SSR分子标记及其在植物遗传分析中的应用

本文从SSR分子标记技术的特征、SSR多态性产生的机理、PCR扩增SSR位点的引物来源、SSR的PCR扩增、SSR扩增产物的检测.以及在植物遗传分析中的应用等方面对SSR分子标记技术进行了综述,并探讨了该技术在茶树中的应用前景.     

多粒型花生的SSR分子标记

多粒型花生是花生四大类型之一，具有优质、抗叶斑病、早熟等特性。共筛选出16个能在多粒型花生品种DNA中扩增出多态性片段的SSR引物，每个SSR引物能扩增出1～7个DNA片段，在24个花生品种中能扩增出1～23条多态性片段。根据SSR分子标记计算出品种间遗传距离为0．09～0．82．平均为0.59。聚类分析结果说明所分析的24个花生种质可分为不同的品种群。     

花生SSR标记的开发及其应用现状和前景

基于PCR技术产生的SSR标记由于其多态性高、重复性好、操作简单、呈共显性等优点,目前已成为花生遗传研究中发展最快,应用最广泛的分子标记。本文就花生SSR标记的开发,及其在F1代真假杂种的鉴别、突变体分析、遗传多样性研究、亲缘关系比较、物种进化、指纹图谱和遗传连锁图谱的构建、数量性状位点定位和分子标记辅助选择育种等方面的应用研究进行了综述,同时对SSR标记在花生中的应用前景进行了展望。     

不同环境条件下花生产量相关农艺性状的遗传分析

主茎高等花生重要农艺性状与花生产量密切相关。本研究以远杂9102/皖花4号F_2群体为材料,利用主基因+多基因混合遗传模型对两种环境条件下的花生主茎高、侧枝长、总分枝数、结果枝数、单株总果数、单株饱果数、单株生产力、百果重和百仁重等9个性状进行遗传分析。结果表明,主茎高、侧枝长、总分枝数、百果重和百仁重5个性状在两种环境中均表现出受2对主基因控制,其中控制侧枝长、百果重和百仁重3个性状两种环境中的2对主基因均表现为等显性效应,控制总分枝数的2对主基因在两种环境中均表现为加性—显性效应,而控制主茎高的2对主基因不同环境中表现不同,合肥环境中表现为加性—显性—上位性效应,固镇环境中表现为等显性效应;结果枝数性状在两种环境中表现出受1对加性—显性主基因控制;单株总果数、单株饱果数和单株生产力3个性状在合肥环境中均表现出受2对加性—显性主基因控制,而在固镇环境中则表现出受1对加性—显性主基因控制。     

玉米花期性状的主效SSR标记筛选

根据国内外已发表的与玉米花期相关性状主效QTL(贡献率10%)连锁的SSR标记中,选取30对SSR标记引物,筛选玉米花期性状的主效SSR标记。选用花期不同的玉米自交系P014、P037、E1312为亲本,分别组配得到两个杂交后代F1(P014×E1312)和F1(P037×E1312),F1经自交获得两个F2(P014×E1312)、F2(P037×E1312)群体为试验材料。利用亲本、F1代对30对引物进行筛选,获得的特异性引物再通过F2群体单株花期性状与单株SSR标记的符合度和准确率验证,筛选出符合率大于50%的主效标记。结果表明,bnlg1505、bnlg1666、umc1663、bnlg128为玉米花期性状的主效SSR标记,其中,标记bnlg1505适用于筛选抽雄期晚、散粉期晚、吐丝期晚的材料,筛选准确率分别为56.5%、65%、60%;标记bnlg1666适宜用于筛选散粉期早、吐丝期早的材料,筛选准确率分别为65%、57.5%;标记umc1663和bnlg128适用于筛选散粉期早的材料,筛选准确率为68%和61.5%。     

