斑马鱼尾加压素Ⅱ受体基因组织表达的研究

尾加压素Ⅱ受体(UrotensinⅡreceptor,UT)是一种7次跨膜G蛋白偶联受体,是目前发现的具有最强收缩血管作用的尾加压素Ⅱ的特异性受体。斑马鱼中存在4种不同的UT-like基因(uts2r1,uts2r2,uts2r3和uts2r4),分别位于斑马鱼4条不同染色体上。这4种uts2r基因核苷酸序列各不相同,uts2r1位于3号染色体上,其与12号染色体上的uts2r2基因蛋白序列相似度最高为47%,与6号染色体上的uts2r3和16号染色体上的uts2r4蛋白相似度分别是41.6%和33%。通过设计特异引物检测每种uts2r基因在斑马鱼成鱼各组织中的表达情况,结果显示3号染色体上的uts2r1基因在肾脏中表达量最高,6号染色体上的uts2r2基因在脊髓中表达量最高,12号染色体上的uts2r3基因在心脏中表达量最高,而16号染色体上的uts2r4基因在背肌中表达量最高。     

家蚕基因组中SnoRNA（Box C/D）的生物信息学分析与研究

【目的】探索生物信息方法在家蚕基因组 snoRNA 预测中的应用，了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征。【方法】利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中Box C/D snoRNA 进行预测和手工校正。【结果】获到家蚕基因组中的 70 个 snoRNA 和 56 个推测的甲基化位点。结构分析发现 D′box 和末端茎环结构的不保守性；分析 snoRNA 在基因组上的分布，未发现普遍的成簇分布的现象，且内含子和基因间隔区的 snoRNA 数目接近；预测得到的家蚕 Box C/D snoRNA 与已报道果蝇 Box C/D snoRNA进行相似性分析，表明两个物种的 Box C/D snoRNAs 在一级结构上存在较大的差异。【结论】基于结构特征预测的方法有利于逐步揭示家蚕基因组中存在的 snoRNA 信息；但与家蚕同源关系较近的物种，其 snoRNA 在序列上可能有较大变化，故可能不适合以序列同源来对其进行预测。     

5-羟色胺4受体mRNA在仔猪不同组织的表达

5-羟色胺4受体（5-HT4R）属于G-蛋白偶联受体超家族,广泛分布于中枢神经系统和外周组织中,调节多种神经递质的生理学效应.实验采用半定量RT-PCR的方法,检测和分析了猪5-HHTR的b亚型（5-HT4bR）基因mRNA在11种组织中的表达规律.结果发现,猪5-HT4bR在除肝脏以外的10种组织中都有表达,且不同组织内的表达量存在差异,其中脑组织和肠组织表达量较高.这一结果与5-HT4R基因在人和鼠上不同组织表达规律一致.     

西农萨能羊乳腺脂肪酸合酶基因exon 9-15的克隆与序列分析

【目的】山羊FAS基因exon 9-15编码的乙酰/丙二酸单酰基转移酶（acetyl-CoA and malonyl-CoA transacylases,AT/MT）区域对山羊乳短、中链脂肪酸的合成起重要调控作用。本研究针对西农萨能羊乳腺FAS基因exon 9-15进行克隆和序列分析。【方法】以处于泌乳期28 d的西农萨能羊乳腺组织mRNA反转录的cDNA为模板,通过RT-PCR方法首次扩增出西农萨能羊乳腺FAS基因exon 9-15的cDNA序列全长及exon 8 的3′端和exon 16 的5′端部分cDNA序列（GenBank收录号为DQ 915966）,并对其进行了同源性分析和功能预测。【结果】克隆片段全长1 449 bp,其中包括exon 9-15共1 388 bp、exon 8的3′端9 bp和exon 16 的5′端52 bp,编码483个氨基酸,包含编码的AT/MT区域951 bp（454～1404 nt）;西农萨能羊乳腺FAS基因exon 9-15与牛（NM_001012669）,人（NM_004104）,大鼠（NM_017332）和鸡（NM_205155）核苷酸序列相似度分别为95%、85.7%、82.7%、73.2%,氨基酸相似度分别为92.9%、77.7%、82.3%、64.7%;exon 10较其它物种缺失1个氨基酸。【结论】克隆获得西农萨能羊FAS基因片段全长1 449 bp,外显子9-15大小分别为463、185、190、95、135、204和116 bp;核苷酸及氨基酸序列与牛相应序列的同源性均高于其它物种;AT/MT区域的活性位点在各物种间均为高度保守的丝氨酸,但西农萨能羊exon 10较其它物种缺失1个氨基酸,这可能对AT/MT区域的空间构象及其生理功能产生重要影响。本研究为西农萨能羊FAS基因cDNA全长克隆以及基因功能研究奠定了重要基础。     

