广西古蓬,水浪种源马尾松天然林的ISSR分析

摘　要：　利用ISSR分子标记技术对广西古蓬和水浪两个种源区的马尾松天然林中共85个样品进行遗传多样性分析,从100个ISSR引物中共筛选出10个多态性引物,对这85个马尾松个体进行PCR-ISSR扩增,其中古蓬47个样品三个组共检测到192个位点,其中多态位点数为177个,水浪38个样品两个组共检测到168个多态位点。对两个种源马尾松采用POPgene 32 软件进行分析,结果表明：在古蓬马尾松天然林群体内,总的多态位点百分率（P）为94.35%,总的Shannon信息指数（I）为0.4278,Nei’s基因多样度指数（h）为0.2765;而水浪种源的马尾松群体内,总的多态位点百分率（P）为94.38 %,总的Shannon信息指数（I）为0.5190,Nei’s基因多样度指数（h）为0.3510;表明种水平的遗传多样性较高。古蓬马尾松组间的基因分化系数（Gst）为0.0481,水浪的为0.0363。表明马尾松的主要变异存在于组间,古蓬3个组的基因流为9.8877。水浪两个组的基因流为13.2643,表明基因流不是引起马尾松组间分化的主要因素。     

华山松无性系种子园遗传多样性分析

利用ISSR分子标记技术对贵州省平坝华山松无性系种子园及两个不同年份的子代进行遗传多样性研究,结果表明:采用13个ISSR引物对种子园85个无性系进行扩增,共获得了95个标记位点,其中有94个为多态位点,多态位点比率为98.5%。遗传分析表明,种子园无性系有效等位基因数平均值为1.717,遗传多样度(h)平均值为0.402 9,Shannon信息指数(I)为0.585 5,种子园遗传多样性处于较高水平,遗传变异主要存在于种源内;与种子园亲代群体相比,结实初期(1988年)子代群体遗传多样性指数有所降低,结实后期(2007年)子代遗传多样性降低较大,需要采取措施提高种子产量和品质。     

资源冷杉遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记方法对采自湖南和广西的6个资源冷杉野生群体共243个个体进行了遗传多样性分析.8个ISSR引物共扩增到了108个位点,其中84个是多态性位点,总的多态位点百分率（PPL）为77.78%.Nei’s基因多样性指数（He）为0.234 4,Shannon信息指数（I）为0.376 4. 6个不同群体的遗传多样性水平差异较大,群体多态位点百分率在22.22%～70.37%之间,Nei’s基因多样性指数为0.092 0～0.219 5,Shannon信息指数为0.134 4～0.339 1.香菇棚群体和银竹老山群体的遗传多样性水平较高,舜皇山群体的遗传多样性最低.资源冷杉自然群体间的遗传分化系数Gst为0.377 7,说明自然群体间存在一定程度的遗传分化;群体间基因流Nm为0.411 9,相对较弱,可能对自然群体的遗传分化有一定影响.基于Nei’s遗传距离进行了UPGMA聚类分析,6个群体的个体按群体各自聚在一起.      

应用ISSR-PCR对西伯利亚红松19个种源的遗传多样性分析

应用简单重复序列区间扩增多态性(inter-simple sequence repeats，ISSR)技术，以引种俄罗斯的西伯利亚红松(Pinus sibirica Du Tour)不同地理分布区的19个种源为材抖，筛选出12个引物，获得总位点数148条，其中多态位点数136条，多态位点比率为91．89％。遗传多样性研究结果表明：种源的平均多态位点比率为26．48％，具有高的遗传多样性(Shannon指数(Ⅰ)平均值为0．1563)；种源间存在一定程度的基因流动(Nm为0．2461)和遗传分化(Nei指数平均值为0．1068，Gst平均值为0．3298)；种群内的基因多样性占总群体的67．02％，种群间占32．98％。综合UPGMA聚类分析、地理变异规律及生态类型，种源划分结果为：西萨彦-阿尔泰山地生态区种源；东西伯利亚南部高原生态区种源；西西伯利亚平原生态区种源。     

