湖羊的遗传多样性及保种效果评价研究

本研究采用微卫星标记技术,评估了湖州市5个保种场的湖羊遗传多样性,并对保种效果进行了分析。结果显示,5个湖羊群体间的等位基因数差异不显著,目前的保种方法保留了湖羊等位基因;5个湖羊群体各微卫星位点观测杂合度（Ho）差异极其显著,其中3个群体遗传多样性较高;期望杂合度（He）差异不显著;多态信息含量（PIC）差异不显著,且均值都高于0.5,处于高度多态,表明群体具有丰富的遗传多样性和选择潜力。进一步计算了5个湖羊群体的遗传距离,进行了聚类分析,构建了各群体的进化树,结果表明,5个群体的湖羊家系数均达到保种要求,其中4个群体杂合个体较多,可能受外源基因影响。本研究对湖羊的遗传多样性及保种效果进行了有效评估,并提出了存在的问题,有利于湖羊的种质保护和开发利用。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

新疆13个绵羊群体遗传多样性及遗传分化的研究

利用10个微卫星标记对新疆13个绵羊群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析。通过计算多态信息含量（PIC）、平均杂合度（H）、群体内近交系数（Fis）、遗传分化系数（Fst）、总群体近交系数（Fit）和基因流（Nm）等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：13个绵羊群体10个微卫星标记的平均多态信息含量为0.6803;平均杂合度为0.7192,其中中国美利奴羊平均杂合度最高为0.7530,山区和田羊最低为0.6754;13个绵羊群体总近交系数为0.1066,群体内近交系数为0.0565,群体间基因分化系数为0.0531,说明5.65%的遗传变异来自群体间,94.35%的遗传变异来自群体内个体间的差异;基因流Nm平均值为4.4621（3.0808~7.4589）,说明各种群间存在或者在过去某个时期发生基因交流;各种群间平均遗传距离较低,为0.1702,平均遗传一致度数值较高,为0.8448,也再次证明了新疆13个绵羊群体间分化程度不高。基于Nei′s标准遗传距离运用UPGMA聚类法获得的新疆13个绵羊群体的聚类图与其品种育成史和地理分布基本相一致。     

利用微卫星标记技术分析太湖鹅保种效果

本研究利用微卫星标记对太湖鹅两个世代群体10个微卫星位点进行遗传多样性鉴定,通过分析世代间遗传差异来检测小群保种效果。结果表明:太湖鹅2个世代的10个位点共检测到52个等位基因,0世代和1世代分别检测到49和51个等位基因;两个世代的10个微卫星位点的多态信息含量为0.157 2~1.000 0,两个世代平均多态信息含量分别为0.511 7,0.504 0;两个世代的期望杂合度和表观杂合度分别在0.172 8~0.800 7和0.190 0~1.000 0之间,平均值分别为0.584 4,0.569 6和0.650 0,0.627 0,这两个世代在等位基因、多态信息含量、杂合度上差异均不显著(P0.05)。2个世代相似性系数为0.990 7,遗传距离0.009 3,世代间的相似性系数极高,遗传距离极低。在10个微卫星位点中,0世代和1世代分别存在6个位点不平衡,哈代-温伯格平衡趋于下降趋势。近交增量为0.078%,近交系数达到2%需要的世代数为25。结果提示该保种场保种效果可行。     

应用21个微卫星标记监测马身猪遗传多样性变化趋势

本研究旨在通过对不同年份马身猪群体遗传多样性变化趋势分析,评价马身猪保种效果,制定有效的保种措施。选用FAO-ISAG联合推荐的21个微卫星标记分析不同年份马身猪群体的遗传多样性。结果表明,在马身猪群体中,共检测到105个等位基因,平均等位基因数为5个,平均有效等位基因数为2.244 0,平均观察杂合度和PIC分别为0.317 6和0.391 9。从1999年到2007年,平均等位基因数从4.285 7下降到3.428 6,平均有效等位基因数从2.509 5下降到1.977 0,平均观察杂合度从0.311 6下降到0.298 1,平均多态信息含量从0.441下降到0.341。马身猪群体基因纯度较高,遗传多样性有逐年降低趋势,在今后的保种和利用工作中,应对马身猪群体的遗传多样性进行实时监测,在世代更替中注意低频率等位基因的保护。     