基于二代测序的甘蓝型油菜白花基因候选区间定位及连锁标记验证

【目的】近几年随着观光农业的兴起,花色的选育和改良已成为甘蓝型油菜种质资源鉴定和材料创制的重要研究方向。以甘蓝型油菜黄白花分离F₂群体为研究对象,通过二代测序技术,对白花性状基因候选区间定位,开发与白花性状连锁的分子标记,为定位白花候选基因和选育白花新材料提供新思路。【方法】以甘蓝型油菜DH纯系黄花Y05和甘蓝型油菜纯系白花W01杂交,观察F₁和F₂群体的花色分离,分析白花性状遗传模式。在F₂群体中选取30株纯白花和30株纯黄花构建DNA叶片子代池和RNA花瓣子代池,对亲本和DNA叶片子代池进行30×重测序,对RNA花瓣子代池进行5×测序。以法国甘蓝型油菜Darmor-bzh、中双11、Darmor、Tapidor为参考序列,重测序QTL-seq分析流程计算2个DNA子代池的SNP-index和delta（SNP-index）。利用R包画出SNP-index和delta（SNP-index）滑窗分析图,鉴定候选区间。转录组MMAPPR分析流程以法国甘蓝型油菜Darmor-bzh为参考序列,计算SNP频率,ED ⁴（Loess fit）检测峰值和鉴定候选区间。利用MISA进行重复序列鉴定,使用Prime3在候选区间进行SSR引物设计,在F₂群体中采用聚丙烯酰胺凝胶电泳方法对SSR引物进行筛选。【结果】甘蓝型油菜黄花与白花杂交F₂群体中,白花和黄花性状分离比符合3﹕1,暗示白花性状受1对显性主效基因控制。全基因组重测序区间定位结果显示,白花性状基因候选区间在Darmor-bzh C03染色体52—55 Mb。同时以甘蓝型油菜中双11、Darmor、Tapidor分别为参考序列,均鉴定出白花基因候选区间在C03染色体上的一致性和稳定性。转录组测序定位白花性状基因位于Darmor-bzh C03染色体54—55 Mb。转录组测序和重测序定位染色体结果高度一致。在此区间内MISA和Primer3结合设计SSR引物,聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选到6个与白花性状紧密连锁共分离的SSR标记。6个SSR标记区间范围在760 kb（52.81—53.57 Mb）。此候选区间与甘蓝、白菜共线性分析,对应白菜A02染色体56.76—57.40 Mb区间,对应甘蓝C03染色体10.99—11.28 Mb区间。【结论】甘蓝型油菜白花性状由1对显性主效基因控制。白花性状基因候选区间在法国甘蓝型油菜Darmor-bzh C03染色体52—55 Mb区间内。此区间760 kb范围内筛选出6个与白花性状基因紧密连锁共分离的SSR标记。     

Chromosome 4 Jt gene controls murine T cell surface I-J expression

Data are presented suggesting a resolution to the paradox concerning the murine response subregion I-J, which encodes a suppressor T cell marker. The controversy arose when sequences corresponding to I-J DNA were not found in the central immune response region described by immunogeneticists. New evidence is presented that T cell surface I-J expression results from the action of at least two complementing genes. One gene is within the H-2 region on chromosome 17; the second gene, termed Jt, is on chromosome 4. The two recombinant mouse strains B10.A(3R) and B10.A(5R) originally used to define the I-J subregion apparently differ not within the H-2 region but elsewhere.     

