TSHR基因表达和序列变异与略阳乌鸡产蛋性能的关联性

TSHR是一个调控鸟类季节性繁殖、影响产蛋性能的基因。研究旨在分析TSHR表达量及错义突变Gly558Arg与略阳乌鸡产蛋性能的关系。试验选取同一批孵化、相同环境饲养的116只略阳乌鸡、40只罗曼和15只尼克鸡,检测Gly558Arg分布情况。略阳乌鸡产蛋数(60±19)显著(P0.05)低于罗曼(124±12)和尼克(119±7),且表现出更大的群体变异性。Gly558Arg在罗曼和尼克鸡中均被固定为优势基因型AA,但在略阳乌鸡中仍处于分离状态;劣势基因型AG以低频(4/116)存在。TSHR在高产略阳乌鸡下丘脑表达量显著(P0.05)低于低产略阳乌鸡。本研究发现功能突变Gly558Arg在略阳乌鸡中尚未固定,在今后的育种工作中应该采用分子手段淘汰劣势基因型。除Gly558Arg外,TSHR表达差异可能也参与略阳乌鸡产蛋性能调控。     

Mx基因抗性位点在12个地方鸡种中的分布及遗传结构分析

通过PCR-RFLP技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在我国地方鸡种中的分布差异。结果表明：PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在12个地方鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.304,敏感性等位基因G的频率平均为0.696;12个地方鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.657 2,Shannon信息指数平均为0.524 0。在该位点上,12个地方鸡种除仙居鸡显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P〈0.01）外,其余11个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）;经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内（除白耳鸡群体外）都属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将12个地方鸡种分为3大类,聚类结果反映了12个地方鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。     

5个鸡种腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因外显子9 SNP及其与鸡肉肌苷酸含量的相关分析

根据腺苷琥珀酸裂解酶（Adenylosuccinate lyase，ADSL）基因外显子9的序列设计引物，用PCR—SSCP的方法对隐性白羽鸡、丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡进行了单核苷酸多态性分析，并检测到了多态性，表现为3种基因型，对两种纯合子进行直接测序，结果发现9839位碱基发生了突变，由C突变为A，将核苷酸序列翻译成氨基酸序列后，发现突变后引起ADSL基因第273位氨基酸由Pro突变为Thr，为错义突变。经独立性检验，发现基因型频率和基因频率分布与品种有关，但进一步方差分析并没有显示出该位点的多态性与胸肌的IMP含量之间存在关联。     

略阳乌鸡线粒体DNA控制区(D-loop)的遗传多样性分析

为了研究略阳乌鸡线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）的遗传多样性和起源,本研究对30只略阳乌鸡样品的mtDNA D-loop全序列进行了PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的其他鸡的D-loop区序列,分析略阳乌鸡线粒体多态性及其起源。结果表明,略阳乌鸡mtDNA D-loop区全序列中,A、C、G、T平均含量分别为26.6%、26.6%、13.4%和33.4%,26个核苷酸多态位点均为转换位点,核苷酸多样度（Pi）为0.00705,单倍型变异度（Hd）为1.000,中性检验Tajima's D值为-0.47272。通过群体构建的系统进化树发现,略阳乌鸡样品在系统进化树上聚为4大分支。研究结果表明,略阳乌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示略阳乌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

贵州黑山羊DQB2基因Exon1遗传变异分析

研究了贵州黑山羊MHC-DQB2基因的多态性,以便发挥MHC-DQB2基因在山羊抗病育种中的作用。采用构建DNA池并通过PCR直接测序的方法对164只贵州黑山羊的DQB2基因Exon1进行遗传变异分析;应用生物信息学软件分析基因频率、RNA二级结构、蛋白质二级结构和抗原表位。在其第1外显子中筛选得到4个SNPs,分别为G23A(Arg→Gln)、G45A(同义突变)、T90C(同义突变)、C109A(Gln→Lys),其中,T90C突变位点的最小自由能最低,其RNA二级结构最稳定。G23A和C109A 2个突变位点均引起RNA二级结构、蛋白质二级结构和抗原表位的改变。结果表明:贵州黑山羊MHC-DQB2基因的第1外显子具有较丰富的遗传多样性。     

Mx基因抗性位点在11个不同鸡种中的分布及遗传结构分析

通过错配PCR技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在11个不同鸡种中的分布差异。结果显示,错配PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在不同鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.502,敏感性等位基因G的频率平均为0.498;11个不同鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.506 7,Shannon信息指数平均为0.562 9。在该位点上,11个鸡种,漳州斗鸡、吐鲁番斗鸡、皖南鸡、文昌鸡、如皋鸡、安卡鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)外,其余5个群体均处Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内(除如皋鸡群体外)均属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将11个不同鸡种分为3大类,聚类结果反映了11个不同鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。     

