单增李斯特菌新疆分离株lmo2192基因克隆及生物信息学分析

试验旨在对单增李斯特菌新疆绵羊脑炎临床分离株LM90SB2的lmo2192基因进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中lmo2192基因序列（登录号：CAD00270）设计特异性引物,利用PCR方法对lmo2192基因进行扩增,回收目的基因,连接到pMD19-T载体上进行克隆,筛选阳性菌进行测序,测序后对lmo2192基因核苷酸序列进行分析,预测其编码蛋白质的二级结构、三级结构,对其进行同源性比对及遗传变异分析。结果显示,新疆分离株LM90SB2的lmo2192基因序列全长为1 277 bp,包含969 bp开放阅读框,共编码322个氨基酸;LM90SB2株lmo2192基因核苷酸序列与CⅡMS-PH-1同源性为100.0%,与81-0861、10-0809、81-0592、81-0558、NTSN、F2365和WSLC1033的同源性为99.8%~99.9%,与L2074和NH1同源性分别为97.0%和96.9%。推导的氨基酸序列同源性为91.6%~100.0%。系统进化树显示,LM90SB2菌株lmo2192基因与4b血清型菌株亲缘关系较近,聚为同一分支。蛋白质二级结构预测表明,LM90SB2 lmo2192蛋白为亲水性蛋白,无信号肽,不形成跨膜结构。蛋白结构域预测,lmo2192蛋白为ATP酶组分。本试验成功克隆LM90SB2分离株lmo2192基因,为进一步研究其基因功能提供理论依据。     

单增李斯特菌lmo0331基因的克隆、序列分析及原核表达

试验旨在对单增李斯特菌临床分离株(LM90SB2)的LPXTG基序表面蛋白lmo0331基因进行克隆、序列分析和原核表达。根据GenBank中lmo0331基因序列设计特异性引物,利用PCR方法扩增LM90SB2 lmo0331基因,将扩增产物克隆到pMD19-T载体,测序后进行核苷酸序列和蛋白结构域分析;构建表达质粒pET32a-0331,转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,经IPTG诱导后,利用SDS-PAGE和Western blotting检测重组蛋白。结果显示,LM90SB2 lmo0331基因核苷酸序列与NTSN株、F2365株、LL195株及WSLC 1033株的同源性均为100.0%,与N2306株、02-1792株、H34株的同源性均为99.9%。LM90SB2 lmo0331基因全长1 956bp,ORF全长为1 857bp,共编码618个氨基酸;蛋白结构域预测结果显示,lmo0331蛋白具有NEL、LRR、IR、PulA、LPXTG结构域。SDS-PAGE结果可见约88ku重组蛋白带,Western blotting表明该蛋白可与小鼠抗His标签单克隆抗体发生特异性结合。本研究成功构建了原核表达载体pET32a-0331,实现了lmo0331融合蛋白的表达,为进一步研究lmo0331基因的功能及单克隆抗体的制备奠定了基础。     

单增李斯特菌lmo0331基因的克隆、序列分析及原核表达

试验旨在对单增李斯特菌临床分离株（LM90SB2）的LPXTG基序表面蛋白lmo0331基因进行克隆、序列分析和原核表达。根据GenBank中lmo0331基因序列设计特异性引物,利用PCR方法扩增LM90SB2 lmo0331基因,将扩增产物克隆到pMD19-T载体,测序后进行核苷酸序列和蛋白结构域分析;构建表达质粒pET32a-0331,转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞,经IPTG诱导后,利用SDS-PAGE和Western blotting检测重组蛋白。结果显示,LM90SB2 lmo0331基因核苷酸序列与NTSN株、F2365株、LL195株及WSLC 1033株的同源性均为100.0%,与N2306株、02-1792株、H34株的同源性均为99.9%。LM90SB2 lmo0331基因全长1 956 bp,ORF全长为1 857 bp,共编码618个氨基酸;蛋白结构域预测结果显示,lmo0331蛋白具有NEL、LRR、IR、PulA、LPXTG结构域。SDS-PAGE结果可见约88 ku重组蛋白带,Western blotting表明该蛋白可与小鼠抗His标签单克隆抗体发生特异性结合。本研究成功构建了原核表达载体pET32a-0331,实现了lmo0331融合蛋白的表达,为进一步研究lmo0331基因的功能及单克隆抗体的制备奠定了基础。     