地方畜禽品种保种方法的可行性浅析

1 前言 保种就是要保存一切与特定生态条件相联系的基因及基因组合体系.现有地方家畜品种的保种方法都是以群体遗传学理论为基础,尽量控制群体近交增量为原则,通过增大群体有效含量,确定合适的公母畜比例和留种方式,避免近亲交配及延长世代间隔来实现的.根据群体遗传学理论虽然可以指导地方畜禽品种的保种,对基因是否丢失及丢失的可能性作出估计,但无法知道其真实情况,加上保种资金投入有限,群体有效含量低,这样就不可避免地会出现优良基因的丢失.所以,现有的地方畜禽品种保种方法并不能有效地保存好已有的遗传资源.     

不同保种方法对地方鸡种的保种效果分析

利用微卫星分子标记和血液蛋白位点标记分析了柴鸡种群不同保种方法的保种效果.计算了等位基因频率、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量、F-统计量、迁移率和Nei氏遗传距离等指标,并采用UPGMA方对遗传距离进行聚类.柴鸡各群体具有较高的杂合度,遗传多样性较为丰富.微卫星位点上的平均基因分化系数Fst为7.02%,表明7.02%的遗传变异源自品种间的差异,而另外92.98%则因个体的差异而产生.结果表明:不同保种方法均较好地保存了柴鸡的遗传多样性,但家系等量留种法好于混群保种.     

北京油鸡群体世代间遗传结构分析

为探讨北京油鸡群体世代间遗传多样性和遗传分化,评估北京油鸡遗传资源保护效果,对北京油鸡2个世代群体的11个微卫星座位进行检测。结果显示:北京油鸡F0和F1世代平均观测杂合度分别为0.594和0.588,平均预期杂合度分别为0.592和0.604,平均多态信息含量分别为0.487和0.497,近交系数FIS平均值分别为-0.007和0.033,群体间基因分化系数FST平均值0.029。研究提示:北京油鸡群体具有丰富的遗传多态性,世代间的近交程度和遗传分化程度低,维持了北京油鸡群体的遗传稳定性,为北京油鸡遗传资源多样性保护及进一步开发利用提供理论依据。     

利用微卫星标记分析伊犁鹅的保种效果

为分析某保种场伊犁鹅的保种效果,本研究利用9个微卫星标记对新疆伊犁鹅3个世代（0世代、1世代、2世代）的遗传多样性进行检测。试验以3个世代伊犁鹅血液为样本,使用苯酚-氯仿抽提法提取DNA,随后进行12%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测、银染法显色及判型。结果表明,9个微卫星位点在伊犁鹅的3个世代中共检测到78个等位基因,0世代、1世代和2世代均检测到26个等位基因;3个世代的平均期望杂合度（He）分别为0.4322、0.4232和0.4516;平均多态信息含量（PIC）分别为0.3751、0.3707和0.3936,表明伊犁鹅的3个世代均处于中度多态,遗传变异处于中等水平,且3个世代间平均期望杂合度和平均多态信息含量均差异不显著（P>0.05）;3个世代的遗传距离分别为0.0097、0.0184和0.0074。综合来看,伊犁鹅具有较丰富的遗传多样性,且该保种场目前所采用的保种方法较好地保存了伊犁鹅原有的遗传多样性。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、表观杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、F-统计量(Fis、Fit、Fst)、基因流(Nm)、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量(PIC),采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示:15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)、群体间遗传分化系数(Fst)的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