藏猪天然抗性相关巨噬细胞蛋白基因克隆及变异研究

采用克隆及测序相结合的方法,研究了藏猪、甘肃黑猪、大白猪、约克夏猪和杜洛克五个猪种天然抗性相关巨噬细胞蛋白(natural resistance associated macrophage protein,NRAMP1)基因全序及其结构和变异。分析表明,猪NRAMP1基因全长12779bp,其中包含14个内含子、15外显子,编码区全长1614bp,编码538个氨基酸。5'端非编码区存在2个核苷酸突变,3'端非编码区存在有10个核苷酸突变和1个碱基缺失,14个内含子存在11个变异位点。外显子有18个碱基突变,仅有4个有义突变位点(T2551G、A2552T、C4881A、T12113C),分别导致四个氨基酸(100(V→G)、100(V→G)、137(P→T)、471(L→P))的改变,有可能引起NRAMP1基因编码所蛋白质的跨膜结构域、三级结构或更高级结构以及其空间排列发生变化,导致藏猪和其他猪种抗病性存在差异,为揭示猪NRAMP1基因抗病性的分子机理奠定了理论基础。     

鸡载脂蛋白A1基因外显子区影响体脂性状的功能性SNP预测

载脂蛋白A1基因（APOA1）在动物体脂代谢中发挥重要作用。本研究旨在利用生物信息学的方法筛选鸡APOA1基因中具有潜在生物学作用的非同义突变单核苷酸多态性（non-synonymous single nucleotide polymorphisms,ns SNPs）位点,为利用分子标记辅助选择技术开展鸡体脂性状遗传改良提供理论参考。本研究从db SNP数据库中提取APOA1基因12个ns SNPs,利用4种生物信息学预测软件（SIFT、Poly Phen-2、SNAP和Ph D-SNP）预测其是否为功能性SNPs;使用I-Mutant3.0和MUpro软件分析突变位点氨基酸的稳定性,并对APOA1基因编码的氨基酸序列进行多序列对比和位点保守性预测;最后使用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测ns SNPs突变前后蛋白质的二级结构和三级结构的变化。结果表明,V179G（rs732849555）突变位点影响鸡APOA1蛋白质的结构,可能是影响鸡体脂性状的重要功能性SNPs。     

荷斯坦牛二酰基甘油酰基转移酶1基因外显子8的单核苷酸多态性位点对蛋白质结构和功能的影响及其进化分析

为了检测荷斯坦牛二酰基甘油酰基转移酶1(diacylglycerol acyltransferase 1,DGAT1)基因外显子8的单核苷酸多态性(SNPs)位点,预测分析碱基突变对蛋白质结构和功能的影响,并讨论不同物种间DGAT1的进化关系。本研究利用PCR-SSCP综合测序方法检测DGAT1基因外显子8的SNPs位点,用生物信息学方法分析DGAT1蛋白的基本性质和结构功能,并分析不同物种间DGAT1氨基酸同源性及构建其进化树。PCR-SSCP分析结果显示,DGAT1基因外显子8存在1个双突变位点,即M694和M695;蛋白质结构和功能预测结果显示,该双突变不影响蛋白质的理化性质和结构,但能引起蛋白质功能域组成发生改变;进化分析结果显示,荷斯坦牛DGAT1氨基酸序列与绵羊同源性最高(99.1%),与黑猩猩同源性最低(65.3%)。     

武定鸡脂联素基因多态性分析

[目的]对武定鸡脂联素基因（NC_006096）第1外显子上的c.A99G突变位点进行多态性分析。[方法]翅静脉采集67只武定鸡全血,提取基因组DNA,采用PCR-RFLP法分析Hsp92Ⅱ限制性内切酶对PCR产物进行单酶切的结果。[结果]在c.A99G同义突变位点上存在AA、AB和BB 3种基因型,其中A基因频率为0.686 6,B基因频率为0.313 4;PIC=0.337 8,表明该位点为中度多态位点;χ²适合性检验表明,脂联素基因c.A99G位点处于平衡状态。[结论]采用PCR-RFLP法可有效检测武定鸡脂联素基因c.A99G突变,该位点有3种基因型,等位基因呈中度遗传多态水平且处于平衡状态。     

