猪伪狂犬病病毒TaqMan荧光定量PCR方法的建立

针对猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)gE基因保守区的核苷酸序列设计1对特异性引物和TaqMan探针,建立并优化了一种可快速、定量检测PRV野毒的TaqMan实时荧光定量PCR方法。应用该方法检测猪常见病毒性病原(猪瘟病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型),PRV gE基因缺失株,以及健康猪的组织,结果均为阴性,证明该方法特异性良好。该检测方法能够检到的阳性质粒模板最低浓度为254 copies/μL,最低病毒浓度为4.22 TCID_(50)/100μL,比常规PCR敏感性高10倍;重复性试验结果表明该方法重复性良好;用TaqMan实时荧光定量PCR方法和常规PCR方法同时检测37份临床样品,其中前者检出阳性病料22份,阳性检出率为59.64%,后者检出阳性病料15份,阳性检出率为40.54%,2种方法的符合率为81.08%。综上所述,该方法的建立为PRV的实验室诊断及流行病学调查提供了快速、准确的检测手段。     

非典型性瘟病毒SYBR Green Ⅱ荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速检测猪非典型性瘟病毒(APPV)的方法,本实验建立了APPV SYBR Green Ⅱ荧光定量RT-PCR检测方法。该方法特异性试验结果显示,除APPV外,猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒和猪轮状病毒等常见猪病病原检测均为阴性,表明其特异性良好;该方法最低检测限为2.8×10~3拷贝/μL,敏感性较高;重复性试验的组内、组间变异系数均小于1%。利用该方法对临床56份来自四川各地的临床病料样品进行检测,检出5份阳性样品,且与常规PCR检测方法的阳性符合率为100%。本研究建立的APPV荧光定量RT-PCR检测方法为APPV临床检出以及后期并发症的研究奠定了基础。     

猪弓形虫特异性PCR诊断方法的建立及应用

以猪弓形虫核糖体DNA第一内转录间隔区(ITS1)序列为模板自行设计引物,建立了猪弓形虫病特异PCR诊断方法,并从弓形虫国际标准强毒株RH速殖子和疑似T.gondii感染猪全血及肺脏组织样品基因组DNA中扩增出了预期长度273bp的目的DNA片段。敏感性和特异性试验结果显示,该PCR方法能检测到的最低DNA量为0.001ng,且与相关的9种对照寄生虫、细菌和病毒无交叉反应。用建立的PCR诊断方法对临床30份猪弓形虫疑似病料和60份健康猪抗凝全血样品进行检测,结果30份病料中有24份呈现阳性;60份健康猪血中有5份为阳性;随机取两个临床样品的阳性PCR扩增片段进行克隆测序表明,二者序列与Gen-Bank中已登录的猪弓形虫ITS1基因相应部分序列完全相同。以上表明所建立的PCR方法具有高度的敏感性和特异性;本研究为猪弓形虫病的快速诊断提供了一种新方法。     

PCR结合核酸斑点杂交检测猪伪狂犬病毒

本研究基于猪伪狂犬病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)gE基因,建立了一种PCR结合核酸斑点杂交检测方法来鉴别野毒株和疫苗株,并利用这一方法对山东省部分地区的猪临床病料中PRV进行了检测。结果显示,建立的PCR结合核酸斑点杂交检测方法只与PRV野毒株反应,而与PRV gE基因缺失疫苗、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒以及猪圆环病毒2型不反应。PCR结合核酸斑点杂交方法在53份病料中检出PRV阳性病料5份,阳性率为9.43%,高于单纯PCR的检出率(7.55%)。结果表明,本研究建立的PCR结合斑点杂交的方法特异性强,灵敏度高,适合PRV野毒的检测以及流行病学调查,可应用于PRV的鉴别诊断和净化。     

猪Kobu病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为了对猪Kobu病毒进行快速诊断及流行病学监测,根据GenBank中公布的9条猪Kobu病毒基因组全序列,在3CD非结构蛋白保守区域设计并合成了2对特异性引物,建立了猪Kobu病毒的巢式RT-PCR检测方法,并用该方法对猪Kobu病毒DX株动物回归试验发病的25头仔猪的组织病料以及送检的72份临床样本进行检测.结果表明,使用该方法对25头发病猪内脏病料的阳性检出率为100％;对送检的72份临床样品的阳性检出率为87.5％ (63/72).该方法特异性强、灵敏度高、重复性好,适用于猪Kobu病毒的临床快速诊断及流行病学监测.     

