苹果潜隐病毒对一年生苹果苗木生长的影响

我国苹果普遍潜带3种苹果潜隐病毒,即苹果褪绿叶斑病毒(Apple chloroticleafspot virus)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus)和苹果茎沟槽病毒(Apple stem grooving virus),金冠、红星等品种病株率高达100%。     

苹果潜隐病毒对一年生苹果苗木生长的影响

我国苹果普遍潜带3种苹果潜隐病毒,即苹果褪绿叶斑病毒(Apple chloroticleafspot virus)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus)和苹果茎沟槽病毒(Apple stem grooving virus),金冠、红星等品种病株率高达100%。国外报道,     

一种高效的苹果褪绿叶斑病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法

为建立一种检测苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ACLSV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以构建的ACLSV-cp重组质粒为阳性标准品绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。结果显示,以ACLSV-cp重组质粒为标准品建立的标准曲线相关系数达0.999,扩增效率为103.7%;建立的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法特异性好,与苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)均无交叉反应;灵敏度为100拷贝/μL,比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于0.84%。表明Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法具有特异性强、灵敏性高、重复性好的优点,适用于实际样品中ACLSV的快速准确检测。     

侵染肥城桃的病毒和类病毒的分子检测与鉴定

为明确山东肥城桃种植区桃树上主要存在的病毒和类病毒及其发生情况,采集具有花叶、斑驳和皱缩典型症状的肥城桃样品,提取叶片总RNA后,分别选用桃树上已报道的啤酒花矮化类病毒Hopstuntviroid(HSVd)、桃潜隐花叶类病毒Peach latent mosaic viroid(PLMVd)、苹果褪绿叶斑病毒Apple chlorotic leaf spot virus(ACLSV)、樱桃锉叶病毒Cherry rasp leaf virus(CRLV)、桃花叶病毒Peach mosaic virus(PMV)、李属坏死环斑病毒Prunus necrotic ringspot virus(PNRSV)、李痘病毒Plum pox virus(PPV)、李矮缩病毒Prunus dwarf virus(PDV)、樱桃绿环斑驳病毒Cherry green ring mottle virus(CGRMV)、杏假褪绿叶斑病毒Apricot pseudo-chlorotic leaf spot virus(APCLSV)、李树皮坏死茎纹孔伴随病毒Plum bark necrosis stem pitting-associated virus(PBNSPaV)和小樱桃病毒1号Little cherry virus 1(LchV1)的特异性引物进行RT-PCR检测。PCR结果显示仅HSVd、PLMVd、ACLSV、PNRSV和PBNSPaV的扩增产物中得到了预期大小的目的片段,将目的片段克隆测序后,经NCBI BLAST比对发现,山东肥城桃分离物HSVd、PLMVd、ACLSV、PNRSV和PBNSPaV与GenBank已报道分离物序列一致性均达90%以上。表明山东肥城桃已感染HSVd、PLMVd 2种类病毒和ACLSV、PNRSV、PBNSPaV 3种病毒。     

梨离体植株中苹果茎沟病毒的脱除技术

为建立苹果茎沟病毒(ASGV,Apple stem grooving virus)的有效脱除方法,以3个梨品种的离体植株为材料,比较了4种脱毒方法对ASGV的效果.结果 显示,3个梨品种的离体植株在茎尖培养、茎尖病毒醚处理、茎尖变温热处理和茎尖病毒醚加变温热处理后,其平均脱毒率分别为50.0％、70.8％、69.6％和...     

苹果褪绿叶斑病毒双引物对PCR检测体系的建立及应用

<正>病毒病在我国苹果树上普遍发生,其中苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)、苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)和苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)最常见,常混合侵染,引起树体衰弱,苹果产量和品质下降,经济损失严重(CieniewiczFuchs,2016)。因此,建立快速、准确的检测技术对病毒病防控具有重要意义。Hu et al.(2015)认为在病毒检测过程中,需     

苹果茎痘病毒新疆阿克苏分离物基因组全序列测定及分析

正苹果病毒病在世界各苹果种植地广泛发生,严重影响苹果生产。苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是一种危害苹果的重要潜隐病毒,是凹陷病毒属Foveavirus的代表种(Adams et al.,2004),基因组为正单链RNA,长约9 306 nt,编码5个开放阅读框(open reading frame,ORF)。自然寄主有苹果、梨、樱桃和海棠等,被ASPV侵染后一般症状不明显,但生长不良,树势衰退,果实产量和品     

苹果茎沟病毒陕西分离物基因组序列与生物学研究

苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)是苹果上最主要的病毒病害之一。本研究在陕西省咸阳市武功镇的‘秦冠’病树叶片样品中检测到了ASGV,将其命名为苹果茎沟病毒咸阳(ASGV-XY)分离物。通过RT-PCR结合RACE的方法,克隆了ASGV-XY的全长基因组。序列核酸一致性分析表明,ASGV-XY与已知的其他ASGV分离物具有较低的核酸一致性;系统发育分析证明,ASGV-XY与其他的ASGV分离物相比,处于独特的分类地位;ASGV-XY可以侵染苋色藜、昆诺藜、西方烟、心叶烟、芸豆等草本寄主。该结果丰富了ASGV的遗传多样性,对防治病毒病害具有重要指导意义。     

北京月季病原病毒的高通量测序鉴定和RT-PCR检测

本研究利用高通量测序技术对北京地区的月季染病样品进行了病毒鉴定,通过序列比对和拼接获得了李属坏死环斑病毒(prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)、柑橘碎叶病毒(citrus tatter leaf viru...     