石歧杂鸡催乳素基因外显子4变异与产蛋就巢性状的关联分析

利用PCR-SSCP技术和测序技术对催乳素（prolactin,PRL）基因外显子4进行SNP检测,并分析了该基因与石歧杂鸡产蛋、就巢性状的相关性。结果表明,PRL基因外显子4存在1个多态性位点,该位点在6017位点发生G→A的碱基突变,产生了AA、AB和BB 3种基因型,AA基因型为优势基因型,等位基因A为优势等位基因,该突变未导致氨基酸的变异;该位点的变异与开产日龄、首次就巢日龄呈现一定的显著差异趋势,BB基因型开产日龄、首次就巢日龄都晚于AA和AB基因型。     

鸡胰岛素样生长因子2基因(IGF2)外显子区功能性SNP预测与分析

旨在采用生物信息学方法筛选鸡IGF2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性（non-synonymous single nucleotide polymorphisms，nsSNPs）位点，为开展标记辅助选择改良鸡重要经济性状提供理论参考。本研究从dbSNP数据库中检索出鸡IGF2基因的12个nsSNPs位点，利用生物信息学软件SIFT、Polyphen-2、PhD-SNP和SNAP预测其中可能的功能性SNP；使用I-Mutant3.0和Mupro方法对突变位点的氨基酸稳定性进行分析；对鸡IGF2基因编码的氨基酸序列进行多序列比对和进化位点保守性预测，并结合MutPred2预测突变可能造成的功能后果；最后使用Sopma预测IGF2野生型和突变型的蛋白质二级结构，运用I-TASSER构建它们的蛋白质三级结构。结果发现，rs740391349（E29G）、rs735633122（T30P）、rs739078786（L31P）、rs736255842（E35G）及rs736800980（V37G）这5个nsSNPs可能影响鸡IGF2的蛋白功能，且所有位点突变都会使IGF2蛋白稳定性降低。多序列比对及保守性分析显示，rs740391349（E29G）、rs735633122（T30P）和rs736255842（E35G）为高度保守并暴露的功能性残基，MutPred2与二级结构分析结果表明，rs735633122（T30P）和rs736255842（E35G）这两个位点上的突变都导致了α螺旋百分比下降。三级结构分析表明，rs735633122（T30P）和rs736255842（E35G）这2个nsSNPs均会导致IGF2的蛋白空间结构发生变化。综上所述，T30P和E35G位点突变严重影响鸡IGF2蛋白质的结构，可能是影响鸡生长和体组成性状的重要功能性SNPs。     

延边黄牛黑皮质素受体-4基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

试验旨在探索调控肉牛脂肪沉积的关键基因对肉质性状的影响,筛选影响肉牛育肥性状的候选基因。本研究以157头24月龄、体重相近的延边黄牛为研究对象,利用PCR扩增直接测序的方法,分析了延边黄牛黑皮质素受体-4（melanocortin-4 receptor,MC4R）基因的SNPs及其与肉质性状的相关性。结果发现,延边黄牛MC4R基因在1 069 bp处存在C→G突变,导致L （亮氨酸）转变为V （缬氨酸）,引起蛋白质二级结构在166、243、280位氨基酸处出现α螺旋、β折叠丢失,导致三级结构中β转角的空间位置改变。经关联分析表明,该位点与延边黄牛背膘厚、亮度、黄度都存在不同程度的相关,其中GG基因型背膘厚与屠宰后黄度（3 d）显著高于CC和CG基因型（P＜0.05）;GG、CG基因型屠宰后亮度显著高于CC基因型（P＜0.05）。说明该位点与延边黄牛肉质性状存在显著相关,该突变位点可作为潜在的分子标记。     

