滩羊Eph A3基因克隆表达分析及生物信息学初步研究

本研究以滩羊不同时期(1月龄和48月龄)被毛卷曲性状差异为基础,对在前期构建的消减文库中获得与滩羊被毛卷曲形成相关的重要候选基因EphA3进一步分析。首先通过PCR扩增技术获得EphA3基因的编码区CDS全长,并利用生物信息学方法分析该基因所编码的蛋白结构及其在不同物种中的同源性和进化关系。结果表明:滩羊EphA3基因序列在不同物种间高度保守,在皮肤组织中表达量最高;该基因在48月龄滩羊皮肤组织中的表达量显著高于1月龄个体(P<0.05)。EphA3基因可能是影响不同时期滩羊被毛卷曲差异的候选基因之一。     

滩羊TCHH基因CDS区遗传结构及表达模式分析

试验旨在分析滩羊TCHH基因的遗传结构,并检测该基因在同一月龄不同组织及不同月龄皮肤组织中的表达模式。通过基因同源扩增获得滩羊TCHH基因编码区(CDS)全长,并利用生物信息学技术对序列的同源性、蛋白基本性质及重复序列特征进行分析,同时利用半定量RT-PCR、实时荧光定量PCR对该基因在皮肤组织中的表达模式进行分析。结果显示,TCHH基因CDS区全长4 425 bp,包含两段重复序列,共编码1 474个氨基酸,滩羊TCHH氨基酸序列在物种内同源性较高,与山羊同源性可达96.3%,物种间的同源性较差,与人和家鼠的同源性分别为48.4%和40.5%。TCHH蛋白分子式为C_(8006)H_(13187)N_(2787)O_(2661)S_6,分子质量大小为191.26 ku,理论等电点为5.76,为亲水蛋白,其蛋白不稳定指数为119.37,稳定性较差。TCHH蛋白的氨基酸序列共包含2个保守区,分别为S-100型钙结合域和蛋白激酶结构域,富含α-螺旋,高达89.89%,推测其二级结构为长条棒状分子结构。组织表达谱结果发现,TCHH基因在皮肤组织中特异性表达,其mRNA表达量随着滩羊月龄的增加逐渐降低,与滩羊毛发卷曲性状的生长趋势一致,TCHH基因特殊的结构和表达模式表明该基因在滩羊的毛发卷曲性状中发挥着重要作用。本研究可为滩羊毛发生长的生物学机制研究提供重要的参考依据。     

滩羊TCHH基因CDS区遗传结构及表达模式分析

试验旨在分析滩羊TCHH基因的遗传结构，并检测该基因在同一月龄不同组织及不同月龄皮肤组织中的表达模式。通过基因同源扩增获得滩羊TCHH基因编码区（CDS）全长，并利用生物信息学技术对序列的同源性、蛋白基本性质及重复序列特征进行分析，同时利用半定量RT-PCR、实时荧光定量PCR对该基因在皮肤组织中的表达模式进行分析。结果显示，TCHH基因CDS区全长4 425 bp，包含两段重复序列，共编码1 474个氨基酸，滩羊TCHH氨基酸序列在物种内同源性较高，与山羊同源性可达96.3%，物种间的同源性较差，与人和家鼠的同源性分别为48.4%和40.5%。TCHH蛋白分子式为C₈₀₀₆H₁₃₁₈₇N₂₇₈₇O₂₆₆₁S₆，分子质量大小为191.26 ku，理论等电点为5.76，为亲水蛋白，其蛋白不稳定指数为119.37，稳定性较差。TCHH蛋白的氨基酸序列共包含2个保守区，分别为S-100型钙结合域和蛋白激酶结构域，富含α-螺旋，高达89.89%，推测其二级结构为长条棒状分子结构。组织表达谱结果发现，TCHH基因在皮肤组织中特异性表达，其mRNA表达量随着滩羊月龄的增加逐渐降低，与滩羊毛发卷曲性状的生长趋势一致，TCHH基因特殊的结构和表达模式表明该基因在滩羊的毛发卷曲性状中发挥着重要作用。本研究可为滩羊毛发生长的生物学机制研究提供重要的参考依据。     

