我国苏南地区美洲鲥7个养殖群体的遗传多样性分析

为探讨苏南地区美洲鲥（Alosa sapidissima）养殖群体的种质资源现状及遗传多样性水平,本研究采用15个微卫星标记和线粒体D-loop序列,对7个不同群体：镇江丹徒（Dtq）、镇江扬中（Yzq）、苏州张家港（Zjg）、苏州相城（Xcq）、南通中洋（Zyq）、常州滆湖（Ghq）和常州武进（Czq）共计210尾个体,进行了群体多样性分析。结果显示,15个SSR位点中除Asa-12外,其余位点均表现为高度多态性（PIC > 0.5）。其中,7个群体期望杂合度He为0.615～0.758,多态信息含量PIC为0.568～0.723,两者均以Zjg群体最高。D-loop序列共检测到32个变异位点,定义了20个单倍型,其中Zjg群体单倍型最多（11个）。7个群体的单倍型多样性、核苷酸多样性指数分别为0.618～0.945、0.003～0.008。基于SSR和D-loop序列的遗传距离分析,发现Ghq群体和Zyq群体的Nei’s遗传距离（0.058）和K2P遗传距离（0.003）最近,低于其他群体间的遗传距离（分别为0.073～0.397和0.003～0.006）。综合分析,我们发现7个美洲鲥群体的遗传多样性较为丰富,而群体间遗传变异程度不高,基因流Nm > 1和镶嵌式排列的个体进化树也证实7个群体的亲缘关系较近。基于本研究,可初步了解苏南地区鲥的种质现状,为后续进一步开展育种工作奠定理论基础。     

基于EST-SSR的64个茶树品种遗传多样性与群体结构分析

为实现茶树亲本材料的系统分类,利用20对SSR对64个来自福建、浙江、广东的茶树品种进行遗传多样性与群体结构分析。结果表明:20对SSR引物共扩增147个多态位点,每对引物为3~15个,平均7.35个;引物多态性信息含量(PIC)在0.267-0.851,平均值为0.588。期望杂合度大小0.247~0.838,平均为0.559;观测杂合度在0.308~0.870,平均值为0.636;群体Shannon指数为1.271。群体结构分析表明,当K值等于4时,ΔK取得最大值,64份材料可以划分为4个亚群。其中60份(93.8%)供试材料的Q值大于或等于0.5,分属于4个亚群。4份材料(6.2%)划分为混合亚群。     

内蒙古绒山羊4个群体遗传多样性分析

选用30个微卫星座位,对内蒙古绒山羊4个种群(阿尔巴斯、二狼山、乌珠穆沁、阿拉善)的176份样本进行遗传多样性检测,结果表明,内蒙古绒山羊4个群体均具有丰富的遗传多态性.4个种群的期望杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均有效等位基因数(Ne)分别为0.735 4～0.783 2、0.623 6～0.639 1、2.57～4.92;阿尔巴斯绒山羊与二狼山绒山羊遗传距离较近;阿拉善绒山羊与乌珠穆沁绒山羊遗传距离则较近.此研究为开展内蒙古绒山羊种质特性研究及资源保护和利用提供了科学依据.     

安徽省草鱼养殖群体遗传多样性及遗传结构分析

通过微卫星分子标记对来自安徽省4个草鱼养殖群体进行遗传分析。结果表明,7个微卫星位点均具有高度多态性(PIC=0.863～0.926),4个草鱼群体均显示出较高的遗传多样性(He=0.886 1～0.911 4)。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于草鱼群体内(97.6%),群体间的遗传变异仅为2.4%。遗传分化和遗传距离分析显示,4个群体整体分化水平较低(Fst0.05),怀远和滁州群体遗传分化最小(Fst=0.013 7),遗传距离最近(Dn=0.269 8),池州和无为群体遗传分化最大(Fst=0.042 5),遗传距离最远(Dn=0.591 6)。系统进化树显示,怀远和滁州群体亲缘关系最近,与池州最远。此外,4个养殖场内部草鱼均存在近亲繁殖现象。建议4个养殖场及时更新亲本,增加繁殖亲本的数量,避免近交衰退带来的风险。     

