猪SLC6A14g.21063G>T多态性与脂肪和生长性状相关性研究

SLC6A14是影响人肥胖症的功能基因之一。利用白色杜洛克×二花脸资源家系F0代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的DNA池,通过直接测序方法在猪SLC6A14基因第21063号核苷酸处搜寻到1个G→T突变(SLC6A14g.21063G>T)。使用PacIPCR-RFLP技术检测了白色杜洛克×二花脸资源家系3代637个个体在此突变位点的多态性,并分析了与脂肪和生长性状的相关性。结果表明:该突变位点与腹脂重和46日龄个体重存在极显著相关性。     

鸭TRPV6和SLC4A4基因SNPs对蛋壳品质的影响

试验旨在探究三穗鸭TRPV6基因和SLC4A4基因SNPs突变对蛋壳品质的影响,筛选出与蛋壳品质相关的分子标记。利用PCR扩增和直接测序法相结合的方法检测鸭TRPV6基因和SLC4A4基因的SNPs,并与蛋壳品质进行关联分析。结果显示：在TRPV6基因第2内含子发现的g.81465153 C>G和g.81465176A>G突变分别对蛋壳重和蛋重有显著影响,在第3外显子发现同义突变g.81465450 T>C;3个SNPs联合产生5种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有显著影响。在SLC4A4基因第24外显子发现同义突变位点g.15125097 C>T,在内含子25发现g.15132523 G>A突变对蛋形指数有极显著影响,在内含子26发现g.15135079G>A突变;3个SNPs联合产生4种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有极显著影响。2个基因聚合后6个SNPs联合产生8种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重和蛋重均有显著影响。表明TRPV6基因和SLC4A4基因新发现的3个SNPs联合和2个基因的6个SNPs联合均对蛋重和蛋壳重有显著效应,...     

SLC11A1基因在山羊中的染色体定位和遗传变异研究

溶质载体家族11成员A1(SLC11A1)基因与抗传染病有关。试验对6个品种427只山羊进行染色体定位、相应的功能结构域和3′非翻译区(3′-UTR)微卫星的遗传变异研究。通过双色荧光原位杂交,将SLC11A1定位于山羊2号染色体上;同时运用单链构型多态性筛查了SLC11A1外显子2、10和15的多态性。结果发现,在各山羊品种中,SH3结合基序、蛋白激酶C磷酸化位点或2个N-连接糖基化位点没有变异。外显子15的变异是由于存在两个微卫星多态性。山羊3′-UTR的上游GT重复(GTn)的基因分型结果显示有8个等位基因(GT11、GT12、GT14-GT19),但缺失GT13(牛中存在)。大多数山羊都有等位基因GT16,但没有等位基因是一个品种独有的。遗传分化系数为0.084。微卫星在山羊的遗传连锁分析中是DNA的信息标记。     

牛SLC11A1基因多态性分析

本研究采用巢氏PCR、降落PCR技术扩增牛SLC11A1基因的内含子9和11,分别获得777、715 bp的片段,利用DNA测序技术对这2片段测序,发现3个新SNPs,分别为内含子9的6067(A/G)、6358(C/T)和内含子11的7809(A/T).同时利用CRS-PCR和BCR-RFLP方法对这3个SNPs进行基因型分型,分析944头中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛的SLC11A1基因的多态性.结果表明,SLC11A1基因的3个SNPs的AA基因型频率最高,优势等位基因均为A;适合性检验表明,6358(C/T)和7809(A/T)位点在中国荷斯坦牛与鲁西黄牛群体中已达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而6067(A/G)位点的突变在牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);同时中国荷斯坦牛群体在这3个基因座位上的多态信息含量均大于鲁西黄牛与渤海黑牛.     

宁乡猪肉质性状相关基因SLC13A5多态性研究

为探究宁乡猪肉质性状相关基因SLC13A5多态性,利用PCR—RFLP技术检测SLC13A5基因。结果表明,第251 bp处有一个T/C的碱基突变,导致PCR—RFLP—Bsu36 I多态性。在宁乡猪中,CC基因型频率为0.830 8,C基因频率为0.876 9;在大白猪中,TT基因型频率为0.484 8,T基因频率为0.706 9。本研究为对宁乡猪肉质性状相关基因SLC13A5的进一步研究打下了基础。     