10种猪常见病毒基因芯片检测方法的建立及初步应用

旨在建立一种可同步检测猪10种常见疫病病毒,猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)、猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)、猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)、猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)、猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(transmissible gastroenteritis virus of swine,TGEV)、猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)、猪巨细胞病毒(porcine cytomegalovirus,PCMV)和口蹄疫病毒(food-and-mouth disease virus,FMDV)的基因芯片检测技术,为临床病料的初步诊断及流行病学调查提供一个新的可靠方法。对10种病毒基因的序列进行分析,设计引物对靶基因进行PCR扩增,将纯化后的靶基因点制成芯片,通过Cy3标记特异性引物扩增病毒得到具有荧光标记的探针,然后与芯片进行杂交,扫描分析结果,建立其基因芯片检测方法,并对该方法的特异性、敏感性和稳定性进行检测。应用建立的基因芯片检测方法和普通PCR/RT-PCR方法对1 006份样品进行符合检测。试验结果表明,基因芯片检测10种病毒特异性好、灵敏度高,最低检测限度可达10~(5 )copies·μL~(-1),检测中,基因芯片与普通PCR/RT-PCR对1 006份临床样品的检测符合率为96.79%以上。初步研究表明,该基因芯片技术可同时同步检测10种猪疫病病毒,可应用于临床病料的初步诊断。     

猪博卡病毒1型/2型PCR检测方法的建立

猪博卡病毒(PBo V)是2009年新发现的一种DNA病毒,常于腹泻仔猪体内检测到该病毒。为建立该病毒的检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的PBo V 1/2型的高度同源保守序列设计一对特异性引物,经PCR扩增条件优化,建立了PBo V 1/2型的PCR检测方法。特异性试验结果显示,该PCR方法仅从PBo V 1或2型的阳性病料样品中特异性的扩增出751 bp的目的片段,而对猪伪狂犬病毒、圆环病毒、大肠杆菌、沙门氏菌的核酸样品的扩增结果均为阴性。敏感性试验显示,该PCR方法对PBo V 1/2重组质粒标准品的最低检测量为34.8拷贝/μL。对来自河南中牟、开封、兰考、濮阳、洛阳等地猪场发生腹泻疫情的70份猪病料样品,采用该方法进行检测,其中10份样品呈PBo V 1/2型阳性,阳性率为14.29%。该PCR检测方法的建立为PBo V1/2型的诊断和监测提供技术支持。     

基于猪伪狂犬病毒gE基因的PCR法快速诊断猪伪狂犬病的研究

为了建立一种快速检测猪伪狂犬病毒(PRV)的方法,试验采用PCR法,并以NCBI公布的PRV Min-A株(登录号为AY170318.1)的gE基因序列为参考序列设计1对特异性引物,进行PRV基因的扩增,并对该检测方法的特异性、敏感性、重复性进行验证。结果表明:该PCR检测方法扩增的目的基因长348 bp;应用此方法对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)进行PCR扩增均未有条带出现;该方法能够检测到的最低DNA模板量为10 pg;重复性良好;应用此法对43份临床样品进行检测,检出率为65.12%(28/43)。说明该PCR检测方法可用于PRV的分离鉴定、临床病料检测和分子流行病学调查等。     

猪伪狂犬病病毒和猪博卡病毒混合感染的检测

为了检测猪伪狂犬病病毒和猪博卡病毒混合感染的情况,研究建立了快速,简便,灵敏度高,特异性强的鉴别猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪博卡病毒(PBoV)的双重检测方法。针对PRV gE基因和PBoV NS1基因的序列,分别设计了2对特异性引物,通过对引物浓度、模板加入量、退火温度等的优化,建立了快速鉴别PRV和PBoV的双重PCR检测方法,并进行了特异性和敏感性试验。特异性试验表明,该方法可以扩增出PRV gE长度为316 bp和PBoV NS1长度为996 bp的目的片段,对大肠杆菌、猪圆环病毒Ⅱ型、猪捷申病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无扩增;敏感性试验表明,PRV、PBoV的最低核酸检出量分别为6.44×10~2拷贝和9.51×10~3拷贝,与单一PCR敏感性相同。应用该方法对49份送检病料样品进行检测,其中PRV和PBoV的单纯感染检出率分别为34.69%和14.28%,混合感染检出率为8.16%,与单一PCR检测结果符合率为93.88%。     

猪细小病毒PCR检测方法的建立与应用

参考Gen Bank中发表的猪细小病毒(PPV)VP2基因序列,应用Primer5.0软件设计了一对引物,预期目的条带约591 bp。对该方法的特异性、敏感性、重复性进行了试验,建立了PPV的PCR检测方法。符合性实验结果表明,该PCR方法优于HA、VI以及IHA。使用该方法对215份病料进行了检测,检出阳性样品25份,检出率为11.63%。结果表明,该方法可用于PPV的诊断及流行病学监测。     