濒危植物珙桐遗传多样性与遗传结构的ISSR分析

采用10条ISSR引物对我国珍稀濒危植物珙桐的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行分析,共检测到127个分子量在200～2 000 bp之间的位点,其中多态性位点119个、多态位点百分率93.81%;各居群多态位点百分率在40.21%～76.29%之间,平均为58.64%。物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性Hs=0.3013,Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.4566。居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.1491～0.2690之间,各居群的平均Nei’s基因多样性Hs=0.2191,各居群的Shannon’s遗传多样性信息指数(I)介于0.2200～0.4028之间,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.3232。居群间基因间分化度(Gst)为26.27%,基因流Nm为1.4。结果显示珙桐的遗传多样性较高,8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。     

峨眉蔷薇居群遗传多样性的SSR分析

以收集的11个峨眉蔷薇群体的88份样本为研究对象,利用SSR技术分析其群体水平遗传多样性.88份样本的多态位点百分率、Nei氏基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为90.48％、0.196 0和0.316 6.比较11个群体的遗传多样性指标,种质间遗传变异44.73％,种质内遗传变异55.27％.东环线的遗传多样性最高(H=0.137 7,I=0.206 8,多态位点百分率为38.78％).聚类分析结果显示,11个群体可聚为4支.群体间遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.447 3和0.617 9,表明峨眉蔷薇基因分化明显,各群体间基因交流受阻.     

广西马尾松第一代育种群体遗传多样性

利用SSR分子标记技术构建了广西马尾松第一代育种群体464个无性系的指纹图谱,并分析了该育种群体的遗传多样性。研究结果表明,广西马尾松第一代群体的平均等位基因数为3.19,多态率为100%;平均有效等位基因数为1.79;Shannon多样性指数平均为0.65,平均观测杂合度为0.40,表明该育种群体具有较高的遗传多样性。同时发现,来源于人工林优树无性系的平均等位基因数高于来源于天然林优树无性系,而天然林优树无性系的近交系数低于人工林优树无性系。     

麂角杜鹃遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对浙江省大明山4个麂角杜鹃种群的遗传多样性和遗传分化进行分析.用12个引物对84个麂角杜鹃个体的样品进行扩增,共检测到176个可重复位点,其中多态位点155个,总多态位点百分率为88.07%,4个种群平均多态位点百分率为64.35%.采用Shannon信息指数计算的4个种群总的遗传多样性为0.464 0,平均为0.394 9;采用Nei指数计算的4个种群总的基因多样性为0.309 9,平均为0.273 3,表明麂角杜鹃种群遗传多样性处于较高水平.AMOVA分子分析显示,94.66%变异来源于种群内,5.34%变异来源于种群间.4个麂角杜鹃种群间的遗传分化系数为0.112 4,基因流为3.946 9,遗传相似度平均为0.936 8,遗传距离平均为0.065 4.利用算术加权平均数法(UPGMA)对麂角杜鹃4个种群进行聚类,结果可分为2大类群.     

广西种源红锥栽培群体遗传多样性评价

[目的]揭示红锥栽培群体遗传多样性水平和结构。[方法]采用ISSR分子标记技术对人工选育的广西3个种源的红锥居群进行遗传多样性分析。[结果]9条引物共扩增出113条带,其中62条具有多态性,多态位点比例(PPF)为54.87%,单个居群的多态带百分率PPF为46.90%～47.79%。在物种水平上,期望杂合度(Hpop)和Shannon信息指数(I)分别为0.1366和0.2198。遗传分化系数GST为0.1275,表明经人工选育后的红锥遗传变异发生在居群内的个体占87.25%,12.75%的遗传变异发生在居群间。各群体之间的遗传一致度I为0.9593～0.9765,红锥群体水平的基因流Nm为3.423。[结论]ISSR-PCR方法可以有效地揭示红锥栽培群体遗传多样性水平和结构。     

