全基因组预测稻瘟菌的分泌蛋白

【目的】分泌蛋白多为病原微生物与植物受体蛋白起作用的激发子和其它致病因子，深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制。利用稻瘟菌基因组学研究成果，结合计算机技术和生物信息学的方法，分析其分泌蛋白组学，将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能。【方法】利用SignalP对稻瘟菌基因库中所有ORF的N-端信号肽存在与否进行预测，再依次通过Protcomp、TMHMM、big-PI Predictor和TargetP预测程序进行验证，寻找出所有可编码信号肽的基因。【结果】对11 108个稻瘟菌的ORF进行分析，最终预测出共有1 235个ORF可编码分泌蛋白。【结论】经验证此预测方法之可靠性较高，这为深入研究分泌蛋白组学奠定了基础。     

全基因组预测枯草芽孢杆菌BEST195的分泌蛋白

枯草芽孢杆菌BEST195作为纳豆菌的一种,是纳豆生产的重要菌株之一。利用SignalP、ProtComp、TMHMM、Phobius、LipoP、TatP等预测程序对该菌中4456条蛋白质序列进行分泌蛋白找寻,同时,对上述分泌蛋白的氨基酸分布、信号肽长度大小、信号肽切割位点等性质进行分析。结果表明：枯草芽孢杆菌含有分泌蛋白102个,其氨基酸长度、信号肽长度与植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A X A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、细菌以及卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。通过上述生物信息学分析方法有效地实现了枯草芽孢杆菌BEST195分泌蛋白的预测,分泌蛋白的信号肽切割位点具有物种保守型特点。     

全基因组预测里氏木霉QM6a的碳水化合物活性酶类蛋白

【目的】里氏木霉QM6a是一株产纤维素酶的重要工业菌株,明确该菌中碳水化合物活性酶类蛋白(CAZymes),为进一步开展其功能研究打下坚实的理论基础。【方法】基于前期所获得的356个分泌蛋白数据,利用CAT预测程序对其CAZymes进行分析。【结果】里氏木霉QM6a中含有201个CAZymes,可以分为主要类别、复合类别,主要类涉及93个GHs和52个CBMs以及15个AAs、14个CEs、5个PLs、4个GTs;复合类别则涉及15个GH/CBMs和1个AA/CBMs以及2个CE/CBMs。【结论】通过上述生物信息学分析方法有效地实现了里氏木霉碳水化合物活性酶蛋白的预测。     

全基因组预测枯草芽孢杆菌XF-1的分泌蛋白

枯草芽孢杆菌XF-1对诸多植物病原菌具有抑制作用,是农业生产上重要的生防菌之一。利用SignalP、ProtComp、TMHMM、Phobius、LipoP、TatP等预测程序对枯草芽孢杆菌中3 853条蛋白质序列进行分泌蛋白的预测研究,并对所获得的分泌蛋白开展氨基酸分布、信号肽长度、切割位点等性质进行分析。结果表明,该菌含有分泌蛋白为104个,其氨基酸长度、信号肽长度与植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、细菌以及卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。通过上述生物信息学分析方法有效地实现了枯草芽孢杆菌分泌蛋白的预测,分泌蛋白的信号肽切割位点具有物种保守型特点。     

里氏木霉产纤维素酶系各组分分泌特性

在液体发酵条件下,以纤维素粉或麦麸为不同碳源及添加碳酸钙和酵母膏对里氏木霉产纤维素酶系不同组分的最高酶活、比酶活及其形成时间、分泌规律等进行了探讨。结果表明:以纤维素粉或麦麸为不同碳源时,各组分的最高酶活、酶活比及其形成时间均有较大差异,并以混合碳源(1 0%纤维素粉+2 0%麦麸)时为最佳,内切型β 1,4 葡聚糖酶(C1)外节型β 1,4 葡聚糖酶(Cx)和β 葡萄糖苷酶(BG)的最高酶活分别达到76 18×10-5,313 25×10-5和135 59×10-5mol·s-1,比酶活分别为72 18×10-5,331 57×10-5和124 29×10-5mol·s-1,最高酶活形成时间为9～10d。添加碳酸钙可明显提高C1和Cx的最高酶活及提高C1的比酶活,降低BG的最高酶活及比酶活和缩短C1和Cx的最高酶活形成时间;添加酵母膏能明显提高BG最高酶活但降低其酶活比;而C1和Cx的比酶活和最高酶活则随其浓度变化而增减不一。3种组分酶的分泌规律和酶系的均衡性极不相同,其中对BG的影响较为滞后。图3表3参12     