Hoxc13基因在滩羊羔羊不同生长时期皮肤组织的表达分析

试验旨在研究Hoxc13基因在滩羊羔羊不同生长时期皮肤组织的表达差异。利用实时荧光定量聚合酶链反应（q RT-PCR）分析Hoxc13基因在滩羊羔羊不同生长时期（35、55日龄）皮肤组织中表达差异。结果显示,Hoxc13基因在55日龄滩羊羔羊皮肤组织含量极显著高于35日龄皮肤组织（P<0.01）。研究表明,Hoxc13基因在35、55日龄滩羊羔羊皮肤组织中存在差异表达,55日龄皮肤的表达高于35日龄,Hoxc13基因可能与毛囊发育的过程密切相关。     

关中奶山羊FGF2基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究

【目的】对关中奶山羊成纤维细胞生长因子2（fibroblast growth factor 2，FGF2）基因进行克隆及生物信息学分析，并检测其在山羊各组织中的表达差异，为后续探究该基因的功能奠定基础。【方法】以关中奶山羊乳腺cDNA为模板，采用RT-PCR技术扩增并克隆关中奶山羊FGF2基因完整CDS区序列，进行相似性比对、系统发育树构建及生物信息学分析；运用实时荧光定量PCR方法检测FGF2基因在关中奶山羊心脏、肝脏、脾脏、肾脏、背最长肌、肺脏、乳腺和卵巢组织中的表达情况。【结果】关中奶山羊FGF2基因编码区长468 bp，可编码155个氨基酸，分子质量为17.26 ku，理论等电点为9.58，其中含量最高的是甘氨酸，占10.3%。相似性比对结果表明，关中奶山羊FGF2氨基酸序列与人、牛、马、兔、绵羊、虎鲸和野猪的相似性分别为98.7%、99.4%、100.0%、98.7%、99.4%、99.4%和62.6%。系统进化树显示，FGF2基因在不同物种间具有高度保守性，与马的亲缘关系最近。关中奶山羊FGF2蛋白不稳定指数为38.39，属于稳定亲水性蛋白质，不含跨膜结构和信号肽；FGF2蛋白二级结构含有α-螺旋、β-转角、延伸链、无规则卷曲，分别占比10.32%、14.19%、30.97%、44.52%。蛋白质互作预测分析显示，FGF2蛋白与FGFR、KDR、FGF1、FGFR4、MET和FGFR1等与乳腺生长发育相关的蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR检测到关中奶山羊FGF2基因在心脏、肝脏、脾脏、肾脏、背最长肌、肺脏、乳腺和卵巢中均有表达，在乳腺中表达水平最高，其次为卵巢，在背最长肌中的表达水平最低。【结论】关中奶山羊FGF2基因CDS区序列长468 bp，编码155个氨基酸，为亲水蛋白，二级结构以延伸链和无规则卷曲为主。FGF2基因在关中奶山羊泌乳高峰期的不同组织中均有表达。本试验结果为进一步探究FGF2基因在关中奶山羊乳腺发育中的作用及其具体功能提供了参考。     