不同森林生态系中球孢白僵菌遗传多样性比较研究

利用ISSR分子标记技术,对采集自安徽省滁州市天然次生林——琅琊山国家森林公园和宣城市人工马尾松纯林——麻姑山林场球孢白僵菌种群的遗传多样性水平和种群遗传结构进行了比较分析。用7个引物分别对2个种群共222株球孢白僵菌菌株进行扩展,共得到58个清晰的扩增位点,其中多态位点56个,多态位点百分率（PPL）为96.55%,Nei＇s基因多样性（He）为0.2993,Shannon信息指数（I）为0.4593,种群间的基因分化系数（Gst）为0.1283,基因流Nm=3.3984;可以看出,2个种群间的基因流较小,遗传分化较大,为12.83%,这可能是由于人为选择和基因流障碍引起的;琅琊山白僵菌群体（PPL=96.55%,He=0.2781,I=0.4299）遗传多样性水平较高;麻姑山白僵菌群体（PPL=93.10%,He=0.2552,I=0.3825）遗传多样性水平较低。比较研究了采集自大别山原始林中球孢白僵菌菌株的遗传多样性（PPL=81.00%,He=0.3187,I=0.4782）,可见生态环境复杂的原始林中球孢白僵菌遗传多样性最高,天然次生林种群次之,人工纯林种群最小。利用Nei’s遗传距离构建琅琊山和麻姑山白僵菌个体间的遗传关系树状图,由UPGMA聚类分析可知,不同采集地的菌株聚为一类。     

东南石栎ISSR-PCR反应体系的优化

为了利用ISSR分子标记进行东南石栎(Lithocarpus harlandii)种群遗传多样性分析,获得重复性和可靠性较高的ISSR带谱,有必要对其影响因素进行优化.以东南石栎基因组DNA为研究对象,测试东南石栎ISSR扩增的最适退火温度,并采用单因素试验,对影响PCR扩增效果的一些因素,如Mg2 浓度、4×dNTP浓度、模板DNA用量、引物用量、BSA浓度、Taq DNA聚合酶用量等6个因素进行筛选和优化,最终确立了可用于东南石栎ISSR-PCR分析的最适宜的PCR反应条件:10μL PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(200 mmol·L-1Tris-HCl,pH值8.8,100mmol·L-1 KCl,1%Triton X-100),0.5U Taq DNA聚合酶,2.25 mmol·L-1MgCl2,0.5 mmol·L-1 4×dNTP,6pmol引物,2 mg·mL-1BSA,10 ng模板DNA.在此最适条件下,比较了降落PCR的扩增结果与最适退火温度条件下的PCR扩增结果的差异,确定了最适的ISSR扩增程序:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,57℃退火1 min(每个循环降低0.5℃),72℃延伸1.5 min,共10个循环;94℃变性1 min,52℃退火1 min,72℃延伸1.5 min,共25个循环;72℃延伸5 min.以此条件采用12个引物对千岛湖的东南石栎居群进行扩增,共扩增出174个DNA片段,多态位点百分率为81.61%,种群内遗传多样性处于较高水平.     

四棱豆雄性不育突变体鉴定与ISSR初步分析

采用0.3%甲基磺酸乙酯(EMS)和0.325%叠氮化钠(NaN3)复合诱变处理方法,获得了四棱豆不育突变体.通过与野生型进行表型比较发现,该突变体在株高、叶色、茎秆形状、茎秆颜色等方面与野生型无明显差异,但花瓣变小,花药明显退化.经ISSR分子标记比较发现,9条ISSR引物能将突变体与野生型明显区分,表明该突变性状是基因突变引起的.进一步通过杂交试验表明,该突变体为雄性不育突变体.     

新疆核桃种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]通过ISSR标记技术,对新疆核桃种质资源的遗传多样性及遗传结构进行分析,为该资源的保护与利用提供理论依据和技术支持.[方法]采用ISSR标记对5个居群和1个栽培类型共163份样品进行遗传多样性分析.[结果]用13条引物对163份样品进行扩增,共检测扩增位点117个,其中多态性位点98个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为83.76%,Nei's基因多样性(H)为0.3010,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4182;在居群水平上,多态性位点百分率平均为68.36%,Nei's基因多样性(H)平均为0.1 265,Shannon信息指数(Ⅰ)平均为0.1651.基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(Gst)为0.6425,表明有64.25%的遗传变异存在于居群间.居群间的遗传一致度平均为0.7499,估测的居群问基因流(Nm)为0.2782,表明核桃采集的6个居群或类型之间存在较小的基因流.AMOVA方差分析也表明居群间的核桃遗传变异大于居群内.Mantel检测与UPGMA聚类均表明居群间的遗传距离与居群的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃遗传多样性水平较高,居群之间遗传分化大,种质资源保护和利用策略首选就地保护;在就地保护过程中,通过监测遗传多样性水平可评价其保护的有效性.     

