1月龄五指山猪与长白猪骨骼肌miRNA转录组比较

为研究microRNA(miRNA)在五指山猪和长白猪肌肉生长发育中的差异和探究差异miRNA对骨骼肌发育转录后调控的影响,以1月龄的五指山猪和长白猪背最长肌为材料,通过转录组测序和生物信息学分析筛选与骨骼肌发育相关的差异miRNA。结果显示,从2个文库中共鉴定获得318种己知的猪miRNA,五指山猪和长白猪分别鉴定出312个和306个已知miRNA,同时分别发现了83个和88个新的miRNA。获得17个差异显著的miRNA,其中16个miRNA表达上调,1个miRNA表达下调。靶基因预测和生物学功能预测发现17个差异miRNA,共预测到535个靶基因,靶向作用于mTOR信号通路和肌动蛋白细胞骨架调控的ssc-miR-486,ssc-miR-204,ssc-miR-338和ssc-miR-885-3p 4个miRNA可能参与骨骼肌生长发育过程。     

基于高通量转录组测序技术研究钩吻对猪肾脏的影响

为研究饲喂钩吻对仔猪肾脏的影响,将10头健康雄性去势二元杂种(长白猪×大白猪)断奶仔猪,随机分为对照组和给药组,每组5只.对照组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮,给药组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮+2%钩吻全草粉末,连续饲喂45 d后,分别采集两组猪的肾组织,对其进行高通量测序,并对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分类及京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库分析.结果显示,两组肾脏中共有301个差异表达基因.与对照组相比,给药组有180个基因显著下调,121个基因显著上调,其中与代谢、转运相关的基因,如溶质载体家族2成员13(SLC2A13)、溶质载体家族35成员5(SLC35A5)、含黄素单氧化酶2(FMO2)、醛氧化酶1(AOX1)等出现显著下调(P<0.05).荧光定量PCR对差异表达基因进行验证,其结果与转录组学结果基本一致.表明饲喂钩吻对仔猪肾脏的物质转运和药物代谢有一定影响.     

槐猪与杜洛克猪背部皮下脂肪转录组分析

[目的]了解槐猪和杜洛克猪背部皮下脂肪组织脂肪沉积的分子机制差异。[方法]对槐猪和杜洛克猪背部皮下脂肪组织进行转录组测序,并进行生物信息学分析。[结果]槐猪和杜洛克猪分别获得37 858 968和37 545 394条干净读段(clean reads)。槐猪和杜洛克猪分别预测到9 612和9 457可变剪接事件;两猪种间共有709个差异表达基因,与杜洛克猪相比,槐猪有395个上调基因和314个下调基因。差异表达基因共归类到46个GO条目中,其中细胞组分11个、分子功能12个及生物学过程23个;显著富集的KEGG通路共计9个,其中含有与调节脂类代谢显著相关通路,如胰岛素信号通路和PPAR信号通路等。[结论]该研究可为今后研究脂肪沉积的遗传机理提供科学依据。     

牦牛基因组和转录组研究进展

为了解牦牛基因组和转录组研究现状,以"牦牛、基因组、转录组和高通量测序"为关键词,对2012—2018年的研究进展进行文献检索。研究发现:在牦牛基因组研究方面,已有研究对牦牛基因组进行了首次测序和重测序分析,构建了基因组"草图"和变异图谱,比较了家、野牦牛及与其他物种间全基因组水平上的异同,阐释了牦牛高原适应的遗传学机制,探究了牦牛的驯化和群体历史发展动态,初步揭示了牦牛与普通牛种间杂交渐渗状况,并对部分性状(如角、多肋性状)进行了全基因组关联分析和遗传机理揭示;在牦牛转录组研究方面,已有研究对牦牛睾丸、卵巢、心脏等多个组织器官及不同发育阶段的卵母细胞和胚胎细胞进行了转录组分析,发掘出一批潜在的与牦牛经济性状及一些生物学变化相关的差异表达基因。为推动牦牛分子育种进程,应进一步利用高通量测序技术获得牦牛大数据,继续完善牦牛全基因组结构。     

百山祖冷杉叶片转录组分析

[目的]百山祖冷杉(Abies beshanzuensis)是我国大陆东南部唯一的一种冷杉属植物,自然分布于浙江省西南部庆元县境内海拔1750 m左右的狭小避风谷地,现仅存3株,为中国的特有植物.百山祖冷杉是国家一级重点保护野生植物,被认为是第四纪冰川期冷杉从高纬度的北方向南方迁移的结果,对研究植物区系演变和气候变迁等...     

