侵染红肉火龙果的蟹爪兰X病毒贵州分离物基因组分析

 通过高通量测序和RT-PCR扩增,克隆并分析蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)贵州分离物ZyVX-GZ基因组序列。对表现病毒病症状的红肉火龙果植株进行高通量测序,获得4条ZyVX相关contig。RT-PCR扩增并拼接获得ZyVX-GZ基因组,全长为 6 567 nt,5′-UTR和 3′-UTR分别为60 nt和70 nt。含有5个ORF,分别编码复制酶蛋白、TGB1、TGB2、TGB3蛋白和外壳蛋白。ZyVX-GZ与P39和B1分离物基因组序列一致性均为91%。TGB1-3、外壳蛋白基因与大多数分离物核苷酸和推导的氨基酸序列一致性分别为95%～99%和96%～100%;复制酶基因的核苷酸和推导的氨基酸序列一致性分别为80%～89%和92%～97%。系统进化分析表明,ZyVX群体的遗传分化与寄主种类、地理分布不存在相关性。本研究结果丰富了ZyVX群体的基因组序列信息,为ZyVX的监测和防控提供了基础。     

侵染大豆的花生斑驳病毒公主岭分离物基因组测序及分析

本研究利用小RNA深度测序法在大豆叶片上检测到1株花生斑驳病毒Peanut mottle virus (PeMoV),根据小RNA深度测序结果和GenBank公布的PeMoV基因组序列设计引物克隆了PeMoV公主岭分离物(PeMoV-Gongzhuling)的基因组序列.测序结果经拼接后获得了PeMoV-Gongzhu...     

利用siRNA高通量测序技术检测烟草病毒

<正>烟草是我国的主要经济作物之一,病毒病是烟草生产上的重要病害。常见的烟草病毒主要有马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、烟草脉带花叶病毒(Tobacco vein banding mosaic virus,TVMBV)等[1]。此外,近年来在烟草上还发生一些新的病毒病害,如南美红辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV)[2]、番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,ZTSV)[3]和番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV)[4]。这些病毒     

利用小RNA高通量测序技术检测玉米病毒

正玉米是我国重要的粮食作物,种植范围日趋增大,病害的发生对玉米造成极大为害,病毒病对玉米稳产高产已构成严重威胁。近年来,安徽、山东和辽宁玉米主要种植区病毒病危害较重。为了检测发病玉米的病毒种类,本研究利用小RNA高通量测序技术鉴定玉米病毒,明确种类,以期为制定抗病毒策略提供理论依据。据不完全统计,世界上有40多种玉米病毒病(http://en.wikipedia.org),在我国发生并报道的有5种,分别为玉米粗缩病、玉米矮花叶病、玉米条纹矮缩病、玉米红叶病和玉     

利用高通量测序检测新疆野苹果上的病毒

新疆野苹果Malus sieversii (Ledeb.) Roem.是苹果的祖先, 也是重要的育种遗传资源, 常用作砧木。近年来, 新疆野苹果的分布面积骤减, 对其的保护越来越重要。本研究采用高通量测序技术, 对采自新疆伊犁天山野果林的26份样本进行病毒检测, 检测到苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV)和苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus, ASPV)。通过RT-PCR检测所有样品(127份), 检测到ACLSV、ASPV和苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus, ASGV), 检出率分别为22%、19.7%和11%。结合RACE PCR技术扩增得到ASGV新疆野苹果分离物基因组全长序列, 暂时命名为ASGV-XJ。去除3′末端poly(A)后的长度为6 506 bp, 有两个彼此重叠的开放阅读框(open reading frame, ORF), ORF1(47-6 364 nt)编码一个241 kD的多聚蛋白, 包含甲基转移酶(methyltransferase)、木瓜蛋白酶(papain-like-protease)、解旋酶(nucleotide triphosphate-binding helicase)、RNA 依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)和C端的外壳蛋白(coat protein, CP)等; ORF2(4 798-5 760 nt)编码一个36 kD的运动蛋白(movement protein, MP)。系统发育分析表明, 分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律。上述结果对新疆野苹果的保护工作有重要的参考意义。     

侵染中国陕西南瓜的中国南瓜曲叶病毒的鉴定和全基因组分析

为明确南瓜叶片上卷、黄化的症状是否由病毒侵染引起,本研究采用小RNA深度测序对采集自陕西地区的南瓜叶片样品进行了鉴定。结果显示,侵染南瓜样品的病毒可能是中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus, SLCCNV)。经PCR扩增并且克隆测序获得了病毒的DNA-A和DNA-B组分的全基因组序列。序列比对发现,所克隆的DNA-A组分与SLCCNV海南分离物(SLCCNV-Hn61)DNA-A的一致性最高,为99.1%;DNA-B组分与SLCCNV-Hn61和三亚分离物SLCCNV-SY的DNA-B组分一致性最高,为96.8%。系统进化树分析发现所克隆的DNA-A和DNA-B组分分别与SLCCNV-Hn61和SLCCNV-SY的亲缘关系最近。以上研究结果表明侵染陕西南瓜叶片的病毒是SLCCNV的分离物。这是首次报道SLCCNV在陕西地区的危害,研究结果为当地经济作物南瓜的病害防控提供参考。     