山东省地方山羊品种群微卫星基因座的遗传多样性

选用来源于牛和绵羊的27个微卫星DNA标记,对山东省4个地方山羊品种进行遗传多样性分析,通过计算等位基因频率、多态信息含量、不同标记的平均杂和度、总群体杂合度、亚群体杂合度、群体杂合度、基因分化系数、不同群体的F-统计量、基因流动数、不同群体间的基因流动个数和遗传距离并进行聚类分析,评估其种内变异和种间变异的关系,以群体平均杂合度、F-统计量和遗传分化系数为基础,结合四个山羊种群的实际生存状况,提出避免近交和种群间杂交符合山东山羊种群实际状况的保种模式。研究结果可为山东地方种质特性研究提供基础数据,为山东地方山羊种群的合理保护利用提供科学依据。     

山东省地方山羊品种群微卫星基因座的遗传多样性

选用来源于牛和绵羊的27个微卫星DNA标记,对山东省4个地方山羊品种进行遗传多样性分析,通过计算等位基因频率、多态信息含量、不同标记的平均杂和度、总群体杂合度、亚群体杂合度、群体杂合度、基因分化系数、不同群体的F-统计量、基因流动数、不同群体间的基因流动个数和遗传距离并进行聚类分析,评估其种内变异和种间变异的关系,以群体平均杂合度、F-统计量和遗传分化系数为基础,结合四个山羊种群的实际生存状况,提出避免近交和种群间杂交符合山东山羊种群实际状况的保种模式。研究结果可为山东地方种质特性研究提供基础数据,为山东地方山羊种群的合理保护利用提供科学依据。     

畜禽遗传资源保存的计算机模拟研究

运用计算机模拟方法产生畜禽品种的模拟保种群体,进行畜禽群体的保种研究。笔者考虑了选择、群体有效含量、性状的遗传力水平、控制性状的基因效应以及基因位点间的连锁强度等共24个参数组合,每种参数决定一个模拟群并且重复5次,共产生120个模拟群体,实验进行50世代。由模拟群体所得结果,讨论群体以及不同基因效应模型下群体生产性能均值、近交系数、基因丢失和群体基因频率等的变化,为实际畜禽保种工作提供理论依据。     

基于SNP芯片监测通城猪的保种效果

旨在基于SNP芯片信息分析通城猪保种群的群体结构和遗传多样性,对保种效果进行监测。本研究利用“中芯一号”50K SNP芯片对68头通城猪的全基因组SNP进行扫描,通过以下两方面评估保种效果：1）群体结构。通过群体分层、遗传距离、亲缘关系以及公猪基因组家系等分析,研究通城猪个体间的群体结构;2）遗传多样性。估算等位基因频率、有效等位基因数、多态信息含量、多态性标记比例、杂合度、核苷酸多样性等多态性和杂合性相关参数估计遗传多样性,分析有效群体含量和连续性纯合片段（runs of homozygosity,ROH）,综合评估保种效果。结果显示：1）保种群无明显分层,遗传距离为0.27,亲缘系数为0.17;2）基因组等位基因频率为0.77,有效等位基因数为1.52,多态信息含量均值为0.31,多态性标记比例为88.28%,观测杂合度为0.32,期望杂合度为0.31;20世代前通城猪有效群体含量为105头,当前世代有效群体含量为94头;ROH共计有184个,平均ROH长度为23.71 Mb,其中28.80%的长度在15~20 Mb之间;基因组近交系数为0.04%,具较低水平的近交程度。通城猪保种群是一个没有分层的纯种群体,具有丰富的遗传多样性,得到了有效保护。     

基于全基因组SNP标记分析中国地方鸡品种的遗传多样性和种群结构

旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基因频率、近交系数及核苷酸多样性分析地方鸡群体的遗传多样性,利用进化树、主成分分析、群体结构、MDS等方法分析鸡群体的群体结构,基于状态同源(IBS)和群体分化系数(Fst)分析种群内部与种群之间的亲缘关系,利用长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)估算得到基于ROH的近交系数。结果表明,各群体的观测杂合度均高于期望杂合度,次等位基因频率在0.175～0.236之间,近交系数在0.018～0.205之间,核苷酸多样性在0～6×10^-4之间,进化树与主成分分析表明品种间出现了明显的群体分化,地方鸡群体与商品鸡群的MDS分析发现我国地方鸡与商业肉鸡品种的遗传距离较近;IBS遗传距离在0.092 9～0.319 9之间;各品种成对Fst分析表明,群体间呈现中高分化程度(0.09～0.22);此次分析共得到了...     