4个罗非鱼群体遗传多样性的RAPD分析

采用50个随机引物对奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus）和3个尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）群体即无锡品系、埃及品系和吉富品系进行RAPD分析,共筛选出13个重复性好的引物,其中引物S1255扩增的2500bp片段具有群体特异性,可作为区分奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼的分子标记;用PopGen1．32软件进行遗传多样性分析,结果表明：奥利亚罗非鱼、无锡品系、埃及品系和吉富品系罗非鱼群体内的多态位点率分别为22．03％、52．54％、58．47％、62．71％,基因多样性指数分别为0．0912、0．2166、0．2448、0．2705,Shannon信息指数分别为0．1323、0．3136、0．3537、0．3881。无锡品系、埃及品系和吉富品系罗非鱼群体内遗传相似性指数分别为0．8194、0．7886和0．7704,遗传变异水平较高,遗传多样性丰富。奥利亚罗非鱼的群体内遗传相似性指数为0．9279,群体的遗传纯度高,遗传变异水平较低。无锡、埃及、吉富品系尼罗罗非鱼与奥利亚罗非鱼之间的遗传距离分别为0．1370、0．2235,0．1986,说明奥利亚罗非鱼和埃及品系尼罗罗非鱼杂交可能产生更强的杂种优势。     

河北省4个黑猪群体的遗传多样性分析

为合理利用地方猪遗传资源,随机选取河北省4个市的4个黑猪群体,采用FAO-ISAG联合推荐的8个微卫星标记对各样本群体的等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量及F-统计量进行检测。结果显示,8个微卫星座位共检测到66个等位基因。有效等位基因数(3.103~5.349),观察杂合度(0.346~0.437),期望杂合度(0.638~0.790)和多态信息含量(0.578~0.762)4个指标,表明4个猪群体具有丰富的多样性。所检测的微卫星位点均偏离平衡状态,主要是由于起始群体规模小或公猪家系少所致。F统计量结果表明,4个猪群体都存在一定程度的近交。依据对4个猪群的分析结果,群体1、2可通过扩大血统数,以减缓近交程度;群体3、4应开展选育,以提高群体一致性。     

2个鲤鱼群体遗传多样性的RAPD分析

从50条随机引物中筛选出10条有效引物,采用RAPD技术对蒙自响水河和草坝的2个鲤鱼群体进行遗传多样性分析。结果表明:在2个群体中分别检测到47、53个位点,多态位点分别为44、51个,平均多态位点比例分别为93.61%和96.23%;利用Popgene version1.32软件分析获得2个鲤鱼群体Shannon信息指数(I)分别为0.479 9和0.455 7,Nei's基因多样性指数(H)分别为0.328 7和0.298 4,等位基因观察数(Na)分别为1.821 4和1.910 7,有效等位基因数(Ne)分别为1.584 3和1.487 9,群体间的遗传相似性系数为0.958 1,遗传距离为0.041 9。2个鲤鱼群体间的遗传分化系数Gst为0.082 4,表明群体间的遗传变异占总的遗传变异的8.24%,群体内的遗传变异占总变异的91.76%。     

华北生态群普通杏遗传多样性与群体结构分析

【目的】研究华北生态群普通杏在不同地理来源间的遗传多样性、特异性和群体结构差异。【方法】应用21对SSR引物对67份华北生态群普通杏的遗传多样性和群体结构进行分析。【结果】21个SSR位点在67份华北生态群的普通杏材料中共检测出301个等位变异,每个位点的等位变异范围为8—24个,平均为14.33个。每个位点Shannon’s多样性指数（I）变异范围为0.65—2.67,平均为1.934。通过不同地理来源间比较,发现来自西北黄土高原区域的杏种质多样性丰富,拥有较多的等位变异。不同地理群间存在较多的互补等位变异;各地理群体拥有各自特有等位变异。基于混合模型的Structure2.2群体结构分析显示,将华北生态群普通杏划分为7个组群,且不同地理来源的材料均被划分到3个或以上的聚类群体。当K=4时,除仁用杏外华北生态群普通杏可以划分为西南亚群、华北平原亚群和东部丘陵亚群（包括山东丘陵地和辽南丘陵地的普通杏）3个亚群,与传统生态亚群划分相似。【结论】华北生态群普通杏种质具有丰富的遗传多样性,其中来自于西北地区的普通杏多样性最为丰富,有较多的变异类型。仁用杏种质遗传基础狭窄,但具有较多的特有等位变异和独特的血缘关系。华北生态群普通杏可以划分为3个亚群,但地理来源相同的种质不一定属于同一类群。     

