猕猴桃EST序列的SSR信息分析（摘要）

[目的]通过筛查猕猴桃EST数据库中的SSR重复序列,为开发出新型的猕猴桃EST-SSR标记和分子生物学研究奠定理论基础。[方法]从NCBI公共数据库中最新公布的猕猴桃表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）中随机抽取56 400条序列,应用SSRHunter软件查找微卫星（Microsatellite,SSR）重复序列。搜索的标准是：二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸最少重复次数分别为7次、5次、4次、4次、3次,包括复合型微卫星。微卫星的重复次数越多,相应的检验出等位基因数目就越多。[结果]从猕猴桃EST序列中获得了7 939条SSR,其中包括二核苷酸重复5 131条（64.63%）,三核苷酸重复1 237条（15.58%）,四核苷酸重复284条（3.58%）,五核苷酸重复397条（5.00%）,六核苷酸重复890条（11.21%）。大约每2.48 kb长度的单一基因序列中即存在1个SSR,即平均7个单一基因中存在1个SSR。在二核苷酸重复序列中,AG/CT共分布4 654条（90.70%）。在三核苷酸中,较为丰富的3种重复基元是ACC/GGT,AAG/CTT和CGC/GCG,共分布817条,它们占三核苷酸重复中各重复基元的66.04%。在其他基元中,还包括AGG/CCT,AGC/GCT,AAC/GTT,ATC/GAT,AGT/ACT,CGA/TCG,AAT/ATT7种重复基元,共420条SSR序列,占33.96%。AGT与CGT重复基元未见分布。[结论]在称猴桃EST序列中,二核苷酸重复序列是最丰富的重复单元,其次为三核苷酸重复和六核苷酸重复。在所获得的SSR重复单元中,AG/CT为优势重复。     

三角鲂肝脏EST序列微卫星信息分析

利用RNA-Seq技术对三角鲂的肝脏进行了转录组测序,获得了大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析。结果表明,通过转录组测序获得三角鲂EST序列62780条,长度31.9 Mb,发现8853个SSR,出现频率为14.1%。在三角鲂EST-SSR中,重复单元以1~2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。因此,对富含SSR位点的EST序列的挖掘将为开发SSR特异性标记,并应用于三角鲂生物多样性和选育提供了参考。     

三角鲂肝脏EST序列微卫星信息分析

利用RNA-Seq技术对三角鲂的肝脏进行了转录组测序,获得了大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析。结果表明,通过转录组测序获得三角鲂EST序列62780条,长度31.9 Mb,发现8853个SSR,出现频率为14.1%。在三角鲂EST-SSR中,重复单元以1²碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。因此,对富含SSR位点的EST序列的挖掘将为开发SSR特异性标记,并应用于三角鲂生物多样性和选育提供了参考。     

小麦EST SSR的分析及其引物的开发

 为开发出具有丰富多态性的、新型的小麦EST SSR标记,利用已公布1071367条小麦表达序列标签（expressed sequence tags,EST）序列,对≥24bp的微卫星或简单重复序列进行了系统分析。结果表明,在所分析的小麦EST序列中,搜索到长度大于或等于24bp,基序匹配值大于80%的SSR序列32350个。在这些SSR中,单碱基SSR最多,数量达18075个,占SSR总数的559%;其次为3核苷酸SSR,共6106个,占SSR总数的187%,重复数大于30次以上的达444个,占所有3核苷酸SSR的72%。4核苷酸SSR数量最少,仅有696个,仅占SSR总数的22%。研究中收搜索到的6核苷酸SSR共1562个,其基序组成可分为145类,优势基序为AGCCGC（达214个）。以上结果说明小麦EST序列中含有丰富的SSR,这非常有利于开发多态性较高的EST SSR标记。     

牡丹EST资源的SSR信息分析

首先对NCBI数据库下载获得的2204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004bp出现1个SSR.在牡丹EST-SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复.A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%.牡丹EST-SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31bp.     

鹰嘴豆EST资源中SSR的信息分析

从NCBI公共数据库下载获得27 904条鹰嘴豆表达序列标签EST,去除其中低质量的和冗余序列后得到全长为6 198 092 bp的11 224 条无冗余EST.利用SSRIT(Simple sequence repeat identification tool)软件共在这些序列中发掘出982个SSR,它们分布于865条EST中,出现频率为8.69%,平均长度为15.58 bp,平均距离为6.31 kb.在鹰嘴豆EST-SSR中,二核苷酸重复是最主要的重复类型(66.90%),其次是三核苷酸重复类型(30.75%),出现最多的重复基元类型是TA/AT(24.95%).     