猪红细胞生成素受体基因遗传变异分析

根据GenBank中登录的猪红细胞生成素受体（erythropoictin receptor,EPOR）基因mRNA序列（登录号：AF274305）和其基因组序列（登录号：EU407778）设计8对引物,以10头北京黑猪和10头大白猪DNA混合池为模板,采用测序的方法研究猪EPOR全基因序列的遗传变异。研究结果发现,EPOR基因长约5.2 kb,含有1个5′UTR、8个外显子、7个内含子及1个3′UTR。经混合DNA池测序,共在内含子区发现9个SNP位点：g.705G＞T位于内含子1;g.1450C＞T 位于内含子2;g.2373C＞T 位于内含子4;g.2882C＞T、g.3035A＞G、g.3132A＞T、g.3295C＞T、g.3942C＞T、g.4106G＞A位于内含子6,为进一步研究EPOR基因与产仔性状的关联奠定了基础。     

几个中外猪种H-FABP基因启动子区遗传变异分析

利用7个中国地方猪种、2个西方商业品种及1头东北野猪,通过设计2对引物,采用测序的方法研究猪心脏型脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein,H-FABP）基因启动子区1553 bp多态性,结果发现,在该基因启动子区存在18个SNPs位点,位点间的平均遗传距离为81.7 bp,其中江海型猪的多样性最低（0.18%）,华北型猪种多样性最高（0.34%）;NJ进化树分析结果发现,地域相近的猪种并不能完全聚在一起。本研究结果为进一步研究H-FABP基因与肉品质性状的关联性奠定了基础。     

SLC7A11基因与动物色素的形成

黑色素广泛分布于微生物、植物和动物体内并扮演了重要的生理功能.SLC7A11基因是新近发现的功能新基因控制脱黑色素合成从而影响到真黑色素与总黑色素的比例,进而改变了动物的毛色和肤色.综述了黑色素的形成过程,并详细分析总结了SLC7A11基因特征及其变异对动物肤色的影响,为研究乌骨绵羊和乌骨鸡乌质性状形成的分子基础提供依据.     

SLC7A11基因与动物色素的形成

黑色素广泛分布于微生物、植物和动物体内并扮演了重要的生理功能。SLC7A11基因是新近发现的功能新基因控制脱黑色素合成从而影响到真黑色素与总黑色素的比例,进而改变了动物的毛色和肤色。综述了黑色素的形成过程,并详细分析总结了SLC7A11基因特征及其变异对动物肤色的影响,为研究乌骨绵羊和乌骨鸡乌质性状形成的分子基础提供依据。     

我国华东地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异分析

为了确定猪流行性腹泻病毒的流行特点及变异规律,本研究对我国华东地区分离到的14株PEDV的ORF3基因进行了克隆和序列测定,并与国内外代表毒株的ORF3基因进行了比较分析。结果表明:我国华东地区检测的PEDV流行毒株的ORF3基因之间的同源性为92.4%~100%,与经典毒株CV777同源性为92.0%~96.4%,与PEDV变异株的同源性为95.1%~100%。根据ORF3基因的遗传进化分析,分离的14个PEDV毒株与CV777的遗传进化距离较远,与PEDV变异株的遗传进化距离较近,表明我国PEDV流行毒株以变异株为主,较以往的疫苗株CV777发生了较大的变异,因此需要开发新的疫苗,制定更具针对性的防控措施。     

中国地方绵羊群体TYRP1基因遗传变异研究

本研究旨在了解酪氨酸酶相关蛋白1（tyrosinase related protein 1,TYRP1）基因在中国地方绵羊群体内的遗传变异,以及TYRP1基因突变与不同毛色表型绵羊群体的相关性。通过直接测序法和PCR-RFLP技术对10个中国地方绵羊群体进行单核苷酸多态性（SNP）检测,利用Beagle、PLINK和POPGENE等软件对突变位点数据进行单倍型构建、连锁不平衡分析和遗传变异研究。突变位点检测结果表明,在绵羊TYRP1基因内识别了13个SNPs,其中位于TYRP1基因外显子上的10个SNPs位点,除个别位点在大尾寒羊、中国美利奴羊和岷县黑裘皮羊中没有发生突变外,其他突变位点在所有绵羊品种中均出现不同程度变异,说明中国地方绵羊群体具有较高的遗传多样性。单倍型分析结果表明,所有样本中共有42个单倍型,优势单倍型0000000000（245/918）、0100000001（91/918）在所有绵羊群体中均存在,除单倍型0101100000（93/918）在中国美利奴羊中没有出现,单倍型0001000001（69/918）在岷县黑裘皮羊、哈萨克羊群体中没有出现外,在其他群体中均存在。连锁分析结果表明,10个SNPs在所有样本中均存在2个连锁模块。群体遗传变异分析表明,中国地方绵羊群体具有较高水平的群体内遗传变异,各绵羊品种间存在明显的遗传分化模式,且各品种遗传关系与其品种传统分类结果基本一致。本研究为进一步研究TYRP1基因对绵羊毛色遗传性状的影响提供了参考依据。     