单增李斯特菌llsB基因克隆及序列分析

试验旨在对新疆绵羊脑炎临床分离株LM90SB2单增李斯特菌llsB基因进行克隆及生物信息学分析,以期进一步完善单增李斯特菌溶血素S的功能研究。根据GenBank中单增李斯特菌F2365基因全长序列(登录号为:AE017262)设计其特异性引物,利用PCR方法对新疆分离株LM90SB2的llsB基因进行扩增,回收目的基因与pMD19-T载体连接,采用PCR、双酶切鉴定筛选阳性菌并进行测序,对所获序列进行同源性比对及遗传变异分析。结果显示,新疆分离株LM90SB2的llsB基因序列全长为876 bp,共编码291个氨基酸;LM90SB2分离株llsB基因核苷酸序列与10-0809、81-0592、81-0558、02-1792、NTSN、02-1289不同分离株同源性均为100%,与CIIMS-PH-1、NRRLB-57603株的同源性均为99.9%,与J1816、R2-502株的同源性为44.7%～45.0%。分子进化树显示,LM90SB2菌株llsB基因与血清型为4b的菌株亲缘关系较近,聚类为同一分支。蛋白质二级结构预测表明,LM90SB2 llsB蛋白为亲水性蛋白,无信号肽,不形成跨膜结构。本试验成功克隆了LM90SB2株llsB基因,为深入探讨该基因功能提供全面的理论依据。     

单增李斯特菌llsB基因克隆及序列分析

试验旨在对新疆绵羊脑炎临床分离株LM90SB2单增李斯特菌llsB基因进行克隆及生物信息学分析，以期进一步完善单增李斯特菌溶血素S的功能研究。根据GenBank中单增李斯特菌F2365基因全长序列（登录号为：AE017262）设计其特异性引物，利用PCR方法对新疆分离株LM90SB2的llsB基因进行扩增，回收目的基因与pMD19-T载体连接，采用PCR、双酶切鉴定筛选阳性菌并进行测序，对所获序列进行同源性比对及遗传变异分析。结果显示，新疆分离株LM90SB2的llsB基因序列全长为876 bp，共编码291个氨基酸；LM90SB2分离株llsB基因核苷酸序列与10-0809、81-0592、81-0558、02-1792、NTSN、02-1289不同分离株同源性均为100%，与CⅡMS-PH-1、NRRLB-57603株的同源性均为99.9%，与J1816、R2-502株的同源性为44.7%~45.0%。分子进化树显示，LM90SB2菌株llsB基因与血清型为4b的菌株亲缘关系较近，聚类为同一分支。蛋白质二级结构预测表明，LM90SB2 llsB蛋白为亲水性蛋白，无信号肽，不形成跨膜结构。本试验成功克隆了LM90SB2株llsB基因，为深入探讨该基因功能提供全面的理论依据。     

单核细胞增生李斯特菌新型转录调控因子Lmo2672分子特征及其系统进化分析

利用PCR方法扩增单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)野毒株SB5新型转录调控因子lmo2672基因,进行克隆、测序,对其编码蛋白的二三级结构、理化特性、蛋白结构域等分子特征进行预测分析,并进行系统进化分析。结果显示:LM-SB5 lmo2672基因全长807 bp,共编码268 aa;二级结构预测发现,该蛋白含有1个DNA结合域(185～259 aa),2个由螺旋-转角-螺旋(helix-turn-helix)构成的HTH-18结构域(184～198 aa,226～249 aa),位于整个蛋白的C端,无信号肽序列及跨膜结构;序列比较发现,Lmo2672属于AraC家族转录调节蛋白,其核苷酸序列与NTSN株(4b型)同源性为99.63%;与国际标准株EGD-e株(1/2a型)的同源性为97.77%;系统进化树显示,LM-SB5 lmo2672核苷酸序列与谱系Ⅱ型NTSN等菌株亲缘关系较近,而与谱系Ⅰ型菌株标准株EGD-e等亲缘关系较远。该研究结果为下一步探讨lmo2672基因在LM毒力和环境应激中的调控作用奠定了理论基础。     

