量和2-羟基-3-丁烯基硫甙（PRO）含量较高,分别占总硫甙含量的23.99% 和23.16%。在BrAOP2.1
基因编码区检测到5 个变异位点,在BrAOP2.2 基因编码区检测到7 个变异位点,在BrAOP2.3 基因编码
区仅检测到1 个变异位点。其中BrAOP2.1 基因的A1051G 变异位点与PRO 含量极显著相关,BrAOP2.2
基因的A560G、C753T、A790G 和T927C 变异位点与PRO 含量显著相关,BrAOP2.2 基因的G825A 位点
与4-羟基-3-吲哚基甲基硫甙（4OH）含量显著相关。     

苹果α-法尼烯合酶基因组结构和序列的多态性分析

通过设计引物进行PCR扩增、测序、拼接序列, 以及与GenBank中的cDNA序列(登录号AY182241) 进行比对, 获得α - 法尼烯合酶基因(AFS ) 的基因组序列和内含子/外显子结构。获得的AFS基因序列已在GenBank注册(登录号DQ901739) , 它有6个内含子和7个外显子, 编码一个大小为576个氨基酸的蛋白质。间隔外显子的6个内含子相位分别是0、1、2、2、0、0, 其大小分别是108、113、>1 000、125、220和88 bp, 7个外显子的推导氨基酸序列大小分别是57、89、127、73、48、83和99。编码的蛋白质中有3个序列模式(motif) , RR (X8) W 模式的编码基因序列在基因5′端的外显子1上, RxR 模式和DDxxD 模式的编码基因序列在外显子4上。将获得的AFS基因序列与GenBank中的cDNA序列(登录号AY523409) 进行比对, 结果发现两序列间有6个单核苷酸多态性, 其中4个引起氨基酸突变。有意义的是, 1个氨基酸突变(291R→G) 发生在RxR模式上, 此氨基酸突变以及其它突变是否与苹果α - 法尼烯合成能力和虎皮病发生能力有关, 值得进一步探讨。