高通量测序发现河南开封、中牟西瓜病毒病由多种病毒复合侵染导致

调查发现河南省开封市祥符区和郑州市中牟县西瓜田病毒病严重发生,症状表现为叶片黄化、蕨叶、皱缩、卷曲,枝梢翘起,果实变小和瓜纹不清。为明确其病毒种类,通过小RNA测序及生物信息学分析发现采集的西瓜样本中存在8种病毒。其中包括5种已知病毒:小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)、甜瓜蚜传黄化病毒(Melon aphid-borne yellows virus, MABYV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus, WMV)、黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mo-saic virus, CGMMV)和西瓜隐潜病毒(Citrullus lanatus cryptic virus, CiLCV);3种为新检出的RNA病毒:西瓜病毒A(Watermelon virus A, WVA)、西瓜皱叶相关病毒1号(Watermelon crinkle leaf-associated virus 1, WCLaV-1)和西瓜皱叶相关病毒2号(Watermelon crinkle leaf-associ...     

侵染四川辣椒的番茄斑萎病毒和辣椒轻斑驳病毒的小RNA测序检测及鉴定

 调查发现四川省汶川县当地辣椒的病毒病严重且症状多样,病样粗提液摩擦接种辣椒、矮牵牛和三生烟,出现辣椒系统性花叶焦枯和茎尖坏死,指示植物表现局部枯斑。对3个不同症状的病果进行sRNA深度测序鉴定,发现均含有番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV)和辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus,PMMoV)。通过RT-PCR技术进行验证,结果显示所有病样的果皮和部分新鲜种子以及回接寄主的病叶均检测到TSWV和PMMoV,表明该地辣椒病毒病是由TSWV和PMMoV复合侵染引起。这是TSWV侵染四川辣椒的首次报道。分别基于TSWV N基因序列和PMMoV CP基因序列构建系统发育树,汶川分离物TSWV-WC(MK468469)与贵州分离物(KP684518)亲缘关系最近,PMMoV-WC(MK408614)与北京分离物(AY859497)亲缘关系最近。推测该地辣椒病毒病可能与品种引进有关。     

基于小RNA深度测序技术鉴定侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类

随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重。为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析。结果表明,从来自我国7省市的41株具有典型病毒病症状的草莓种苗样品中检测到草莓斑驳病毒strawberry mottle virus (SMoV)、草莓镶脉病毒strawberry vein banding virus(SVBV)和草莓轻型黄边病毒strawberry mild yellow edge virus (SMYEV)3种。SMoV、SVBV和SMYEV的检出率分别为34.1%、24.4%和2.4%。选取不同产地草莓种苗上检出的不同病毒进行部分序列测定和分析,获得了3个SMoV分离物(四川分离物schhy13、辽宁分离物lnhy23和河北分离物hbhy28)的部分RNA1 3′端非编码区606 bp核苷酸序列,其一致性为98.12%～99.34%。测定并获得了5个SVBV分离物(辽宁分离物lnhy15、lnhy17、lnhy24、河北分离物hbhy28和陕西分离物sh...     

基于小RNA深度测序和RT-PCR检测侵染广东省冬种马铃薯的病毒

为明确侵染广东省冬种马铃薯的病毒种类及优势病毒,结合小RNA深度测序技术及RTPCR检测方法,对采集于广东省冬种马铃薯7个主产区的189份疑似病样进行检测分析。结果表明,经小RNA深度测序技术检测马铃薯病毒病混合样,发现存在马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)、马铃薯S病毒(Potato virus S,PVS)和马铃薯卷叶病毒(Potato leaf-roll virus,PLRV)3种病毒。进一步设计3种病毒的特异性引物并利用国内已报道的其它5种马铃薯病毒的特异性引物进行RT-PCR检测,发现189份马铃薯病毒病疑似病样中仅检测到PVY、PVS和PLRV这3种病毒,检出率依次为75.13%、10.05%和4.76%,且3种病毒在马铃薯上还存在复合侵染,复合侵染率为14.19%,其中PVY在各马铃薯产区均可检测到。表明侵染广东省冬种马铃薯的病毒为PVY、PVS和PLRV,其中PVY是优势病毒。     

