狗牙根EST-SSR反应体系优化及其遗传多样性初步分析

利用 L16（4）5正交实验设计,对新疆狗牙根 EST-SSR反应体系进行优化;并将该体系初步应用于14份新疆典型区域的野生狗牙根材料,通过聚类分析研究供试材料的亲缘关系.结果表明,新疆狗牙根 EST-SSR反应最优体系为：20μL反应体系中含模板DNA 100 ng,引物0.5μmol/L,2μL 10×Buffer,MgCl21.5 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.5 U.运用该体系对14份新疆狗牙根材料进行PCR扩增,条带较清晰,可用于新疆狗牙根 EST-SSR标记的进一步研究.对14份狗牙根的多样性及其亲缘关系分析结果表明,狗牙根 Nei’s 基因多样性指数（H）变异范围为0.2077~0.3153,平均为0.2550;Shannon信息指数（I）在0.2540~0.4394.     

遮阴对四川野生狗牙根生理特性的影响

以 5份野生狗牙根为试材 ,以国外引进的Jackpot为对照 ,测定在遮阴胁迫下叶片叶绿素含量、超氧化物歧化酶 (SOD)活性及过氧化物酶 (POD)活性等生理指标。结果表明 :供试材料在遮阴下 ,叶绿素含量变化趋势各材料不一 ,SOD、POD活性变化趋势一致 ,均在T1 处理 (透光 70 % )下达到最高 ,随着遮阴度的增加 ,酶活降低。初步表明 ,四川野生狗牙根能耐受 3 0 %的轻度遮阴 ,以野生材料J7耐阴能力最优。     

新疆野生狗牙根形态多样性研究

通过对152份新疆野生狗牙根的形态特征进行研究,从中根据外部性状等选出60份具有代表性的狗牙根材料进行分析。结果表明,新疆野生狗牙根在外部形态上具有丰富的遗传多样性,11个形态性状表现出较大变异,变异系数介于12.50%~59.76%,总平均变异系数为25.15%;通过聚类分析,将60份新疆狗牙根野生材料分为矮生型、中间型、高大型3大类;初步筛选出植株低矮的Cd026、Cd015等材料作为草坪型,植株中等的Cd047、Cd054等材料作为草坪牧草兼用型,植株高大的Cd134、Cd131等材料作为牧草生态兼用型,为新疆野生狗牙根种质资源的保存、评价及品种选育提供理论依据。     

新疆野生狗牙根研究初报

研究了分布于南北疆绿洲不同生态环境条件下的野生狗牙根〔Ｃｙｎｏｄｏｎｄａｃｔｙｌｏｎ（Ｌ．）Ｐｅｒｓ〕的生活习性和坪用特性。在新疆农业大学试验场冬季进行扫雪试验,－３２℃能安全越冬,较之引进狗牙根除具有类似的生活习性和草坪用特性外,是抗寒性最强的狗牙根类型。     

川渝地区野生狗牙根形态遗传多样性研究

对30份川渝地区野生狗牙根(Cynodon dactylon)种源的15个植物学特征进行研究。结果表明,野生狗牙根在15个形态特征上出现较大变异,其中叶色、直立枝叶长、匍匐枝叶长、匍匐茎节间长和生殖枝条高度以及花药和柱头颜色的变异都达到20%以上。不同种源形态性状间存在着显著或极显著的相关性,为选育优良品种并对选育工作的进一步开展提供理论依据。     

我国南方野生狗牙根遗传多样性的RAPD分析

对采自我国南方不同地区的25份野生狗牙根〔Cynodon dactylon(L.)Pers.〕进行了RAPD分子标记分析。选用18个引物共扩增出151.0条带,平均每个引物扩增出8.4条带,其中多态性带136.0条,多态带百分率达到90.17%,材料间遗传相似性系数为0.520～0.821。供试材料可聚为4类。聚类分析结果表明:25份狗牙根居群间的亲缘关系与地理分布有一定的相关性。     

均匀设计优化杨属的SRAP—PCR反应体系

采用均匀设计方法,对影响杨属SRAP-PCR体系的MgCl2、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶和模板浓度等因素分别进行了U16(45)和U12(35)两轮优化,建立了适用于杨属的SRAP-PCR反应体系。在25μL反应体系中,MgCl23.5mmol/L、dNTPs0.20mmol/L、引物0.44μmol/L、TaqDNA聚合酶1.50U、模板浓度28ng/L为最适条件。在此基础上又对退火温度进行了摸索,结果发现,扩增结果对退火温度变化不敏感。最后运用优化体系对杨属3派10个种共16个单株的DNA进行扩增验证,结果获得的DNA条带清晰,多态性比较丰富。说明这一优化的SRAP-PCR反应体系可用于杨属不同种间亲缘关系、系统进化和遗传多样性等方面的研究。     