贵州从江香猪PDK4、FGF10基因的克隆及组织表达分析

试验旨在克隆获得PDK4、FGF10基因,并研究大白猪与从江香猪不同组织中PDK4、FGF10基因mRNA的表达差异。采用RT-PCR分别克隆从江香猪PDK4、FGF10基因并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR技术检测PDK4、FGF10基因在大白猪和从江香猪不同组织中mRNA的相对表达量。结果显示,从江香猪PDK4基因的编码区全长1 224 bp,编码407个氨基酸;FGF10基因的编码区全长636 bp,编码211个氨基酸。经BLAST软件进行同源性比对,发现从江香猪PDK4基因与羊、马、人的核苷酸序列同源性分别为93%、92%和91%;FGF10基因与羊、牛、人、鼠的核苷酸序列同源性分别为94%、93%、93%和90%。由PDK4基因系统进化树可知,从江香猪与牛、绵羊亲缘关系较近;由FGF10基因系统进化树可知,从江香猪与绵羊、牛、人、猕猴亲缘关系较近,与小鼠和鸡亲缘关系较远。实时荧光定量PCR结果显示,在从江香猪不同组织中,PDK4基因在肾脏中的表达量最高,在胃和脂肪中表达量较高,FGF10基因在胃中表达量最高,在肾脏和脂肪中表达量较高,两个基因在背最长肌中的表达量均最低;在大白猪的不同组织中,PDK4、FGF10基因在脂肪中的表达量均最高,PDK4基因在背最长肌中的表达量最低,而FGF10基因在心脏中表达量最低。本试验成功克隆了从江香猪PDK4、FGF10基因,并检测了其在大白猪与从江香猪不同组织中的表达,为进一步研究PDK4、FGF10基因在脂质代谢及脂肪沉积等方面的调控作用提供科学依据。     

梅花鹿PTN基因cDNA克隆及表达分析

为了探究多效生长因子(PTN)基因在鹿茸生长发育中的调控作用,试验采用分子克隆技术得到包括PTN基因全部编码区的cDNA序列,并结合生物信息学方法、实时荧光定量PCR技术对其进行分析。结果表明:获得的PTN基因cDNA序列长度为750 bp,共编码168个氨基酸;PTN蛋白分子质量为18.93 ku,理论等电点为9.66,是信号肽介导的一种亲水性蛋白质;其二级结构以无规则卷曲为主,其次是α-螺旋和β-折叠,分别占47.62%、32.74%和19.64%;梅花鹿PTN基因在进化上较为保守,与白尾鹿、野猪、牛等偶蹄目动物亲缘关系较近,与斑纹海豚、豚鼠、人亲缘关系较远;实时荧光定量PCR分析显示,PTN基因在不同生长时期的鹿茸顶端间充质组织中表达差异显著,表达量在生长中期明显高于前期和后期。     

绵羊BTG2基因CDs区克隆、生物信息学分析及组织mRNA表达研究

本研究旨在克隆小尾寒羊B细胞易位基因2(B-cell Translocation Gene 2,BTG2)基因编码CDs区,并对其进行生物信息学分析,同时检测该基因在羔羊期各组织中的mRNA表达情况。通过RT-PCR和TA克隆方法获得BTG2基因CDs区序列;利用在线软件对该基因进行生物信息分析;采用qPCR检测该基因在3、40日龄绵羊的各组织中的表达情况。结果表明:成功获得小尾寒羊BTG2基因CDs区序列453 bp;绵羊与牛、猪、虎鲸、人、大鼠、小鼠同源性分别为98.9%、90.29%、94.04%、88.52%和85.65%、86.98%,且绵羊与牛的亲缘关系最近,与小鼠的亲缘关系最远。理化性质结果显示BTG2基因编码150个氨基酸,蛋白分子式为C748H1190N208O213S8,分子质量为17 ku,理论等电点(pI)为9.14,半衰期为30 h,属于不稳定亲水性蛋白,且不存在跨膜结构和信号肽序列,蛋白结构主要通过α-螺旋、无规则卷曲和β股组成,为混合型蛋白;qPCR检测到BTG2基因mRNA在不同日龄羔羊心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠和肌肉均有表达,且均在肝脏中表达量最高;在心脏、肝脏、脾脏、肺脏组织中,40日龄BTG2表达量极显著高于3日龄,而在肾脏、肠和肌肉中,40日龄极显著低于3日龄。结果表明,BTG2广泛存在各组织中,且随着日龄增加,在各组织中的表达趋势不同,提示其功能的重要性和多重性,并且BTG2在肝组织中表达量最高,说明BTG2可能与脂代谢以及糖代谢等调控功能相关。     