基于RNA高通量测序分析灰葡萄孢侵染垫形成相关基因

 灰葡萄孢产生功能上类似附着胞的侵染垫来侵染寄主植物,但目前对于侵染垫形成的分子机制尚不明确。本文利用高通量测序技术对菌株CanBC-1(弱毒,不形成侵染垫)和CanBC-1c-66(强毒,正常形成侵染垫)进行了转录水平比较。结果表明:在菌株CanBC-1中共检测到2 333个差异表达基因(与菌株CanBC-1c-66相比较),其中1 425个基因表达上调,908个基因表达下调。对差异表达基因进行功能注释(GO)分析发现,在细胞组分(Cellular component)中细胞(Cell)和细胞部分(Cell part)这2个亚类所占比例较大, 在分子功能(Molecular function)中结合活性(Binding)和催化活性(Catalytic)这2个亚类所占比例较大。这些结果暗示差异基因主要参与细胞、代谢和发育等生物学过程。筛选得到12个与真菌致病相关的基因,其中BC1G_03994和BC1G_01012与稻瘟病菌侵染相关的classⅡ疏水蛋白基因Mhp1同源。RT-PCR检测发现这2个基因在弱毒菌株CanBC-1中表达下调,同时该菌株疏水性降低,推测它们可能参与灰葡萄孢侵染垫形成。这些差异基因的获得为揭示灰葡萄孢侵染形成的分子机制奠定了基础。     

侵染中国河北大豆的大豆花叶病毒的鉴定和全基因组序列分析

本研究利用小RNA深度测序技术在河北卢龙大豆叶片上检测到6株大豆花叶病毒(soybean mosaic virus, SMV), 命名为SMV-Gm1~SMV-Gm6。根据小RNA深度测序结果和参考基因组序列设计引物克隆了SMV河北分离物的基因组序列。测序结果经拼接后获得了6个SMV基因组全长序列, 大小分别为9 588 nt(SMV-Gm1、SMV-Gm3和SMV-Gm5)和9 584 nt(SMV-Gm2、SMV-Gm4和SMV-Gm6)。开放阅读框位于基因组第132位至第9 332位核苷酸, 编码一个多聚蛋白(分子量约为350 kD)。BLAST比对和系统发育分析发现, SMV-Gm1、SMV-Gm3和SMV-Gm5与江苏SMV分离物(登录号:MH919386)的基因组核苷酸序列相似性最高, 为98.06%~98.07%, 且遗传距离较近, 并与江苏、浙江和山西SMV分离物聚为一小簇;SMV-Gm2、SMV-Gm4和SMV-Gm6与韩国SMV分离物(登录号:FJ640954)的基因组核苷酸序列相似性最高, 为98.48%~98.51%, 且遗传距离较近。     

高通量测序发现河南开封、中牟西瓜病毒病由多种病毒复合侵染导致

调查发现河南省开封市祥符区和郑州市中牟县西瓜田病毒病严重发生,症状表现为叶片黄化、蕨叶、皱缩、卷曲,枝梢翘起,果实变小和瓜纹不清。为明确其病毒种类,通过小RNA测序及生物信息学分析发现采集的西瓜样本中存在8种病毒。其中包括5种已知病毒:小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)、甜瓜蚜传黄化病毒(Melon aphid-borne yellows virus, MABYV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus, WMV)、黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mo-saic virus, CGMMV)和西瓜隐潜病毒(Citrullus lanatus cryptic virus, CiLCV);3种为新检出的RNA病毒:西瓜病毒A(Watermelon virus A, WVA)、西瓜皱叶相关病毒1号(Watermelon crinkle leaf-associated virus 1, WCLaV-1)和西瓜皱叶相关病毒2号(Watermelon crinkle leaf-associ...     

甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析

 利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个。首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B (FJ560944)相似性为78%。分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增。引物组合SPBV-BF1/R1、SPBV-BF2/R4和SPBV-BF5/R5分别扩增出3 150、2 900和3 500 bp目的条带。序列拼接获得2个SPBV-B基因组全序列,大小分别为7 894 bp(MK052980)和7 981 bp(MK052981),包含完整编码阅读框。进化分析表明MK052980和MK052981与SPPV聚为同一分支,与SPPV相似性分别为81%和83%,与SPBV-B相似性分别为86%和94%。MK052980和MK052981具有89.5%的相似性。经编码阅读框氨基酸序列比对,MK052980序列的ORF3a氨基酸序列存在变异。这是国内首次报道SPBV-B全基因序列。     

甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析

 利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个。首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B (FJ560944)相似性为78%。分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增。引物组合SPBV-BF1/R1、SPBV-BF2/R4和SPBV-BF5/R5分别扩增出3 150、2 900和3 500 bp目的条带。序列拼接获得2个SPBV-B基因组全序列,大小分别为7 894 bp(MK052980)和7 981 bp(MK052981),包含完整编码阅读框。进化分析表明MK052980和MK052981与SPPV聚为同一分支,与SPPV相似性分别为81%和83%,与SPBV-B相似性分别为86%和94%。MK052980和MK052981具有89.5%的相似性。经编码阅读框氨基酸序列比对,MK052980序列的ORF3a氨基酸序列存在变异。这是国内首次报道SPBV-B全基因序列。     

甘薯G病毒吉林分离物的全基因组序列测定与分析

利用RT-PCR结合RACE方法,从感染SPVG的甘薯叶片中获得甘薯G病毒吉林分离物Jilin-gzl的全基因组序列。测序获得的Jilin-gzl分离物(GenBank No.Mk392509)基因组为10 797 nt。该病毒基因组含有一个10 464 nt的开放阅读框,编码由3 488个氨基酸构成的多聚蛋白。在P1和P3基因中也发现了由移码翻译产生的PISPO蛋白和PIPO蛋白。比对分析显示,在开放阅读框水平上Jilin-gzl与6个不同分离物核苷酸序列一致性为79%～99%,氨基酸一致性为92%～99%,其中与SC11、IS103、HG167和Jesus_Maria分离物一致性最高,与WT325和AI一致性最低。系统发育分析显示,Jilin-gzl与HG167和WCFR11系统发育关系最近,与中国台湾地区分离物WT325系统发育关系较远。这是中国大陆地区关于SPVG分离物全基因序列的首次报道,同时也是首次在中国东北地区发现SPVG。该研究探明了Jilin-gzl分离物的基因结构,系统发育关系,丰富了SPVG基因组序列信息,为后续开展SPVG种群的遗传进化及功能研究奠定了基础。     

在中国广东侵染胜红蓟的中国胜红蓟黄脉病毒的鉴定和全基因组分析

2022年9月在广东省罗定市发现了叶片表现为黄色网状症状的胜红蓟病株。为了明确胜红蓟叶片的黄脉症状是否由双生病毒感染引起, 本研究使用检测双生病毒的简并引物PA/PB进行PCR扩增, 获得约500 bp的片段。根据该序列设计特异性引物扩增并且克隆得到了病毒DNA-A的全基因组序列。通过BLAST比对发现, 获得的DNA-A与中国胜红蓟黄脉病毒(ageratum yellow vein China virus, AYVCNV)海南分离物(OQ421190)的DNA-A的相似性最高, 相似度为98.11%。系统进化树分析显示, 获得的病毒DNA-A与海南分离物(OQ421190)在同一分支, 说明具有较近的亲缘关系。以上研究结果表明侵染胜红蓟的病毒是AYVCNV的分离物。这是关于AYVCNV在广东地区侵染胜红蓟的首次报道, 可为当地病毒病的防控提供参考。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒海南分离物基因组测定与毒源分析

为分析2012年采自海南西瓜上具黄瓜绿斑驳花叶病毒侵染典型症状的病毒分离物CGMMV-HaiN12的分子特征和可能来源, 以病叶总RNA为模板, 分3段进行RT-PCR扩增, 测定了该分离物基因组全长序列。结果表明CGMMV-HaiN12基因组全长为6 425 bp（GenBank登录号KC852074）, 与已报道的CGMMV分离物相比, 除5′和3′端非编码区核苷酸数目略有不同外, 编码区的基因结构完全相同。CGMMV-HaiN12全基因组序列与韩国分离物AF417242的相似性为99.6%、遗传距离为0.004, 在进化树的末端两者聚为一支。将CGMMV-HaiN12与已发布的中日韩分离物的外壳蛋白基因序列进行遗传进化分析, 所有分离物在0.000~0.027的遗传距离上聚为一支, 显示这些分离物具有高度的相关性, 而与欧洲的西班牙和俄罗斯的2个代表分离物具有较大差别。在进化树末端, CGMMV-HaiN12与3个韩国分离物（AJ245440、JF838188、AF417242）、2个我国湖南分离物（JQ715592、JQ715595）聚为一支, 表明CGMMV-HaiN12可能由韩国传入, 并且与传入我国湖南的分离物高度同源。在海南本地不进行西瓜制种的情况下, 为控制CGMMV在海南的危害应加强对进入海南的西瓜和砧木种子的检疫工作。     

甘薯病毒2中国分离物全基因组序列克隆及遗传进化分析

正甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)是马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员。SPV2也称为甘薯脉花叶病毒(ipomoea vein mosaic virus,IVMV)和甘薯Y病毒(sweet potato virus Y,SPVY)~[1],是甘薯上常见的病毒之一。SPV2病毒粒体为线条状,长度为850 nm,在细胞质中形成风轮状或卷轴状内含体~[2]。SPV2可由桃