流行性腹泻病毒5株猪安徽流行株S基因的克隆与序列分析

为了解安徽省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异,试验对5株PEDV安徽流行毒株S基因进行RT-PCR扩增、序列测定和分析。结果显示,5株PEDV安徽流行毒株S基因的全长均为4 161 bp,编码1 386个氨基酸,核苷酸同源性为98.7%~99.8%,它们与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.6%~99.8%之间;进化树分析显示,5株流行毒株与CV777、attenuated DR13、LZC和CHS亲缘关系较远,与2011年后国内外PEDV分离株亲缘关系较近。研究结果可为PEDV的防控和疫苗研制提供参考和依据。     

猪流行性腹泻病毒ORF3基因云南株的克隆及序列分析

为了解云南省与贵州省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)ORF3基因变异情况,试验采用PCR技术、分子克隆及序列分析方法对云南省昆明市某规模化养猪场发生腹泻的6头病猪的粪便病料样本进行了研究。结果表明:1株PEDV ORF3基因均含有964个碱基,编码320个氨基酸;ORF3基因均无碱基缺失或插入,存在部分碱基变异;与GenBank中登录的部分PEDV核苷酸序列的同源性为95.1%~99.9%,推导氨基酸序列的同源性为94.2%~98.7%;与经典毒株CV777及贵州毒株GZZY、GZMR、GZZAI1亲缘关系较近,与贵州(GZTW3、GZRRH)毒株亲缘关系较远。说明云南省与贵州省主要流行的毒株同源性较高且存在一定相关性。     

浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析

本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。     

猪流行性腹泻病毒ORF3和M基因的克隆与序列分析

为了解福建省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3和M基因变异情况,本研究从4个不同规模猪场发生仔猪“顽固性腹泻”疾病的病料中扩增到4株PEDV的ORF3和M基因,并进行了序列分析.结果表明:4株PEDV ORF3基因均含有675个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的代表性PEDV核苷酸的同源性为89.7％～100.0％,氨基酸的同源性为94.7％～99.6％,其中FJPT毒株核苷酸的同源性与CV777 truncated毒株最低,仅为89.7％,FJNP毒株核苷酸的同源性与中国北方流行的CH ZKFG 11毒株最高,达100.0％.M基因含有681个碱基,编码226个氨基酸,与GenBank中登录的代表性PEDV核苷酸的同源性为94.8％～100.0％,氨基酸的同源性为94.8％～99.6％,其中FJPT毒株核苷酸的同源性与日本D89752毒株最低,仅为94.8％,FJNP毒株核苷酸的同源性与韩国CPF193、泰国毒株最高,达100.0％.4株PEDV毒株均与国内外流行强毒株的亲缘关系较近,与attenuate DR13弱毒株的亲缘关系较远.     

浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析

本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。     

广西猪流行性腹泻病毒感染病例的确诊与病毒S基因变异分析

旨在对广西玉林市某规模化猪场免疫猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)AJ1102疫苗株和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)二联弱毒活疫苗后,猪群发生的腹泻进行确诊。通过对发病猪群临床观察、腹泻死亡仔猪病理解剖、实验室RT-PCR检测和基因测序,最终诊断为PEDV变异株感染。对PEDV变异毒株的S基因进行了扩增测序与分析发现,该毒株与国内外参考毒株S基因核苷酸同源性为92.8%～99.5%,氨基酸同源性为91.8%～99.2%;遗传进化分析表明,该PEDV毒株属于G2-a型变异毒株;氨基酸序列比较结果显示,该PEDV变异株氨基酸在多个位点发生了变异,S蛋白在第807位与第827位疏水性氨基酸处出现了较大的变化,在抗原位点第800～813位氨基酸处发生了较为明显的变化。本研究通过该例猪流行性腹泻病毒变异株感染的临床诊断和S基因变异分析,为PEDV病原学研究以及科学防控该病提供参考依据。     

