H1亚型猪流感病毒一步法实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立一种快速、简便、准确的方法以诊断和检测H1亚型猪流感病毒(swine influenza virus,SIV),试验根据H1亚型SIV血凝素(hemagglutinin,HA)基因保守序列,分别设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,建立检测H1亚型SIV的一步法实时荧光定量RT-PCR技术。结果显示,该方法的敏感性可达10²拷贝/μL,除H1亚型SIV外,对H3N2亚型SIV、H9N1亚型SIV、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒的检测均为阴性,且应用该方法对疑似猪流感样品进行检测,其结果与SPF鸡胚分离病毒方法结果的符合率为94%。本试验结果表明该方法特异性强、重复性好,有望成为一种特异、敏感、快速、定量检测H1亚型SIV的方法。     

供港猪群流感病毒的分离鉴定及流行病学调查

为了对供港猪群中的猪流感流行情况进行分析,从华南地区供港猪群中用无菌棉拭子采集鼻腔粘液样品,采用鸡胚接种方法,从供港猪群中分离出了2株不同亚型的猪流感病毒株,经国家流感中心鉴定分别为H1N1和H3N2亚型。本研究设计了猪流感常见亚型的HA和NA分型特异性引物,建立了猪流感型特异性RT-PCR检测方法;对分离鉴定的2株猪流感病毒和禽流感H5N1 HI检测抗原进行了RT-PCR检测,并对其部分HA和NA基因进行克隆测序分析。对供港猪群的血清检测结果表明:供港猪群中H1N1和H3N2亚型抗体阳性率分别为26.87%、38.26%,禽流感H5N1和H9N2亚型抗体阳性率均为0%。     

H3亚型猪流感病毒抗原捕捉ELISA检测方法的建立

为快速检测H3亚型猪流感病毒(SIV),本研究将一株H3N2亚型SIV特异性单克隆抗体(MAb)进行纯化,建立了以多抗作为包被抗体,MAb作为检测抗体的H3亚型SIV抗原捕捉ELISA (AC-ELISA)方法.并对该方法的特异性和敏感性进行了分析,其敏感性是血凝试验的4倍,与猪繁殖与综合征病毒、猪圆环病毒、猪瘟病毒、猪细小病毒以及H1、H5、H9亚型SIV均没有明显的交叉性反应,批间和批内重复试验变异系数均小于10％.应用建立的AC-ELISA方法对84份H3亚型SIV实验室感染样品进行检测与鸡胚滴定病毒结果符合率达90.47％.本实验建立的AC-ELISA方法具有良好的特异性和敏感性,可用于H3亚型SIV的临床检测.     

H1-SIV、H3-SIV、NA-PRRSV和EU-PRRSV多重PCR检测方法的建立及应用

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染肺泡巨噬细胞,严重损害免疫系统,导致与其他病毒共感染现象,其中猪流感病毒(SIV)也是病原之一。为了快速检测和区分PRRSV基因型与SIV亚型,本研究针对H1、H3亚型SIV的HA基因和美洲型、欧洲型PRRSV的N、M基因的保守序列,分别设计了4对特异性扩增引物,在引物浓度、退火温度等反应条件的系统优化下,分别对其特异性和敏感性进行验证,建立了能够快速检测以上4种病原的多重PCR方法,并对155份临床样品进行了检测。结果显示,该检测方法特异性好、灵敏度高,对H1-SIV、H3-SIV、NA-PRRSV和EU-PRRSV的最低检出量均低至9.86×10⁰ copies/μL。以单一PCR方法对所有临床样品进行检测后发现,检测结果与多重PCR检测结果一致,证明这种多重PCR方法可以用于这4种病毒的快速检测与分型鉴定。     

猪流感病毒LAMP检测方法的建立

本试验针对猪流感病毒（swine influenza virus,SIV）NP基因保守区域设计并合成6条引物,建立了SIV的环介导等温扩增（LAMP）检测方法,并进行了特异性、敏感性和重复性试验。结果显示,该方法可特异性检测H1N1、H1N2、H3N2、类禽H1N1亚型SIV及甲型H1N1流感病毒,但不能检测猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪细小病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型、日本乙型脑炎病毒;该方法的最低检测量为100拷贝/μL质粒DNA。结果表明建立的LAMP方法具有较高的敏感性和特异性,可用于SIV的快速检测。     