大竹蛏高通量转录组测序数据组装和分析

为进一步开发大竹蛏Solen grandis的基因资源,采用2代Illumina Hi-seq测序技术对大竹蛏的鳃组织进行了转录组测序,构建了转录组数据库,获得338 483 476条Clean Reads数据;拼接组装后获得190 856条Unigene数据,平均长度为1147 bp;与NR、NT、KO、Swiss Prot、PFAM、GO、KOG等数据库进行Blast信息比对(E-value为10-5),共获得63 337个注释基因;与NR数据库比对发现,大竹蛏转录组基因序列与长牡蛎Crassostrea gigas具有较高的同源性,为53.3%;将大竹蛏转录组的Unigene的功能通过与KOG数据库进行注释比对划分为25类;GO数据库注释可分为三类,即细胞组分、生物过程和分子功能,共包括65个分支;KEGG分析发现,大竹蛏转录组数据中按照代谢通路可分为92类,利用Blast蛋白库比对和Estscan软件进行ORF预测,获得长度大于300 nt的ORF共50 681个;通过SSR分析,共获得73 089个SSR标记。本研究中获得的转录组信息可为今后进行大竹蛏分子标记的开发和关键基因的克隆及功能分析等研究提供基础数据。     

大竹蛏高通量转录组测序数据组装和分析

为进一步开发大竹蛏Solen grandis的基因资源,采用2代Illumina Hi-seq测序技术对大竹蛏的鳃组织进行了转录组测序,构建了转录组数据库,获得338 483 476条Clean Reads数据;拼接组装后获得190 856条Unigene数据,平均长度为1147 bp;与NR、NT、KO、Swiss Prot、PFAM、GO、KOG等数据库进行Blast信息比对(E-value为10-5),共获得63 337个注释基因;与NR数据库比对发现,大竹蛏转录组基因序列与长牡蛎Crassostrea gigas具有较高的同源性,为53.3%;将大竹蛏转录组的Unigene的功能通过与KOG数据库进行注释比对划分为25类;GO数据库注释可分为三类,即细胞组分、生物过程和分子功能,共包括65个分支;KEGG分析发现,大竹蛏转录组数据中按照代谢通路可分为92类,利用Blast蛋白库比对和Estscan软件进行ORF预测,获得长度大于300 nt的ORF共50 681个;通过SSR分析,共获得73 089个SSR标记。本研究中获得的转录组信息可为今后进行大竹蛏分子标记的开发和关键基因的克隆及功能分析等研究提供基础数据。     

猪骨骼肌卫星细胞体外培养

探索和建立猪骨骼肌卫星细胞体外分离、培养及鉴定的技术方法。结果表明,通过机械法与酶消化法相结合的方法,15%血清完全培养液分离、培养细胞效果最好,对培养细胞进行了形态观察、生长曲线测定、染色体分析。结果表明,培养的细胞具有正常的大小、形态和染色体数目,该方法所获得的猪骨骼卫星细胞可在体外稳定培养,为有关实验提供充足的猪骨骼卫星细胞。     