水稻EST中微卫星分析

[目的]分析水稻EST中微卫星序列。[方法]利用MISA(MIcroSAtellite)软件分析了微卫星在水稻EST中的分布频率与密度。[结果]在1 690 257条EST序列中,有907 071条序列含有微卫星,微卫星之间的距离约为0.51 kb。其中,六碱基重复丰度最大,占47.1%,而三碱基、单碱基、四碱基、二碱基和五碱基重复丰度分别为22.4%、18.5%、6.8%、3.1%和2.1%。表明三碱基重复丰度占到较高比例(22.4%),因此可从现有的ESTs数据中方便地获取有效的水稻微卫星标记。[结论]该研究结果可以为水稻种质资源鉴定和品种改良提供有用的基因信息资源。     

小麦条锈病菌EST序列中微卫星的频率和分布

 研究利用已公布的7368条小麦条锈病菌表达序列标签（expressed sequence tags, EST）序列,对其EST序列中的微卫星（microsatellite）或简单重复序列（simple sequence repeats, SSRs）进行了系统分析。结果表明,在已公布的7368条小麦条锈病菌EST序列中,共有2642个SSR序列（长度大于15bp,匹配值大于80%）,相当于平均3条EST序列中分布有1个SSR序列。在这些SSR中,单碱基SSR最多,数量达2320个,占SSR总数的87.8%;其次为三碱基SSR,数量为137个,约占SSR总数的52%;五碱基重复的SSR数量最少,为34个。且有的SSR的重复数较多,这将有利于小麦条锈病菌SSR分子标记的开发与应用。     

表达序列标签(EST)分析及藻类EST文库的研究进展

随着生物信息学的发展,表达序列标签（EST）在基因组作图、克隆基因、新基因的识别、蛋白质组研究等方面具有重要作用。笔者简要介绍了EST技术的原理及其在构建遗传图谱、分离与鉴定新基因等方面的应用。综述了藻类EST文库的研究现状,并对EST的应用前景进行了展望。     

基于EST序列的杨树候选SNPs标记分析

利用生物信息学方法对来自2个不同cDNA文库的2万余条杨树EST序列进行了候选SNPs标记.研究结果表明,在获得的94个碱基替代型候选SNPs中,A/G替换类型最多,占32.98%,C/T替换型占13.83%,其它碱基置换型SNPs占53.20%.同时,对其中20个候选SNPs位点的重新测序结果表明,有13个(占65%)候选sNPs位点得到证实,其中,11个位点为碱基替代型SNPs,另外2个为杂合型位点.     

山羊EST资源的SSR分析

为充分利用现有数据库中的EST资源开发山羊的分子标记,以期为研究山羊的遗传多样性和利用分子标记辅助选育山羊品种奠定基础,对NCBI dbEST数据库中13497个EST进行聚类分析,获得1999个Contig和5182个singlets,利用软件MISA对此7181个uni—EST进行SSR分析,共发现483个EST—SSR,出现频率为6．73％,平均每10kb就出现一个SSR,这些SSR的长度介于12～174bp之间,平均长度为20．46bp,其中二核苷酸和三核苷酸SSR是主要的重复类型,占所有EST—SSR的81．99％。山羊EST—SSR一共有59种重复基元,其中出现最多的是AC／GT,占所有EST—SSR的21．5％。表明山羊EST—SSR出现频率高、种类丰富,而且58％的含有SSR的EST编码已知功能的蛋白,具有较高的应用价值。     

西洋参EST资源的SSR信息分析

为了进一步利用现有的西洋参EST-SSR资源,从NCBI公共数据库中下载了4988条西洋参EST,全长为2616.042 kb.含SSR的E ST序列313条,共349个SSR,平均每相隔7.5 kb出现1个SSR.SSR出现的频率和平均长度分别为7.00%和24.4 bp.在1～6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元出现频率最高,为34.09%;其次为二核苷酸重复基元和单核苷酸重复基元,分别为32.09%和21.78%.出现最多的重复基元为A/T(20.9%),其次是AT/TA(16.9%).结果显示,西洋参的EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富、多态性较高,根据西洋参EST建立其EST-SSR标记是一条简便而又有效的途径.     

刺叶苏铁EST序列中SSR信息分析

基于NCBI数据库中刺叶苏铁的21 997条EST序列,统计分析了其EST-SSR的组成与分布特点。经过剔除冗余和低质量序列后,得到长度为7 926 783 bp的无冗余EST序列13 640条。在这些序列中共搜索出了875条EST序列含有1 176个SSR,出现频率为8.6%。这些SSR的主要重复基序有A/T,C/G,AC/GT,AG/CT,AT/AT,CG/CG,AAC/GTT,AAG/CTT,AAT/ATT,ACC/GGT,ACG/CGT,AGC/CTG,AGG/CCT,ATC/ATG,AAAT/ATTT,AAGG/CCTT,AATT/AATT,ACAT/ATGT和AAACCC/GGGTTT。一、二、三核苷酸重复类型是主体,三者共占总数的99.1%。A/T、AT/AT、AG/CT、AAG/CTT和AAT/ATT分别是其优势重复基元,分别占总数的41.7%、11.5%、11.9%、2.6%和2.5%。该研究为刺叶苏铁EST-SSR标记的开发与应用奠定了基础。     

