异齿裂腹鱼Clock基因cDNA的克隆与组织表达特征

异齿裂腹鱼广布于雅鲁藏布江,产卵期为每年的3—5月,表现出明显的季节性繁殖行为,Clock基因被认为是自然选择塑造日节律以及与动物繁殖等生活史特性有关潜在的目标基因,异齿裂腹鱼Clock蛋白C末端Poly-Q长度的变异可能与其产卵开始的时间关联。以采自雅鲁藏布江的异齿裂腹鱼为对象,采用反转录PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆异齿裂腹鱼Clock基因cDNA全长序列,通过实时荧光定量PCR对其在异齿裂腹鱼雌、雄个体不同组织中的表达特征进行分析。试验结果显示：异齿裂腹鱼Clock基因cDNA全长为4291 bp(Genbank登录号MT774361),5′非编码区为539 bp, 3′非编码区为1046 bp,编码序列为2706 bp,共编码901个氨基酸,所编码的氨基酸在末端具有典型的Poly-Q结构;Clock基因在异齿裂腹鱼雌、雄个体的肝脏、脾脏、心脏、脑、性腺和肌肉中均有表达,且以性腺中的相对表达量最高,肌肉次之,脾脏最低;Clock基因除在心脏组织中的相对表达量雄鱼高于雌鱼,在其他组织的相对表达量均表现为雌鱼高于雄鱼。异齿裂腹鱼雌、雄个体的Clock基因在性腺组织中均高表达,表...     

雅鲁藏布江异齿裂腹鱼种群资源状况及其养护措施

异齿裂腹鱼(Schizothorax oconnori Lloyd)为中国特有种,由于过度捕捞和生物入侵等因素,其种群生存受到极大威胁。2008年8月至2009年8月在西藏雅鲁藏布江拉孜至尼木江段共采集异齿裂腹鱼1126尾,利用单位补充量模型对其种群资源利用现状及其养护措施进行了研究。结果表明,雌性和雄性异齿裂腹鱼年总瞬时死亡率(Z)分别为0.11/a和0.16/a,雌、雄种群自然死亡率(M)范围分别为0.08/a～0.09/a和0.10/a～0.12/a,雌雄鱼的当前捕捞死亡率(F_(cur))范围分别为0.02/a～0.03/a和0.04/a～0.06/a。异齿裂腹鱼雌鱼种群繁殖潜力比范围为61.7%～73.1%,全部高于目标参考点(40%),雄鱼种群繁殖潜力比范围为48.5%～63.3%,全部高于目标参考点(40%)。这表明在现有的资源养护措施下,异齿裂腹鱼种群的利用基本合理,但要防止长期持续利用对种群的不利影响。14种不同养护措施模拟结果表明,将异齿裂腹鱼的起捕年龄设置为不小于17龄或禁渔期至少设置为2—5月,可实现对其资源的有效养护。     

新疆两种裂腹鱼形态学和COI基因的比较分析

运用多变量形态度量学方法结合线粒体COI基因序列,比较分析了新疆和田河两支流（喀拉喀什河、玉龙喀什河）塔里木裂腹鱼（Schizothorax biddulphi）和厚唇裂腹鱼（S.irregularis）的遗传差异。对这两种鱼67尾的31个测量指标进行分析,其中5个性状表现出极显著差异（P〈0.01）,6个性状表现出显著差异（P〈0.05）。在主成分散点图中,这两种裂腹鱼个体间存在交叉现象,没有明显界限,二者外部形态差异较小,难以有效区分。分析了627bp的COI基因序列碱基组成,均表现为G碱基含量最低而C碱基含量最高,A＋T含量大于C＋G含量。26尾塔里木裂腹鱼和厚唇裂腹鱼共检测到6种单倍型和5个核苷酸多态位点,其单倍型多样度分别为0.733和0.556,核苷酸多样度分别为0.00158和0.00089,其中417bp处的C/T转换为二者特有。     

扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

拉萨裂腹鱼产后护理技术

<正>拉萨裂腹鱼(Schizothorax waltoni)俗称拉萨弓鱼、贝氏裂腹魚、尖嘴鱼,隶属于鲤形目(Cypriniformes),鲤科(Cyprinidae)裂腹鱼亚科(Schizothoracinae),裂腹鱼属(Schizothorax),仅分布于西藏地区雅鲁藏布江中上游干、支流及附属水体,为我国的特有种,也是西藏地区主要的经济鱼类之一。自20世纪50年     