河南部分地区猪流行性腹泻病毒流行病学调查

试验对临床上可引起腹泻的部分病原进行了检测,并对河南部分地区的猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus, PEDV)进行了分子流行性病学调查。对从河南地区5个规模化猪场获得的10份腹泻病料进行了反转录PCR,并对检出的8份PEDV的S基因部分序列进行测序、同源性和遗传进化分析。结果显示,临床的腹泻病例部分为混合感染,作为主要病原的PEDV、猪A群轮状病毒(PoRV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的检出率有所不同。将8株PEDV的S基因与参考毒株CV777进行比较,S基因存在不同位点和不同程度的氨基酸突变。S基因的同源性比较和遗传进化分析表明:河南地区的8株PEDV毒株属于不同的分支,且181737-1、181737-2和180278-1为流行株,180276-3、180276-6、180435-1和181753-1更接近于经典株,181212-1更接近于疫苗株。结果表明,河南地区现阶段流行的PEDV毒株复杂多样,优势毒株可能发生了变化。     

猪圆环病毒3型的检测及其全基因进化分析

本研究对2016年3月~2017年3月采集于上海市猪场的20份病料进行了病原体检测,并对检测到的圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)进行了全基因分析。检测结果显示:猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRSV)阳性病料1份,而猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)、猪伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)、猪乙脑病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)均为阴性;PCV3阳性病料2份,其中1份为PCV3和PRRSV混合感染。对这2株PCV3进行全基因测序和Blast分析,并绘制PCV3全基因、囊膜蛋白基因的遗传进化树,结果显示:与这2株病毒基因同源性最高的毒株为CN/Hubei-618/2016,同源性为99%;在全基因进化树中,这2株毒株和中国来源的PCV3毒株以及美国毒株PCV3/USA/MO2015(Gen Bank登录号:KX778720.1)在同一群中;在囊膜蛋白基因的进化树中,这2株PCV3属于PCV3a。     

7株猪流行性腹泻病毒M基因的克隆与分析

采用RT-PCR方法对2012-2014年收集的7份四川规模化猪场送检猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的阳性临床样品中病毒M基因进行扩增,纯化回收目的片段后连接到pMD19-T载体,经序列测定与GenBank收录的30条PEDV参考毒株的序列进行核苷酸和氨基酸同源性分析、构建系统进化树。结果显示,7株PEDV四川株间核苷酸以及氨基酸同源性分别高达98.4%~99.9%和97.4%~99.1%,与参考株之间的核苷酸以及氨基酸同源性分别是95.7%~99.9%和95.2%~99.6%,PEDV四川株与国内外近3年的PEDV毒株均在系统进化树上的同一分支,亲缘关系较近,而经典毒株CV777与国内早期PEDV株处于另外一个分支。表明目前流行的PEDV M基因与往年相比出现一定的变异,但是仍相对稳定。     

江苏及周边地区猪流行性腹泻病毒的检测及其ORF3基因序列分析

根据江苏省及周边地区猪场2014年出现的临床腹泻病例,对发病猪送检病料进行了猪流行性腹泻病病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、轮状病毒(RV)这3种重要病毒进行检测,同时分析PEDV的ORF3基因序列。结果显示:建立的三重RT-PCR检测方法,检测下限可达104拷贝/μL的混合质粒,特异性好,没有扩增出其他病毒。PEDV感染率高达36.3%,TGEV与RV的感染率均不足1%,此外还存在1例PEDV与TGEV混合感染的情况。对部分PEDV阳性病料的ORF3基因进行序列分析,发现核苷酸(氨基酸)的同源性为95.9%!100%(96.9%!100%),且与疫苗毒株遗传关系较远。该结果明确了江苏及周边地区的仔猪病毒性腹泻病原,为该病的防控提供参考依据。     

猪流行性腹泻病毒贵州流行株N基因的克隆、测序与生物信息学分析

为了了解贵州省猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea, PED)的流行情况,试验对猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)贵州流行株(GZ2022)N基因序列进行克隆、测序,并利用DNAStar、ProtParam、ProtScale等生物信息学分析软件对PEDV-GZ2022株N基因的同源性和遗传进化地位,以及N蛋白的分子特征和潜在功能进行分析预测。结果表明：PEDV-GZ2022株N基因大小约为1 364 bp,编码441个氨基酸;PEDV-GZ2022株N基因核苷酸序列与GenBank中的PEDV参考毒株N基因的相似性为95.5%～99.8%,与PEDV经典毒株CV777 N基因核苷酸序列的相似性为95.6%,与SDLY2020毒株N基因核苷酸序列的相似性高达99.8%,PEDV-GZ2022毒株与经典毒株CV777关系相隔较远,与PEDV变异株GⅡ-b位于同一分支;PEDV-GZ2022株N蛋白中含有较多的疏水性氨基酸,为疏水性蛋白;该蛋白质存在4个N糖基化位点和37个O糖基化位点,有31个丝氨酸、...     