单增李斯特菌lmo2193基因克隆与原核表达

为了对单增李斯特菌新疆绵羊脑炎临床分离株LM90SB2的lmo2193基因进行克隆及其原核表达,采用PCR方法扩增lmo2193基因,连接pMD19-T载体进行克隆,筛选阳性菌进行测序比对。将目的基因克隆至原核表达质粒p ET32a中,构建重组质粒pET32a-2193,并转化大肠杆菌感受态细胞,经诱导表达后,利用SDS-PAGE和Western blot鉴定重组蛋白。结果显示:扩增得到的lmo2193基因序列长度为1 077 bp,与预期一致;该基因在大肠杆菌中大量表达,经SDS-PAGE检测和Western blot鉴定分析表明该产物为1个60 ku左右的融合重组蛋白。本研究成功克隆lmo2193基因,并获得大量表达,为进一步研究lmo2193基因功能奠定基础。     

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。     

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。     

贵阳地区犬细小病毒NS1基因的克隆及序列分析

为了解贵阳地区犬细小病毒(CPV)非结构蛋白NS1的遗传变异进化状况,试验采用PCR检测、分子克隆、测序及生物信息学软件对分离自贵阳的8株CPV的NS1基因进行序列分析。结果表明:成功扩增并克隆测序得到8株CPV NS1基因,全长为2 007 bp,共编码668个氨基酸;分离株间NS1基因核苷酸序列的同源性为98.4%～99.8%,与10株犬类参考毒株CPV NS1基因序列的同源性为98.3%～99.6%,与其他11株非犬类参考毒株NS1基因核苷酸的同源性为39.4%～99.1%。说明CPV NS1基因具有一定的种属特异性,其亲缘关系越近同源性越高。     

布鲁氏菌内蒙古分离株omp31基因的克隆与序列分析

对三株布鲁氏菌内蒙古分离株的omp31基因进行克隆与序列分析.参照GenBank中布鲁氏菌的omp31基因序列,设计一对特异性引物,用PCR方法扩增布鲁氏菌omp31基因,对PCR产物进行克隆、测序,将测定序列拼接后与GenBank中获得的参考毒株omp31基因序列进行了比较.结果显示,三株布鲁氏菌分离株的omp31基因开放阅读框核苷酸序列同源性均为100.0%;与Brucella ceti B14/94、Brucella neotomae 5K33、Brucella suis 1330三个参考毒株omp31基因核苷酸序列同源性最高,为100.0%;与Brucella canis RM6/66、Brucella melitensis 183、Brucella melitensis 16M三个参考毒株omp31基因核苷酸序列同源性为99.9%;与Brucella melitensis Rev1参考毒株omp31基因核苷酸序列同源性为99.6%;与Brucella ovis ATCC 25840参考毒株omp31基因核苷酸序列同源性最低,为98.8%.     

食源性单核细胞增生李斯特菌lmoF2365_0037基因克隆及序列分析

为了对食源性单核细胞增生李斯特菌LM5567的lmoF23650037基因进行克隆和序列分析。试验利用PCR方法对lmoF23650037基因进行扩增,连接pMD19-T载体进行克隆,筛选阳性菌株进行测序比对分析。结果显示:扩增获得的lmoF23650037基因序列长为548 bp,克隆得到lmoF23650037基因的阳性转化子;生物信息学分析表明:lmoF23650037蛋白属于跨膜蛋白,无信号肽序列;二级结构中无规则卷曲和延伸链比例较大,分别是46.31%和32.89%;序列比对结果表明,LM5567株lmoF23650037基因核苷酸序列与02-6680株(4b,奶酪,加拿大)、10-0811株(1/2b,螃蟹,加拿大)、10-0809株(4b,粪便,加拿大)、81-0558株(4b,脑脊髓液、加拿大)、02-1103株、02-1792(4b,奶酪,加拿大)、81-0861株(4b,卷心菜,加拿大)相似性均为100%;LM5567 lmoF23650037基因编码的氨基酸序列与上述菌株相似性均为93.3%。本试验成功克隆了lmoF23650037基因,为进一步探究lmoF23650037基因的功能奠定了基础。     

