弓形虫TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速、敏感的弓形虫检测方法,本研究根据弓形虫GRA7基因保守序列设计特异性检测引物和TaqMan-MGB探针,建立了弓形虫荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法能特异地检测弓形虫DNA,而对新孢子虫、牛巴贝斯、马驽巴贝斯等虫DNA的检测均为阴性,具有良好的特异性;经3D数字PCR判定,其最低检测限为4.58拷贝/μL,灵敏度是常规PCR的1 000倍;重复性试验的组内、组间变异系数均小于5%;对62份疑似弓形虫感染流产的胎牛脑组织DNA进行检测,荧光定量PCR阳性检出率为24.19%(15/62),常规PCR为19.35%(12/62),阳性样品均包含于荧光定量PCR阳性样品中。本研究建立的荧光定量PCR检测方法可用于弓形虫病的早期诊断和日常监测,为监控弓形虫"带虫宿主"提供了良好的技术支持。     

绵羊痘病毒PCR检测方法的建立

根据羊痘病毒(CaPV)P32和ITR基因序列,设计合成了2对引物,建立了不同基因片段检测羊痘病毒核酸的PCR方法。结果表明针对2种基因的PCR方法敏感性较高,最小DNA检出量分别为20.15 ng(P32)和25.80 pg(ITR);扩增禽痘疫苗毒株、羊口疮病毒细胞培养物、口蹄疫病毒细胞培养物,结果均为阴性,特异性较强。扩增产物进行序列分析,与GenBank收录的其他株病毒P32核苷酸同源性为99.5%～99.9%,与ITR基因同源性为98.3%～100%。本方法为羊痘的快速诊断提供了可靠、简便的检测技术。     

流产嗜衣原体TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速、准确检测流产嗜衣原体(C.abortus)Taq Man-MGB荧光定量PCR方法,本研究根据C.abortus主要外膜蛋白基因的特异保守序列设计引物及探针,并优化反应条件,建立了检测C.abortus的荧光定量PCR方法。结果表明,以重组质粒为标准品建立的标准曲线在1.6×103拷贝/μL~1.6×107拷贝/μL内具有良好的线性关系,相关系数为0.9999。该方法仅对C.abortus的靶基因扩增呈阳性,而对鹦鹉热嗜衣原体、家畜嗜衣原体、鼠衣原体、沙眼衣原体、肺炎嗜衣原体、猪源衣原体核酸扩增结果均为阴性,特异性强;其最低检出限为1.6拷贝/μL;组内和组间重复性试验变异系数均小于3%,具有良好的重复性。利用建立的方法和普通PCR方法同时对225份临床样品进行检测,结果显示荧光定量PCR检出率比普通PCR高4.5%,表现较高的灵敏度和准确性。本研究建立的方法对C.abortus的临床鉴别检测和疾病诊断具有重要意义。     

鸭痘病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立检测鸭痘病毒的TaqMan荧光定量PCR方法,本试验克隆了鸭痘病毒P4b基因,构建重组质粒pMD-DPV-P4b,并将其作为标准阳性模板。参照GenBank收录的禽痘病毒P4b基因设计合成1对特异性引物及与该引物相匹配的特异探针。以定量的10倍系列稀释的质粒pMD-DPV-P4b为标准品,通过对反应条件进行优化,建立了一种检测鸭痘病毒的TaqMan荧光定量PCR方法。结果显示,该方法与禽流感病毒、鸭黄病毒、鸭肝炎病毒、新城疫病毒、鸭瘟病毒和小鹅瘟病毒等其他水禽病毒,以及山羊痘病毒和鸡痘病毒等其他痘病毒均无交叉反应,特异性好。该方法最低检测限为1.29×10²拷贝/μL,比普通PCR检测方法高100倍。组内和组间变异系数均小于2%。结果表明,本试验所建立方法具有灵敏、特异、安全、快速的特点,适用于鸭痘病毒的检测。     

驽巴贝斯虫TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立

为建立快速检测驽巴贝斯虫Bc-48基因的方法,本研究根据Bc-48保守基因序列设计合成特异性引物和MGB荧光探针,以构建的重组质粒作为阳性标准品,经条件优化后建立了检测Bc-48基因的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法。结果显示,该方法能够特异性检测驽巴贝斯虫,而对其它病原检测均为阴性;该方法最小检出量为5.17×10~1拷贝/μL的标准质粒,敏感性是常规PCR的100倍;组内与组间重复性试验的变异系数均小于1%,重复性好;采用所建立的方法和常规PCR分别对90份临床样品进行检测,结果显示本研究建立的驽巴贝斯虫TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,可以用于驽巴贝斯虫病临床样品诊断、流行病学调查。本研究为蜱传马梨形虫病的防控提供新的方法。     

