秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子的SNPs检测及其与肉质性状的相关性

[目的]对秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行SNPs检测,并研究其与秦川牛肉质性状的相关性.[方法]采用DNA直接测序技术并结合PCR-SSCP方法,对324头2～3岁秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行多态性分析,用最小二乘法拟合线性模型对Chemerin基因不同基因型与秦川牛肉质性状(宰前活质...     

THRSP基因C184T突变与秦川牛肉质性状相关性的研究

 【目的】研究秦川牛THRSP基因第一外显子184 bp处C/T错义突变与部分肉质性状的关系。【方法】选取405头相同饲养条件下无亲缘关系的18～20月龄的秦川牛,利用PCR-SSCP技术对THRSP基因进行个体基因型分析;运用SPSS统计软件中的GLM模型分析该SNP与93头秦川牛部分肉用性能指标的相关性。【结果】该位点引发THRSP基因第51个氨基酸由缬氨酸（GTG）变为丙氨酸（GCG）。多态信息含量为0.3583,属于中度多态,杂合度为0.4676,有效等位基因数为1.8783。卡方检验显示该位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P＜0.01）。相关分析结果显示,该位点基因型与嫩度和系水力2个性状显著相关。多重比较结果显示,AA基因型个体的嫩度显著高于AB型（P＜0.05）,BB基因型个体的系水力显著高于AB型（P＜0.05)。【结论】这一位点可能是影响牛肉嫩度及系水力的主效QTN或与之紧密连锁,可做为肉牛肉质选育的候选分子标记。     

秦川牛 OLR1基因多态性与肉质性状的关联分析

采用PCR-RFLP的方法对230头秦川肉牛基因组的氧化型低密度脂蛋白受体1(OLR1)基因进行研究,并对其基因型与部分肉质性状进行关联分析。结果发现,OLR1基因存在g.10497C>A突变,该突变位点能够被PstI限制性酶识别。群体中共存在3种基因型,分别命名为AA、AC和CC,基因型频率分别为0.287、0.217和0.496。等位基因A和C的基因频率分别为0.396和0.604。χ2检验表明,该基因座处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05)。关联分析结果表明,CC基因型的眼肌面积显著高于AA基因型(P<0.05);同样,CC基因型与高眼肌深度相关(P<0.05)。而AC基因型与AA和CC基因型之间没有显著差异(P>0.05);在背膘厚和肌间脂肪含量这2个性状上,3种基因型之间差异不显著(P>0.05)。     

秦川牛及其杂种牛POU1F1基因多态与生长性能相关性

 本研究首次利用PCR-RFLP技术研究相同季节4月（±10 d）龄纯种秦川牛（QQ）及杂种牛秦安（AQ）、秦德（DQ）、秦利(LQ) 4个群体164个个体POU1F1基因多态性及其与体重、体尺等生长性状指标之间的相关性。结果表明， QQ及AQ、DQ、LQ群体POU1F1-HinfI基因座的451 bp 的PCR产物被限制性酶HinfI消化后表现多态性，它们的等位基因A/B频率分别为：0.232/0.768、0.333/0.667、0.178/0.822和0.181/0.819，且均处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时，4个群体POU1F1基因座不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析的结果表明，4个群体内AB、BB基因型个体在胸围、十字部高指标上显著高于群体AA型个体（P＜0.05），即BB、AB＞AA（P＜0.05），可作为秦川牛体尺指标(胸围、十字部高)候选基因之一。但在体长指标上均无显著差异（P＞0.05），所以不宜作为体长指标候选基因。初步认为BB基因型为优势基因型，相应地B为优势等位基因，对选择有正向效应。     

