白背飞虱海藻糖酶Treh-2基因克隆及生物信息学分析

利用同源克隆及RACE方法,从白背飞虱Sogatella furcifera中克隆获得海藻糖酶基因(Treh-2)全长cDNA序列(GenBank登录号:JX204291),该基因全长为2 065 bp,包含73 bp 3,UTR和150 bp5,UTR,开放阅读框(ORF)为1 842 bp,编码613个氨基酸。该基因预测蛋白分子质量为70.45 ku,等电点为5.65,有5个预测糖基化位点,有1个信号肽结构。进化分析结果显示,白背飞虱海藻糖酶Treh-2与其他昆虫海藻糖酶Treh-2同源性较高,与灰飞虱相比,同源性为95%,与褐飞虱相比较,同源性为93%。海藻糖酶Treh-2基因克隆和比较分析为进一步深入研究白背飞虱迁飞能力与能量代谢具有重要意义。     

白背飞虱海藻糖酶Treh-2基因克隆及生物信息学分析

利用同源克隆及RACE方法,从白背飞虱Sogatella furcifera中克隆获得海藻糖酶基因(Treh-2)全长cDNA序列(GenBank登录号:JX204291),该基因全长为2 065 bp,包含73 bp 3,UTR和150 bp5,UTR,开放阅读框(ORF)为1 842 bp,编码613个氨基酸.该基因预测蛋白分子质量为70.45 ku,等电点为5.65,有5个预测糖基化位点,有1个信号肽结构.进化分析结果显示,白背飞虱海藻糖酶Treh-2与其他昆虫海藻糖酶Treh-2同源性较高,与灰飞虱相比,同源性为95％,与褐飞虱相比较,同源性为93％.海藻糖酶Treh-2基因克隆和比较分析为进一步深入研究白背飞虱迁飞能力与能量代谢具有重要意义.     

白背飞虱海藻糖合成酶基因的克隆及序列分析

为进一步深入研究白背飞虱的迁飞能力与能量代谢,利用同源克隆及RACE的方法,从白背飞虱Soga-tella furcifera中克隆获得海藻糖合成酶基因(TPS)的全长cDNA序列(Genbank登录号:JQ013797),该基因全长为3 278bp,包含353bp的3非编码区域(UTR)和501bp的5UTR,开放阅读框(ORF)为2 424bp,编码807个氨基酸。该基因预测的蛋白分子量为90.372kD,等电点为6.08,有3个预测的糖基化位点,无信号肽及跨膜结构。进化分析结果表明:白背飞虱的海藻糖合成酶与其它昆虫的海藻糖合成酶基因的同源性较高,与褐飞虱相比较同源性高达98%。     

卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)热休克蛋白HSP30基因的克隆与组织表达

[目的]获得卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)HSP30基因并探讨其组织表达.[方法]采用RACE的方法从卵形鲳鲹脾组织克隆HSP30基因的cDNA全序列,并用荧光定量PCR分析在健康鱼及哈维氏弧菌感染后HSP30基因的组织表达.[结果]HSP30基因cDNA序列全长913 bp,包含5′非编码区(5′UTR)89 bp、3′非编码区(3′UTR)188 bp,开放阅读框(ORF)636 bp,编码211个氨基酸.预测其氨基酸序列成熟肽的蛋白分子质量为24.1 kD,理论等电点为5.62.HSP30包括N-末端序列(NTS)、α-晶状体蛋白结构域(ACD)、C-末端序列(CTS)和C-末端延伸(CTE).系统进化分析结果显示卵形鲳鲹HSP30与高体鰤(Seriola dumerili)HSP30聚为一支.卵形鲳鲹HSP30基因在各组织中均有不同程度的表达,其中肝组织中表达量最高,其次为皮肤、肌肉、脾、心、肾,其他组织的表达量较低.哈维弧菌侵染卵形鲳鲹后,肝、脾和肾组织中HSP30基因mRNA表达量均升高,肝组织中变化最显著.[结论]成功克隆了卵形鲳鲹HSP30基因,为进一步揭示卵形鲳鲹HSP30的抗菌免疫应答机制提供了理论依据.     