竹花叶病毒浙江麻竹分离物全基因组序列及siRNA分析

正已知有3种病毒可在自然条件下侵染竹类植物,即竹花叶病毒(bamboo mosaic virus,BaMV)~[1]、樱桃坏死锈斑驳病毒(cherry necrotic rusty mottle virus,CNRMV)和苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)~[2,3]。其中,BaMV是最早在巴西的金竹(Bambusa vulgaris Cv.)和孝顺竹     

生物素标记cDNA探针杂交检测梨树上3种潜隐病毒研究

 本研究合成了苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎痘病毒(ASPV)的生物素标记cDNA探针,对斑点杂交和免疫印迹杂交检测这3种病毒的效果进行了分析。以含ACLSV和ASGV克隆片段的大肠杆菌菌液为样品时,斑点杂交检测灵敏度分别为80 cfu/μL和50 cfu/μL。以离体培养砂梨植株为材料,采用斑点杂交法检测砂梨离体培养植株粗提液中的3种病毒,均产生强的杂交信号,且特异性好。比较斑点杂交和ELISA检测病毒含量相对较低的热处理再生植株中ASGV和ACLSV,结果表明斑点杂交具有较高的灵敏度。组织印迹杂交检测砂梨离体植株ASGV和ACLSV的结果显示,这2种病毒在离体植株的各部位均有分布,自基部至茎尖各部位印迹均产生很强的杂交信号。     

地高辛标记cDNA探针检测苹果茎痘病毒

 Partial sequence(314 bp) of ASPV was cloned and used as a probe labelled with digoxigenin-11dUTP. The total RNA extracted from samples with Apple stem pitting virus and a series of dilutions of plasmid with ASPV-cDNA were detected by dot blot hybridization. The results showed that the probe was sensitive and specific. The probe couldn't hybridize with total RNA of Apple stem grooving virus, Apple mosaic virus and Apple chlorotic leaf spot virus samples as well as negative control, only hybridized with that extracted from dormant shoot infected with ASPV. The sensitivity for detection of plasmid contained ASPV-cDNA was 1.64 μg.     

南方水稻黑条矮缩病毒一步双重RT-PCR 检测技术及其应用

 An one-step dual RT-PCR method was developed for Southern rice black-streaked dwarf virus (SRBSDV) detection from host plants and insect vector white-backed planthopper (Sogatella furcifera Horvath,Hemiptera: Delphacidae), from which two cDNA fragments of the viral genome S5 and S10 were amplified
simultaneously. Two primer pairs, S5-F1 / S5-R2 (5′-ttacaactggagaagcattaacacg-3′ / 5′-atgaggtattgcgtaactgagcc -3′) and S10-oF / S10-oR(5cgcgtcatctcaaactacag -3′ / 5′-tttgtcagcatctaaagcgc -3′), were selectedfrom 40 primer pairs based on SRBSDV genome sequences, and amplified viral S5 ORF1 fragment (819 bp) and cp gene fragment ( 682 bp), respectively. Using total RNA extracts from infected plant leaf tissue or individual planthopper adult as templates, one step RT-PCR reaction in the conditions of annealing temperature of 53℃ with the final concentrations of 240 nmol / L S5-F1 / S5-R2 and 120 nmol / L S10-oF / S10-oR generated a similar yield of two amplicons in argrose electrophoresis analysis. Sequence analysis confirmed the correct
result of the amplification. Additionally, several commercal RNA extraction kits was proven to be fit for the template preparation, and the protocol for total RNA extraction from plant leaf tissue and individual planthopper was simplified by sample grinding direct in eppendorf tube. This method can be used for SRBSDV detection of dried or 70% alcochol soaked planthopper samples stored over one month in room temprature. Key words: Southern rice black-streaked dwarf virus; Sogatella furcifera Horvath     

侵染梨的苹果茎痘病毒基因组序列及小RNA分析

苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是危害梨(Pyrus spp.)和苹果(Malus spp.)的重要病毒。本研究采用小RNA深度测序技术获得了ASPV基因组的部分序列,在此基础上设计引物对该病毒基因组进行RT-PCR扩增,通过序列拼接得到1个来源于玉露香(Yuluxiang)梨的ASPV分离物(YLX)长度为9 291个核苷酸(nt)(不包括基因组5'末端约30个核苷酸)的基因组序列,该序列与已报道的13个ASPV分离物的基因组核苷酸序列相似性为71.6%~80.7%,与多个来自苹果的ASPV分离物系统进化关系较近。首次分析了来源于ASPV基因组的干扰性小RNA(siRNA),发现来源于ASPV基因组链和互补链的siRNA长度均以21 nt和22 nt为主,siRNA的5'端具有一定的碱基偏好性。本研究结果为深入了解ASPV的分子特性提供了重要信息。     