日粮蛋白水平对13~18周龄略阳乌鸡生长性能、屠体性能和血清生化指标的影响

本试验旨在研究日粮蛋白质水平对13¹8周龄略阳乌鸡生长性能、屠体性能和血清生化指标的影响,以确定其适宜的蛋白质需要量。选取600只85日龄略阳乌鸡,将其随机分为5个处理,每个处理6个重复,每个重复20只鸡(公母各半)。各处理组分别饲喂代谢能相同、蛋白质含量不同的日粮。代谢能水平均为12.34 MJ/kg,蛋白水平分别为12.39%、14.20%、16.60%、18.06%和20.15%。饲养期间以重复为单位记录试验鸡的周喂料量,每3周以重复为单位记录试验鸡空腹体重(禁食12 h后)。以此计算试验鸡的平均日增重、日采食量及料重比。并于18周龄末各重复分别选取接近相应处理组平均体重的鸡2只(公母各1只),屠宰,进行屠体性能及血清生化指标的测定。结果表明:蛋白质水平对1318周龄略阳乌鸡生长性能、屠体性能和血清生化指标的影响,以确定其适宜的蛋白质需要量。选取600只85日龄略阳乌鸡,将其随机分为5个处理,每个处理6个重复,每个重复20只鸡(公母各半)。各处理组分别饲喂代谢能相同、蛋白质含量不同的日粮。代谢能水平均为12.34 MJ/kg,蛋白水平分别为12.39%、14.20%、16.60%、18.06%和20.15%。饲养期间以重复为单位记录试验鸡的周喂料量,每3周以重复为单位记录试验鸡空腹体重(禁食12 h后)。以此计算试验鸡的平均日增重、日采食量及料重比。并于18周龄末各重复分别选取接近相应处理组平均体重的鸡2只(公母各1只),屠宰,进行屠体性能及血清生化指标的测定。结果表明:蛋白质水平对13¹8周龄略阳乌鸡公鸡平均日增重未产生显著影响(P>0.05);其平均日采食量和料重比随日粮蛋白质水平的升高呈现显著下降的趋势(P<0.05)。蛋白质水平对略阳乌鸡母鸡平均日增重和料重比未产生显著影响(P>0.05),但对平均日采食量及血清尿酸含量有显著影响(P<0.05)。在本试验条件下,当日粮能量水平为12.34 MJ/kg时,基于日粮蛋白质水平对生长性能、屠体性能以及各血清生化指标影响的综合评估,1318周龄略阳乌鸡公鸡平均日增重未产生显著影响(P>0.05);其平均日采食量和料重比随日粮蛋白质水平的升高呈现显著下降的趋势(P<0.05)。蛋白质水平对略阳乌鸡母鸡平均日增重和料重比未产生显著影响(P>0.05),但对平均日采食量及血清尿酸含量有显著影响(P<0.05)。在本试验条件下,当日粮能量水平为12.34 MJ/kg时,基于日粮蛋白质水平对生长性能、屠体性能以及各血清生化指标影响的综合评估,13¹8周龄略阳乌鸡公鸡和母鸡适宜的蛋白需要量均为16.60%18周龄略阳乌鸡公鸡和母鸡适宜的蛋白需要量均为16.60%¹8.06%。     

鸡形目黑素皮质素受体1基因多态性研究

为了对已知的鸡形目禽类黑素皮质素受体1(MC1R)基因进行生物信息学和分子进化分析,根据已发表的12种鸡形目物种MC1R基因序列(包括棕色来航鸡、红色原鸡、土佐本地鸡、日系乌骨鸡、白色来航鸡、日本鹌鹑、火鸡、蓝胸鹑、珠鸡、朝鲜鹌鹑、河北柴鸡和略阳乌鸡),利用多种生物学软件进行遗传多态性研究。结果显示:12种鸡形目物种MC1R基因编码区碱基序列同源性和氨基酸序列同源性均较高(分别为98.84%,98.91%),蛋白质二级结构相似度极高,以α构螺旋为主(57.32%⁶7.83%),无规则卷曲次之(25.80%67.83%),无规则卷曲次之(25.80%²9.62%),β-折叠最少(6.05%29.62%),β-折叠最少(6.05%¹5.61%)。红色原鸡、土佐本地鸡和棕色来航鸡的二级结构组成相同,其中红色原鸡和土佐本地鸡的碱基CDS序列完全相同。分子进化分析发现,12个鸡形目物种可以明显地分为A、B、C 3个类群,火鸡、珠鸡、鹌鹑、蓝胸鹑、棕色来航鸡、红色原鸡和土佐本地鸡聚为A群;河北柴鸡、朝鲜鹌鹑和日系乌骨鸡聚为B群;白色来航鸡和略阳乌鸡聚为C群。火鸡较其他鸡形目起源较早,棕色来航鸡,白色来航鸡和略阳乌鸡起源较迟。但聚类结果中白色来航鸡和棕色来航鸡却属于不同类群,这可能是由于MC1R基因参与家禽羽色的调控,而白色来航鸡和棕色来航鸡羽毛色素存在明显差异,从而造成了二者在鸡形目MC1R基因分子进化树中的遗传距离较远。     

3种不同羽色鸡MC1R基因SNPs鉴定及羽色相关性分析

为了深入挖掘与鸡羽色形成密切相关的SNPs位点,以略阳黑羽乌鸡、青脚麻鸡和丝羽乌鸡为研究对象,对3个品种70个样本的MC1R基因序列进行序列比对,分析序列变异导致的MC1R氨基酸变异、蛋白质结构和性质的变化,进行SNPs与羽色的相关性分析.结果 表明:3个鸡种MC1R基因CDS区大小没有差异,均为945 bp,但品种间...     