美味猕猴桃叶蛋白质电泳分析

１）通过叶蛋白质凝胶电泳分析，首先研究了叶龄对蛋白质带型结构的影响，随着美味猕猴桃叶片的生长发育，可以看到可溶性多肽的渐进变化，对这些变化的研究能增进对叶片发育过程中基因表达的理解。２）３个蛋白质带区可用于品种鉴定。应用这３个带区，可以把一些美味猕猴桃品种相互区别开来。然而仅利用这３个带区，还不能区别Ｆ＿１单个植株，这是因为双亲带型可以在Ｆ＿１植株中共同显现，而且由于基因重组，使Ｆ＿１植株的带型变得更为复杂。３）在Ｆ＿１群体中，可以观察到蛋白质带型的变异，同时还可以看到成带强弱的变化。可能是基因的剂量效应造成了成带强度的不同。     

挪威云杉EST资源的SSR信息分析

对挪威云杉EST序列的SSR进行研究,结果表明:4 164条无冗余EST序列中,SSR的出现频率是7.39%,其平均分布频率为7.35 kb,平均长度为15.39 bp;三、四核苷酸是主要的重复类型,二者出现的频率占总SSR的73.29%;AG/CT、AGG/CCT、AAAG/CTTT分别是二、三、四核苷酸中的优势重复类型。     

木薯EST资源的SSR信息分析

为了进一步利用现有木薯 EST-SSR 资源.笔者从 NCBI 公共数据库下栽了 38411 条木薯 EST,去除低质量的和冗余的的序列后,得到全长为 4.16×103kb 的无冗余序列5401条.在无冗余序列中发现含有 SSR 的 EST 序列595条.共691个SSR,平均相隔 6.02 kb 出现一个 SSR.这些 SSR 的出现频率和平均长度分别是 11.02%和 18.89 bp.在 1～6 bp的重复基元中,二核苷酸重复基元出现频率最高(36.03%),其次是三核苷酸重复基元(31.84%)、单核苷酸重复基元(30.10%).出现较多的重复基元是 A/T(29.23%),其次是 AG/CT(24.75%).结果说明,木薯的 EST-SSR 出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值.     

甘蓝EST资源的SSR信息分析

为了开发甘蓝EST-SSR功能性标记,从NCBI公共数据库检索到63201条甘蓝ESTs,通过前处理和聚类去冗余后得到全长为14828.60 kb的无冗余ESTs 23306条.在这些序列中搜索出3085个SSRs,分布于2616条ESTs中,出现频率是13.24%,与甘蓝开花过程中相关的EST-SSRs出现的频率为6.97%.这些EST-SSRs的平均长度为23.11 bp,平均分布频率是1/4.81 kb.在1～6核苷酸重复的基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的79.09%.AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的79%和34%,对这些含SSR的ESTs进行BLASTx同源性比较分析,发现2616条EST-SSRs中1981条在数据库中可以找到同源物,占EST-SSRs总数的75.73%,功能已知的蛋白质中拟南芥来源的EST-SSRs所占比例最大,为66.02%,同时针对与甘蓝开花相关的EST-SSRs进行功能分析.找到同源物的1981条EST通过GOA进行功能分类,有987条可划分为生物过程、分子功能和细胞成分3大功能类群,其中与生物代谢相关的EST-SSRs数量最多,为263条,994条未被功能注释.     

猕猴桃高效离体再生体系的研究

为建立猕猴桃高效离体再生体系,试验以猕猴桃离体茎尖和茎段作外植体,在初代培养诱导试管苗成功的基础上,分别以MS和1/2MS为基本培养基,附加不同的激素组合,研究不同培养基对猕猴桃叶片和叶柄芽诱导的影响和对猕猴桃生根的影响.试验结果表明,在MS 1.0mg/L 6-BA 0.1mg/L NAA的培养基中培养,初代苗诱导成功、生长良好;在MS 2.0mg/L 6-BA 0.1mg/L NAA的培养基中,平均每个叶片、叶柄外植体芽诱导数分别为1.38和5.13;在1/2MS 0.9mg/L IBA和1/2MS 0.6mg/L IBA的培养基诱导生根效果好,生根数、根长统计均显著高于其他处理;温室、自然光照条件下封闭瓶口炼苗1周后,揭开封口膜再炼苗1周,以消过毒的珍珠岩和草炭土(3:7)为移栽基质,成活率达到80%.试验结果为猕猴桃转基因育种及优良品种快速繁殖研究提供了依据.