土壤微生物3种DNA提取方法的比较

以人参地土壤为材料,比较研究SDS高盐加变性剂法、SDS高盐法和试剂盒法等3种土壤微生物基因组DNA提取方法.结果表明,3种方法均可提取人参地土壤微生物基因组DNA,但每种方法所获得的DNA在颜色、提取量及纯度等方面都存在较大差异.普通手工方法(SDS)提取的DNA由于纯度不高等原因很难进行后续的PCR扩增,试剂盒法能够在较短时间内获得用于PCR扩增的较高纯度的DNA,所以该方法是较好的土壤微生物DNA提取方法.     

一种改良的旱地土壤微生物DNA提取方法

为了寻求一种快速、简便、经济且高效的旱地土壤微生物DNA提取方法,在QIN等的稻田土壤DNA提取方法基础上,进行改良试验:(1)称0.3 g干土加入300μL无菌水,于-80℃过夜;(2)研究加入CTAB和SDS的最适配比,CTAB、SDS的总体积为500μL,并设置加玻璃珠和不加玻璃珠试验,最后将改良方法与试剂盒法进行土壤微生物DNA提取效果对比分析。结果表明,将称取的0.3 g干土中加入300μL无菌水于-80℃过夜,并调整CTAB与SDS的体积配比为100∶400,所提取的红壤旱地土微生物DNA含量最高达到6.29μg/g(略低于试剂盒法的7.46μg/g),纯度较试剂盒法高,PCR扩增效果良好,此法相对于试剂盒提取法更经济、高效。因此,该改良QIN法适合于红壤旱地土壤微生物DNA的提取。     

几种动物生鲜肌肉组织样品DNA提取方法的比较研究

比较不同提取原理的试剂盒对动物生鲜肌肉组织DNA提取效果,为日常肉制品掺假检测与监测选择合适的DNA提取方法提供参考。以生鲜牛肉、羊肉、猪肉、鸡肉和鸭肉为试验材料,采用改良CTAB法、蛋白酶K法、SDS法和快速萃取法等原理的8种不同方法来提取组织样品DNA,并对提取DNA的完整性、浓度、纯度、试验耗时和后续实时荧光定量PCR检测等指标进行评价。结果表明,8种提取方法均可用于常见动物源性肌肉DNA的提取。与改良CTAB法相比,原理为蛋白酶K法、SDS法和快速萃取法的试剂盒避免了有机试剂的使用,且操作耗时短。实际操作中,可优先选择基于蛋白酶K法和SDS法的试剂盒进行DNA提取,其提取的DNA纯度和总量高,盐残留少,对实时荧光定量PCR的抑制少,满足肉制品掺假检测与监测的核酸提取需求。     

新疆泥火山土壤宏基因组DNA的提取方法研究

[目的]寻找一种有效的泥火山土壤宏基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用CTAB法、SDS加酶法、实验室改进法、试剂盒法提取泥火山土壤宏基因组,比较4种方法的提取效果。[结果]试剂盒法的提取效率最高、纯度最好;实验室改进法次之;SDS加酶法提取量最多。实验室改进法获得的DNA稀释10倍可直接用于PCR扩增。[结论]从经济和DNA质量的角度考虑,实验室改进法可作为新疆泥火山土壤宏基因组DNA提取最有效的方法。     

新疆泥火山土壤宏基因组DNA的提取方法研究（摘要）

[目的]寻找一种有效的泥火山土壤宏基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用CTAB法、SDS加酶法、实验室改进法、试剂盒法提取泥火山土壤宏基因组,比较4种方法的提取效果。[结果]试剂盒法的提取效率最高、纯度最好;实验室改进法次之;SDS加酶法提取量最多。实验室改进法获得的DNA,稀释10倍可直接用于PCR扩增。[结论]从经济和DNA质量的角度考虑,实验室改进法可作为新疆泥火山土壤宏基因组DNA提取最有效的方法。     

西南地区榧树属植物3种不同总DNA提取方法的比较分析

以西南地区榧树属植物叶片为材料,利用改良CTAB法,改良SDS法和试剂盒法提取其总DNA,采用分光光度计和琼脂糖凝胶电泳方法检测所得总DNA的得率和纯度,用PCR扩增的方法检测所得总DNA的质量,并对3种不同提取方法的结果进行比较分析。结果表明,3种不同提取方法提取到的总DNA都能满足后期分子标记的要求,其中,改良CTAB法得率最高但纯度稍差,改良SDS法次之,试剂盒法得率最低但纯度高。为了更好的进行后期的分子试验,选择试剂盒法提取纯度较高的DNA。     