不同鸡品种TYR基因遗传变异分析

采用PCR-SSCP方法,对中国宁夏固原鸡、海南文昌鸡、西藏藏鸡和国外引进海赛克斯鸡TYR基因5′侧翼区及外显子13个位点（P1、P2、P3）的遗传变异进行研究。结果表明,P2位点无多态,P1位点在3个中国鸡品种中均出现3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型;在引进的海赛克斯鸡中,只检测到BB型和AB型2种类型。4个鸡品种在该位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;P3位点在中国3个鸡品种中均检测到3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型,而海赛克斯鸡中只检测到AA和AB型,固原鸡和文昌鸡在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,藏鸡和海赛克斯鸡均处于极不平衡状态。进一步说明,中国地方鸡品种的TYR基因蕴藏丰富变异资源。经克隆测序分析,P1位点存在C→T的单碱基替换突变,P3位点存在G→A的单碱基替换突变,但未引起氨基酸突变。独立χ2分析显示,两位点基因型和等位基因分布在不同鸡品种之间存在显著或极显著差异（P〈0.05和P〈0.01）,提示TYR基因的基因型和等位基因分布与鸡品种因素显著相关。本研究为以后对鸡TYR基因5′侧翼区及外显子1的进一步研究提供基础依据。     

日粮蛋白质水平对育雏期略阳乌鸡生长性能和血清生化指标的影响

试验旨在测定不同蛋白质水平日粮对育雏期略阳乌鸡生长性能、内脏器官指数和血清生化指标的影响。选取420只1日龄略阳乌鸡,随机分为5组,每组6个重复,每个重复14只鸡。5个组分别饲喂代谢能为11.9 MJ/kg,蛋白质水平为13.23%、14.87%、16.34%、18.69%和20.88%的日粮。试验期为42 d。结果表明:当日粮蛋白水平为18.69%和20.88%时略阳乌鸡平均日增重和平均日采食量极显著高于低蛋白水平组,而料重比极显著低于低蛋白组,随着日粮蛋白质水平的增加,平均日增重和平均日采食量呈现出先上升后下降的趋势,料重比呈现出先下降后上升的趋势;日粮蛋白水平对内脏器官指数和血清生化指标未产生显著影响。综合生长性能、内脏器官指数和血清生化指标,推荐略阳乌鸡育雏期日粮蛋白质水平为18.69%。     

新民猪和皮民猪CAST基因的多态性检测分析

为了研究新民猪和皮民猪钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因的多态性,试验采用PCR-RFLP法对27头新民猪和50头皮民猪F1代CAST基因的2个突变位点进行检测,并与已报道的猪种进行比较。结果表明:新民猪Arg249Lys突变位点的A等位基因频率为66.67%,B等位基因频率为33.33%;Ser638Arg突变位点的A等位基因频率为18.00%,B等位基因频率为82.00%。皮民猪Arg249Lys突变位点的A等位基因频率为94.00%,B等位基因频率为6.00%;Ser638Arg突变位点的A等位基因频率为28.00%,B等位基因频率为72.00%。与其他猪种相比,新民猪和皮民猪的Arg249Lys突变位点的A等位基因频率偏高,Ser638Arg突变位点的A等位基因频率偏低,从而引起有利单倍型249Lys-638Arg频率较低。     

羊口疮病毒疫苗株与野毒株VIL-10基因的比较分析

试验旨在比较分析羊口疮病毒（orf virus,ORFV）VIL-10基因在疫苗株和野毒株之间的差异特征。参照GenBank中公布的ORFV NZ2株的VIL-10基因序列设计并合成1对特异性引物,分别以疫苗株和野毒株提取的基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增ORFV的VIL-10基因全序列并进行测序,应用生物信息学相关软件分析基因的核苷酸、氨基酸变异情况及蛋白结构。结果显示,本试验测定的疫苗株和野毒株VIL-10基因核苷酸序列同源性为94.4%,差异主要是单个碱基的突变,其中疫苗株在132~134 bp核苷酸序列出现缺失;氨基酸序列同源性为92.5%,出现了15个氨基酸位点的突变,其中疫苗株第42位氨基酸天冬酰胺出现缺失;蛋白质在一级结构及理化性质、二级结构、三级结构、抗原表位参数及有无信号肽之间均存在一定程度的差异,而疫苗株和野毒株编码的蛋白质均无跨膜结构域。系统进化树分析结果表明,本试验测定的野毒株与疫苗株属于不同分支,遗传关系较远。研究结果提示,野毒株与疫苗株的VIL-10基因发生较明显的变异,这些变异可能与ORFV疫苗株的毒力致弱有关。