林麝(Moschus moschiferus)FSHR基因的克隆及进化分析

【目的】克隆林麝FSHR基因有助于了解其结构、功能及进化。【方法】运用PCR产物克隆测序的方法获得了FSHR基因的DNA序列序列,并运用Chmmosoma 1.62、DNAStar 7.2等生物信息学软件分析了基因的进化和相关蛋白质性质。【结果】获得一段全长为2 088 bp的林麝FSHR基因DNA序列,含有一个CDS区(1 971 bp)和5’UTR区(117 bp),共编码656个氨基酸残基(GeneBank登记号为:MG787948);蛋白为疏水性蛋白。碱基序列的同源性分析发现在偶蹄目中具有很高的同源性,林麝与家牛(Bos taurus)的相似性最高(96.1%),与原鸡(Gallus gallus)最低(71.2%)。基因进化分析显示用13个物种FSHR基因CDS序列构建的NJ树与ME树结构一致,表明FSHR基因适合用于构建不同物种间的系统进化树。【结论】林麝FSHR基因的克隆和进化分析为今后深入研究促卵泡激素受体基因功能以及开展林麝相关功能基因的表达机制研究提供了理论依据。     

龙眼子叶胚3-磷酸甘油醛脱氢酶基因的cDNA克隆及序列分析

从龙眼子叶胚中分离得到一个大量表达的表达序列标签(EST),该EST编码序列与金鱼草3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)基因的同源性为84%,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆了龙眼GAPDH基因全长序列.序列分析表明,龙眼GAPDH基因的cDNA全长为1395 bp,包括一个长1008 bp、编码336个氨基酸的开放阅读框(ORF),5′端非编码区(UTR)长71 bp,3′-UTR长316 bp.龙眼GAPDH基因编码的氨基酸序列与水稻、葡萄、小果野蕉、拟南芥、银杏等GAPDH基因的氨基酸序列同源性均高达85%以上,该基因在GenBank中的登录号为FJ694011.     

百合单萜合成酶基因的克隆与序列分析

单萜化合物是‘西伯利亚’百合花香的主要成分,为了研究百合单萜化合物的合成与代谢机理,以百合的花瓣为材料,根据GenBank发表的单萜合成酶基因的保守区设计1对简并引物,通过RT-PCR与RACE相结合的方法,克隆得到一个单萜合成酶基因的cDNA序列,命名为Li-mTPS2。该基因全长为1 766bp,包含1 608bp的基因开放阅读框(ORF),45bp的5′UTR和113bp的3′UTR,编码535个氨基酸,含有萜烯合成酶(TPS)保守序列DDxxD以及TPSb亚家族共有的RRx8W基序。氨基酸同源性分析表明该基因所编码蛋白的氨基酸序列与小苍兰芳樟醇合成酶、姜花单萜合成酶、六出花月桂烯合成酶的同源性分别为55%,53%,51%。     

虹鳟Ndufb2基因全长cDNA序列的克隆与分析

从虹鳟鱼(Oncorhynchus mykiss)的脑组织中提取RNA,经逆转录-聚合酶链反应及cDNA末端快速扩增技术克隆出Ndufb2基因全长cDNA序列(GenBank登录号:FJ534641),并对其序列进行分析.扩增结果表明:Ndufb2基因的cDNA序列全长899bp,其中5′端非翻译区长152bp,3′端非翻译区长441bp,开放阅读框长306bp,编码101个氨基酸;其N端前50个氨基酸为线粒体靶序列.将翻译的虹鳟Ndufb2蛋白序列与大西洋鲑(Salmo salar)的Ndufb2蛋白序列比对发现,其同源性高达98%,且虹鳟Ndufb2蛋白序列与已报道的哺乳动物的Ndufb2蛋白序列同源性均在55%以上.表明Ndufb2基因在进化过程中是高度保守的,推测其在线粒体呼吸链组成中发挥着重要作用.     

甘蔗MAP激酶基因SoMAPK4克隆与生物信息学分析

[目的]克隆甘蔗MAP激酶家族新基因的全长序列,为了解甘蔗抗逆胁迫机制提供依据.[方法]以新台糖22为材料,提取甘蔗幼叶总RNA并反转录为cDNA;利用已知物种MAP激酶基因核苷酸序列保守区设计引物,采用5′和3′端RACE技术克隆新基因全长,并进行生物信息学分析.[结果]克隆获得的甘蔗新基因与玉米ZmMAPK4同源性很高,达92.6%,将该基因命名为SoMAPK4(登录号JQ062930),基因全长1499 bp,其中开放阅读框(ORF)为1128 bp,5′非翻译区(UTR)为218 bp,3′非翻译区(UTR)为213 bp.生物信息学分析结果表明,SoMAPK4基因编码一个含376个氨基酸的蛋白质,分子量约43.5 kDa,等电点为5.51,含有11个保守的蛋白激酶亚区和MAP激酶的磷酸化位点TEY基序.[结论]克隆获得甘蔗MAP激酶新基因SoMAPK4,该基因可能参与多种胁迫反应的信号传递,是研究甘蔗非生物胁迫和生物胁迫过程中信号传递的一个关键因素.     