盐芥根际土壤微生物DNA提取方法的比较

目的:实验通过采集黄河三角洲地区耐盐植物盐芥的根际土壤,采用Martin法、SDS法、高盐改进法3种方法提取根际土壤的总DNA,测定提取的纯度和浓度。方法:对以上3种方法进行改进后,获得了较高的DNA质量和提取率。结果:采用SDS加蛋白酶K和溶菌酶的方法,提取总DNA的浓度为145.3μg/g,A260/A280为1.82;在高盐改进法中将样品反复冻融5次,提取总DNA的浓度为141.3μg/g,A260/A280为1.81。优化后的提取方法均得到了纯度较高的DNA样品,本实验为后续微生物多样性的研究提供了基础。     

淮南地区土壤氨氧化细菌属的组成研究

采用琼脂糖凝胶电泳法研究淮南地区土壤氨氧化细菌群落组成.将提取的土壤DNA溶液经过纯化、PCR扩增,与氨氧化细菌的4个属的细菌DNA进行琼脂糖凝胶电泳,发现土壤中主要含有亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)和亚硝化球菌属(Nitrosococcus),不含有亚硝化螺菌属(Nitrososoira).对土壤DNA的提取采用了SDS高盐提取法、Edgcomb改进法和Tsai报道法3种方法.比较电泳条带发现,Tsai报道法提取效果最好.     

提取方法与部位对浙贝母基因组DNA提取质量的影响

探讨了改良CTAB法、SDS法、高盐低pH法和试剂盒法对浙贝母(Fritillaria thunbergii Miq.)基因组DNA的提取效果.综合比较了各方法提取的DNA浓度、纯度、完整性,结果表明高盐低pH法是比较适合浙贝母新鲜叶片基因组DNA提取的方法.比较了分别以叶片和鳞茎为材料提取的DNA质量,发现以新鲜叶片...     

辣木总DNA最佳提取方法的建立

分别采用高盐低pH法、尿素法、CTAB法、SDS法、PVP法和CTAB-SDS结合法等6种方法提取辣木总DNA,结果表明SDS法为提取辣木总DNA的最佳方法。     

高粱DNA的提取纯化及抗丝黑穗病基因的初步分析

[目的]为快速选育抗病高粱新品种提供理论依据。[方法]采用CTAB法提取高粱基因组DNA,运用RAPD分子标记技术对高粱的抗丝黑穗病基因进行初步分析。[结果]琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,采用CTAB法提取高粱叶片DNA有较好的提取效果。通过对70个随机引物进行筛选,获得了34个具有多态性扩增谱带的RAPD引物,确定为适宜引物。34个适宜引物共扩增出107条谱带,平均每个引物扩增出3.1条谱带,使高粱基因组呈现出1种多态性。[结论]高粱抗丝黑穗病基因的RAPD扩增谱带集中分布在600～3 000 bp。     

菠菜性别相关的ISSR标记

菠菜为雌雄异株植物,用CTAB法提取其雌、雄株成株幼嫩叶片DNA,分别构建雌、雄株DNA池,以之为模板,用已优化的ISSR体系扩增,在74条ISSR引物中,I62扩增出一条约1 200bp雌性连锁标记,回收纯化该特异扩增片段,将其连接于pUCm-T载体,转化进大肠杆菌JM109菌株,并检测及测序。回收克隆和测序后发现该片段全长1 176bp,富含AT,AT占57.0%。根据测序结果设计1对25bp的特异引物将这个雌性连锁的ISSR标记转化为稳定性和特异性更好的SCAR标记。该特异引物对随机选取的雌雄菠菜单株进行PCR扩增,在雌株中均有1 176bp的特异条带,而雄株中均无。此特异条带的获得为菠菜性别相关基因的克隆奠定基础。     

山西省马铃薯Y病毒cp基因的克隆

[目的]对山西省马铃薯Y病毒cp基因进行克隆与序列特征分析。[方法]依据马铃薯Y病毒基因组序列,设计合成了一对引物PVYP1和PVYP2,以从山西省获得的带毒马铃薯叶片总RNA为模板,对RT-PCR扩增得到的基因片段进行序列测定。[结果]该DNA片段1～798bp为马铃薯Y病毒印基因,799～1064bp为3’非编码区序列,可编码265个氨基酸。将RT—PCR产物与载体连接后转入大肠杆菌提取阳性克隆的质粒DNA,酶切后琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,重组质粒已转入大肠杆菌。BLAST软件分析表明,山西省马铃薯Y病毒分离物CP氨基酸序列与已公布的PVY CP氨基酸序列相似性最高可达100％,说明所得DNA片段确为PVY cp基因片段。[结论]该研究为对山西省马铃薯Y病毒的防治提供理论依据。     

广西猪链球菌2型的分离及PCR鉴定

无菌操作采取疑似猪链球菌病的仔猪组织,接种血平板,对染色镜检为链球菌的菌落分纯、液体培养后进行DNA抽提,用荚膜多糖、溶菌酶释放蛋白基因、胞外蛋白因子基因的特异性引物分别扩增出236bp、572bp和867bp大小的目的片段,鉴定确认该菌株为猪链球菌2型。     

