基于SSR分子标记的杜仲遗传多样性体系建立

In order to set up the genetic diversity system of Eucommia ulmoides Oliver based on SSR molecular markers, the establishment of SSR-PCR reaction system and screening out SSR marker primer showing high polymorphism were studied. A L₉(3⁴) orthogonal design was performed to optimize the main factors of the SSR-PCR reaction system. The results indicated that the best SSR-PCR reaction system for E.ulmoides was DNA template 1 μL (30~60 ng·μL^-1), 2×Taq PCR Master Mix 10 μL, primer 1 μL with the total volume of 25 μL. The PCR reaction system had high stability and repeatability, the pairs of SSR primers with high polymorphism were gotten. The 8 E.ulmoides samples' DNA sequence was amplified with 13 pairs of SSR primers by SSR-PCR technique, 34 alleles were detected, 2.6 alleles were detected from per site on average. Each allele's effective number was 1.751 5, and the h value was 0.379 8, the average I value was 0.643 3. This study is helpful in using SSR molecular marker to analyze genetic diversity and genetic relationship in E. ulmoides.     

基于SSR标记的西藏光核桃群体遗传多样性和遗传结构分析

【目的】利用SSR标记深入研究西藏光核桃的遗传多样性及遗传结构,揭示其遗传结构与地理分布、海拔梯度等的相关性,为西藏光核桃资源的有效利用与科学保护提供理论依据。【方法】利用25对SSR引物,分析西藏地区21个光核桃天然群体420份个体的遗传多样性和遗传结构。应用Gen Al Ex 6.501、Arlequin v3.1、NTSYS pc version 2.10、STRUCTURE、STRUCTURE Harvester、CLUMP和Distruct等软件进行遗传参数估算、主坐标分析、遗传变异分析、聚类图构建及遗传结构分析。【结果】基于25个SSR分子标记的遗传多样性分析表明,西藏光核桃群体遗传多样性和近亲繁殖水平适中,其平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、Shannon’s信息指数(I)和近交系数(F)分别为3.8、2.5、0.52、0.44、0.95和0.17,其中,P17群体遗传多样性最高(Ne=4.7,He=0.63,Ho=0.56,I=1.57),而P18群体遗传多样性最低(Ne=1.7,He=0.30,Ho=0.22,I=0.49)。西藏光核桃的贝叶斯遗传结构分析(STRUCTURE)与遗传距离的主坐标分析(PCo A)、UPGMA聚类分析结果基本一致,均将供试420份光核桃个体划分为3个类群,其分组结果具有明显的地理区域特性。Mantel检测显示遗传距离与地理距离(r=0.50,P0.01)、海拔梯度(r=0.61,P0.01)呈显著正相关。分子方差分析(AMOVA)显示,16.3%的遗传变异来自群体间,群体间的遗传分化水平为中等,而大部分遗传变异(83.7%)来自群体内。【结论】西藏光核桃遗传多样性适中,群体间存在地理隔离效应和海拔梯度的遗传变异,其遗传分化程度较高,这可能源于西藏光核桃生境片段化、海拔梯度的影响以及山脉阻隔引起的地理隔离效应。西藏光核桃受人为干扰较严重,且个体间的近亲繁殖较频繁,若不及时采取保护措施,其遗传多样性将会逐渐降低。基于遗传结构分析,确定西藏光核桃3个保护单元,并建议限制人为活动对其破坏,实施就地保护的同时,促进不同居群间的基因交流,保护西藏光核桃的遗传多样性。     

白蜡SSR标记遗传多样性分析

利用SSR分子标记对北京市区内74株选定白蜡进行遗传多样性分析。结果表明,17对引物共检测到145个等位基因,其中133个等位基因具有多态性,多态性为91%,每对引物的等位基因数变幅为5~11个,平均为8.5个。每个SSR位点的多态性信息量变化范围0.365到0.853之间,平均为0.590。对74株白蜡进行聚类分析,在相似系数为0.73处将74株白蜡划分为5组。研究结果可为白蜡遗传改良、种质资源保护研究及遗传多样性研究提供依据。     

基于SSR分子标记的枸杞遗传多样性研究

【目的】使用黑果枸杞的转录组数据开发适合枸杞的EST-SSR引物,用于分析评价枸杞品种和种质的遗传多样性,为黑果枸杞种质资源评价和新品种培育提供理论依据。【方法】基于NCBI公共数据库已经发表的黑果枸杞果实转录组数据,分析得到枸杞的EST-SSR分子标记,合成了符合设计标准的182对EST-SSR引物,经过扩增和多态性筛选后,将多态性好的引物用于30份枸杞材料的遗传多样性分析。【结果】在182对引物中,有176对引物可以扩增出条带,共筛选出20对多态性好、有特异性的引物,其多数引物扩增条带数为2～8条。使用20对引物在30份枸杞材料中共扩增得到121条条带,平均每对引物扩增出6.05条,有效等位基因数(N_e)的均值为1.473 1个,Nei’s多样性指数(H)的均值为0.291 7,Shannon信息指数(I)的均值为0.451 7,多态性信息含量(PIC)均值为0.667,30份材料的遗传相似系数为0.459 2～0.991 8,表明品种间具有较丰富的遗传差异。聚类分析结果表明,30份枸杞材料被分为6个组,黑果枸杞与红果枸杞明显归于不同类型,不同种源地的黑果枸杞...     