异齿裂腹鱼游泳能力初探

为了摸清雅鲁藏布江特有种异齿裂腹鱼(Schizothorax oconnori)的游泳能力,以野生鱼种为实验对象,通过丹麦Loligo System公司的环形试验水槽测试了异齿裂腹鱼的临界游泳速度、突进游泳速度和持续游泳速度。结果显示,异齿裂腹鱼的临界游泳速度随体长的增大而增加,相对临界游泳速度随体长的增大而减小,其临界游泳速度与体长的关系为Y1=-39.369+13.23X-0.371X2+0.004X3(Y1是绝对临界游泳速度,X为体长)。突进游泳速度随体长的增加而近似呈线性递增趋势,而相对突进游泳速度随体长的增大而减小。在三个固定流速(60cm/s、80 cm/s、100 cm/s)下,初步确定60 cm/s为异齿裂腹鱼的持续游泳速度,80 cm/s、100 cm/s为耐久游泳速度。研究成果以期为青藏高原地区鱼类行为学的研究提供基础资料,为鱼道等过鱼设施的设计提供参考资料。     

野生和养殖的异齿裂腹鱼肠道菌群结构分析

用MiSeq高通量测序技术及生物信息学分析等方法,构建体质量约1.0 kg的野生和人工养殖异齿裂腹鱼6个肠道样品肠道菌群的基因测序文库,分析比较野生和人工养殖异齿裂腹鱼肠道菌群生物丰富度及多样性差异。研究结果表明,野生组样品Y1、Y2、Y3和人工养殖组样品C1、 C2、C3测得的运算分类单元数据分别可划分为751、469、313和302、259、263;野生和人工养殖两种养殖模式下异齿裂腹鱼肠道菌群的丰富度和多样性差异不显著(P0.05);野生异齿裂腹鱼以放线菌门、变形菌门为优势菌群;人工养殖异齿裂腹鱼以蓝细菌门、变形菌门为优势菌群。野生组可分类的细菌主要是微球菌属、气单胞菌属;人工养殖组可分类的细菌主要是蓝细菌和红杆菌。本研究可为异齿裂腹鱼的健康养殖及人工养殖环境的微生态调控技术构建提供理论依据。     

异齿裂腹鱼CCK基因的cDNA克隆及其摄食功能

旨在研究异齿裂腹鱼(Schizothorax o’connori)缩胆囊素(cholecystokinin, CCK)基因的摄食功能。本研究克隆得到了异齿裂腹鱼CCK基因的cDNA全长,通过生物信息学分析发现其属于CCK-1亚型。异齿裂腹鱼CCK的cDNA全长为773bp,其中开放阅读框(ORF)为372bp,可以编码123个氨基酸。异齿裂腹鱼CCK由1个信号肽和1个典型的CCK-8肽保守结构域组成,为亲水性蛋白,但没有跨膜结构。运用实时荧光定量PCR(Real-timePCR)检测异齿裂腹鱼CCK基因在组织中的分布情况,以及餐前餐后和禁食复喂对其表达量的影响。结果表明,异齿裂腹鱼CCK在各组织中均有表达,其中在脑中表达量最高,在肠道、心脏、肝、脾、肾、皮肤、鳃、眼和鳔中表达量相对较高,在肌肉中表达量最低。餐后CCK基因的表达量显著升高,禁食使异齿裂腹鱼CCK基因的表达量显著下降,而复喂使CCK基因的表达量显著上升,表明CCK基因既是异齿裂腹鱼的餐后饱感信号因子,又是长期调控摄食因子。本研究为异齿裂腹鱼的人工饲养和品种保护等提供了理论依据。     