水貂阿留申病毒TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、敏感检测水貂阿留申病毒(AMDV)的方法,本研究根据AMDV的VP2基因保守区设计特异性引物和MGB探针,并优化检测反应条件,建立了AMDV的TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果显示,以重组质粒为标准品建立的标准曲线在1.0×10~2拷贝/μL~1.0×10~8拷贝/μL内具有良好的线性关系,相关系数(R~2)为0.998。该方法仅对AMDV的靶基因扩增呈阳性,而对猪细小病毒、犬细小病毒、水貂肠炎细小病毒等相关病毒检测结果均为阴性,特异性良好。该方法对AMDV检测的灵敏度为10拷贝/μL,为普通PCR灵敏度的100倍;组内和组间重复性试验表明该方法的组内和组间变异系数均小于2%,具有良好的重复性。应用建立方法和普通PCR方法分别对40份疑似临床组织病料样品进行检测,该方法检出率比普通PCR高约7.5%。本研究结果表明建立的AMDV TaqMan-MGB荧光定量PCR方法灵敏、快速、特异性强、重复性好,适用于对AMDV的快速定量检测。     

绵羊肺炎支原体TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测绵羊肺炎支原体(Mo)的检测方法,本研究根据GenBank登录的Mo Y-98株(KR021380.1)黏附素基因p113基因序列设计1对特异性引物和探针,建立了针对Mo的TaqMan荧光定量检测方法。结果显示,该方法可以特异性检测Mo,对丝状支原体山羊亚种、山羊支原体山羊肺炎亚种、莱氏无胆甾原体及羊传染性脓疱病毒(ORFV)等羊常见病原扩增结果均为阴性;该方法最低检测限为10拷贝/μL;组内和组间变异系数均小于2%;采用该方法对96份临床样品进行检测,结果 Mo的阳性率为67.7%(65/96),比常规PCR法及支原体分离鉴定法更加敏感。以上结果表明本研究建立的Mo TaqMan荧光定量PCR方法可以用于Mo的准确快速检测及羊支原体性肺炎的诊断和流行病学调查。     

霍乱弧菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

为建立霍乱弧菌(VC)的快速检测方法,以VC的hlyA基因为靶基因设计合成引物及Taq Man探针建立实时荧光定量PCR快速检测法,同时对该方法进行了特异性、灵敏性、稳定性和重复性试验,并对145份临床样品进行了检测。结果表明:特异性试验中15株试验菌株荧光定量PCR检测只有VC菌株为阳性,表明该检测方法特异性强;灵敏性试验表明该方法的灵敏度为25 cfu/m L;稳定性和重复性试验表明同一样品重复检测4次,Ct值的变异系数均小于2%;对145份临床样品进行检测,共计检出2份VC阳性样品,与行标法(SN/T 2425—2010)检测结果一致。说明该检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,具有良好的实用性。     

布鲁氏菌种荧光定量PCR快速检测方法的建立

根据荧光定量PCR原理和技术,通过与Gene Bank数据库中布鲁氏菌基因组进行序列比对,选择不同种属布鲁氏菌的特异性位点,设计3对引物和Taqman荧光探针。将3对引物进行独立的种特异荧光定量PCR实验优化,最终实现在1次荧光定量PCR反应中完成对牛种、羊种、猪种布鲁氏菌的鉴别和定量。该检测方法特异、敏感、快速,既能实现对布鲁氏菌的分种,又能实现定量快速检测,对于布鲁氏菌病的流行病学调查和防治都具有重要意义。     

猪伪狂犬病病毒TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立及应用

本研究针对猪伪狂犬病病毒的gE基因序列进行分析比较,设计了一条TaqMan-MGB探针,建立了区别野毒株及基因缺失疫苗株的荧光定量PCR检测方法。结果表明,该方法检测猪伪狂犬病病毒特异性强,能很好的区分猪伪狂犬病病毒与其它病毒。用该方法对83份疑似样本进行检测,与常规PCR检测法符合率达到100%,表明该方法用于检测猪伪狂犬病病毒具有良好的实用性。     

