猪圆环病毒2型LN株初步分离与全基因组测序

为了解猪圆环病毒2型(PCV-2)在河南地区猪场的流行情况,采用常规方法对采集自河南省洛阳市某猪场病料中的PCV-2进行了分离,并对其全基因组进行了扩增、克隆和测序。结果表明,从患病仔猪的病料中分离到了1株PCV-2,命名为LN株,该毒株的全基因组序列大小为1 767 bp。该试验结果为从分子水平上揭示PCV-2的致病特性,开发PCV-2的相关疫苗和诊断产品奠定了基础。     

5株湖南猪圆环病毒1型全基因组测序与遗传进化分析

为了解湖南猪群猪圆环病毒1型（PCV1）的遗传变异情况,以PCV1阳性DNA为模板,使用PCR方法分两段扩增PCV1全基因序列并进行拼接。结果共获得5个PCV1全基因组,其中3株全基因大小为1 759 bp,另外2株分别为1 758 bp和1 760 bp。5株全基因组同源性为98.4%~99.7%,与国内外的PCV1全基因组同源性为98.1%~99.7%;ORF2序列同源性为97.6%~99.6%,与国内外的PCV1 ORF2同源性为96.1%~99.9%。系统发育树显示,5株PCV1均属于同一分支,并显示出一定的地理差异,但差异较小。结果表明,湖南省流行的PCV1毒株基因较为稳定,分离株间差异较小。本研究为湖南省猪圆环病毒病防控及相关研究奠定了基础。     

15株湖南省猪圆环病毒2型全基因组测序与遗传进化分析

为了解湖南省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,以PCV2检测阳性样本DNA为模板进行全基因组测序和遗传特征分析。共获得的15株PCV2全基因组,其中10株为PCV2d基因亚型,3株为PCV2b基因亚型,2株为PCV2a基因亚型;15株PCV2全基因组同源性为94.7%~99.9%,与国内外其他PCV2全基因组同源性为93.1%~100%。PCV2a的第77、86~91、151、206和222位,PCV2b的第57、89及210位,PCV2d的第53、68、121、134、215和234位氨基酸与其他亚型存在差异。结果表明,2017—2020年湖南省主要流行PCV2d亚型,不同亚型之间ORF2氨基酸序列差异较大,但同亚型之间氨基酸序列无明显变异。本研究为湖南省PCV2研究及该病防治提供了数据支撑。     

猪圆环病毒2型山西株全基因组序列分析

为了解山西省猪圆环病毒2型（PCV2）的遗传变异情况,本试验采用PCR方法对山西省分离的4株猪圆环病毒流行株（SXXZ1株、SXXZ2株、SXTY株和SXJZ株）的全基因组进行了扩增、克隆和测序,并将其全基因组序列与国内外34株主要流行毒株进行核苷酸同源性与系统进化树分析。结果显示,4株PCV2山西流行株全基因组核酸序列全长SXJZ株为1 768 bp,其余均为1 767 bp,分别占25%和75%。4株毒株核苷酸同源性为95.9%~100.0%,与国内外34株参考株同源性为94.5%~99.9%,与国产疫苗株同源性为95.6%~99.8%;PCV2全基因组序列进化分析表明,本研究分离的SXXZ1株、SXXZ2株和SXTY株属于PCV-2b基因型,SXJZ株属于PCV-2e基因型,其中SXXZ1株和SXXZ2株与广东QY株的进化关系最近,SXTY与奥地利AUT5株的进化关系最近,SXJZ与福建FJ株的进化关系最近;而SXXZ1株、SXXZ2株和SXTY株与山西PCV2疫苗DBN-SX07-2株的进化关系较近,SXJZ株与国内PCV2疫苗LG株的进化关系较近。从而证实在山西省流行的PCV2毒株以PCV-2b为主,同时还分离出了PCV-2e亚型,表明山西省存在PCV-2e亚型毒株。本试验结果为山西省PCV2的分子流行病学、遗传变异及防控奠定了基础。     