基于微卫星标记的鳜种质遗传多样性与群体遗传结构分析

采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P0.05),梁子湖群体与武汉群体间的F_(ST)最小(0.041 8),顺德群体与抚远群体间的F_(ST)最大(0.611 0);AMOVA分析表明:群体间的遗传变异占33.14%,群体内遗传变异占66.86%;Structure分析显示12个群体可分为5个亚群。     

黄山松群体遗传多样性分析

利用RAPD分子标记分析了黄山松 1 0个家系的遗传多样性。从 2 0 6个随机引物 (组 )中筛选出 1 7个引物 ,获得 38个多态位点。Shannon多样性指数平均为 4 5 2 5 1 ,Shannon多样性值范围在 0 0 1 0 2～ 0 0 5 0 4。家系 (余姚×文石 )遗传多样性水平最高 ,其Shannon多样性指数为7 965 8。根据这 38个多态位点计算遗传距离 ,进行聚类分析。在遗传距离 0 42处可将 1 0个家系聚类分成 3组。图 2表 3参 1 3     

大白菜2个DH系群体遗传多样性分析

[目的]研究来源于小孢子培养的2个DH系(双单倍体)小群体(Y360、YF05)内的遗传多样性。[方法]利用SSR分子标记方法,对大白菜2个DH系群体内遗传多样性进行标记,从分子水平上分析DH系群体内的遗传关系。[结果]大白菜DH系Y360群体在遗传距离为0.43处分为9个类群,遗传距离在0~0.71;YF05群体遗传距离在0.70处分为2个类群,遗传距离在0.08~0.81,第一类群材料叶面都有茸毛,第二类群都是光叶材料;大部分材料分布在聚类图的中上部,只有少数材料零星地散布在上部和中下部。[结论]该研究不仅有助于丰富种质资源,而且可以为杂交亲本的选择和配组提供参考。     

七个不同来源金银花品种遗传多样性分析

【目的】根据金银花植物学性状,分析不同种质材料间的遗传多样性和亲缘关系,建立基于植物学性状、RAPD分子标记的遗传性状数据库,为金银花种质收集、鉴定、创新、合理利用和杂交育种中的亲本选配提供科学依据。【方法】以7个不同来源的金银花品种的植物学性状为基础,在形态标记聚类分析的基础上,进一步利用RAPD分子标记技术进行遗传多样性分析,比较不同聚类分析的结果。【结果】植物学性状聚类分析结果表明,供试金银花材料之间遗传距离较远,以遗传距离7.5 cM为界,可将7份不同材料分为3个组,其中金花3号、巨花1号、九丰1号、金塔1号和鲁峰巨丰为一组,湘蕾金银花和华南忍冬各为一组,与各品种种属关系划分一致。RAPD聚类分析结果表明,以遗传距离14.0 cM为界,可将7个不同金银花种质分为3大类：第Ⅰ类为湘蕾金银花与华南忍冬,第Ⅱ类为巨花1号与金塔1号,第Ⅲ类为九丰1号、鲁峰巨丰与金花3号。【结论】在DNA分子水平上对金银花种质资源遗传多样性的分析结果与传统形态学分析结果相似,形态标记与分子标记适用于金银花种质资源的遗传多样性分析。     