H1N1亚型猪流感病毒HA和NA基因双重RT-PCR定型检测方法的建立与应用

为了建立适用于临床诊断的H1N1亚型猪流感病毒快速检测方法,本研究根据GenBank已登录的H1N1亚型猪流感病毒HA和NA基因序列设计RT-PCR扩增引物,以H1N1亚型猪流感病毒、H3N2亚型猪流感病毒、猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒为试验对照,通过优化RT-PCR反应条件和反应体系,建立了H1N1亚型猪流感病毒HA和NA基因双重RT-PCR定型检测方法。同时,运用H1N1亚型猪流感病毒血凝和血凝抑制试验方法和本研究建立的方法对165份猪病料样品进行了对比验证。结果表明,本研究建立的H1N1亚型猪流感病毒双重RT-PCR具有良好的特异性、敏感性、重复性,所扩增的目的基因片段大小分别为428 bp和678 bp左右,可检出最小基因组RNA浓度为2.9×10-5μg/μL。本研究建立的方法和H1N1亚型猪流感病毒血凝和血凝抑制试验方法均从同一份猪肺脏样品中检测出H1N1亚型猪流感病毒,其余样品中均未检出H1N1亚型猪流感病毒,两种方法符合率为100%。本研究建立的方法适用于H1N1亚型猪流感病毒双基因定型检测,可在H1N1亚型猪流感病毒流行病学调查和临床诊断中应用。     

猪流感病毒H1、H3、N1、N2亚型分型 RT-PCR方法的建立

根据GenBank中H1N1和H3N2亚型猪流感病毒(SIV)血凝素(hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和M基因保守序列,分别设计合成了5对特异性引物,利用RT-PCR技术对SIV的型和亚型进行鉴定。结果表明,该方法的型RT-PCR可以检测出10⁴ EID₅₀病毒量所提取的RNA;H1、H3、N1和N2的亚型RT-PCR均可以检测出10⁴ EID₅₀病毒量所提取的RNA。除每对特异性引物所对应的亚型外,对其他亚型及猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)的检测均为阴性,应用该方法对临床样品进行检测,其结果与病毒分离结果符合率为100%。结果表明,该方法特异性好、敏感性高,有望成为SIV的一种特异、敏感、快速的分型检测方法,为猪流感分子流行病学的调查奠定了良好的基础。     

H1、H3亚型猪流感病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立一种快速、准确地检测H1和H3亚型猪流感病毒（swine influence virus,SIV）的方法,根据H1和H3亚型SIV血凝素（hemagglutinin,HA）基因保守序列,分别设计2对特异性引物和2条TaqMan探针,建立双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果显示,该方法敏感性高,可检测到最低拷贝数为10²拷贝/μL;重复性良好,重复孔Ct值的变异系数均在5%以下;特异性好,除H1和H3亚型SIV外,H4、H5、H7、H9亚型SIV、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、口蹄疫病毒、伪狂犬病病毒检测均为阴性;在田间样品中成功检出1株H1和1株H3亚型SIV,检出率为1.16%。该方法准确、快速、灵敏、特异,可为H1、H3亚型SIV的快速鉴别检测及流行病学调查提供有效的技术手段。     

H3亚型猪流感病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快捷、可行的检测H3亚型猪流感病毒(SIV)的方法,本研究根据GenBank中登录的H3亚型SIV HA基因的保守序列,设计合成一对特异性引物,建立了一种检测H3亚型SIV的SYBR Green Ⅰ荧光定量检测方法,并进行灵敏度、稳定性和特异性试验,与普通PCR进行比较.研究结果表明,标准曲线的循环阈值与模板浓度呈现良好的线性关系,R2为0.994,CV在0.17％～1.41％之间,具有良好稳定性.除H3亚型SIV外,对H1、H4、H6、H9亚型SIV以及猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、口蹄疫病毒和猪圆环病毒2型的检测均为阴性,与普通PCR相比更灵敏.该方法特异性好,准确率高,适于临床分离鉴别H3亚型SIV.     

H1亚型猪流感病毒微滴数字RT-PCR定量检测方法的建立

本研究针对H1亚型猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)HA基因保守序列设计引物和探针,通过反应条件优化,建立了一种快速、准确检测H1亚型SIV的微滴数字RT-PCR定量方法。该方法特异性强,除H1亚型SIV外,H3、H5、H7亚型SIV以及猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等检测均为阴性;敏感性高,最低可检测4.7拷贝/μL;重复性好,对5个不同稀释度的H1亚型SIV RNA进行3次重复试验,每个稀释度的变异系数均小于5%。利用该方法对湖南省规模化养殖场收集的30份猪鼻拭子样品进行检测,发现与荧光RT-PCR检测结果一致。试验表明,该方法快速、准确、灵敏,可为H1亚型SIV的快速筛查及流行病学研究提供可靠的技术保障。     