水牛缝隙连接蛋白43基因克隆及表达

本研究克隆了水牛缝隙连接蛋白43(connexin 43,Cx43)基因序列,并运用生物信息学方法对其核苷酸序列的保守性和氨基酸的理化性质、蛋白质结构进行了系统分析,对Cx43基因在水牛不同组织和不同发育阶段卵泡中的表达差异进行了检测。结果表明,应用RT-PCR技术克隆获得了水牛Cx43基因序列,其中编码区全长1152 bp,编码383个氨基酸,蛋白质理论分子质量43.13 ku,等电点为8.88。多重序列比对结果显示,水牛Cx43核苷酸序列与牛、羊、猪、马和人相应序列的同源性分别为99%、98%、94%、93%和92%,系统进化树分析结果推测,Cx43基因在不同物种进化过程中具有高度保守性;对水牛Cx43蛋白的二级和三级结构分析发现,其具有缝隙连接蛋白的特有结构。定量RT-PCR结果显示,Cx43在水牛卵巢组织中相对表达量最高,睾丸、肾脏、心脏和皮肤次之,肝脏和大脑表达量较低。免疫组化结果发现,Cx43蛋白表达随卵泡发育时期的不同而变化,Cx43蛋白随卵泡发育表达逐渐增强。     

FGF21及其受体FGFR1和FGFR2在小鼠毛囊第1生长周期的表达

旨在通过对FGF21、受体FGFR1和FGFR2在小鼠毛囊第1生长周期中的定位和表达情况的研究,以探索FGF21、受体FGFR1和FGFR2在毛囊发育过程中的作用。选取1、3、5、8、12、17、21和23日龄小鼠背部皮肤,采用免疫组织化学技术,实时荧光定量PCR和蛋白免疫印迹技术检测FGF21、FGFR1和FGFR2 mRNA及蛋白表达。结果显示:在小鼠毛囊第1生长周期中,FGF21主要表达于毛囊毛乳头、毛基质、内外根鞘以及毛囊周围的结缔组织中;FGFR1在毛囊各部均有表达,且在退化期(12～17日龄)和静止期(18～21日龄)主要表达于内外根鞘中;FGFR2广泛表达于毛囊各部。1、3、5、8、12、17日龄FGF 21 mRNA表达量极显著低于23日龄(P<0.01),21日龄的表达量低于23日龄,差异不显著(P>0.05);1～5日龄和23日龄FGF21蛋白表达量较高。1、3、5、8、12、21、23日龄FGFR1 mRNA表达量极显著低于17日龄(P<0.01);FGFR1蛋白表达量从12日龄开始上升,在17日龄时达到最高,之后又呈下降趋势。1、5、8、12、21和23日龄FGFR2 mRNA表达量极显著低于17日龄(P<0.01),在3日龄的表达量低于17日龄,差异不显著(P>0.05);FGFR2蛋白在1～17日龄都有较高表达。综上表明,在第1个毛囊生长周期中,FGF21对参与毛囊形成的成纤维细胞的增殖和分化具有重要作用,诱导毛囊由生长期进入退化期。FGFR1对内外根鞘细胞的增殖、分化有着明显作用,诱导毛囊由退化期进入静止期。FGFR2对毛囊内细胞增殖、分化具有重要作用,诱导毛囊由生长期和退化期进入静止期。     