百合辐射突变体的ISSR鉴定技术研究

用60Co～γ射线辐射麝香百合WhiteFox的鳞片获得变异后代,从分子水平上检测60Co～γ射线对WhiteFox遗传物质的影响。运用ISSR分子标记方法对12株变异株和对照进行分析研究,从20条引物中筛选出5条具有多态性的引物进行PCR扩增,共检测到29个位点,其中多态位点18个,占62.1%。结果表明:经过60Co～γ射线辐射获得的变异百合在DNA水平上存在多态性差异。     

30个香蕉品种遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR技术对香蕉30个品种的遗传多态性进行了分析。从60个随机引物中筛选出8个多态性引物,共扩增出54条DNA带,其中44条为多态性带,占81.5%,平均每个引物扩增的DNA带数为6.75条。按照相同迁移位上有扩增带记为1、无带为0的方法构建ISSR表型数据矩阵,用MEGA2.0软件对香蕉30个品种进行UPGMA聚类分析,计算出30个品种间的平均距离系数为0.313,并在此基础上建立了聚类分析树状图,将香蕉30个品种划分为A、B、C、D4大聚类组。     

白沙枇杷优良株系苏白1号的ISSR分析

利用ISSR-PCR方法对枇杷(Eriobotrya japonicaL ind l.)的4个品种和1个新株系进行了基因组多态性分析,选用11条引物扩增出47个DNA片段,其中35个片段呈现多态性,占总扩增片段的74.5%。依据扩增结果进行遗传距离分析,构建了亲缘关系图。研究结果表明:根据ISSR分析结果把枇杷4个品种和1个新株系分为2组,新株系与冠玉和青种的亲缘关系较近。     

苹果轮纹病菌种内遗传多样性研究

 【目的】分析苹果轮纹病菌(Botryosphaeria berengeriana)的遗传多样性并确认其优势类群。【方法】对采集分离的64个菌株进行形态特征和致病性测定,对部分菌株的进行了ITS序列测序,采用ISSR分析这些菌株的遗传多样性。【结果】通过形态特征和致病性明确了所分离的64个菌株是苹果轮纹病菌。17个菌株ITS序列与贝格伦葡萄座腔菌(Botryosphaeria berengeriana de Not f. sp. piricola(Nose) Koganezawa et Sakuma)的序列一致,并且被分成两个类型H1和H2。用13条ISSR引物从64个菌株中扩增出121条条带,其中88条多态性条带,多态性比率为72%。64个菌株的遗传相似性从0.44到0.99,并且被分成2个ISSR类群,类群1包含21个菌株、类群2包含43个菌株。【结论】本研究中贝格伦葡萄座腔菌的遗传多样性与菌株的地域、症状以及分离部位没有相关性。苹果轮纹病菌被分成2个ISSR类群,类群2是优势类群。     

芸香科药用植物ISSR-PCR反应体系的建立及优化

[目的]建立和优化芸香科药用植物的品种的ISSR反应体系,为芸香科药用植物的资源评价、品种鉴定提供依据。[方法]以象头山芸香科植物柚、山油柑、3个品种为研究对象,从DNA提取、退火温度、循环次数、引物筛选等方面研究ISSR反应及优化条件。[结果]选用的20个引物中有3种引物扩增效果较好,以柚为代表的优化结果表明,引物826对芸香科植物扩增的最适退火温度为52.0℃,最佳循环次数为35个循环。[结论]ISSR适合于芸香科药用植物的品种的鉴定。     

长春花种质资源遗传多样性的ISSR分析

本研究利用ISSR分子标记技术对40个长春花种质资源进行了遗传关系分析,多态性PCR扩增结果表明:在115个位点,其中多态位点78个,多态位点百分率为67.8%,多态性较高;POPGENE32软件计算结果表明,40个长春花品种平均有效等位基因数为1.6384,Nei遗传多样性指数平均为0.3735,平均Shannon信息指数为0.5546;应用NCSYS软件计算得到品种间的遗传相似系数介于0.150～0.900,平均为0.584.通过聚类分析将这40个长春花种质分成7组,该聚类结果与以前根据形态进行的分类结果有极大的相似性.