DNA条形码在西藏水系裂腹鱼亚科鱼类鉴定中的研究

为确定DNA条形码技术在西藏水系裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)物种鉴定中的可行性,利用西藏水系所采集260尾裂腹鱼亚科样本,测定其线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)基因片段序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与GenBank中相关序列进行比对。260个样本经检测均获得有效COI基因扩增片段,COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量为54.74%,显著高于G+C含量(45.26%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,遗传距离阈值设置为0.02时,260个样本可被鉴定到种的为249尾样本,11尾由于样本量少,数据库中存在多个命名,只鉴定到属,其中与形态学鉴定一致的179尾样本,一致率为68.8%,裂腹鱼亚科裸鲤属(Gymnocypris)不能通过COI基因鉴定到种,拉萨裂腹鱼(Schizothoracinae)、异齿裂腹鱼(S.schizothorax o#x02BC;connori)、巨须裂腹鱼(S.macropogon)3个种之间的遗传距离阈值以0.02不能有效鉴别,而遗传距离阈值以0.01作为这3个种的鉴定标准,可达到有效鉴别的目的。基于邻接法构建系统发育树,裂腹鱼亚科鱼类形成一个支持率较高的单系群,Bootstrap检验支持率为99%,系统进化树聚类方式与以遗传距离值为标准的鉴定结果一致,很好地反映了水系物种间的地理和历史联系。     

异齿裂腹鱼人工规模化繁殖技术研究

2010年4～6月,对野生异齿裂腹鱼(Schizothorax o' connori)人工规模化繁殖技术进行研究,并初步进行产后亲鱼恢复培养技术研究.对108尾雌鱼进行干法人工授精,共采卵104万多粒,孵出仔鱼62万多尾.其中45尾雌亲鱼自然成熟,共采卵46.8万多粒,平均受精率和孵化率低于人工催产雌鱼卵.人工催产83...     

西藏雅鲁藏布江双须叶须鱼的年龄结构与生长特征

根据2008–2009年、2012年以及2013年采自雅鲁藏布江水系的956尾样本对双须叶须鱼(Ptychobarbus dipogon)的年龄结构和生长特征进行研究。雌性渔获物体长范围为146~569 mm,雄性渔获物体长范围为167~506 mm,性别未辨渔获物体长范围为78~297 mm;耳石上的年轮形成于每年的3–6月份;估算的雌性群体年龄范围为3~24龄,雄性群体年龄范围为3~13龄,性别未辨群体年龄范围为2~6龄。体长(Ls)–体重(W)方程分别为:W=2.494×10–5Ls2.877(雌性),W=2.790×10–5Ls2.856(雄性);拟合出来的von Bertalanffy生长方程为:Lt=606.9[1–e–0.114(t+0.163)],Wt=2538.4[1–e–0.114(t+0.163)]2.88(雌鱼);Lt=496.3[1–e–0.162(t–0.018)],Wt=1391.1[1–e–0.162(t–0.018)]2.86(雄鱼)。估算的雌鱼和雄鱼的拐点年龄分别为9.1龄和6.5龄,对应的体长和体重分别为396.0 mm、743.6 g和322.5 mm、406.3 g。研究表明,双须叶须鱼种群结构趋向低龄化,可能受全球气候变化、生物入侵和过度捕捞等因素的影响。针对这些影响因素,本研究提出了相应的渔业管理措施。     

中国绥芬河三块鱼不同群体的种属划分及起源

为进一步明确中国绥芬河三块鱼属(Tribolodon)鱼类的分类地位及其起源,本研究依据表型和洄游产卵时间,将珠星三块鱼(Tribolodon hakonensis)、三块鱼(T.brandtii)及二者疑似杂交种与日本珠星三块鱼共53尾样本的COI基因序列进行了分析和比较。COI有效序列长度为637 bp,共检测到8种单倍型,其中三块鱼独享4种、珠星三块鱼独享3种、日本珠星三块鱼独享1种;疑似杂交种虽与三块鱼共享2种单倍型,却有80%的个体的单倍型与珠星三块鱼主效单倍型一致。系统进化分析显示,珠星三块鱼与珠星三块鱼南方型(sourthern forms of T.hakonensis)聚为一支,日本珠星三块鱼与珠星三块鱼北方型(northern forms of T.hakonensis)聚为一支,三块鱼(T.brandtii)单独聚为一支,由此可以确定日本海大彼得湾经俄罗斯滨海区溯河到中国河区产卵的三块鱼实为珠星三块鱼南方型和三块鱼。遗传距离结果显示,珠星三块鱼南方型和北方型的遗传距离为0.023,符合COI类群间的划分依据(0.02),支持将它们划分为两个有效种或亚种更妥当。依据COI分析结果,推测珠星三块鱼南方型和三块鱼存在杂交的可能性,提出了三块鱼野生种质资源保护和合理利用的相关建议。     