沙田柚热激蛋白HSP90基因的鉴定分析

为探明沙田柚自交不亲和分子机理,以沙田柚(Citrus grandis var.Shatianyu Hort)自交和异交花柱为材料,对其进行转录组测序;通过差异分析获得相关基因,并研究其理化性质。结果表明:获得的Hsp90基因全长2 602bp(GenBank登录号:KU517851),开放阅读框(ORF)全长为2 100bp,编码699个氨基酸,编码的蛋白质分子量为80.55KDa,理论等电点为5.01,含有1个与HSP90超家族(HSP90superfamily)相同的保守结构域。沙田柚Hsp90蛋白氨基酸的同源性与甜橙(XM_006490568)、克莱门柚(XM_006421973)亲缘关系较近,同源性高达99%,属同一进化分支。     

2008年《图书馆学、信息科学、资料工作》文献计量分析

运用文献计量学方法,对人大《复印报刊资料》G9分册《图书馆学、信息科学、资料工作》2008年所载论文的载文、作者情况进行文献计量分析,揭示该刊载文的特点及规律。     

反垄断法SSNIP测试辅助性分析方法研究

为了最大限度地弥补SSNIP测试不精确与无法涵盖所有现实情况的短板，世界各国反垄断执法机构在其实践中，发掘出一系列辅助性分析方法，如价格弹性分析法、价格差异分析法、价格相关性分析法等。我国作为反垄断的后发国家，尚没有完全掌握相关市场的界定方法，尤其是SSNIP测试的具体操作，因而对这些辅助性分析方法进行研究将有利于我国形成一套行之有效的相关市场界定方法，从而促进我国反垄断的有效执法。     

2006年《西安邮电学院学报》载文、作者及引文统计分析

运用文献计量学方法，对2006年《西安邮电学院擘报》所载的学术论文、作者及引文情况进行统计分析，从中归纳出该刊一些特点。该刊通信、计算机科学载文较高，这体现了本校科研方向和专业特色。而所载文章作者地区分布很不平衡，主要集中在本省。篇均引文量偏低。     

《图书与情报》2000-2002年载文、作者及引文统计分析

本文采用文献计量学的方法，对2000—2002年出版的《图书与情报》载文、作者及引文情况进行统计和分析，归纳该刊的载文、作者及引文特点。     

逐步回归及通径分析在主成分分析中的应用

[目的]探讨多指标体系中对测定指标的评价、排序及简约,实现对多指标体系的降维.[方法]举例将逐步回归分析和通径分析引入主成分分析中.[结果]测定指标对主成分逐步回归分析保留了对主成分影响显著的指标,剔除了对主成分作用较小或存在共线性的指标;通径分析揭示了测定指标对主成分的直接影响和间接影响体现了指标间的相互作用.通径分析中测定指标对主成分决定系数的分解结合主成分特征值的百分贡献率可对测定指标进行评价,提取反映总体主要信息,真正实现测定指标的简约.[结论]主成分分析结合逐步回归分析和通径分析可对多指标体系中的指标进行评价,实现测定指标的真正降维.     

Multifractal analysis and lacunarity analysis: A promising method for the automated assessment of muskmelon (Cucumis melo L.) epidermis netting