H1N1亚型猪流感病毒荧光RT-PCR检测方法的建立

为了建立快速检测H1N1亚型猪流感病毒的荧光RT-PCR方法,试验根据Gen Bank中H1N1亚型猪流感病毒HA基因和NA基因的序列,利用Premier express设计并合成两对特异性扩增引物和Taqman探针,采用荧光RT-PCR方法检测H1N1亚型猪流感病毒。结果表明:荧光RT-PCR方法可以特异、高效地检测临床样品。说明该方法能够用于临床及实验室猪流感病毒的快速诊断和检测,及时、有效、科学地指导辽宁省猪群疫病的防控。     

猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法的建立

对我国分离到的猪流感病毒和GenBank数据库中已有的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型毒株的HA、NA基因核苷酸序列进行分析,分别选出各个病毒亚型HA和NA基因中高度保守且特异的核苷酸区域,设计扩增猪流感病毒H1和H3、N1和N2亚型的2套多重PCR特异性引物,建立了猪流感H1N1、H1N2和H3N2亚型病毒多重RT-PCR诊断方法。采用该方法对H1N1、H1N2、H3N2亚型猪流感病毒标准参考株进行RT-PCR检测,结果均呈阳性,对扩增得到的片段进行序列测定和BLAST比较,表明为目的基因片段。其它几种常见猪病病毒和其它亚型猪流感病毒的RT-PCR扩增结果都呈阴性。对107EID50/0.1mL病毒进行稀释,提取RNA进行敏感性试验,RT-PCR最少可检测到102EID50的病毒量核酸。对40份阳性临床样品的检测结果是H1N1、H1N2和H3N2亚型分别为16份、1份和20份,其它3份样品同时含有H1N1和H3N2亚型猪流感病毒,和鸡胚分离病毒结果100%一致。试验证明建立的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法是一种特异敏感的诊断方法,可用于临床样品的早期快速诊断和分型。     

数字RT-PCR技术检测H3N2亚型猪流感病毒方法的建立

试验旨在利用新型荧光探针--分子信标,建立一种检测猪流感病毒的新方法。根据H3N2亚型猪流感病毒（swine influenza virus,SIV）的H3和N2基因的保守基因序列,分别设计并合成了特异性引物和分子信标探针,利用数字RT-PCR技术检测H3N2亚型SIV。结果显示,该数字RT-PCR检测方法与其他主要相关病毒均不发生交叉反应,重复性良好;对猪H3N2流感病毒而言,最低可检测到10⁶倍稀释的病毒株。数字RT-PCR方法能够对RNA模板定量分析。在H3N2 SIV的鉴定上,数字RT-PCR方法较实时荧光定量PCR方法更灵敏、准确。     

分子信标荧光定量PCR检测H3N2亚型猪流感病毒方法的建立

利用新型荧光探针—分子信标,建立一种检测猪流感病毒的新方法。根据H3N2亚型猪流感病毒（SIV）的HA和NA基因的保守基因序列,分别设计并合成了特异性引物和分子信标探针,利用实时荧光定量PCR技术检测H3N2亚型SIV。构建重组质粒pSK-H3和pSK-N2并绘制标准曲线。结果显示,该检测方法的敏感性达到102拷贝/μL;与其它主要相关病毒均不发生交叉反应,批内和批间试验的重复性变异系数（CV）均小于3％,表明该方法灵敏度强、特异性好。此方法的建立将为流感病毒H3N2亚型定型检测提供一种快速有效的方法。     

逆转录环介导等温扩增技术检测H3亚型猪流感病毒

基于环介导等温扩增技术(RT-LAMP),建立了一种用于快速检测H3亚型猪流感病毒的方法。根据GenBank中收录的H3N2亚型猪流感病毒(SIV)HA基因保守区的序列,设计一组对应HA序列6个区域的4条特异性引物,建立RT-LAMP反应体系;经优化,确定了最佳的LAMP反应条件。扩增后产物形成的焦磷酸离子和溶液中的镁离子结合而形成焦磷酸镁沉淀,结果可视。同时用特异性内切酶HhaⅠ对所获得的产物进行酶切鉴定,所得的酶切产物大小与理论值完全符合。用已建立的RT-LAMP技术检测临床样品,检测结果与RT-PCR方法符合率均达到100%。结果表明,本研究建立的RT-LAMP检测猪流感病毒方法,操作简单,灵敏度高,特异性强,是一种适用于现场诊断的检测技术。     