辣椒病毒病发生与防治

辣椒为我国一种重要蔬菜。但因辣椒病毒病危害严重,对辣椒生产造成极大的威胁。已知在世界上危害辣椒的病毒种类有36种,我国的辣椒病毒病主要由黄瓜花叶病毒(CMV)、烟草花叶病毒(TMV)以及马铃薯Y病毒(PVY)等引起。病毒侵染辣椒后破坏了植物养分在植株体内的输导,抑制植物生长,造成辣椒植株落叶、落花和落果,一般年份减产20%～40%,严重的年份减产达60%,甚至绝产。辣椒病毒病已经阻碍了辣椒生产水平的提高。为了防治辣椒病毒病,人们研究了许多防治方法。如选用辣椒抗病品种及种子脱毒等措施预防病毒病的发生;利用病毒弱毒株系和卫星RNA…     

从葎草中检出复合侵染的多种病毒

采用抗原直接包被酶联免疫吸附测定法（ELISA）对采自重庆近郊的34个葎草样品进行了主要病毒种类的检测。其中马铃薯Y病毒(Potato virus Y, PVY)的侵染最普遍,其阳性检出率达44.12%;马铃薯X病毒(Potato virus X, PVX)的阳性检出率最低,仅为26.47%,其余5种病毒,烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus, TMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus, CMV)、番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus, ToMV)、芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus, TuMV)及蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2, BBWV-2)的阳性检出率均为35.29%。葎草样品受多种病毒的复合侵染现象非常严重,15个阳性样品中病毒复合侵染率为80%,其中75%的样品检测到7种病毒复合侵染。     

辣椒病毒病的发生与无公害防治技术

辣椒病毒病发病率高、蔓延快,发病越来越严重,一般产量损失30%左右,严重的高达60%以上,影响广大农民种植辣椒的积极性。通过对辣椒病毒病发病症状、传播途径、发病条件的分析,采取无公害防治,有效地控制该病的为害。     

孜然与辣椒间作对辣椒病毒病发生的影响

间作套种可增加田间物种多样性,是生态化防病治虫的重要途径之一。为明确孜然与辣椒间作模式对辣椒病毒病发生的影响,在田间设置了孜然+辣椒间作与辣椒单作的两种处理,在秋季分别采集辣椒叶片样品,采用RTPCR和实时荧光定量技术进行辣椒病毒病检测。检测结果显示,单作区辣椒病毒病总检出率为100%,间作区辣椒病毒病总检出率为61.33%,且单作区辣椒病毒检测含量在间作区的2倍以上,无论是病毒病发生率还是病毒含量,辣椒单作区均明显高于孜然与辣椒间作区,由此证实孜然与辣椒间作对辣椒病毒病的田间发生确有控制作用,采取该模式有利于减轻加工辣椒病毒病的发生。     

粤西地区冬季辣椒病毒病发生与防治

冬季辣椒病毒病主要受辣椒品种、气候条件、椒田环境及栽培管理等因素的影响。尖椒品种较圆 (甜 )椒品种的抗病性强 ,青皮尖椒较黄皮尖椒的抗病性强 ;冬季高温干旱 ,病害发生早而且严重 ,扩展速度快 ;椒田在林区或蔗地旁 ,其病害发生较在平原地的椒田普遍严重。在病毒病发生初期 ,及时防治传毒介体 ,用3.85%病毒毖克等药剂连续防治 2～3次 ,对抑制病毒病的扩展蔓延有较好的效果。     