棘孢木霉分泌蛋白和效应子的预测及分析

棘孢木霉(Trichoderma asperellum)作为一种生防菌,在植物病害的防控中具备较高的开发以及利用价值.根据棘孢木霉CBS 433.97菌株全基因组测序获得的12557个蛋白序列,利用SignalP、TargetP、TMHMM、WoLF PSORT和big-PI Predictor生物信息学软件和预测程序...     

里氏木霉外源表达载体的构建

[目的]构建里氏木霉外源表达载体。[方法]以里氏木霉40359的CBHI启动子和终止子构建了里氏木霉40359外源表达载体,并用该表达载体成功表达了抗潮霉素B磷酸转移酶基因,得到6株可在含175 mg/L潮霉素的基础培养基上生长的抗性菌株;提取6株抗性菌株的DNA整合到里氏木霉菌株中,并对其进行潮霉素耐受性检测。[结果]6株抗性菌株的抗潮霉素能力比原始菌株提高了75%;转基因菌株的潮霉素抗性可以稳定遗传,证明表达载体构建成功。[结论]为开展里氏木霉分子生物学研究与遗传改造奠定了基础。     

里氏木霉纤维素酶水解稻草的研究

[目的]探讨碳氮源对里氏木霉发酵产纤维素酶的影响,以及纤维素酶水解稻草的条件。[方法]通过添加不同的碳源和不同浓度的酵母粉,探讨里氏木霉合适的发酵条件;使用不同添加量的纤维素酶对稻草进行酶解;分别利用纤维素酶、纤维素酶和木聚糖酶混合酶对稻草进行酶解反应。[结果]利用乳糖和稻草的复合碳源和12 g/L的酵母粉进行水解时,纤维素酶活性较高。酶解适宜的酶用量为每克稻草底物200 U的滤纸酶。用纤维素酶及木聚糖酶混合酶酶解稻草96 h的酶解得率为65.4%。[结论]该研究可为里氏木霉纤维素酶生产和酶解稻草的应用提供一定的依据。     

里氏木霉纤维素酶生产工艺的优化

提高纤维素酶生产效率,降低纤维素酶生产成本是纤维素乙醇生产技术的关键之一。而碳源、氮源和无机盐等产酶培养基成分以及接种时间、产酶温度、培养初始pH等产酶条件是纤维素酶生产过程中的关键因素。为充分利用里氏木霉生产纤维素酶,研究了纤维素酶高产菌株里氏木酶FST-1产酶培养基和产酶条件对纤维素酶产酶的影响。结果表明:麸皮、蛋白胨和磷酸二氢钾的含量对于纤维素酶的生产影响较大,并且确定了最优产酶培养基为4号培养基。通过对不同产酶条件的研究,确定最佳接种时间为24h、最佳产酶温度为32℃、最佳初始pH为5.5,优化后的生产工艺可以将滤纸酶活力和蛋白含量提高3倍。     

黑曲霉葡萄糖氧化酶在里氏木霉中的分泌表达及其对内源纤维素酶表达的影响

目前饲料工业中所使用的纤维素酶和葡萄糖氧化酶来自不同的表达系统,其生产成本较高;而在同一种微生物宿主中同时表达这两种重要的饲料工业用酶则有可能会降低成本。根据里氏木霉中密码子的偏好性优化黑曲霉来源的葡萄糖氧化酶基因god,并利用DNA assembler方法构建pRS424-cbh1P-god-cbh1T质粒(p PGT质粒);通过PEG介导的原生质体转化法,将其转入里氏木霉Tu-6Δtku70尿嘧啶缺陷型菌株中,经筛选得到葡萄糖氧化酶酶活较高的一株转化子(2号),SDS-PAGE分析显示重组GOD的蛋白分子量大小约为70 k Da,进一步使用质谱确证了GOD得到成功表达。摇瓶发酵表明,2号转化子在微晶纤维素诱导92 h后,GOD酶活达到4.63 U/m L。该转化子的滤纸酶活、内切葡聚糖酶活和外切纤维素酶活分别为7.88 U/m L、2.58U/m L和0.84 U/m L,而出发菌株分别为6.79 U/m L、3.19 U/m L和0.57 U/m L,而β-葡萄糖苷酶由原来的0.66U/m L提高到1.65 U/m L(1.5倍)。实验表明,在里氏木霉中表达GOD能显著提高β-葡萄糖苷酶的酶活,也能使总体纤维素酶活得到提高。     