茶叶多酚氧化酶的基因克隆

本试验以嫁接可可茶为材料,提取了高质量的茶树基因组DNA,以纯化的DNA为模板,利用FS和RX引物组合进行PCR扩增,结果扩增出了约1800bp的片段,与预期大小一致。所克隆的PPO基因与其它茶树PPO基因的同源性达到98％,氨基酸序列同源性达到91％,确认为茶叶多酚氧化酶基因。     

小麦蓝矮病植原体延伸因子(EF-Tu) tuf基因序列的同源性分析

 【目的】利用分子生物学方法分析小麦蓝矮病植原体延伸因子tuf基因，从亚组水平上确定小麦蓝矮病植原体的分类地位。【方法】电镜观察自然发病的小麦蓝矮病病叶；用引物fTufu/rTufu对小麦蓝矮病植原体延伸因子tuf基因进行PCR扩增；核苷酸序列测定及分析。【结果】经电镜超微结构观察，在韧皮部观察到大量典型植原体。通过PCR扩增得到约850 bp的特异片段。感受态转化后，进行测序，结果表明小麦蓝矮病植原体tuf基因片段长842 bp，编码280个氨基酸。分析比较15种植原体延伸因子tuf基因的同源性，结果表明小麦蓝矮病植原体与三叶草绿变（KVF）亲缘关系最近，核苷酸同源性为99.9％，氨基酸同源性为100％。【结论】从亚组水平上确定了小麦蓝矮病植原体的分类地位，为研究小麦蓝矮病植原体的来源及致病分子机理提供理论依据。     

小鼠肝炎病毒RT-PCR检测方法的研究

用4株小鼠肝炎病毒(MHV1,MHV3,A59,JHM)分别感染DBT细胞,收获病毒,提取病毒RNA。根据病毒基因的特异性保守序列设计引物,在最佳务件下进行RT—PCR,建立了RT—PCR检测方法,即两步法和一步法,分别扩增出600bp,375bp的特异性核酸片段,其中,一步法检测MHV更快速、简便。     

Isolation and Characterization of E11 Gene Promoter from Tomato

A fragment of 2 000 bp upstream sequence of E11 clone was amplified from genomic DNA of the tomato cultivar Zhongshu5. Sequence analysis showed that the upstream contains the regulatory elements: TATA box (-29 - -22), CAAT box (-193- -189), wound, and drought response elements. Expression vectors of E11 promoter gus fusion were constructed with the promoters of 1 200 and 2 000 bp regions, respectively. Transgenic tomato plants were obtained through Agrobacteriummediated transformation. Histochemical analysis of GUS activity in various tissues showed that the two promoters were able to direct fruit-specific gene expression. The expression driven by promoter of 2 000 bp upstream fragment could increase GUS activity with the maturation of tomato fruits. The promoter of -1 200 bp fragment could direct gus gene expression in fruits with the inductions of drought and wounding. The regulatory region for fruit-specificity was probably located in the region of 1200 bp of 5'-flanking sequence and some positive regulatory elements or enhancers may exist in the region from -1200 to -2000 bp.     

Cloning and Sequencing of a Gene Encoding GOBP2 in the Antenna of Spodoptera exigua

A pair of degenerate primers was designed, based on the comparison of five insects‘ GOBP2 gene sequences reported previously. A specific band (about 400bp in length) was amplified from cDNA of Spodoptera exigua antenna and another specific band (about 2kb in length) was amplified from genomic DNA.The two segments were cloned into T-easy vector, respectively. Results of sequencing and structural analysis showed that the full-length of GOBP2Sexi ORF is 426bp, 141 amino acid residues were encoded. The predicted MW and pI are 16.07ku and 5.09, respectively. There are six conservative Cys locus in the sequence, which is the typical characteristic of OBPs. GOBP2Sexi gene was inserted by two introns between amino acid residue 22 and 23 and between 82 and 83. The length of two introns is 160bp and 1403bp. Results of Northern blot showed that GOBP2 gene expressed specifically in the antenna of Spodoptera exigua, and the expression level is nearly equal in the antenna of male and female moths. The sequence was deposited in GenBank/EMBL and the accession number is AJ294809.     

牛分枝杆菌RecA基因的克隆与序列分析

以牛分枝杆菌(Mycobacterium bovis)Valleelll株染色体DNA为模板,以RecA基因特异性引物进行PCR扩增,获得约240 bp的DNA片段.将PCR产物克隆至pMDTM18-T Vector中,通过α-互补法筛选、质粒PCR鉴定及序列分析鉴定,成功构建出了重组质粒pMDTM18-T-RecA,为进一步研究RecA基因及其在牛结核病诊断中的应用奠定了基础.