嘉陵江下游蛇鮈肠道形态结构及其异速生长模式

对2015—2016年间采自嘉陵江下游合川江段的233尾蛇鮈样本进行肠道形态结构的研究,分析蛇鮈肠道生长模式的特点,并从功能差异的角度探讨其对个体能量需求的适应。结果显示,蛇鮈肠道为Z型盘曲模式,比肠长(RGL)为0.612 8,属肉食性鱼类肠道类型;蛇鮈肠道可分为前肠、中肠和后肠3个分区,各分区在外部形态、内部结构以及肠道指数方面均存在较为明显的差异。Segmented结果分析表明,蛇鮈肠道属异速生长,整体肠道于2龄时出现生长拐点(TL=145.07 mm),拐点前为快速生长,拐点后为等速生长。同时,肠道各分区的生长模式不尽相同,前肠和中肠始终保持等速生长,仅后肠从快速生长经拐点转换为等速生长。蛇鮈肠道各分区生长模式的差异可能与其功能分化有关,在拐点前,蛇鮈通过后肠的快速增长来提高摄食频率,从而满足其大量的能量需求。本研究不仅能为今后开展蛇鮈的人工养殖提供重要理论依据,同时为探讨鱼类肠道异速生长与食性间关系进行了有益的尝试。     

吉富尼罗罗非鱼Ikaros基因5'调控区的克隆、序列分析及抗无乳链球菌相关SNP位点筛选

为获得尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)抗链球菌病相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,本研究通过染色体步移法克隆了尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区序列,长度为4178 bp,并使用生物信息学软件对Ikaros基因的启动子和转录调控元件进行预测和分析。利用PCR产物直接测序法从亲本(P0)尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区中筛查到5个SNPs,分别为SNP1(g.562,GA)、SNP2(g.217,GT)、SNP3(g.–53,CT)、SNP4(g.–220,TC)和SNP5(g.–579,TC)。利用Snapshot技术对子一代(F1)尼罗罗非鱼易感群体和抗病群体进行相应SNPs的基因分型,分析两个群体遗传多样性参数,结果显示多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值在0.0872~0.3747之间,表明Ikaros基因5′调控区中所有SNPs的多态性均较低。Ikaros基因5′调控区SNPs与抗链球菌病性状关联分析结果表明,SNP2、SNP3、SNP4和SNP5的基因型频率和等位基因频率在易感群体和抗病群体中存在显著差异(P0.05)。连锁不平衡分析结果显示Ikaros基因5′调控区SNPs可形成1个单倍块和5种单倍型,其中GGCTT单倍型与抗病性显著相关(P0.05),GGTCT和GTCCC单倍型与易感性显著相关(P0.05)。此外,还发现SNP2和SNP5处于完全连锁状态(r~2=1,LOD=57.25,D′=1),可作为罗非鱼抗链球菌病遗传育种的标签SNP。综上所述,在Ikaros基因5?调控区筛选到4个抗链球菌病相关SNPs和1个单倍型(GGCTT),均可作为尼罗罗非鱼分子育种的候选分子标记。     

淇河鲫甘露糖受体基因克隆及嗜水气单胞菌感染对其基因表达的影响

为了解淇河鲫甘露糖受体(mannose receptor,MR)的结构特点及其在抗感染免疫反应中的作用,实验通过同源克隆和RACE技术,获得了淇河鲫甘露糖受体(CaMR)全长c DNA,并采用实时荧光定量PCR(qPCR)技术研究了嗜水气单胞菌感染对CaMR组织表达的影响。结果显示,CaMR c DNA全长4473 bp,5′非编码区81 bp,3′非编码区90 bp,编码一个由1433 aa组成的前体蛋白,其中前20 aa为信号肽。CaMR的氨基酸序列和分子结构与其他物种高度相似:胞外一个富含半胱氨酸的结构域(CRD)、一个纤连蛋白II型结构域(FNIID)及8个串连的C型凝集素样结构域(CTLDs),一个跨膜区和一个很短的胞内区。氨基酸同源性和进化分析显示,CaMR与草鱼、团头鲂、斑马鱼等鲤科鱼类的进化关系较近,与草鱼MR的同源性最高(82.4%)。通过qPCR检测到头肾、脾、心脏、肌肉等10种组织中均有表达,其中头肾表达量最高;嗜水气单胞菌感染后,头肾、脾和心脏MR基因的相对表达量均呈先升后降的趋势,而肠道则呈下降趋势,肌肉的表达量变化不显著。本研究为进一步揭示CaMR在免疫反应中的作用机制及其在淇河鲫疾病防治中的应用奠定了基础。     