花生矮化病毒病抗性SSR标记

利用抗、感矮化病毒病的花生品种ICGV86699和远杂9102为亲本配制杂交组合,构建重组近交系群体（RIL）,采用SSR技术和BSA分析方法,结合F6世代各个家系接种病毒后ELISA的鉴定结果,得到1个与花生矮化病毒病抗性连锁的分子标记XY38。此标记与抗性基因间的遗传距离为7.5cM,具有作为抗性育种辅助选择技术的潜力。     

大豆对SMV1号株系的抗性遗传分析及抗病基因的SSR标记

定,结果表明：F1在接种后表现抗病,F2群体分离比例为3 (抗)∶1 (感),对F2衍生的F2∶3家系接种鉴定,纯合抗病家系、抗感分离家系和纯合感病家系的比率符合1∶2∶1,表明东农93-046对SMV1号株系的抗性由一对显性基因（RSMV1）控制。并利用东农93-046（R）×Conrad（S）的正反交组合F2进行抗性鉴定,结果正反交后代均表现为3∶1的分离比例,无细胞质效应,进一步证明了东农93-046是受一对基因控制的抗性种质。经改良的分离群体组群分析法研究发现,东农93-046抗SMV1的位点（RSMV1）位于F连锁群上,与SSR标记的连锁顺序为HSP176、Satt114、RSMV1、Satt510、Sct_033、Satt334、Satt362,连锁距离分别为6.6cM、4.3cM、RSMV1、6.6cM、5.1cM、6.3cM、17.3cM.。根据标记HSP176选择基因型纯合和杂合的抗病植株,其符合率分别达到100.0%和94.5%。     

花生DNA分子标记的研究Ⅰ花生AFLP分析技术体系的建立与作图杂交亲本的筛选

由于缺乏传统遗传标记,花生遗传连锁的报道极为罕见,迄今未发表经典的遗传图谱.发展稳定可靠的AFLP标记,将为基因分型应用于新品种保护、良种保纯、杂种鉴定和种质资源研究提供强有力的技术支撑.研究在建立适合花生AFLP分析的DNA提取流程的基础上,建立了花生AFLP分析的技术方案.AFLP分析结果表明,6个花生杂交亲本间存在一定差异.四对引物共计扩增出307条长度不同的条带.其中多态性条带为160条,占总条带数的52.1%.本研究筛选获得了多态性程度高的杂交亲本,为进一步构建分子连锁图谱创造了条件.     

河南省花生品种(系)基于SSR分子标记的遗传多样性研究

花生是我国重要的经济作物和油料作物。对河南省不同类型花生品种的遗传多样性进行分析、评价具有重要意义。本研究利用200对多态性较好的SSR分子标记对河南省近年来正在推广及新选育的60个花生品种(系)进行遗传多样性研究,品种(系)间相似性分析结果表明:平均遗传相似系数为0.3,在实验分析的1770个关系组合中,仅有616个遗传相似系数大于0.5,说明这些品种大多具有较低的遗传相似性。聚类结果表明,在距离320处,60份花生品种(系)被分成了5大类群,第一类群含有32个品种,第二、第三类群分别含有8个品种,第四类含有3个品种,第五类群含有9个品种。这五大类群中,均含有来源于郑州的品种。研究结果也表明,开19-2、商花10号和开农012具有独特的遗传背景,是重要的花生资源。本研究对60个河南省花生品种(系)的遗传多样性的分析,可以为花生新品种选育提供重要的理论参考。     

鉴定玉米杂交种郑单958种子纯度的SSR标记筛选

利用SSR标记技术,选用50对SSR引物以玉米杂交种郑单958及其父母本DNA为材料,筛选出了4对在杂交种中呈现双亲互补带型的引物。研究表明：这4对引物均可用于玉米杂交种郑单958种子的纯度鉴定。     

分子标记在花生遗传图谱及QTL定位中的研究进展

分子标记为花生遗传图谱构建及QTL定位的基础。本文介绍了分子标记的种类和特点,从遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因定位等三方面综述了常用分子标记在花生遗传育种中的应用及研究进展,对分子标记技术在花生遗传图谱构建及QTL定位中的应用进行了探讨。     