新疆首次检测到猪圆环病毒3型及其全基因组进化分析

为了解新疆某规模化猪场猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3)的流行现状、分子生物学特征和遗传演化规律,试验应用巢式PCR技术对新疆某规模化猪场的45份血液样本进行PCV-3基因检测和测序;利用TempliPhi 100 amplification Kit对检测到的PCV-3阳性样本进行全基因组扩增,将扩增得到的基因组片段克隆到Trans-T1载体中,经测序、拼接获得PCV-3基因组全长序列;利用MEGA 6. 0. 6和MegAlign软件对其全基因组进行遗传进化分析和同源性比较。结果表明:在新疆地区首次检测到PCV-3,且该猪场PCV-3的阳性率为20%(9/45),并获得PCV-3全基因组序列,长度为2 000 bp,命名为PCV-3/CN/Xinjiang-11/2018;与美国株PCV-3-US-SD 2016处于同一进化分支,属于3b亚群;与国内PCV-3/Pig/CN/Hebei20170320的同源性最高(99. 4%),与PCV-3-CN/Fujian-820-2016和PCV-3-CN/Fujian-318-2017的同源性最低(97. 8%),与国外美国株PCV-3-US-SD 2016的同源性最高(99. 1%)。说明新疆地区猪场已经存在PCV-3,应该引起养猪业的重视。     

猪圆环病毒Ⅱ型全基因组的克隆和序列分析

根据Genbank已发表的猪圆环病毒Ⅱ型(PCV-2)全基因组序列,设计两对特异性引物,建立了PCV-2全基因组的克隆和序列分析方法,并对甘肃省两个规模化养猪场采集的疑似PMWS病料进行了全基因克隆和序列分析,确定了PCV-2毒株基因序列的变异情况。结果表明,PCV-2核苷酸序列稳定,1株标准株与2株分离株全基因序列均由1 768 bp组成,彼此间序列的同源性达94.0%~99.8%,2个分离株之间同源性达94.2%~99.8%;分离株与标准株和Genbank已发表的23株PCV-2毒株参考毒株同源性达92.6%~100%。     

猪圆环病毒Ⅰ型全基因组的克隆及生物信息学分析

猪圆环病毒Ⅱ型（PCV2）是引起临床断奶仔猪多系统衰竭综合症（PMWS）的主要病原之一,而与之遗传相关的猪圆环病毒Ⅰ型（PCVI）无致病性。本研究从病猪的脾脏通过PCR扩增并成功克隆了PCV1的全基因组,在此基础上,对GenBank中发表的所有31株PCV1以及部分PCV2（60株）进行了生物信息学分析。PCV1株间遗传与分子进化分析结果表明：PCV1可分为基因Ⅰ型与基因Ⅱ型两种基因型。PCV1与PCV2之间基因组结构和功能区分析结果表明：PCV1和PCV2基因组之间在复制起始区等功能区高度保守,在主要的编码区,尤其是编码Cap蛋白的ORF2,存在着许多差异。     

猪圆环病毒2型四川分离株全基因组进化分析

为了调查四川地区猪圆环病毒2型(PCV-2)流行毒株的遗传多样性,试验对2017年于四川省12个地区分离的28株PCV-2进行全基因组扩增和测序分析,应用Lasergene 7.0和MEGA 6.0软件对分离株的全基因组序列进行比对并构建系统进化树,使用Clustal W方法对ORF2核苷酸和Cap蛋白氨基酸进行比对,并对Cap蛋白型特异性基序及抗原表位的突变情况进行比较分析。结果表明:28株PCV-2四川分离株与参考株之间的同源性为93.9%～99.9%;在进化关系上,3株为PCV-2b基因亚型,24株为PCV-2d基因亚型,1株为重组毒株;PCV-2四川分离株ORF2核苷酸与参考株之间同源性为88.6%～100%,氨基酸同源性为85.9%～100%;PCV-2四川分离株的Cap蛋白型特异性基序及抗原表位在各自亚型内较为保守,在B细胞表位和T细胞表位分别发现9处、2处氨基酸替换,其中位于122 aa和169 aa处的突变值得注意。说明2017年四川省流行的PCV-2以PCV-2d亚型为主,也存在少数的PCV-2b亚型毒株,各亚型毒株变异程度较小,但也存在少量关键位置的氨基酸替换,另外还发现四川省存在PCV-2重组毒株。     

母猪初乳中猪圆环病毒3型的检测与分析

<正>猪圆环病毒3型(PCV3)是一种近年来被广泛报道的新型猪圆环病毒。尽管PCV3的发病机制尚不清楚,但已有文献报道表明,在临床上表现为母猪繁殖障碍,如流产、木乃伊胎、死胎,心肌炎,在猪皮炎肾病综合征(PDNS),呼吸道疾病及神经系统疾病等病症的猪体内均可检测到PCV3。同样,PCV3在健康猪群中也能被检测到。此外,在不同年龄段的猪体内也能检测到PCV3。然而,PCV3在感染     