单核细胞增生李斯特菌lmo0732基因克隆、分子特征及遗传进化分析

为揭示单核细胞增生李斯特菌(LM)lmo0732基因的分子特征及生物学功能,对LM lmo0732基因进行扩增、克隆和测序,利用在线软件对其进行分子特征及遗传进化分析。结果表明,lmo0732基因全长为1 917 bp,编码638个氨基酸;氨基酸序列分析发现,该蛋白为稳定的亲水性蛋白,含有1个跨膜区域,存在信号肽结构;蛋白结构域预测发现该蛋白含有Big 3、MucBp和LRR保守结构域;二、三级结构分析发现,该蛋白为无规则卷曲连接多段延伸链及α-螺旋所形成的三维立体结构。遗传进化分析显示,不同地域分离株可分为两个基因群,表现出一定的遗传多样性。     

7株猪2型圆环病毒ORF2基因的克隆及其序列分析

为了研究分离的猪圆环病毒2型基因序列,根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因序列设计1对引物,通过PCR方法从采自不同地区的7份疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PM-WS)的仔猪组织病料中分别扩增出PCV2的ORF2基因,并将获得的ORF2基因片段分别克隆入pMD18-T载体,通过筛选获得重组质粒,分别命名为pMD-PCV2-HN01、pMD-PCV2-DY01、pMD-PCV2-HM01、pMD-PCV2-SDqd01、pMD-PCV2-SDqd02、pMD-PCV2-SDqd03、pMD-PCV2-PD01,并进行测序及序列分析。结果表明:HN01株ORF2基因全长为705 bp,另外6株ORF2基因全长均为702 bp;7株分离株的ORF2基因核苷酸序列同源性较高,为94.0%～99.9%,氨基酸序列同源性达93.6%以上;7株分离株与GenBank中登录的德国株和台湾株的核苷酸序列同源性较低,分别为91.7%～93.2%和89.0%～90.5%,而与丹麦、法国、中国株的核苷酸序列同源性较高,达94.0%以上,氨基酸序列同源性均达89.3%以上。     

猪Ⅱ型圆环病毒ORF2基因的克隆及其序列分析

根据 GenBank 中猪圆环病毒Ⅱ型(PCV- 2)ORF2基因序列,设计一对引物,应用PCR从疑似断奶仔猪多系统消耗综合征(PMWS)的死亡仔猪组织病料中扩增出 ORF2 基因(702 bp)。将此基因片段克隆入 pMD -18 T载体,筛选获得重组质粒 pMD ORF2 并对其测序,结果表明所克隆的ORF2基因与德国分离株AF201897核苷酸序列同源性为99.5%与其它PCV- 2 的 ORF2 核苷酸序列同源性在92.1%~99.9%之间,推导的氨基酸序列同源性在90.2%~99.5%之间。     

新城疫病毒TL1株P基因的克隆及序列分析

根据GenBank登陆的新城疫病毒P基因序列,设计了一对引物,用RT-PCR技术对新城疫病毒内蒙古分离株TL1的P基因进行了扩增。将扩增产物提纯后克隆入pGEM-Teasy载体,通过酶切、PCR和测序验证克隆正确。测序拼接得出P基因的序列长度为1248bp,该基因的ORF总长为1188bp,编码395个氨基酸。与GenBank下载的12株参考毒株比较P基因编码区全核苷酸序列和氨基酸序列,发现TL1株与鹅源新城疫NA-1株核苷酸的同源性为99.8%,氨基酸的同源性为99.2%;与鹅源新城疫ZJ1株核苷酸的同源性为96.1%,氨基酸的同源性为95.5%,说明TL1株和与鹅源新城疫NA-1株、ZJ1株的同源性极高,它们三者亲缘关系较近,同属于基因VII型新城疫病毒。而与传统疫苗株LaSota核苷酸的同源性为83.4%,氨基酸的同源性81.8%,说明该毒株相对于经典的NDV在P基因上已发生了较大的变异。     