3种甘薯病毒多重RT-PCR检测方法的建立及应用

正病毒病是引起甘薯品质降低和减产的重要原因之一,现已报道30多种能侵染甘薯的病毒~([1,2])。山东省是甘薯种植大省,病毒种类近10种~([3,4])。甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFM V)、甘薯潜隐病毒(Sweet potato latent virus,SPLV)是为害甘薯的主要病毒,在全国甘薯种植区广泛分布~([5,6])。甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)为Potyvirus的一个暂定种,多与同属的其他病毒混合侵染~([7])。多重PCR技术由Chamberian等~([8])1988年首次提出,可实现多基因的同时扩增,具有节省时间、提高效率的优点,已初     

库尔勒香梨主要病毒多重RT-PCR检测技术研究

 利用nad5基因作为内标系统,研究建立了库尔勒香梨上苹果茎痘病毒(ASPV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎沟病毒(ASGV)等的RT-PCR检测技术,在此基础上研究建立了库尔勒香梨多重RT-PCR内标检测系统。并对回收的特异片段进行了克隆、鉴定和测序。测序结果表明:库尔勒香梨上的ACLSV与GenBank中D14996序列(日本苹果上的ACLSV分离物)中的6860~7536bp片段有116个碱基的差异,序列相似性为83.75%;库尔勒香梨上的ASPV与GenBank中D21828序列(德国梨脉黄病毒相关分离物)中的8869~9238bp片段有72个碱基的差异,序列相似性为79.5%;库尔勒香梨上的ASGV与GenBank中AB004063序列(日本ASGV分离物)中的6039~6311bp片段有21个碱基的差异,序列相似性为92.3%。     

基于抗原表位策略的苹果茎痘病毒抗血清的制备

苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是一种严重危害果树生产的潜隐性病毒,但缺乏实用的ASPV抗血清。应用不同生物信息学软件对ASPV外壳蛋白不同区域的抗原指数、蛋白二级结构中α螺旋、β片层、β转角、无规则卷曲结构、亲水性、可塑性(Flexibility)和表面可及性(Surface probability)进行了分析。根据抗原表位主要分布在β转角结构和无规则卷曲区域、亲水性和表面可及性参数较高的特点,综合分析预测ASPV外壳蛋白抗原表位区可能位于N端6-20、100-114、400-414位氨基酸残基附近。通过合成2条多肽(CRGYEEGSRPNQRVLP、CTGGKIGPKPVLSIRK),与载体蛋白偶联后免疫动物,最后得到了2份抗血清(编号为1468和1469)。制备的抗血清可与ASPV外壳蛋白基因原核表达产物产生免疫反应。应用此抗血清检测苹果样品,抗血清1468检测结果与RT-PCR检测结果一致,而抗血清1469仅能检测到部分样品。     

玉米衰老相关蛋白基因ZmSAP的克隆与表达分析

利用立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)诱导胁迫下玉米高耐纹枯病自交系幼苗叶片所构建的cDNA文库中获得的EST序列,通过电子克隆和RT-PCR方法,结合cDNA末端快速扩增技术,从玉米叶片中分离克隆到衰老相关蛋白基因的全长cDNA序列,命名为ZmSAP(GenBank登录号:GU253311)。序列分析表明,ZmSAP全长1156bp,包含一个完整的603bp的开放阅读框(ORF),具有连续的Poly A尾和典型的加尾信号AATTAA。ProtParam程序预测表明该基因编码200个氨基酸,相对分子量为21.92kD,等电点为10.38。该氨基酸序列与豌豆、挪威云杉、寄生藻等有不同程度的同源性且在不同物种间具有一个保守结构域,染色体定位发现该基因位于玉米第1条染色体上。荧光定量PCR分析表明,在高耐纹枯病自交系R15和高感纹枯病材料478中ZmSAP基因在病菌胁迫初期呈诱导表达,可能参与了病原菌诱导的细胞程序性死亡过程,说明该基因与纹枯病菌胁迫响应机制密切相关。     

香蕉穿孔线虫双重PCR快速检测技术研究

 香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)是国际上公认的植物检疫性有害生物之-, 是热带地区果树上最重要的线虫。通过设计的属水平上的特异性引物R1、R2(R1/2)和种水平上的特异性引物RS1、RS2(RS1/2)进行双重PCR扩增香蕉穿孔线虫, 可扩增出长度为362和291 bp的2个特异性片段谱带。同时分别对检测体系中反应参数进行优化, 最佳延伸温度为51.4℃, 引物R1/2与RS1/2最佳浓度配比为0.2μmol·L^-1/1.2μmol·L^-1, 并测试检测引物的灵敏度, 能进行有效检测的最低起始核酸量为100 pg;同时, 也能对单条线虫进行检测以及样品中线虫的检测。专化性测试证明, 2对引物能有效地进行香蕉穿孔线虫的快速分子诊断。