水牛SIRT6基因克隆及其在组织中的表达分析

本研究旨在克隆水牛SIRT6基因,构建真核表达载体,并对该基因进行生物信息学及组织表达谱分析。以牛SIRT6基因编码区为种子序列(GenBank登录号:NM_001098084.1),应用Oligo 7.0软件设计引物序列,用RT-PCR方法扩增水牛SIRT6基因完整编码区序列,测序鉴定后进行生物信息学分析,构建逆转录病毒载体pMXs-SIRT6-IRES-GFP,并在HEK-293T细胞和水牛胎儿成纤维细胞上进行重组载体表达鉴定;采集水牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠、脑、皮肤、生殖嵴分别提取RNA,反转录后以cDNA为模板进行实时荧光定量PCR,检测SIRT6基因在各组织中的表达差异。结果表明,水牛SIRT6基因编码区全长1 080 bp,编码359个氨基酸,其中亮氨酸及脯氨酸含量最高(10.3%),酪氨酸含量最低(1.1%)。水牛SIRT6基因核苷酸序列与牛、人和小鼠的同源性分别为98.4%、86.7%和78.5%,物种间同源性较低。系统进化树结果表明,水牛与牛聚为一支,再与人、小鼠聚为一大支,亲缘关系相对较近,与果蝇亲缘关系较远。SIRT6蛋白理论分子质量为39.47 ku,分子式为C_(1737)H_(2783)N_(509)O_(516)S_(13),等电点为8.48,不存在跨膜区,为膜内蛋白;含有Sirtuin家族特有的Sir2去乙酰化酶的催化结构。二级结构预测结果显示,水牛SIRT6蛋白包含13个α-螺旋、27个β-折叠、24个T-转角和20个无规则卷曲。逆转录病毒载体介导的SIRT6基因能在HEK-293T细胞和水牛胎儿成纤维细胞中表达。实时荧光定量PCR结果显示,SIRT6基因在水牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠、脑、皮肤、生殖嵴中均有表达,其中在生殖嵴中表达量最高,在皮肤中的表达量次之,而在肝脏中表达量最低。本试验结果将为水牛SIRT6基因的功能研究提供参考。     

成纤维细胞生长因子FGF11、13、18对小鼠毛囊第一生长周期作用的研究

为了探究成纤维生长因子家族(Fibroblast growth factor families,FGFs)中,FGF11、13、18对毛囊的生长发育的作用,本研究以3/5/8/13/16/18/20/23日龄小鼠背部皮肤为试验样本,利用免疫组织化学技术、实时荧光定量PCR和蛋白免疫印迹技术检测FGF11、FGF13、FGF18基因及蛋白在小鼠背部皮肤的分布和表达情况。定位结果显示:FGF11、FGF13、FGF18在皮肤真皮乳头、毛基质、内根鞘、外根鞘和皮脂腺表达,而FGF13在膨大部、基底层和表皮也表达,FGF18也表达在膨大部和表皮。定量结果均显示:FGF11的表达没有一定的规律;FGF13在13日龄表达量最低,从16日龄开始上升;FGF18从3日龄表达量开始降低,16日龄降到最低,18日龄开始上升。提示:FGF11对小鼠毛囊第一生长周期可能没有明显和特定的调节作用;FGF13可能对毛囊的自我更新有一定的作用,诱导毛囊从静止期向再生长期过渡,促进毛囊生长;而FGF18在毛囊生长周期中从静止期向生长期过度有一定的作用,可促使毛囊从静止期进入再生长期。     

猪INSIG2基因cDNA克隆、序列特征分析及差异表达

为了克隆猪胰岛素诱导2(INSIG2)基因,并对其进行序列特征分析和组织差异表达规律研究,试验提取猪总RNA,反转录c DNA后进行PCR反应,对克隆得到的INSIG2序列进行生物信息学分析,并用实时荧光定量PCR检测INSIG2在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、胃、肾脏、肌肉7个器官/组织中的表达情况。结果表明:试验获得1段998 bp的序列,该片段编码区序列长度为678 bp,编码225个氨基酸。INSIG2蛋白分子质量为24.730 9 ku,理论等电点为8.64,不含信号肽;INSIG2蛋白有较强的疏水性,具有5个跨膜螺旋结构。与其他动物的INSIG2基因氨基酸序列一致性在92%以上。INSIG2基因在7个被检测器官/组织中均有表达,且肺脏中表达量最高,肝脏次之,再次是胃,心脏和肌肉的表达量最低。     