中国大蒜种质资源遗传多样性和群体遗传结构分析

【目的】从分子水平了解中国大蒜种质资源的群体遗传结构和遗传背景。【方法】利用AFLP、SSR和InDel这3种分子标记对国家无性繁殖蔬菜资源圃保存的212份大蒜资源进行检测,通过Mega软件进行最大相似性聚类分析,Structure 2.1软件进行群体遗传结构分析,SSPS软件进行分子标记与大蒜辣素含量和21个数量性状进行一元线性模型检测,考察两者之间的关联性及群体遗传结构的影响。【结果】3种分子标记在212份种质中扩增出502个位点,多态性位点为492个。群体遗传结构与聚类分析均将所有资源划分为5个群体,划分的类别基本一致。然而,群体遗传结构分析划分的5个群体,群内遗传信息多样性指数较小。对212份种质的22个数量性状与分子标记的线型模型分析表明,包括大蒜辣素含量在内的多个数量性状受群体遗传结构的影响较小。【结论】中国大蒜种质资源遗传背景丰富,群体遗传结构对数量性状的分布影响较小,适合进一步进行性状与分子标记之间关联分析研究。     

七个不同来源金银花品种遗传多样性分析

【目的】根据金银花植物学性状,分析不同种质材料间的遗传多样性和亲缘关系,建立基于植物学性状、RAPD分子标记的遗传性状数据库,为金银花种质收集、鉴定、创新、合理利用和杂交育种中的亲本选配提供科学依据。【方法】以7个不同来源的金银花品种的植物学性状为基础,在形态标记聚类分析的基础上,进一步利用RAPD分子标记技术进行遗传多样性分析,比较不同聚类分析的结果。【结果】植物学性状聚类分析结果表明,供试金银花材料之间遗传距离较远,以遗传距离7.5cM为界,可将7份不同材料分为3个组,其中金花3号、巨花1号、九丰1号、金塔1号和鲁峰巨丰为一组,湘蕾金银花和华南忍冬各为一组,与各品种种属关系划分一致。RAPD聚类分析结果表明,以遗传距离14.0cM为界,可将7个不同金银花种质分为3大类：第Ⅰ类为湘蕾金银花与华南忍冬,第Ⅱ类为巨花1号与金塔1号,第Ⅲ类为九丰1号、鲁峰巨丰与金花3号。【结论】在DNA分子水平上对金银花种质资源遗传多样性的分析结果与传统形态学分析结果相似,形态标记与分子标记适用于金银花种质资源的遗传多样性分析。     

7个燕麦品种的ISSR遗传多样性分析

利用ISSR分子标记技术对贵州引种的7个燕麦品种进行遗传多样性分析。从50条引物中筛选出17条作为燕麦ISSR引物,总共扩增出204条条带,平均每个引物扩增出12条条带,其中具有多态性的条带有103条,平均每个引物扩增出多态性条带6. 06条,多态性比率为50. 49%。用Popgene32软件计算出7个供试燕麦品种的遗传相似系数(GS)为0. 855～0. 945,变幅为0. 09。其中,加燕2号和Hay Wire二者之间的遗传相似系数最大(0. 945),亲缘关系较近,遗传差异最小;甘早和青海白燕麦遗传相似系数最小(0. 855),亲缘关系较远,遗传差异最大,存在较高的遗传多样性。研究结果为贵州燕麦品种培育提供理论依据。     

绿竹7个种源的遗传多样性ISSR分析

为了探明绿竹7个种源间的亲缘关系,利用ISSR分子标记技术进行了遗传多样性分析,结果表明：从30条ISSR引物中筛选出20条有效引物,共扩增出273个位点,其中176个位点表现多态性,占总数的64.5%,并通过聚类分析将绿竹7个种源分成3组,不同种源间的遗传距离为0.015～0.465。绿竹栽培种之间的亲缘关系较近,花秆绿竹和花绿竹的原产地应为瑞安和苍南。     