The quantification of the plant phenotype via image analysis has the potential to objectively evaluate its growth and quality, and is compatible with databases which aim to combine phenotypic and genotypic data. The muskmelon epidermis netting is one of the most important phenotype traits, because it directly reflects fruit’s growth condition and directly relates to the commercial value of the product. Classical measures of muskmelon netting, including netting coverage rate, netting (non-netted, sparsely netted, partially netted and completely netted), and wrinkled skin or not, are employed study in breeding and cultivation. These measurements were proven to be sufficient for some studies. However, they are less well suited for quantifying changes in the netting distribution and the last two methods are mainly through subjective evaluations by eyes. This study focuses on the benefits of multifractal and lacunarity analysis in quantifying the muskmelon epidermis netting. We applied the multifractal analysis and lacunarity analysis on three cultivars (Wanglu, Feicui and Luhoutian) and four different growth stages. Their efficiencies were proved by comparison to the classical texture features (co-occurrence matrices, Gabor filters and the wavelet transform) in supervised classification processes (AdaBoost and support vector machine classifiers). Based on the images from growth monitoring system, some image processing-mathematical morphology operations, the watershed transformation and overlap were used before analysis. We found that the epidermis netting showed fractal properties. Comparisons among cultivars showed that the extracted generalized dimensions of netting were significantly different while their coverage rate is less different. The generalized dimensions D₀, D₁, D₂ and the lacunarity parameter b could be used to discriminate netting from different growth stages. Using multifractal analysis and lacunarity analysis, we present an automated extraction tool of the muskmelon epidermis netting. These results demonstrate that multifractal dimension and lacunarity are valuable additions to classical measures of epidermis netting. Features obtained by combining fractal, lacunarity, multifractal features contributed to new texture characterization and complementary for classical features (co-occurrence matrices, Gabor filters and the wavelet transform) used in fruit epidermis netting.     

凡纳滨对虾新品系体形性状对其体质量的影响

以凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)为材料,对其体质量(y)、全长(x1)、体长(x2)、头胸甲长(x3)、第1腹节高(x4)、第1腹节宽(x5)、第3腹节高(x6)和第3腹节宽(x7)等8个性状进行了测定,通过相关分析、逐步回归分析和通径分析的方法,计算了各性状间的相关系数、通径系数和决定系数,分析了不同体形性状对体质量的影响并建立性状对体质量的回归方程。结果表明:8个表型性状之间的简单相关系数均达到极显著水平(P0.01);逐步回归分析建立了全长、体长、第3腹节宽和第1腹节宽对体质量的回归方程,y=0.069x1+0.202x2+0.336x5+0.577x7-28.026(R2=0.955)。通径分析结果表明体长对体质量的直接影响程度最大,其次是全长、第3腹节宽和第1腹节宽。2个性状对体质量的共同作用中,体长和全长对体质量的共同作用最大,其次为体长和第3腹节宽。     

2006年《图书馆学刊》载文、作者统计分析

运用文献计量学的方法,对《图书馆学刊》(2006年)载文、作者进行统计分析,从中总结一些规律,为图书馆学情报学学科的研究与发展提供参考依据。     

广西大果甜杨桃表型多样性评价

【目的】揭示大果甜杨桃叶片表型性状的多样性及挖掘其优异种质资源,提高优胜大果甜杨桃种质资源的保护和利用水平。【方法】以广西壮族自治区农作物品种审定委员会审定的5种大果甜杨桃种质资源为研究材料,对6个复叶性状、3个顶生小叶性状和3个侧生小叶性状进行测定,通过变异分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析研究其叶片表型及多样性特征。【结果】12个性状的变异系数范围为9.97%～28.94%,平均变异系数为16.86%,多样性较为丰富;大果甜杨桃叶片12个表型性状间存在不同程度的相关性,可为其叶片性状的改良提供一定的理论依据;主成分分析将12个数量性状分为4个主成分,累计方差贡献率为80.723%,可作为大果甜杨桃叶片性状选择的综合指标;聚类分析结果表明,当平方欧氏距离为5时,将所有材料分为3个类群,第2类群在复叶长、复叶宽、复叶主轴长等9个表型性状指标中均最优,可作为叶片性状育种优先考虑的种质资源。【结论】综合各供试杨桃品种表型性状的变异分析、相关性分析、主成分分析等分析结果,大果甜杨桃2号在复叶长、复叶宽、复叶主轴长、复叶鲜质量、小叶数量、顶生小叶长、侧生小叶长、侧生小叶宽和侧生小叶鲜质量9...     

1980~2010年湖南安化山区大气能见度变化特征

利用安化国家基本气象站1980~2010年大气能见度观测资料,选取不受气象因素影响的数据,利用百分位分析法、等级分析法、Ridit分析法和小波分析,研究了安化山区大气能见度的变化趋势。结果表明:安化大气能见度整体上呈下降趋势,"较差"大气能见度出现频率明显增加,20世纪90年代大气能见度水平反常优于80年代,这在很大程度上由人类活动和降水偏多造成的。相对国内其他大城市而言,安化山区年和季大气能见度年际波动特征十分显著,这与山区复杂的气候特征、地形地貌是分不开的。复Morlet小波分析表明,1980~2005年的年Ridit值周期变化比较明显,周期为7年左右。