拟南芥中1个新snoRNA基因的鉴定

核仁小分子RNA（snoRNA）分为box C／DsnoRN A,boxH／ACA snoRNA和MRPRNA3类,前2类以数量繁多,基因组织形式复杂,功能多样而成为snoRNA的主要研究对象。笔者综合运用生物信息学方法,在拟南芥基因组中发现了一个新的box C／DsnoRNA．AthZ270,对其序列结构、基因组织形式和功能进行了分析。     

小尾寒羊MyoG外显子2和MyoD 5'侧翼区的多态性研究

采用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊肌细胞生成素Myo G基因外显子2和生肌决定基因Myo D 5'侧翼区的多态性,结果表明:Myo D 5'侧翼区在小尾寒羊中检测到2种基因型(BB、AB),BB和AB基因型频率分别为0.975 0和0.025 0,A和B等位基因频率分别为0.012 5和0.987 5;小尾寒羊的Myo G外显子2不存在多态性。对Myo D 5'侧翼区的BB基因型测序分析发现,其与牛的Myo D1基因序列(XM_592330.2)相比,发生了2处突变,分别是第960位发生了T→C突变、第972位发生了C→A突变。     

Birth of two chimeric genes in the Hominidae lineage

How genes with newly characterized functions originate remains a fundamental question. PMCHL1 and PMCHL2, two chimeric genes derived from the melanin-concentrating hormone (MCH) gene, offer an opportunity to examine such an issue in the human lineage. Detailed structural, expression, and phylogenetic analysis showed that the PMCHL1 gene was created near 25 million years ago (Ma) by a complex mechanism of exon shuffling through retrotransposition of an antisense MCH messenger RNA coupled to de novo creation of splice sites. PMCHL2 arose 5 to 10 Ma by an event of duplication involving a large chromosomal region encompassing the PMCHL1 locus. The RNA expression patterns of those chimeric genes suggest that they have been submitted to strong regulatory constraints during primate evolution.     

Evidence for autoregulation of cystathionine gamma-synthase mRNA stability in Arabidopsis

Control of messenger RNA (mRNA) stability serves as an important mechanism for regulating gene expression. Analysis of Arabidopsis mutants that overaccumulate soluble methionine (Met) revealed that the gene for cystathionine gamma-synthase (CGS), the key enzyme in Met biosynthesis, is regulated at the level of mRNA stability. Transfection experiments with wild-type and mutant forms of the CGS gene suggest that an amino acid sequence encoded by the first exon of CGS acts in cis to destabilize its own mRNA in a process that is activated by Met or one of its metabolites.     

杀配子染色体在小麦-黑麦异代换系中的作用研究

利用小麦-黑麦异代换系H-13(1R/1D), H-24(5R/5A),H-33(6R/6A)与中国春-杀配子染色体二体异附加系CS-DA2C(来自山羊草Ae. cylindrica),CS-DA3C(来自山羊草Ae. triuncialis)配置杂交组合,对杀配子染色体的作用进行了研究。结果表明,杀配子染色体3C对H-13和H-24都是致死的,即有着完全的杀配子作用,但对H-33的杀配子作用则是不完全的,有着接近正常的结实率,说明不同的小麦-黑麦异代换系遗传背景对杀配子作用有很大影响,可能在品系H-33中存在对2C染色体杀配子作用的抑制基因。在以品系H-33为母本时,2个杀配子附加系F1的自交结实率差异显著,说明在相同的小麦-黑麦异代换系遗传背景下,染色体2C与3C的杀配子作用是不同的,在这2个杀配子染色体上可能带有不同的杀配子基因?这些研究结果为进一步创制小麦-黑麦易位系奠定了基础。     

一个水稻散生突变体tag1的遗传分析及基因定位

株型对水稻产量有着重要影响。作为影响株型的重要因素之一,分蘖角度是水稻高产育种上考虑的重要农艺性状。散生突变体tag1(tiller angle 1)在水稻品种台北309转基因后代中被发现。与野生型相比,主要突变表型为分蘖角度和叶夹角显著增大,并伴随株高、穗长、结实率和枝梗数等性状上的变化。遗传分析表明,tag1的突变性状由一对隐性基因控制。利用F2(tag1/明恢63)群体作为定位群体,突变基因被定位在第11染色体长臂In Del标记AC35795和M7之间,遗传距离分别为0.38 c M和0.95 c M。在该区间内存在一个已被克隆的控制水稻分蘖角度的基因LAZY1。测序比对分析发现,突变体的TAG1存在一个119 bp的缺失,包括第4个外显子50 bp,第4个内含子69 bp,及二者间的剪切位点。因此TAG1是LAZY1的一个新的等位基因,重新命名为LAZY1-2。lazy1和tag1在突变表型上存在一定差异,这可能是LAZY1基因序列的突变位点不同造成的。