坝上长尾鸡保种群遗传多样性和保种效果评价

为了评估坝上长尾鸡种质资源遗传多样性和保种群的保种效果,本研究采用微卫星标记和毛细管电泳相结合的方法,对坝上长尾鸡保种群进行了遗传多样性分析。结果表明:20个微卫星座位在3个世代保种群共检测到215个等位基因,其中3个世代共有等位基因数81个,随着世代的繁育,共有等位基因数呈上升趋势,0世代和1世代等位基因总数为205个,共有等位基因数为98个;1、2世代的等位基因总数是161个,共有等位基因数是110个;20个位点3个世代平均期望杂合度分别为0.7343、0.6832、0.6652,平均多态信息含量分别为0.6973、0.6380和0.6136;近交系数分别为0.3324、0.1512和0.0722。坝上长尾鸡保种群经过3个世代的保种仍然具有丰富的遗传多样性,近交系数下降,有效地避免了近交衰退,说明所采用的保种方法是可行的。     

简化基因组测序评价高邮鸭保种效果的研究

研究旨在评价高邮鸭原种场的保种效果,为高邮鸭保种提供理论依据。利用简化基因组测序方法ddRAD鉴定高邮鸭原始群体(GS)和原种场群体(GC)的SNP标记,比较分析两个群体的遗传多样性差异,并使用遗传分化指数(F_(ST))和核苷酸多样性比值(π ratio)比率联合筛选选择信号区域及其相关基因,对得到的受选基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果显示:与原始群体相比,原种场群体遗传杂合度保持不变,近交系数有所下降;原种场群体与环境应激和甲基化调控相关的基因受到了一定程度的选择。结果表明高邮鸭原种场群体保种效果较好,可以继续沿用现有的小群保种方法。     

随机留种下闭锁群体近交系数和基因杂合度的世代变化

在假定不发生基因突变、群体间无个体迁移的情况下,采用MonteCarlo计算机模拟方法模拟了不同群体规模、性别比例和初始基因频率下闭锁群体近交系数和基因杂合度的变化。10个双等位基因座位分别位于10条不同的常染色体上,群体内实行随机留种,随机交配,世代不重叠,且每代参与繁殖的个体数相同。模拟试验共进行了50个世代,100次重复。结果表明,群体规模较大、公畜数较多时,群体近交系数上升缓慢,基因杂合度较高;当初始基因频率处于中等水平时,群体内可保持较高的基因杂合度;群体规模太小、公畜比例过低及基因的初始频率过低或过高,均不利于群体内遗传多样性的保持。     

随机留种下闭锁群体近交系数和基因杂合度的世代变

在假定不发生基因突变、群体间无个体迁移的情况下,采用Monte Carlo计算机模拟方法模拟了不同群体规模、性别比例和初始基因频率下闭锁群体近交系数和基因杂合度的变化。10个双等位基因座位分别位于10条不同的常染色体上,群体内实行随机留种,随机交配,世代不重叠,且每代参与繁殖的个体数相同。模拟试验共进行了50个世代,100次重复。结果表明,群体规模较大、公畜数较多时,群体近交系数上升缓慢,基因杂合度较高;当初始基因频率处于中等水平时,群体内可保持较高的基因杂合度;群体规模太小、公畜比例过低及基因的初始频率过低或过高,均不利于群体内遗传多样性的保持。     

不同群体规模下闭锁群体遗传漂变的模拟

为了研究在施行随机留种、随机交配、世代不重叠、群体间个体无迁移、整个保种过程中基因不发生突变的原位保种群体中遗传漂变的变化情况,试验采用计算机模拟方法针对不同群体规模下闭锁群体基因频率、基因型频率在50个世代中的变化进行研究。结果表明:群体规模越大,基因频率、基因型频率在世代间波动的幅度越小,因此世代间随机遗传漂变基因被固定或丢失的概率越小。