秦川牛SIRT3基因SNPs检测及其与体尺和肉质性状的关联分析

【目的】研究秦川牛SIRT3基因的多态性及其对秦川牛体尺、肉用性状的影响,以探索改善秦川牛体尺、肉用性状的分子育种方法。【方法】随机选择相近饲喂条件下468头18~24月龄健康秦川母牛,采用DNA直接测序技术进行SIRT3基因全区域遗传变异检测。运用SPSS16.0软件中最小二乘法拟合线性模型,对SIRT3基因不同基因型与秦川牛体尺(体斜长、体高、腰高、尻长、腰角宽、胸深、胸围和坐骨端宽)和肉质性状(背膘厚、眼肌面积和肌肉脂肪含量)进行关联分析。【结果】经DNA测序发现,秦川牛SIRT3基因在第4内含子上存在2个突变位点,分别为C22522T突变和C22680G突变,均存在3种基因型。χ2检验表明,C22522T和C22680G位点均处于HardyWeinberg极度不平衡状态(P0.01)。关联性分析表明,秦川牛SIRT3基因2个突变位点的不同基因型与体斜长、体高、尻长、腰角宽、胸深、胸围和背膘厚、眼肌面积、肌肉脂肪含量有显著或极显著相关关系。【结论】SIRT3基因对秦川牛部分体尺、肉质性状有显著的影响,可以尝试作为秦川肉牛新品系培育的主要候选基因。     

皖东牛CAPN1、CAST基因多态性与肉质性状相关性

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。     

秦川牛H-FABP基因第1外显子SNP及其与部分肉用性状相关性的研究

【目的】分析秦川牛心脏脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)第1外显子的遗传变异与部分肉用性能指标的相关性。【方法】随机选择相同饲养条件下的146头18~20月龄秦川牛阉牛,采用PCR-SSCP结合测序技术,对秦川牛H-FABP基因第1外显子的遗传变异进行检测;运用SPSS统计程序中的GLM模型,分析其与部分肉用性能指标的关系。【结果】秦川牛H-FABP基因第1外显子130 bp处具有PCR-SSCP可检测到的SNP位点:Y=T→C。对该SNP位点具有不同基因型的个体进行分型并与88头秦川牛的肉用性状指标进行GLM分析,表明AB型个体的后腿围、背膘厚、大理石花纹等性状极显著高于AA型个体(P<0.01),AB型个体的胴体胸深和嫩度显著高于AA型个体(P<0.05),AB型个体的背膘厚极显著高于BB型个体(P<0.01);另外,BB型个体的后腿围、大理石花纹等性状极显著高于AA型个体(P<0.01)。【结论】秦川牛H-FABP基因第1外显子上存在SNP位点且与肉用性状有较强的关联性,说明H-FABP基因可作为秦川牛部分肉用性状的候选基因。     

秦川牛及其利秦杂种牛IGFBP3基因PCR—SSCP多态性研究

以IGFBP3基因作为侯选基因,对秦川牛及其利秦杂种牛群体共计114头个体IGFBP3位点进行多样性分析。结果发现,秦川牛(Q)及其利秦牛(LQ)群体IGFBP3基因座的等位基因A/B频率分别为:0.6667/0.3333和0.6829/0.3171;从位点间杂合度(He)来看,LQ>QQ;位点间有效等位基因数(Ne):QQ>LQ位点间Shannon信息熵SQQ>LQ位点间多态信息含量PICQQ>LQ     