冬瓜高通量转录组测序及分析

【目的】获得冬瓜转录组序列、遗传变异等信息,从中挖掘冬瓜基因数据及SSR分子标记,为冬瓜后续研究提供数据支撑。【方法】以冬瓜嫩叶为材料,利用Illumina HiSeq~(TM)2000技术对冬瓜进行转录组测序,构建数据库从中获得干净序列。经De novo拼接组装后,将获得的单基因簇(Unigene)数据在非冗余蛋白数据库(nonredundant protein database,Nr)、蛋白质序列数据库(Swiss Prot protein database,Swiss Prot)、基因本体论数据库(gene ontology,GO)、蛋白质真核同源数据库(eukaryotic orthologous groups,KOG)、东京基因与基金组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)、蛋白质家族域数据库(protein families database,Pfam)6个公共数据库中进行比对,最终得到冬瓜单基因簇注释信息。利用MISA软件对转录组单基因簇进行搜索,获得单基因簇中的SSR位点。【结果】从冬瓜嫩叶中得到62 021 032条高品质序列,组装后获得40 611条单基因簇,平均长度955 bp。将所有单基因簇在Nr和Swiss Prot数据库中进行比对,结果分别比对到27 474及19 573条单基因簇;在GO数据库中,所注释到的10 659条单基因簇分别匹配到生物功能、分子功能和细胞组分3个本体的47个功能组中;与KOG数据库进行注释比对,根据其功能将注释到的单基因簇划分为25类;KEGG数据库比对注释到10 799条冬瓜的单基因簇,可分为5个大类、19个亚类、125条代谢途径;在Pfam数据库中比对到17 990条单基因簇,分属于369个类群。SSR位点搜索发现,有5 086条单基因簇包含SSR序列,获得5 474个SSR位点。【结论】利用高通量测序获得大量冬瓜转录组信息,有助于从分子水平对冬瓜进行深入研究。     

猪背最长肌与腰大肌microRNA表达谱分析

【目的】为研究microRNA在猪肌肉生长发育中的作用。【方法】采用Illumina高通量测序技术对猪背最长肌和腰大肌的microRNA转录组进行测定,并鉴定差异表达的microRNA。【结果】在猪背最长肌和腰大肌文库中分别产生了15.22M和17.52M的序列;两个文库共检测到的695个microRNA,其中有363个共表达、193个差异极显著(P<0.01)。【结论】说明microRNA在不同骨骼肌类型中存在差异表达。     

基于全基因组重测序分析藏猪骨骼肌发育相关基因

为从全基因组水平探索影响藏猪骨骼肌发育的遗传变异,本研究对5头迪庆藏猪进行全基因组重测序,并合并NCBI数据库中来自3个省的藏猪、与藏猪同样小体型及生长慢的巴马香猪、及体型大且生长快速的杜洛克和大白猪共70个猪只的全基因组重测序数据进行整合分析,获得全基因组SNP后结合选择信号检测与等位基因频率(AF)分析鉴定藏猪-香猪与杜洛克-大白猪的遗传差异;利用GO和KEGG功能富集分析藏猪骨骼肌转录组与蛋白组相关基因。结果发现:1)2 211个基因在藏猪-香猪与杜洛克-大白猪2个比较组中存在遗传差异,138个基因富集到骨骼肌发育相关的GO功能集及KEGG通路;2)9个基因(UCHL3、POSTN、COL12A1、PGK1、JPH1、GPT2、RBFOX1、FLNB和DCX)已报道参与藏猪60 d胚胎背最长肌发育调控,1个(CKM)参与6月龄藏猪背最长肌发育调控;3)10个基因共包含936个SNP,其中655个SNP位于基因间区,255个是内含子变异,少量SNP是外显子及调控区变异。本研究从全基因组水平鉴定了与藏猪骨骼肌发育相关基因及其遗传变异,为以后持续深入解析藏猪骨骼肌发育的遗传机制提供参考。     

Epigenome-wide DNA methylation analysis reveals differentially methylation patterns in skeletal muscle between Chinese Chenghua and Qingyu pigs