牛传染性鼻气管炎病毒TaqMan-MGB荧光定量PCR方法的建立

为建立牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)的TaqMan荧光定量PCR检测方法,本研究根据IBRVgB基因保守区域设计特异性引物和MGB探针,并采用矩阵法优化了PCR反应条件。结果显示,标准曲线相关系数(R2)为0.998,103拷贝/μL~108拷贝/μL内具有较好的线性关系。对牛呼吸道合胞体、牛病毒性腹泻粘膜病1型、牛副流感病毒3型的cDNA进行检测,结果均为阴性,特异性良好。该方法对IBRV检测的灵敏度可达到1.49×101拷贝/μL,是常规PCR灵敏度的100倍,重复性试验表明该方法的组内和组间变异系数均小于1.5%。应用建立的方法与普通PCR方法分别对17份疑似临床呼吸道症状牛鼻黏液拭子样品进行检测,该方法检测的阳性率比传统PCR法检测的阳性率提高了约12%。研究表明建立的IBRV TaqMan-MGB荧光定量PCR方法灵敏、快速、特异性强、重复性好,适用于临床疑似样品的快速定量检测。     

绵羊肺腺瘤病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立检测绵羊肺腺瘤病毒(Jaagsiekte sheep retrovirus,JSRV)实时荧光定量PCR(Real-time qPCR)方法,根据外源性JSRV-NM株env基因序列,选其保守序列作为目的片段,设计引物和TaqMan探针,以自然病例的肺肿瘤组织基因组DNA为模板,经PCR扩增目的基因、克隆,重组质粒鉴定,并严格定量后,梯度稀释作为阳性标准品,优化反应条件进行Real-time qPCR扩增,获得的标准曲线为:Y=-3.308X+47.848,线性相关系数为0.991;Ct值变异系数小,并且灵敏度高,初步建立了检测JSRV前病毒DNA的Real-time qPCR方法。应用该方法对不同来源(A、B、C、D、E组)的绵羊外周血及其他组织样品进行测定其前病毒载量。结果显示B组和C组外周血白细胞、肺脏、肺门淋巴结以及鼻液中检测均为阳性,并发现前病毒DNA的载量在肺脏中明显高于外周血白细胞;D组虽未发现有绵羊肺腺瘤(SPA)临床症状,但在肺门淋巴结里可以检测到;E组中1只绵羊的肺脏也检出低拷贝数的前病毒DNA,而在A组中检测结果均为阴性。本研究对检测未知羊群JSRV感染程度及研究SPA流行病学等均有重要意义。     

超级细菌bla_(NDM-1)基因TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立

为建立快速检测超级细菌编码新德里金属β-内酰胺酶1(NDM-1)的bla_(NDM-1)基因的方法,本研究针根据bla_(NDM-1)及其变异体的基因序列设计一对特异性引物和一条MGB探针,以构建的含有bla_(NDM-1)基因片段的重组质粒作为阳性标准品,经条件优化,建立了检测bla_(NDM-1)基因的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法。结果显示该方法可以特异性扩增bla_(NDM-1)基因重组质粒标准品,而对鸡白痢沙门氏菌、大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌和鼠伤寒沙门氏菌的标准菌株扩增均为阴性;检出下限为2.59拷贝/μL,比常规PCR敏感性高100倍;组内及组间重复性试验的变异系数均小于1.5%。利用所建立的方法对34株鸡源致病性沙门氏菌分离株进行检测,结果均未检测到目的片段,表明所有分离株均未携带bla_(NDM-1)基因。本研究建立的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于监测携带bla_(NDM-1)基因及其变异体的超级细菌。     

副溶血弧菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

为建立检测副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus,VP)的快速检测方法,本研究以VP toxR基因为靶基因设计合成引物及TaqMan探针,建立了实时荧光定量PCR快速检测VP的方法。结果显示,对15株试验菌株进行实时荧光定量PCR检测,只有VP检测为阳性,表明该检测方法特异性强;该方法的灵敏度为4.9 CFU/mL,利用该检测方法对采集的150份样品进行检测,共计检出3份VP阳性样品,与国标法(GB 4789.7-2013)检测结果一致,显示了良好的实用性。该检测方法灵敏度高、特异性强,具有良好的实用性。     

鸡痘病毒PCR检测方法的建立

根据已发表的鸡痘病毒 (fowlpox virus,FPV) 4 b核心蛋白基因的核苷酸序列设计合成了 2对引物 ,通过对影响PCR扩增因素的优化 ,2对引物在同一反应条件下 ,以抽提 FPV DNA或直接用其毒液制备的模板均能分别扩增出预期的 5 4 9、136 1bp的片段。特异性检测表明 ,2对引物对 FPV10 2株、FPV2 82 E4 (北京 )、FPV2 82 E4 (吉林 )、v FV2 82重组鸡痘疫苗毒及 FPV临床分离株均能扩增出相应特异性片段 ,而用鸡马立克氏病病毒、鸡传染性喉气管炎病毒、羊痘病毒、鸡胚成纤维细胞 (CEF)制备的模板分别进行 PCR扩增却成阴性。敏感性检测表明 ,2对引物 (p1 ,2 、g1 ,2 )分别能检测到 10 - 2 、10 - 3fmol的 FPV DNA和 10 0 .5、10 - 0 .5TCID50 的病毒。以上结果表明 ,本试验所建立的 FPV PCR检测法具有较高的特异性和敏感性 ,模板制作简单 ,完全可用于 FPV的检测     