毛红椿群体遗传结构的SSR分析

利用SSR分子标记对分布在我国的7个毛红椿群体进行了遗传结构研究.结果表明:毛红椿群体具有较低水平的遗传变异;毛红椿群体的等位基因的平均数为6.1,有效等位基因数平均为2.7,平均期望杂合度为0.600 6;毛红椿群体遗传分化系数(FST)平均值为0.185 4,在FST值的基础上估算毛红椿群体间的基因流(Nm)为1.098 3.采用平均距离方法(UPGMA)对7个群体进行了聚类,对各群体遗传距离与地理距离的相关分析表明:群体间遗传距离与地理距离显著相关.分析了毛红椿濒危的原因,并提出了保护策略.     

基于AFLP分析的山核桃群体结构及遗传多样性

利用显性AFLP标记,从连锁不平衡的角度对山核桃天然群体的遗传多样性开展了研究,结果表明:11对引物共产生了32个多态性标记;所有可能的4 692个三位点组合中检测到779个组合(或15.7%)明显地存在连锁不平衡;总的杂合度为0.36。说明山核桃基因的多态性水平低,遗传多样性为低至中等水平。     

杜仲基因组微卫星特征及SSR标记开发

为全面解读杜仲的遗传背景,本研究在基因组测序(数据未公布)的基础上,通过MISA软件搜索杜仲基因组(26 947/854 758 160 bp)中的完整型(1～7核苷酸重复)及复合型SSR序列,共查找出25 694个Scaffolds含有488592个SSR位点,占总Scaffolds的95.3％.从SSR位点分布密度上讲,平均每1 749 bp出现1个微卫星,其中单核苷酸重复单元的SSR含量最多,约占总数的54.34％,其次为二核苷酸(20.47％),而复合模式、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸和七核苷酸重复分别占20.29％、23.89％、0.77％、0.13％、0.10％和0.01％,并发现SSR中均以含A、T的重复类型占主导地位.根据SSR位点设计并合成引物290对,162对SSR引物扩增出清晰的目的条带,其中16对引物多态性高、稳定性好,在8份杜仲资源中共检测到84个等位基因,平均每个SSR位点检测到5.25个等位基因.本研究对于进一步利用SSR分子标记分析杜仲遗传多样性、遗传图谱构建、杜仲雌雄株早期鉴定等具有较高的应用价值.     

基于SSR标记的黑龙江省茖葱天然种群遗传多样性分析

研究采用简单重复序列(SSR)分子标记方法,对黑龙江省24种茖葱进行遗传多样性分析,计算不同茖葱种质遗传多样性相关性数值,并通过一系列软件对上述相似性数值进行聚类分析。结果表明：黑龙江省不同茖葱种质间遗传距离较远,存在较丰富的遗传多样性。通过UPGMA软件可以将黑龙江省24份茖葱种质聚类分为两大类群Ⅰ和Ⅱ,第Ⅰ类群和第Ⅱ类群又各分为2个亚类群,聚类结果反映的不同种质间亲缘关系与其种植地点有一定关联。SSR聚类分析结果显示：亲缘关系近的品种有伊春五营翠北林场和伊春新春林业局北沟林场,另外,鹤北金矿林场、同江前进农场和伊春红星林业局汤北林场品种间亲缘关系较近。SSR分子标记技术揭示黑龙江省主要野生茖葱种源群体的遗传多样性,为黑龙江省茖葱种质资源的保护与高效利用提供理论基础。     