2020-2021年河南省猪流行性腹泻病毒流行株遗传进化及S蛋白变异分析

2020-2021年在河南省18个地区共收集499份发生腹泻的仔猪临床样品,采用RT-PCR进行猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)筛查。结果显示,共检测出162份阳性样品,阳性率为35.2%。对其中21株PEDV流行毒株S基因进行了测序、同源性比对和遗传进化分析,结果显示21株PEDV流行毒株之间核苷酸同源性为96.9%～100%,氨基酸同源性为95.2%～100%。与52株2011-2019年国内流行毒株之间的核苷酸同源性为95.1%～99.5%,氨基酸同源性为91%～99.8%。遗传进化结果显示,21株PEDV毒株均属于GⅡb群。氨基酸序列比对显示,流行毒株S蛋白存在7处新的且规律的氨基酸突变。本试验对现阶段我国所流行的PEDV S基因进行测序分析,为了解PEDV流行毒株遗传变异趋势和研发新的有效疫苗提供参考。     

广东省猪流行性腹泻病毒ORF3和M基因的克隆与序列分析

为了研究广东省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株ORF3和M基因的变异情况,试验于2012—2013年从广东省不同地区猪场采集56份腹泻病仔猪的小肠,通过PCR扩增得到8株PEDV的ORF3和M基因,并进行序列比对及遗传分析。结果表明:8株PEDV的ORF3基因与参考毒株核苷酸的同源性为94.7%~99.9%,其中GD-DG毒株与LZC毒株比较核苷酸的同源性最低(94.7%),GD-HY毒株与中国TX2011毒株比较核苷酸的同源性最高(99.9%);8株PEDV的M基因与参考毒株核苷酸的同源性为95.7%~99.9%,其中GD-MM毒株与泰国M_NIAH380_98毒株比较核苷酸的同源性最低(95.7%),GD-HZ毒株与韩国CPF299、PFF188、PFF285毒株及泰国KU01CB08毒株比较核苷酸的同源性最高(99.9%)。说明近年来广东省流行的PEDV毒株以变异株为主,与经典株CV777的亲缘关系较远。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒分子生物学研究进展

猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRSV)引起的烈性传染病,主要表现为母猪流产,仔猪出现呼吸道疾病,该病首先由欧洲和美国学者报道,现呈世界性分布。根据PRRSV不同毒株之间核苷酸同源性的差异,PRRSV可以分为欧洲型和美洲型两种,两种类型的PRRSV代表毒株为LV株和VR-2332株,两者之间的核苷酸同源性仅为60%。文章对近年来PRRSV的分子生物学研究进展进行了综述,从PRRSV的基因组结构、组成和每个结构基因的组成与功能阐述了病毒复制的过程及整个生命周期,分析了病毒结构蛋白与非结构蛋白的功能,探讨了病毒的致病机理。     

2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒S1、M和ORF3基因遗传进化分析

为了解2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况，试验从多个地区的51家猪场采集340份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子，提取病毒核酸后采用RT-PCR方法扩增S1、M和ORF3基因并测序，与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析，利用生物信息学软件构建遗传进化树，分析核苷酸序列同源性及氨基酸序列。结果表明：共获得57份PEDV阳性样品，来源于14家猪场，猪场阳性率为27.5%,并对从阳性猪场获得的14株毒株进行命名。与经典毒株CV777相比，14株PEDV毒株的S1、M和ORF3基因均出现不同程度的氨基酸突变。在14株毒株的S1基因中，Heyuan2021-7毒株位于G1-2分支，其余13株位于G2分支，14株毒株与参考毒株GD-A核苷酸序列的相似性较高，为89.3%～99.9%,存在多处氨基酸的缺失和插入。在M基因中，14株毒株位于G2分支且与参考毒株FR-001核苷酸序列的相似性为98.1%～99.7%,只存在氨基酸突变。在ORF3基因中，FC2021-1、GD...     