猴痘病毒PCR检测方法的建立

从GenBank上调取猴痘病毒的基因序列,经过分析,找出了猴痘病毒的特异性靶基因序列F3L片段,人工合成猴痘病毒MPV(AF380138)F3L基因片段(48048-48509bp)并插入质粒,作为病毒检测的模拟阳性模板。根据该序列设计并合成PCR引物,对模拟的阳性模板进行扩增,结果能扩增出与目的片段大小一致的条带。建立了PCR检测方法,经条件优化后,对鸡痘、禽痘、羊痘等14种相似病毒核酸进行PCR扩增,发现具有良好的特异性。PCR方法能扩增出0.3pg的阳性模板,显示建立的PCR方法具有高效、快速、特异、灵敏的特点,可用于口岸猴痘病毒的检疫。     

伯氏疏螺旋体TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法的建立及对新疆地区蜱的检测

为建立一种TaqMan-MGB探针实时荧光定量PCR方法,来快速、特异地检测伯氏疏螺旋体,根据GenBank发表的伯氏疏螺旋体16SrRNA序列,应用分子生物学软件进行比对,选取保守序列设计特异性引物及TaqMan-MGB探针,并优化荧光定量PCR反应体系及条件,分别对大肠杆菌、沙门氏菌及钩端螺旋体进行扩增;构建伯氏疏螺旋体标准株16SrRNA基因片段阳性质粒,10倍系列稀释后进行real-time PCR扩增,测定该方法的敏感性。结果可见:仅伯氏疏螺旋体出现阳性扩增,而大肠杆菌、沙门氏菌及钩端螺旋体扩增均为阴性;该方法对阳性质粒的检测限约为100 copies/μL。应用该方法对新疆地区的100份蜱DNA样本进行检测,发现7份为伯氏疏螺旋体阳性。结果表明,本研究建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法具有较高的特异性及良好的敏感性,为今后伯氏疏螺旋体的快速诊断及流行病学调查提供了技术支撑。     

猪圆环病毒3型TaqMan-MGB荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立猪圆环病毒3型(PCV3)荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank中PCV3基因序列设计特异性引物和探针,经过反应体系和条件优化,建立了特异性检测PCV3的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法。该检测方法在4.78×10~1拷贝/μL～4.78×10~9拷贝/μL质粒标准品范围内均有良好的线性关系;该方法特异性试验结果显示,其与多种常见猪病病毒均无交叉反应,特异性良好;本研究建立的方法敏感性是常规PCR方法的100倍,敏感性较高;批内批间重复性试验变异系数均小于2.3%,重复性良好。对临床样品的检测结果显示,该方法对PCV3的检出率高于常规PCR方法,并且PCV3阳性样品多存在混合感染情况。该方法的建立为PCV3的实验室诊断及流行病学调查提供了快速、准确的检测手段。     

伪狂犬病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据猪伪狂犬病毒gD基因的序列,设计和合成了一对特异的可用于检测伪狂犬病毒的PeR引物和一条Taqman荧光探针,采用LightCycle 480荧光定量PCR仪,建立了一种可实时定量检测猪伪狂犬病毒的荧光定量PCR技术。该方法的线性范围为1．0×10^1-1．0×10^10拷贝,灵敏度可达2拷贝,比常规PCR高100倍。该方法检测时间短,速度快,仪器的运行时间仅为1h,特异性明显高于常规PCR。对15株猪伪狂犬病毒进行了检测,结果均为阳性;与猪细小病毒和鸭瘟病毒无非特异性反应。与病毒分离培养和常规PeR相比较,该方法具有快速、灵敏、特异、定量、重复性好的优点,可望用于,临床上伪狂犬病的检测和病毒分布的研究等。     

锦鲤疱疹病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据锦鲤疱疹病毒(KHV)胸苷激酶(TK)基因的保守序列设计一对引物和相应的TaqMan探针,建立荧光定量PCR方法,用于锦鲤疱疹病毒快速、灵敏、可定量的检测手段。构建并制备实时荧光定量PCR的标准品,对反应体系进行优化,并做特异性,敏感性和重复性试验。结果表明,成功构建荧光定量PCR标准品,建立荧光定量标准曲线,标准曲线的相关系数为0.992,所建立的荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高,重复性好。