秦川牛TNFSF11基因多态性及与体尺性状的相关性

为研究秦川牛TNFSF11基因多态性及其与秦川牛体尺性状的相关性,以399头同等饲养条件下的18～24月龄健康秦川母牛为研究对象,采用PCR-RFLP技术结合DNA测序技术检测TNFSF11基因的SNPs位点,并将其与秦川牛体尺性状进行关联分析。结果表明,DNA测序发现在TNFSF11基因第3内含子即34 080bp处(C331区域)和第3内含子34 096bp处(C332区域)分别发生C→T突变和T→C突变;PCR-RFLP分析发现,秦川牛TNFSF11基因C331区域经创造酶切位点后可以被限制性内切酶HincⅡ特异切割为有GG、GH和HH 3种基因型,C332区域可以被内切酶BseLⅠ特异切割为MM、MN和NN 3种基因型;与测序结果比对显示,秦川牛TNFSF11基因C331、C332各酶切基因型与测序结果显示相一致。卡方检验显示,C331位点在所检测牛群中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),而C332位点则处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P0.01);且C331处GH基因型为优势基因型,G等位基因为优势等位基因,处于中度多态状态;C332处基因型MM为优势基因型,M等位基因为优势基因,处于中度多态状态;关联分析表明,C331位点不同基因型个体间在腰高、腰角宽和胸围方面差异显著(P0.05),C332位点在体斜长和腰高方面差异显著(P0.05)。经连锁不平衡检测发现,两位点存在一定的连锁特性(r2=0.213),将两突变位点进行单倍型分析可知,HHMM基因型各性状均显著高于其他基因型组合,且多标记位点的组合效应值高于单标记位点。说明TNFSF11基因对秦川牛体尺性状有显著的影响,可以作为秦川肉牛新品系培育早期选择的候选基因,其中组合HHMM可能是影响秦川牛体尺胴体性状的最佳基因型组合,在选育中应加大其选择力度。     

牛PPARδ基因多态与胴体、肉质性状的相关性分析

以6个牛品种(秦川牛、南阳牛、郏县红牛、鲁西牛、安格斯和夏南牛)共计717个个体为研究对象,采用PCR-SSCP方法与DNA测序相结合的方法,对PPARδ基因全部编码区及部分内含子区域的SNPs位点进行检测,并分析了SNPs位点与秦川牛的部分胴体、肉质性状的相关性。结果表明,在检测样本中,未检测到编码区的突变,仅在PPARδ基因第2内含子上发现了1个61 C→T的突变。χ2检验显示,在该位点,南阳牛和夏南牛处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),其余4个群体均处于Hardy-Wein-berg不平衡状态(P<0.05);除夏南牛群体处于中度多态,其余5个群体均属于低度多态;相关分析表明,61 C→T突变与秦川牛的宰前活重和胴体重显著相关(P<0.05),KK基因型个体的宰前活重显著高于KL和LL基因型个体;KK基因型个体的胴体重也显著高于LL基因型个体。该位点突变可能是影响牛产肉性状的主效QTL或与之紧密连锁的辅助选择标记。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

猪RTL1基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析

旨在研究反转录转座子1基因(retrotransposon-like-1,RTL1)潜在的变异与猪胴体和肉质性状的相关性。测序发现在猪RTL1基因编码区1 209 bp处存在G/A突变,利用PCR-Fnu4H I-RFLP方法在9个猪种中进行了基因分型,并且在360头大白猪×梅山猪F2代群体中进行性状关联分析。结果表明,该位点与皮率、内脂率、6-7腰椎间膘厚、胸腰椎间膘厚、背最长肌pH、股二头肌肌肉色值呈显著相关(P0.05),与骨率、肩部膘厚、臀部膘厚、平均背膘厚、背最长肌失水率、背最长肌系水力、背最长肌肌肉色值呈极显著相关(P0.01)。     

鸡FATP1基因多态性与屠体性状的相关分析

 【目的】研究FATP1基因多态性与优质肉鸡屠体性状的相关性,为进一步加快育种进程提供参考依据。【方法】利用PCR-SSCP技术对381只大恒优质鸡FATP1基因的部分外显子进行群体遗传学检测,计算基因频率和基因型频率,对多态性与屠体性状进行相关分析。【结果】在FATP1 P3和P4两个位点上分别存在3种多态以及9种单倍型组合。P3位点不同基因型对活重、屠体重、半净膛、全净膛、胸肌重和腿肌重有显著影响,P4位点不同基因型对腿肌重和腹脂率有显著影响。9种单倍型组合AAMM、AAMN、AGMM、AGMN、AANN、AGNN、GGMM、GGMN和GGNN的频率分别为0.538、0.052、0.265、0.029、0.045、0.037、0.024、0.005和0.005,不同单倍型与腹脂重、胸肌重和胸肌率存在相关性。【结论】鸡FATP1不同基因型和单倍型组合与部分屠体性状和腹脂率存在相关性。     