黄河鲤酪氨酸酶基因的克隆、表达模式及定位分析

为探究Tyrosinase(Tyr)基因在黄河鲤体色形成中的作用,利用生物显微镜对黄河鲤黑色鳞片、银色鳞片、鳍条色素细胞的组成进行观察,并利用RACE克隆黄河鲤Tyr基因全长cDNA序列,荧光定量PCR分析其在不同组织中的表达情况,Western blot印迹和免疫组织化学方法检测其蛋白的表达定位。结果显示,黄河鲤具有黑色素细胞、黄色素细胞和虹彩细胞3种色素细胞,3种色素细胞的数量、种类和分布在不同组织中存在较大差异。黄河鲤Tyr基因cDNA全长1717 bp(GenBank ID:No.KY305667),其中ORF长1605 bp,编码535个氨基酸,5′-UTR区41 bp,3′-UTR区71 bp。蛋白同源分析发现,黄河鲤Tyr与鲤科鱼类相似性最高,与哺乳类及鸟类等脊椎动物相似性最低。系统进化分析显示,黄河鲤Tyr与鲤、瓯江彩鲤、锦鲤和斑马鱼等鲤科鱼类的亲缘关系最近。实时定量PCR分析表明,Tyr基因在黄河鲤不同组织中均有表达,肌肉中的表达量最高,其次是黑色皮肤,另外在黄色皮肤、臀鳍和尾鳍等黑色素细胞存在的组织中也有较高表达。Western blot印迹结果显示,Tyr基因在黑色皮肤中表达最高,其次是臀鳍和尾鳍,银色皮肤中没有表达。免疫组织化学结果显示,Tyr基因在黑色皮肤的黑色素细胞和黏液细胞中有表达。研究表明,Tyr基因表达水平与黑色素细胞数量和分布具有一定相关性,参与黄河鲤体色的形成。     

草鱼天然抗性相关巨噬蛋白基因的表达特征与蛋白表达

为探讨Nramp基因在草鱼(Ctenopharyngodon idellus)免疫应答中的作用,采用实时荧光定量PCR技术,对比研究了Nramp基因在草鱼不同发育阶段、不同组织及嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)攻毒感染后4个组织不同时间的差异表达,并利用原核表达技术对草鱼Nramp基因ORF区642 bp的目的片段进行蛋白表达,获得40 k D的融合蛋白。实时荧光定量PCR分析结果表明,Nramp在草鱼胚胎发育过程中的表达量随着发育时间的增加而逐渐增强,在幼鱼期的表达量达到最大。成年健康草鱼不同组织中的表达量差异显著(P0.05),在肝中的表达量最高,其次是在脾、头肾、肠中的表达量较高,而在眼和鳔中的表达量最低。草鱼感染嗜水气单胞菌后,在头肾、肝、脾、肠中Nramp的表达量都显著上升(P0.05),在头肾中感染12 h后显著上升,48 h达到最大,在72 h和96 h时又显著下调,在7 d时表达量继续下调而逐渐回归到初始水平;在肝中Nramp基因的表达量在4 h时出现下调,在12 h又显著上调,随后在24 h出现下调,在48 h又上调,72 h达到最大并保持较高水平到7 d;在肠中m RNA表达量在12 h显著上调,48 h达到最大,在72 h和96 h显著下调,在7 d时表达量基本回归到初始水平;在脾中m RNA表达量在4 h开始上升,12 h达到最大,在24 h和48 h表达水平显著下调,在7 d时表达量回归到初始水平。草鱼感染致病菌可引起免疫相关组织中Nramp的表达量上升,说明Nramp在硬骨鱼类的天然免疫反应过程中发挥着重要作用。