基于GBS测序的古蔺野生茶树遗传多样性与群体遗传结构分析

【目的】研究古蔺县野生茶树的遗传多样性和群体遗传结构,揭示其遗传分化特征。【方法】利用GBS技术对65份野生茶树进行简化基因组测序,基于获得的高质量SNP,对参试野生茶树进行遗传多样性参数、遗传分化Fst变量、系统进化、PCA主成分以及遗传结构分析。【结果】65份野生茶树测序共获得74.48 G数据,540 633 846条高质量reads,通过比对获得769 893个高质量SNP;平均有效等位基因数为1.1284个,多态性位点比例(PPL)为57.33%,观测等位基因数(Na)为0.4267～0.9147,最小等位基因频率(Maf)为0.1514～0.5000,基因多样性指数(Nei)与期望杂合度(He)变化范围分别为0.0632～0.1328和0.0404～0.1233,多态性信息含量(PIC)介于0.0312～0.1025,香农指数(Shi)为0.0576～0.1990,遗传分化指数Fst变化范围为-0.7042～0.4372;遗传结构与系统进化分析可将65份野生茶树材料划分为2个亚群,而PCA分析则可划分为4个亚群。【结论】65份野生茶树遗传多样性指数较低,亲缘关系较近,存在频...     

福寿螺3个地理群体遗传多样性的ISSR分析

[目的]探讨我国不同地区福寿螺的遗传多样性和遗传结构。[方法]应用ISSR分子标记技术对我国江苏苏州、福建漳州、广东珠海3个不同地理群体福寿螺的遗传多样性和遗传结构进行了分析。[结果]从77个ISSR引物中筛选出3个引物对福寿螺3个群体60个样品进行扩增,得到33个清晰的扩增位点,多态位点为31个。江苏、福建和广东3个福寿螺群体的Shannon′s指数分别为0.353 6、0.424 70、.279 6,由此分析,其遗传变异主要来自于群体内个体间。福寿螺UPGMA聚类图显示,广东群体和福建群体首先聚在一起,再与江苏群体聚类。3个群体的遗传多样性处于相同水平上,且遗传多样性高低依次为福建群体>江苏群体>广东群体。[结论]3个地区福寿螺群体产生一定的遗传分化,表明福寿螺具有广适性的遗传特性。     

泥东风螺4个群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记方法对4个群体(福建连江野生、连江养殖、长乐养殖、广西野生)的泥东风螺进行遗传多样性分析。结果:用11对引物共扩增出908条有效片段,其中684条(75.33%)为多态性片段,224条片段(24.67%)为4个群体所共有;遗传多样性指数分析显示,4个群体的有效等位基因数、平均等位基因数、Shannon’s多样性指数和平均杂合度依次为1.500 6、1.974 0、0.464 7、0.303 4,Nei’s遗传距离为0.128 4~0.180 6,遗传相似系数为0.834 8~0.879 5,表明4个泥东风螺群体具有较为丰富的遗传多样性,且群体间具有较高的遗传相似性;分子方差分析(AMOVA)结果显示,4个群体中83.49%的变异来源于群体内,14.65%的变异来源于地区间,而群体间的遗传变异仅为1.86%,且4个群体间的遗传分化(GST)为0.195 4,基因流(NM)为2.058 6,说明群体间的基因交流水平较低;UPGMA聚类分析和主坐标(PCA)分析结果表明,长乐养殖群体和广西野生群体遗传距离最近,而连江野生群体与其他3个群体的遗传距离最远。     

羽衣甘蓝DH群体遗传多样性分析

由羽衣甘蓝基因型"名古屋-红"和基因型P3(Q2704×Q4606的F1代)通过小孢子培养获得的2个DH群体中分别抽取46个DH系和41个DH系作为试验材料,利用ISSR标记分别对2个DH群体进行遗传多样性分析。9个ISSR引物分别扩增出104和87个多态性位点,其中多态性位点各占总扩增位点的81.73%和79.31%,大小在100～2 000 bp;每个位点的有效等位基因数分别为1.225 3和1.468 9;平均多样性指数PIC分别为0.258 9和0.409 4。对ISSR结果进行聚类分析,2个DH群体各DH系间相似系数范围分别为0.61～0.97和0.56～0.91,在相似性系数为0.78处可将46个"名古屋-红"的DH系分成5组,在相似性系数0.75处可将41个P3的DH系分成5组。以上结果表明,通过小孢子培养获得的DH群体内出现较大分离,且群体内遗传多样性丰富,且在不同DH群体遗传多样性不同。