河南省山药病毒病病原鉴定及主要病毒的序列分析

为开展河南省山药病毒种类及遗传变异的系统性研究,通过高通量测序(high-throughput sequencing)和RT-PCR检测疑似病毒病的山药样品188份,结果表明从山药样品中检测出5种病毒：日本山药花叶病毒(Japanese yam mosaic virus, JYMV)、油菜花叶病毒(youcai mosaic virus, YoMV)、山药潜隐病毒(yam latent virus, YLV)、蚕豆萎蔫病毒2(broad bean wilt virus 2, BBWV 2)和淮山药黄斑花叶病毒(yam yellow spot mosaic virus, YYSMV)。JYMV、YoMV、YYSMV、 BBWV 2和YLV的检出率分别为94.15%、87.23%、68.09%、42.02%和29.79%,其中98.94%的山药样品都存在复合侵染现象。本研究统计188份样品中共有20种复合侵染类型,其中JYMV+YYSMV+YoMV是主要复合侵染类型,检出率是26.60%。序列分析结果表明,YoMV和JYMV较保守,其次是YYSMV,YLV和BBWV 2变异较大,遗传进化树分析结果表明本研究获得的分离物与同一地区的分离物亲缘关系较近。同时HTS分析结果表明在山药上检测到其他未明确分类地位的病毒种类,因此后续还需全面系统地对河南省山药病毒的种类开展研究。     

利用小RNA深度测序和组装技术鉴定紫藤花叶病病原

<正>RNA沉默(RNA silencing)是一种在真核生物体内普遍保守的基于核酸序列特异性抑制基因表达的调控机制[1]。2009年Kreuze等[2]发现病毒特异的小RNA(small RNA,sRNA)在序列上是重叠的,因此推测通过深度测序技术获得的大量sRNA序列能用来组装病毒的基因组并用来鉴定和发现新病毒。利用sRNA深度测序技术已在作物和昆虫上鉴定发现多种病毒[3、4],但在木本植物上还未见报道。     

潍坊萝卜红心病病原鉴定

 本文用生物学、血清学和分子生物学证据证明,引起潍坊萝卜红心病的病原为芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV).该病毒可系统侵染曼陀罗、油菜、咸阳黄瓜、丝瓜、大白菜和普通烟,局部侵染苋色藜和假酸浆,不侵染豌豆.病毒粒体弯曲线状,长约700 nm,可由蚜虫传播,在红心病组织内形成风轮状和片层凝集状内含体,它在SDS-琼脂糖凝胶免疫双扩散试验中可与TuMV的抗血清形成明显的沉淀线.该病毒的CP基因共867个核苷酸,编码288个氨基酸,分子量为32.98 kD.该序列与国内外20个TuMV分离物的CP氨基酸序列比较结果表明,这些分离物可以分为5组,其中引起萝卜红心病的病毒与日本的H1J、KYD8lJ、意大利的ITA7同属一组.     

上海崇明水仙病毒病病原种类鉴定

 2005~2007年对上海崇明水仙病毒病的种类进行了调查和鉴定。崇明水仙病毒病田间主要表现为花叶、斑驳、黄条和白条等多种症状,以花叶和斑驳为主。采用ELISA和RT-PCR方法,从36个水仙样本上检测到水仙普通潜隐病毒(NCLV)(GenBank登录号:EU200454)、水仙退化病毒(NDV)(GenBank登录号:EU200456);此外,有两类分离物被初步鉴定为新病毒,暂命名为水仙斑驳相关病毒(NMaV)(GenBank登录号:EU182651)和水仙白条相关病毒(NWSaV)(GenBank登录号:EU182652)。4类病毒的总检出率分别为11.1%、13.9%、100%和2.8%,其中NMaV为危害水仙的优势病毒。约20%的样本检测出有2种以上病毒的复合侵染,但是未检测出Potexvirus属的病毒。     

辣椒上烟草轻型绿花叶病毒的鉴定

 辣椒源自南美洲,属于茄科辣椒属（Capsicum L.）,为重要经济作物。病毒病是影响辣椒生产的主要病害,侵染辣椒的病毒有40余种［1］,烟草轻型绿花叶病毒（Tobacco mild green mosaic virus, TMGMV）是近年来在辣椒上发生和危害报道较多的病毒之一。TMGMV是McKinney［2］于1935年在烟草属植物（Nicotiana gluanca）上首次发现的,为烟草花叶病毒属（Tobamovirus）成员。除辣椒外,番茄［3］、凤仙花、蓝眼菊和矮牵牛也是TMGMV的自然寄主。     

Identification of Colletotrichum siamense causing litchi pepper spot disease in mainland China