食源性单增李斯特菌lismff_0038基因克隆及序列分析

单核细胞增多性李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)作为四大重要食源性病原菌之一,对公共安全及畜牧业发展威胁极大。其lismff_0038是新发现的一个潜在毒力因子,与LM的神经感染和母胎感染密切相关。对食源性单核细胞增多性李斯特菌LM5567的lismff_0038基因进行克隆和生物信息学分析,为功能验证提供基础。根据GenBank中收录的lismff_0038基因序列设计特异性引物,利用PCR方法对食源性单核细胞增多性李斯特菌LM5567的lismff_0038基因进行扩增,将扩增产物克隆到pMD19-T载体,进行PCR、双酶切鉴定及序列测定,并对基因核苷酸序列和蛋白序列进行分析。结果显示,食源性单核细胞增多性李斯特菌LM5567的lismff_0038基因序列全长为988 bp。LM5567的lismff_0038核苷酸序列与02-6680株(4b,奶酪,加拿大)、10-0811株(1/2b,螃蟹,加拿大)、10-0809株(4b,粪便,加拿大)、81-0558株(4b,脑脊髓液,加拿大)、02-1103株、02-1792株(4b,奶酪,加拿大)、81-0861株(4b,卷心菜,加拿大)相似性91.1%。其推导的氨基酸序列与上述菌株相似性100%。蛋白质二级结构预测表明,LM5567的lismff_0038蛋白为疏水性蛋白,无信号肽,属于跨膜蛋白。表明,克隆了LM5567的lismff_0038基因,为进一步探究lismff_0038基因的功能奠定了一定基础。     

食源性单核细胞增生型李斯特菌arcD基因克隆及序列分析

为了对食源性单核细胞增生型李斯特菌LM5567的arcD基因进行克隆和序列分析,实验利用PCR方法对arcD基因进行扩增,连接至pMD19-T载体,将连接产物转化至DH5接感受态细胞,筛选阳性菌株进行测序比对分析。结果显示:扩增获得的arcD基因序列长为915bp,克隆得到arcD基因的阳性转化子;生物信息学分析表明:arcD蛋白属于跨膜蛋白,无信号肽序列;LM5567的arcD基因核苷酸序列与02-6680株(4b,奶酪,加拿大)相似性99.9%,与10-0811株(1/2b,螃蟹,加拿大)相似性99.7%,与10-0809株(4b,粪便,加拿大)、81-0558株(4b,脑脊髓液,加拿大)、02-1103株、02-1792(4b,奶酪,加拿大)和81-0861株(4b,卷心菜,加拿大)相似性均为100%。LM5567arcD基因编码的氨基酸序列与上述菌株相似性为89.4%～89.9%。本实验成功克隆了arcD基因,为进一步探究arcD基因的功能奠定了基础。     

番鸭细小病毒和鹅细小病毒广东株VP1基因的克隆与序列分析

参考GenBank中的MDPV FM株和GPV B株全基因序列,设计并合成一对引物,分别对MDPV GD株和GPV GD株的结构蛋白基因(VP1)进行PCR扩增,并克隆到pMD18-T载体,筛选到重组质粒并测序.通过对MDPV GD株和GPVGD株的VP1基因的核苷酸序列分析,这两种病毒VP1基因大小均为2 199 bp,核苷酸序列同源性为87%,而位于VP1基因上的VP2至VP3基因起始密码子之间的核苷酸序列的差异较大,同源性仅为64%.另外对MDPV GD株和GPV GD株与各地方毒株的VP1和VP3基因核苷酸序列的同源性比较,显示它们之间差异较小.     

猪鼻支原体的分子鉴定及进化分析

本研究对青藏高原地区青海猪鼻支原体分离株(Mhr-QH1)进行了Mhr-p37基因的克隆鉴定及测序分析,并利用Mhr-16S rRNA基因与Gen Bank中相关菌株基因进行了基因同源性比较和遗传进化分析。Mhr-p37基因和16S基因PCR扩增测序结果显示,获得核苷酸序列长度分别为346bp和1500bp,Mhr-QH1-p37基因核苷酸序列与中国株、法国株和美国株的同源性达到100%;同样16S rRNA基因与巴西分离株的16S rRNA基因同源性也为100%,与日本、瑞典和美国分离株的同源性为99%。进化树分析发现:Mhr-QH1分离株与巴西株聚为组成一个微小分支,与美国株和巴西株共聚为同一个大支上,并与其他Mycoplasma spp.种系进化距离较远。因此,本研究对青海猪鼻支原体菌株的Mhr-p37基因序列和蛋白氨基酸序列分析,及16S rRNA基因系统进化研究的结果,有望为我国猪鼻支原体病的分子流行病学调查提供一定的数据参考,同时提示猪场搞好饲养管理是预防本病的关键。