2株猪繁殖与呼吸综合征病毒欧洲型分离株ORF4～7基因的克隆与序列分析

欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)FJ0602和FJ0603株的ORF4～7基因进行了分段克隆、序列测定及同源性比较。结果显示,FJ0602和FJ0603株与LV核苷酸同源性为95.2%和95.3%,与VR2332核苷酸同源性为67.1%和66.9%,证实FJ0602和FJ0603株均为欧洲型PRRSV;与欧洲型弱毒疫苗株Amervac PRRSV有高度同源性,达到98.6%以上,提示分离毒PRRSV FJ0602和FJ0603株可能由疫苗株演化而来。FJ0602和FJ0603之间的核苷酸同源性为99.6%,表明这2毒株亲缘关系很近,很可能来源于同一毒株。     

猪流行性腹泻病毒山西分离株M基因序列分析

为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒M基因的遗传变异情况,从2014年10月~2015年4月山西地区11个地市收集的猪流行性腹泻病毒(PEDV)病料中扩增到4株PEDV的M基因,并进行序列比对及遗传分析。结果表明,4株PEDV的M基因与CV777毒株比较,部分核苷酸及氨基酸发生改变。4株PEDV的M基因核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%~100%和99.1%~99.6%,与参考毒株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为96.3%~99.9%和96.0%~99.1%。遗传进化分析显示,4株PEDV与2010-2013年中国分离株(BJ2010、HB/BD、HB/FN、HLJ-2012、GDHZ-1202、SHQP/YM/2013)、2008年泰国KU04RB08株亲缘关系较近;与2株泰国株(M_NIAH2013_95和M_NIAH1795_04)、2株欧洲株(CV777和Br1/87)和2006年中国分离株LZC亲缘关系较远。     

猪流行性腹泻病毒分子特征、基因分型及流行现状

猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)是引起仔猪严重肠道疾病的病原之一,新生仔猪感染后常引起致死性水样腹泻、呕吐、出血性肠炎,死亡率高达100%,给全球养猪业带来了巨大的经济损失。2010年,高致病性PEDV变异毒株的出现与流行造成猪流行性腹泻(PED)在全球的再次暴发,以经典毒株为抗原的流行性腹泻疫苗无法有效控制高致病性变异毒株的流行。文章综述了PEDV基因组结构与蛋白功能、基因分型与流行现状,以期为PEDV新型疫苗的研究提供参考。     

四重荧光qRT-PCR检测猪腹泻相关病毒方法的建立

为建立同时检测猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪delta冠状病毒(Porcinedeltacoronavirus,PDCoV)和猪捷申病毒(Porcine teschovirus,PTV)的四重荧光qRT-PCR检测方法,本研究以PEDV的N基因、TGEV的S基因、PDCoV的M基因和PTV基因组5'非编码基因为检测对象,建立同时检测4种病毒的荧光RT-PCR方法。结果显示,该方法可以特异扩增4种病毒的基因,不能扩增猪呼吸道冠状病毒、伪狂犬病毒、猪瘟病毒、口蹄疫病毒、猪细小病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型的基因;PEDV、TGEV、PDCoV和PTV的最低核酸检出量分别为141、68、8和11拷贝数;对100份送检样品进行检测,其中PEDV、TGEV、PDCoV和PTV感染检出率分别为10%、6%、2%和55%。结果表明本研究建立的检测方法具有良好的特异性和敏感性,而且操作快速简便,可用于猪腹泻疫病的临床诊断和流行病学调查。     

猪流行性腹泻病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

为了对疑似猪流行性腹泻病毒(PEDV)感染病例进行确诊,并掌握致病原与其他流行毒株的基因差异性,试验采用病毒分离与细胞病变观察、PCR检测、中和试验、间接免疫荧光试验、S1基因序列分析等方法对该病例进行了研究。结果表明:临床病料接种Vero细胞盲传至18代后可产生典型的细胞病变,临床病料样品及各代次分离株病毒的PCR检测均为阳性,该毒株的TCID_(50)为1×10~(-6.61)/mL,该病毒可被PEDV阳性血清特异性中和,间接免疫荧光试验中可见明显的特异性绿色荧光,该病毒的S1基因核苷酸序列与GenBank中PEDV S1基因序列同源性在65.2%~100%之间,遗传进化关系中该病毒与近几年新分离株属于同一个大分支,与CV777等经典毒株亲缘关系较远。说明分离株病毒为国内近几年流行的新型PEDV。