猪圆环病毒2型吉林分离株的全基因组序列分析

采用PCR扩增1株吉林新分离的PCV2-2017全基因组序列,经过测序拼接后进行了序列分析。毒株PCV2-2017基因全长1 767 bp,在GenBank上进行同源性比对,同源性在96%～99%之间;与法国株AF055394同源性可达99%,与美国株AF055391、四川株HM102350同源性最低,为96%。PCV2中ORF1编码Rep蛋白,核苷酸和氨基酸同源性达到99%,ORF1突变很小,相对保守;ORF2基因全长为702 bp,编码Cap蛋白,氨基酸同源性达94%～99%,核苷酸同源性与美国株比对,可达96%,与法国株和国内部分毒株同源性达99%,是变异主要发生部位,共有12处点突变;ORF3编码蛋白,核苷酸同源性高达100%,说明变异不大。基因的遗传进化分析表明,PCV2-2017吉林新分离株全基因组与法国株AF055394亲缘关系最近,同属于PCV-2b亚型;与AY322001、AB426905和国内GU370064、AY691169、AY969004、DQ180393毒株亲缘关系较远。     

陕西省部分地区猪圆环病毒2型全基因组的遗传变异分析

为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。     

上海市猪圆环病毒2型全基因组的克隆与序列分析

参照国外发表的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)全基因组序列,设计合成了1对特异性引物,从上海市临床病料中提取PCV-2基因组DNA,进行PCR全基因扩增。回收PCR产物,将其插入pMD18-T载体,并对筛选出的阳性质粒进行测序。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV-2序列与GenBank中登录的国内外PCV-2毒株进行同源性比较。结果显示,PCV-2上海株与国内外毒株的核苷酸同源性高达95.0%～100%。进化树分析结果显示,其中9株PCV-2病毒属于PCV-2b亚型,3株PCV-2病毒属于PCV-2a亚型,且9株PCV-2b亚型毒株部分核苷酸位点显示其属于强毒力毒株。研究表明,上海市PCV-2感染以PCV-2b亚型为主,且氨基酸位点表明其具有较高的毒力。     

一株鹅圆环病毒的全基因组测序及序列分析

从山东省潍坊地区某朗德鹅鹅场的发病鹅体内检测到1株鹅圆环病毒,命名为SDWF-01。根据Gen Bank上已发表的鹅圆环病毒序列,设计了一对特异性引物,利用PCR技术对该株病毒进行全基因组克隆并测序,对其基因组核苷酸组成、结构及遗传进化特性进行分析。结果表明:SDWF-01株全长1 821 bp,编码4个开放阅读框;与Gen Bank上已发表的鹅圆环病毒核苷酸序列同源性为91.4%~98.5%,其中SDWF-01株与yk3毒株的同源性最高(98.5%),而与浙江株xs5的同源性最低(91.4%)。研究首次对山东地区鹅圆环病毒进行检测,并完成全基因组克隆测序及核苷酸序列分析。     

6株猪圆环病毒2型全基因组克隆和序列分析

为了研究猪圆环病毒2型(PCV-2)不同毒株间的基因序列,试验采用PCR方法对有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)典型症状发病猪的脾脏、淋巴结和肺脏等6份病料(TZ1～TZ6)进行分段扩增PCV-2全基因序列,测序后与GenBank中已知序列进行比对,并用DNAStar软件进行同源性分析及系统进化树的构建。结果表明:测序结果经与GenBank中已知PCV-2序列比较鉴定,确认PCR扩增的6个序列均为PCV-2序列,其长度均为1 767 bp。所得序列与国内毒株JX982227、 KX814348序列的同源性相对较高,为97.7%～99.0%;与国外毒株DQ915584、HQ231328、EF394779、AY424405序列的同源性相对要低一些,为95.8%～96.5%。6株毒株间的同源性较高,为99.1%～100%;TZ3和TZ5与JX982227亲缘关系最密切,6株毒株序列与KX814348的亲缘关系也较近,而与AY424405、HQ231328、EF394779、DQ915584的亲缘关系相对较远。     

猪圆环病毒2型辽宁株全基因组克隆与序列分析

本试验从辽宁地区某猪场疑似患有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的猪群中采集病料,采用PCR方法进行猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)的检测,在此基础上对阳性病料进行PCV2全基因组克隆和序列分析。结果表明,PCV2辽宁分离株基因组全长为1768 bp,与国内外PCV2分离株的同源性为95.9%~99.5%,其中与丹麦分离株(EF565365)、澳大利亚分离株(AY424405)和江苏分离株(FJ158606)同源性最高,均为99.5%;与广东分离株(JX912915)同源性最低,为95.9%。     

福建省猪圆环病毒4型PCR检测及全基因组序列分析

为了解福建省猪圆环病毒4型(PCV4)流行株的现状和遗传演化,收集了2018年-2019年福建省规模化猪场200份疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的猪组织病料或血清,通过荧光定量PCR方法进行PCV4的核酸检测.结果表明,200份检测样品中PCV4核酸阳性的有4份,检出率为2％(4/200),成功克隆了1个PC...     