猪流感病毒分型基因芯片的建立和初步应用

根据流感病毒血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）亚型基因序列间的差异性,分别设计H1、H3、H9、N1和N2的特异分型引物,并根据M基因设计A型流感病毒的通用引物。RT-PCR扩增猪流感病毒各亚型HA、NA和M基因的特异片段,克隆至pMD18-T构建重组质粒,制备探针。将各探针按一定的阵列点加到硝酸纤维素膜上,制成基因芯片。并对217份不同地区的样品进行检测。结果表明：该芯片可以同时检测待检样品中5种亚型A型流感病毒,并显示了较高的灵敏度和特异性,灵敏度比PCR高1个稀释度,比病毒分离高2个稀释度。该方法的建立为猪流感的检测及猪流感病毒各亚型在猪群中的流行病学调查提供了一种快速、灵敏和高通量的手段。     

无锡地区猪流感病毒的分离与鉴定

对从江苏省无锡市几个呼吸道症状明显、高热发病的猪群中采集到的棉拭子和猪肺样品进行病毒分离,经纯化后,对病毒的血清型进行鉴定。结果表明:分离获得猪流感病毒(SIV)H3N2亚型1株、H1N1亚型1株、H9N2亚型毒株2株。这一结果为该市有效防控猪流感、深入研究SIV的传播机制和遗传演化规律提供了良好的流行病学资料。     

禽流感病毒RT-PCR及多重RT-PCR检测技术的建立

研究建立了禽流感病毒（AIV）A型、H5、N1、H9、N2亚型特异性RT-PCR及HS／N1、H9／N2、A／H5／Nl多重RT-PCR检测技术，用于检测或同时检测和鉴别A型及H5N1、H9N2亚型AIV。所建立的RT-PCR和多重RT-PCR从核酸提取、基因扩增到产物分析在3～4h内即可完成，经对36株AIV及相关病毒分离物检测，与病毒分离鉴定的结果完全一致，且与相关病毒或其他亚型无交叉反应。采用多重RT-PCR检测80份棉拭子样品，并与病毒分离鉴定方法比较，二者H5N1、H9N2亚型的鉴定结果完全吻合。结果表明，该方法具有快速、敏感、特异等优点，为临诊样品中AIV型及H5N1、H9N2亚型鉴定和诊断的有效方法。     

2011年～2012年我国不同地区猪流感血清学监测

为了解猪流感病毒(SIV)在我国的流行情况,本研究对2011年～2012年从不同省市重点地区屠宰场、规模化猪场和个体养殖户采集猪血清样品13044份,以经典H1N1 (CS)、类禽H1N1 (EA)、甲型H1N1(pdm/09)、H3N2、H5N1、H9N2亚型SIV抗原并采用血凝抑制(HI)方法检测.结果显示,2011年～2012年我国猪血清中类禽H1N1亚型SIV抗体平均阳性率比其他亚型高,分别为42.24％和45.89％,2011年甲型H1N1亚型SIV血清抗体平均滴度(GMT)比其他亚型高,GMT为53.32,2012年经典H1N1 GMT比其他亚型高,GMT为73.2.结果表明2011年～2012年我国猪群中H1N1亚型SIV感染较为普遍.     

H1N1亚型三个谱系猪流感病毒RT-PCR鉴别诊断方法的建立

根据Gen Bank中甲型、古典型和类禽型三个谱系H1N1猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的血凝素(Haemagglutinin,HA)基因保守序列,分别设计了3对特异性引物,建立了H1N1亚型三个谱系SIV的RT-PCR快速鉴别诊断方法。该方法能够对甲型、古典型和类禽型三个谱系的H1N1亚型SIV做出准确诊断,扩增片段大小分别为476 bp、293 bp和997 bp。敏感性试验结果显示,该方法对三个谱系病毒的最低检测限分别为1 896拷贝/μL、1 655拷贝/μL和1 459拷贝/μL;特异性试验显示,该方法可特异性检出古典型、类禽型和甲型H1N1三个谱系的SIV,而与H5、H7和H9亚型流感病毒、猪瘟病毒及猪繁殖与呼吸不障碍综合征病毒均无交叉反应;重复性试验表明,3次重复检测结果具有良好的一致性。以上结果表明,该RT-PCR分型诊断方法的敏感性、特异性和重复性良好,为有针对性地对猪流感采取综合防控措施提供重要技术支撑,具有良好地应用前景。