Litchi (Litchi chinensis) pepper spot disease results in black spotting symptoms on litchi fruits. This disease was first observed on litchi cultivar Guiwei, in Guangzhou, China, in 2009, and then found widespread in other litchi-growing regions of China. Colletotrichum isolates were consistently recovered from typical black spot lesions of diseased fruits with frequency ranging from 83% to 100%. Three representative Colletotrichum isolates from Maoming, Guangzhou and Shenzhen were selected for identification and pathogenicity testing in the field. Based on morphology and phylogenetic analysis using the ribosomal internal transcribed spacer region (ITS), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), calmodulin (CAL), actin (ACT), β-tubulin (TUB2) and glutamine synthetase (GS) gene sequences, the three isolates were identified as C. siamense. In the pathogenicity experiments, typical symptoms appeared on the inoculated litchi fruits, including black spots and green patches around these black spots. These symptoms were consistent with the symptoms originally observed in the field. Colletotrichum siamense was successfully reisolated from the typical black spot lesions of the inoculated litchi fruits. To the authors' knowledge, this is the first report on characterization of C. siamense as the causal agent of litchi pepper spot disease in mainland China by successful inoculation on fruits under field conditions.     

葡萄的两种检疫性病毒的多重RT-PCR检测

 本研究利用多重RT-PCR技术,对葡萄的检疫性病毒中番茄环斑病毒(ToRSV)和烟草环斑病毒(TRSV)进行检测,并研究了反应体系中各个参数对多重RT-PCR的影响。结果表明:可以在同一反应体系中实现对ToRSV和TRSV的RT-PCR检测,但模板浓度、引物浓度、循环数等3个因素对检测结果的准确性有较大的影响,3个参数的增加都会导致非特异性扩增的增多,而dNTP以及Taq酶的浓度对实验结果并无较大影响。     

利用siRNA高通量测序技术检测烟草病毒

<正>烟草是我国的主要经济作物之一,病毒病是烟草生产上的重要病害。常见的烟草病毒主要有马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、烟草脉带花叶病毒(Tobacco vein banding mosaic virus,TVMBV)等[1]。此外,近年来在烟草上还发生一些新的病毒病害,如南美红辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV)[2]、番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,ZTSV)[3]和番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV)[4]。这些病毒     

利用小RNA高通量测序技术检测玉米病毒

正玉米是我国重要的粮食作物,种植范围日趋增大,病害的发生对玉米造成极大为害,病毒病对玉米稳产高产已构成严重威胁。近年来,安徽、山东和辽宁玉米主要种植区病毒病危害较重。为了检测发病玉米的病毒种类,本研究利用小RNA高通量测序技术鉴定玉米病毒,明确种类,以期为制定抗病毒策略提供理论依据。据不完全统计,世界上有40多种玉米病毒病(http://en.wikipedia.org),在我国发生并报道的有5种,分别为玉米粗缩病、玉米矮花叶病、玉米条纹矮缩病、玉米红叶病和玉     

Analysis of the association among three viruses infecting hop in Australia

Associations among Hop latent virus (HpLV), Hop mosaic virus (HpMV), and Apple mosaic virus (ApMV) were assessed in five hop cultivars at four commercial hop-growing regions in Victoria and Tasmania, Australia. The presence or absence of each virus was confirmed by double-antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA). Spatial patterns of virus-infected plants were characterized using the Spatial Analysis by Distance IndicEs ( sadie ) system of pattern analysis. The association among viruses (occurrence and covariation) was assessed using the Jaccard similarity index, Spearman's rank correlation coefficient, and sadie . The spatial pattern of plants infected by HpLV and HpMV ranged from random to highly aggregated depending upon the cultivar infected and the mean disease incidence. The spatial pattern of plants infected by ApMV was aggregated in six of the seven plots where ApMV was present. A strong positive association between HpLV and HpMV was found in all cultivars at all locations. This association may be the result of the viruses sharing a common aphid vector species, the presence of one virus enhancing the ability of the aphid vector to acquire the other virus either through transencapsidation or influences on virus titre, or mixed infections within source plants. Significant associations, positive or negative, were found less frequently between HpLV and ApMV, and HpMV and ApMV.