MyoD基因在不同猪种中的分布及群体遗传结构分析

利用RFLP法检测了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况,分析了各群体内MyoD基因的遗传分布、遗传变异、群体杂合性等群体遗传信息,并进一步以各群体基因频率为基础,计算出群体间遗传距离和进化距离,根据进化距离对群体进行聚类,重建了系统发生树。结果表明:MyoD基因内含子1的DdeI酶切位点上不同基因型的分布在多数群体中都服从Hardy-Weinberg平衡,但在杜洛克和DLY群体中发生偏离。总体上讲,各试验群体的遗传多样性较丰富,群体遗传变异性较高,进化过程中受到自然选择压的作用,选择潜力较大。在系统发生树上,10个群体被分为4个分枝。分别是长白猪血缘、原始地方品种、杜洛克血缘和高原藏猪分枝。这一结果与各猪种的育种过程有较高的吻合性。说明部分功能基因的RFLP数据可用于近缘物种间的遗传分化研究。     

Use of bioinformatic SNP predictions in differentially expressed genes to find SNPs associated with Salmonella colonization in swine

Asymptomatic Salmonella-carrier pigs present a major problem in preharvest food safety, with a recent survey indicating >50% of swine herds in the United States have Salmonella-positive animals. Salmonella-carrier pigs serve as a reservoir for contamination of neighbouring pigs, abattoir pens and pork products. In addition, fresh produce as well as water can be contaminated with Salmonella from manure used as fertilizer. Control of Salmonella at the farm level could be through genetic improvement of porcine disease resistance, a potentially powerful method of addressing preharvest pork safety. In this research, we integrate gene expression profiling data and sequence alignment-based prediction of single nucleotide polymorphisms (SNPs) to successfully identify SNPs in functional candidate genes to test for the associations with swine response to Salmonella. A list of 2527 genes that were differentially regulated in porcine whole blood in response to infection with Salmonella enterica serovar Typhimurium were selected. In those genes, SNPs were predicted using ANEXdb alignments based on stringent clustering of all publically available porcine cDNA and expressed sequence tag (EST) sequences. A set of 30 mostly non-synonymous SNPs were selected for genotype analysis of four independent populations (n = 750) with Salmonella faecal shedding or tissue colonization phenotypes. Nine SNPs segregated with minor allele frequency ≥15% in at least two populations. Statistical analysis revealed SNPs associated with Salmonella shedding, such as haptoglobin (HP, p = 0.001, q = 0.01), neutrophil cytosolic factor 2 (NCF2 #2, p = 0.04, q = 0.21) and phosphogluconate dehydrogenase (p = 0.066, q = 0.21). These associations may be useful in identifying and selecting pigs with improved resistance to this bacterium.     

不同品种猪α1-岩藻糖转移酶基因遗传变异初析

本实验采用PCR RFLP方法对 5个瘦肉型猪种杜洛克、长白猪、大白猪、汉普夏猪和皮特兰猪共计 2 5 0头猪的α1 岩藻糖转移酶基因 (FUT1)进行多态性分析。结果表明 :本研究中的 5个猪种在该FUT1基因座位存在多态性 ,均分布着三种基因型 (AA ,AG和GG) ,抗性基因型AA分布频率为 0 .0 2 8,易感基因型AG与GG分布频率分别为0 .2 4 4和 0 .72 8。卡方检验结果表明 ,长白猪与大白猪基因型频率差异极显著 (P <0 .0 1) ,与皮特兰猪之间差异显著(P <0 .0 5 ) ,其它猪种之间差异均不显著。     

11个猪品种生长激素(pGH)基因多态性及其遗传分化研究

利用PCR和测序技术,检测了11个猪品种共65个个体的生长激素(pGH)基因全序列多态性,发现43个SNPs和1个位于内含子3的7 bp缺失片段。分析结果表明,pGH基因DNA序列不同功能区变异程度各不相同,外显子区、内含子区、5′和3′端非编码区SNPs位点各占SNPs位点总数的18.60%、74.42%、6.98%;外显子区8个SNPs位点导致4个氨基酸位点变异,外显子2是编码区的高变域;各SNPs的变异属典型的中性突变;不同品种有其独特的单倍型。分子方差分析(AMOVA)结果表明,pGH基因DNA序列品种内的变异(方差比率73.45%)大于品种间的变异(方差比率26.55%),品种间差异极显著(P<0.01),存在较明显的遗传分化;pGH基因自身进化及品种进化主要体现在内含子区,品种间的遗传分化与地理分布和基因交流有关。     