Chenghua (CH) pig and Qingyu (QY) pig are typical Chinese native fatty breeds. CH pig is mainly distributed in Chengdu Plain, while QY pig is widely distributed throughout the mountain areas around the Sichuan Basin. There are significant differences in their phenotypic traits, including body image, growth performance, and meat quality. This study compared several meat quality traits of CH and QY pigs and conducted a genome-wide DNA methylation analysis using reduced representation bisulfite sequencing (RRBS). It was observed that the pH at 45 min (pH_45min, P=5.22e–13), lightness at 45 min (L*_45min, P=4.85e–5), and lightness at 24 h (L*_24h, P=3.57e–5) of CH pigs were higher than those of QY pigs. We detected 10 699 differentially methylated cytosines (DMCs) and 2 760 differentially methylated genes (DMGs) associated with these DMCs. Functional analysis showed that these DMGs were mainly enriched in the AMPK signaling pathway, Type II diabetes mellitus, Insulin signaling pathway, mTOR signaling pathway, and Insulin resistance. Furthermore, 15 DMGs were associated with fat metabolism (ACACA, CAB39, CRADD, CRTC2, FASN, and GCK), muscle development (HK2, IKBKB, MTOR, PIK3CD, PPARGC1A, and RPTOR), or meat quality traits (PCK1, PRKAG2, and SLC2A4). The findings may help to understand further the epigenetic regulation mechanisms of meat quality traits in pigs and provide new basic data for the study of local pigs.     

运输应激猪骨骼肌中热应激蛋白HSP70和HSP90家族的表达

利用Western blot技术，检测长途运输试验猪骨骼肌（背最长肌和臀长肌）中分属于HSP70家族和HSP90家族的4种应激蛋白（HSP70，HSP72，HSP86和HSP90）的表达，所有运输应激猪和对照猪肌肉组织 中均检测到了上述4种HSP，对照猪组织中HSP的表达说明HSP除了在受应激 的细胞内行使生理功能外，还具有独立于应激刺激应答以外的其它作用，6h长途运输后，HSP的表达量明显不同，HSP70和HSP72在肌肉组织中的表达虽然有一定的增加，但统计学分析差异不显（P＞0．05），而HSP86和HSP90在骨髓肌中的表达明显下降，尤以HSP90下降最显（P＜0．01），提示HSP90家族成员与肉品品质相关，可能作为判应激损伤的的指征。     

120日龄金华猪骨骼肌酵母双杂交cDNA文库的构建

选用Clontech SMART技术,在酵母菌株中构建猪骨骼肌全长cDNA文库,文库容量约为1.6×106cfu,插入的双链cDNA片段的长度在500～2 250 bp,文库重组比率为93.75%.该文库可以用于进一步的酵母双杂交筛选.     

肌纤维类型组成对猪肌肉品质与能量代谢的影响研究进展

肌纤维是肌肉组织的基本结构单位,通过改变肌纤维类型组成提高肌肉品质是当前的研究热点之一.成年哺乳动物骨骼肌肌纤维类型按肌球蛋白重链基因(MyHC)的多态性表达可分为Ⅰ、2a、2x、2b型4种类型,Ⅰ、2a型属偏氧化型肌纤维,2x、2b型属偏酵解型肌纤维.动物出生前,肌纤维MyHC异构体一般表达为胚胎型、胎儿型、Ⅰ和2a...     

不同杂交组合猪的繁殖及肉质性状比较分析

旨在对国外引进猪种杂交后生产及肉质性状进行评估,以筛选优秀的杂交组合模式。选取长白（Landrace）、大白（Yorkshire）、杜洛克（Duroc）和巴克夏（Berkshire）为研究对象,对其纯繁及不同杂交组合的繁殖性能及肉质性状指标进行差异分析。结果表明,杜巴二元猪的产活仔数、仔猪初生重及初生窝重均高于亲本（P<0.05）。杜巴二元猪的达100kg校正日龄、校正日增重及背膘厚均显著优于亲本巴克夏,达30kg校正日龄显著低于亲本杜洛克（P <0.05）。杜巴长大的屠宰性能及胴体品质均优于亲本及杜长大（P <0.05）。结果提示杜巴二元猪遗传了杜洛克生长速度快、屠宰率及瘦肉率高等特点,同时遗传了巴克夏的繁殖性能。其杂交后代杜巴长大在生长、繁殖和屠宰性能等方面均优于杜长大三元杂交猪。