牦牛CAPN1基因部分序列的SNPs研究

本研究采用PCR-SSCP技术,设计了2对引物分别对牦牛钙激活蛋白酶基因内含子8、外显子9、内含子9和外显子10部分序列以及第12内含子和13外显子部分序列进行单核苷酸多态性分析.结果表明:与牛基因序列(AF252504S2)相比,牦牛基因在10 581bp处发生了G→A转换,位于第12内含子,表现出3种基因型,其中A、B基因频率分别为0.698 9和0.301 1,AA、AB和BB基因型频率分别为0.475 1、0.447 5和0.077 3,遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.420 9和0.332 3;在5 837bp处发生G→T的转换,位于第9内含子,表现出3种基因型,A、B基因频率分别为0.908 8和0.091 2,AA、AB和BB基因型频率分别为0.828 7、0.160 2和0.011 1,遗传杂合度(He)多态信息含量(PIC)分别为0.165 7和0.152 0;牦牛在这2个位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态.     

Correlation Analysis on Single Nucleotide Polymorphism of CAPN1 Gene and Meat Quality and Carcass Traits in Chickens

The selection of meat quality has received considerable focus in chicken breeding. This study was aimed at investigating the effect of CAPN1 gene on meat quality traits in chicken populations. Primer pairs for 3 UTR in CAPN1 were designed from database of chicken genomic sequence. Polymorphisms were detected using PCR-SSCP and DNA sequencing. A mutation at position 9 950 nt （G/A, locus A） was found among individuals in each population. The allele and genotype frequencies significantly differed among eight lines with higher frequencies of allele A2 and genotype AIA2 （P〈0.01）. The least square analysis showed that there was significant difference （P 〈 0.05） in muscle fiber density and some carcass traits among genotypes and that the breast muscle fiber density （BFD） of birds ofAIA1 genotype was significantly higher （P〈0.05） than that of birds ofA2A2 genotype. It was concluded that the CAPN1 gene was the major gene affecting the muscle fiber traits of chicken or was linked with the major gene. These results were useful for studying the molecular mechanism that influences meat traits and were used as the base of molecular-assisted selection to meat quality traits. So, this site may be a potential marker affecting the muscle traits of chickens.     

猪PPARGC1A基因的遗传变异检测及与胴体性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪及其杂交群体中的遗传变异,并分析其对胴体性状的影响.猪PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪(n=24)、瑞典长白猪(n=26)、英国大白猪(n=23)、长大通(n=43)、大长通(n=40)存在多态分布,在长白猪中只有AA基因型.基因型频率分析表明国外品种中CC基因型频率低于国内地方品种;性状关联分析结果表明:CC基因型个体的胸腰椎背膘厚、肩部背膘厚和三点平均背膘厚显著高于AA基因型个体,等位基因C是胸腰椎背膘厚和三点平均背膘厚的增效等位基因.     

白羽番鸭脂联素基因内含子多态与肉质的关联分析

采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因内含子进行SNP检测,并分析SNP对肉质的遗传效应。结果表明,检测到3种基因型(CC、CT和TT)和2个等位基因(C和T),CT和C分别为优势基因型和优势等位基因。序列比对发现,在内含子内存在1个SNP位点T290C,该位点在白羽番鸭群体中表现为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);最小二乘法分析表明,CC基因型个体的IMF显著高于TT基因型个体(P<0.05),失水率极显著低于TT基因型个体(P<0.01);CT基因型个体的失水率显著低于TT基因型个体(P<0.05)。结果揭示,T290C位点可能对脂肪沉积有显著影响,CC基因型是白羽番鸭肉质较为优良的基因型。