48份新疆野生狗牙根遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP标记对48份新疆野生狗牙根材料进行遗传多样性分析,14对SRAP引物共扩增产生了133条带,其中123条显示多态性,因此SRAP标记可以有效地用于狗牙根野生资源遗传多样性评价。在物种水平上,多态位点百分率为77.83%,48份狗牙根材料的GS值为0.276～0.930,平均为0.700,各材料间差异明显,具有较为丰富的遗传多样性;居群间遗传分化系数为0.391 4,表明有39.14%的变异存在于居群间,60.86%的变异存在于居群内,居群内的遗传分化大于居群间的遗传分化;聚类分析表明,48份供试材料相似系数为0.58时可被聚为4类,聚类结果与地理来源有一定的相关性,但也有材料例外。     

用正交设计法优化臭椿SRAP-PCR反应体系

[目的]确定臭椿SRAP-PCR反应条件,为进一步研究臭椿SRAP分子标记提供依据。[方法]以新疆吐鲁番3号和江西臭椿叶片DNA为材料,利用引物组合EM1-EM8进行SRAP-PCR反应的L16(45)正交试验,建立了臭椿SRAP-PCR反应体系,新复极差法对体系进行方差分析,并对体系的稳定性进行检测。[结果]确定臭椿SRAP-PCR反应体系为:模板DNA 2.5 ng/μl、Mg2+1.75 mmol/μl、dNTPs0.3 mmol/μl、Taq酶0.3 U/μl、引物0.6μmol/μl、10×PCR Buffer 2.5μl;该体系稳定,适用于臭椿的SRAP反应。[结论]该试验优化的SRAP反应体系,将为臭椿种质资源多样性评价、分子标记,以及遗传连锁图谱构建奠定基础。     

湖北海棠SRAP-PCR反应体系的优化

对PCR反应中相互影响的三因素采用三水平全组合设计,建立了湖北海棠SRAP-PCR的最佳反应体系:Mg2+2.5 mmol·L-1,Taq酶1.5U,dNTP 0.3 mmol·L-1,引物0.3 μmol·L-1,Buffer1×,DNA模板30ng,反应总体积25 μL.应用该体系对33个湖北海棠样本进行扩增,得到了清晰、多态性丰富的扩增条带,证明该体系稳定可靠,可以在湖北海棠的相关研究中应用.     

带叶兜兰SRAP反应体系的建立与优化(英文)

[目的]确定带叶兜兰的SRAP反应体系。[方法]以带叶兜兰嫩叶提取的DNA为材料,对带叶兜兰SRAP反应体系中的主要成分dNTPs、Mg2+、Taq酶、模板DNA及引物进行了单因子优化。[结果]最终确定了适合带叶兜兰基因扩增的SRAP反应体系:在25μl反应体系中加入10×PCR Buffer 2.5μl、dNTPs0.15 mmol/L、Mg2+2.0 mmol/L、引物0.4 mmol/L、Taq酶0.3 U。[结论]该体系扩增条带清晰,重复性好,可应用于带叶兜兰的多方面的分析。     

丝瓜SRAP-PCR体系建立与优化

以丝瓜基因组DNA为模板,采用正交试验设计,对SRAP(sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)反应体系中的4种关键因素(dNTPs、Taq酶、引物、模板)进行优化,建立了适合于丝瓜基因组SRAP分子标记的扩增体系:反应总体积10μ1,其中含Taq酶1.O u、模板DNA50.00ng、dNTPs 0.3 mmol/L、引物0.30μtmol/L.该体系能很好地满足丝瓜基因组SRAP标记的要求,可应用于丝瓜的分子生物学研究.     