木荷优树无性系种质SSR标记的遗传多样性分析

【目的】利用SSR标记深入研究木荷优树无性系种质的遗传多样性,揭示其遗传多样性地理分布特点及种质间遗传关系,为木荷种质资源的保护和育种亲本的选择提供理论依据。【方法】利用10对SSR引物,分析我国5个省份24个地区的734份木荷优树无性系种质的遗传多样性和遗传结构。利用CERVUS、Gen AIEx 6.5、NTSYS、Arlequin和STRUCTURE 2.3软件进行无效等位基因检测、遗传参数估算、主坐标分析、聚类图构建、遗传变异分析及遗传结构分析。【结果】10对引物共检测到105个等位基因(Na),平均每个引物为10.5个,ss16引物检测到的等位基因数最多,为16个。Shannon’s信息指数(I)变化范围为1.121~1.908,平均值为1.473;多态信息指数(PIC)范围为0.557~0.807,平均值为0.668;平均期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)分别为0.713和0.735。木荷优树无性系种质的主坐标(PCo A)和遗传结构分析基本可以保持一致,供试734份木荷优树无性系种质可被分为3个PCo A类群,而在遗传结构上可划分为5个群组。24个种质群体间遗传距离范围为0.030~0.804,平均为0.230,表明群体间的亲缘关系较近,但仍有部分种质群体间存在较远的亲缘关系,如HNSZ和GDSX,JXFY和FJSX等;不同种质群体Shannon’s信息指数(I)变化范围为0.980~1.431,遗传多样性与地理分布不完全相关。STRUCTURE分析表明,71.1%的木荷优树无性系种质遗传组分相对比较单一,28.9%的种质遗传背景比较复杂。分子方差分析(AMOVA)表明,供试的木荷优树无性系种质有5.91%的遗传变异存在于群体间,而94.09%的遗传变异来自于群体内。【结论】木荷优树无性系种质存在丰富的遗传多样性,各群体间遗传多样性水平相差较大。在木荷杂交育种亲本选配时不仅要考虑地理远缘,还应考虑亲本群体(个体)间的亲缘关系。     

基于SSR标记月季品种鉴定及遗传关系分析

以36个月季品种为材料,应用荧光SSR标记进行月季品种分子鉴定和品种间遗传关系研究。结果显示8个SSR位点检测出85个等位基因变异,等位基因变异范围为6～15个,平均每个位点产生10.6个等位基因变异。结合8个SSR位点,每个品种均具有独特的等位基因表现型,其中位点Ra043a品种鉴定的分辨率最高,产生32个等位基因表现型,区分所有品种最少需要2个SSR位点。品种间成对遗传相似度变幅介于0.105～0.791之间,聚类结果显示36个品种聚为6类;中国月季聚为一类,与其他月季品种存在遗传差异,起源相近月季品种分别聚为一类。研究认为SSR标记在月季品种鉴定中具备可行性,还可用于品种的遗传关系分析。现代月季遗传背景的深入研究可为未来月季新品种培育、种质资源保存等提供参考依据。     

基于表型和SSR标记的陇南油橄榄品种鉴定与遗传多样性分析

目的 该研究对我国油橄榄主产区甘肃省陇南市现有品种进行了的准确鉴定和遗传多样性计算,为我国油橄榄种质资源引种和驯化、育种及利用提供参考。 方法 利用13个SSR标记对来自83个油橄榄品种的110棵单株进行品种鉴定和遗传多样性分析,并对其中属于68个品种的90棵单株进行叶片、果实和果核形态性状的测定和分析,最后开展了基于表型性状和SSR标记的单株聚类和结果比较。 结果 陇南油橄榄表型数量性状和质量性状多样性指数分别为1.83和0.79;SSR分析发现83个品种包括78个不同的基因型,观测杂合度和期望杂合度分别为0.683和0.754;这些基因型可分为3大组,基因型所属分组与其起源地有一定相关性;我国选育品种的基因型大多与起源意大利的品种分组更近;与基于表型的聚类树相比,基于SSR基因型的聚类树更倾向于将同一品种的不同单株聚在同一支。 结论 陇南共有78种不同基因型的品种,SSR标记比表型鉴定品种更具准确性,且能反映亲缘关系。该地区油橄榄表型多样性和遗传多样性较高,引种品种主要是来自地中海西部和中部国家,国内选育品种与意大利起源的品种相似;为更多样化可考虑引种或选育更多起源国的品种。     

天然珙桐群体的RAPD标记遗传多样性研究

利用RAPD技术 ,通过 13个引物对 5个天然珙桐种群的遗传多样性、种群内和种群间的遗传变异进行了研究。结果表明 :珙桐天然种群具有丰富的遗传多样性 ,但群体间的差异明显 ,2 6 %的遗传变异存在于群体间 ,与我国濒危树种马褂木和银杉等相似 ,而与广布性树种相异。取样方法对遗传多样性参数的影响分析表明 ,有效等位基因数和基因多样度受取样个体数的影响较小 ,群体间的分化系数和基因流的估算受取样个体数的影响较大。研究还将珙桐划分为东南部和西北部两大种源区。通过珙桐遗传多样性的研究 ,为今后有效保存和合理利用珙桐种质资源提供了理论依据     