Proteomic mapping of secreted proteins of Trichoderma spp.

A series of highly taxonomically diverse Trichoderma strains were investigated using proteomic approaches, to investigate the utility of protein profiles as taxonomic markers and to identify proteins of potential economic importance. Initial studies have focused on a comparison of single strains of T. aureoviride, T. saturnisporum, T. polysporum, T. longbrachiatum and T. spirale, along with two strains of T. harzianum. All seven strains were grown in synthetic medium supplemented wi…     

里氏木霉外源表达载体的构建（摘要）

[目的]构建里氏木霉外源表达载体。[方法]以里氏木霉40359的CBHI启动子和终止子构建了里氏木霉40359外源表达载体,并用该表达载体成功表达了抗潮霉素B磷酸转移酶基因,得到6株可在含175mg/L潮霉素的基础培养基上生长的抗性菌株;提取6株抗性菌株的DNA整合到里氏木霉菌株中,并对其进行潮霉素耐受性检测。[结果]6株抗性菌株的抗潮霉素能力比原始菌株提高了75%;转基因菌株的潮霉素抗性可以稳定遗传,证明表达载体构建成功。[结论]为开展里氏木霉分子生物学研究与遗传改造奠定了基础。     

里氏木霉40359原生质体制备条件研究

对影响里氏木霉(Trichoderma reesei )40359原生质体制备和再生的条件:包括茵龄、水解酶液的种类及浓度、酶解温度、酶解时间、再生培养基的稳渗剂进行了研究.结果表明:当茵龄为12 h,采用2%纤维素酶和2%蜗牛酶混合液,酶解温度30℃,酶解时间2h,用0.6 mol·L-1蔗糖作再生培养基的稳渗剂,原...     

里氏木霉产纤维素酶条件的优化

研究采用里氏木霉菌株30911、40358和40359,设计了9个影响里氏木霉产纤维素酶活性因素,对里氏木霉的纤维素酶活性进行了液体摇瓶发酵试验。结果表明,培养基中微晶纤维素和小麦麸皮的最适添加量分别为:微晶纤维素20 g·L-1,小麦麸皮80 g.L-1,微晶纤维素与小麦麸皮最适配比为1:4;接种孢子悬液浓度1×107个·mL-1,培养温度28～30℃,pH 5.5,培养时间72 h,摇瓶转速180 r·min-1,250 mL三角瓶中装液量为50～75 mL。     

粘绿木霉Gv29-8的碳水化合物活性酶类蛋白预测及遗传关系分析

利用CAT(CAZymes analysis toolkit)在线分析程序对Trichoderma virens Gv29-8中碳水化合物活性酶类蛋白(carbohydrate-active enzymes,CAZymes)不同亚家族的分布情况进行分析,结果表明:粘绿木霉Gv29-8中含有185个CAZymes蛋白,分为主要类别和复合类别两种类型;其中,主要类别含有71个GH蛋白、54个CBM蛋白及12个AA蛋白、25个CE蛋白、3个PL蛋白、3个GT蛋白;复合类型含有17个蛋白。遗传关系分析表明,CAZymes分类应进一步细化到更小的类别。     

里氏木霉摇瓶发酵产木聚糖酶培养条件的优化

研究培养基组分及培养条件对里氏木霉M(Trichoderma reesei)摇瓶发酵产木聚糖酶的影响。将里氏木霉M在培养温度30℃,转速为200 r.min-1条件下培养,采用分批正交试验设计确定最佳培养基组成为牛肉膏、蛋白胨、玉米芯、葡萄糖,其比例为1∶0.50∶3∶0.43,最适培养时间为64~72 h,最适初始pH为5。