苦荞SRAP分子标记体系优化与遗传多样性分析

通过正交试验设计,比较苦荞序列相关多态性-聚合酶链式反应(Sequence related amplified polymorphism-polymerase chain reaction,SRAP-PCR)扩增反应体系的组合,选出最佳扩增体系用于苦荞SRAP分子标记进行遗传多样性分析。其中最佳SRAP-PCR反应扩增体系为Taq DNA聚合酶2 U、Mg2+1.5 mmol/L、DNA模板75ng、引物0.5μmol/L。从238对SRAP引物组合中筛选出20对多态性较高的引物组合,并对15个苦荞品种进行遗传多样性分析。结果表明:20对引物组合共扩增出128个位点,其多态性信息量(Polymorphism information content,PIC)值在0.66~0.95,每对引物组合扩增位点为7~13个,多态性比率平均值为81.6%,其中多态性信息量值为0.95的引物组合为me7em11、me9em4和me12em8。基于UPGMA法聚类(GS=0.78)可将15个苦荞品种划分为3大类,但这3类划分的品种没有明显的地域分布特征。     

Optimization of SRAP-PCR Reaction System in Flax

Part of wild flax species and cultivated species were used as materials for optimizing SRAP-PCR reaction system, and concentration gradient test was made for all factors in order to select and establish the optimal program and system fitting for amplifying high diversity, good reproducible and clear bands. This program and system could well meet the requirement of flax SRAP and prove that SRAP marker was feasible for researching genetic polymorphism of flax.     

新疆哈密瓜SRAP反应体系建立和优化

[目的]研究新疆哈密瓜SRAP反应的最佳体系,为进一步研究新疆哈密瓜分子标记辅助育种提供基础.[方法]采用均匀实验设计法对新疆哈密瓜SRAP - PCR反应体系的5个主要因子进行优化.[结果]优化后的SRAP - PCR反应体系扩增多态性高、带型清晰、稳定性好,是新疆哈密瓜SRAP扩增的最佳条件.利用该优化体系,对12个新疆哈密瓜地方品种基因组DNA进行SRAP扩增,大部分材料扩增出来的带清晰可辨、条带丰富、背景无干扰,满足分子标记应用的要求.[结论]20 μL的反应体系中各成分用量或浓度为:模板DNA 36 ng、Taq DNA聚合酶2.5U、dNTPs2.2 5 mmol/L、引物0.6μmol/L、Mg2+ 1.75 mmol/L和2μL10×PCR buffer.     

无患子SRAP-PCR反应体系的优化

建立适合无患子Sapindus mukurossi的相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应(SRAP-PCR)最佳反应体系,为研究无患子种质资源的遗传多样性、亲缘关系及遗传改良等奠定基础。以南平产的无患子叶片为材料,采用单因素法对体系中的DNA模板、镁离子、三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs),引物和TaqDNA聚合酶等5因素进行优化。确立了适合无患子SRAP的最佳反应体系(20μL):1×PCR缓冲液,50 ng模板DNA,2.0 mmol·L-1镁离子,0.2 mmol·L-1dNTPs,0.5×16.67 nkat(0.5 U)TaqDNA聚合酶,0.4μmol·L-1引物。利用该体系对12份无患子种源材料进行PCR扩增,获得了清晰、稳定的DNA谱带,说明优化后的体系适宜无患子地理种源的遗传多样性分析。     

正交设计优化广藿香基因组SRAP扩增体系的研究

以改良CTAB法提取的广藿香叶片DNA为模板,采用正交试验设计,从Mg2+、dNTP、引物浓度和DNA聚合酶4因素3水平,对SRAP扩增效果进行研究,比较不同模板DNA浓度对PCR扩增的影响,确立适合广藿香SRAP-PCR反应的最佳体系.利用SRAP-PCR优化体系对引物进行了全面筛选.结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响,总体积20μL的SRAP-PCR优化反应体系中含有:2 μL 10×buffer、20 ng模板DNA、1.5 mmol/L Mg2+、250 μmol/L dNTP、0.3 μmol/L Primer、Taq DNA聚合酶1.5 U.运用该体系对部分广藿香单株进行检验,证明该体系稳定可靠;以此体系为基础从90对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物18对.     

正交设计优化秋海棠属植物SRAP-PCR反应体系及引物筛选

相关序列扩增多态性(Sequence-related amplified polymophism,SRAP)是2001年由Li和Quiros开发的一种基于PCR的新型分子标记技术[1].与RAPD、AFLP、SSR等标记方法相比,SRAP具有简单、高效、高共显性、重复性好、易测序等优点,已经用于许多植物的种子纯度检测、杂种鉴定、遗传多样性分析、指纹图谱及遗传连锁图的构建等[2-8].