水貂阿留申病毒TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、敏感检测水貂阿留申病毒(AMDV)的方法,本研究根据AMDV的VP2基因保守区设计特异性引物和MGB探针,并优化检测反应条件,建立了AMDV的TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果显示,以重组质粒为标准品建立的标准曲线在1.0×10~2拷贝/μL~1.0×10~8拷贝/μL内具有良好的线性关系,相关系数(R~2)为0.998。该方法仅对AMDV的靶基因扩增呈阳性,而对猪细小病毒、犬细小病毒、水貂肠炎细小病毒等相关病毒检测结果均为阴性,特异性良好。该方法对AMDV检测的灵敏度为10拷贝/μL,为普通PCR灵敏度的100倍;组内和组间重复性试验表明该方法的组内和组间变异系数均小于2%,具有良好的重复性。应用建立方法和普通PCR方法分别对40份疑似临床组织病料样品进行检测,该方法检出率比普通PCR高约7.5%。本研究结果表明建立的AMDV TaqMan-MGB荧光定量PCR方法灵敏、快速、特异性强、重复性好,适用于对AMDV的快速定量检测。     

猪鼻支原体TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法的建立

为建立快速检测猪鼻支原体(M.hyorhinis)的荧光定量PCR方法,本研究根据GenBank中登录的p37基因序列设计并合成引物及MGB探针,构建含有p37基因的重组质粒,以其为标准品绘制标准曲线,并检测该方法的特异性、敏感性和重复性.结果显示该方法具有良好的特异性,与猪肺炎支原体、猪絮状支原体、猪滑液支原体、鸡毒支原体、副猪嗜血杆菌、猪胸膜肺炎放线杆菌、猪圆环病毒、猪瘟病毒及猪流感病毒无交叉反应,对M.hyorhinis的检测敏感性为10拷贝/μL,并且稳定性好,变异系数小于2％.利用建立的荧光定量PCR方法对55份临床样品进行检测,阳性检出率为87.3％(48/55),而分离培养方法和普通PCR的阳性检出率分别为41.8％(23/55)和29.1％ (16/55).该结果表明,建立的方法特异性强、敏感性高、稳定性好,可以用于M.hyorhinis临床样品的检测,对M.hyorhinis的快速和定量检测具有重要意义.     

猪圆环病毒2型PCR检测方法的建立及应用

为了研究猪圆环病毒2型(PCV-2)的分子生物学检测方法,试验根据GenBank中PCV-2的序列设计1对特异性引物,用PCR方法扩增猪PCV-2基因保守区序列,并对PCR扩增程序进行优化,对PCR检测方法的特异性、敏感性、重复性进行研究;并用该方法对来自红河州规模化猪场的178份临床发病猪的肺脏和淋巴结样品进行检测。结果表明:该法具有快速、敏感、特异等优点,可用于PCV-2的检测和流行病学调查等;178份临床病料中有83份阳性样品,阳性率为46.6%。     

猪胞内劳森菌定量PCR检测方法的建立与初步应用

为了建立用于检测导致猪增生性肠炎(PPE)的胞内劳森菌(Lawsonia intracellularis,LI)的荧光定量PCR方法,依据Gen Bank中登录的LI基因组asp A序列,应用分子生物学软件优化设计1对特异性引物,经PCR扩增出300 bp的目的片段。产物经回收与p MD18-T Vector连接后转化到基因工程菌DH5α中,提取重组质粒,经测序鉴定后,作为阳性模板建立SYBR-Green I荧光定量PCR标准曲线,并进行敏感性试验、特异性试验和重复性试验。结果显示:建立的检测方法标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,r2=0.997 9,产物TM在85.0~85.3℃之间,灵敏度为17.5个拷贝/μL,特异性和重复性较好,可用于临床PPE的诊断。本试验成功建立了检测PPE的SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR方法,为LI的早期鉴别诊断以及PPE的致病机理研究提供了技术支持,也为PPE分子诊断试剂盒的研制奠定了技术基础。     

青海贵德地区猪圆环病毒2型感染调查

为了解青海贵德地区猪群中猪圆环病毒2型(PCV2)的感染状况,本研究应用酶联免疫吸附试验(ELISA)对采自该地区2个猪场的73份血清样品进行了PCV2抗体检测,采用荧光PCR技术对45份猪病料样品进行了PCV2病毒核酸检测。结果显示:PCV2抗体检测的平均阳性率为95.89%,猪病料PCV2病毒核酸检测的阳性率为100%。     

猪伪狂犬病病毒、轮状病毒、传染性胃肠炎病毒和流行性腹泻病毒多重PCR的构建及应用

本试验的目的在于建立可同时检测猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪轮状病毒(RV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)的多重PCR检测方法。试验设计并合成了4对特异性引物,对样品中的PRV,RV,TGEV和PEDV进行了多重PCR扩增。结果显示,该方法可同时扩增出PRV(497 bp),RV(1 356 bp),TGEV(238 bp)和PEDV (610 bp)的特异性目的片段,而对PPV,PCV,PRRSV和HCV的PCR扩增结果均为阴性。利用建立的多重PCR检测方法和单项PCR对60份临床病料进行检测。结果显示,两者的总符合率为95.0%。表明建立的多重PCR检测方法具有特异、快速、准确的特点,可用于上述4种病毒的早期鉴别诊断及大规模的流行病学调查。     