利用荧光SSR标记分析中国油橄榄品种遗传多样性

为研究我国53个油橄榄品种(13个引种驯化选育品种和40个引种品种)的遗传变异,利用SSR荧光标记技术对从甘肃的陇南、四川的西昌、广元和云南的永仁5个地点收集的107份材料进行遗传多样性分析。20对引物共检测出294个等位变异,每对引物的等位基因数在9～26之间,平均为14.7个;多态性信息量PIC值平均为0.73(0.33～0.89)。基于Jaccard系数的NJ法聚类分析结果表明,参试材料分为2大组,选育品种与引种品种未被分开,但大多数具有相同品种名称的材料被分在同一组中,无论是选育品种还是引种品种均具有高水平遗传多样性。对来自5个国家的油橄榄品种群体进行分子方差分析(AMOVA)结果表明,品种内遗传变异(86.61%)远远超过了群体间和群体内不同品种间的遗传变异(13.39%),大规模引种过程中对品种的起源和来源地等信息并不完全,以及在长期引种栽培和苗木繁育过程中品种混淆和同名异种等,都是造成品种内遗传变异水平高的原因。     

思茅松天然群体的遗传多样性及遗传分化

采用凝胶电泳技术,检测了思茅松(Pinuskesiyavar.Langbinaensis)种子胚乳的9种同工酶。通过对9种酶系统编码的16个酶位点的遗传分析,揭示了思茅松三个天然群体的遗传多样性和遗传分化情况。思茅松天然群体的遗传多样性较高,群体的多态位点比例为0.667;平均每个位点的等位基因数为2.13;期望杂合度和观察杂合度分别为0.288和0.197。群体间的遗传分化程度较低,分化系数仅为0.052,群体间的遗传距离为0.015。表5参15。     

落叶松杂种F_1代群体遗传多样性的RAPD、SSR分析

为给落叶松杂种F1代进化潜力的研究提供资料,利用RAPD、SSR标记分析了日本落叶松×兴安落叶松杂种F1代147个个体的遗传多样性。RAPD遗传多样性分析结果为,有效等位基因数平均值1.669 1,Nei遗传多样度平均值为0.395 5,Shannon多样性指数平均值为0.583 1;SSR遗传多样性分析结果为,有效等位基因数平均值1.689 2,Nei遗传多样度平均值为0.399 8,SSR标记的Shannon多样性指数平均值0.587 0。SSR标记和RAPD标记所揭示的杂种F1群体遗传多样性水平各指数值基本一致,且都表明与日本落叶松杂交后,杂种F1群体在遗传多样性上高出兴安落叶松。     

油橄榄品种表型和SSR标记的多样性及聚类分析

[目的]利用表型性状和分子标记,对我国油橄榄品种进行鉴定和遗传多样性研究,有利于种质资源保存和利用,对了解油橄榄品种的组成结构及未来的引种和育种工作都具有重要意义。[方法]以甘肃省陇南市17个油橄榄品种为研究材料,利用表型上15个数量性状、18个质量性状和8个SSR荧光标记分别进行多样性和聚类分析。[结果]各性状在品种间存在显著差异,数量性状和质量性状的表型多样性指数分别介于1.579 2.089和0.3621.091,8个SSR位点共检测到51个等位基因变异,平均每个位点等位基因数为6.375个,利用表型性状和SSR标记可以将17个品种完全区分开。[结论]17个油橄榄品种具有较丰富的表型和遗传多样性,基于表型数量性状、质量性状和SSR标记的聚类分析结果,判别品种间遗传关系的结果有一致的,也存在一定差异。对于表型性状相似的品种,需结合SSR标记进行品种鉴定。     

SSR分子标记与林木遗传育种

阐述了一种新兴的基于PCR的微卫星分子标记技术在林木遗传育种中的应用情况及发展趋势.由于微卫星位点多态性高、共显性、中性突变及遍布于整个基因组,因此使之广泛应用于遗传连锁图谱的构建与QTL定位、亲缘关系分析、遗传结构分析、基因流监测、基因突变以及系统发生等领域.文中指出SSR标记可以为林木遗传改良、种质资源保存、濒危物种保护、基因定位及分子克隆等许多应用研究领域提供理论依据,它将是一种近乎理想的新一代的分子标记.     

丽江油橄榄品种表型及SSR标记的多样性及聚类分析

基于表型性状及分子标记对丽江不同油橄榄品种进行遗传多样性分析,对品种鉴定及育种工作均有重要意义。以云南丽江主要栽培的19个油橄榄品种为试验材料,利用14个表型性状(5个叶片性状和9个果实性状)及20个SSR引物荧光标记进行多样性及聚类分析。结果表明,各品种油橄榄表型性状存在显著差异,20个SSR位点共检测到124个等位基因变异,平均每个位点等位基因数为6. 2个,利用表型性状及SSR荧光分子标记可完全把19个品种油橄榄完全区分开。由此可知,云南油橄榄选育品种及引种品种均具有高水平遗传多样性,对于表型性状相似的油橄榄品种需结合SSR标记进行品种鉴定。