糙柱花草遗传多样性SSR分析

为鉴定糙柱花草种质的遗传背景和亲缘关系,提高其利用效率,利用来自不同柱花草种中的16个SSR标记对14份糙柱花草种质进行遗传多样性和聚类分析。结果表明：在16个SSR标记中,10个SSR标记在14份糙柱花草种质间具有多态性。10个多态性SSR标记共检测到32个等位基因,每个标记可检测到2～8个等位基因,平均为3.20个;每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.191～0.796和0.173～0.769,平均为0.474和0.411。14份糙柱花草种质间的遗传相似系数为0.438～0.938,平均为0.733。聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.74处,14份供试糙柱花草种质可明显被分为3类,其中III类中的CPI 93116柱花草与其他种质遗传关系较远。     

34份花生种质休眠性筛选与鉴定

利用日晒干燥的34份花生种质进行发芽试验,初步筛选出2份休眠性差别明显的材料即休眠性强的y-1和缺乏休眠性的x-166。次年将这两份材料种植于田间,收获后在遮荫处干燥,进行萌发试验,其休眠性得到进一步确认。     

利用SSR标记分析木薯遗传多样性

应用简单重复序列(SSR)标记对国家木薯种质资源圃195 份国内(外)品种(系)进行遗传多样性分析。结果表明：44对引物共扩增出186个等位基因,每对引物平均扩增出2～8个等位基因,平均Shannon's信息指数I为1.01,平均多态性信息量(PIC)为0.49。195个品种(系)的遗传相似系数(GS)分布在0.57～0.99。聚类分析结果表明,在遗传距离0.71处,可将供试材料分为7个类群。     

花生遗传转化高效基因型的筛选与研究

选用16个花生栽培品种（系）的胚小叶作外植体,经农杆菌介导途径进行遗传转化,研究基因型差异对花生愈伤组织诱导率、不定芽分化率以及基因转化效率的影响。结果表明,不同基因型花生愈伤组织诱导率、不定芽分化率以及基因转化率差异显著。鲁花12号和02P181的愈伤组织诱导率分别为96.23%和95.59%,显著高于其他品种,P03-4和D165的愈伤组织诱导率分别为67.46%和67.33%,显著低于其他品种。05A110的不定芽分化率最高,为71.69%,其次是花选9号,不定芽分化率为46.51%,莒南2号和临花5号的不定芽分化率分别是43.71%和42.69%,与花选9号差异不显著,不定芽分化率较低的品种是E1、P03-4、远育16-8、抗青19号和潍9816,D165未分化出不定芽。临花5号的基因转化率最高,为3.36%,其次是莒南2号其转化率为1.99%,HY-1转化率为1.57%,05A106、潍9816、DS-1和花选9号四品种的转化率在0.13%-0.18%之间,未获得其他9个品种的转基因植株。     

花生微卫星DNA分子标记研究进展

微卫星DNA广泛存在于真核生物基因组中,由于其多态性高,结果稳定,重复性好,操作简单等优点,而成为目前植物DNA标记研究中应用最多和发展最快的标记技术之一。本文就花生中微卫星分子标记的开发,及其在花生遗传多态性、亲缘关系鉴定、花生指纹图谱构建等方面的应用研究进展进行了综述。     

促进花生种子在低温胁迫下发芽的种衣剂的筛选研究

为了研究不同种衣剂对花生种子活力的影响,筛选适合我国南方应用的种衣剂,本文用科农系列种衣剂和闽农系列种衣剂及种衣剂1号、2号对花生种子进行包衣处理同时结合预播种及低温淹水胁迫条件进行比较试验.结果表明花生种子经种衣剂处理后,其发芽率、鲜重、活力指数及根系生长状况均显著高于对照;种子包衣处理后在低温淹水不良环境因素的影响下仍能保持较高的活力.科农种衣剂使用效果好,但对花生有一定的副作用,闽农种农剂对花生没有副作用,效果也较好,应进一步完善并加速开发推广.     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。