RT-PCR检测猪瘟病毒方法的建立与应用

建立RT PCR检测猪瘟病毒的方法。根据已发表的猪瘟病毒E2基因 (囊膜糖蛋白gP55基因 )序列 ,设计合成了一对特异性引物 ,扩增片段的大小为 50 7bp ,用RT PCR技术对石门系标准株和 1 0株分离株进行检测。结果这对引物对标准株和 1 0株分离株均能扩增出与预期大小相符 50 7bpRT PCR产物 ,而对其他 6种猪病病原核酸的扩增结果为阴性。该RT PCR可检出 1 0 0pg的猪瘟病毒RNA模板 ,对人工感染猪不同组织样品进行检测 ,结果对白细胞抽提的核酸样品检出率最高为 1 0 0 % (2 4 / 2 4 ) ,其次为扁桃体、脾、肾 ,检出率为 83 3 % (2 0 / 2 4 ) ,再者为淋巴结 ,检出率为66 7% (1 6/ 2 4 )。对送检的 1 9份疑似猪瘟的病死猪病料组织进行RT PCR检测 ,结果有 1 6份样品为猪瘟病毒阳性。兔体交叉反应试验结果RT PCR阳性的 1 6份病料中 ,有 1 4份样品被判为含有猪瘟病毒 ,其他病料兔体交叉反应试验结果全为阴性     

猪博卡病毒PCR检测方法的建立及其初步流行病学调查

猪博卡病毒(PBoV)是一种新出现的病毒,可以导致仔猪急性腹泻。为建立该病毒的检测方法,本实验根据PBoV的NS1基因序列设计一对引物,建立了PCR检测方法。特异性试验结果表明,该方法能够从PBoV阳性样品中特异性的扩增出482 bp的片段,而对猪伪狂犬病毒、猪细小病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒、沙门氏菌、大肠杆菌、猪链球菌、副猪嗜血杆菌的核酸样品均无非特异性扩增反应。敏感性试验显示,该PCR方法对PBoV的最低检测量为213.6拷贝。此外,应用该方法对湖北、湖南、河南省的各大猪场进行了流行病学调查,在79个规模化猪场采集的248份病料样品中有172份样品为PBoV阳性。其中,对4个发生腹泻疫情的规模化猪场进行了分群抽样调查,结果显示PBoV在腹泻猪群中的阳性率达到73.95%,并显著高于非腹泻猪群(47.83%)。本研究调查结果显示PBoV在国内猪群中流行广泛而且感染率高。     

猪轮状病毒、猪札幌病毒和猪星状病毒三重PCR检测方法的建立及应用

为建立一种同时检测猪轮状病毒(PRoV)、猪札幌病毒(PoSaV)和猪星状病毒(PAstV)的三重PCR方法,本研究参考PRoV的VP6基因、PoSaV的RdRp基因以及PAstV的ORF1基因序列分别设计特异性引物,通过特异性、敏感性、重复性试验优化反应条件,建立了快速鉴别PRoV、PoSaV和PAstV的三重PCR方法。试验表明,该方法能特异性扩增PRoV、PoSaV、PAstV的目的片段,对猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)等常见猪病病毒的检测结果均为阴性,特异性良好;PRoV、PoSaV和PAstV的检测限量分别为1.38×10~2、8.33×10~2和4.40×10~3拷贝数/μL,具有较好的敏感性。利用三重PCR和单重PCR方法同时对80份规模化猪场的临床腹泻样品进行检测,结果表明,3种病毒的样品阳性率均为5.00%,2种方法的检测结果相一致。本研究成功建立了同时PRoV、PoSaV和PAstV的三重PCR检测方法,可用于三种病原感染的临床鉴别诊断。     

猪圆环病毒3型TaqMan-MGB荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立猪圆环病毒3型(PCV3)荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank中PCV3基因序列设计特异性引物和探针,经过反应体系和条件优化,建立了特异性检测PCV3的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法。该检测方法在4.78×10~1拷贝/μL～4.78×10~9拷贝/μL质粒标准品范围内均有良好的线性关系;该方法特异性试验结果显示,其与多种常见猪病病毒均无交叉反应,特异性良好;本研究建立的方法敏感性是常规PCR方法的100倍,敏感性较高;批内批间重复性试验变异系数均小于2.3%,重复性良好。对临床样品的检测结果显示,该方法对PCV3的检出率高于常规PCR方法,并且PCV3阳性样品多存在混合感染情况。该方法的建立为PCV3的实验室诊断及流行病学调查提供了快速、准确的检测手段。