绵羊FGF10基因克隆、序列分析及其在毛囊发育中的表达分析

本试验旨在获得中国美利奴羊成纤维细胞生长因子10（fibroblast growth factor 10，FGF10）基因的编码区（CDS）全长序列并进行生物信息学分析，随后对FGF10基因在中国美利奴羊毛囊发育过程中的表达特征进行分析，明确其在中国美利奴羊毛囊发育过程中的表达模式，为进一步研究FGF10 mRNA表达水平与中国美利奴羊毛囊生长发育的表达调控机制奠定理论基础。采用PCR扩增获得中国美利奴羊FGF10基因CDS，并克隆到zero PCR@^TM-Blunt进行测序验证；利用实时荧光定量PCR技术检测FGF10在中国美利奴羊毛囊发育过程中的表达差异。结果表明，绵羊FGF10基因CDS长度为696 bp（序列上传GenBank，获得登录号：MT872422），编码231个氨基酸，与牛和山羊的氨基酸序列同源性达100%，存在1个信号肽和1个跨膜结构域，其为分泌通路信号蛋白；实时荧光定量PCR分析表明，FGF10基因在中国美利奴羊毛囊发育过程中均表达，在毛囊发育第85天表达最高，显著高于其他毛囊发育时期（P<0.05）。本研究获得中国美利奴羊FGF10基因完整的编码区序列和毛囊发育过程中的表达特征，生物信息学分析发现，FGF10基因编码区序列具有物种间的保守性，同时FGF10在绵羊毛囊不同发育阶段的皮肤组织中表达，由此表明，FGF10基因可能在绵羊毛囊的生长发育过程中发挥重要的生物学作用。     

撒坝猪AIDA基因编码区克隆、序列特征分析及组织表达量检测

对不同猪的AIDA基因编码区进行扩增、测序、拼接,采用生物信息学方法对撒坝猪AIDA编码蛋白进行功能和性质分析,并通过实时荧光定量PCR检测其在撒坝猪不同组织中的表达水平。PCR扩增测序表明:该基因在撒坝猪的编码区序列没有发生错义突变,序列长921 bp,编码306个氨基酸。AIDA蛋白属于亲水蛋白,没有跨膜结构和信号肽,含有两个卷曲螺旋结构,有1个糖基化位点和29个磷酸化位点,无CpG island;二级结构是以无规卷曲为主的混合型蛋白;AIDA基因在大白猪的背最长肌和背脂中表达量要高于撒坝猪,而撒坝猪AIDA基因在胰脏中的表达量最高,其他组织中的表达量依次为脾脏、背脂、肾脏、肺、大脑、肝脏、心脏和背最长肌。     

水牛FGF10基因的克隆分析及其在不同组织中表达情况的研究

本实验旨在对水牛成纤维细胞生长因子10(FGF10)基因进行克隆、生物信息学分析,同时探讨其在不同组织中的表达模式。以水牛卵巢的总RNA为模板,通过RT-PCR方法克隆得到FGF10基因CDS区全长642 bp,编码213个氨基酸。多重序列分析显示,水牛FGF10基因核苷酸序列与黄牛、羊、猪、人、小鼠同源性分别达到了99%、99%、93%、91%和89%。系统进化树分析表明,水牛和黄牛亲缘性最近,并且在不同物种进化过程中具有高度保守性。QRT-PCR结果表明,FGF10在睾丸中的表达量最高,卵巢和脾脏次之,肝脏和心脏中最低。本研究成功克隆水牛FGF10基因,并检测其在水牛不同组织中的差异表达,为研究FGF10基因在水牛卵泡发育过程中的作用奠定基础。     