MyoD基因在不同猪种中的PCR-RFLP遗传多态性及其遗传效应研究

采用PCR—RFLP的方法分析了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况，并分析了MyoD基因对肌纤维、胴体品质、胴体等级性状和肉质性状的遗传效应。结果表明：MyoD基因内含子1内的DdeI酶切位点多态性较丰富。在多数地方猪种群体中，C基因的分布具有绝对优势，且主要以杂合子AC形式存在。突变型A基因对胴体性状和胴体等级性状的影响较大，可极显著地增加胴体瘦肉率和眼肌面积，降低皮脂含量，提高腿臀比例，增加胴体长度（P〈0．01），同时会降低猪肉品质。具体讲，A基因对增加肌纤维面积的加性效应值和显性效应值分别为457．915μm^2和431．055μm^2；对增加嗣体瘦肉率的加性效应值和显性效应值分别为3．594％和-0．153％；对增加眼肌面积的加性效应值和显性效应值分别为3．084cm^2和-0．46cm。；对皮脂率的加性效应值和显性效应值分别为～3．916％和0．666％；对提高腿臀比的加性效应值为0．771％，显性效应值为0．068％。A基因对屠宰后45min和冷藏24h后的肉色评分的加性效应值分别为-0．145和-0．160，显性效应值分别为-0．052和-0.213．     

SNP芯片评估柯尔克孜羊群体遗传多样性和遗传结构

旨在了解柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构,有效地保护和利用其遗传资源。本研究利用绵羊SNP 50K v3芯片检测61只柯尔克孜种羊(31只公羊、30只母羊)个体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);Plink(V1.90)软件对数据进行质控,计算群体有效含量、多态标记的比例、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、最小等位基因频率,分析群体的遗传多样性;Plink计算连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)和近交系数F_ROH;构建状态同源距离矩阵(identical by state, IBS),并采用Gmatrix软件构建G矩阵,解析柯尔克孜羊群的遗传距离和亲缘关系;使用Mega X软件构建种公羊进化树,分析群体家系结构。结果显示,61只柯尔克孜羊共得到64 734个SNPs标记,通过质检的SNPs为56 763个;平均多态信息含量为0.273±0.112,平均观察杂合度和平均期望杂合度分别为0.368±0.140和0.368±0.130,平均最小等位基因频率为0...     

3个绵羊品种MSTN基因多态性的比较分析

对杜泊绵羊、小尾寒羊和晋中绵羊3个品种的MSTN基因编码序列进行克隆测序,并比较分析该基因编码区的SNPs。结果表明：在引物P1、P2、P3扩增的MSTN基因片段中存在10个SNPs,其中4个SNPs位于非编码区,6个SNPs位于编码区;编码区中有2个SNPs为无义突变,其他4个为错义突变。因此,绵羊MSTN基因在进化过程中保守性不强,可能存在较多的变异位点,为进一步群体遗传分析提供了基础。     

The Polymorphism Analysis of Mx1 gene in Pig Populations from Different Genetic Background

In order to explore the polymorphisms of myxovirus resistance (Mx1) gene in pig populations from different genetic background,we cloned Mx1 gene and tested the polymorphisms on exon 2 of Mx1 gene in Min pig, crossbred from wild boars in Changbai Mountain with Min pig (crossbred wild boars) and Large White pig population using high resolution melting (HRM). The results showed that four Mx1 mRNAs were cloned from Min pig and crossbred wild boars, and they had whole ORF which was 1 992 bp in length and coded 663 amino acids. In the four Mx1 mRNA, there were 30 SNPs in nucleotide and 17 mutations in amino acid. The location of SNPs displayed that almost mutations located on two sides of the function domains in Mx1 protein. The polymorphism data in HRM test showed that the DD genotype was the dominant genotype which had the highest frequency in three populations. The DD genotype frequency was 100% in Large White pig population, 62.5% in crossbred wild boars, and 56.2% in Min pig.Some novel mutations in both nucleotide and amino acid on exon 2 region were explored in polymorphism test. In conclusion, there was more polymorphism of Mx1 gene in Min pig and crossbred wild boars.