猪圆环病毒2型分离毒株全基因组克隆与序列分析

猪圆环病毒(PCV)为圆环病毒科(Circoviridae)圆环病毒属成员,单股环状DNA病毒,为已知的最小动物病毒之一[1]。PCV存在两种血清型,即PCV1和PCV2,两者的细胞培养物均不产生细胞病变。PCV2首先由Allan等[2]从患断奶猪多系统衰竭综合征(PMWS)的猪群中分离到,被证明为PMWS的重要病原     

猪圆环病毒2型Guizhou-LZTQ/2017株全基因组序列分析

为了解贵州省某新建猪场由猪圆环病毒2型(PCV2)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的保育猪咳喘、腹泻死亡的病原中PCV2的基因型和变异情况,采用基因克隆技术,对其全基因进行克隆分析。结果显示,PCV2/Guizhou-LZTQ/2017株全长为1768bp,属PCV2a型,与国内外毒株碱基之间存在多处差异;其ORF2基因编码的Cap蛋白氨基酸与常用疫苗毒株之间同源性在92.2%~93.7%之间,与省内已经报道的PCV2毒株ORF2之间的氨基酸同源性在90.2%~92.7%之间,与4株疫苗株指数差异性较大;全基因遗传进化分析,其与Guangdong株和GZ-CS12012株属同一细分支,亲缘关系最近。研究结果可为后续PCV2分子生物学研究、流行病学调查及疫苗的选用提供基础数据。     

猪圆环病毒2型甘肃株全基因组克隆及序列分析

参照GenBank中登录的猪圆环病毒2型(PCV-2)全基因组序列,设计合成了两对特异性引物,从甘肃白银疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)病料中提取病毒DNA,分步扩增全基因组。回收PCR产物,将其插入pGEM-TEasy载体,构建了重组质粒pGEM-PCV-2,转化后筛选、提取阳性重组质粒进行测序。结果表明,克隆到的PCV-2全基因组长度为1767bp。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV-2序列与GenBank中登录的包括甘肃在内的国内外PCV毒株进行同源性分析。结果显示,克隆的PCV-2与英国株(UK-EU656143)遗传关系最近,其核苷酸和推导的氨基酸序列同源性高达96.2%和91.0%,与已报道的2株甘肃毒株(GS03-EU547458,GSLZ-FJ447482)遗传关系较远,可能是流行于甘肃白银的一个变异毒株(GSBY)。     

猪圆环病毒3型全基因克隆及遗传演化分析

辽宁地区某猪场发现疑似断奶仔猪多系统综合征(PMWS),经临床症状、病理变化和PCR检测,确诊为猪圆环病毒3型(PCV3)感染;根据Gen Bank中收录的PCV3基因序列,设计2对特异性引物,从患有PMWS的仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列,克隆到p MD18-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长c DNA序列,利用DNAStar和DNAman生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果显示:PCV3毒株基因组全长2 000 bp,命名为CN/Liaoning-2017 (简称LN株)(GenBank登录号:MH177453. 1),基因组有3个开放阅读框(ORF),其中2个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白(Rep)和衣壳蛋白(Cap)同源。Cap基因大小为645 bp,编码214个氨基酸。PCV3国内株可分为3大分支(3a簇、3b簇与3c簇),LN株处于3a簇分支中,与湖北株(KY354039. 1)同源性最高,达到99. 7%; LN株与PCV3a簇代表株(PCV3-USMN2016,PCV3-US-MO2015)同源性在98. 8%～99. 2%之间,与PCV3b簇代表株(PCV3-US-SD2016)的同源性为98. 8%,与PCV3c簇代表株(PCV3-China-GD-2016)同源性为98. 7%。Cap蛋白氨基酸位点分析显示,LN株在第68位发生突变,与其他代表株都不相同。以上试验结果表明,成功从患有PMWS的仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析。LN株是辽宁省首次发现的PCV3毒株,这些数据将为研究PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。