新西兰白兔MSTN基因克隆、生物信息学分析及表达谱构建

肌肉生长抑制素（MSTN）是骨骼肌发育的主要调控因子，为获得新西兰白兔MSTN基因序列及其表达规律，试验通过RT-PCR技术从新西兰白兔腿肌组织中扩增并克隆得到MSTN基因序列，利用在线网站对其进行生物信息学分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测MSTN基因在新西兰白兔同一时期不同组织及不同时期腿肌组织中的表达量。结果显示，新西兰白兔MSTN基因CDS区序列长1 128 bp，编码375个氨基酸，其核苷酸序列与GenBank上公布的人、猪、马、小鼠、犬、牛和鸡的核苷酸序列相似性分别为95.9%、94.9%、94.9%、91.7%、91.5%、91.3%及84.2%。新西兰白兔MSTN蛋白属于酸性、亲水性分泌蛋白，且具有不稳定性，不含跨膜结构，含有1个信号肽，主要分布在内质网和线粒体中。MSTN蛋白二级结构和三级结构预测结果一致，以无规则卷曲为主，其次是α-螺旋、延伸链，为混合型蛋白。蛋白质互作关系预测发现，MSTN蛋白与PAX7、MYOG、IGF1、FST、Smad3及Smad2等与肌肉生长发育有关的蛋白之间存在相互作用。不同组织表达分析结果表明，新西兰白兔MSTN基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、腿肌、子宫和胃中均有表达，在腿肌中表达量最高，极显著高于其他组织（P<0.01），其次是肾脏，在肝脏中的表达量最低。不同时期腿肌组织中的表达量分析结果显示，新西兰白兔MSTN基因在180日龄腿肌组织中的表达量显著高于90和240日龄（P<0.05）。研究结果为深入探讨MSTN基因对家兔肌肉生长发育的调控机制奠定了基础。     

阳原驴MSTN基因生物信息学分析及组织表达研究

【目的】试验旨在分析阳原驴肌生长抑制素(myostatin,MSTN)基因CDS序列特征及其在不同生长发育时期和不同组织中的表达水平。【方法】采集6、12、18、24月龄阳原驴的血样及不同组织样,提取其基因组DNA及不同组织样总RNA。利用PCR技术扩增阳原驴MSTN基因CDS序列,并对其进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测MSTN基因在阳原驴不同生长发育时期背最长肌、腿肌和18月龄不同组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏)中的表达水平。【结果】阳原驴MSTN基因CDS序列长1 128 bp,编码375个氨基酸,与马的核苷酸序列相似性最高(99.9%),编码蛋白属于不稳定的亲水性蛋白,含有转化生长因子-β(TGF-β)超家族结构域,不含跨膜区,存在1个信号肽区域,包含6个O-糖基化位点、1个N-糖基化位点和34个磷酸化位点,主要分布于细胞核中(39.1%),二级结构中无规则卷曲占比最高(50.93%)。MSTN基因在18月龄阳原驴背最长肌和腿肌中的表达水平显著高于6、12、24月龄(P＜0.05);MSTN基因在18月龄阳原驴不同组织中均有表达,其中背最长肌中的表达水平显著高于其他组织(P＜0.05),其次是腿肌、肺脏、脾脏、肾脏和肝脏,心脏中的表达水平最低。【结论】试验成功扩增出阳原驴MSTN基因CDS序列,MSTN基因在阳原驴不同生长发育时期背最长肌和腿肌中的表达水平均以18月龄最高,且在18月龄不同组织中以背最长肌和腿肌中表达水平较高。研究结果为进一步探讨MSTN基因在阳原驴骨骼肌生长发育中的作用机制提供参考。     

水牛转录抑制因子CTCF基因克隆分析及不同组织中的表达研究

本研究克隆了水牛转录抑制因子CTCF基因序列,并运用生物信息学方法对其核苷酸序列的保守性和氨基酸的理化性质、蛋白质结构进行了系统分析,此外还对CTCF基因在水牛不同组织中的表达差异进行了检测。结果表明,应用RT-PCR技术克隆获得了长2239bp水牛CTCF基因序列,其中编码区全长2184bp,编码727个氨基酸,理论蛋白质分子质量82.7ku,等电点为6.57。多重序列比较分析显示,水牛CTCF核苷酸序列与牛、猪、马、人和小鼠相应序列的相似性分别为99%、96%、96%、94%和92%,结合系统进化树分析结果推测,CTCF基因在不同物种及进化的过程中具有高度的保守性。对水牛CTCF蛋白的二级和三级结构分析结果发现,其存在连续11个锌指C2H2结构,预测其为重要的DNA结合蛋白。定量表达分析结果显示,CTCF在水牛肝脏组织中相对表达量最高,大脑、肌肉和肾脏次之,卵巢和皮肤表达量较低。